ChemDraw8.0的使用方法介绍
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ChemDraw是一个化学结构绘图软件,它是美国CambridgeSoft公司开发的化学软件ChemOffice系列产品中一个重要成员(还有Chem3D和ChemFinder等)。目前最新版本是chemoffice2010。
ChemDraw可以绘制和编辑化学结构图,识别和显示立体结构,将结构名称进行转换,包含NMR数据库,能与Excel集成的功能。我们这里只讲绘制和编辑化学结构功能。
绘制化学图形的软件还有Chemwin和Chemsketch软件。
4.1 ChemDraw8.0软件界面结构和默认设置的变化
包括文件窗口(菜单栏,工具栏,滚动栏,编辑区等)和图形工具板两大结构。
标题栏
主工
具栏
绘图工具栏编辑区
子工
具板
上下
左右
滚动图4-1 Chemdraw8.0 界面结构及各种子工具板
4.1.1 图形工具板
图形工具板含有所有能够在文件窗口绘制结构图形的工具,选择了这些工具的图标后,光标将随之改变成相应的工具形状,并在光标的右下方会出现该工具的名称。
选择工具板时,一次只能选一个。在图标右下角有小黑三角的工具图标里,含有进一步的子工具图标板。用鼠标按下含三角的图标(不松开),子工具板将显示出来。
各工具的图标及作用如下:
选择工具:包括蓬罩工具和套索工具。蓬罩工具是以方形框罩住目标,套索具有随意性。套住目标后,可以进行编辑。
结构透视工具:选择该工具可以实现旋转分子结构。只能绕X轴或Y轴旋转,旋转时有角度显示。
基团分割工具:通过画线的方法将键断开,并在断开的两部分显示势能。如图4-2所示
C 3H 3•••39.0235
C 3H 3•••39.0235
图4-2 基团分割
键工具:包括实键,多键,虚键,切割键,切割楔键,黑体键,黑体楔键,
空心楔键
,波浪键
。其中多键里边又有子工具图板(见图4-1)。用工具键可以绘制各种化学键。
环工具
:包括从环丙烷环到环辛烷环,以及环己烷凳环,环戊二烯,和苯环。快
速绘制常用的环结构。
橡皮工具:擦去无用的线条,结构等 文本工具:建立原子标记和说明
笔工具:绘制随意类型的图,例如常规键和轨道等。
箭头
:绘制各类箭头。含有箭头工具箱见图4-1
轨道工具:绘制轨道。含有轨道工具箱见图4-1
基元工具:绘制反应过程中常见符号,含有基元工具箱见图4-1 括号工具:绘制各种括号,有括号工具箱见图4-1 符号工具:绘制特殊化学符号,含有符号工具箱见图4-1
交替基团
:在ChemDraw Pro 中,此工具用来建立交替基团(R,G 等),它们代表一组物质。
PLC (薄板层析)图版:能容易的将薄板层析图版绘制出来。
模板工具:绘制模板库中存储的图形,含有模板图形目类共17项,每一项有很多模板图,见图
4-3。
无环链工具:快速绘制任意长度链。
表工具:插入表格。
图4-3 模板工具及其子模板图
4.1.2 默认设置的改变
在File菜单的下拉菜单的Document settings(文件设置)命令来设置一些默认设置,见图4-4。
图4-4 文件设置界面
1: Layout(版面设计)(略) 2: Footer(页脚)(略)
3: Drawing(绘制):
Chain Angle(键角):定义无环链的键角。可在1-179o间变化。
Bond Spacing(键间距):变换双键和三键的线之间的距离。此距离是键长的某个百分比。
Fixed Length(固定长度):当设置了(Object)目标中的Fixed Length命令(命令旁边有对号时),该命令就限制了所绘制的键长。
Bold Width(黑体宽度):当绘制黑体键和楔键时,可以改变所用线条的宽度。
Line Width(线宽):变化绘制中所有键,线和箭头的宽度。
Margin Width(边缘宽度):变化除键与原子接触部分外的所有原子周围的空间量。另一功能是确定围绕交叉键前面键的白色空间的宽度。
Line Width(线宽):变化绘制中所有键,线和箭头的宽度。
Margin Width(边缘宽度):变化除键与原子接触部分外的所有原子周围的空间量。另一功能是确定围绕交叉键前面键的白色空间的宽度。
Hash Spacing(切割线间距):变化切割楔键,切割键,虚键或虚曲线的线段之间的间距。
上面各参数改变后的效果见图4-5。
切割线间距改变效果
键间距改变效果
边缘宽度改变效果
键角改变效果
黑体键粗改变效果
线宽改变效果键长改变效果
图4-5各参数改变效果图
4: Caption(说明文本设置):可以设置字体,字形,字号,对齐方式,上下角标等。
5: Atom Lables(原子标记设置):基本同文本;原子标记和文本的格式设置也可以通过文本工具迅速实现。
6: colors(颜色):可以添加,移动,或变化默认的前景和背景颜色,同时可以设置其他颜色。也可以同颜色工具迅速设置。
4.1.3 一些基本操作
1: 绘制任意结构
通用方法是:选择需要的工具,在文件窗口适当位置单击即可。这时绘出的结构图形形状为系统默认的形状。
要绘制不同方向的图形,如不同方向的键等,应在点击后不放鼠标,向需要的方向拖动鼠标即可。或旋转鼠标,图形也跟着转动,直到合适的位置为止。
2: 选择图形
1): 用选择工具蓬罩工具和套索工具:蓬罩工具是以方形框罩住目标,方法为将光标放在需要选择的结构的左上方,按住鼠标左键向右下方拖拉直到需要选择的结构被框在选择区域内,放开鼠标左键即可,这样被套在矩形框内的所以结构都被选中,如图4-5中左图环辛烷和环戊烷部分结构也被选中,被选中的结构变成虚线并不断闪烁。套索具有随意性,用鼠标左键画曲线将需要选择的结构圈进放开左键即可,如图4-6右图,该方法可以准确选择结构。
图4-6 选择工具选择方式
2): 添加或取消选择: