实验总结及展望

文献内容
CHIP-chip(染色体免疫沉淀芯片技术）是分 析DNA与蛋白质相互作用的有力工具，文献 综述了该技术在分析DNA-蛋白质相互作用 的最新研究进展，这些研究为理解转录与 蛋白质组装过程提供了新的思路。
CHIP-chip技术原理
染色质免疫共沉淀-芯片（ChIP-chip），它 的基本原理是在生理状态下把细胞内的蛋白 质和DNA交联在一起，超声波将其打碎为一 定长度范围内的染色质小片段，然后通过所 要研究的目的蛋白质特异性抗体沉淀此复合 体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段， 通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋 白质与DNA相互作用的信息。
在DNA与蛋白分离后，进行PCR扩增，然后 与芯片进行杂交，可以确定已知蛋白的靶 基因，运用这种方法，可以确定某一蛋白 在染色体上的靶基因群。
3.证明了转录因子有时结合在非交 感顺序上
通过对CtrA,FNR结合位点的分析，发现有 时其结合在非交感顺序上，推测DNA拓扑结 构的改变影响了其序列特异性，或者是许 多转录因子的协同作用，减少了特定转录 因子的需求或者改变其序列特异性
4.转录因子有时结合在DNA位点但不 执行功能
CHIP-chip的应用过程中发现，将FNR剔除， 并不影响其邻近基因的表达 推测可能是以下几种原因：
1.结合部位没有启动子 2.转录因子不是调控转录，如NAP（nucleoid-associated protein核酸连接蛋白）调控染色体组装 3.大量转录因子存在的情况下，可能执行其他功能 4.可能其他因子对该基因影响更大 5.基因组在发生进化，基因结构发生变化
染色质免疫沉淀芯片流程图
CHIP-chip技术流程
CHIP-chip技术的优点
1.直接对活细胞进行作用，可以真实地反应体 内DNA与蛋白质的相互作用 2.甲醛的固定，可以检测到细胞某一时刻的 DNA与蛋白质的相互作用 3.染色体免疫沉淀与芯片技术的结合，可以在 整个基因组水平上分析DNA与蛋白质的相互 作用
5.对细菌染色质组装蛋白的研究
确定了细菌染色质组装蛋白NAPs具有很低 的序列特异性，发现H-NS(一种NAPs)对富 含AT的区域有亲和性，并且可以导致基因 转录沉默，主要是靠结合启动子上的RNAP 来实现转录阻遏的。
6.确定RNAP在转录序列上的组装以 及启动子在基因组上的分布
运用CHIP-chip技术，发现在对数生长期的 E.coli中， RNAP在promoter上停留时间比 在编码序列上长50倍。RNAP结合在至少90 个转录区域中，至少存在有1100个启动子， 发现σ70结合的启动子，其对应的基因至少 有¼ 没有发生可观察到的转录现象。
CHIP-chip技术的研究进展
CHIP-chip技术主要应用于寻找转录因子在 DNA上的结合位点以及判断基因是否被表达， 通过对得到的实验结果的分析，丰富了我 们对DNA-蛋白质相互作用的认识，本文主 要在以下几个方面对技术的应用以及DNA蛋白质相互作用的新现象进行了介绍。
1.CHIP-chip在转录因子结合位点方 面上的研究
7.对σ因子的研究
确定了σ70与σ32在细菌基因组上的分布，发 现大部分依赖σ32的启动子，可以由σ0来促 进转录
8.在其他水平上的研究
运用该技术对DNA结合蛋白进行研究，发 现三个不与转录相关的蛋白，其中两个 （RacA,SPO0J)在DNA复制后的染色体分离 中起作用
对CHIP-chip技术的展望
染色体水平上的DNA与蛋白质 相互作用分析
——CHIP-chip技术的应用 彭公峰 刘明明 王鹏 潘静
背景介绍
DNA与蛋白质之间的相互作用是指顺式作用元件 与反式作用因子之间的特异识别与结合，从DNA 复制﹑转录﹑翻译﹑基因表达调控到染色质的组 装，都涉及到DNA与蛋白质的相互作用。大部分 结合蛋白有自己的DNA结合结构域，主要分为 leu拉链﹑螺旋-转角-螺旋﹑螺旋-环-螺旋﹑锌指 结构以及同质异形结构域几种结构模序，它们靠 对DNA螺旋大沟中的氢键的特异识别，以非共价 键与DNA结合，来执行不同的功能。
THANK YOU!
ⅰ2002年，科学家应用此项技术确定了酵母 菌序列特异性转录因子的结合位点，为确 定这些转录因子的功能提供了参考。 ⅱ在生理状态下进行染色质免疫沉淀，发现 无论基因是否处在转录激活状态，转录因 子都会结合在特定位点。 ⅲ通过对LexA的研究，发现E.coli的基因组是 有利于转录因子结合的。
2.确定已知蛋白的靶基因
1.不仅可以应用在转录阶段，在DNA复制﹑修复﹑ 重组﹑染色质组装﹑染色体分离方面都可以得到 广泛的应用。 2.通过对不同σ因子的定位来对染色体进行分区，为 研究其功能提供新思路 3.通过对NAPs的定位来理解染色质的组装过程 4.通过对某些转录因子的定位（SOX2,OCT4,NANOG 来构建转录网络。