最新 引物设计实验课课件

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10、低头要有勇气，抬头要有低气。2021/5/152021/5/152021/5/155/15/2021 8:22:52 PM
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11、人总是珍惜为得到。2021/5/152021/5/152021/5/15May- 2115-M ay-21
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12、人乱于心，不宽余请。2021/5/152021/5/152021/5/15Saturday, May 15, 2021
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15、一个人炫耀什么，说明他内心缺 少什么 。。2021年5月 *21.5.15*May 15, 2021
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16、业余生活要有意义，不要越轨。* *5/15/2021
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17、一个人即使已登上顶峰，也仍要 自强不 息。*** 21.5.15
谢谢大家
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9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定 。2021/5/152021/5/15Saturday, May 15, 2021
• 引物分析软件（ Oligo 、Primer、Blast等）
Primer Premier 5.0 简介
主要功能：
1. 引物设计 2. 限制性内切酶位点分析 3. DNA基元（motif）查找 4. 同源性分析
• 此外，该软件还有一些特殊功能，其中最重要的是设计 简并引物，另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的 互换、 语音提示键盘输入等等。
简并引物设计
• 获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案，特 点是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以是两个或 者两个以上不同的碱基，结果所合成的引物是该位置 上不同序列的混合物。
• 为了增加特异性，可以参考密码子使用表，根据不同 生物的碱基使用偏好，减少简并性。
• 核苷酸链中除出现正常的A、T、G、C四种碱基符号 外还出现如R、Y、M、K等其他字母（其中 R=A/G,Y=C/T,M=A/C,S=C/G,W=A/T,H=A/C/T,B=C/ G/T,V=A/C/G,D=A/G/T,N=A/C/G/T）。
双击选择需要 订购的引物
引物合成订购表
Primer-BLAST 引物验证
• Primer-BLAST 界面包括了Primer和BLAST 的功能。
• 提交的界面主要包括三个部分：
• Target template（模板区） • The primers (引物区) • Specificity check（特异性验证区）
目标基因序列的获取
引物设计功能
限制性酶 切位点分析
同源性分析
蛋白酶体基元和活 性位点分析
DNA与蛋白序列的互换
原始序列 选择一种功能
序列名称
Premier Primer 5提供了8种生物遗 传密码使用的偏好选择
1、纤毛虫大核（Ciliate Macronuclear） 2、无脊椎动物线粒体（Invertebrate Mitochondrion） 3、支原体（Mycoplasma） 4、植物线粒体（Plant Mitochondrion） 5、原生动物线粒体（Protozoan Mitochondrion） 6、一般标准（Standard） 7、脊椎动物线粒体（Vertebrate Mitochondrion） 8、酵母线粒体（Yeast Mitochondrion）
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Blast 主 页 ( / ) 或者 /tools/primer-blast/
（已经设计好的引物）
特异性
4种数据库： RefSeq mRNA, Genome (selected reference assemblies), Genome (all chromosomes), and nr (the standard non-redundant database)
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10、低头要有勇气，抬头要有低气。2021/5/152021/5/152021/5/155/15/2021 8:22:52 PM
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11、人总是珍惜为得到。2021/5/152021/5/152021/5/15May- 2115-M ay-21
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12、人乱于心，不宽余请。2021/5/152021/5/152021/5/15Saturday, May 15, 2021
引物设计
引物设计常用软件介绍
• 软件的功能主要体现在两个方面：首先是引物分析评价功能； 其次是引物的自动搜索功能。
• “Primer Premier”为最强且方便使用，“Oligo 6”其次，其 他软件如“Vector NTI Suit”、“Dnasis”、“Omiga”和 “Dnastar”都带有引物自动搜索功能。
• 要想得到效果很好的引物，在自动搜索的基础上还要辅以人 工分析。引物设计软件的最佳搭配是“Oligo”和“Premier”软 件合并使用，以“Premier”进行自动搜索，“Oligo”进行分析 评价，如此可快速设计出成功率很高的引物。
引物设计与分析软件
• 引物设计软件（ Primer 、Oligo 、codehop、 FastPCR、Generunner 、Vector NTISuit、 Dnasis、Omiga、Dnastar等）
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11、人总是珍惜为得到。21.5.15**May-2115- May-21
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12、人乱于心，不宽余请。***Saturday, May 15, 2021
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13、生气是拿别人做错的事来惩罚自 己。21.5.1521.5.15** May 15, 2021
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14、抱最大的希望，作最大的努力。2021年5月15日 星期六 **21.5.15
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16、业余生活要有意义，不要越轨。2021/5/152021/5/15May 15, 2021
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17、一个人即使已登上顶峰，也仍要 自强不 息。2021/5/152021/5/152021/5/152021/5/15
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3. 指定一个或者几个PCR扩增的目标物种。如果不 指定在所有的物种搜索，将会使程序变得很慢， 引物的结果也会受其他不相关的物种影响。
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9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定 。21.5.1521.5.15Saturday, May 15, 2021
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10、低头要有勇气，抬头要有低气。* **5/15/2021 8:22:52 PM
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13、生气是拿别人做错的事来惩罚自 己。2021/5/152021/5/152021/5/152021/5/155/15/2021
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14、抱最大的希望，作最大的努力。2021年5月15日 星期六 2021/5/152021/5/152021/5/15
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15、一个人炫耀什么，说明他内心缺 少什么 。。2021年5月 2021/5/152021/5/152021/5/155/15/2021
• 选择此项可以扩增出长短不同的转录本序列
注意事项：
1. 优先使用参考序列的Gi号或Accession号，确保 序列式最新版本（填Accession Number时后面 不加版本号就会自动用最新的序列）；
2. 尽量使用没有冗除的数据库（如refseq——rna 或者genome database，这两个数据库是经过专 家注释的数据, 这样可以给出更准确的结果 ）， nr数据库包括了太多的冗除的序列，会干扰引物 的设计）；
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以肿瘤坏死因子TNF基因为例
UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的， 该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图，并提供一系列的网页分析工 具。站点用户可以通过它可靠和迅速地浏览基因组的任何一部分，并且同时可以得到与 该部分有关的基因组注释信息，如已知基因，预测基因，表达序列标签，信使RNA， CpG岛，克隆组装间隙和重叠，染色体带型，小鼠同源性等。
目标基因序列的获取引物设计功能同源性分析蛋白酶体基元和活性位点分析限制性酶切位点分析dna与蛋白序列的互换序列名称原始序列选择一种功能premierprimer1纤毛虫大核ciliatemacronuclear2无脊椎动物线粒体invertebratemitochondrion3支原体mycoplasma4植物线粒体plantmitochondrion5原生动物线粒体protozoanmitochondrion6一般标准standard7脊椎动物线粒体vertebratemitochondrion8酵母线粒体yeastmitochondriondnamrnadnamrna引物的区别引物的区别dna34intronexonmrnaaaaaaa检测的基因如果为原核生物其表达一般是要基因序列中不含内含子因此引物设计时直接用基因组dna即可希望搜索的引物不会与其它存在于反应中序列发生错配简并引物设计获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案特点是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以是两个或者两个以上不同的碱基结果所合成的引物是该位置上不同序列的混合物
Primer Premier 5.0 使用介绍
安装Primer premier5
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9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定 。2021/5/152021/5/15Saturday, May 15, 2021
DNA/mRNA引物的区别
exon intron
DNA
5’ pmGpppG
AAAAAA 3’ mRNA
• 检测的基因如果来自真核生物，需要用mRNA进行引物设计 • 检测的基因如果为原核生物，其表达一般是要基因序列中不
含内含子，因此引物设计时直接用基因组DNA即可
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希望搜索的引物不会与其它存在于反应中序列发生错配
搜索结果
搜索到的引物对数
选中引物的信息
双击选中一对引物
引物的信息，包括是否出现发夹结构、二聚体等。 理想引物应当不存在任何一种上述结构
引物分值100分为满分
在此编辑引物
分析编辑结果
接接受受引引物物编编辑辑结结果果 返返回回主主窗窗口口
打开功能选择“save to database”
引物订购输出
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16、业余生活要有意义，不要越轨。2021/5/152021/5/15May 15, 2021
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17、一个人即使已登上顶峰，也仍要 自强不 息。2021/5/152021/5/152021/5/152021/5/15
谢谢大家
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13、生气是拿别人做错的事来惩罚自 己。2021/5/152021/5/152021/5/152021/5/155/15/2021
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14、抱最大的希望，作最大的努力。2021年5月15日 星期六 2021/5/152021/5/152021/5/15
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15、一个人炫耀什么，说明他内心缺 少什么 。。2021年5月 2021/5/152021/5/152021/5/155/15/2021