基因DNA序列BLAST及系统发育树构建操作步骤

基因DNA序列BLAST及系统发育树构建操作步骤
基因DNA序列BLAST及系统发育树构建操作步骤
1、输⼊“/doc/5ce2744c3a3567ec102de2bd960590c69ec3d8e8.html ”⽹址。

得到：图1
2、单击nucleotide blast
图1
3、得到新页⾯：图2
4、复制粘贴测序公司提供的DNA序列到blastn窗⼝
5、勾选“结果显⽰在新窗⼝”，单击“blast”
图
2
6、得到新窗⼝：图3
图3
7、下拉页⾯，如：图4
8、选择Accession下的基因编码。

⼊选第⼀个“HQ711983.1”
图4
9、得到新窗⼝如：图5
10、单击FASTA
图5
11、得到如：图6
12、复制菌株种名跟16SrDNA序列，并粘贴到“.txt”⽂件中
图6
13、新建“.txt”⽂件，如：图7
14、把测序菌株16SrDNA序列和选取blast所得的匹配度⾼的菌株16SrDNA序列粘贴在“.txt”⽂件下，在菌株种名前加“>”，每个序列后空⼀⾏
图7
15、复制“.txt”⽂件，改“.txt”⽂件为“.fasta”⽂件，如：图8
图8
16、⽤MEGA 4.0.2软件打开“.fasta”⽂件，如：图9
17、单击Alignment⾥的Alinment Explorel/CLUSAC，如：图10
18、单击Alignment⾥的Align by clustalW，如：图11
19、在弹出窗⼝中单击OK，如：图12
图12 19、在弹出窗⼝中单击OK，如：图13
图13 20、等待数据运算，如：图14
图14
21、运算结束，关闭当前窗⼝。

如：图15
22、在弹出的第⼀个窗⼝单击NO
图15 23、在弹出的第⼀个窗⼝单击YES，如：图16
图16
24、将⽂件以“.meg”格式保存，如：图17
图17
25、关闭其余窗⼝，打开刚刚保存的“.meg”⽂件，如：图18
图18
26、选择phyloeny下的Bootsteap Test of phylogeng下的Neighbor-Joining...,如：图19
图19
27、在弹出窗⼝单击Compulte，如：图20
图20
28、单击树状图，得到系统发育树，建议截图保存，如：图21
图21。