化学信息学Cheminformatics2版(邵学广,蔡文生编著)思维导图
化学信息学(第二版)Ch7
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Cromakalim合成路线设计(case4)
常用化学事实数据库
CrossFile Beilstein/Gmelin 的使用
NIST Chemistry WebBook 科学搜索引擎 SCIRUS 科学搜索引擎 Google 学术版
CrossFire Beilstein 数据库
Beilstein 是最全面的有机化学数值和事实数据库。它收 录全面的物质信息、反应信息和文献信息。 物质信息：900多万种包含了结构和参考文献的化合物 信息；数以千万条相关的化学性质和生物活性信息，其 中包括了药理学、环境病毒学、转移、分布及最终结果 等一系列数据。 反应信息：1000多万种可供检索的化学反应信息；制备 物质所需的详细资料以及特定的反应途径。 文献信息：200多万条参考资料；超过80万条摘要和题 目，根据1980年以来的主要的有机化学文献进行索引。
化学信息学(第二版)Ch2
2020/12/19
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期刊和论文的分类
• 周刊 • 旬刊 • 半月刊 • 月刊 • 双月刊 • 季刊 • 半年刊 • 不定期刊物
• 学报（Acta） • 汇刊（Transaction） • 会志（Journal） • 快报（Letter） • 通讯（Communication） • 通报（Bulletin）
• 手册：有两种类型的手册，一种是专门收集各种实验数 据、物品的性质和用途等，通过整理和分类，用表格形 式编成的工具书；另一种是总结性概述有关学科的全部 知识的大型手册。
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二、专著和大全
大型参考书是综合某项科学技术领域的所有有关资 料，编成有系统的大型读物，由于篇幅很大，少则几卷， 多则几十卷，一般由一、二人主编，并聘请许多专家，汇 集有关的各种文献，分别执笔写成。大型参考书在某些方 面和综合论文相似，但它具有更全面、更系统、更详尽的 特点，比较易于阅读。查阅时不必将其全部阅读，而是专 门查阅其中某些章节或某一问题的论述，从而掌握有关问 题的大概情况及其发展。读者可以用大型参考书作为掌握 某一问题的基本文献的出发点，若欲进一步深入研究，则 可按文中所引参考文献，选择其最重要的进行阅读。
• 工具书：字典、词汇、辞典、手册、年鉴、百科全书等统 称为工具书或参考工具书，这类书按照特定的编排方式。 例如：用字、页、主题、分类等方式有系统地组织材料， 使读者能迅速、简便地查到某方面的知识或数据。
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一、工具书
• 字典、辞典、百科全书：字典用于解释文字的意义和正 确的拼音和书写。辞典用于对专业名词、术语、概念、 符号、略语以及商品名称等给予较清楚的解释。百科全 书的特点是内容全面且深入浅出，其编写的宗旨是向非 某专业人员普及专业的知识，撰写人一般都是较著名的 专家和权威，具有科学性和易懂性。
人教版化学必修二 思维导图 含答案
化学·必修2(人教版)1．下列有关乙醇的物理性质的应用中不正确的是( )A．由于乙醇的密度比水小，所以乙醇中的水可以通过分液的方法除去B．由于乙醇能够溶解很多有机物和无机物，所以可用乙醇提取中药的有效成分C．由于乙醇能够以任意比溶解于水，所以酒厂可以勾兑各种浓度的酒D．由于乙醇容易挥发，所以才有熟语“酒香不怕巷子深”的说法答案:A2．下列关于乙醇结构方面的说法中正确的是( )A．乙醇结构中有－OH，所以乙醇溶解于水，可以电离出OH－而显碱性B．乙醇与乙酸反应生成乙酸乙酯，所以乙醇显碱性C．乙醇与钠反应可以产生氢气，所以乙醇显酸性D．乙醇与钠反应非常平缓，所以乙醇羟基上的氢原子不如水中的氢原子活泼答案:D3．乙酸的结构简式是CH3COOH，其官能团是( )A．－CH3B．－HC．－OHD．－COOH答案:D4．下列物质能够使紫色石蕊试液变色的是( )A．甲烷B．乙醇C．乙酸D．苯答案:C5．(双选题)关于冰醋酸的说法中正确的是( )A．冰醋酸是冰和醋酸的混合物B．冰醋酸是纯净的乙酸C．冰醋酸是无色无味的液体D．冰醋酸易溶解于水和乙醇答案:BD6．(双选题)能够用来鉴别乙醇、乙酸和苯的物质( )A．碳酸氢钠溶液B．氢氧化钠溶液C．水D．紫色石蕊试液答案:AD7．(双选题)水是一种廉价而且非常有用的试剂，下列用水就能鉴别的一组物质是( )A．苯、乙酸、四氯化碳B．苯、乙醇、四氯化碳C．硝基苯、乙醇、四氯化碳D．硝基苯、乙醇、乙酸答案:AB8．有A、B、C、D、E、F6种有机物，它们是烃或者烃的衍生物，在一定的条件下可以有下图的转化关系：A可以氧化生成D，A的气体与相同条件下的一氧化碳的密度相同，B与氢氧化钠溶液共同煮沸可以得到物质C和无机盐G，在G的溶液中加入硝酸酸化，再加入硝酸银溶液有淡黄色沉淀产生，试推断各物质，写出其化学式：A：________；B：________；C：________；D：________；E：________；F：________；G：________。
化学信息学概论
Chemical Informatics
第一章 化学信息学概论
2、获取化学信息的途径
1、化学化工文献检索 2、实验测量、查阅数据或图谱、数据处理 3、计算机模拟/计算机仿真，
根据已有化学知识和物理定理，通过计 算机推演、大规模计算、预测或再现化 学结构、化学性质和化学过程
Chemical Informatics
所以目前在起作用（为人类服务和为非作歹）的分 子和化合物不到0.05% ，而其中有突出贡献的更不到 0.001% 。99.9%以上的分子深藏在文献库中。
Chemical Informatics
第一章 化学信息学概论
化学信息学是近几年来发展起来的新的 化学分支。
迄今为止，化学信息学还没有统一的被 广泛接受的定义及英文名称。目前最通 用的为Chemoinformatics及Chemical Informatics。也有用 Cheminformatics,Chemi-informatics。
越来越多的数据库也提供了数据库内相关检索的
功能，例如：Scirus、Wiley InterScience、 Scitation、CA on CD和中国期刊网等。
Chemical Informatics
第一章 化学信息学概论
信息检索的方法和步骤
相关法一般是检索数据库自带的功能， 用户要充分了解和利用数据库所提供的 功能，充分发挥数据库的效益，以取得 更好的检索效果。相关法不失为一种扩 大检索范围的好方法，充分利用相关法， 可大大地减少漏检率。
利用检索工具 通过实验方法 ... …
化学信息的表达、存储和管理
化学运筹学 数据整理可视化 数据库管理技术 ... ...
Chemical Informatics
化学信息学2-3
Creating the Structure of Dodecahedrane （十二面烷）
Drawing a Reaction Scheme
Generate Name for Structure
吡啶
Calculating Reaction Data
C25H23N2O4 415.1658 Da
Structure模式下：
＝与≡
Changing the Atom
to standardize all the bond lengths and angles (2D optimization )
O NH2
Drawing More Complex Structures：
1. Using the Table of Radicals
由 Advanced Chemistry Development 公司开发 可在其网站上免费下载： /download/chemsk.html
ChemSketch 分子编辑软件的主要功能：
a. 对结构进行自由价检查，自动使每个原子的氢原 子达到饱和；
b. 计算或估算分子的一些性质：经验分子式、IUPAC 名称、分子量、成分百分比，摩尔折射率、折光系 数、密度、等张比容、介电常数、极化率等；
7. Generating Structures from SMILES LN c1ccccc1
c1cccc2Cc3ccccc3c12
C1CCC2CCCC3CCCC1C23
c(c1cncc(C(=O)O)c1)2cnc3cc(O)c(OC)cc3c(O)2
N
OH
CH3
O
O
OH
N
OH
8、3D-Optimization
高中化学必修2思维导图(Word版)
j^E0&主箕LA^'J UA 7心智图:元隶周期表化学（宓修2第1毫）B-DBITB-VDB却_畑飞之VUB ・£I B元寒周期表園实元養H J Jgg4 BEBgg月醫能尢氧记性1出4耳= 2HR黑飙率均Hz.Cl z*3£i*2HCl=^3HBrd 2H1加帝浅园性T氢忧唸占/菇"云lfiW* -----------JL-L -------------------------- 1--------------------------------------------嘖子；蘇毛祛敷=予極II II匾子羯乂磁外毘减远蛊子；贡亍超-R尿走数阴吏子:质子数十所駅珈敷闫匱匪同唱子层热毛子言就原子博助层塔洗曰4Li g总壘血口辰比整IP『（辟鹿乞特4N3*0；-2N士O乞任盹3N A+◎』=N4I O Z d±2牝拔）2Na^ 2HjO = 2NaOH + 泊寸2K^2HrO = 2KOH*HjT军白为屉卜厂◎H 原子子站斎武核电荷參堵勺打同誨牟宣走文元拱 元青哥朝潼叱学强心皆暨；元袞周期律化学锂化学（必悸2第1童）隔吉寿于乍毛力丑□r 贸性原子克:”空王咗托丄，屋_裁勻同N 「鳏论伽皐牛旳 fflMa 力酋WHHS 胡転占步輕理性质焉响舷性广莊匪辜議羸物廣寻找启发 fc ---- « J -------- 1 備/_■ : 兀魁隹凰不意圏宣口同匱或广—-电子昨叭 西石策子捋嵩!匚二—.它三玄塔二一 尉卜聽亍竝司"L]同主察桓同吾丢性晅子字效1一 E助层里孑救WL內吾+ ]r 4化台•'介医匪敷斗_原于半径暑13个V 电子敷 r ~《葩.塀呈苣之鱼寻梅心音圍：代学反应与能星 化宝（必修2第2章】•佶能与捣詬rs乏卫奉r wr 化学反应与蕃量学能与邑聽原电池丈A連□決：毛子不下取；禹子不上岸 爾垃匣©謹:如正还 禅池B 進謹:色過艺虽大割吏良应複门f *・严 「・r ・严厂 -----------------------------------'.叱円頁衣豈尺矽淞亶『圭豌牛1甘厂 —’ L -------- 卑检吁间 」H_U 便垦删浏严nnoi/(L-5) .袤云mol/CL-min ；j^B8y ― ----- --------il-t > Q 晅护•反应AH -Q L - Q /------------- ------------二” < D 京註乏二2）^册舷匝T 辭「 疋反帆_—TTA RB3®C T亦Yu 原电乜电輕罢甞近正視2屮f -H :T対E Zn ■ 2e- -Zn^ 靱云 rn ^ZH 1 -Zn 1- + HrT住期殺:Cu'- +Je- =Cu卿：2HK>-4e =O ；t*4H^总豈・M ： ^Cu-^^H^O =£M ^Cu-0s r-H4H- 平衡丽珈師:直更标衣①¥丘-唾 g ■各柜琳室聞不娈 闻按耗：◎::总合住翌、总£3糕、总需底的垦科SB?阎的适毒恋 更②互处師空度或平垢相灯舒质星不墮冇间适而迪* 卷台休的廉色不輔时问应莊而逝 言瘻蘇任何时聞戒立：叵捷标志墓孤住趣恵呵竇⑥融侪电I® 达平斬也就是.交星不更砖池巨二二乂若乜冋更屋池裝餐老能-化我云皿二吨子兰垢tuSG-高中化学必修2思维导图（Word 版）心智囹:眉简单的有机物-甲烷昨（必想2第3韋）C-C 柜唾fe5a P=fl.717j/L j正匸荀W 空可希 同茎X 崔海唇■;…*时取1换代r ~\^TSC.H. + 心 愈” 0 4- 3H E O 匸丸事XiSM 不同强分辰茗体优■曲同分毛同廿予式 CH 4+CI J ^ fH^Cb 十 Cb CHClj + CL 庄整nci-bCHzCi 伺部麻那那卫斗Hd + CH^LCW 机君判】 t 呈邑nci 十匚HCM 氮访］制聞） -^£>HCI * <XL （四氣化瑕・灭火剂「有机海册Ik 上亦确皤申不竝 最简单的有WMir 甲烷 砂二样 冒英粗區 碍同元索 H-C -HH具一烷ZT 端 （T 烷两科同分吳梅樹 道式匚“甩“沁nn c;比曲+』$lq 逑+3丰1）円Q 前離点T兰一股一直T遇性俸取亡卜卯工+dj［垂诸中不证M ：曰C^HiiJ^^CiHis-CiH^儘行子氏毎H 可以裂代谀朗4 乎6CO j + 3H;a火皓明亮「有、：T黒奉色代亦岫取代壽---------------------------------------―—1 + HO-NO；■| J（m^M）加.成PJ不迂奎KMnQ.逗化雅0+HO-SOjH-20住旳一^0 环己做加5皈劇平輕SOsH+H：OKMnOi 逐鱼80.代躍海蜒鱼KMnO*JH亦于萼 6 竝-nCO2 +伯幻垃威22磁c=c乙値来自石油和煤的两种基本化工嗣屁辱杓疾I 石fruk'MX低行于一壹分子■* -C-C-加虑反应一―.至使一皿CjFL + 3Oj 磁.JCOj + 2HjO（>d® 瞻・SSJ®CH；・ CH； * HCI - CHjCH^I （制気乙境CHi-CHj：+Br：- <H：BrChr8r f涙水歸iM = £H= + KQ +詈姿_■• *3山T戲乙對胃嗓加庄水平SMK丁 CHj=CH7+ HZ Ni> CHjCHi汽,Cl-I；-}? （MSJE®心智閏：来自石油和淇的两种基車化工恵料化学（魁修2第』章）nCHi = CHi乙晞聊匸或反应和肚聚豆应驴主KWrO-tISfigj CHjOII，——CHjY — H -H —O — I M 5 ：—- 乙蒔 一—严军葢牛甘H 俎 右H 艇换□II-匚Hi —C —C^Czhii +HjO乙薛己塞拡取弋堆汩£连世疑中HCHXOOHOCHjCHrOH + SOj最基—COOH乙辱I 匯基—CHOI 赵—NO ： r-la<Ot * 2CI~liCOO H=2C HjCOONa + CO ：1 + HQ 霁鞍幡称Ch J €OOH>H ；CO=■■工盏穗、竺唾吵釉［L17贰沸蛊才吏虹炬石笈旦醴可 口M — 廿 _— _ ir^ja_»_^jL-rr~n g5i llCH J C-OHP<HjO *握址哥 亡u 或Aq 眈理性■鱼ZCHjCHfQH + Qj —— iCHsCHC+ZHjO 朋弓吃渦盡 门忙、"552 HH 7CHX>H+2lMa — JtHjCHiONa^MjT -舅ii 发 平屢IN 可质应 心宵團：生活中两种常见前有阴化学（凶02第垣）生活中两种常见的右翊滋H£6匪奩X.墓怛恫右智團；基本营养物庾此学（必修2第月章）I Q097僚蛋兰更麦芽请疥砖唐聲芝C<脂册憨BTF竝存在q脣9S IT（SkoCUh 亠riH£坐炮淀粉｛或肝進襄）变黄疑雋打毛唳廉克蛊曲旨肪竝■c=cW匪匚计七Qx + H卫涅赫吏莓曲^±/—出薜歸病基本营舷质在■輛飪sq + GHq苇萄睹寻雀nQHizOt野華密比淒S+E<TX M作用内匪阳H退里議窘丈.... ............. <...... 1SS柞用］「加1u tt——忒.圣丁盘W*・，3*™ ■-=--———S ____有參二::匚热m髯杏活洩全寻-冒环令壬■聯戟术込4毎方旬裁禺伍廿4------- J潯水缺膏理幵再匚利用翠全原矿沏的幵勵」用右冒聞；开发^用金廣矿物和画水熒再化学（必惶2 S4M）毎水j籃利巨區海水如這源的开发利用、沖口列益臺csra , ■I~^^41薊鬭垦金黒览驾金畧資通.—盍于沁愛TS 咖査成本海水水誑浪利用m LixlOfl37%«ffi球环星>妁&_飞金寓飾?HgO 5^； 2Hg * C J F酣肿4Ag + Oil■- gF^Of * 3C0 2F* -H 3C0;(髙啡轶｝阻J6*氛I臺墨2宅+ Al工id答心彬:？fuiS + Oz=^r Xu 亠50二叹1 去聞］Fe 十Cu 5(□二=FeSO^ +MgCL =Sfi= Mg Yb f 2A I7O54AI + 5O3t JNaCi 2Na + CIJ熔融塢融冬“u煖融g 蛊監需零f H WOWQH1°瞬也匪QMi 屮^\Tjfc±7心曾團:资砖合利用 环境懈护化字滋修2第4章）気上三■亟一％左碇酸兮裂化羊ct 合成“m 匕的单之CH ； =匚缶 拒节一£衬YH ：I - ■“ ’fflW星盘聚化煤石油去愿吒资源煤合利用 环境探护:变忧隧戎屋二意贾遇士主乙殊8密气汽化盲工东二右-M 璽严曲■ 一生成物血垦._ 100旺丿CwHji 豐专z ■* C S H U +C I M H 血瞰血压* *T/Ure^=wt —I*三三n 犀合磴歆目生产甲磐不同洗点各锻廿乱冃台老気黃桝气。
第二节化学信息处理
e1
1
4
e2
e3
e4 e6
2
e5
3
图也可用矩阵表示：设G=<V,E>为无向图，令mij 等于顶点vi与边ej的关联次数，则称（mij）n*m为G的关 联矩阵，记为M(G)。
1 e1 4
e2
e3 e4 e6
2 e5 3
111000
M(G) =
0 0
1 0
1 0
1 0
1 1
0 1
100101
C C
C
C C
C
H
H
N
O
C
C
C
O
H
O
OH H2N
用图表示苯丙氨酸的结构
2、化合物结构的矩阵表示
（1）邻接矩阵（以乙醛为例）
（2）距离矩阵：表示了相应原子之间的距离：几何距离（用Å表示）， 拓扑距离（两原子之间连接的键的个数）
（3）键矩阵：矩阵元素为相连接的两个原子之间的键级。 双键：2，三键：3。
（4）关联矩阵：是一个n×m的矩阵。 顶点（原子）作为列（n），边（化学键）作为行（m）， 如果边在顶点内，则相应的元素置为1。
• 根据分子相似性原理，可以在数据库中搜寻与目标分子具有一定相似 性的分子，即相似性搜寻。
• 步骤： 1、目标选择 2、描述符选择和编码 3、相似性评价方法选择 4、搜寻语句的输入 5、相似性打分
四、互联网上的化学信息资源
（一）化学搜索引hemFinder,
——计算机绘制化学结构式 首先输入原子和键的骨架结构，原子数、电荷会自动变为上下 标 软件的模板中收集大量分子片段 可智能分析结构式，处理结构式的编码和变换 还可有附加功能，如自动命名、化学计算、光谱分析等