大黄鱼线粒体DNA控制区遗传多样性分析

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大黄鱼Rac基因cDNA全长克隆及分析PPT课件

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5、 3’RACE第一轮PCR结果
第一轮扩增得到一条较亮的1100bp左右的条带，阴性对照无条带.
图6 凝胶电泳检测3ˊRACE第一轮反应产物 M：DNA Marker； 1：第一轮反应产物；
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6、3’RACE第二轮PCR
第二轮扩增得到一条大小介于250-500bp之间的条带，与目的条带预期大小基本相符，阴性对照无条带，表明该片段可能就是所需片段，将琼脂糖块回收做后续实验。
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1、Rac蛋白是小分子GTP结合蛋白Ras超家族中最大的亚家族。
2、Rac在囊泡运输中发挥着调节作用。 3、近来发现, Rac与细胞的吞噬作用有关，
是一种免疫相关因子，本实验期望克隆大黄鱼Rac基因序列，为以后进一步研究与分析奠定基础。
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技术路线
分析查找序列
设计引物
提取肌肉组织总RNA 逆转录成cDNA
结论
本实验根据其它动物Rac基因序列设计简并引物，通过RT－ PCR和RACE方法扩增出大黄鱼Rac基因cDNA全长1272bp,其中编码区（ORF）为579bp,编码193个氨基酸。
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致谢语
➢ 感谢韩芳老师在整个毕业论文设计过程中给予的悉心同时感谢课题组的全体老师和同学给予的鼓励和无私的帮助！
图7 凝胶电泳检测3ˊRACE第二轮反应产物 M：DNA Marker； 1：第二轮产物
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7、3’RACE克隆产物的鉴定结果
两个菌落均含有目的条带
图8 凝胶电泳检测菌落PCR产物 M：DNA Marker； 1：以水作为模板的阴性对照； 2：第二轮PCR产物为阳性实用对文照档； 3-4：菌落PCR扩增产物

鱼类线粒体DNA研究新进展

鱼类线粒体DNA研究新进展一、本文概述线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）作为生物体内的一种重要遗传物质，近年来在鱼类研究中逐渐展现出其独特的价值和潜力。

鱼类线粒体DNA研究新进展不仅深化了我们对鱼类遗传多样性的理解，还为鱼类遗传育种、系统发生、种群遗传结构分析等领域提供了有力的工具。

本文旨在综述近年来鱼类线粒体DNA研究的新进展，探讨其在鱼类生物学中的应用前景，以期为鱼类遗传资源保护和可持续利用提供理论支持和实践指导。

本文将首先回顾线粒体DNA的基本结构和特点，然后重点介绍鱼类线粒体DNA的提取方法、测序技术及其在鱼类遗传多样性、系统发生和种群遗传结构分析中的应用。

还将讨论鱼类线粒体DNA在遗传育种和遗传资源保护中的潜在应用价值，并展望未来的研究方向和挑战。

通过本文的综述，希望能够为从事鱼类线粒体DNA研究的学者提供有益的参考和启示，共同推动鱼类线粒体DNA研究的深入发展。

二、鱼类线粒体DNA的结构与功能鱼类线粒体DNA（mitochondrial DNA，mtDNA）是一种双链、闭合环状的分子，通常大小为16-20千碱基对（kb），是细胞器中唯一的DNA分子。

鱼类mtDNA的结构主要包括重链（H链）和轻链（L链），其中H链编码了大部分基因，而L链则编码了剩余的少数基因。

这些基因主要编码线粒体氧化磷酸化系统的13个蛋白质亚基，以及2个rRNA和22个tRNA，这些成分共同构成了线粒体的核糖核蛋白体，负责线粒体内蛋白质的合成。

鱼类线粒体DNA的功能主要体现在以下几个方面：mtDNA是鱼类线粒体遗传信息的载体，通过母系遗传的方式传递给后代，因此，在鱼类遗传学和进化生物学研究中，mtDNA被广泛应用为分子标记。

mtDNA编码的蛋白质是线粒体氧化磷酸化系统的重要组成部分，这些蛋白质参与线粒体的能量代谢过程，对鱼类的生命活动起着至关重要的作用。

mtDNA的突变和变异也被广泛用于鱼类种群遗传结构、遗传多样性和系统发育等研究。

我国科学家发布大黄鱼全基因组图谱

我国科学家发布大黄鱼全基因组图谱由浙江海洋学院、上海交通大学、复旦大学等高校研究机构联合破译的大黄鱼全基因组图谱，日前在世界权威期刊——《自然》周刊发表。

这是继半滑舌鳎之后，我国公布的第二个海水鱼类的基因组图谱，也是世界上第一个石首科鱼类基因组图谱，标志着我国海洋生物学的研究真正进入基因组时代。

自1985年大黄鱼人工养殖取得成功以来，大黄鱼成为我国网箱养殖产量最高的海水经济鱼类。

但随着养殖产业的进一步发展，人工养殖大黄鱼遗传多样性降低、抗病能力减弱的问题日益成为困扰大黄鱼养殖产业发展的重要瓶颈。

“养殖大黄鱼抗病能力差，是不是可能与其免疫系统的特定基因组及其特定进化模式有关联？”浙江海洋学院吴常文教授等科研团队成员基于这样的怀疑，于2010年以来展开专题研究，2012年，《基于全基因组信息的鱼类遗传育种》项目列入国家863计划项目。

科研人员试图通过大黄鱼基因组测序、基因注释，解析大黄鱼抗病性状的遗传基础，为大黄鱼抗病力的遗传解析和抗病力强的优良品系培育奠定了基础。

科研人员发现，绘制出基因序列图谱的大黄鱼基因组，包含48条染色体，比人类还多两条，全基因组大小在750米左右，相当于人类的1/4。

以往包括大黄鱼在内的硬骨鱼免疫基因功能的研究发现，大黄鱼存在一些重要的先天免疫基因，这些基因被海洋病原菌感染后，在鱼体内的表达将严重下调。

科研团队对大黄鱼进行了高深度全基因测序、从头组装和分析，发现大黄鱼具有发育良好的先天免疫系统，形成了一套独特的免疫模式，部分基因在大黄鱼先天性免疫方面起到了重要作用。

这一研究展示了令人兴奋的应用前景，研究团队下一步将重点研究挖掘其他更多的免疫基因，阐明它们在免疫中的作用，解析它们在抗病力呈现中的权重，进而检测野生大黄鱼和养殖大黄鱼的免疫基因组成差异。

研究人员表示，通过大黄鱼免疫基因位点优良等位基因的聚合和选育，将有望培育出先天免疫能力强、抗病力高的大黄鱼抗病品系，解决养殖过程中大黄鱼病害频发的瓶颈问题。

我国主要石首鱼科鱼类分子系统发育及大黄鱼群体遗传结构的DNA标记研究

我国主要石首鱼科鱼类分子系统发育及大黄鱼群体遗传结构的DNA标记研究石首鱼科(Sciaenidae)隶属鲈形目,在全世界范围内共有70个属300余种,是鲈形目中属种最多的科之一。

我国沿海石首鱼类种属众多,共有17个属30多种。

石首鱼科的绝大多数种类肉味鲜美、经济价值高,是海洋渔业和海水养殖的重要对象。

石首科鱼类是我国海洋经济鱼类中产量最大的类群之一,其中大黄鱼(Larimichthys crocea)曾占据着中国“四大海产”的“半壁江山”,是中国重要的海洋经济鱼类。

本研究以我国常见石首鱼的系统发育关系为切入点,分析大黄鱼SSR在亲缘物种中的通用性,进而利用EPIC标记、线粒体COI基因中的DNA序列多态性和SNP深入分析大黄鱼种群遗传多样性,主要结果如下：(1)基于EPIC核基因DNA 序列和线粒体COI基因序列多态性变异分析石首鱼的系统发育关系利用核基因序列内含子多态性(EPIC)及线粒体COI基因对常见9种石首鱼的系统发育关系进行了分析,两种不同的分析途径产生的结果略有不同,从所构建的两种进化树来看,最大的区别是皮氏叫姑鱼(Johnius belangerii)黄姑鱼(Nibea albiflora)及鮸鱼(Miichthys miiuy)的进化差异。

基于线粒体COI基因分析得出的结果表明,皮氏叫姑鱼处于最底端,单独成一支,而其它种聚类成一大支；鮸鱼位于黄鱼亚科的底端,棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)与大黄鱼及小黄鱼(Larimichthys polyactis)聚类成一支。

核基因DNA序列所构建的系统发育树表明,9种石首鱼共分为两组,一组由黄鱼属及梅童鱼属组成；另一组则由皮氏叫姑鱼、黄姑鱼(Nibea albiflora)、白姑鱼(Pennahia argentata)、眼斑拟石首鱼(Sciaenops ocellatus)及日本银姑鱼(Argyrosomus japonicu)组成。

利用线粒体DNA控制区部分序列分析不同地理群体大泷六线鱼遗传多样性

利用线粒体DNA控制区部分序列分析不同地理群体大泷六线鱼遗传多样性李莹;王伟;孟凡平;李占东【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2012(036)008【摘要】利用PCR技本扩增了6个野生地理群体大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)线粒体DNA控制区的部分序列,共获得352bp碱基序列,31尾个体定义了22种单倍型.中性检验Fu's Fs值为-0.14881(P＜0.01).分子变异分析(AMOVA)结果显示:遗传分化指数Fst=0.7398(P＜0.01),73.98％的变异来自群体间,26.02％的变异来自群体内.根据不同个体间的遗传距离构建了NJ和MP系统树,两种方法获得了相似的进化树.其中青岛群体与旅顺群体的一部分个体单独成支,其它群体聚为1支.研究结果表明,大泷六线鱼群体遗传多样性较为丰富,群体间发生了较大的遗传分化,证明线粒体DNA控制区基因可用于大泷六线鱼群体内及群体间遗传多样性的分析.%Nucleotide sequences of mitochondrial DNA control region partial sequence from six wide stocks of Hexagrammos otakii were amplified using PCR technique. Twenty-two haplotypes were identified from 31 individuals according to the determined sequences. The value of Fu's Fs of neutrality tests was -0.14881 (.PO.01). AMOVA analysis demonstrated that the Fst was 0.7398 (P<0.01), and 73.98% variances occurred among populations and 26.02% variances occurred within populations. The NJ and MP molecular phylogenetic trees constructed by the distances among different individuals were similar. The phylogenetic trees were all dividedinto two branches. The Qingdao population and one part of the Lvshun population made up one branch, the rest populations were, clustered into the other branch. The results suggested that the genetic diversity of the Hexagrammos otakii populations was abundant, and there was a huge genetic differentiation among populations. It was also verified that the gene sequence of mitochondrial DNA control region could be used to analyze the genetic diversity of Hexagrammos otakii within or among populations.【总页数】7页(P40-46)【作者】李莹;王伟;孟凡平;李占东【作者单位】大连海洋大学农业部北方海水增养殖重点实验室,辽宁大连116023;大连海洋大学农业部北方海水增养殖重点实验室,辽宁大连116023;大连海洋大学农业部北方海水增养殖重点实验室,辽宁大连116023;东港出入境检验检疫局,辽宁东港118300【正文语种】中文【中图分类】Q347【相关文献】1.不同地理群体乌鳢线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性 [J], 董新培;穆淑梅;周楠;康现江;罗青;白俊杰2.大泷六线鱼6个野生群体遗传多样性的12S rRNA基因分析 [J], 王伟;高伟峰;张赛赛;董安然;姜欣彤3.大泷六线鱼6个群体遗传多样性的微卫星分析 [J], 武世雄;姜欣彤;王伟;张赛赛;董安然;王宏宇;李莹4.基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析 [J], 赵文溪; 刘莹; 于超勇; 王丽娟; 宋爱环; 刘洪军; 张树东; 官曙光5.大泷六线鱼放流群体与野生群体遗传多样性比较 [J], 郭婷;宋娜;刘淑德;涂忠;胡发文;高天翔;陈健因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

线粒体控制区在鱼类种内遗传分化中的意义

线粒体控制区在鱼类种内遗传分化中的意义线粒体控制区在鱼类种内遗传分化中的意义线粒体DNA(mtDNA)作为分子标记已被广泛应用于各物种系统发生的研究.mtDNA控制区序列(D-loop)以其较高的突变积累对于研究物种种内的遗传分化具有重要价值.鱼类是脊椎动物中最原始但在种属数量上又最占优势的类群,其物种繁多,分布广泛,起源复杂,研究其系统发生历来是令人饶有兴趣的`课题.D-loop在研究鱼类种内遗传分化中具有多方面的重要意义.近年来,已有越来越多的研究工作将D-loop作为分子标记来探讨各种鱼类的种内遗传分化,并且获得了许多有启发性的结果.青海湖是我国内陆最大的咸水湖,湖中主要鱼类为青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii),D-loop分析初步结果显示青海湖及其周围河流中的裸鲤似乎没有新的种内遗传分化现象.作者：谢振宇杜继曾陈学群 WANG Yu-Xiang Brent W Murray XIE Zhen-Yu DU Ji-Zeng CHEN Xue-Qun WANG Yu-Xiang Brent W Murray 作者单位：谢振宇,杜继曾,陈学群,XIE Zhen-Yu,DU Ji-Zeng,CHEN Xue-Qun(浙江大学生命科学学院神经生物学与生理教研室,杭州,310027)WANG Yu-Xiang,WANG Yu-Xiang(Department of Biology,Queen's University,Kingston,Ontario,K7L 3N6,Canada) Brent W Murray,Brent W Murray(College of Science and Management,University of Northern British Columbia,Prince George,V2N 429,Canada)刊名：遗传 ISTIC PKU 英文刊名： HEREDITAS(BEIJING) 年，卷(期)： 2006 28(3) 分类号： Q959.46 关键词：线粒体DNA 控制区序列鱼类种内遗传分化青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)。

大黄鱼养殖群体遗传多样性的同工酶

大黄鱼养殖群体遗传多样性的同工酶全成干;王军;丁少雄;苏永全【期刊名称】《厦门大学学报（自然科学版）》【年(卷),期】1999(038)004【摘要】应用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)法对取自厦门市火烧屿养殖大黄鱼的9种同工酶15个基因座位进行分析,结果表明:大黄鱼眼球中乳酸脱氢酶(LDH)酶谱表现为LDH的经典模式.在所研究的大黄鱼养殖群体中,多态位点比例(P)为0.067,平均杂合度的观测值(Ho′)为0.013,预期值(He)为0.012,位点有效等位基因数(Ne)为1.067,Hardy-Weinberg遗传偏离指数(D)为0.083.该养殖群体的遗传多样性水平较低,这与大黄鱼养殖群体已出现的种质退化是一致的.【总页数】5页(P584-588)【作者】全成干;王军;丁少雄;苏永全【作者单位】厦门大学海洋学系、亚热带海洋研究所,厦门,361005;厦门大学海洋学系、亚热带海洋研究所,厦门,361005;厦门大学海洋学系、亚热带海洋研究所,厦门,361005;厦门大学海洋学系、亚热带海洋研究所,厦门,361005【正文语种】中文【中图分类】Q347;Q348;Q173【相关文献】1.舟山附近海域3个大黄鱼养殖群体遗传多样性的微卫星分析 [J], 许益铵;柳敏海;油九菊;罗海忠;王惠儒;傅荣兵2.大黄鱼野生群体与养殖群体遗传多样性研究 [J], 陈淑吟;徐士霞;张志勇;郭忠仁;孙中响;朱立静3.大黄鱼(Pseudosciaena crocea)养殖群体遗传多样性的降低 [J], 黎中宝;方秀;陈锦;常建波;雷光高;张桂玲;赵斌丽;王展林4.斑节对虾养殖群体遗传多样性的同工酶和RAPD分析 [J], 谭树华;王桂忠;艾春香;林琼武;李少菁;管卫兵5.岱衢洋与官井洋大黄鱼养殖群体遗传多样性的AFLP分析 [J], 娄剑锋;雷世勇;竺俊全;吴雄飞因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

大黄鱼的遗传多样性与种群遗传结构的研究

大黄鱼的遗传多样性与种群遗传结构的研究概述大黄鱼（Larimichthys crocea）是中国沿海地区重要的经济性鱼类之一，也是一种重要的渔业资源。

研究大黄鱼的遗传多样性和种群遗传结构，对于了解其遗传背景、保护和管理资源等方面具有重要意义。

本文将介绍大黄鱼遗传多样性的研究进展，包括遗传多样性评价方法、种群遗传结构的分析和影响因素等。

遗传多样性评价方法遗传多样性是指一个物种或种群中的基因组变异与表达的多样性。

在研究大黄鱼的遗传多样性时，通常采用多种遗传标记来评估，如线粒体DNA序列、微卫星标记和SNP等。

这些遗传标记可以帮助我们了解物种或种群的遗传多样性，并为进一步研究提供基础数据。

种群遗传结构的分析种群遗传结构是指一个物种或种群内的个体间遗传联系的程度。

通过分析大黄鱼的种群遗传结构，我们可以预测不同种群间的遗传流动和遗传漂变情况。

常用的方法包括F统计、AMOVA、分子变异分析等。

这些分析方法有助于了解大黄鱼不同种群的基因交流情况、遗传流动的程度，以及是否存在地理或环境隔离等影响因素。

影响大黄鱼遗传多样性和种群遗传结构的因素大黄鱼的遗传多样性和种群遗传结构受到多个因素的影响，包括地理因素、生态因素和人为因素等。

地理因素：地理隔离是影响物种遗传多样性和种群遗传结构的重要因素之一。

在大黄鱼中，不同地理区域的种群之间由于地理障碍可能存在遗传分化。

例如，在中国东海地区，大黄鱼的一个种群分布在近岸近shore区域，另一个种群则主要分布在海岸线以外的offshore区域。

这种地理分布差异可能导致这两个种群的遗传多样性和种群遗传结构的差异。

生态因素：生态因素也会对大黄鱼的遗传多样性和种群遗传结构产生影响。

例如，大黄鱼是一种迁徙性鱼类，其遗传结构可能受到洄游行为的影响。

同时，栖息地的质量以及食物、栖息环境的可用性也会影响大黄鱼种群的遗传多样性。

人为因素：人类活动对大黄鱼的遗传多样性和种群遗传结构也有一定的影响。

大黄鱼种群遗传演化的分子遗传学研究

大黄鱼种群遗传演化的分子遗传学研究大黄鱼作为我国重要的经济鱼类，其种群遗传演化的研究一直备受关注。

分子遗传学作为一种先进的研究手段，可以为我们揭示物种演化、遗传多样性和群体结构的内在规律。

本文将着眼于大黄鱼种群遗传演化的分子遗传学研究，分别从遗传多样性、群体结构和分化历史三方面进行讨论。

遗传多样性遗传多样性是衡量物种适应性和生存能力的一个重要条件。

大黄鱼种群中的遗传多样性一直备受关注。

近年来，通过采用各种分子标记技术，可以直接测定某个区域内物种内部的可检测的多样性水平。

其中，微卫星标记技术是目前应用最广泛的分子标记技术之一，其核心原理是利用多态性高的重复序列作为检测场所，确认DNA的来源。

例如，2008年，蔡莹研究组利用微卫星分子标记法对南海大黄鱼群体遗传分析，发现它们的基因多样性比较高，群体间的遗传分化比较明显，表明大黄鱼具有较强的适应性。

另一方面，随着高通量测序技术的广泛应用，SNP标记的多样性被赋予了更多的意义。

2012年，针对大黄鱼全基因组SNP探针，马玉钊等人进行了较全面的筛选和验证，关注了中国、日本、韩国等地的5个大黄鱼繁殖群体（8个地理亚群），共发现3178个高质量的SNP标记。

通过对这些SNP分子标记的检测，发现大黄鱼整体遗传多样性水平较高，其中黄海和东海亚群体多样性水平明显低于南海和日本亚群体。

此结果为今后针对大黄鱼群体遗传的深入探究带来有力的基础性数据。

群体结构通过遗传多样性的测定，可以揭示物种间的亲缘关系和群体结构的建立。

大黄鱼的群体结构是其行为进化、数量规模控制和繁殖生物学等现象的结果。

为了探索大黄鱼种群的演化进程，学者们用不同的分子标记方法研究了大量的分子标记。

全基因组SNP探针是当前最有效的分子标记之一，在大黄鱼的群体结构研究中也有所应用。

2013年，赵萌个的研究团队利用SNP检测法对南中国海大黄鱼实体采样物进行了分类，发现从南到北的大黄鱼群体的遗传分化逐渐增强，可将它们分为两个主要亚群：东海-黄海亚群体和南海-印度洋亚群体。

人工繁育大黄鱼（Pseudosciaenacrocea）群体F2及F3遗传差异分析

人工繁育大黄鱼（Pseudosciaenacrocea）群体F2及F3遗传差异分析人工繁育大黄鱼(Pseudosciaena crocea)群体F2及F3遗传差异分析作者：常玉梅;王文文;徐万土;李明云;薛良义;梁利群作者机构：中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,哈尔滨,150070;南开大学生命科学学院,天津,300071;象山港湾水产苗种有限公司,象山,315702;宁波大学生命科学与生物上程学院,宁波,315211;宁波大学生命科学与生物上程学院,宁波,315211;中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,哈尔滨,150070来源：海洋与湖沼ISSN：0029-814X年：2009卷：040期：004页码：414-422页数：9中图分类：Q953正文语种：chi关键词：大黄鱼;微卫星标记;遗传多样性;遗传分化摘要：利用15对微卫星标记对人工繁育的岱衢族(DQ1和DQ2)、闽-粤东族(MY1和MY2)及正交(DM1和DM2)和反交(MD和MD21)F2及F3连续两代共8个群体的250个样品进行了遗传多样性及遗传差异检测.15个位点在所有检测群体中均为高度多态,共检测等位基因215个.每个位点的平均等位基因数是8.1-11.7,平均观察和期望杂合度分别是0.598-0.790和0.732-0.794.F2和F3代内的等位基因频率无明显差异(P>0.05),而两代间在15个位点的等位基因频率上存在约34.13%的遗传差异;Fst值检测发现,F2的4个群体间的Fst值是0.028-0.067,平均0.0429,F3的Fst值是0.037-0.068,平均0.0535.经过一代繁殖,F2和F3之间的遗传分歧平均增加了1%(0.0106);群体间的N-J聚类图显。

大黄鱼种质资源研究进展

第25卷第7期2006年7月水产科学FISH ERIES SCIENCEVol.25No.7J ul.2006大黄鱼种质资源研究进展张祖兴,李明云(宁波大学生命学院,浙江　宁波　315211)关键词:大黄鱼;同工酶;RA PD ;遗传多样性中图分类号:S96512文献标识码:C文章编号:100321111(2006)0720376203 收稿日期:2005-05-16;　修回日期:2005-07-19. 作者简介:张祖兴(1983-),男,硕士研究生,研究方向:水产经济动物苗种繁育;E -mail :zgangzuxing2@ 1通讯作者:李明云(1942-),男,教授,从事水产经济动物苗种繁育和种质资源保护研究;E -mail :Linungyun @. 大黄鱼(Pseudosciaena crocea Richardson ),属石首鱼科、黄鱼属,俗称黄鱼、黄花鱼等,为暖水性集群洄游鱼类,生活于近海的中、下层[1]。

主要分布于我国黄海南部、东海和南海,分为3个地理种群:岱衢族、闽—粤东族和硇洲族。

大黄鱼曾是我国著名的四大海洋捕捞对象之一,也是浙江省的重要经济鱼类,国内外都有许多大黄鱼的相关研究报道[224]。

20世纪70年代前东海区最高年产量达2.0×105t 。

但是,由于过度捕捞,大黄鱼资源遭到毁灭性的破坏,产量急剧下降。

到80年代末90年代初,年产量仅为2000t ,而且多为幼体,成鱼数量很少;在大黄鱼的网箱养殖中,出现性成熟提早、病害频繁发生等问题,这些都说明大黄鱼的种质资源出现退化现象[526]。

大黄鱼的种质资源的退化主要是由遗传多样性降低造成的。

由于过度捕捞,大黄鱼的有效繁殖群体的减少而出现的“瓶颈效应”导致了遗传多样性的降低,近10年内没有恢复的迹象[7]。

因此,尽快对各大黄鱼种群的遗传结构和遗传多样性进行分析研究,摸清大黄鱼的种质资源状况,不仅对大黄鱼的系统分类,而且对大黄鱼的种质资源的保护、养殖和育种都是十分必要的。

大黄鱼野生群体与养殖群体遗传多样性研究

大黄鱼野生群体与养殖群体遗传多样性研究陈淑吟;徐士霞;张志勇;郭忠仁;孙中响;朱立静【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2011(035)012【摘要】利用线粒体COI 基因序列片段与ISSR 标记方法, 研究江苏海域大黄鱼（Pseudosciaena crocea）野生群体（JS）的遗传多样性水平, 并比较其与浙江（ZJ）、福建（FJ）养殖群体的遗传差异。

结果表明：（1）扩增COI 基因序列片段625bp, 3 个群体65 个序列中有15 个单倍型, 群体间有3 个共享单倍型; JS 野生群体有9 个独享单倍型, 另有2 个单倍型与ZJ 群体共享; 群体间的遗传分化水平很低, 其中： JS 与ZJ、FJ的遗传分化系数（Gst）分别为-0.0196 和0.02115, FJ 与ZJ 的Gst为-0.0125; （2）筛选出10 个ISSR 标记多态引物, 分析得出JS、ZJ 及FJ 的多态位点百分率分别为74.59%、63.93%及59.02%; 群体间的Nei＇s 遗传一致度（I）为0.9246～0.8310。

其中JS 与ZJ、FJ 的I分别为0.9246 和0.8310, FJ 与ZJ 的I为0.8826。

%Large yellow croaker, Pseudosciaena crocea Richardson 1846, is a commercially important marine fish and nowis very scarce. The fish could be found only occasionally in the Lvsu Fisheries Region in Jiangsu（JS） province, and no researches were carried out about this wild population. In the present study, partial mitochondrial cytochrome oxidase I gene （COI） gene sequence and inter-simple sequence repeat （ISSR） markers were used to investigate the genetic diversity of this wild population and two cultivated populations from Zhejiang（ZJ） and Fujian（FJ） province. The results were as follows：（1）The amplified fragment was 625 bp, revealing 15 haplotypes and three haplotypes of which were shared by these populations. The JS wild population has nine unique haplotypes and two haplotypes shared with the ZJ population. Nei＇s coefficient of differentiation（Gst） between populations were -0.0196 （JS - ZJ）, 0.02115（JS- FJ） and -0.0125（FJ-ZJ）, respectively; （2） Ten informative and reliable primers were selected to investigate the genetic diversity. The proportation of polymorphic loci of JS, ZJ and FJ populations were 74.59%, 63.93% and 59.02%, respectively. Nei＇s genetic identity between populations were 0.9246（JS-ZJ）, 0.8310（JS-FJ） and 0.8826（FJ-ZJ）, respectively.【总页数】6页(P82-87)【作者】陈淑吟;徐士霞;张志勇;郭忠仁;孙中响;朱立静【作者单位】江苏省海洋水产研究所,江苏南通226007;南京师范大学生命科学院动物遗传资源研究所,江苏南京210097;江苏省海洋水产研究所,江苏南通226007;江苏省海洋水产研究所,江苏南通226007;江苏省海洋水产研究所,江苏南通226007;苏州大学医学部基础医学与生物科学学院,江苏苏州215123;江苏省海洋水产研究所,江苏南通226007;苏州大学医学部基础医学与生物科学学院,江苏苏州215123【正文语种】中文【中图分类】Q953【相关文献】1.大黄鱼养殖群体和野生群体骨骼micro CT扫描显微结构比较 [J], 王映;赵金良;柯巧珍;刘家富;陈佳;翁华松;韩坤煌2.乌苏里拟鲿野生群体和人工养殖群体遗传多样性的比较研究 [J], 徐汗福;黄鹤忠;范皖苏;何华敏;贾一何3.大黄鱼野生与养殖群体遗传结构的比较研究 [J], 陈锦;黎中宝;方秀;雷光高;张桂玲;赵斌丽;王展林4.大黄鱼养殖群体和野生群体形态、鳞片及耳石特征比较 [J], 王映;柯巧珍;刘家富;陈佳;JEERAWATThammaratsuntorn;赵金良;翁华松;韩坤煌5.岱衢洋与官井洋大黄鱼养殖群体遗传多样性的AFLP分析 [J], 娄剑锋;雷世勇;竺俊全;吴雄飞因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

大黄鱼DNA分子标记技术及其在遗传育种中应用研究的开题报告

大黄鱼DNA分子标记技术及其在遗传育种中应用研
究的开题报告
针对大黄鱼这一重要经济鱼类的遗传育种瓶颈问题，本研究将探索
利用DNA分子标记技术在大黄鱼遗传育种中的应用，以期为大黄鱼遗传
育种提供理论基础和技术支撑。

本研究将从以下几个方面进行探索：
一、大黄鱼的遗传特征分析
针对大黄鱼的遗传特性，本研究将采用PCR技术，按照已经确定的
大黄鱼基因序列，设计特异性引物，通过PCR扩增出大黄鱼DNA样本中的目标基因段，再通过限制性酶切，测定大黄鱼样本基因型，并进行基
因型比较和分析，为后续的育种工作提供遗传特性分析的依据。

二、大黄鱼的SNP分子标记技术的建立
根据大黄鱼的基因序列，本研究将开发大黄鱼的SNP分子标记技术。

具体操作为在大黄鱼基因序列中筛选出SNP位点，并设计特异性引物，
进行PCR扩增，再通过基因测序，获得目标SNP位点的基因序列数据，最后通过SNP切点的测定，建立大黄鱼SNP分子标记库。

三、大黄鱼遗传育种的应用研究
针对大黄鱼的SNP分子标记技术，本研究将结合大黄鱼遗传特征，
进行遗传育种的应用研究。

首先将对大黄鱼不同品系的DNA样本进行SNP分子标记检测，获得其基因型数据，并对其进行遗传特性分析。

然后，将对大黄鱼的性状进行测定，采集大量不同表现型的大黄鱼个体
DNA样本，进行SNP分子标记检测，筛选出具有良好性状的个体，并进
行遗传育种。

通过本研究的开展，不仅可以为大黄鱼遗传育种提供技术支撑，还
能够为其他重要经济鱼类的遗传育种提供借鉴和启示。

大黄鱼高质量基因组 DNA的简便提取方法

大黄鱼高质量基因组 DNA的简便提取方法李明云;张海琪【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2002(026)010【摘要】目前常用的分子标记技术如 RAPD、 AFLP、微卫星等都是以 DNA为研究对象,而高质量 DNA的简便快速提取是至关重要的 [1].大黄鱼( Pseudosciaena crocea (Richardson))曾是我国著名的四大海洋渔业对象之一,也是目前闽浙两省重要的经济养殖品种.近年来养殖大黄鱼普遍出现生长缓慢、抗病能力弱、性成熟提早、个体小等生物学性状退化的现象 [2].为了从 DNA水平上研究大黄鱼遗传多样性,为养殖大黄鱼种质的改良和养殖业的健康持续发展提供依据,我们首先要从大黄鱼组织中提取基因组 DNA.在提取实验中,发现常规的酚 /氯仿 /异戊醇抽提法不够理想,操作繁琐,需时较长,稳定性差.为此,我们尝试用星普组织微量 DNA纯化试剂盒提取大黄鱼的基因组 DNA,获得了较满意的结果.【总页数】3页(P15-17)【作者】李明云;张海琪【作者单位】宁波大学海洋与水产系,315211;宁波大学海洋与水产系,315211【正文语种】中文【中图分类】Q959【相关文献】1.一种简便实用的玉米干种子基因组DNA提取方法 [J], 魏琦超;畅丽萍;周岩;宫俊丽;王慧娟2.大黄鱼基因组DNA的不同提取方法及RAPD扩增比较 [J], 李明云;张海琪3.高质量甘蔗基因组DNA的简便快速提取方法研究 [J], 黄东亮;覃肖良;廖青;高轶静;方锋学4.一种简便分离高质量家蚕基因组DNA的方法 [J], 陈冬妹;林英;王艳霞;杨瑜;代方银;夏庆友5.一种快速简便的植物病原真菌基因组DNA提取方法 [J], 刘少华;陆金萍;朱瑞良;戴富明因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

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Ｆ：５一ＣＹＣＣＣＡＡＡＧＣＹＡＲＫＡＴＴＣＴ一；Ｒ：５一３ＧＣＧ—
速率最快，在种以下的群体遗传、系关系和谱系地理谱
学（Ｐｙｏｅｇａｈ）的研究中已得到广泛应用［８ｈｌｇｏｒｐｙ６］＿．
本文通过线粒体ＤＮＡ控制区序列变异的分析，究研
列．果表明：获序列长度为７６７９ｂ，３碱基替换位点和４个插入／失位点；制区碱基组成中Ｔ、Ａ、结所８￣９ｐ具２个１缺控Ｃ、Ｇ含量分别为３．、５８、９３和２．，均转换颠换比（５５共有１单倍型，一粤东族８和岱衢族３１９１．２．３０平Ｒ）．；０个闽个个，Ｈａ０仅ｐ３为共享单倍型；有个体的平均单倍型多样性（）０４０核苷酸多样性（为００６５；个群体的遗所Ｈｄ为．７，Ｐ）．００２
・
研究简报・
大黄鱼线粒体ＤＮＡ控制区遗传多样性分析
毛勇，蒋秋芬，曾华嵩，王军
（门大学海洋与环境学院，建厦门３１０）厦福６０５
摘要：采用ＰＲＤＡ测序技术测定、Ｃ —Ｎ分析了闽～粤东族、岱衢族大黄鱼群体４个个体的线粒体ＤＡ控制区基因序７Ｎ
工具之一，中控制区（ｏｔｏｒｇｏ）其ｃｎｒｌｅｉｎ序列因其进化
１３大黄鱼ｍｔＮ．ＤＡ控制区基因的ＰＲ扩增Ｃ
根据ＧｅＢｎｎａｋ中大黄鱼ｍｔＮＡ全序列（Ｄ序列号为Ｆ５５１）计ｍｔＪ９２４设ＤＮＡ控制区序列的ＰＲ引物Ｃ
传距离（为００７１，Ｄ）．０３遗传分化指数（ｓ）０１１６基因流（Ｆｔ为．８，Ｎｍ）１１．为．３群体遗传分析结果表明，闽一粤东族、岱衢
族大黄鱼野生群体遗传变异处于较低水平，闽一粤东族大黄鱼的遗传多样性水平稍高于岱衢族，体间的遗传分化不明群
结构，为大黄鱼的资源保护和种质改良提供了参考资
料．
属鲈形目（ｅｃｏｍｅ）亚目（ｅｃｉｅ）首鱼科Ｐｒｉｒｓ鲈ｆＰｒｏｄｉ石（ｃｅｉａ）鱼属（５“ ０ｃ口）属于亚热带集Ｓｉｎｄｅ黄ａＰＰｄｓＰ口，
１２大黄鱼总ＤＡ提取．Ｎ
取鱼体背部肌肉于９乙醇，Ｏ℃保存．考５～２参Ｓｍｂｏｋ等［的常规酚一仿一戊醇方法提取大黄ａｒｏｇ］氯异
鱼总ＤＮＡ，２－０℃下保存备用．
势特征已经成为群体遗传学和分子系统学研究的重要
第４９卷
第３期
厦ｒ大学学报（１．自然科学版）
ＪｕｎｌｆＸｉｍｅｉｅｓｔ（ｔｒｌｃｅｃ）ｏｒａａｎＵｎｖｒｉｙＮａｕａｉｎｅｏＳ
Ｖｏ．９Ｎｏ３１４．
Ｍａｙ２０１０
２１００年５月
群性近海鱼类，布于黄海中部以南至琼州海峡以东分
的中国大陆近海及朝鲜西海岸，雷州半岛以西也偶有发现．据大黄鱼的外部形态和生态地理学特征，根田明诚等Ｌ把我国沿海大黄鱼分为３个地理种群：１岱衢族，
１材料与方法
１１实验材料．
采集野捕大黄鱼子一代养殖个体４尾，中闽一７其
粤东族２４尾，长１．～２．全７２２０ｍｍ，０８年４月２２０８
分布于黄海南部至东海中部，括吕泗洋、衢洋、包岱猫
显．
关键词：大黄鱼；闽一粤东族；岱衢族；遗传多样性中图分类号：７Ｑ３４文献标识码：Ａ文章编号：４８４９２１）３０４—５０３— ７（０００—４０００
大黄鱼（ｅｄｓｉｅａｃｏｅ（ｉａｄｏ）隶ＰｓｕｏｃａｎｒｃａＲｃｒｓｎ）ｈ
江口）硇洲族，；主要分布于珠江口以西至琼州海峡的
南海区．０世纪７２Ｏ年代以来，由于过度捕捞导致野生
大黄鱼数量急剧减少，质资源的遗传组成趋向同质种化，遗传多样性水平降低［５２３－．线粒体ＤＮＡ（ｔｃｏｄｉＮＡ，ＤｍｉｈｎｒｌｏａＤｍｔＮＡ）以其较快的进化速率、高的拷贝数、格的母系遗传等优较严
头洋、头洋至福
布在东海南部、台湾海峡和南海北部（山岛以南至珠嵛
日取自福建宁德城澳养殖网箱；衢族２岱３尾，长全
１．～２．６７１５ｍｍ，０８年４月２２００日取自浙江象山黄避岙养殖网箱．