DNA序列多态性

Biotin
T T T T TTTTTTTTTTTT T
PROBE
Examples:
Probe Specifications:
1 2 3 4 C 1.1 12-14 1.3 All but 1.3
AMPLIFIED DNA
IMMOBOLIZED ASO PROBE NYLON MEMBRANE
DQA type
PCR－SSCP法具有能快速、灵敏地检测有 无点突变或多态性的优点，但如欲阐明突 变的碱基性质，则需作序列分析。
PCR扩增
PCR-SSCP
快速复性 单链构象形成
电泳，分析
PCRSSCP
Structure of Maldi-TOF
Laser Sample
Linear Reflector
Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation
RFLP
§3 PCR-RFLP
RFLP反映了常见的个体间DNA核苷酸的可 遗传性变异，它按照孟德尔方式遗传。
RFLP可用Southern印迹杂交法检出。
§3 PCR-RFLP
PCR与RELP相结合
A/O
CACCCCGGCTTCT
B
CACCCCAGCTTCTAl I§4 MVR 特点：既有长度差异，又有序列差异
对特定碱基（或特定类 型的碱基）进行化学修饰 修饰碱基从糖环上脱落 修饰碱基5’和3’的磷酸 二酯链断裂
Protein-DNA
Sanger
Born August 13th, 1918 in Rendcombe, Gloucestershire. His father (also Frederick Sanger), was a medical doctor who inspired his son to persue biology. Ph.D. in biochemistry during the war on lysine metabolism.
串联重复 重复序列中存在点突变 以重复序列设计序列特异性引物
AGTCAACGT TCAGTTGCA
AGTCAACGT AGTCAACGT TCAGTTGCA
CGTCAACGT GCAGTTGCA
CGTCAACGT A GTCAACGT G CAGTTGCA
PCR-SSCP
用SSCP法检查基因突变时，通常在疑有突 变的DNA片段附近设计一对引物进行PCR 扩增，然后将扩增物用甲酰胺等变性，并 在聚丙烯酰胺凝胶中电泳，突变所引起的 DNA构象差异将表现为电泳带位置的差 异，从而可据之作出诊断。
§1 等位基因特异性探针杂交技术
基本原理： 核酸分子杂交反应
PCR-ASO探针杂交
针对序列多态等位基因序列设计特异性探针 PCR扩增各等位基因 ASO探针与PCR产物杂交反应 洗去未结合/结合不牢固的非特异性探针 检测标记物是否存在
分类 正向杂交
固定PCR产物；标记探针 反向杂交
固定探针；标记PCR产物－－DNA芯 片技术
PCR-ASO
-A-G-T-A-C-C-G-T-A-T-T-C-G-A-A-C-G-T-G-C-C-A-G-T-G-C-C-G-T-A-T-T-C-G-A-A-C-G-T-G-C-C-
-A-G-T-A-C-C-G-T-A-T-T-C-G-A-A-C-G-T-G-C-C-A-G-T-A-C-C-G-T-A-T-T-C-G-A-A-C-G-A-G-C-C-
遗传 遗传
变异
亲子关系、个体识别 差异（突变）
多态性（个体间差异）
§1 DNA测序及多态分析
什么是测序 对DNA分子一级结构的分析----A T C G的排列 Sanger双脱氧核苷酸链终止法（1977）
循环测序 Maxam化学降解法（1977）
自动测序
测序基本原理和技术
Maxam化学 降解法
2, 3
*Allele-Specific Oligonucleotide
1.1,3
§3 PCR-RFLP
由于碱基的变异可能导致酶切点的消失或新的切 点出现，从而引起不同个体在用同一限制酶切 时，DNA片段长度出现差异，这种由于内切酶切 点变化所导致的DNA片段长度的差异，称为限制 性片段长度多态性（restriction fragment length polymporphism, RFLP）。
MCP
Photomulti -plier
MALDI-TOF
DHPLC
In 1943, Sanger developed a method of sequencing amino acids, and deduced the complete sequence of insulin. Nobel Prize for Chemistry in 1958. "for his work on the structure of proteins, especially that of insulin"
DNA序列多态性
张霁
内容
序列多态性的基本概念 序列多态性产生的机理 几种序列多态分析技术及基本原理 序列多态在法医学中的意义
总论
什么是序列多态 特定基因座上的碱基序列差异，是不同个体间本质的遗
传差异。 AGGCTTGCACTGAGTCTT AGGCCTGCACTAAGTCTT
The Generation of a Dot Blot for Typing Using Immobilized ASO* Probes (“Erlich” System)
COLORLESS SUBSTRATE
COLORED PRECIPITATE
DYE
HRP
SA
STREPTAVIDIN-HRP_ ENZYME CONJUGATE
测序基本原理和技术
双脱氧核苷酸 链终止法
测序基本原理和技术
循环测序
链终止法
4个反应管
同位素标记 标记dNTP 55℃ 30min 四道凝胶电泳 X光胶片 人工读片
比较
循环测序
4个反应管
同位素标记 标记引物 PCR循环 四道凝胶电泳 X光胶片 人工读片
自动测序
1个反应管
荧光标记 标记ddNTP PCR循环 单道凝胶/毛细管电泳 激光荧光检测 计算机自动分析
In 1962, he became facinated by nucleic acids and used earlier developments as the foundation of the Sanger sequencing method. 2nd Nobel Prize for Chemistry in 1980. "For their contributions concerning the determination of base sequences in nucleic acids"