染色质免疫沉淀ChIP技术检测传代培养细胞Grb10组蛋白乙酰化水平

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染色质免疫沉淀技术

染色质免疫沉淀技术

染色质免疫沉淀技术
染色质免疫沉淀技术(ChIP)是一种常用的分子生物学实验技术,用
于研究基因表达和调控机制。

该技术利用特异性抗体识别和结合染色
质上的特定蛋白质,然后通过免疫沉淀和DNA提取等步骤分离出与目标蛋白质结合的DNA片段,从而确定该蛋白质在染色质上的结合位置和作用机制。

ChIP技术的基本步骤包括:交联、裂解、免疫沉淀、洗涤、反交联和DNA提取。

首先,通过交联剂如甲醛将细胞或组织中的染色质与蛋白质进行固定化。

然后将细胞或组织裂解并利用特定抗体选择性地捕获
目标蛋白质与其所结合的DNA片段。

接下来,通过洗涤去除非特异性结合并保留与目标蛋白质结合的DNA片段。

最后,通过反交联将DNA片段从蛋白质中释放出来,并进行PCR扩增或测序等分析。

ChIP技术可以用于研究许多生物学问题,如转录因子与DNA的结合、组蛋白修饰和染色质重塑等。

例如,可以通过ChIP技术确定某个转录因子在基因调控中的作用机制,或者确定某个组蛋白修饰对基因表达
的影响。

总之,染色质免疫沉淀技术是一种重要的分子生物学实验技术,可以
帮助我们更好地理解基因表达和调控机制。

染色质免疫沉淀(ChIP)实验分析

染色质免疫沉淀(ChIP)实验分析

染色质免疫沉淀(ChIP)实验分析ChIP实验被用来鉴定染色质相关蛋白的定位和/或它们的翻译后修饰状态。

这种方法依赖于特异识别目的蛋白或修饰蛋白(例如组蛋白H3 Lys9甲基化)的抗体进行免疫沉淀和分析免疫共沉淀DNA。

早期实验方法依赖于使用温和的裂解条件,以保护蛋白质--DNA相互作用,但这种方法只适用于和DNA直接结合的蛋白。

甲醛交联方法的使用使得这样的分析可以扩展到与染色质关联的几乎任何蛋白。

非变性、非交联免疫沉淀实验使用直接和特定DNA结合蛋白结合的抗体从细胞中分离蛋白质--DNA复合物依赖于抽提和免疫沉淀的条件,尤其是在该条件下怎样使蛋白可溶并保持蛋白质-DNA的结合。

有几种方法已被成功使用,但是要注意到这一点,要根据蛋白质-DNA复合物所需的条件来调整实验条件。

该方法本质来说是利用低渗透压裂解细胞,分离细胞核,在低盐条件下使用核酸酶(DNaseI或微球菌核酸酶—Mnase)溶解染色质,接着使用抗体进行免疫沉淀识别目标蛋白。

使用多肽可以从免疫复合物中最先洗下蛋白质-DNA复合物,这可以减少在更严格的洗脱下来的,与DNA非特异性结合的蛋白污染。

提取的DNA可以克隆用于进一步分析、测序或用于探针阵列分析。

甲醛交联免疫沉淀实验这已成为研究染色质中动态蛋白质--DNA的强有力方法。

甲醛交联的染色质免疫沉淀的实验步骤见图二。

甲醛交联使我们能够检测到可能不直接结合DNA的蛋白质--染色质的结合。

这种交联方法产生蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA和蛋白质-RNA交联,因此适合于染色质不同成分以及瞬时关联的分析。

这也有效地被用于分析染色质翻译后修饰的存在与否。

这种方法最初在果蝇体系中是由Varshavski及其同事开发的,由Paro 修正的由两个酵母小组广泛使用和修正的。

图二该技术实验步骤适用于所有的ChIP实验,由于研究系统的不同或研究小组的偏好,在实验细节上略有不同。

此外,在新研究系统的第一次实验需要优化实验步骤。

chip检测组蛋白乙酰化水平

chip检测组蛋白乙酰化水平

chip检测组蛋白乙酰化水平
最近要做组蛋白乙酰化水平的实验,发现要用染色质免疫共沉淀ChIP这种技术。

hynh
.我看了有些文章,在ChIP后还要做定量PCR(Q-PCR)检测DNA,做这一步的目的是什么,他们之间是什么关系啊?检测是针对特定目的基因(特定染色体区域的组蛋白乙酰化)吗?
对,你的想法很对,但是不很全面。

用qPCR是检测特定区域的乙酰化水平的高低。

做了chip后,chip的结果就是靠pcr来显示的。

如果该区域有乙酰化,DNA就会被抗乙酰化抗体拉下来,PCR就会有条带,拉的多少取决于乙酰化的水平。

你可以采仔细看看这个实验的原理,具体了解一下。

染色质免疫共沉淀技术

染色质免疫共沉淀技术

染色质免疫共沉淀技术染色质免疫共沉淀技术(ChIP)是一种广泛应用于生物学研究的技术,它可以用来检测蛋白质与染色质之间的相互作用。

该技术能够帮助研究人员确定蛋白质在基因表达中的作用,以及探究细胞的调节机制。

本文将详细介绍染色质免疫共沉淀技术的原理、步骤、优缺点和应用。

一、原理染色质免疫共沉淀技术是基于抗体特异性识别蛋白质的原理。

在该技术中,首先将抗体与磁珠或琼脂糖等载体结合,形成免疫复合物。

接着,将该免疫复合物加入到含有细胞或组织的裂解液中,使其与目标蛋白结合。

随后,使用磁力或离心等手段将免疫复合物与与其结合的蛋白、核酸等分离出来。

最后,利用PCR、微阵列芯片等技术对分离出来的蛋白、核酸等进行检测和分析。

二、步骤染色质免疫共沉淀技术的步骤主要包括:1. 细胞或组织的裂解:将细胞或组织加入到含有蛋白酶抑制剂、核酸酶抑制剂、盐和缓冲液等的裂解液中,使其破裂并释放出蛋白、DNA等。

2. 免疫复合物的制备:将抗体与磁珠或琼脂糖等载体结合,形成免疫复合物。

3. 免疫复合物与目标蛋白的结合:将免疫复合物加入到裂解液中,与目标蛋白结合。

4. 免疫复合物的分离:使用磁力或离心等手段将免疫复合物与与其结合的蛋白、核酸等分离出来。

5. 分析:利用PCR、微阵列芯片等技术对分离出来的蛋白、核酸等进行检测和分析。

三、优缺点染色质免疫共沉淀技术具有以下优点:1. 高特异性:该技术可以通过抗体特异性识别蛋白质,具有高特异性。

2. 高灵敏度:该技术可以检测到极低浓度的蛋白质。

3. 可重复性:该技术具有较高的可重复性,可以用于多次实验。

4. 可广泛应用:该技术可以应用于不同种类的细胞和组织。

然而,染色质免疫共沉淀技术也存在以下缺点:1. 受抗体质量限制:抗体的质量、特异性和亲和力等因素会影响该技术的结果。

2. 受组织分解程度限制:组织分解不彻底会导致目标蛋白无法完全释放,从而影响该技术的结果。

3. 受背景干扰影响:免疫复合物的制备和分离过程中,可能会出现背景干扰,影响结果的准确性。

染色质免疫沉淀(ChIP)实验指南及技术总结

染色质免疫沉淀(ChIP)实验指南及技术总结

染色质免疫沉淀(ChIP)实验指南及技术总结第一篇:染色质免疫沉淀(ChIP)实验指南及技术总结染色质免疫沉淀(ChIP)实验指南及技术总结ChIP是一项比较流行的研究转录因子(transcription factor, TF)与启动子(promoter)相互结合的实验技术。

由于ChIP采用甲醛固定活细胞或者组织的方法,所以能比较真实的反映细胞内TF与Promoter的结合情况。

这个优势是EMSA这个体外研究核酸与蛋白相互结合的实验方法所不能比拟的。

当用甲醛处理时,相互靠近的蛋白与蛋白,蛋白与核酸(DNA或RNA)之间会产生共价键。

细胞内,当TF与Promoter相互结合(生物意义上的结合)时,它们必然靠的比较近,或者契合在一起,这个时候用甲醛处理,能使它们之间产生共价键。

一般ChIP的流程是:甲醛处理细胞——收集细胞,超声破碎——加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA复合物相互结合——加入Protein A,结合抗体-靶蛋白-DNA复合物,并沉淀——对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合——洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA复合物——解交联,纯化富集的DNA-片断——PCR分析。

在PCR分析这一块,比较传统的做法是半定量-PCR。

但是现在随着荧光定量PCR的普及,大家也越来越倾向于Q-PCR了。

此外还有一些由ChIP衍生出来的方法。

例如RIP(其实就是用ChIP的方法研究细胞内蛋白与RNA的相互结合,具体方法和ChIP差不多,只是实验过程中要注意防止RNase,最后分析的时候需要先将RNA逆转录成为cDNA);还有ChIP-chip(其实就是ChIP富集得到的DNA-片段,拿去做芯片分析,做法在ChIP的基础上有所改变,不同的公司有不同的做法,要根据公司的要求来准备样品)。

第一天:(一)、细胞的甲醛交联与超声破碎。

1、取出1平皿细胞(10cm平皿),加入243ul 37%甲醛,使得甲醛的终浓度为1%。

北京大学成功研发染色质免疫沉淀测序技术

北京大学成功研发染色质免疫沉淀测序技术

北京大学成功研发染色质免疫沉淀测序技术
佚名
【期刊名称】《生物学教学》
【年(卷),期】2015(40)2
【摘要】据2014年9月10日《科学网》援引报道,北京大学生物动态光学成像中心黄岩谊课题组与汤富酬课题组合作,发展了一种基于微流控芯片的微量细胞样品处理与核酸俘获方法,并成功实现了针对1000个细胞的染色质免疫沉淀测序(Ch IP-Seq)。

研究结果在线发表在《细胞研究》上。

应用Ch IP-Seq方法,通过有针对性地俘获和富集特定蛋白,得到与这些蛋白结合的DNA片段,
【总页数】1页(P74-74)
【关键词】染色质免疫沉淀;测序技术;北京大学;研发;微流控芯片;DNA片段;光学成像;样品处理
【正文语种】中文
【中图分类】Q786
【相关文献】
1.染色质免疫沉淀ChIP技术检测传代培养细胞Grb1O组蛋白乙酰化水平 [J], 郑芳芳;姚建凤;黄荣富
2.染色质免疫沉淀技术(ChIP)在基因转录调控中的作用 [J], 史双林
3.染色质免疫沉淀技术分析红藻氨酸处理后的大鼠大脑皮质神经元中p53与p21基因启动子的结合 [J], 贾玉红;马天舒;姜妙娜;赵海东
4.染色质免疫沉淀技术分析HePG2细胞TCF7L2蛋白与IDE基因转录启动子的结
合 [J], 许丹;任伟;郑晓雅;毕健琨
5.染色质免疫沉淀技术及其应用 [J], 王远锏
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组蛋白染色质免疫共沉淀

组蛋白染色质免疫共沉淀

组蛋白染色质免疫共沉淀
组蛋白染色质免疫共沉淀(ChIP)是一种常用的分子生物学技术,用于研究染色质上特定的蛋白质与DNA的相互作用。

这项技术可以帮助研究者寻找与基因调控相关的蛋白质,在基因表达、染色质修饰和细胞发育等方面提供重要信息。

组蛋白是一种细胞核内最主要的蛋白质,因为它们可以在DNA上形成一种高度有序、紧密排列的结构,称为染色质。

组蛋白可以被修饰,如磷酸化、甲基化、酰化等,这些修饰可以影响染色质结构和转录因子的结合,进而影响基因表达。

ChIP技术涉及到将免疫球蛋白与DNA交联、裂解、精选和扩增,最终可以实现对染色质蛋白质的鉴定和分析。

通过这种方法,可以确定特定蛋白质与DNA序列的相互作用,并评估这种相互作用对基因表达的影响。

ChIP技术在生物学研究中发挥着重要的作用,尤其是在基因调控、细胞分化和癌症研究方面。

它可以帮助科学家深入了解细胞内分子之间的相互作用,从而为治疗疾病提供更多理论支持。

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染色质免疫沉淀技术

染色质免疫沉淀技术

染色质免疫沉淀技术介绍染色质免疫沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是一种用于研究染色质上特定蛋白质与DNA的相互作用的实验方法。

通过该技术,我们可以确定某个蛋白质在染色质上的结合位点,进而探究基因表达调控、表观遗传学和疾病发生等重要生物学问题。

ChIP的原理ChIP技术的基本原理是利用特异性抗体与目标蛋白质结合,然后通过免疫沉淀的方式将蛋白质及其结合的DNA分离出来。

具体步骤如下:1. 交联首先,将细胞或组织进行交联,使得染色质上的蛋白质与DNA形成稳定的结合。

常用的交联剂包括甲醛和二氧化硅。

2. 细胞裂解将交联后的细胞或组织进行裂解,释放出染色质。

3. DNA切割使用限制性核酸内切酶或超声波等方法将染色质切割成小片段。

切割后的DNA片段长度通常在200-1000碱基对之间。

4. 免疫沉淀将特异性抗体与目标蛋白质结合,形成抗原-抗体复合物。

然后将抗原-抗体复合物与染色质中的目标蛋白质结合的DNA片段一起免疫沉淀。

5. 分离DNA通过洗涤等步骤将非特异性结合的DNA片段去除,保留与目标蛋白质结合的DNA片段。

6. 解交联去除染色质与蛋白质的交联,使得DNA片段恢复单链状态。

7. DNA纯化将解交联后的DNA片段进行纯化,去除杂质。

8. DNA分析通过PCR、测序等方法对免疫沉淀得到的DNA片段进行分析,确定目标蛋白质结合的DNA序列。

应用ChIP技术在生命科学研究中得到了广泛应用,尤其是在以下领域:1. 基因表达调控通过ChIP技术,可以确定转录因子与染色质上的结合位点,进而揭示基因的调控机制。

研究人员可以通过ChIP-Seq等方法,高通量地鉴定转录因子结合位点,从而识别出与特定基因调控相关的转录因子。

2. 表观遗传学ChIP技术可以用于研究染色质修饰与基因表达调控之间的关系。

例如,通过ChIP-Seq可以鉴定出与DNA甲基化和组蛋白修饰相关的位点,进一步探究这些修饰与表观遗传学调控的机制。

染色质免疫沉淀技术及其应用

染色质免疫沉淀技术及其应用

染色质免疫沉淀技术及其应用染色质免疫沉淀技术(ChIP)是一种分离和富集染色质中特定蛋白质与DNA交互作用的技术。

该技术涉及多次步骤,包括交叉连接、切碎染色质、免疫沉淀、反交联和DNA纯化。

通过使用特定的抗体,可以捕获与目标蛋白质结合的染色质,进而使用PCR、微阵列技术或测序等技术来检测目标的DNA序列或特定的基因启动子区域。

ChIP技术有许多应用,包括以下几个方面:1. 蛋白质-DNA互作:ChIP技术被广泛用于研究在细胞及组织中,蛋白质与DNA之间的互作关系。

通过通过捕获与目标蛋白质结合的染色质,可以获得与目标蛋白质结合的DNA序列信息,从而确定特定基因或生物学过程中蛋白质的功能。

2. 研究转录因子及其他调控因子:ChIP技术也被广泛用于研究转录因子及其他调控因子。

在这种情况下,所使用的抗体是针对特定转录因子的,这意味着可以确定该转录因子在哪些基因启动子区域中所结合的染色质。

这有助于我们更好地理解基因调控的复杂性和机制。

3. 应用于疾病研究:ChIP技术还可以应用于疾病研究。

例如,它可以用于研究某些肿瘤细胞中的基因表达模式与癌症发生的关系。

此外,它还可以用来研究某些细菌感染或病毒感染时,细胞中常见的免疫调节因子如核因子kB(NF-kB)的作用。

4. 药理学研究:ChIP技术也可以在药理学研究中使用。

例如,可以使用ChIP来研究药物如何影响转录因子或其他调控因子的结合,从而更好地理解药物如何影响细胞内基因表达。

综上所述,染色质免疫沉淀技术是一种十分有用的研究工具,能够让科学家们更好地理解细胞内蛋白质与DNA之间的互作关系,并为基因调控和疾病研究提供有价值的信息。

染色质免疫沉淀名词解释

染色质免疫沉淀名词解释

染色质免疫沉淀名词解释
染色质免疫沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,简称 ChIP)是一种基于抗体与染色质的相互作用原理,使用免疫学技术分离诱导相应变化的蛋白质与其相互作用的DNA。

ChIP技术的步骤一般包括以下几个流程:
1. 交联
将细胞或组织交联,以保持蛋白质与DNA的交互作用。

2. 染色质的剪切
使用限制酶或超声波等方法将交联后的DNA剪切成500 bp左右的小片段。

3. 免疫沉淀
将抗体与蛋白质通过免疫反应结合,然后将其与DNA结合在一起。

4. DNA的净化和测序
将DNA从免疫沉淀物中纯化出来,然后利用高通量测序技术对其进行
测序,从而确定蛋白质与DNA交互作用的区域。

通过ChIP技术可以研究某个特定蛋白在基因调控中的作用。

ChIP技术的应用包括:
1. 鉴定基因启动子区域
ChIP技术可以鉴定某个特定蛋白是否与基因启动子区域相互作用,并确定相互作用的具体区域。

2. 分析转录因子与表观遗传学调控之间的关系
ChIP技术可以鉴定转录因子与表观遗传修饰(如甲基化、乙酰化等)之间的关系,进而探究转录因子在基因表达调控中的作用。

3. 研究微环境中肿瘤细胞的信号通路
ChIP技术可以鉴定肿瘤微环境中某个特定蛋白与肿瘤细胞信号通路之间的作用,为肿瘤治疗提供新的靶点。

总之,ChIP技术是一种重要的分子生物学工具,可以从基因调控的角度解析蛋白与DNA相互作用,为深入理解生物学现象提供了有力的手段。

染色质免疫共沉淀技术(ChIP)

染色质免疫共沉淀技术(ChIP)

甲醛处理细胞---收集细胞,超声破碎---加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA复合物相互结合---加入ProteinA,结合抗体-靶蛋白-DNA复合物,并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合---洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA复合物---解交联,纯化富集的DNA-片断---PCR 分析。

在PCR分析这一块,比较传统的做法是半定量-PCR。

但是现在随着荧光定量PCR的普及,大家也越来越倾向于Q-PCR了。

此外还有一些由ChIP 衍生出来的方法。

例如RIP(其实就是用ChIP的方法研究细胞内蛋白与RNA的相互结合,具体方法和ChIP差不多,只是实验过程中要注意防止RNase,最后分析的时候需要先将RNA逆转录成为cDNA);还有ChIP-chip(其实就是ChIP富集得到的DNA-片段,拿去做芯片分析,做法在ChIP的基础上有所改变,不同的公司有不同的做法,要根据公司的要求来准备样品)。

详细实验方法∙染色质免疫共沉淀技术(ChIP)实验材料∙细胞样品试剂、试剂盒∙甲醛∙甘氨酸∙PBS∙SDS Lysis Buffer∙洗脱液∙RNaseA∙蛋白酶K∙omega胶回收试剂盒仪器、耗材∙离心管∙超声仪∙电泳仪∙离心机真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。

因此,研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。

染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay, CHIP)是目前唯一研究体内D NA与蛋白质相互作用的方法。

它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质-D NA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。

CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。

染色质与蛋白研究:染色质免疫共沉淀(ChIP)实验介绍(一)

染色质与蛋白研究:染色质免疫共沉淀(ChIP)实验介绍(一)

染⾊质与蛋⽩研究:染⾊质免疫共沉淀(ChIP)实验介绍(⼀)前⾯的⽂章中已经向⼤家介绍了免疫共沉淀技术(IP)的原理和⽅法,这⼀技术可以帮助我们便捷地探究蛋⽩与蛋⽩之间的互相作⽤。

但若研究的靶蛋⽩可能发挥组蛋⽩修饰酶的功能,或是可能作为某种转录因⼦发挥作⽤,那么就要应⽤染⾊质免疫共沉淀技术(chromatin-immunoprecipitation,ChIP)⽅法来探究其与DNA的直接调控了。

ChIP可以真实、完整地反映结合在DNA启动⼦区上的靶蛋⽩的调控信息,是⽬前基于全基因组⽔平研究DNA-蛋⽩质相互作⽤的标准实验技术。

接下来,我们⼀起来学习⼀下ChIP技术吧!1ChIP基本原理ChIP是在活细胞状态下固定蛋⽩质-DNA复合物,并将其随机切断为⼀定长度范围内的染⾊质⼩⽚段,然后通过免疫学⽅法沉淀此复合体,特异性地富集⽬的蛋⽩结合的DNA⽚段,通过对⽬的⽚断的纯化与检测,从⽽获得蛋⽩质与DNA相互作⽤的信息。

ChIP不仅可以检测转录因⼦与DNA的动态作⽤,还可以⽤来研究组蛋⽩的各种共价修饰与基因表达的关系。

基因的转录是从启动⼦区开始,由⼀系列的转录因⼦结合到基因的启动⼦区,通⽤转录因⼦结合在基本启动⼦区起始转录,⽽这个过程通常需要⼀些特异的转录因⼦结合在上游调节序列,使基因特异表达并维持的合适⽔平。

此外,基因的转录还会受到表观遗传的调控,如组蛋⽩甲基化修饰、⼄酰化修饰等,组蛋⽩特异位点的修饰均可以直接影响基因的转录⽔平。

因此,ChIP主要⽤于研究特异的转录因⼦或组蛋⽩修饰酶与下游基因启动⼦区的结合,如果ChIP发现⼆者可以结合,那么这说明该基因可能是其下游基因。

要想进⼀步证明,还要做⾼低表达和荧光素酶等实验。

⽬前,ChIP与⼀些⾼通量测序的结合,扩⼤了其应⽤范围:⽐如,ChIP与基因芯⽚相结合建⽴的ChIP-ChIP已⼴泛⽤于特定反式因⼦靶基因的⾼通量筛选;ChIP-Seq是将深度测序技术与ChIP实验相结合,可分析全基因组范围内DNA结合蛋⽩结合位点、组蛋⽩修饰、核⼩体定位或DNA甲基化的⾼通量⽅法,可以应⽤到任何基因组序列已知的物种,并能确切得到每⼀个⽚段的序列信息;RNA-ChIP⽤于研究RNA在基因表达调控中的作⽤。

染色质免疫沉淀技术名词解释

染色质免疫沉淀技术名词解释

染色质免疫沉淀技术名词解释
染色质免疫沉淀技术(ChIP)是一种用于研究转录调控的实
验方法。

它通过特异性抗体与染色质中的特定蛋白结合,然后利用免疫学的原理,将与目标蛋白结合的染色质分离出来。

这样就可以研究目标蛋白与染色质中的基因调控元件(如启动子、增强子等)之间的相互作用。

ChIP技术的基本步骤包括交联、染色质提取、染色质片断、
免疫沉淀、洗涤、脱交联和DNA提取。

其中交联步骤将细胞
中的染色质与蛋白交联在一起,使得它们之间的相互作用得以保持。

提取步骤则将交联后的细胞裂解,释放出染色质。

染色质片断步骤通过超声波处理或酶切等方法将染色质断裂成适当长度的片段,以便免疫沉淀能够更容易地进行。

免疫沉淀步骤通过将目标蛋白所结合的染色质与特异性抗体结合,然后用磁珠或蛋白A/G琼脂糖作为载体将免疫复合物沉淀下来。

洗涤
步骤则用于去除非特异性结合的染色质沉淀物。

最后,脱交联步骤通过加热或酶切等方法将染色质和蛋白的交联解开,使得免疫沉淀的DNA片段得以释放。

DNA提取步骤则是为了纯化目标DNA,以便进行后续的分析,如PCR、实时定量PCR、
测序等。

通过ChIP技术,研究者可以获取到与目标蛋白结合的染色质
片段,进而了解目标蛋白在染色质水平上的定位和互作关系,从而揭示转录调控机制的细节。

染色质免疫沉淀技术及其应用

染色质免疫沉淀技术及其应用

染色质免疫沉淀技术及其应用染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation, ChIP)是一种重要的生物学实验技术,通过特异性抗体与细胞中的染色质结合,然后通过沉淀、洗涤等步骤来分离并富集特定的染色质片段。

该技术可以用来研究染色质上特定蛋白质的结合位置和富集程度,从而揭示基因调控、表观遗传等重要生物学过程。

ChIP技术的基本步骤包括:交联,裂解,免疫沉淀,洗涤和DNA纯化。

生物样品如细胞或组织先经过交联处理,即使用交联剂(如甲醛)使染色质上特定蛋白与DNA发生交联。

然后,通过裂解处理将染色质片段化为适当大小的片段,并与特异性抗体结合。

该抗体可能是针对特定蛋白质的抗体,也可以是标记特定蛋白修饰的抗体。

接下来是免疫沉淀步骤,使用抗体结合的蛋白可以与染色质结合在一起,形成抗体-蛋白-染色质复合物。

然后,通过沉淀步骤,使用蛋白A/G琼脂糖或磁珠等载体来纯化抗体-蛋白-染色质复合物。

复合物经过一系列洗涤步骤去除非特异性结合,并最终获得富集的染色质片段。

最后一步是DNA纯化,通过去除染色质上的交联并使用DNA纯化试剂盒纯化DNA片段,以用于后续的PCR分析、高通量测序等。

ChIP技术的应用非常广泛。

可以使用ChIP技术确定转录因子或其他蛋白质在基因组上的结合位点,以揭示基因转录调控的机制。

ChIP技术也可以用来研究表观遗传调控,如组蛋白修饰和DNA甲基化等。

通过ChIP技术还可以研究染色质结构和组蛋白修饰在癌症进展中的作用。

最近的一些研究还将ChIP技术与高通量测序技术相结合,实现全基因组的高通量ChIP-seq分析。

染色质免疫沉淀技术是一种重要的生物学实验技术,可以研究染色质上蛋白质的结合位置和富集程度,从而揭示基因调控、表观遗传等重要生物学过程。

该技术在生命科学研究中有着广泛的应用前景,对于深入理解生物学的基本机制和疾病的发生发展具有重要意义。

染色质免疫沉淀技术及其应用

染色质免疫沉淀技术及其应用

染色质免疫沉淀技术及其应用染色质免疫沉淀技术(ChIP)是一种用于研究染色质上蛋白质-DNA相互作用的重要实验技术。

它的基本原理是特异性抗体与染色质上的目标蛋白质结合,将其与DNA交联,并将其沉淀下来。

通过测定沉淀下来的复合物中的DNA序列,可以确定特定蛋白质与DNA的结合情况,从而揭示其在基因调控、表观基因组学和疾病发生中的重要作用。

ChIP技术通常分为两种类型:全基因组(全局)ChIP和目标特异性ChIP。

全基因组ChIP可用于研究全基因组范围内的蛋白质-DNA结合,并且可以利用高通量测序技术对沉淀下来的DNA样品进行测序,从而确定基因组上某一区域的结合情况。

在目标特异性ChIP 中,研究人员通常会先选择目标蛋白质,然后手工合成抗体并与该蛋白质结合,从而选择性地沉淀此类蛋白质-DNA复合物。

ChIP技术有许多应用,其中一个重要的应用是研究转录因子的作用机制。

转录因子是一类能够结合某些DNA序列并调节基因表达的蛋白质。

通过ChIP技术,研究人员可以确定基因组上所有的转录因子结合位点,并且可以在不同的条件下比较不同转录因子对特定基因的调控作用。

此外,ChIP技术还可用于研究表观遗传改变与疾病之间的关系。

比如,在癌症中,许多基因表达异常,而这些异常通常与DNA甲基化、组蛋白修饰和蛋白质-DNA 相互作用的改变有关。

ChIP技术可以协助研究人员研究这些变化,并确定它们与癌症起源和发展的关联。

ChIP技术还可用于研究疾病的治疗。

通过使用药物或其他干预方式改变基因表达,可以通过ChIP技术检测变化,并确定蛋白质-DNA复合物的形成和分解过程。

此外,在一些人类遗传病中,基因表达异常与某些转录因子的缺失或突变有关。

ChIP技术可以帮助研究人员确定这些因子的作用机制,从而提供治疗该病的新靶点。

总的来说,染色质免疫沉淀技术是重要的基因组学研究技术之一,并且在研究转录因子、基因调控以及表观基因组学、疾病发生等方面具有广泛应用前景。

染色质免疫沉淀技术(ChIP)在基因转录调控中的作用

染色质免疫沉淀技术(ChIP)在基因转录调控中的作用

染色质免疫沉淀技术(ChIP)在基因转录调控中的作用史双林【摘要】目的研究体细胞水平蛋白(转录因子)与DNA(靶基因启动子区)的相互作用.方法用甲醛固定活细胞,在生理状态下,结合的蛋白质-DNA复合物呈交联状态,超声将DNA打断成不同大小的片段,用目的蛋白质特异性抗体免疫沉淀该蛋白质-DNA复合物,复合物65℃解交联,并分离纯化DNA,然后进行PCR扩增.结果PCR扩增出阳性条带.结论ChIP是一项在不同生理条件下探测转录因子与DNA结合的成熟技术.%Objective To detect the interaction of transcription factor in vivo and DNA(regions of the target gene promoters).Method The cells were fixed with Formaldehyde,the protein-DNA complex was cross-linked under the physiologic condition,DNA was broken into small fragments with sonication,the immunoprecipitation for the complex was performed with specific antibodies and heated at 65℃ to reverse the formaldehyde cross-linking,and DNA was purified by PCR.Results The fragments were amplified by using PCR to show positive bands.Conclusion ChIP is a powerful technique that endogenous transcription factors is combined DNA under different physiologic conditions.【期刊名称】《北华大学学报(自然科学版)》【年(卷),期】2011(012)005【总页数】3页(P553-555)【关键词】ChIP;转录因子;DNA;启动子【作者】史双林【作者单位】北华大学医学检验学院,吉林吉林132013【正文语种】中文【中图分类】R392染色质免疫沉淀技术(简称ChIP)是由北京大学生化与分子生物学系主任尚永丰教授于2000年首先创立的,它是一项检测蛋白质与DNA相互作用的新技术.在基因转录调控中,转录因子及转录调节因子与染色质DNA(多数是启动子区)之间存在结合作用,由于缺乏(尤其是在活体情况下)检测这种结合作用的技术,尚永丰教授等人在结合免疫沉淀和PCR两项实验技术之上创建了ChIP技术.该技术不仅可以鉴定某转录因子与启动子DNA直接和间接的相互作用,还可以用实时定量PCR(Real-time PCR)测定转录因子与DNA结合的丰度,筛选出某些特异的启动子序列.1 实验原理用甲醛固定活细胞,生理状态下结合的蛋白质-DNA复合物呈交联状态,不会因为细胞裂解、超声和沉淀等操作步骤被破坏,超声将DNA打断成不同大小的片段,用目的蛋白质特异性抗体免疫沉淀该蛋白质-DNA复合物,复合物65℃解交联,分离纯化DNA,用针对某DNA片段设计的引物对该DNA进行PCR扩增,如果PCR扩增出阳性条带,说明该蛋白质与DNA之间存在相互作用[1-2].2 实验仪器与材料Vibra Cell超声破碎仪(Sonic& Material Inc.);冷冻离心机(Eppendorf公司);蛋白A Sepharose 4B珠子(GE);鲑精DNA(单链DNA);Qiaquick PCR提纯试剂盒(QIAGEN);Cocktail蛋白酶抑制剂(Roche).3 试剂配制1)1%的甲醛:37%的多聚甲醛与PBS按体积比为1 36配制.2)裂解缓冲液:1%SDS,5 mmol EDTA,50 mmol Tris.HCl[pH 8.1],蛋白酶抑制剂混合液.3)缓冲稀释液:1%Triton X-100,2 mmol EDTA,150 mmol NaCl,20 mmol Tris.HCl[pH 8.1],蛋白酶抑制剂混合液.4)TSEⅠ:0.1%SDS,1%Triton X-100,2 mmol EDTA,150 mmol NaCl,20 mmol Tris.HCl[pH 8.1].5)TSEⅡ:0.1%SDS,1%Triton X-100,2 mmol EDTA,500 mmol NaCl,20 mmol Tris.HCl[pH 8.1].6)缓冲区Ⅲ:0.25 mol LiCl,1%NP-40,1% 脱氧胆酸,1 mmol EDTA,10 mol Tris.HCl[pH 8.1].7)TE 缓冲区:1 mol EDTA,10 mmol Tris.HCl[pH 8.0].8)洗脱缓冲区:1%SDS,0.1 mol NaHCO3.4 实验步骤1)将细胞(如乳腺癌细胞 MCF-7)接种于培养皿中,用含10%碳素-葡聚糖处理过的胎牛血清培养液培养3 d后,细胞长至95%汇合状态,用200 nmol雌二醇 E2 处理适当时间[1].2)用室温预热PBS洗细胞1~2次,然后用1%的甲醛(用PBS配制)37℃处理10 min.3)用冰冷PBS洗细胞两次,然后用细胞刮子移入1 mL冰冷的PBS中,4℃,3 000 r/min离心2 min,弃上清.4)用300 μL的裂解缓冲液重悬细胞沉淀,冰上孵育10 mim.5)超声处理 3 次,15 s/次,4 ℃,14 000 r/min离心10 min,收集上清.6)取超声处理液20 μL作为Input(内参)组分,加入缓冲稀释液80 μL进行稀释.7)剩余的超声处理液以110稀释,每mL稀释液加入20 μL正常预免疫小鼠血清,蛋白 A Sepharose 4B珠子和2 μg鲑精DNA进行免疫清洗2 h,离心取上清. 8)加入针对目的蛋白的特异性抗体(如抗雌激素受体α,即抗ERα),4℃孵育过夜,然后再加入蛋白A Sepharose 4B珠子(45μL和鲑精DNA)2 g,孵育1 h,离心去上清,取沉淀.9)依次用1 mL TSEⅠ、TSEⅡ、缓冲区Ⅲ和TE洗涤免疫复合物沉淀各1次,每次10 min.10)用100 μL Lelution缓冲区洗脱珠子上的蛋白-DNA复合物,室温,10 min.11)将洗脱液置于65℃水浴中6 h,以分离蛋白-DNA复合物.12)分离后的DNA片段经Qiaquick PCR提纯试剂盒提纯,-20℃保存.13)用基因启动子区特异性引物(如雌激素3个靶基因Cathepsin D,pS2,c-Myc)分别对DNA进行 PCR 扩增[1-3].5 注意事项1)因为每个实验室的超声仪都不相同,建议将超声后的基因组DNA片段以琼脂糖电泳检测.超声后的DNA片段应分布于500~1 500 bp,以700~800 bp居多. 2)可将第10步与第11步联合,即加入200 μL洗脱缓冲液,65℃孵育6 h.结果是DNA得率会更高,但是纯度会下降.6 结论经过上述实验,用雌激素处理的乳腺癌细胞在3个雌激素靶基因区分别检测出ERα,扩增出阳性条带.雌激素受体(ER)分为α型和β型,是核受体超家族成员,参与介导雌激素的多向效应,在各种生理过程中作用广泛.雌激素是生殖、骨骼、心血管及神经系统中重要的调节因子.目前内分泌疗法主要针对雌激素、ER的水平或活性而设计的,是研究热点[4].乳腺癌患者早期服用部分抗雌激素药物他莫西芬(tamoxifen),可以有效抑制肿瘤的发展,提高总体生存率.但是,长期服用他莫西芬易出现对子宫的副作用,使患子宫内膜癌的风险增加,以及临床上还会出现耐药现象.因此,学者们积极寻找选择性更好的ER调节药物(selective ER modulator,SERM),在不同组织中调控或抑制药物活性.ER介导的转录十分复杂,有大量的共调节因子参加,本身作为辅激活因子(Co-activator),在启动子区RNA polⅡ招募其他辅激活因子,形成ER转录复合体,与转录因子(AP1、SP1)共同调节转录.这些辅激活因子包括:AIB1、GRIP1、SRC-1、CBP、PBP、histone acetylation 等,使用这些蛋白的特异性抗体启动子区基因特异性引物,ChIP可以扩增出阳性条带.利用ChIP的衍生技术(ChIP Re-IP)可以检测某一特定启动子上这些辅激活因子间的相互作用[1].因此,ChIP技术在不同生理条件下对基因表达调控及指导临床用药具有重大意义.【相关文献】[1]Yongfeng Shang,Xiao Hu,James Direnzo,et al.Cofactor Dynamics and Sufficiency in Estrogen Receptor-regulated Transcription[J].Cell,2000,103:843-852.[2]Yongfeng Shang,Myles Brown.Molecular Determinants for the Tissue Specificity of SERMs[J].Science,2002,295:2465-2468.[3]Yongfeng Shang,Molly Myers,Myles Brown.The Formation of Androgen Receptor Transcription Complex[J].Molecular Cell,2002,9:601-610.[4]黄文林,朱孝峰.信号转导[M].北京:人民卫生出版社,2005:278-280.。

染色质免疫沉淀技术及其应用

染色质免疫沉淀技术及其应用

染色质免疫沉淀技术及其应用细胞核中包含着细胞的遗传物质DNA,以及DNA紧密结合的蛋白质,构成了染色质。

染色质免疫沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)是一种用于研究染色质蛋白质相互作用及其在基因调控中的作用的重要实验技术。

通过该技术可以识别染色质上与特定蛋白质结合的DNA序列,从而了解这些蛋白质在基因表达调控过程中的作用。

ChIP技术已经成为生物医学研究领域中不可或缺的实验手段,被广泛应用于基因转录调控、染色质结构与功能、疾病发生机制等领域,为我们深入了解基因表达调控机制、疾病发生发展提供了重要帮助。

ChIP技术的基本原理是利用抗体来特异识别并结合到染色质上的特定蛋白,然后通过交联、切割、免疫沉淀和逆交联等步骤来提取特定的DNA片段。

接着通过DNA序列分析技术,例如PCR、测序等,可以识别出与某个特定蛋白质结合的DNA序列。

ChIP技术主要包括以下几个步骤:细胞交联、细胞破碎、抗体免疫沉淀、DNA纯化和DNA序列分析。

这些步骤需要严格控制实验条件,确保实验结果的可靠性和准确性。

ChIP技术的应用非常广泛,特别是在以下几个方面:1. 基因转录调控研究ChIP技术可以帮助研究人员确定染色质上与特定转录因子结合的DNA序列,从而识别这些转录因子在基因调控过程中的作用。

研究人员可以利用ChIP技术来分析不同细胞状态下转录因子的结合模式,以及其对调控特定基因的影响,从而深入了解基因的表达调控网络。

2. 染色质结构与功能研究ChIP技术也被广泛应用于研究染色质的结构与功能。

通过识别与某个特定蛋白质结合的DNA序列,可以揭示该蛋白质在染色质组装、染色质结构维护、染色质重复序列稳定性维护等方面的作用,为深入理解染色质结构与功能提供了重要手段。

3. 疾病发生机制研究ChIP技术在研究疾病发生机制方面也具有重要的应用价值。

研究人员可以利用ChIP 技术来分析肿瘤细胞中染色质上与肿瘤相关蛋白质结合的DNA序列,从而揭示肿瘤相关基因的表达调控网络,为肿瘤的发生发展机制提供重要线索。

染色质免疫沉淀技术及其应用

染色质免疫沉淀技术及其应用

染色质免疫沉淀技术及其应用染色质免疫沉淀(chromatin immunoprecipitation,ChIP)是一种重要的分子生物学技术,用于研究蛋白质与染色质之间的相互作用关系。

该技术通过特异性抗体与目标蛋白结合,将目标蛋白与染色质结合的部分沉淀下来,以此确定目标蛋白在染色质上的结合位点,并进一步研究蛋白质在基因调控中的功能。

染色质免疫沉淀的基本步骤包括:1.染色质交联:将细胞或组织中的DNA和蛋白质交联在一起,以保持它们的相互作用关系。

2.染色质剪切:将交联的染色质进行酶处理或超声波处理,将染色质剪切成100-500bp的片段,以便于后续的沉淀。

3.抗体结合:将染色质片段与特异性抗体结合,在染色质片段表面上沉淀下与目标蛋白结合的片段。

4.沉淀:利用磁珠或蛋白A/G琼脂糖柱等方法将与抗体结合的染色质片段沉淀下来。

5.反交联:将交联的染色质反交联,将DNA从蛋白质分离出来。

6.纯化、扩增和分析:将沉淀得到的DNA进行纯化、扩增,并使用PCR、测序等技术进行进一步分析。

染色质免疫沉淀技术在基因调控机制的研究中具有广泛的应用。

该技术可以用于研究转录因子在基因调控中的功能。

通过染色质免疫沉淀可以确定转录因子与特定基因组区域的结合位点,进而确定转录因子的调控网络和靶基因。

该技术可以用于研究组蛋白在基因组中的分布和修饰。

组蛋白修饰在基因转录和表达调控中起着重要作用,通过染色质免疫沉淀可以确定某一特定组蛋白修饰标记与特定基因组区域的结合关系,从而推测出组蛋白修饰在基因调控中的功能。

染色质免疫沉淀还可以用于研究非编码RNA与染色质之间的相互作用,以及研究染色质在发育、疾病等生物学过程中的功能。

染色质免疫沉淀技术是一项重要的分子生物学技术,通过对蛋白质与染色质的相互作用关系的研究,可以深入了解基因调控机制及其在生物学过程中的功能。

该技术具有广泛的应用前景,可以用于揭示转录因子、组蛋白修饰、非编码RNA等在基因调控中的作用,为治疗疾病和改良作物等应用提供理论基础。

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d i a g n o s e d b y t h e be r l i n q u e s t i o n na i r e a n d a s s o c i a t i o n wi t h c o r o —
n a r y a r t e r y d i s e a s e s e v e r i t y I - j r ,2 0 1 5 ,1 1
9 45 — 9 5 2 .
E 41 陈 小 明 .一 氧 化氮 和 心血 管 疾 病 [ J J . 中华 高血 压 杂 志 ,2 0 0 8 ,
1 6( 9 ):8 4 7 — 8 4 8 .
E s ]宋爱 玲 ,曾奕 明 , 陈 晓 阳. 慢 性 缺 氧 / 再 氧 舍 小 鼠模 型 实 验 研 究 E J ] .国际呼吸杂志,2 0 0 6 ,2 6( 6 ) :4 0 8 — 4 1 1 .
损伤 中 ,可 以通 过 一 系列复 杂 的细 胞 内信号 转 导 通
1 9 9 5, 3 l 1 ( 69 9 8) : 1 7 l 一 1 7 4 .
[ 2 ]Gh a z a L A,R o q h a n i F,S a d e q h i M.Ob s t r u c t i v e s l e e p a p n e a ,
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路对 缺氧 应激 起 内源 性 保 护作 用 。研 究 显 示 ,S AS 患者 Hs p 9 0表 达增 强 ,从 而加 强机 体对 缺 氧这一 不
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本实 验 研 究 显 示 ,妊 娠 期 C I H、子 代 C I H 下 调子 代大 鼠心 肌细 胞 e N 0s表 达 ,且 两 者存 在 协 同 作用 ,并 可导 致子 代大 鼠血 清 NO生 成 减 少 。进 一 步阐明妊娠期 C I H 将 对 子 代 大 鼠心 肌 细 胞 e NOS 表达 及血 清 NO生 成 产生长 期 程 序控 制 ,此结 果 与 L i 等_ 8 ] 和 Th o mp s o n等 L g 研究 结果 基本 相 符 。妊 娠

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综 上 所 述 ,妊 娠 期 C I H 可 下 调 子 代 大 鼠心 肌 细胞 e N OS 、Hs p 9 0表 达及 血 清 NO 生 成 ,可 能 是
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7 6 ・
福建医药杂志 2 0 1 6年 1 2月第 3 8卷第 6 期
F u j i a n Me d J , De c e mb e r 2 0 1 6 , Vo 1 . 3 8 , No . 6
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