岛津数据处理软件GC-MS剖析

标记在色谱峰顶端的信息，有用的有： ID # ：在注册化合物时可从峰ID了解已注册的色谱峰，避免重复注册或漏注册的情况 RT：显示保留时间 Area/ Height：显示峰面积/峰高，简单手动积分时可通过该选项快速查看峰面积/峰高
谱图平滑
注意：谱图平滑会造成一定程度的失真，可以正常进行数据处理的 谱图不必进行平滑，谱图平滑仅限于噪音极其严重已影响到正常数 据处理的情况！！
方法检出限计算
1）当方法检出限定义为5（或10）倍信噪比时可检测的化合物浓度 时，按上述方法计算出目标物的信噪比后，按以下公式求算方法检 出限： 一定样品量下的方法检出限=(S/N)*5*进样量/样品质量 2）当方法检出限定义为方法空白均值+3倍标准偏差（3 SD）时， 与信噪比计算无关，直接将 检出限=方法空白均值+3 SD 折算到样品质量或脂肪含量里即可 计算时注意内标校正和单位转换！！！
谱图比较
可通过输入质量数进行 总离子） 进行上下/左右拉伸以及 上下/左右平移：在样品 与标样有错位时便于比 较 左键双击此空白处可使 下方质谱图显示/不显示
1）切换工作界面至“数据比较data comparison” 2）从数据浏览窗口打开要比较的谱图
5、自动积分后再对每个化合物 进行手动积分，操作为： 1）色谱图中空白处右键“手动 积分” 2）左键选中峰起始处，拖拽至 终结处，松开左键，弹出右图对 话框 3）通常选用水平基线，确定即 完成手动积分
基线类型：起始点间连接 线/水平线/新建基线
可直观看出目标物浓度在 标线中处于什么位置，若 超出线性范围很多，则应 考虑稀释样品，否则定量 不准确
索引
• 数据分析界面简介（第2-6页） • 内标法定量
– 建立校正曲线（第7-15页） – 样品定量（第16-18页）
• 一些常用功能
– – – – – – 信噪比计算（第19、20页） 谱图比较（第21页） 谱图复制（第22、23页） 谱图平滑、重绘（第24-27页） 手动积分（第28、29页） 背景扣除（第30、31页）
数据分析界面 之 质谱窗口 将鼠标移动到某个离子碎片上可看到 该碎片的相对丰度及响应
右键快捷菜单常用功能介绍： 1) Zoom系列：质谱图局部放大/撤销上一步放大及初始化 2) Copy：将视图复制到剪贴板（包括窗口内显示的所有信息，具体见“谱图复 制” ） 3) Regist：建立化合物列表注册时用 4) Properties:视图显示内容的选择（包括颜色、网格线、图例说明等），在复 制、导出谱图时很有用！
建立校正曲线
1、在数据分析（Data Analysis）窗口下打开一个中等浓度 的标样文件 2、左边栏快捷菜单Create compound table（若无，则点击 Top至看到），窗口版面会有所改变
3、鼠标左键拖动，局部放大某个色谱峰，对准谱峰中心双击，则在质谱 窗口显示该峰质谱图。 4、质谱图空白处右键单击，选中快捷菜单“Regist to spectrum process table”，完成对该化合物的注册 5、按纸质版标准谱图上的顺序，依次完成所有目标化合物的注册
总色谱图 （总离子流， 无分组） 分组色谱图 （包括各单 扫离子色谱 曲线，不同 颜色表示）
6、保存化合物列表：save compound table，注意选择合适的路径另存为 一个标准曲线的文件名，不要覆盖了原进样程序的文件名。每完成一个步 骤最好都保存一下，以免数据丢失
保存化合物列表
7、建立完整化合物列表
曲线拟合方式，默认 为线性，一般不改
浓度表达格式： 十进制decimal， 有效数字 significant figure。 框内数字为相应 位数
是否加权，一般不需要
曲线是否强制过零 （一般不强制，梯度 少于3个可考虑强制）
以默认即可，不必改动
按实际浓度梯度键入数值
默认MC即可，TIC为总离子流
参考离子数目，即协助定 性的离子数，一般为1即可 内标浓度
8、进入校正曲线窗口，打开已保存的方法文件，进行下一步操作
Edit状态下设置化合物相应的内标归属。 注意检查浓度梯度是否如实填写，特别 是回收率指示物的浓度
左侧浏览窗口切换到数据文件 浏览模式，分别将各个浓度梯 度的数据文件拖到相应level下
点击辅助菜单栏中积分按 钮对所有数据文件进行自 动积分
• 色谱峰的识别（第32-33页）
数据分析界面简介
色谱窗口
质谱窗口
定量窗口
辅助工具栏 数据浏览
工作界面切换，包括数据分 析，校正曲线，数据比较， 批处理等
数据分析界面 之 数据浏览
选择文件路径
预览窗口：可通过浏 览窗口右键快捷菜单 （如右图）Data Preview实现切换 （显示/不显示）
依次为：数据文件、方法文件、报告文件、批处理文件、所有文件目录
(c)
(b)
色谱峰的识别
如何认峰？
•自动积分识别的峰可能出错，特别是基质复杂时，因此有必要对人工识别色谱峰。 •基本原则：经过谱图比较后与标样重叠良好，则认为该峰为目标化合物。 •特征离子的选择：NCI源检测离子相对单一，谱图比较时可用总离子图（TIC）进行 比较；但EI源检测离子复杂，为免错认峰，推荐使用单一特征离子进行比对（特征离 子在纸质版的标样谱图上均已给出） •实际样品错位：一些基质复杂的样品的色谱峰与标样比较可能发生错位现象。此时 应首先关注离目标物最近的内标物的保留时间与标样中内标保留时间的差别，并以此 为参照认峰（即若样品的内标与标样偏差在+0.1min，则样品中与相应目标物偏差在 +0.1min左右的峰为目标物，偏差过大一般不认）。下图为示例 标样 (a) (b) 样品 图a为内标，图b为目标物；样品 偏差在-0.05min左右，若样品在 正偏差（+）处有峰，则不认为是 目标物。
打开数据文件，平滑前谱图局部如下图所示：
平滑后：
点击快捷菜单栏Qualitative Parameters（图a）或辅助工具栏Qualitative下峰 积分选项（图b）
（a）
（b）
Smoothing method: standard标准 平滑次数：2-3次，不宜太多，否则失 真太厉害 平滑峰宽：1秒即可
谱图复制
在任一窗口右键菜单中“copy”均可用于复制该窗口显示内容至剪贴板，显示内 容的所有属性均可在相应菜单的“properties”选项中设置。有兴趣可以一项一项 的试O(∩_∩)O~
背景横纵坐标显示选项 前两个为视图右方放大按钮及Y轴滚动按钮，最后一个为特征离子标签 视图右上方关于色谱峰一些信息的显示
进行信噪比计算的化合物的特征离子
上行：目标化合物色谱峰起 始时间 下行：目标物附近一段基线 的起始时间
3)确定后对话框中S/N Ratio即为所选色谱峰的信噪比
仪器检出限计算
1）打开最低浓度标样，其浓度假设为S 2）根据前述方法计算目标物信噪比，设为N 3）设仪器检出限定义为3倍信噪比时可检测的化合物浓度，则 一定进样量下化合物的仪器检出限=(S/N)*3 计算时注意单位转换！！！
对质谱图右键，选择“Mass Table”
复制后粘贴到excel中，即可将所需数据 拷入到作图软件中作图
手动积分
1）将要积分的色谱峰局部放大 2）“Qualitative定性”菜单下“Manual Peak Intergrate手动积 分”，并选择要进行积分的离子（左下图） 3）按照“样品定量”中手动积分的操作对目标色谱峰进行积分并 选择基线类型(图a) 4）积分效果如图b
(a)
（b）
5）色谱窗口空白处右键菜单选择“Show Qualitative Table显示定 性表格”可查看积分结果
保留时间，色谱峰起始时间
峰面积
按特征离子显 示积分结果
背景扣除
常用于全扫模式对化合物的定性，可通过扣除杂质质谱，使得目标物质 谱图更清晰。在单扫模式下一般用处不大。
单点背景扣除： 1）将要扣背景的色谱峰放大，左键双击峰顶获得该峰色谱图a 2）右键菜单Subtract Spectrum或快捷菜单栏单点扣除功能（图c） 3）左键双击色谱峰附 近某一点基线，则扣 除该点质谱图，得到 扣除背景后的目标峰 质谱图b
化合物列表向 导（新建）
单击“下一步”
注意检查数目是否与目 标物相同，若否，参考 “特殊情况处理”
第三个（3/7）对话框中 可删除不需要的化合物， 继续“下一步”进入基 本参数设定（4/7）
定量方法，默认为内标法。外标法为 external standard
计量单位 峰面积（area）或 峰高（height）定量 浓度梯度数目
(a)
(c)
(b)
一段基线背景扣除： 1）将要扣背景的色谱峰放大，左键双击峰顶获得该峰色谱图a 2）右键菜单Subtract Averaged Spectrum或快捷菜单栏扣除平均质谱功 能（图c） 3）左键拖曳选中色谱峰附近某一段基线，则扣除该段基线的平均质谱，得 到扣除背景后的目标峰质谱图b
(a)
谱图绘制
1. 打开要绘制谱图的数据文件 2. 在“File”菜单下选择“Export Data”
输出为txt文件， 课在此选择其存 放位置 输出TIC或者 MIC色谱图 输出所有单个离 子的色谱图
然后将txt文件导入excel中， 再从excel拷入作图软件中作 图即可
质谱图的绘制可用如下方法：
至此，完成标准曲线建立！！
样品定量
1、在数据分析data analysis窗口下打开一个样品数据文件 2、辅助菜单中选中定量分析Quantitative 3、辅助菜单中加载定量方法： 选择之前建立的校正曲线方 法 4、辅助菜单中选中峰积分， 一般参数无需调整，确定即 可
若样品与标样比较错位的程度超出默认 保留时间偏差以致目标物无法定量，可 设置此处调整定量时间窗口大小
内标化合物没有标线图
R值大于0.999，R^2值0.99以上即可
对每个化合物都先进行Multi的手动积 分（色谱图空白处右键快捷菜单）， 再逐个浓度检查是否正确积分（切换 到Single界面），并根据线性情况调 整积分。 时刻注意保存！！！
积分结果显示。如果线性（R值）在调 整积分后仍不理想，可根据实际情况 选择适用的浓度梯度 单个浓度single/多浓度叠加multi色谱 图切换按钮
数据分析界面 之 定量窗口
Param’s窗口Edit状态可 对化合物列表各参数进行 编辑；返回View状态确定 （具体见“建立校正曲 线”） Results窗口可查看定量 结果（具体见“样品定 量”）
右键快捷菜单常用功能介绍： 1) Zoom系列：谱图局部放大/撤销上一步放大及初始化 2) Copy：将视图复制到剪贴板（包括窗口内显示的所有信息，具体见“谱图复 制” ） 3) Manual Peak Integrate：手动积分（具体见“样品定量”） 4) Display Setting & Properties:视图显示内容的选择（包括色谱峰各种属性、 网格线、图例说明等），在复制、导出谱图时很有用！
输入化合物名称
点击“下一步”完成化合物列表设置。注意保存！！
另外，在定量窗口右侧可在edit状态下对化合物所有参数进行手动设置，效果 与之前所述相同。建立标线过程出现1）某数据文件中已有部分化合物列表；或 2）注册化合物过程重复注册或漏注册，均可通过手动设置化合物参数修正。编 辑完成需回复到view状态，才能保存。
6、将视图右下方窗口切换至“result”状态可查看定量结果（Conc.）。从表 格中复制数据与excel类似，选中后右键快捷菜单有copy选项。注意有时内标 浓度为1，计算时注意折算成实际检出浓度。
至此，完成样品定量分析！
信噪比计算
1）打开数据文件，选择“工具-计算信噪比” 2）选择“S/N Calc.”下参数设定Parameter，在下 图对话框输入相应参数
对质谱图右键选择masstable复制后粘贴到excel中即可将所需数据拷入到作图软件中作图文档资料手动积分1将要积分的色谱峰局部放大2qualitative定性菜单下manualpeakintergrate手动积分并选择要进行积分的离子左下图3按照样品定量中手动积分的操作对目标色谱峰进行积分并选择基线类型图a4积分效果如图bab文档资料5色谱窗口空白处右键菜单选择showqualitativetable显示定性表格可查看积分结果保留时间色谱峰起始时间峰面积按特征离子显示积分结果文档资料背景扣除常用于全扫模式对化合物的定性可通过扣除杂质质谱使得目标物质谱图更清晰
质量数（m/z）小数位数： 必须与进样方法中设定的 一致，否则可能导致自动 积分找不到相应离子
按照纸质版谱图依次为已注册的化合物设定名称及定量（参考）离子
上下翻动选择要设定参数 的离子，ID号按照注册先 后排序 Type栏下拉菜单可分别选择 相应离子为目标离子、参考 离子或不使用该离子定量
若化合物为内标， 则下拉菜单选择 ISTD，其余均为 Target（包括回收 率指示物）
数据分析界面 之 色谱窗口
Display SettingSample Information
右键快捷菜单常用功能介绍： 1) Fragment Table：根据需要选择只显示部分检测离子的流出曲线（MIC） 2) Display Setting：TIC与MIC两个窗口的显示比例调整 3) Zoom系列：谱图局部放大/撤销上一步放大及初始化 4) Copy：将视图复制到剪贴板（具体见“谱图复制”） 5) Properties:色谱视图显示内容的选择（包括流出线的颜色等），在复制、导 出色谱图时很有用！