医学细菌的分类和菌种鉴定思考

摘要：近年来，细菌的分类发生了很大的变化。一方面，新菌种不断涌现；另一方面，大量原有细菌被重新分类和发生了名称 的改变。而与细菌分类变化相对应的是，在临床标本分离到不常见菌和新病原菌的报道越来越多，但由于受疾病研究和累计 的病例数据影响，仅少数菌种有标准化的药敏试验方案和规范化的感染治疗用药指南。该文回顾细菌分类学历史和菌种鉴 定方法，结合本实验室弗朗西斯菌的分类和菌种鉴定经验，探讨医学细菌的分类和菌种鉴定方法，从而为细菌性感染疾病的 感染治疗提供依据。 关键词：细菌分类；鉴定；药物敏感性 中图分类号：Ｒ４４６．５ 文献标志码：Ａ
临床检验杂志 年 月第 卷第 期 ， ， ， ２０１９ １０ ３７ １０ Ｃｈｉｎ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｌａｂ Ｓｃｉ Ｏｃｔ． ２０１９ Ｖｏｌ．３７ Ｎｏ．１０
·７７７·
上的分类成为可能［４］。目前，分类学家已经将全基因组信息 合适的解决方案是保留引用更多的马红球菌和脆弱气单胞
作为细菌分类的重要依据最低标准之一［５］，且平均核苷酸一 菌的名称，并修订命名法。
（ ）和鉴定（ ） 个方面的内容。 ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ３
细菌进行鉴定。最终，《伯杰氏细菌学手册》第 １ 版于 １９２３
近年来，随着快速发展的分子生物学技术在细菌分类学 年正式出版。
领域的应用，细菌的分类发生了很大的变化：一是新菌种的 １９７６ 年，Ｃａｒｌ． Ｒ． Ｗｏｅｓｅ 发现了一种新的生命———古菌，
些建议，以供各位临床微生物检验同行参考。
主要依据的遗传学分类法能反映菌种之间亲缘关系和自然
演化过程，且 １６Ｓ ｒＲＮＡ 基因由于存在于所有的原核生物中、
１ 细菌分类的发展历史
分子量大小适中、易于操作，逐渐成为细菌分类研究中重要
细菌的分类研究经历了一个漫长的历史阶段。细菌学 的分子标记。而细菌亲缘关系的研究在给细菌的分类和名
《临床检验杂志》青年编委简介：屈平华，广东省中医院／ 广州中医药大学第二附属医院副主任技 师，硕士研究生导师。《临床检验杂志》青年编委，《Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ》审稿专家。主要从事 临床微生物检验工作，擅长临床不常见菌鉴定和细菌分类研究，发现和命名了另弗朗西斯菌属 （Ａｌｌｏｆｒａｎｉｓｅｌｌａ）、假弗朗西斯菌属（Ｐｓｅｕｄｏｆｒａｎｉｓｅｌｌａ）、嗜半胱氨酸菌属（Ｃｙｓｔｅｉｎｐｈｉｌｕｍ）和挑剔杆菌科 （ ）等在内的多个新属新 Ｆａｓｔｉｄｉｏｓｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ 种。主持国家自然科学基金、广东省科技计划项目基 金、广州市科技计划重点项目和广东省教育厅育苗工程基金等课题多项。参编和参译了《伯杰系 统细菌学和古菌学手册》、１１ 版《临床微生物学手册》、《临床微生物检验问与答》第 ２ 版、《诊断微 生物学新技术》、《军团菌与军团菌病》和《临床微生物学检验技术》等临床微生物专著多部。
本课题组长期从事弗朗西斯菌的环境源调查研究先后与中山大学生命科学院合作发现和命名了另弗朗西斯菌属allofrancisella新属14假弗朗西斯菌属pseudofrancisella新属15以及邻近的挑剔杆菌科fastidiosibacteraceae新科等在内的多个新属新种1617此外还确定了多例弗朗西斯菌引起的临床感染病例如蜃楼弗朗西斯菌引起的血流感染18西班牙弗朗西斯菌引起的溺水性肺炎和血流感染19以及基尾虾刺伤有关的海岸嗜半胱氨酸菌cysteiniphilumlitorale感染暂未发表
·７７６·
临床检验杂志 年 月第 卷第 期 ， ， ， ２０１９ １０ ３７ １０ Ｃｈｉｎ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｌａｂ Ｓｃｉ Ｏｃｔ． ２０１９ Ｖｏｌ．３７ Ｎｏ．１０
： ＤＯＩ １０．１３６０２ ／ ｊ．ｃｎｋｉ．ｊｃｌｓ．２０１９．１０．１４
医学细菌的分类和菌种鉴定思考
·专题笔谈·
屈平华１，２，罗海敏１，张伟铮１，２，陈茶１，２（１． 广州中医药大学第二临床医学院，广州 ； ５１０００６ ２． 广东省中医院检 验科，广州 ） ５１０００６
分类学是一门对生物 的推动下，成立了一个组织委员会，目
通过收集大量的个体资料，经过科学的归纳、整理，使之形成 标是制定一个针对所有已知细菌进行分类的计划，并根据不
一个完整的分类系统。分类学包括分类（ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ）、命名 同的标准，如革兰染色、形态、菌落以及生化反应等，对所有
Ｒｏｂｅｒｔ Ｋｏｃｈ 证明了炭疽芽胞杆菌引起炭疽病的理论，并提出 氧的金黄色葡萄球菌厌氧亚种（Ｓ． ａｕｒｅｕｓ ｓｕｂｓｐ． ）、 ａｎａｅｒｏｂｉｕｓ
不同形态的病原菌必须归类为一个独立和稳定的种。１８８４ 解糖葡萄球菌（Ｓ． ）以及其 ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ 他一些绝对厌氧葡
年，丹麦细菌学家革兰发明了一种新的染色方法，并根据染 萄球菌株的临床感染报道 。在 ［２３］ 分子生物学技术出现之
色的着色情况将细菌分为革兰阳性菌和革兰阴性菌两大类。 前，解糖葡萄球菌长期被分类为解糖消化球菌（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
微生物研究史上的重要跨越是能够对微生物进行纯培 ）。 ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ
养。在纯培养基础上，细菌的一些生理生化特征（如革兰染 近年来，随着人类基因组计划的进行和后基因组计划的
不断出现，二是原有细菌被重新分类。本文在回顾细菌分类 并提出了“三域生命”学说，为现代生物分类奠定了基础。分
学历史的基础上，对细菌分类学和在临床微生物学应用中出 子生物学技术的应用，尤其是细菌亲缘关系的研究，使细菌
现的问题进行了思考，并对临床微生物的细菌鉴定提出了一 的分类研究发生了质的飞跃。以核糖体 ＲＮＡ 基因编目法为
起源于显微镜的发明。在 １６８３ 年，荷兰科学家虎克发明了 称带来巨大变化的同时［１］，也让人们更多地认识到细菌的生
显微镜，并最先观察到细菌。最初，人们根据显微镜的镜下 物多样性。例如，葡萄球属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）通常认为是一种
形态，将细菌分为球菌、杆菌和螺旋菌等三大类。１８７６ 年， 兼性厌氧菌，在有氧条件下生长快而丰盛，但也存在绝对厌
色、对氧气的需求、氧化酶、触酶、动力、糖类发酵、糖类同化 进一步实施，基因组测序技术不断进步且成本逐渐降低，已
实验等）逐渐成为细菌分类的重要依据。１９１０—１９２０ 年，在 测序全基因组菌种的数量快速增长，这使细菌在基因组水平
基金项目：广东省普通高校特色创新项目（２０１８ＫＴＳＣＸ０４２）；广东省科技计划项目（２０１７Ａ０２０２１５０６８）。 作者简介：屈平华，１９７９ 年生，男，副主任技师，硕士研究生导师，主要从事临床微生物检验和细菌分类研究。