简约性信息位点
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简约性信息位点
FRAM:度娘
简约性信息位点(parsimony-informative site)指基于DNA或蛋⽩质序列、利⽤最⼤简约法构建系统发育树时,在两个及以上分类单元(的序列)中存在差异,且其中⾄少有两种变异类型在该位点出现两次及以上,此类位点称为简约性信息位点。
所有分类单元中状态恒定的位点和只出现⼀次的变异的位点都是⾮简约性信息位点。
Parsimony-informative site
A site is parsimony-informative if it contains at least two types of nucleotides (or amino acids), and at least two of them occur with a minimum frequency of two.
例如,分析以下5条DNA序列(a、b、c、d、e)的5个位点:
a A G G C T
b A C G C T
c A C G G T
d A T G G A
e A A T T A
其中,位点1没有发⽣突变,为保守性位点。
位点2虽然产⽣突变,但只有C出现两次,因此不是简约性信息位点。
位点3同样产⽣了突变,但是只有G出现了两次以上,同样不是简约性信息位点。
位点4发⽣了突变,且C和G各出现了两次,是简约性信息位点。
位点5发⽣了突变,且T出现了3次,A出现了两次,因此该位点是简约性信息位点。