Oligo_7_最新个人总结使用教程

Oligo 7使用教程
本人根据自己的使用情况进行了一下总结，由于该软件是新近使用，故有什么不对的地方还望各位专家谅解并进行补充，只希望能对大家有一点帮助。

另附Oligo7软件的下载地址：
/bbs/viewthread.php?tid=4770823
首先，同Oligo 6 一样，File菜单下，选择New sequence ,打开窗口将目的序列粘贴进来，或是选择Open定位到目的cDNA序列（在primer中，该序列已经被保存为Seq文件），这是最初打开时的界面：
然后就是进行引物的设计了。

Search 菜单下，选择for primes &probes ,即出现引物搜寻窗口:
根据自己的实际情况选择Parameters 或Ranges设置引物的相关参数和范围。

然后选择Search即开始进行引物的
搜索，之后会出现软件所列出的依据得分（Score）高低排
列设计的引物。

双击每一行所列出的引物会弹出该对引物的具体信息，以及软件对该对引物的相关评价。

双击之后在最初的Sequence 窗口中就会出现下面的窗口:
点击绿色方形图标前面的i标志可了解对应的具体信息。

之后便是对该引物的具体分析了，这部分的分析同Oligo 6基本上是一样的。

选择Analyze菜单，如下图：
（1）Analyze中，第一项为Key info，点击Selected primers，会给出两条引物的概括性信息，其中包括引物的Tm值，此值Oligo是采用nearest neighbor method计算，会比Primer5中引物的Tm值略高，此窗口中还给出引物的Delta G和3’端的Delta G.3’端的Delta G过高，会在错配位点形成双链结构并引起DNA聚合反应，因此此项绝对值应该小一些，最好不要超过9。

（2）Analyze中第二项为Duplex Formation，即二聚体形成分析，可以选择上游引物或下游引物，分析上游引物间二聚体形成情况和下游引物间的二聚体情况，还可以选择Upper/Lower ，即上下游引物之间的二聚体形成情况。

引物二聚体是影响PCR反应异常的重要因素，因此应该避免设计的引物存在二聚体，至少也要使设计的引物形成的二聚体是不稳定的，即其Delta G值应该偏低，一般不要使其超过4.5kcal/mol，结合碱基对不要超过3个。

Oligo此项的分析窗口中分别给出了3’端和整个引物的二聚体图示和Delta G 值。

（3）Analyze中第三项为Hairpin Formation，即发夹结构分析。

可以选择上游或者下游引物，同样，Delta G值
不要超过4.5kcal/mol，碱基对不要超过3个。

（4）Analyze中第四项为Composition and Tm，会给出上游引物、下游引物和产物的各个碱基的组成比例和Tm 值。

上下游引物的GC％需要控制在40％～60％，而且上下
游引物之间的GC％不要相差太大。

Tm值共有3个，分别采用三种方法计算出来，包括nearest neighbor method、％GC method和2(A＋T)＋4(G＋C)method，最后一种应该是Primer5所采用的方法，Tm 值可以控制在50～70度之间。

（5）第五项为False Priming Sites，即错误引发位点，在Primer5中虽然也有False priming分析，但不如oligo 详细，并且oligo会给我正确引发效率和错误引发效率，一般的原则要使误引发效率在100以下，当然有时候正确位点的引发效率很高的话，比如达到400～500，错误引发效率超过100幅度若不大的话，也可以接受。

（6）Analyze中，有参考价值的最后一项是“PCR”，在此窗口中，是基于此对引物的PCR反应Summary，并且给出了此反应的最佳退火温度，另外，提供了对于此对引物的简短评价。

若该引物有不利于PCR反应的二级结构存在，并且Delta G值偏大的话，Oligo在最后的评价中会注明，若没
有注明此项，表明二级结构能值较小，基本可以接受。

(7)另外，Internal stability也很重要，最好是中间高两边低的弧形。

以上是我个人进行的总结，其它的一些功能大家只要自己去摸索一下也很简单的，有不对的地方望大家指出。