将序列转换为FASTA格式的方法

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将序列转换为 FASTA 格式的方法

方法一：利用 NCBI Entrez 查询序列并转存成为 fasta 格式

Entrez 基本操作

1.进入 NCBI 主网页 ()

2.在网页上方 Search 栏选择 database (例：protein)，在 for 字段输入 keyword (例：

TF3A_*)，然后按 GO

3.储存个别序列档案：

结果网页出现后，例如勾选 P03001，在 Display 栏选择 FASTA，在 Send to 栏选择 file，按 Send to 按钮即可将 P03001 序列以 FASTA 格式存在自己的 PC 中。记得选取适当的目录，并输入正确的档名。(例: tf3a_xenla.txt)

4.如何储存batch序列档案：

结果网页出现后，勾选 P34694、P34695、P17842、Q92664、P03001、P39933 等六条序列，在Display 栏选择 FASTA，在 Send to 栏选择 file，按 Display按钮可以检视这些序列的FASTA格式内容，按Send to按钮则可将这一组序列以 FASTA 格式存在自己的 PC

中。记得选取适当的目录，并输入正确的档名。(例: tf3abatch.txt) 这个 batch 序列档案可以用 JEMBOSS的emma 程序进行多序列并列分析。

方法二：利用 JEMBOSS 的 seqret 进行格式转换

请参考JEMBOSS 使用说明网页，seqret 部分。

方法三：利用 GCG command mode 的 tofasta 程序将 gcg 格式的序列转为 fasta 格式使用方法

unix % tofasta序列档案

再选择需要转换的区域 (例如：从第 a 个到第 b 个)，最后储存已转换成功的档案说明

假设使用者有一条 gcg 格式的蛋白质序列tf3a_xenbo.swissprot (核酸序列亦可)，可以利用

tofasta tf3a_xenbo.swissprot来将序列转换为 fasta 格式。存盘之后，再以 more 指令检查是否确实转换完成。

※ ToFastA 使用方法参考：.tw/gcghelp/tofasta.html