药物信息学与科学文献库规范2013
pusr常见问题和ADR数据分析
3. PSUR未到上报时间
《药品再注册定期安全性更新报告检索》、风险评估报告审核和评价意见 →省中心提供 风险评估报告 →企业打印后,加盖骑缝章
Course Overview
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Course Overview
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第二部分.常见问题解析
PUSR的格式和内容
一、定期安全性更新报告表
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第二部分.常见问题解析
2.国内外上市情况
国内外上市情况汇总表
国家 中国 美国 …… …… …… 商品名 注册状态 批准 有条件的 批准 未批准 企业自愿撤 回注册申请 再注册 进行说明 进行说明 进行说明 注册批准 日 首次上市 时间 撤市时 间 规格/剂型/使 用方式 备注
起点同psur截止日期为提交再注册检索申请的日期courseoverviewaug2016企业再注册需提交的不良反应监测相关资料1psur符合要求药品再注册定期安全性更新报告检索省中心提供定期安全性更新报告表psur定期安全性更新报告正文企业打印后加盖骑缝章2psur不符合要求药品再注册定期安全性更新报告检索psur审核和评价意见省中心提供定期安全性更新报告表psur定期安全性更新报告正文企业打印后加盖骑缝章psur未到上报时间药品再注册定期安全性更新报告检索风险评估报告审核和评价意见省中心提供风险评估报告企业打印后加盖骑缝章courseoverviewaug201612courseoverviewaug201613pusr的格式和内容二目录
3.因药品安全性原因而采取措施的情况
① 暂停生产、销售、使用,撤销药品批准证明文件; ② 再注册申请未获批准; ③ 限制销售; ④ 暂停临床研究; ⑤ 剂量调整; ⑥ 改变用药人群或适应症(功能主治); ⑦ 改变剂型或处方; ⑧ 改变或限制给药途径; ⑨ 其他采取的风险控制措施。
《药物信息学》试卷及答案
药物信息学试题姓名:专业:年级:一.单选题1.?IM指的是()A2.?AC3.?A、C、A、B、PharmWeb建立于2004年,是网上第一个结构化的药学信息源? ?? ?? ?C、FDA网站的MedWatch提供给专业医务人员的安全用药通告、报告、医学公告、毒副作用报告全文D、Cochrane图书馆是循证医学的重要资料库A、PubMed 可提供免费的文献检索服务B、MARTINDALE(马丁代尔药典)由美国出版C、Physician's Desk Reference(PDR)的中文为《医师案头参考》D、PASS是一种软件型数据库ABCD7.?AB、化学指纹图谱相似度计算是一种谱图间的定量比对方法,常用于样品批次间质量稳定性评价。
C、循证药学是临床药师搜集,评价科研证据(文献) ,评估其在制订治疗方案中的作用,并以此做出临床药物治疗决策的临床实践办法。
D、数据和信息是一码事A、以信息角度看,合理用药实质上是一个在病人、医药工作者和药品之间的信息运动过程。
B、药品信息若完整、充分地从药师传递给病人,则不会导致病人服药错误C、药学信息组织的目的可以概括为“实现无序药学信息向有序药学信息的转换”。
D9.?AB、大模块CD、10.A、C、Pharmaceutical industryD、Chemical abstract11.? 以下描述错误的是()A、网络检索是指通过Internet检索网络数据库或网上信息? ?? ?? ?B、主题法,是经过信息技术人员按照文献学科内容,从论文研究的相关学科层面进行二次加工文献主题揭示C、市场上已有多种针对临床医生和药师的个人数字助理D、维普科技期刊全文数据库收录了国内所有中文期刊的全文。
12.?以下描述错误的是()A、B、C障D、AB、CD、国内还没有有同步汉化版《马丁代尔药物大典》(第35版)14.有关数据挖掘的相关描述错误的是()A、分类是找出数据库中一组数据对象的共同特点并按照分类模式将其划分为不同的类B、数据挖掘中人工神经网络工具可以在不分离复方药物的基础上直接进行分析C、对HIS中相关信息进行提取、分析、挖掘,对抗生素的用量、耐药性、联合用药、疗程、围手术期用药、预防用药、用药途径及治疗效果等指标实行自动监控,可以实时、有效地监测抗生素使用情况D、在HIS中嵌入在线的合理用药审查软件,根据患者的医学信息、检验资料、合并用药资料、过敏史、用药史等信息,自动拦截不合理的医嘱。
西安交通大学18年5月补考《药物信息学(高起专)》作业考核试题
(单选题) 1: 在Medline的主题检索中,要进行扩展检索应选用以下哪个选项:()。
A: single termB: explodeC: all subheadingsD: all fields正确答案:(单选题) 2: 字段简称“AB”的意思是以下哪一个A: 作者B: 刊名C: 摘要D: 地址正确答案:(单选题) 3: pubmed有()左右免费全文A: 5%B: 10%C: 15%D: 20%正确答案:(单选题) 4: 以下哪个栏目可以浏览你前面已经检索过的检索命令及相应的检索结果()A: PreviewB: HistoryC: DetailsD: Index正确答案:(单选题) 5: 《中国中医药学主题词表》设置了()个专门用于中医药学的副主题词。
A: 8B: 9C: 10D: 11正确答案:(单选题) 6: 在CMCC数据库中,通配符"?"表示A: 一个字符B: 一个汉字C: 二个字符D: 0-n个字符正确答案:(单选题) 7: 目录、索引、文摘都属于A: 一次文献B: 二次文献C: 三次文献D: 零次文献正确答案:(单选题) 8: PubMed数据库是由以下哪个机构开发研制的?A: EntrezB: NCBIC: NLMD: CBM正确答案:(单选题) 9: 下列哪条不属于MEDLINE收录的索引来源A: Index MedicusB: Index to dental LiteratureC: International Nursing Index正确答案:(单选题) 10: 检索式“review in PT”的含义是:()A: 检出所有综述文献B: 检出所有题目中出现review的文献C: 检出所有刊名中出现review的文献D: 检出所有主题词字段中出现review的文献正确答案:(单选题) 11: 通过主题途径检索有关肺癌的文献,以下哪个是正确的主题词A: 肺癌B: 肺肉瘤C: 肺肿瘤D: 肺结核正确答案:(单选题) 12: 下列哪种文献属于特种文献A: 期刊B: 报纸C: 百科全书D: 学位论文正确答案:(单选题) 13: 以下描述错误的是A: 网络检索是指通过Internet检索网络数据库或网上信息B: 主题法,是经过信息技术人员按照文献学科内容,从论文研究的相关学科层面进行二次加工文献主题揭示C: 市场上已有多种针对临床医生和药师的个人数字助理D: 维普科技期刊全文数据库收录了国内所有中文期刊的全文正确答案:(单选题) 14: 检索文献数据库时,下列哪种方法不能扩大检索范围A: 用ANDB: 用ORC: 用相关的主题词D: 采用截词正确答案:(单选题) 15: 下列文献类型中不属于三次文献的是A: 百科全书B: 年鉴C: 会议文献D: 词典正确答案:(单选题) 16: 以下描述错误的是()A: PubMed 可提供免费的文献检索服务B: MARTINDALE(马丁代尔药典)由美国出版C: Physician's Desk Reference(PDR)的中文为《医师案头参考》D: PASS是一种软件型数据库正确答案:(单选题) 17: 1953年新中国颁布的第一部药品标准法典是A: 《中华药典》B: 《关于严禁鸦片烟毒的通令》C: 《中华人民共和国药典》D: 《中华人民共和国药品管理法》正确答案:(单选题) 18: 国内期刊全文光盘数据库不包括()A: 万方资源数据库B: CNKI资源数据库D: 科学引文索引正确答案:(单选题) 19: 以下不属于文献检索方法的是A: 常用法B: 分割法C: 追溯法D: 分段法正确答案:(单选题) 20: 药物信息学的英文为()A: Pharmaceutical InformaticsB: Pharmaceutical careC: Pharmaceutical industryD: Chemical abstract正确答案:(单选题) 21: IM指的是()A: 医学索引B: 化学文摘C: 医学文摘D: 国际药学文献正确答案:(单选题) 22: 通过哪个检索途径可以检索医学期刊相关信息A: 主题途径B: 基本检索C: 期刊检索D: 作者检索正确答案:(单选题) 23: 下列哪条不属于MEDLINE收录的索引来源A: Index MedicusB: preMEDLINEC: International Nursing IndexD: Index to dental Literature正确答案:(单选题) 24: 事实检索系统使用的数据库称A: 根数据库B: 源数据库C: 事实数据库D: 原始数据库正确答案:(单选题) 25: 科技文献70%以上来自于A: 期刊文献B: 科技报告C: 会议文献D: 学位论文正确答案:(单选题) 26: 要检索1995年以来(包括1995)发表的文献,以下哪个是正确的()A: py>=1995B: py>1995C: py=1995D: py<1995正确答案:(单选题) 27: 检索式“TA=护理杂志”的含义是:()A: 检出刊名为“护理杂志”的所有文献C: 检出刊名中包含“护理杂志”的所有文献D: 检出文献题目中包含“护理杂志”的所有文献正确答案:(单选题) 28: 通过哪个检索途径可以检索某个学科有哪些相关的刊物()A: 主题途径B: 期刊检索C: 基本检索D: 作者检索正确答案:(单选题) 29: 哪一项是MEDLINE WIN版特有的检索功能A: SerchB: SuggestC: IndexD: Thesurus正确答案:(单选题) 30: 能够查看PUBMED对输入的检索策略如何进行匹配的是A: DetailsB: cubbyC: limitsD: linkout正确答案:(多选题) 1: Medline数据库收录的书目信息主要来自于:()A: Index MedicusB: International Nursing IndexC: Index to dental literatureD: Biological Abstracts正确答案:(多选题) 2: 在计算机检索中有哪些方法能限定检索字段?A: 用“*”B: 用“in”C: 用“=”D: 用“?”正确答案:(多选题) 3: CMCC数据库在默认的自由词检索状态下,系统在以下哪些字段中查找文献A: 题名B: 作者C: 文摘D: 期刊名称正确答案:(多选题) 4: 用MEDLINE查阅中国出版的中文文献时,将涉及到以下哪些字段。
《生物信息学》题集
《生物信息学》题集一、选择题(每题3分,共30分)1.生物信息学的主要研究对象是什么?A. 蛋白质结构B. 基因序列C. 生态系统D. 细胞代谢2.下列哪项技术不是生物信息学中常用的数据库技术?A. BLASTB. GenBankC. PubMedD. SWISS-PROT3.在生物信息学中,进行多序列比对时常用的软件是什么?A. MATLABB. ClustalWC. ExcelD. PowerPoint4.哪种算法常用于基因表达数据的聚类分析?A. K-meansB. DijkstraC. A*D. Floyd5.生物信息学中,下列哪项不是常用的序列分析技术?A. PCRB. 测序C. 质谱分析D. 芯片技术6.下列哪项不是生物信息学在医学领域的应用?A. 疾病诊断B. 药物设计C. 天气预报D. 个性化医疗7.下列哪项技术常用于生物大分子的结构预测?A. NMRB. X射线衍射C. 同源建模D. 质谱分析8.在生物信息学中,下列哪项不是基因注释的内容?A. 基因功能B. 基因表达水平C. 基因在染色体上的位置D. 基因的长度9.下列哪项技术不是高通量测序技术?A. Sanger测序B. Illumina测序C. 454测序D. SOLiD测序10.下列哪项不是生物信息学在农业领域的应用?A. 作物育种B. 病虫害防治C. 土壤成分分析D. 农产品品质改良二、填空题(每题2分,共20分)1.生物信息学是一门交叉学科,它主要涉及______、计算机科学和数学等领域。
2.在生物信息学中,______技术常用于基因序列的相似性搜索。
3.生物信息学在药物研发中的主要应用包括______和药物靶点的预测。
4.在基因表达数据分析中,______是一种常用的数据标准化方法。
5.生物信息学中,______技术常用于蛋白质结构的预测和分析。
6.在生物信息学数据库中,GenBank主要存储的是______数据。
CBMdisc
进入PubMed 在浏览器的地址栏内输入Pubmed的 网址: /PubMed/ 后 按回车键,就进入Pu子生物学 及相关领域研究人员 迅速获得最新实验数据
建立生物分子数据库
生物信息数据库应满足5个方面 的主要需求
一级数据库简介
1、核酸序列数据库
国际上权威的核酸序列数据库
(1)欧洲分子生物学实验室的EMBL http://www.embl-heidelberg.de (2)美国生物技术信息中心的GenBank /Web/Genbank/i ndex.html (3)日本遗传研究所的DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/
生物信息数据库
一级数据库
数据库中的数据直接来源于实验获得的原始 数据,只经过简单的归类整理和注释
二级数据库
对原始生物分子数据进行整理、分类的结果, 是在一级数据库、实验数据和理论分析的基 础上针对特定的应用目标而建立的 。
生物信息数据库
染色体
基因组作图 核酸序列 数据库
基因组图谱
基因组 数据库
(四)数据库结构 由九个文档组成,每个文档由许多条 文献记录组成,每条记录则由若干字段构 成,字段又有其特殊的含义,该数据库的 记录包括30多个可检索字段,下面列出的 是主要字段的英文、中文检索标识符,以 及注释:
TI AU AD TA
中文题目 著者
TT 英文题目 AB 文摘
地址 (第一著者地址) PY
(二)学科范围
涉及基础医学、临床医学、预防医 学、药学、中医学及中药学等生物医学 的各个领域。
(三) 标引和分类 全部题录均根据美国国立医学 图书馆的《医学主题词表》(即MeSH 词表),以及中国中医研究院图书情 报研究所新版《中医药学主题词表》 进行了主题标引,并根据《中国图 书资料分类法》R类 第三版进行了 分类标引。
中国生物医学文献数据库CBMdisc
输入词 (倒序) 主题词
✓ 处理方法:输入主题词片段
输入词 (≠) 主题词
✓ 处理方法:在标题中检索选择文摘格式翻 到总页数一半以后的页面确定主题词按主 题词检索途径检索
7. 点击检索按钮, 得到检索结果。
(题录格式)
主题词检索
基本检索
关键词检索:应用关键词对缺省字段(中文题目、 文摘、作者、主题词、特征词、关键词、期刊名 等字段)检索,也叫自由词检索。
A AND B :检索结果同时含有检索式A和检索式B要求的内容。 例:消化性溃疡 AND 胃镜检查
A OR B: 检索结果中含有检索式A或检索式B要求的内容。 例:结肠肿瘤 OR 直肠肿瘤
A AND NOT B: 在含检索式A的检索结果中,去掉含检索式B的 记录。
例:心脏病 AND NOT 冠心病
优先级运算:( ) > AND NOT > AND > OR 例:(贫血 OR 白血病) AND 放射治疗
基本检索
关键词检索:应用关键词对缺省字段(中文题目、文摘、 作者、主题词、特征词、关键词、期刊名等字段)检索, 也叫自由词检索。
指定字段检索:著者、著者单位、刊名、出版年、卷期、 文献类型等检索。
逻辑组配检索:应用逻辑组配符AND、OR、NOT进行检索。 通配符检索:应用*、?等通配符检索。
1. 检索关于药物氯沙坦 (又名科素亚)的综述文献 。 2. 中医治疗慢性肾功能衰竭的文献。
3. 检索中华医学创新杂志发表的磷酸二酯酶抑制剂的 文献 。
4. 护理学杂志上发表的有关膀胱癌护理的文献。 5. 阿糖胞苷治疗难治性早幼粒细胞白血病的文献。 6. 中国中西医结合杂志发表的黄芪治疗肺心病文献。 7. 阿司匹林诱发哮喘的非综述文献。 8. 检索1995年后有关阿斯匹林治疗老年心脏病方面的
19秋学期西交《药物信息学》在线作业满分答案
19秋西交《药物信息学》在线作业试卷总分:100 得分:1001.IM指的是()[A、]医学索引[B、]化学文摘[C、]医学文摘[D、]国际药学文献参考选择是:A2.国内期刊全文光盘数据库不包括()[A、]万方资源数据库[B、]CNKI资源数据库[C、]维普医药期刊信息资源检索系统[D、]科学引文索引参考选择是:D3.以下描述错误的是()[A、]google是一种搜索引擎[B、]PDA指的是个人数字助理[C、]MIMS没有药品辨识图[D、]默克诊疗手册对于医院药师有较大帮助参考选择是:C4.下面选项描述错误的是()[A、]CNKI翻译助手(/)可以方便地查阅医学和药学相关词汇的中英文对照[B、]PharmWeb建立于2004年,是网上一个结构化的药学信息源[C、]FDA网站的MedWatch提供给专业医务人员的安全用药通告、报告、医学公告、毒副作用报告全文[D、]Cochrane图书馆是循证医学的重要资料库参考选择是:B5.以下描述不正确的是()[A、]PubMed可提供免费的文献检索服务[B、]MARTINDALE(马丁代尔药典)由美国出版[C、]Physician'sDeskReference(PDR)的中文为《医师案头参考》[D、]PASS是一种软件型数据库参考选择是:B6.以下描述中错误的选项是()[A、]数据挖掘技术是从大量的数据中筛选出隐含的、可信的、新颖的、有效的信息的高级处理过程。
[B、]数据挖掘的方法分为四类:分类、关联、序列、聚类。
[C、]用虚拟筛选方法进行创新药物研究是不现实的。
动物药学专业了解动物药物的药物信息学与数据分析
动物药学专业了解动物药物的药物信息学与数据分析动物药学专业是研究动物疾病防治和药物应用的学科。
在动物药物研发和应用过程中,药物信息学和数据分析扮演着重要的角色。
本文将介绍动物药物的药物信息学与数据分析的相关内容。
一、动物药物的药物信息学1. 药物信息学的概念药物信息学是运用信息科学和技术方法研究药物的科学,主要包括药物信息获取、处理、存储和应用等方面。
它利用计算机和信息技术,通过建立药物数据库、药物信息系统等手段,对药物的性质、结构、作用机制、副作用等进行研究和分析。
2. 药物信息的获取与处理药物信息的获取主要通过文献检索和数据库查询。
研究人员可以通过查阅相关文献和专利,获取药物的化学结构、药代动力学参数、药物相互作用等相关信息。
同时,现代药物研究中广泛使用各种药物数据库,如药物结构、目标蛋白、药物代谢酶等数据库,以获取更全面和准确的药物信息。
获取到的药物信息需要进行处理和分析,以提取有用信息和构建药物信息模型。
3. 药物信息的存储与管理药物信息存储与管理是药物信息学的重要环节。
建立药物信息数据库能够方便研究人员对药物信息的检索和利用。
常见的药物信息数据库包括PubChem、ChemSpider、DrugBank等。
这些数据库涵盖了大量关于药物的化学结构、活性信息、副作用等内容,为药物研发和应用提供了重要的数据支持。
二、动物药物的数据分析1. 药物分子的结构-活性关系药物分子的结构-活性关系(SAR)分析是一种常见的数据分析方法。
通过对大量的化合物进行药效学测试,分析结构与活性的关系,可以找到有效的药物候选化合物。
SAR分析可以通过碱基分子描述符、分子对接计算等方法进行,以预测潜在药物分子的活性和选择性。
2. 药物代谢与副作用预测在药物研发过程中,药物代谢和副作用是重要考虑因素。
通过数据分析,可以预测药物的代谢途径和可能的副作用。
利用机器学习模型和化学信息学方法,可以对药物分子进行虚拟筛选和代谢预测,挑选出更具活性和安全性的药物候选分子。
《药物信息学》试卷及答案
药物信息学试题姓名:专业:年级:一.单选题1. IM指的是()A、医学索引B、化学文摘C、医学文摘D、国际药学文献2. 国内期刊全文光盘数据库不包括()A、万方资源数据库B、CNKI资源数据库C、维普医药期刊信息资源检索系统D、科学引文索引3. 以下描述错误的是()A、google是一种搜索引擎B、PDA指的是个人数字助理C、MIMS没有药品辨识图D、默克诊疗手册对于医院药师有较大帮助4. 以下描述错误的是()A、CNKI翻译助手(/)可以方便地查阅医学和药学相关词汇的中英文对照B、PharmWeb建立于2004年,是网上第一个结构化的药学信息源C、FDA网站的MedWatch提供给专业医务人员的安全用药通告、报告、医学公告、毒副作用报告全文D、Cochrane图书馆是循证医学的重要资料库5. 以下描述错误的是()A、PubMed 可提供免费的文献检索服务B、MARTINDALE(马丁代尔药典)由美国出版C、Physician's Desk Reference(PDR)的中文为《医师案头参考》D、PASS是一种软件型数据库6. 以下描述错误的是()A、数据挖掘技术是从大量的数据中筛选出隐含的、可信的、新颖的、有效的信息的高级处理过程。
B、数据挖掘的方法分为四类:分类、关联、序列、聚类。
C、用虚拟筛选方法进行创新药物研究是不现实的。
D、与传统高通量筛选相比,虚拟筛选具有高效、快速和经济等优点。
7. 以下描述错误的是()A、中药指纹图谱指中药材或中成药经过适当处理后,采用一定的分析手段,得到的能够标志该中药材或中成药特征共有峰的色谱或光谱图谱。
B、化学指纹图谱相似度计算是一种谱图间的定量比对方法,常用于样品批次间质量稳定性评价。
C、循证药学是临床药师搜集,评价科研证据(文献) ,评估其在制订治疗方案中的作用,并以此做出临床药物治疗决策的临床实践办法。
D、数据和信息是一码事8. 以下描述错误的是()A、以信息角度看,合理用药实质上是一个在病人、医药工作者和药品之间的信息运动过程。
《药物信息学》试卷与答案
药物信息学试题:专业:年级:一.单选题1. IM指的是()A、医学索引B、化学文摘C、医学文摘D、国际药学文献2. 国期刊全文光盘数据库不包括()A、万方资源数据库B、CNKI资源数据库C、维普医药期刊信息资源检索系统D、科学引文索引3. 以下描述错误的是()A、google是一种搜索引擎B、PDA指的是个人数字助理C、MIMS没有药品辨识图D、默克诊疗手册对于医院药师有较大帮助4. 以下描述错误的是()A、CNKI翻译助手(/)可以方便地查阅医学和药学相关词汇的中英文对照B、PharmWeb建立于2004年,是网上第一个结构化的药学信息源C、FDA的MedWatch提供给专业医务人员的安全用药通告、报告、医学公告、毒副作用报告全文D、Cochrane图书馆是循证医学的重要资料库5. 以下描述错误的是()A、PubMed 可提供免费的文献检索服务B、MARTINDALE(马丁代尔药典)由美国出版C、Physician's Desk Reference(PDR)的中文为《医师案头参考》D、PASS是一种软件型数据库6. 以下描述错误的是()A、数据挖掘技术是从大量的数据中筛选出隐含的、可信的、新颖的、有效的信息的高级处理过程。
B、数据挖掘的方法分为四类:分类、关联、序列、聚类。
C、用虚拟筛选方法进行创新药物研究是不现实的。
D、与传统高通量筛选相比,虚拟筛选具有高效、快速和经济等优点。
7. 以下描述错误的是()A、中药指纹图谱指中药材或中成药经过适当处理后,采用一定的分析手段,得到的能够标志该中药材或中成药特征共有峰的色谱或光谱图谱。
B、化学指纹图谱相似度计算是一种谱图间的定量比对方法,常用于样品批次间质量稳定性评价。
C、循证药学是临床药师搜集,评价科研证据(文献) ,评估其在制订治疗方案中的作用,并以此做出临床药物治疗决策的临床实践办法。
D、数据和信息是一码事8. 以下描述错误的是()A、以信息角度看,合理用药实质上是一个在病人、医药工作者和药品之间的信息运动过程。
药物生物信息学-全文
附录APPENDIX药物生物信息学Pharmaceutical Bioinformatics第一节治疗药物概述Section 1 Introduction to therapeutic drugs一、疾病和代谢途径的关系人体内DNA、蛋白质、激素、离子等都在进行新陈代谢,但不同物质的稳态浓度(steady-state level)和代谢速度(metabolism rate)差异很大。
如肾上腺素作用于肝细胞后很快生成环腺苷酸(cyclic adenosine mononucleotide,cAMP),但cAMP又很快被环核苷酸磷酸二酯酶(cyclic nucleotide phosphodiesterase,PDE)水解失去活性,故胞内cAMP稳态浓度很低。
相反,脂肪组织内的脂肪含量高,其脂肪分解和合成代谢的速度变化也小得多。
cAMP对细胞生理活动有很强且快速的调节作用,需对其稳态水平进行精确控制;脂肪作为储备能源物质含量高且其含量不需精确控制。
因此,人体生理活动需有效控制各种物质的新陈代谢,其中不同作用的物质其代谢速度和控制精度也不同。
体内物质代谢都有对应的代谢途径(metabolic pathway),且常由物质转运载体、(系列)酶、所需原料等组成,每条代谢途径都有关键成分控制其进行速度。
体内任何物质的完整代谢途径不可逆,但人体物质代谢可由多组织协同完成,某个组织或细胞可只完成一部分代谢过程。
例如,很多细胞都可快速水解cAMP而精确控制胞内cAMP的稳态浓度,但cAMP彻底分解则需血液、肝脏和肾脏等参与。
尽管任何物质的合成和分解代谢都对维持其稳态水平有贡献且大部分酶催化反应可逆,但体内任何物质合成和分解的代谢途径有区分,否则其稳态水平将由反应的热力学而不是代谢速度控制。
另外,不同器官、组织、细胞功能不同,对不同物质的需求和维持其稳态的贡献也不同;随生长发育或生理节律变化,人体整体或局部对物质的需求也有变化,体内物质的局部稳态水平也应呈现对应的变化。
生物信息学数据库的种类
生物信息学数据库的种类1.引言1.1 概述生物信息学数据库是由生物学和计算机科学相结合的一个重要领域。
随着高通量测序技术的快速发展, 生物学研究已经进入了“大数据”时代。
生物信息学数据库的出现, 解决了这些海量生物信息的存储和管理问题, 为生命科学研究提供了重要的工具和资源。
生物信息学数据库可以存储和管理各种类型的生物信息数据, 对于科学家和研究人员来说, 这些数据库包含了大量的基因组序列、蛋白质序列、基因表达数据等重要信息。
通过对这些数据的分析和挖掘, 科学家们可以更深入地研究生物体的组成、功能和进化等方面。
在当前的生物信息学数据库中, 可以根据数据类型进行分类。
常见的生物信息学数据库包括序列数据库、结构数据库、基因表达数据库、蛋白质互作数据库、药物数据库、多样性数据库、基因组数据库、疾病数据库和转录因子数据库等。
每种类型的数据库都有其独特的特点和应用领域。
随着生物学研究的不断深入和技术的不断进步, 生物信息学数据库也在不断发展。
未来的数据库将更加注重数据的互联互通, 提供更完整、准确和可靠的生物信息。
同时, 数据分析和挖掘的算法和工具也将不断更新和完善, 为科学家们的研究提供更加强大的支持。
总之, 生物信息学数据库是生物学研究中不可或缺的重要工具和资源。
通过这些数据库, 科学家们可以更加高效地存储、管理和分析生物信息,推动生命科学领域的发展。
未来, 随着生物学研究的不断进步, 生物信息学数据库将不断发展和完善, 为科学家们带来更多的可能性和突破。
1.2 文章结构本文将分为三个部分来详细介绍生物信息学数据库的种类。
首先,在引言部分,我们将提供对本文的概述,介绍生物信息学数据库的基本概念和作用,并说明文章的目的。
接下来,在正文部分,我们将详细介绍九种不同类型的生物信息学数据库,包括序列数据库、结构数据库、基因表达数据库、蛋白质互作数据库、药物数据库、多样性数据库、基因组数据库、疾病数据库和转录因子数据库。
西交20春《药物信息学(高起专)》在线作业4参考答案
西交《药物信息学(高起专)》在线作业
试卷总分:100 得分:100
一、单选题(共30 道试题,共60 分)
1.在CBMdisc检索中,要检索“蔡挺”发表的文献,以下检索式正确的是
A.Cai-T in AU
B.蔡挺in AU
C.AU:蔡挺
D.AU=蔡挺
答案:D
2.药物信息学的英文为()
A.Pharmaceutical Informatics
B.Pharmaceutical care
C.Pharmaceutical industry
D.Chemical abstract
答案:A
3.描述不正确的选项是()
A.化学指纹图谱相似度计算是一种谱图间的定量比对方法,但不能用于样品批次间质量稳定性评价。
B.数据挖掘适用于方剂配伍规律研究
C.循证药学的发展为药物信息学发展提供充分信息资源
D.循证药学是一门新兴学科,强调临床证据,要求临床药师用新的技巧广泛搜集有效的应用文献(即证据)指导临床实践。
答案:A。
药物生物信息学-全文
附录APPENDIX药物生物信息学Pharmaceutical Bioinformatics第一节治疗药物概述Section 1 Introduction to therapeutic drugs一、疾病和代谢途径的关系人体内DNA、蛋白质、激素、离子等都在进行新陈代谢,但不同物质的稳态浓度(steady-state level)和代谢速度(metabolism rate)差异很大。
如肾上腺素作用于肝细胞后很快生成环腺苷酸(cyclic adenosine mononucleotide,cAMP),但cAMP又很快被环核苷酸磷酸二酯酶(cyclic nucleotide phosphodiesterase,PDE)水解失去活性,故胞内cAMP稳态浓度很低。
相反,脂肪组织内的脂肪含量高,其脂肪分解和合成代谢的速度变化也小得多。
cAMP对细胞生理活动有很强且快速的调节作用,需对其稳态水平进行精确控制;脂肪作为储备能源物质含量高且其含量不需精确控制。
因此,人体生理活动需有效控制各种物质的新陈代谢,其中不同作用的物质其代谢速度和控制精度也不同。
体内物质代谢都有对应的代谢途径(metabolic pathway),且常由物质转运载体、(系列)酶、所需原料等组成,每条代谢途径都有关键成分控制其进行速度。
体内任何物质的完整代谢途径不可逆,但人体物质代谢可由多组织协同完成,某个组织或细胞可只完成一部分代谢过程。
例如,很多细胞都可快速水解cAMP而精确控制胞内cAMP的稳态浓度,但cAMP彻底分解则需血液、肝脏和肾脏等参与。
尽管任何物质的合成和分解代谢都对维持其稳态水平有贡献且大部分酶催化反应可逆,但体内任何物质合成和分解的代谢途径有区分,否则其稳态水平将由反应的热力学而不是代谢速度控制。
另外,不同器官、组织、细胞功能不同,对不同物质的需求和维持其稳态的贡献也不同;随生长发育或生理节律变化,人体整体或局部对物质的需求也有变化,体内物质的局部稳态水平也应呈现对应的变化。
NCBI功能详介
NCBI功能详介NCBI(National Center for Biotechnology Information)是美国国家生物技术信息中心,是全球最大的生物信息学数据库之一,也是生物医学研究领域最重要的资源之一、NCBI提供了广泛的生物学和医学数据库和工具,以帮助科学家们进行基因组学、蛋白质学、遗传学、药物研发等方面的研究。
NCBI的主要功能包括:1. PubMed:NCBI的PubMed是最大的生物医学文献数据库。
它收录了全球范围内的生物医学文献,并提供了非常强大的功能,以帮助科学家们找到自己感兴趣的论文。
3. BLAST:BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是NCBI 提供的一种重要的生物信息学工具。
它可以用来比对生物序列(如DNA、RNA或蛋白质序列),以找到相似的序列或已知的序列。
BLAST对生物学研究非常重要,可以用于序列比对、功能注释、物种分类等各种应用。
4. Entrez数据库:Entrez是NCBI提供的一种综合性数据库工具,可以用来访问和多个数据库,如PubMed、GenBank、Protein、Nucleotide等。
用户可以使用Entrez来查找和获取各种类型的生物学数据,如文献、序列、蛋白质结构等。
5. PubChem:PubChem是一个提供生物化学信息的数据库,包含大量的有关化合物的实验数据、化学结构、药物作用等信息。
它可以帮助研究人员进行药物发现、化合物筛选和毒性评估等方面的研究。
6. dbSNP:DBSNP(Single Nucleotide Polymorphism Database)是一个用于存储和查询单核苷酸多态性数据的数据库。
它收集了全球范围内各种不同物种的单核苷酸变异信息,包括单核苷酸变异的位点、变异类型、频率等。
7. GEO:GEO(Gene Expression Omnibus)是一个用于存储和共享基因表达数据的数据库。
药物信息学在新药发现中的应用和研究进展
药物信息学在新药发现中的应用和研究进展
钟武;肖军海;赵饮虹;李松
【期刊名称】《中国医药生物技术》
【年(卷),期】2010(005)004
【摘要】@@ 药物信息学是应用人类基因组计划产生的大量数据和全球分子生物学研究的结果,探讨发现药物的新靶点、新方法,促进药物研究进程的一门新的交叉学科,涉及生物信息学、化学信息学、计算化学、组合化学等多领域学科,并包括药物代谢动力学性质和毒性预测、高内涵筛选及代谢模型等综合信息在新药发现和发展中的整合、分析和应用.
【总页数】5页(P241-245)
【作者】钟武;肖军海;赵饮虹;李松
【作者单位】100850,北京,军事医学科学院毒物药物研究所;100850,北京,军事医学科学院毒物药物研究所;100850,北京,中国生物技术发展中心;100850,北京,军事医学科学院毒物药物研究所
【正文语种】中文
【相关文献】
1.生物信息学在药物研究和开发中的应用 [J], 胡健;
2.PBL教学模式在《药物生物信息学》教学中的应用 [J], 劳兴珍;郑珩
3.Schrödinger药物虚拟筛选流程模块在大学生物和化学信息学教学中的应用 [J], 白启峰;张洋;靳玲玲;姚小军
4.生物信息学在阿尔茨海默病发病机制和药物设计中的应用 [J], 王大鹏;吴一芳
5.生物信息学及其在新药发现中的应用 [J], 吴永英;徐德昌;王专;王荣春;张喜林;王立群
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embase数据库
三EMBASE的主题词表EMTREE:该表收录了规范化 的主题词约4 8万个 同义词约20万个;副主题词称连接 词有77个;与药物有关的副主题词连接词17个;与疾病 有关的副主题词连接词14个;2000年又新增与给药途 径的副主题词连接词47个 主题词可用适当的连接词; 相当副主题词组配;进行限定检索
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EMBase数据库
一 概述
EMBASEExcerpt Medica Database是由荷兰 Elsevier Science出版建立的EM的书目型数据库;以光 盘数据库 国际联机数据库及网络数据库的形式为用户 提供 EMBASE收录从1974年以来至今EM中报道的文 献信息;收录70多个国家出版的4550种左右期刊的医药 文献;每年约50多万条文献记录;累积约994万条;80%的 文献带有文摘 内容涉及药学 临床医学 基础医学 预防 医学 法医学和生物医学工程等
THE END
3点击检索;显示检索结果
4通过文献线索;索取原始文献
2 字段检索:
EMBASE设有20多个可检索字段;检索时点击 Field Search键进入字段检索 可在检索框中输入检索词并选 择下方的字段;也可直接在检索框中输入检索式 如:检 索某个著者的文献;检索式为Smith A B:au;检索有关生 物化学方面的文献;可使用EMBASE classification字段; 分类号29为书本式EM生物化学分册号;或在检索框中直 接输入分册号及字段的代码29:cl;就可检索相应分册的 有关文献
文摘 著者地址 作者 主要医学叙词 次要医学叙词 主要药物叙词 次要药物叙词
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药物信息学与科学文献库规范
邵 宏 药事管理与临床药学系
主要内容
• 信息、药学信息与药物信息学 • 文献及其利用 • 药物信息的患者咨询服务
信息是人类了解自然及人类社会的凭据
物质
能量
信息
信息 (information)
辞源:五代十国时期南唐诗人李中《碧云集•暮春怀故人》
格式2:所有著者均姓在前
Flachowsky H and Schumann E Flachowsky H, Schumann E, Weber WE and Peil A Flachowsky H, Schumann E, Weber WE, et al.
et alii
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(References)
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Giebel S, Nowak I, Wojnar J, et al. Impact of Activating Killer Immunoglobulinlike Receptor Genotype on Outcome of Unrelated Donor-Hematopoietic Cell Transplantation. Transplant Proc 2006; 38(1):287-91. Giebel S, Nowak I, Wojnar J, Markiewicz M, Dziaczkowska J, Wylezol I, Krawczyk-Kulis M, Bloch R, Kusnierczyk P and Holowiecki J. Impact of Activating Killer Immunoglobulin-like Receptor Genotype on Outcome of Unrelated Donor-Hematopoietic Cell Transplantation. Transplant Proc 2006; 38(1):287-91.
文献综述
文献综述的格式和内容
前言
介绍有关概念、定义,有关问题现状,目前争论焦点或综述的 目的和意义
主体:
文章组织方式
按时间顺序 按技术方法类别 按研究内容
进行阐述或讨论 文中需引证大量的文献,但并不是所有的文献都需要引证。 只有那些提供了重要数据、定义、理论、看法、推论或结论 的文献才值得引证
文献收录——格式与项目
重要项目:
著者 年代 文献载体
Excel格式 基本项目
|年代|著者|国家|地址|题目|文献载体|有否原文|文摘|关键词|
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文献收录——项目与格式
著者的记载(所有著者及其姓名全部记载)
一个著者:姓前名后,姓名间加“,”号
药物信息(drug information)
与药物直接相关:药物作用机制、代谢动力学、不良反应、药物相互作用、药物经 济学等 药物情报中心(drug information center,DIC)
University of Kentucky 1962
卫生部《医院药剂工作条例》1981
to provide accurate, current, and unbiased drug information services to area health care practitioners
Pharmacist-Patient Consultation Program
基本提问——对新开药物
I. 用药目的:该药是用于什么方面的?解决什么病症或症状?你
希望解决什么? II. 服用方法:该药如何服用?一天几次?每次药量?服用周期多 长?你理解一天服几次是什么意思?忘了服药时大夫让你怎么
办?
James W. Wallace → Wallace, James W. → Wallace, J.W. → Wallace JW
若著者姓名中有“de”、“van”、“von”或“jr”等等级称谓时,应将 “de”等始终写在姓前面
John von Strauss → von Strauss, John → von Strauss J
追溯法
利用某文章末尾的参考文献检索 又称扩展法或跟踪法
综合法
常用法和追溯法综合使用
文献检索
图书馆
书籍
互联网
中文数据库:CNKI(中国知网 )
万方数据库()
维普信息资源系统( http://162.105.138.192/index.asp ) 西文数据库:PubMed(/entrez) 各类专业网站: MICROMEDEX 临床药学各专业(行业)协会网站
3. 是物质存在的一种方式、形态或运动状态,也是事物 的一种普遍属性,一般指数据、消息中所包含的意义, 可以使消息中所描述事件的不定性减少
(国标GB489885《情报与文献工作词汇基本术语》)
药学信息
(pharmaceutical information)
药学领域所有的知识和数据。涉及药学信息的活动称为药 学信息服务(pharmaceutical information service)
期刊杂志、报纸 专业网站 其它原始资料(论文集、研究报告、专利资料等)
二次文献:一次文献加工后的目录、索引和文摘
中国药学文摘(CPA)、中文科技资料目录 国际药学文摘(IPA)、化学文摘(CA)、生物学文摘(BA)、医学文 摘(EM) 医学索引(IM)—— Medline —— PubMed MICROMEDEX —— DRUGDEX System 引文索引(美国科技信息所)
《论语· 八佾》
“夏礼,吾能言之,杞不足徵也;殷礼,吾能言 之,宋不足徵也。文献不足故也”
《朱熹· 集注》
“文,典籍也。献,贤也”
文献 (Literature)
根据文献形式 根据文献信息载体 • 文字性文献 • 非文字文献 • 缩微型文献 • 机读型文献 • 印刷型文献 • 视听型文献 • 手写型文献 •甲骨、金石、碑文等 • 一次文献 • 二次文献 • 三次文献 • 公开发表的文献 • 非公开发表的文献 • 图书、杂志期刊、报纸 • 文物 • 资料
Pharmacoinformatics 药研信息学
运用计算机发现和设计药物的科学。另:信息学在药学领域的应用
Drug Informatics 药品信息学,药物信息学
药物信息知识的积累及其在临床上的应用。
Pharmainformatics 制药信息学
制药工业相关的综合信息学科。
药物信息学
(Pharmacoinformatics)
包括以上Drug Informatics、Pharmacy Informatics和Pharmacoinformatics的内容。 是收集、核证、传播和 应用药物信息(Drug Information)为临床药物治疗服务的科学。
文献 (Literature)
信息的表现形式之一,把人类的知识用文字、图形、符号、声频 和视频等形式在一定载体上记录下来的固态精神产品
III. 服用效果:有什么副作用?副作用如何预防?
提示和告知提问——对再调配(Refill)药物
I. 用药目的:你服用该药的目的是什么? II. 服用方法:你是如何服用该药的? III. 用药经验:服用该药你有什么问题?
文献的层次
一次文献:记载原始数据(首创的理论、实验结果、观察 到的新发现以及创造性成果)的文献,也称原始文献
文献综述
文献综述的类别:
归纳性文献综述(读书报告):将收集到的文献做系
统化、条理化的归纳和总结。 综说性文献综述:将收集到的文献加工整理,有所取 舍,并表达自己的观点和倾向性。 评论性文献综述:评述收集到的文献,并提出指导意 见。 分析性文献综述:根据文献的数据进行统计和分析, 得出新的结论。
总结
概括个人态度与见解,表达个人意见,预测与展望
参考文献
药物信息咨询服务
咨询计划——REAP法(收获法)
Reason:用药原因 Evaluate:鉴定Drug-Related Problem Assess:评估患者用药知识,改进措施 Plan:用药计划
药物信息的患者咨询服务
咨询程序——PPCP法(1970s印度)
根据文献加工程度
根据文献公开化程度 根据文献资录,形成文献库
文献阅读:题录、文摘、全文
文献利用
文献引证(参考文献) 文献综述
文献检索
要运用各种方式尽量全面地收集文献,宁多勿少 主要方法:
常用法
利用文献检索工具查找
按照时间顺序,可分为顺查法和倒查法 按照关键词(一级、二级) 按照文摘或全文(适于计算机或网络检索) 按照文章标题或书刊名称 按照著者
不标注序号,加括弧,在括弧中写明著者及年代
参考文献排列(编号)方式
按在文章中出现的先后顺序排列 按著者姓氏(中文在前,西文在后)排列
参考文献题录的形式
原则上按所投杂志的统一要求书写,若无要求(如学位论文),则按 下列标准格式书写:
[1] [2] 陈燕铭,曾龙驿.2003.降血糖药物临床应用进展.新医学 34(9):575-577 Washio K, Misawa S and Ueda S. 1989. Probe walking: Development of novel probes for DNA fingerprinting. Human Genetics 83(3): 223-226