bankit提交序列方法
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第一步:填好联系人信息
需要填写姓名、部门、机构、地址、所在城市、所在省份、邮编、国家、联系电话、传真号码、邮箱、备用邮箱、
第二步:Reference
1.序列作者姓名,可填多位序列作者
2.文章信息:填写文章的标题并选择文章的出版状态;文章作者是否与序列作者为同一人;参考文章也可多篇。
第三步:Sequencing Technology
1.当序列超过500个或者通过下一代测序技术测得序列则需要填写测序方法。
2.选择序列是否是组装序列。
3.如果是assembled sequences ,还需填写assembly program,一般是填Lasergene,并写上相应的版本。
注:Assembly Name和Coverage这两项不清楚要填什么。
第四步:Nucleotide
1.期望NCBI什么时候公布你的序列
2.该序列是否为16S rRNA
3.填写或选择所提交序列的信息:包括分子类型,结构类型(线性环形等)
4.提交序列:可以直接复制黏贴序列,也可以创建FASTA file上传。
第五步:Submission Category
选择你所提交的序列是原始提交还是作为一个第三方注释的提交,一般自己发现的序列我们选的是原始提交。
第六步:Source Modifiers(来源信息)
第一项是细胞器/位置,可不填
第二项可以在Source Modifiers下拉列表选择你想要加以描述的参数种类,并在右边value栏写上相应描述。
第七步:Features (Overview)
我们选择上传一个five column feature table file。
five column feature table file的格式是:
1.一共5列,用Tab符隔开
2.第一行:>Feature Sequence_ID
3.每个feature单独成一行
4.一个feature的多个nucleotide intervals在随后的行里
5.第一列:feature的起始位置
第二列:feature的终止位置
第三列:feature的名字
第四列:Qualifier的名字,如note、codon_start等等
第五列:Qualifier value,即Qualifier的具体描述
举例:
>Feature Seq1
1080 1210 CDS
1275 1315
product actin
note alternatively spliced 1055 1210 mRNA
1275 1340
product actin
1055 1340 gene
gene ACT
1055 1079 5'UTR
1316 1340 3'UTR。