vasp软件研究表面小分子的吸附解离遇到几个问题

vasp软件研究表⾯⼩分⼦的吸附解离遇到⼏个问题
To Vasper：
你们好。

我⽤vasp软件研究表⾯⼩分⼦的吸附解离遇到⼏个问题。

1 关于反应物和产物的结构，请问你们是如何构建的？（参考⽂献吗？）能不能介绍⼀下相关的经验，个⼈认为好的开端是成功的⼀半，所以需要更多的经验帮助。

2 关于结构的优化，能量收敛和⼒收敛的标准是否应该⽐默认值⾼，有利于过渡态的搜寻？
3 关于结构虚频的处理，通过学习了解了消除虚频的⽅法--将对应原⼦的坐标加到原坐标上。

由于vasp的振动模式不能可视化，所以请问如何找到对应的原⼦？另外关于虚频，⼤家是如何处理的呢。

4 关于images的问题，最近利⽤脚本产⽣了2、4的POSCAR的⽂件，发现只有2的能跑起来，我的服务器是4个核的。

看别⼈发的贴：指定4个cpu同时计算，应该是1个cpu⼀个image 。

为什么我设置4个image跑不起来呢？？
1.实验＋经验＋运⽓
2.开始的时候可以较⼩，然后验证时再做精确点的计算
4.VASP中和我个⼈的感觉是最后⽤1个image，收敛快⽽且可靠点，太多很难受的
我是新⼿，分享⼀下体会吧。

不妥的地⽅请⾍友斧正之。

1.据说现在流⾏的过渡态算法多⽤CINEB，vasp⾃带的NEB也可以，但是镜像受⼒优化和势垒精确度以及收敛速度略逊于CINEB，lz可以google到其官⽅⽹站了解。

初始和终了的结构是局部能量最低的构型（vasp做弛豫收敛的构型），⾄于lz
所关⼼的是从具体结构之间的过渡的化，⼀是猜测，⼆是⽂献吧。

基本出发点是能量趋向降低的构型。

2.DFT理论计算能量可能更准确，对⼒的计算由于是对能量再求导，涉及数值算法原因可能不准，所以收敛标准基本采⽤
默认即可，有时适当提⾼（⼀个量级以内）也是可以的。

在合理的精度范围内讨论出合理的结果就达到⽬的了，这是师兄
告我的。

基本上收敛精度⾼于默认值去跑的话，那就god bless you了。

3.虚频没有关注过。

只知道在鞍点位置才应该有⼀个虚频，属于鞍点具有的特性吧。

为何要消除呢？根据这个好像才能按
速率理论算出反应率的吧，这个我没有经验。

只关注过势垒。

4.image数量越多，相互之间受⼒需要同时满⾜收敛准则，速度肯定会降低，但是这样找到的能量最低路径也会与实际更加符合。

没错，每个image事实上是需要相当于单独计算的构型的cpu的数⽬的，所以4个核的话，平均⼀个image⼀个cpu，实在是不⼀定跑得动。

如果体系原⼦数较多，k点⽹格较密，能量截断值再⼀⾼，估计经过很久才可能有结果。

祝你好运。

⾮常感谢您的回帖。

关于第⼆个问题，我已基本了解。

谢谢。

关于第⼀个我想我应该对初始结构做很多猜测（当然向⼀楼
说的实验+经验+运⽓我现在没有经验，只有借助外界的⼒量和努⼒了）。

关于第三个问题，由于产物和反应物是⾃⼰设计的，优化完之后做个频率分析时，难免会有虚频出现啊，特别是初始产物，由于是两个物质放在⼀起优化的。

第四个问题
是这样的我觉的四个核，应该四个images能跑起来啊，可是跑不起来是什么原因呢，提⽰INCAR中IMAGE错误。

由于我是分⼦的表⾯吸附，所以只考虑截断能，原⼦，k点取Gamma点。

这是我关于我的问题的补充。

有不妥之处，请指教！！谢谢。

你好！⾮常感谢您的回帖。

关于第⼀个问题我想只有借助于⽂献和尝试了。

第⼆个问题请问精确点的计算从哪⼏⽅⾯着⼿，⾸先在优化结构时，截断能我已经取的很⼤，由于是分⼦，K点只能取Gamma点，关于你说的精确点是不是提⾼收敛标准呢？但是⼆楼给我的经验是最好采⽤默认值，实在想提⾼精度，最好控制在⼀个量级内。

关于第四个问题，我对您说的是这样理解的。

开始的时候⽤⼤于⼀个的images，最后⽤⼀个image。

关于这个我不是很明⽩。

在TST tools看CNEB的原理时取得是8个images，当然images越多，需要的计算资源越⼤。

别⼈的经验告诉我images最好取4--8个。

关于您说的最后⽤⼀个image是什么意思呢，我个⼈认为在搜索TS的时候优化的是IMAGES的构型，初始的和产物的构型没有改变。

请问您的最后是在什么的基础上进⾏的呢？可能我说的有错误之处，请指教！谢谢
我的是分⼦放在超晶胞中的计算，⽂献中也⽤的是Gamma点。

我打错了。

应该是最好1个image，然后在这个image和节点之间再插⼊image，逐步细化，⽽不是⼀步到位，这样⽐较可控，不会因为⽆法收敛⽽浪费很多的计算时间，⽽且如果不放⼼，最后可以做⼀个验证。

噢⾮常感谢，我明⽩你的⽅法了，谢谢。

呵呵，我以为你是算吸附的时候⽤gamma……
是呀，image取多了相当难受，收敛很慢，试试这个连续1个image的⽅法。

多谢！
是啊，算吸附的时候也是⽤Gamma点。

我的所⽤的体系也是个分⼦。

在表⾯吸附怎么可以⽤gamma点呢？⼀个k点，根本就没有任何意义的。

建议你增加k点密度，从4*4*1到6*6*1之间，最好你作个收敛性测试。

请问这样如何决定哪个image是TS呢? 请问你数据是怎么处理的？。