测序技术的研究进展_郝甜甜
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畜牧与饲料科学
Animal Husbandry and Feed Science
2014 , 35 (3 ) : 78-81
测序技术的研究进展
郝甜甜,李强飞,李国治,陈禹翰,邓卫东 (云南农业大学动物科学技术学院,云南 昆明 650201)
摘要:基因组测序技术是一种分子生物学及其相关学科研究中最常用的技术。 从 20 世纪 70 年代中期第一
代测序技术出现以来,基因组测序技术已取得了重大进展,并改变了生命科学诸多领域的研究面貌。 测序成
本的急剧下降,测序通量呈指数提高,使得测序速度大大提升。DNA 和 RNA 是生命体的 2 个基本遗传物质,
其组成和序列变化创造了形形色色的生命世界。 快速、准确地获取生物体的遗传信息对于生命科学的研究
具有重要意义,测序技术能够真正地反映基因组、遗传信息转录,全面地揭示基因组的复杂性和多样性,在
迄今为止,测序技术已经经历了三代的发展。 经典 的测序技术在 20 世纪 70 年代开始走向成熟, 然后测 出了不少简单的小型生物基因组;1990 年, 人类基因 组计划的提出推动了第二代测序技术的诞生;近年来, 单分子等第三代测序技术也开始兴起。 测序技术的应 用越来越广泛,测序的成本也越来越低。 第一个高等动 物基因组从头测序即人类基因组的花费将近 3 亿美
第一代测序技术参与了许多具有划时代的研究: 1977 年第一个基因组测序完成, 那就是 φX174 噬菌 体基因组;1990 年人类基因组计划在第一代测序技术 的基础上启动;1995 年第一个活的生物— ——流感嗜血 细菌的基因组测序完成;1996 年第一个真核生物— —— 酿酒酵母基因组测序完成;1998 年第一个多细胞真核 生 物— ——线 虫 基 因 组 测 序 完 成 ;2000 年 第 一 个 植 物— ——拟南芥基因组测序完成;2001 年人类基因组序 列 草 图 公 布 ;2004 年 人 类 基 因 组 的 常 染 色 质 序 列 完 成。
测 序 平 台 和 ABI 公 司 的 SOLID 测 序 平 台 [7]。 不 同 的 第二代测序技术的差异, 使其在处理不同项目时, 也各尽其能。
2005 年 底 ,454 公 司 推 出 了 基 于 焦 磷 酸 测 序 法 的 超 高 通 量 测 序 系 统— ——Genome Sequencer 20 System,它 通 过 检 测 DNA 链 延 伸 掺 入 到 核 苷 酸 时 释 放的焦磷酸残基以确定核苷酸序列, 应用循环芯 片 测 序 的 策 略 , 对 样 品 的 芯 片 重 复 进 行 DNA 聚 合 酶 反 应 [8]及 荧 光 序 列 读 取 [9]。 这 一 革 命 性 的 事 件 被 《Nature》 杂 志 称 为 里 程 碑 事 件 , 它 开 创 了 边 合 成 边 测 序 的 先 河 。 2007 年 ,该 公 司 又 推 出 了 性 能 更 好 的 第 二 代 测 序 系 统— ——Genome Sequencer FLX System。 在 同 一 年 ,454 公 司 由 Roche 公 司 并 购 ,并 与 美 国 贝 勒 医 学 院 合 作 完 成 了 DNA 双 螺 旋 发 现 者 之 一— —— 沃 森 的 个 人 基 因 组 测 序 工 作 , 这 项 工 作 历 时 4 个 月 ,花 费 了 大 约 150 万 美 元 ,比 第 一 个 人 类 基 因 组 [10-11]的 出 了 GS FLX Titanium 系 列 软 件 和 试 剂 ,让 原 有 的 通 量一下子提高了 5 倍,读长和准确性也得到了进一 步提高。
但是,Sanger 测序法存在很多不足之处, 所以有 了 后 续 的 一 些 改 进 :首 先 是 对 标 记 物 方 面 的 改 进 [3], 因 为最初的 Sanger 测序法中所用的放 射 性 同 位 素 均 是 对人体有害的,因此许多研究机构开始用非放射性物 质来取代放射性同位素。 例如,地高辛、生物素、硝酸 银、荧光标记等化学性质的发光物。 用 Sanger 测序法 测序时, 测序反应中的产物可以被它们示踪标记,最 后通过荧光信号或酶显色反应显示出测序的结果。 这 些方法要比传统的放射性同位素方法容易, 而且安 全、快速、成本低。
1975 年 的 第 一 代 测 序 技 术 是 由 Sanger 发 明 的 DNA 测 序 加 减 法 , 使 人 们 有 可 能 第 一 次 “ 读 取 ” 出 DNA 的 碱 基 序 列 。 之 后 又 相 继 出 现 了 Maxam 和
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
第一代测序法的优势是准确率和读长,适合对新 物种进行基因组长距离的框架构建及测序长度为 kb~ Mb 级别的小规模项目。 随着科学技术的进步,在大批 量测序任务处理中,第一代测序法易受成本高、速度 慢、通量低等因素的限制,因此越来越无法满足科学 研究和生产应用的需要。 2 第二代测序技术
随着人类基因组计划的完成, 人们进入了功能 基因组学时代,第一代测序方法已经无法满足深度 测序和重复测序等大规模基因组测序的需求,这就 促使了新一代测序技术的诞生。 新一代测序技术又 称第二代测序技术, 最显著的特点就是高通量,一 次 能 够 对 几 十 万 到 几 百 万 条 DNA 分 子 进 行 测 序 ,因 此,一个物种的基因组深度测序和转录组测序就变 得 较 为 简 单 [6]。 第 二 代 测 序 技 术 主 要 包 括 Roche 公 司 的 GS-FLX 测 序 平 台 、Illumina 公 司 的 Hiseq2000
效益和社会效益。
参考文献: [1] 薛帮群 ,李安贞 ,陈菊娥.獭兔饲养管理规范的研究 [J].
中 国 养 兔 ,2008 (4):19-21,39. [2] 常 玉 君 ,任 志 明.獭 兔 饲 养 相 关 技 术 [J].当 代 畜 禽 养 殖
业 ,2011(1):43-44. [3] 王海红,王飞燕,孙东永,等.夏季獭兔饲养管理技术[J].
传资源评价及功能基因组学研究工作。
元, 而最近发表的几个被测基因组的费用分别是: 250 000 美 元 (Illumina 公 司 ,2008 年 )、48 000 美 元 (Helicos 公 司 ,2009 年 )、4 400 美 元 (Complete Genomics 公 司 ,2010 年 )。 由 此 可 见 , 测 序 成 本 已 经 在 逐 渐 降 低 , 据 预 计 , 将 来 还 有 可 能 会 降 低 到 1 000 美 元 , 甚 至 更 低 (我 国 目 前 计 划 将 成 本 降 低 到 5 000 元人民币)。这些简单数字的背后是测序技术及测序 仪器的激烈竞争。 1 第一代测序技术
第3期
郝甜甜等:测序技术的研究进展
79
Gilbert 在 1977 年发明的化学降解法[1]及 Sanger 的双 脱氧链终止法[2](又名 Sanger 测序法)。 化学降解法开 启了大片段 DNA 序列快速测定的先河, 它在发明之 初比 Sanger 测序法更受欢迎。 目前,Sanger 测序法仍 是核酸结构与功能研究中不可缺少的分析手段,是确 定基因序列的权威标准。
Research Progress on the Sequencing Technologies
HAO Tian-tian,LI Qiang-fei,LI Guo-zhi,CHEN Yu-han,DENG Wei-dong
(College of Animal Science and Technology,Yunnan Agricultural University,Kunming 650201,China) Abstract:Genome sequencing technology is the most commonly used technique in molecular biology and its related discipline studies. Genome sequencing technology has made great progresses and changed the status of life science research in many fields since the first-generation of sequencing technology appeared in the 1970s. The sharp decline of sequencing cost and exponential increase of sequencing throughout greatly improved the sequencing speed. The two basic genetic materials of organism are DNA and RNA, whose composition and sequence changes create all sorts of lives in the world. It is of important significance to get the genetic information of organisms fast and accurately for life science research. Sequencing technology can reflect genome and transcription of genetic information truly and reveal the complexity and diversity of genome, which plays a very important role in life science research. The development achievements, sequencing principle, the advantages and disadvantages of sequencing, domestic research status of each generation of sequencing technology were reviewed. And the future development direction of sequencing technology was predicted. Key words:sequencing technology;sequencing development;sequencing principle;advantages and disadvantages of sequencing
中 国 畜 禽 种 业 ,2012(6):83-84. [4] 张明峰.提高獭兔饲养效益的关键技术措施[J].中国畜
禽 种 业 ,2010(9):70-72. [5] 王圆 圆 ,谷 子 林 ,陈 丹 丹 ,等.夏 季 獭 兔 饲 养 管 理 [J].饲
料 博 览 ,2012(10):27-29. (责任编辑:贾淑萍)
其 次 是 电 泳 方 法 的 改 进 [4],主 要 是 采 用 毛 细 管 法 。 毛细管电泳是将被分离物置于毛细管中的电泳。 1992 年 ,Matnies 等 人 首 先 提 出 了 采 用 激 光 聚 焦 荧 光 扫 描 检测装置的陈列毛细管电泳法 [5],使序列分析效 率得 到了较大程度的提高。
生命科学研究中起着重要的作用。 综述了各代测序技术的发展成果、测序原理、测序优缺点、国内研究现状,
并对测序技术未来的发展方向进行了展望。
关键词:测序技术;测序发展;测序原理;测序优缺点
中 图 分 类 号 :Q75
文 献 标 识 码 :A
文 章 顺 序 编 号 :1672-5190 (2014)03-0078-04
收 稿 日 期 :2014-01-08 基 金 项 目 :国家自然科学基金(U1136605,31160438,31360531)。 作者 简 介 :郝 甜 甜 (1989—),女 ,硕 士 研 究 生 ,主 要 研 究 方 向
为畜禽重要经济性状功能基因发掘。 通 讯 作 者 :邓 卫 东 (1972— ),男 ,教 授 ,博 士 ,主 要 从 事 畜 禽 遗
自abi公司共同创始人leroyhood在20世纪80年代中期设计了第一台自动荧光测序仪以后测序就摆脱了手工测序辛劳和繁琐迈入了自动化测序新时代在过去20年abi公司在测序方面一直处于垄断地位直到2005454公司推出第一台新测序仪之后abi公司垄断地位才开始有些动摇后abi公司迅速收购了一家测序公司并在2007年底推了自己二代测序平台solidsolid至现在solid3abi公司仅用了短短一年多时间abi公司没有采用传统边合成测序术而是采用了双碱基编码术14使得每一个位点在测序过程中都会被检测2次这给测序术提供了一种纠错机制所以不会存在dna聚合酶合成过程中常见错配问题从而使其在准确性上大大领先于其他测序平台15但其最大测序读长仅为75nt限制了其在基因组拼接中应用陆续完成基因组图谱显示了二代测序仪强大而第二代测序优势没有保持太久它仍然需要消耗昂贵带荧光标记试剂所以其成本依然较读长短是第二代测序一个共有术瓶颈三代测序仪这个称为下下代测序直测序法快速发展对第二代测序技术发起了挑战第三代测序技术在生物学中有成千上万基因组需要测及分析通量第二代测序术依然存在效率低成167准确度不是很等问题第三代测序术在这样条件下开始崭露头角第三代测序术大多不需要pcr直做单分子测序可以了helicos公司truesinglemoleculesequencingtsms目前发展较好3家公司分别是pacbioiontorrenthelicos但目前存在于市场只有pacbio公司rs系统和heliscope系统helicos公司heliscopehelicos公司术原理和illumina公司很相似都用了可逆终止方法只是helicos公司是单分子版本但不需要前期扩增也不会引入偏向性目前heliscope每次运行总产量还是不及第二代测序仪测序读长也算比较短其主要缺点是错误率但是它也有过人之处即特别适合rnaseqrna直测序应用因为它能直测序rna模板不需要将其转化为cdnaheliscope虽然是最早上市单分子测序仪但是其受欢迎程度还是不及pacbio测序仪阻碍helicos司发展其中一个重要原因是仪器售价太另一个原因是单个片段读长太短pacbio公司测序仪有点类似于454公司下一代单个片段测序长度可达到20kb平均长也kb多pacbio公司测序术是最受关注第三代测序术主要测序术是singlemoleculerealtimesequenc
Animal Husbandry and Feed Science
2014 , 35 (3 ) : 78-81
测序技术的研究进展
郝甜甜,李强飞,李国治,陈禹翰,邓卫东 (云南农业大学动物科学技术学院,云南 昆明 650201)
摘要:基因组测序技术是一种分子生物学及其相关学科研究中最常用的技术。 从 20 世纪 70 年代中期第一
代测序技术出现以来,基因组测序技术已取得了重大进展,并改变了生命科学诸多领域的研究面貌。 测序成
本的急剧下降,测序通量呈指数提高,使得测序速度大大提升。DNA 和 RNA 是生命体的 2 个基本遗传物质,
其组成和序列变化创造了形形色色的生命世界。 快速、准确地获取生物体的遗传信息对于生命科学的研究
具有重要意义,测序技术能够真正地反映基因组、遗传信息转录,全面地揭示基因组的复杂性和多样性,在
迄今为止,测序技术已经经历了三代的发展。 经典 的测序技术在 20 世纪 70 年代开始走向成熟, 然后测 出了不少简单的小型生物基因组;1990 年, 人类基因 组计划的提出推动了第二代测序技术的诞生;近年来, 单分子等第三代测序技术也开始兴起。 测序技术的应 用越来越广泛,测序的成本也越来越低。 第一个高等动 物基因组从头测序即人类基因组的花费将近 3 亿美
第一代测序技术参与了许多具有划时代的研究: 1977 年第一个基因组测序完成, 那就是 φX174 噬菌 体基因组;1990 年人类基因组计划在第一代测序技术 的基础上启动;1995 年第一个活的生物— ——流感嗜血 细菌的基因组测序完成;1996 年第一个真核生物— —— 酿酒酵母基因组测序完成;1998 年第一个多细胞真核 生 物— ——线 虫 基 因 组 测 序 完 成 ;2000 年 第 一 个 植 物— ——拟南芥基因组测序完成;2001 年人类基因组序 列 草 图 公 布 ;2004 年 人 类 基 因 组 的 常 染 色 质 序 列 完 成。
测 序 平 台 和 ABI 公 司 的 SOLID 测 序 平 台 [7]。 不 同 的 第二代测序技术的差异, 使其在处理不同项目时, 也各尽其能。
2005 年 底 ,454 公 司 推 出 了 基 于 焦 磷 酸 测 序 法 的 超 高 通 量 测 序 系 统— ——Genome Sequencer 20 System,它 通 过 检 测 DNA 链 延 伸 掺 入 到 核 苷 酸 时 释 放的焦磷酸残基以确定核苷酸序列, 应用循环芯 片 测 序 的 策 略 , 对 样 品 的 芯 片 重 复 进 行 DNA 聚 合 酶 反 应 [8]及 荧 光 序 列 读 取 [9]。 这 一 革 命 性 的 事 件 被 《Nature》 杂 志 称 为 里 程 碑 事 件 , 它 开 创 了 边 合 成 边 测 序 的 先 河 。 2007 年 ,该 公 司 又 推 出 了 性 能 更 好 的 第 二 代 测 序 系 统— ——Genome Sequencer FLX System。 在 同 一 年 ,454 公 司 由 Roche 公 司 并 购 ,并 与 美 国 贝 勒 医 学 院 合 作 完 成 了 DNA 双 螺 旋 发 现 者 之 一— —— 沃 森 的 个 人 基 因 组 测 序 工 作 , 这 项 工 作 历 时 4 个 月 ,花 费 了 大 约 150 万 美 元 ,比 第 一 个 人 类 基 因 组 [10-11]的 出 了 GS FLX Titanium 系 列 软 件 和 试 剂 ,让 原 有 的 通 量一下子提高了 5 倍,读长和准确性也得到了进一 步提高。
但是,Sanger 测序法存在很多不足之处, 所以有 了 后 续 的 一 些 改 进 :首 先 是 对 标 记 物 方 面 的 改 进 [3], 因 为最初的 Sanger 测序法中所用的放 射 性 同 位 素 均 是 对人体有害的,因此许多研究机构开始用非放射性物 质来取代放射性同位素。 例如,地高辛、生物素、硝酸 银、荧光标记等化学性质的发光物。 用 Sanger 测序法 测序时, 测序反应中的产物可以被它们示踪标记,最 后通过荧光信号或酶显色反应显示出测序的结果。 这 些方法要比传统的放射性同位素方法容易, 而且安 全、快速、成本低。
1975 年 的 第 一 代 测 序 技 术 是 由 Sanger 发 明 的 DNA 测 序 加 减 法 , 使 人 们 有 可 能 第 一 次 “ 读 取 ” 出 DNA 的 碱 基 序 列 。 之 后 又 相 继 出 现 了 Maxam 和
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
第一代测序法的优势是准确率和读长,适合对新 物种进行基因组长距离的框架构建及测序长度为 kb~ Mb 级别的小规模项目。 随着科学技术的进步,在大批 量测序任务处理中,第一代测序法易受成本高、速度 慢、通量低等因素的限制,因此越来越无法满足科学 研究和生产应用的需要。 2 第二代测序技术
随着人类基因组计划的完成, 人们进入了功能 基因组学时代,第一代测序方法已经无法满足深度 测序和重复测序等大规模基因组测序的需求,这就 促使了新一代测序技术的诞生。 新一代测序技术又 称第二代测序技术, 最显著的特点就是高通量,一 次 能 够 对 几 十 万 到 几 百 万 条 DNA 分 子 进 行 测 序 ,因 此,一个物种的基因组深度测序和转录组测序就变 得 较 为 简 单 [6]。 第 二 代 测 序 技 术 主 要 包 括 Roche 公 司 的 GS-FLX 测 序 平 台 、Illumina 公 司 的 Hiseq2000
效益和社会效益。
参考文献: [1] 薛帮群 ,李安贞 ,陈菊娥.獭兔饲养管理规范的研究 [J].
中 国 养 兔 ,2008 (4):19-21,39. [2] 常 玉 君 ,任 志 明.獭 兔 饲 养 相 关 技 术 [J].当 代 畜 禽 养 殖
业 ,2011(1):43-44. [3] 王海红,王飞燕,孙东永,等.夏季獭兔饲养管理技术[J].
传资源评价及功能基因组学研究工作。
元, 而最近发表的几个被测基因组的费用分别是: 250 000 美 元 (Illumina 公 司 ,2008 年 )、48 000 美 元 (Helicos 公 司 ,2009 年 )、4 400 美 元 (Complete Genomics 公 司 ,2010 年 )。 由 此 可 见 , 测 序 成 本 已 经 在 逐 渐 降 低 , 据 预 计 , 将 来 还 有 可 能 会 降 低 到 1 000 美 元 , 甚 至 更 低 (我 国 目 前 计 划 将 成 本 降 低 到 5 000 元人民币)。这些简单数字的背后是测序技术及测序 仪器的激烈竞争。 1 第一代测序技术
第3期
郝甜甜等:测序技术的研究进展
79
Gilbert 在 1977 年发明的化学降解法[1]及 Sanger 的双 脱氧链终止法[2](又名 Sanger 测序法)。 化学降解法开 启了大片段 DNA 序列快速测定的先河, 它在发明之 初比 Sanger 测序法更受欢迎。 目前,Sanger 测序法仍 是核酸结构与功能研究中不可缺少的分析手段,是确 定基因序列的权威标准。
Research Progress on the Sequencing Technologies
HAO Tian-tian,LI Qiang-fei,LI Guo-zhi,CHEN Yu-han,DENG Wei-dong
(College of Animal Science and Technology,Yunnan Agricultural University,Kunming 650201,China) Abstract:Genome sequencing technology is the most commonly used technique in molecular biology and its related discipline studies. Genome sequencing technology has made great progresses and changed the status of life science research in many fields since the first-generation of sequencing technology appeared in the 1970s. The sharp decline of sequencing cost and exponential increase of sequencing throughout greatly improved the sequencing speed. The two basic genetic materials of organism are DNA and RNA, whose composition and sequence changes create all sorts of lives in the world. It is of important significance to get the genetic information of organisms fast and accurately for life science research. Sequencing technology can reflect genome and transcription of genetic information truly and reveal the complexity and diversity of genome, which plays a very important role in life science research. The development achievements, sequencing principle, the advantages and disadvantages of sequencing, domestic research status of each generation of sequencing technology were reviewed. And the future development direction of sequencing technology was predicted. Key words:sequencing technology;sequencing development;sequencing principle;advantages and disadvantages of sequencing
中 国 畜 禽 种 业 ,2012(6):83-84. [4] 张明峰.提高獭兔饲养效益的关键技术措施[J].中国畜
禽 种 业 ,2010(9):70-72. [5] 王圆 圆 ,谷 子 林 ,陈 丹 丹 ,等.夏 季 獭 兔 饲 养 管 理 [J].饲
料 博 览 ,2012(10):27-29. (责任编辑:贾淑萍)
其 次 是 电 泳 方 法 的 改 进 [4],主 要 是 采 用 毛 细 管 法 。 毛细管电泳是将被分离物置于毛细管中的电泳。 1992 年 ,Matnies 等 人 首 先 提 出 了 采 用 激 光 聚 焦 荧 光 扫 描 检测装置的陈列毛细管电泳法 [5],使序列分析效 率得 到了较大程度的提高。
生命科学研究中起着重要的作用。 综述了各代测序技术的发展成果、测序原理、测序优缺点、国内研究现状,
并对测序技术未来的发展方向进行了展望。
关键词:测序技术;测序发展;测序原理;测序优缺点
中 图 分 类 号 :Q75
文 献 标 识 码 :A
文 章 顺 序 编 号 :1672-5190 (2014)03-0078-04
收 稿 日 期 :2014-01-08 基 金 项 目 :国家自然科学基金(U1136605,31160438,31360531)。 作者 简 介 :郝 甜 甜 (1989—),女 ,硕 士 研 究 生 ,主 要 研 究 方 向
为畜禽重要经济性状功能基因发掘。 通 讯 作 者 :邓 卫 东 (1972— ),男 ,教 授 ,博 士 ,主 要 从 事 畜 禽 遗
自abi公司共同创始人leroyhood在20世纪80年代中期设计了第一台自动荧光测序仪以后测序就摆脱了手工测序辛劳和繁琐迈入了自动化测序新时代在过去20年abi公司在测序方面一直处于垄断地位直到2005454公司推出第一台新测序仪之后abi公司垄断地位才开始有些动摇后abi公司迅速收购了一家测序公司并在2007年底推了自己二代测序平台solidsolid至现在solid3abi公司仅用了短短一年多时间abi公司没有采用传统边合成测序术而是采用了双碱基编码术14使得每一个位点在测序过程中都会被检测2次这给测序术提供了一种纠错机制所以不会存在dna聚合酶合成过程中常见错配问题从而使其在准确性上大大领先于其他测序平台15但其最大测序读长仅为75nt限制了其在基因组拼接中应用陆续完成基因组图谱显示了二代测序仪强大而第二代测序优势没有保持太久它仍然需要消耗昂贵带荧光标记试剂所以其成本依然较读长短是第二代测序一个共有术瓶颈三代测序仪这个称为下下代测序直测序法快速发展对第二代测序技术发起了挑战第三代测序技术在生物学中有成千上万基因组需要测及分析通量第二代测序术依然存在效率低成167准确度不是很等问题第三代测序术在这样条件下开始崭露头角第三代测序术大多不需要pcr直做单分子测序可以了helicos公司truesinglemoleculesequencingtsms目前发展较好3家公司分别是pacbioiontorrenthelicos但目前存在于市场只有pacbio公司rs系统和heliscope系统helicos公司heliscopehelicos公司术原理和illumina公司很相似都用了可逆终止方法只是helicos公司是单分子版本但不需要前期扩增也不会引入偏向性目前heliscope每次运行总产量还是不及第二代测序仪测序读长也算比较短其主要缺点是错误率但是它也有过人之处即特别适合rnaseqrna直测序应用因为它能直测序rna模板不需要将其转化为cdnaheliscope虽然是最早上市单分子测序仪但是其受欢迎程度还是不及pacbio测序仪阻碍helicos司发展其中一个重要原因是仪器售价太另一个原因是单个片段读长太短pacbio公司测序仪有点类似于454公司下一代单个片段测序长度可达到20kb平均长也kb多pacbio公司测序术是最受关注第三代测序术主要测序术是singlemoleculerealtimesequenc