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汉语拼音音节索引表(很漂亮的完整版)
A a 啊ai 哀an 安ang 肮ao 熬B ba 八bai 白ban 班bang 帮bao 包bei 杯ben 奔beng 崩bi 逼bian 边biao 标bie 别bi 宾bing 兵bo 玻bu 不C Ca 擦cai 猜can 餐cang 仓cao 操ce 策cen 岑ceng 层cha 插chai 拆chan 搀chan 昌chao 超che 车chen 尘chen 称chi 吃chon 充chou 抽chu 初chua欻（走路声）chuai 揣chuan 川chuang 窗chui 吹chun 春chuo 戳ci 词cong 聪cou 凑cu 粗cuan 撺cui 崔cun 村cuo 搓Dda 搭dai 呆dan 单dang 当dao 刀de 德dei 得den 扽deng 登di 低dia 嗲dian 颠diao 刁die 爹ding 丁diu 丢dong 东dou 兜du 都duan 端dui 堆dun 吨duo 多Ee 鹅ei欸（叹词）en 恩en鞥(马缰绳)er 儿FFa 发fan 翻fang 方fei 非fen 分feng 风fo 佛fou 否fu 夫GGa 嘎gai 该gan 干gang 钢gao 高ge 哥gei 给gen 根geng 耕gong 工gou 沟gu 姑gua 瓜guai 乖guan 官guang 光gui 规gun 棍guo 锅H ha 哈hai 孩han 含hang 杭hao 蒿he 喝hei 黑hen 痕heng 恒hm 嗽hng 哼hong 烘hou 喉hu 呼hua 花huai 怀huan 欢huang 荒hui 灰hun 昏huo 活J ji 机jia 家jian 尖jiang 江jiao 交jie 街jin 今jing 京jiong 迥jiu 究ju 居juan 捐jue 决jun 军Kka 咖kai 开kan 刊kang 康kao 考ke 科kei 剋ken 肯keng 坑kong 空kou 抠ku 枯kua 夸kuai 快kuan 宽kuang 筐kui 亏kun 昆kuo 阔Lla 拉lai 来lan 兰lang 狼lao 捞le 勒lei 类leng 冷li 里lia 俩lian 连liang 良liao 疗lie 列lin 林ling 令liu 留lo 咯long 龙lou 楼lu 炉lǚ吕luan 乱lue 略lun 抡lu 罗Mm 呣ma 妈mai 埋man 蛮mang 忙mao 猫me 么mei 眉men 门meng 蒙mi 迷mian 面miao 苗mie 灭min 民ming 明miu 谬mo 摸mou 谋mu 木Nn 嗯na 那nai 乃nan 男nang 囊nao 闹ne 讷nei 内nen 嫩neng 能ng 嗯ni 泥nian 年niang 娘niao 鸟nie 捏nin 您ning 宁niu 牛nong 农nou 耨（锄草）nu 奴nu 女nuan 暖nue 虐nuo 挪Oo 哦ou 欧Ppa 怕pai 拍pan 潘pang 旁pao 抛pei 胚pen 喷peng 烹pi 批pian 偏piao 飘pie 撇pin 拼ping 乒po 坡pou 剖pu 扑Qqi 七qia 恰qian 千qiang 枪qiao 敲qie 切qin 亲qing 青qing 穷qiu 秋qu 区quan 圈que 缺qun 群Rran 然rang 嚷rao 饶re 热ren 人reng 扔ri 日rong 容rou 柔ru 如ruan 软rui 锐run 润ruo 弱Ssa 撒sai 赛san 三sang 桑sao 搔se 涩sen 森seng 僧sha 沙shai 筛shan 山shang 商shao 烧she 奢shei 谁shen 深sheng 声shi 诗shou 收shu 书shua 刷shuai 衰shuan 闩shuang双shui 水shun 顺shuo 说si 思song 松sou 搜su 苏suan 酸sui 虽sun 孙suo 梭Tta 他tai 胎tan 贪tang 汤tao 涛te 特teng 疼ti 梯tian 天tiao 挑tie 贴ting 听tong 通tou 偷tu 突tuan 团tui 推tun 吞tuo 拖W wa 挖wai 歪wan 弯wang 汪wei 威wen 温weng 翁wo 窝wu 污Xxi 西xia 虾xian 先xiang 香xiao 消xie 些xin 新xing 星xiong 兄xiu 休xu 需xuan 宣xue 靴xun 勋Yya 呀yan 烟yang 央yao 腰ye 爷yi 一yin 音yo 唷yong 拥you 优yu 淤yuan 渊yue 约yun 云Zza 匝zai 栽zan 赞zang 赃zao 遭ze 则zei 贼zen 怎zeng 增zha 扎zhai 摘zhan 沾zhang 章zhao 招zhe 遮zhei 这zhen 针zheng 征zhi 之zhong 忠zhou 州zhu 朱zhua 抓zhuai 拽zhuan 专zhuang 庄zhui 追zhun 准zhuo 捉zi 资zong 宗zou 邹zu 租zuan 钻zui 最zun 尊（注：文档可能无法思考全面，请浏览后下载，供参考。
NCB介绍
FASTA
FASTA程序是第一个广泛使用的数据库相似性 搜索程序。 程序引用取代矩阵实行局部比对以获得最佳搜 索。但众所周知，使用这种策略会非常耗费工 作时，为了提高速度，在实施耗时的最佳搜索 之前，程序使用已知的字串检索出可能的匹配。 在速度和敏感度之间权衡选择依赖于ktup参数。 它决定了字串的大小。增大ktup参数就会减少 字串命中的数目，也就会减少所需要的最佳搜 索的数目和搜索的速度。 从2.0版本开始，FASTA对每一个检索的比对 都提供一个统计学显著性的评估。 Ftp：///pub/fasta/
完整的基因组
参见下面Genome和Maps部分，包括各 种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母， 线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质 粒。 人
OMIM：在线人类孟德尔遗传
经常更新的人类基因和遗传失调的目录， 有链接到其它相关的文献参考，序列记 录，和相关数据库。
蛋白序列
Entrez蛋白 —用accession number,作者姓 名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其 它的文本术语来搜索蛋白序列记录（在 GenPept + Swiss-Prot + PIR + RPF + PDB 中）。更多的关于Entrez的信息见下。如 果 要 检 索 大 量 数 据 ， 也 可 使 用 Batch Entrez（批量Entrez）。
核酸序列 Entrez核酸 — 用accession number,作者姓 名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其 它的文本术语来搜索核酸序列记录（在 GenBank + PDB中）。更多的关于Entrez 的信息见下。如果要检索大量数据，也 可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
Pubmed数据库
MEDLINE数据库的标记码
（3）出版商提供的电子文献---[PubMed - as supplied by publisher]
（4）NCBI其它数据库的相关记录
Medline数据库
由出版商提供的检索记录
Premedline数据库
Pubmed identifier 本条数据在数据库中的 唯一标识号
所属的美国生物技术信息中心（NCBI
for Biotechnology Information）开发研制的网络文献 检索系统。由许多期刊出版商参与共建
PubMed特点： 1、资源丰富 2、强大的链接功能（LinkOut）可链接许多免费的全 文期刊可根据检中的二次文献直接在网上订购原文。 3、提供多种检索方式 4、提供多种显示格式 5、报道速度比MEDLINE更快，更新。
网络版——PubMed检索系统
美国《医学索引》印刷版
Index Medicus 简称IM，是美国国立医学图书馆 编辑出版的、世界上最负盛名的医学文献检索工具。 包括题录,文摘及部分全文。 美国《医学索引》内容包括： 基础医学、 职业卫生、 卫生管理、 营养卫生、 环境医学、 药理和药剂学、 临床医学、 护理学、 卫生保健、 齿科学、 情报学 兽医学
点击 精确查找
所检索的词本身不是主题词，但此页列 出了所有与其内容相关的主题词---《主题词字顺表》,可以从中选择自己 需要的主题词
Sugar diabetes
点击 精确查找
说明sugar diabetes这个 词组没被收入 主题词数据库
Diabetes mellitus
点击 精确查找
Diabetes mellitus
通过树状结构表的方法来确定主题词主要考察两点：
NCBI的使用方法
怎么使用NCBINCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心[url]/[/url]NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NCBI提供检索的服务包括：1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。
GenBank是由NCBI 受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。
它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。
这三个组织每天交换数据。
其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。
2．Molecular Databases（分子数据库）：Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。
Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。
Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。
MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。
Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。
其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。
3．Literature Databases（文献数据库）（1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。
生物信息学数据库
欧洲生物信息学研究所完整基因组数据库/genomes/
欧洲生物信息学研究所序列数据库研究组/seqdb/index.html
加拿大生物信息学资源http://cbr-rbc.nrc-cnrc.gc.ca/index_e.php
这是加拿大生物信息学资源(CBR)的网站。该网站由加拿大国家研究委员会(NRC)创建，旨在为国家研究委员会与其它**、学术部门的科学家提供广泛使用的生物信息学工具和共享数据。加拿大生物信息学资源部分由一个专门使用该资源的委员会管理，而且其资源在用于教育和非盈利研究时只需注册均可免费作用。网站还提供有关新闻、服务与下载等信息。
法；PSI- BLAST用迭代型的剖面打分算法，每次迭代所费时间与前者相同，它可
检索弱同源的目标；PHI-BLAST 98年刚出台，是模体（Motif ）构造与搜索软件
，是更灵敏的同源搜索软件。例如线虫的CED4是apoptosis 的调控蛋白，含有涉
及磷酸结合的P 环模体，在各种ATP 酶和GTP 酶中可发现。在用gapped BLAST搜
相似的功能。另有，按PHI- BLAST搜索在MutL DNA修复蛋白中的ATP 酶域，II型
拓扑异构酶，组氨酸激酶和HS90家族蛋白，发现一个新的真核蛋白族，共有HS90
型ATP 酶域。再有在古核tRNA核苷酸转移酶中发现核苷酸转移酶域，在细菌DNA
引物酶的古核同源体中发现螺旋酶超家族II的模体VI。用以往的搜索法这些是得
，稍有变化。expect简称E-value ，已经考虑了数据库的因素。其意义是：当用
咨询序列搜索一个数据库（如非冗余的SwissProt ，现有77419 条序列，共27864727
生物信息学网站网址(全)
生物信息学网站分子生物学数据库综合目录1。
ＳRＳ序列查询系统(分子生物学数据库网络浏览器)2、分子生物学数据库及服务器概览3. BioＭedNeｔ图书馆4。
DBGET数据库链接5、哈佛基因组研究数据库与精选服务器6.约翰。
霍普金斯大学(Jｏhｎs Hopkｉns Unｉｖeｒsｉtｙ) OWL网络服器7. 生物网络服务器索引,ＵＳＣS8。
分子生物学数据库列表(LiMＢ) gｏpheｒ://gopher、nｉh、goｖ/11/molｂio ／ｏthｅr9。
病毒学得WWＷ服务器,UＷ—Madison1０。
UK ＭRC 人类基组图谱计划研究中心11。
生物学家与生物化学家得资源12。
其她生物网络服务器得链接13. 分子模型服务器与数据库14、EMBO实际结构数据库１5。
蛋白质科学家得网络资源1６、ＥxPAＳy分子生物学服务器1７。
抗体研究网页18. 生物信息网址19、乔治。
梅森大学(Geｏｒge Mason Uｎiｖersiｔｙ)得生物信息学与计算分子生物学专业20. IＮFOBIＯＧEN数据库目录2１. 国家生物技术信息研究室22。
人类基因组计划情报23、生物学软件及数据库档案2４.蛋白质组研究:功能基因组学得新前沿(著作目录)序列与结构数据库一、主要得公共序列数据库1。
EMBL 服务器２。
Gｅnbａnk 数据库查询形式(得到Ｇenbａnk得一个记录)３、蛋白质结构数据库服务器(得到一PDB结构)4。
欧洲生物信息学研究中心(EBI)5。
EBＩ产业支持6、SＷISＳ－PＲOT(蛋白质序列库)7. 大分子结构数据库8。
Moleｃuｌes R Uｓ(搜索及观察一蛋白质分子)9. PIＲ国际蛋白质序列数据库1０。
SＣOP(蛋白质得结构分类),MRC1１. 洛斯阿拉莫斯得HIV分子免疫数据库１2. TＩＧR数据库13、NCBI 浏览器１４、剑桥结构数据库(小分子有机得及有机金属得结晶结构)1５。
基因本体论坛二。
国内外开放存取免费资源大全
国内外开放存取免费资源大全关键词：开放存取数据库期刊网址开放存取（Open Access,简称 OA），是20世纪90年代在国外发展起来的一种新的出版模式，旨在促进学术交流，扫除学术障碍。
它依托网络技术，采用“发表付费，阅读免费”的形式，通过自归文档和开放存取期刊两种途径，实现开放期刊、开放图书、开放课件和学习对象仓储等内容的知识共享。
根据有关规定，凡是开放存取的作品，其作者不能再向编辑部投稿，否则将受到处罚；读者引用开放存取作品而生成新的学术成果，必须注明其来源。
以下是国内外开放存取免费资源的网址链接。
国内：1. 中国科技论文在线（/）中国科技论文在线是经教育部批准，由教育部科技发展中心主办的科技论文网站，该网站提供国内优秀学者论文、在线发表论文、各种科技期刊论文（各种大学学报与科技期刊）全文，此外还提供对国外免费数据库的链接。
2. 中国预印本服务系统（/eprint/index.jsp）中国预印本服务系统提供国内科研工作者自由提交的科技文章，一般只限于学术性文章。
系统的收录范围按学科分为五大类：自然科学、农业科学、医药科学、工程与技术科学、人文与社会科学。
3. 奇迹文库预印本论文（/）奇迹文库预印本论文系统收录的学科范围主要包括自然科学（理学、数学、生命科学等），工程科学与技术（计算机科学、信息处理、材料科学等），人文与社会科学（艺术、法学、政治、经济、图书情报学等），其他分类（科学随想、毕业论文、热门资料等）。
奇迹文库预印本论文专门收录中文原创研究文章、综述、讲义及专著(或其章节)，同时也收录作者以英文或其他语言写作的资料。
4. 香港科技大学图书馆知识库（t.hk/dspace/）香港科技大学图书馆知识库是由香港科技大学图书馆用Dspace软件开发的一个数字化学术成果存储与交流知识库，收有由该校教学科研人员和博士生提交的论文（包括已发表和待发表）、会议论文、预印本、博士学位论文、研究与技术报告、工作论文和演示稿全文共1754条。
蛋白质组相关生物信息学
比500 bp或更多一些碱基对的序列，这就有一个由 大量的较短的序列全体构成的重叠群。逐步把它们 拼接起来形成序列更长的重叠群，直至得到完整序 列的过程称为重叠群装配。
蛋白质组相关生物信息学
8．遗传密码的起源
遗传密码为什么是现在这样的？这一直是一个谜。 一种最简单的理论认为，密码子与氨基酸之间的关 系是生物进化历史上一次偶然的事件而造成的，并 被固定在现代生物最后的共同祖先里，一直延续至 今。不同于这种“冻结”理论，有人曾分别提出过 选择优化、化学和历史等三种学说来解释遗传密码。 随着各种生物基因组测序任务的完成，为研究遗传 密码的起源和检验上述理论的真伪提供了新的素材。
蛋白质组相关生物信息 学
2020/12/5
蛋白质组相关生物信息学
蛋白质组研究中的生物信息学
第一节 生物信息学简介
蛋白质组相关生物信息学
一、什么是生物信息学 生物Fra bibliotek息学是随着人类基因组计划而发展
起来的。生物信息学是一门新兴的交叉学科。 它包含了生物信息的获取、处理、存储、发 布、分析和解释等在内的所有方面．它综合 运用数学、计算机科学和生物学的各种工具， 来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。
国内外都开展了生物信息处理算法并行化方 向的研究。主要是研究生物信息学中的一些 关键的算法，研究其中的可并行性．然后将 其固化到硬件芯片中，从而提高整个计算系 统的性能。 11. 其它
如基因表达谱分析，代谢网络分析，基因 芯片设计和蛋白质组学数据分析．逐渐成为 生物信息学中新兴的重要研究领域。
蛋白质组相关生物信息学
日本1984年着手建立国家级的核较数据库DDBJ， 1987年正式服务。目前绝大部分核酸和蛋白质数据 由美国、欧洲和日本产生，以上三家共同组成了 DDBJ/EMBI／GeneBank国际核酸序列数据库。其 他国家如德国、法国、意大利等也纷纷建立自己的数 据库，为本国服务。
ExPASy简介
作为进入其他生命科学网络资源的门户的ExPasy网上的海量信息已经给生物学家创造了很多便利的条件,同时也不免让人陷入不知从何开始的困惑。
一般来说，生物学家最迫切的问题之一就是如何把不同网站上提供的最新的信息和陈旧的信息,低质量的数据区分开来；为了解决这些问题，ExPasy收集大量的信息。
为生物学家提供下面一系列的工具和链接来解决信息时代的困惑。
Amos' WWW 网站(/alinks.html)超过1000以上的生命科学网络资源,更新得很快,针对不同的特定领域组织成不同的分类.WORLD-2DPAGE(/ch2d/2d-index.html)所有已知的二维凝胶电泳网络数据库服务器的列表及其相关的服务.BioHunt(/BioHunt)提供一个在互联网上检索分子生物学数据的服务.2DHunt(/ch2d/2Dhunt)二维凝胶电泳相关站点的专门索引其他一些有用的ExPasy特性Biochemical Pathways(/tools/pathways)是Boehringer Mannheim的"生物化学途径"的一个有索引,数字化,可以点击的版本.允许用户检索图形化表示的代谢途径,可以直接连接到ENZYME数据库上.DeepView(Swiss-Pdbviewer)(/spdbv)一个可以在Windows,Mac OS,SGI 和Linux多平台下运行的程序,提供了很多的选项用于观察和操纵蛋白质结构.也可以用作基于web的服务程序，用来显示PDB格式的序列.Swiss-Pdbviewer可以作为SWISS-MODEL同源建模工具的补充.2-D PAGE(/ch2d)关于2D PAGE的信息收集,包括实验原型的详细描述,并提供一个2D凝胶浏览器下载.Protein Spotlight(/proteinspotlight)关于一些热点研究的蛋白质或蛋白质组的周期性综述.Swiss-Quiz(/swiss-quiz)如果你答对了一个分子生物学的问题,你就有可能得到一块真的瑞士巧克力.ExPasyBar()一个有用的导航条,可以链接到绝大多数重要的ExPasy数据库和工具.可以作为免费的Mozilla浏览器()的插件,可以从这个地址()下载.镜像站点ExPasy的镜像站点均从位于日内瓦的ExPasy服务器上完全拷贝了所有的信息资源,也同样的定期进行更新.这有利于那些不能连接到瑞士ExPasy服务器或者连接速度很慢的用户访问当地的ExPasy服务.截至目前,一共有8个镜像站点澳大利亚 玻利维亚 巴西加拿大中国大陆韩国台湾美国如何引用ExPasy如果你想在出版物中引用ExPasy,请使用下面的格式:Gasteiger E., Gattiker A.,Hoogland C.,Ivanyi L.,Appel R.D.,Bairoch A.ExPasy: the proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis:Nucleic Acids Res. 31:3784-3788(2003)数据库ExPasy 是个数据库的集合,主要专注的领域是蛋白质分子和蛋白质组学.Swiss-Prot知识库是一个经过人工验证的蛋白质序列数据库.致力于提供高质量的注释,最少的冗余,以及和其他数据库的高度集成.TrEMBL是对Swiss-Prot的补充,EMBL中没集成进Swiss-Prot数据库的所有序列都经过计算机进行注释并集成进TrEMBL.Swiss-Prot和TrEMBL由SIB(瑞士生物信息学研究所)和EBI(欧洲分子生物学研究所)共同维护.目前,Swiss-Prot,TrEMBL和PIR数据库已经联合起来组成了Universal Protein Knowledgebase(UniProt)联盟PROSITE(/prosite)是个蛋白质结构域和蛋白质家族数据库,含有生物学上显著的位点(site),模式(pattern)和模体(profile),可用于鉴定一个未知的蛋白质序列属于哪一个已知的蛋白质家族.SWISS-2DPAGE(/ch2d)是由双向聚丙稀酰胺凝胶电泳鉴别的蛋白质数据库.数据来源于很多不同的样本,例如人,鼠,枯草杆菌,大肠杆菌,酵母等.ENZYME(/enzyme)是一个与酶命名的有关信息的集合SWISS-MODEL(/repository)SWISS-MODEL库是个结构蛋白模型的数据库,使用同源建模方法自动产生.下载服务所有的ExPasy数据库,数据,和相关的文档都可以从ExPasy的ftp匿名下载(ftp://)此外,下载Swiss-Prot和TrEMBL数据库的不同选项,包括不同的子单元发行间隔时间和数据格式在/sprot/download.html 都有文档记录软件和工具ExPasy工具页(/tools)里面有很多有用的序列分析和蛋白质分析工具的链接.其中一些工具由ExPasy团队开发,其他的则指向世界上的其他服务网站.序列和分析工具BLAST提供非常快的序列搜索,可用于蛋白质核酸的序列搜索.ExPasy BLAST服务由EMBnet的瑞士节点维护.BLAST的原始输出经过扩展.ScanProsite使用一个序列来检索在所有在PROSITE数据库中的模式(pattern),模体(profile)和规则(rule).或者反之,用PROSITE数据库中的模式(pattern),模体(profile)和规则(rule)来检索Swiss-Prot,TrEMBL和/或PDB数据库中对应的序列SWISS-MODEL一个自动的蛋白质建模服务,如果一个3维结构未知的蛋白质的序列和已知三维结构的蛋白质的序列有很近的相似关系,那么就可以使用这个工具来构建这个蛋白的3维模型.ProtParam计算一个蛋白质序列的理化参数例如氨基酸残基位置,等电点,原子位置等等.ProtScale根据一个蛋白质序列上的任何氨基酸的scale来计算和表示一个蛋白质的的模体(profile).一个 amino acid scale 定义是为每种氨基酸赋的一个数值,最常用的scale是疏水或者亲水性,或者二级结构构像参数等等.目前有50个可用的scale .RandSeq产生一个随机的蛋白质序列,基于用户指定的氨基酸位置和序列长度.Myristoylator用神经网络的方法预测蛋白质N端的myristoylationSulfinator在蛋白质的序列内预测酪氨酸的硫化位点Translate使用6个读码框把核酸序列翻译成蛋白质序列蛋白质组学工具AACompIdent通过蛋白质的氨基酸成分来鉴别一个蛋白质AACompSim给定一个Swiss-Prot的序列,查询得到有最高的相似度的序列Compute PI/MW计算用户输入的序列或者Swiss-Prot或者TrEMBL数据库中序列的等电点和分子量FindMod预测潜在的蛋白质翻译后修饰和蛋白质中潜在的单氨基酸替换.FindPept综合分子量的信息、化学修饰，翻译后修饰等其他信息共同来鉴定蛋白GlycanMass计算oligosaccharide结构的massGlycoMod预测可能的oligosaccharide结构.PeptideCutter预测给定蛋白序的蛋白酶剪切位点和化学剪切位点PepIndent ,tagIndent, MultiIndent使用很多不同的实验信息来鉴定一个蛋白质,例如等电点,分子量,氨基酸组成,部分序列标记,和肽的质谱数据.(peptide mass fingerprinting data)参考:*EMBnet- European Molecular Biology Network是一个主要位于欧洲的生物信息学服务支持网络.提供培训课程和其他对于生物信息软件用户的服务.网址是。
Blast软件及常用数据库介绍
blastall:通用检索命令 -p（program name）：为需要使用的程序名 blastn：为核酸序列对比搜索程序 -d（database name）：指定所使用的数据库 的名称 -i （input file）：待搜索的序列文件 -o（output file）：指定保存结果的文件
2011-12-22
对比对结果分析比对结果登入ncbi主页点击进入对核酸进行blast点击进入直接输入fasta格式的未知核酸序或者本地上传一个fasta格式的核酸序列文件选择一个合适的数据库进行比对点击运行图形结果匹配序列列表输入的序列在库里比对到的序列genebank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列以及与它们相关的文献著作和生物学注释它是由美国国立生物技术信息中心ncbi建立和维护的
12
2011-12-22
blast软件及常用数据库介绍
如何在windows操作系统下安装使用本 操作系统下安装使用本 如何在 软件？ 地BLAST软件？ 软件
STEP3
执行Blast比对
2011-12-22
blast软件及常用数据库介绍
13
具体步骤 1.将所需比对的序列转化为fasta格式
2.执行比对命令
BLAST软件及常用数据库介绍 软件及常用数据库介绍
制作人：faneds
BLAST的概述：
Blast，全称Basic Local Alignment Search Tool， 即“基于局部比对算法的搜索工具” ，能够实现 比较两段核酸或者蛋白序列之间的同源性的功能， 具有较快的比对速度和较高的比对精度，适用于 多种序列比对的情况，在常规双序列比对分析中 应用最为广泛。
3.对比对结果分析
2011-12-22
blast软件及常用数据库介绍
生物信息学数据库
数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。
核酸序列数据库有GenBank, EMBL, DDBJ等，蛋白质序列数据库有SWISS-PROT, PIR, OWL, NRL3D, TrEMBL等，蛋白质片段数据库有PROSITE, BLOCKS, PRINTS等，三维结构数据库有PDB, NDB, BioMagResBank, CCSD等，与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP, CATH, FSSP, 3D-ALI, DSSP等，与基因组有关的数据库还有ESTdb, OMIM, GDB, GSDB等，文献数据库有Medline, Uncover等。
另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。
生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。
基因和基因组数据库1. GenbankGenbank库包含了所有已知的核酸序列和蛋白质序列，以及与它们相关的文献著作和生物学注释。
它是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立和维护的。
它的数据直接来源于测序工作者提交的序列；由测序中心提交的大量EST序列和其它测序数据；以及与其它数据机构协作交换数据而来。
Genbank每天都会与欧洲分子生物学实验室(EMBL)的数据库，和日本的DNA数据库(DDBJ)交换数据，使这三个数据库的数据同步。
Genbank的数据可以从NCBI的FTP服务器上免费下载完整的库，或下载积累的新数据。
NCBI还提供广泛的数据查询、序列相似性搜索以及其它分析服务，用户可以从NCBI的主页上找到这些服务。
Genbank库里的数据按来源于约55,000个物种，其中56%是人类的基因组序列(所有序列中的34%是人类的EST序列)。
文献检索与论文写作PPT课件
列次序和在书库中的具体位置（架位） 组成：分类号＋书次号
分类号：按学科分类图书 书次号：同类书的排列
郎燕 .宁夏医科大学图书馆 2019/10/26
28
文献检索基础知识
主题语言
以自然语言为基础 用表达概念的词来提示文献的内容 标识符是文字。
郎燕 .宁夏医科大学图书馆 2019/10/26
11
文献检索的重要性
一个科研人员的时间分配表
写报告 9%
查资料 51%
实验研究 32%
查资料 计划思考 实验研究 写报告
计划思考 8%
“他山之石，可以攻玉”。但并 不是每块石头都可以攻玉的。信 息检索就是来寻找最好石头。
郎燕 .宁夏医科大学图书馆 2019/10/26
高级信息产物：综合分析研究大量一次文献 ，浓缩提炼而成的文献如年鉴，进展，述评， 综述，手册，指南，专著等。
零次文献
未经记录、未形成文字材料的非文献型情报 信息如窍门，信号，经验，书信，手稿， 笔记等
医学文献具有以下特点： 1. 数量庞大 3. 语言障碍增加 5. 知识信息更新快
2. 载体多样化 4. 重复发表、学科交叉与出版分散 6. 时滞问题严重
5
科研选题：启迪思维、避免不必要重复； 研究方案：了解课题的发展历史、现状、动向，别
人成功的经验、失败的教训，最大限度地利用已有 的成果，在此基础上开展新的探索； 研究技术：查阅最新最有效的研究技术； 研究过程：遇到困难、发现新问题； 科研结题：鉴定成果的先进性、科学性和实用性； 成果发表：体现论文的创新性和科学性。
郎燕 .宁夏医科大学图书馆 2019/10/26
生物数据库介绍——NCBI
⽣物数据库介绍——NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家⽣物技术信息中⼼）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。
NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser、BLAST、Pimer-Blast、COBALT、RefSeq、UniGene、HomoloGene、ProtEST、dbMHC、dbSNP、dbVar、Epigenomics、the Genetic Testing Registry、Genome和相关⼯具、⽐对查看器、跟踪存档、Sequence Read Archive、BioProject、BioSample、ClinVar、MedGen、HIV-1/⼈类蛋⽩质相互作⽤数据库、Gene Expression Omnibus、Probe、Online Mendelian Inheritance in Animals、the Molecular Modeling Database、the Conserved Domain Database、the Conserved Domain Architecture Retrieval Tool、Biosystem、Protein Clusters and thePubChem suite of small molecule databases，所有这些资源可以在NCBI主页找到。
Databases⼀个提供有关基因组组装结构，装配名称和其他元数据，统计报告以及基因组序列数据链接等信息的数据库。
⼀个有关培养物、动植物样本和其他⾃然样本的精选元数据集。
记录显⽰样本状态，有关馆藏的机构的信息，以及NCBI中相关数据链接。
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医学文献检索
第二节 信息资源的类型与特征
一、文献信息资源类型的划分
（一）按载体类型划分：书写型、印刷 型、缩微型、视听型和电子文献。 印刷型文献可分为：图书、期刊、 会议文献、科技报告、政府出版物、 专利文献、技术标准、产品资料、学 位论文、技术档案。
第二节 信息资源的类型与特征
（二）按文献内容的加工深度、内容性 质与结构有无变化及信息含量的大小划 分：一次文献、二次文献、三次文献和 零次文献 。
第一节 信息、知识、情报与文献
三、情报
情报（information）指人们以各种方式传 递与交流的具有一定目的与时效的信息， 是人们为一定目的搜集的有使用价值的知 识或信息。
情报的属性：传递性、知识性、效用性。
第一节 信息、知识、情报与文献
按内容范围：科学技术情报、社会科学情 报、政治情报、军事情报、经济情报、技 术经济情报、体育情报、管理情报等。 按使用目的：战略情报、战术情报。 按传播形式：口头情报、实物情报、文献 情报以及文字情报、数据情报、音像情报 等。 按公开程度：公开情报、内部情报、秘密 情报、机要情报等。
4.
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信息、知识、情报与文献 信息资源的类型与特征 图书馆文献利用 文献检索系统 文献检索工具与步骤 计算机文献检索源自第一节 信息、知识、情报与文献
一、信息
信息（information）指物质存在或运动方 式与状态的表现形式或反映，是现实世界 事物的反映，它提供了客观世界事物的消 息、知识，是事物的一种普遍属性。 医学信息是指通过观察、实验或借助于其 它工具，对健康/疾病人体生理或病理状态 特征的认识及其反映。
第一节 信息、知识、情报与文献
低脂高蛋白食物一览
低脂高蛋白食物一览强酸性食品：蛋黄、乳酪、甜点、白糖、金枪鱼、比目鱼。
中酸性食品：火腿、培根、鸡肉、猪肉、鳗鱼、牛肉、面包、小麦。
弱酸性食品：白米、花生、啤酒、海苔、章鱼、巧克力、空心粉、葱。
强碱性食品：葡萄、茶叶、葡萄酒、海带、柑橘类、柿子、黄瓜、胡萝卜。
中碱性食品：大豆、蕃茄、香蕉、草莓、蛋白、梅干、柠檬、菠菜等。
弱碱性食品：红豆、苹果、甘蓝菜、豆腐、卷心菜、油菜、梨、马铃薯。
低脂高蛋白食物一览1)肉类：烤煮牛肉、牛肝、羊肉、鸡肉。
(2)鱼类及其它海产品：鲤鱼、鲟鱼、比目鱼、蛤肉、蟹肉、虾、牡蛎。
(3)蔬菜：芦笋、茄子、鲜扁豆、莴苣、豌豆；土豆、菠菜、南瓜、西红柿、卷心菜、花椰菜、黄瓜、绿辣椒、胡萝卜、白箩卜。
(4)水果：所有的水果及果汁(新鲜的、罐装的或冰冻的均可)。
(5)乳制品：脱脂牛奶(鲜奶或奶粉)、人工奶油、家用奶酪。
(6)面包和谷物等：大米、面包、通心粉、咸苏打饼干、玉米粉。
(7)调味品类：蜂蜜、果酱；番茄酱、生姜、芥末、咖啡茶。
高蛋白低脂肪的食物都有：1、大豆及豆制品，这是大家非常熟悉的高蛋白低脂肪食品，而且其所含的脂肪多为不饱和脂肪酸，对健康有利；2、鸡肉和鸭肉，这两种食品都是今年健康食品排行榜的上榜食品。
建议吃的时候去皮食用，减少脂肪的摄入；3、鱼肉，一般畜肉的脂肪多为饱和脂肪酸，而鱼的脂肪却含有多种不饱和脂肪酸，具有很好的降胆固醇作用。
所以，胖人吃鱼肉较好，既能避免肥胖，又能防止动脉硬化和冠心病的发生。
4、兔肉，肉与一般畜肉的成分有所不同，其特点是：含蛋白质较多，每百克兔肉中含蛋白质21.5 克；含脂肪少，每百克仅含脂肪0.4 克；含有丰富的卵磷脂；含胆固醇较少，每百克含胆固醇只有83 毫克；由于兔肉所含的蛋白质高，脂肪少，所以是补充蛋白质的优良选择，冬天用胡萝卜炖兔肉是一道不可多得的营养佳品。
5、牛肉，牛肉的营养价值仅次于兔肉，也是适合于胖人食用的肉类。
每百克牛肉含蛋白质20 克以上，牛肉蛋白质所含的必需氨基酸较多，而且含脂肪和胆固醇较低，所以也是不错的蛋白质补充食品。
蛋白质数据库使用说明
蛋白质数据库使用说明1.高级查询 (1)2.限定词说明 (1)3.显示格式说明 (2)3.1.Summary显示格式 (2)3.2.FASTA显示格式 (3)3.3.SwissProt显示格式 (4)4.数据下载流程 (5)5.数据提交 (6)6.附录 (6)6.1.蛋白质研究的历史 (6)6.2.蛋白质组学与生物信息学 (7)2009年10月16日1.高级查询在首页上点击“数据库”按钮，选择“蛋白数据库”进入蛋白质数据库主页。
在蛋白质主页的左侧栏点击“高级检索”，进入如下图的高级检索页面：蛋白质数据库的高级检索可以最多使用三个限定词来进行更精确的检索，三个限定词之间可以用“AND”和“OR”相连接，其中“AND”表示查询的结果中必须包含它所连接的两个关键词，“OR”表示查询的结果中至少包含它所连接的关键词中的一个。
在左侧的限定词框中可以选择的限定词包括：CAC、AC、Entry Name、Description、Tax ID、Organism、Keywords、Gene Name、Organelle、Length以及Molecular Weight等十一个限定词。
其中Length和Molecular Weight可以进行范围查询。
2.限定词说明蛋白质数据库中相关的限定词说明如下：限定词描述CAC国内用户提交的数据编号AC SwissProt的序列或记录唯一的接收编号Entry Name录入名Description描述Tax ID物种分类号Organism与蛋白质有关的物种的学名和通用名Keywords与其它数据库专用词汇有关的索引名词Gene Name基因的标准名和通用名Organelle细胞器官Length序列的总长度Molecular Weight蛋白质的分子量，单位为道尔顿（Da）3.显示格式说明蛋白质数据库的查询结果有三种显示结果：Summary、FASTA和SwissProt。
3.1.Summary显示格式Summary格式显示了蛋白质条目的摘要信息，主要有两部分组成：1）蛋白质的名称，AC号以及来源物种2）对蛋白质的简要描述信息，如该组成该蛋白质的亚基和生物功能等3.2.FASTA显示格式FASTA格式第一行显示信息包括蛋白质录入名、AC号以及来源物种。
剑网三白名单插件API
GetColorDiamondInfoFromEnchantID 获取玩家身上某个道具的修理价格
GetShopItemRepairPrice 获取玩家身上某个道具的出售价格
GetShopItemSellPrice 获取还有多少帧可以接着买限量的商品
Hand_Get
获取绑定BUFF的描述文本 显示活动Tip 显示区域公共日常Tip 显示任务Tip 文本着色 获取本客户端的玩家ID 响应使用生活技能 响应分解装备 分解装备 更新生活技能的Box状态 显示生活技能Tip 显示书本Tip 获取书本的Tip文本 获取书本的Tip文本 显示配方的link 显示附魔的Tip
获取插件信息
RegisterEvent ReInitUI IsFileExist class Output UILog
注册事件 重新加载UI 判断文件是否存在 创建一个类 在系统消息中输出对应变量的值 在系统消息中输出对应变量的值
IsOptionOrOptionChildPanelOpened 判断是否有选项或其子窗口被打开
clone
var2str SplitString
GetFormatText
FormatHandle
GetFormatImage
KeepOneByteFloat KeepTwoByteFloat FixFloat GetIntergerBit Conversion2ChineseNumber IsTableEmpty IsEmpty GetMoneyTipText
获取角色等级数据
GetLevelUpData
获取玩家界面存盘数据
GetUserPreferences
NCBI数据库集
NCBI数据库集一综合数据库NCBI数据库集美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information），即我们所熟知的NCBI是由美国国立卫生研究院（NIH）于1988年创办。
创办NCBI 的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库（该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构）之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前，NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、My NCBI、PubMed、PubMed Central、Entrez Gene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、Electronic PCR等共计36种功能，而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1 NCBI最新进展1.1 PubMed搜索功能的增强去年，NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中，搜索界面中新增了―Advanced Search‖选项（这实际上是对以往―Limits‖和―Preview/Index‖功能的整合），并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过―论文作者名‖、―论文所属杂志名称‖、―论文出版日期‖等限定条件进行搜索。
而且，―论文作者名‖和―论文所属杂志名称‖还设有文本框自动填充功能。
现在，在PubMed数据库中进行文本搜索的同时还可以立即通过两个―内容传感器（content sensors）‖进行分析。
一个―内容传感器‖是根据作者姓名、所属杂志名称或杂志名缩写、出版日期、卷号或刊号等信息进行分析，然后将符合条件的搜索结果排列到结果列表的顶端。
如何在ncbi上检索
如何在ncbi上检索NCBI包括五个部分，第一部分是欢迎进入NCBI，包括NCBI的最新信息、计划与活动、读者来信、服务地址和用户评论等。
第二部分是基因序列数据库(GenBank)，包括基因库概述、检索与投稿。
第三部分是数据库服务，包括免费的PubMed检索、Entrez 检索、BLAST序列族性检索、电子邮件服务(详见本章第四节)、匿名FTP服务。
第四部分是NCBI的其它资源。
GenBank的检索在NCBI主页的第二部分点击"Searching GenBank"，即可进入GenBank的检索屏幕。
NCBI•提供了五种检索，即Entrez浏览检索、BLAST序列类似性检索、dbEST检索、dbSTS•检索和文本检索(Text Searching)。
一、Entrez浏览检索1.Entrez检索的数据库及其检索信息Entrez浏览器(Entrez Browser)可以检索以下与NCBI•链接的基因序列数据库的分子生物数据和书目文献资料。
••••(1) GenBank、EMBL、DDBJ中的DNA序列; ••••(2) SWISS-PROT、PIR、PRF、PDB中的蛋白质序列以及DNA序列数据库中翻译的蛋白质序列; ••••(3) 基因和染色体图像数据; ••••(4) PDB以及收入NCBI分子模型数据库(MMDB)的蛋白质三维结构; ••••(5) 通过PubMed检索Medline和PreMedline数据库。
••••2.Entrez检索功能••••Entrez提供了以下三种检索功能。
•• (1)自由词检索功能•••用户可以通过文本词、关键词、截词、期刊名或文献的作者检索Entrez数据库。
截词用*号，期刊名必须用Medline刊名缩写，作者姓名必须是姓在前，名在后，用首字母缩写。
••••(2)索引词表(List Terms)检索功能••••索引词表检索是当你键入检索词，Entrez•在你选定的字段中显示从该检索词开始的一个索引词表窗口，这时，你可以选择一个或几个词进行检索，这对单词拼写不准确时非常有用。
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关于电视台新白播出公告/f?ct=318767104&tn=baiduKeywordSearch&sc=7599&p n=0&rn=50&lm=4&rs4=1&rs3=7&word=%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6 新白版本问题咨询与讨论研究/f?ct=318767104&tn=baiduKeywordSearch&sc=7599&p n=0&rn=50&lm=4&rs4=6&rs3=2&word=%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6 新白人物关系及住房地理/%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6/tupian/li st/%E5%9C%B0%E7%90%86%E4%B8%8E%E4%BA%BA%E7%89%A9人物关系图/forum/pic/item/f5b2a40f4bf5b6c0ab64573c.jpg 住房地理帖子/f?kz=627467449新白服装讲解服装集中展示区/%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6/tupian/li st/%E6%96%B0%E7%99%BD%E6%9C%8D%E8%A3%85%E5%BA%93娘子的服装解说/f?kz=538794829小青和媚娘的服装解说/f?kz=547011056新白外景地——追寻娘子的足迹！外景地图片集中区/%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6/tupian/li st/%E6%96%B0%E7%99%BD%E5%A4%96%E6%99%AF%E5%9C%B0相关帖子5篇：1. 《新白》雷峰塔---南京鸡鸣寺药师佛塔!/f?kz=1340192642.镇江金山：追寻娘子的足迹/f?kz=1425064683.新白里仇王府的拍摄地——南京瞻园(图解）/f?kz=2821601694.新白朝山进香的外景地/f?kz=5420396615.图解《新白》江浙外景地/f?kz=550426774新白三字经图文版/%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6/tupian/li st/%E6%96%B0%E7%99%BD%E4%B8%89%E5%AD%97%E7%BB%8F打包下载/down/cherubim_4760108.html帖子/f?kz=70155289新白分集介绍图文版/%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6/tupian/li st/%E6%96%B0%E7%99%BD%E5%88%86%E9%9B%86%E4%BB%8B%E7%BB%8D打包下载/down/cherubim_4760065.html帖子/f?kz=497723106新白外传全集/%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6/tupian/li st/%E6%96%B0%E7%99%BD%E5%88%86%E9%9B%86%E4%BB%8B%E7%BB%8D《新白娘子传奇》各插曲KTV版伴奏（12首）/f?ct=335544320&lm=0&rn=30&tn=postBrowserN&sc=0 &z=591251860&pn=0&word=%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6&rs1=2关于04年台视dvd的一点资料/f?ct=335544320&lm=0&rn=30&tn=postBrowserN&sc=0 &z=570080567&pn=0&word=%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6&rs1=2最早的《新白娘子传奇》磁带的人物造型（11楼开始是正确的）/f?kz=605926727《新白娘子传奇》歌曲简谱相关帖子/f?kz=151110764/%D0%C2%B0%D7%C4%EF%D7%D3%B4%AB%C6%E6/tupian/li st/%E6%AD%8C%E6%9B%B2%E7%AE%80%E8%B0%B1关于下载的新白唱段视频高清晰MKV截取版下载：/f?kz=547791364新白唱段含歌词MP3格式下载地址：/down/cherubim_3999450.html新白D9版+艺术人生11G种子下载地址：/down/cherubim_4003019.html新白娘子传奇清风版种子50全__18G下载地址：/down/cherubim_3999455.html新白十二首主题曲演奏唯芝主义版本下载地址：/down/cherubim_3999457.html新白娘子传奇电视所有台词（对白、唱词）下载地址：/down/cherubim_3999573.html菲特思综艺广播2009年4月3日经典印象新白专场节下载地址：/down/cherubim_4001644.html经典短信铃声下载地址（有不少都是新白的哦）/?folder=1144591新白娘子传奇清风版DVD-MKV高清晰中英文字幕各种下载方式汇集/down/cherubim_4086026.html新白娘子传奇原声大碟之新白电视原声带APE格式十二首主题曲/down/cherubim_4023803.html新白娘子传奇图文版三字经/down/cherubim_4760108.html新白娘子传奇图文版分集介绍/down/cherubim_4760065.html新白娘子传奇人物桌面图标/down/cherubim_4657535.html《新白娘子传奇》电视小说版/down/cherubim_4512668.html新白娘子传奇26首配乐/down/cherubim_4452380.html新白娘子传奇MV全集_千年等一回[MKV][38MB].mkv/down/cherubim_4320013.html浅蓝深呼吸混音.-.[新白娘子传奇配乐原声].专辑.(ape).ape 歌曲下载/down/cherubim_4452410.html浅蓝深呼吸混音.-.[新白娘子传奇配乐原声].专辑.(APE).cue 目录索引/down/cherubim_4454236.html新白娘子传奇原声带-渡情.ape 下载/down/cherubim_4452411.html新白娘子传奇 - 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