mdp文件详解

mdp文件详解
title = BPTI in water, 300K ；名字
cpp = /lib/cpp ；预处理程序，gcc的路径
define = -DPOSRES_LIPID ；对top文件的控制选项-DFLEXBLE:这个选项告诉grompp水分子是柔性的，非刚体-DPOSRES：限制自由度
;constraints = all-bonds
integrator = md ；算法，md这里表示蛙跳算法
dt = 0.001 ; ps ! ；时间步长
nsteps = 1000 ; total 10 ps. ；步数
comm_mode = None ；linear对质心平动，anglar 平动+转动，none对质心无限制nstxout = 0 ；将坐标写入输出轨迹文件的频率nstvout = 0 ；将速度写入输出轨迹文件的频率nstfout = 0 ；将力写入输出轨迹文件的频率nstxtcout = 500 ；将坐标写日xtc坐标文件的频率nstlog = 1000 ；将能量写入log文件的频率nstenergy = 1000 ；将能量写入energy文件的频率nstlist = 10 ；neighbor list 的更新频率
ns_type = grid ；neighbor search 的种类，分两种grid：格子和simple coulombtype = PME ；库伦作用种类，cut-off，ewald，PME,PPPM.... rlist = 1.0 ；短程neighbor-list截断半径
rcoulomb = 1.0 ；库伦截断半径
rvdw = 1.0 ；范德华力截断半径
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl = berendsen ；热浴？berendsen和nose-hoover
tc-grps = CNT SOL ；分别进行热浴的类
tau_t = 0.1 0.1 ；热浴时间常数（ps）
ref_t = 300 300 ；热浴的参考温度（对不同的类分别指定）; Energy monitoring
energygrps = CNT SOL
; non-equilibrium MD
freezegrps = CNT ；指出受约束的系统
freezedim = Y Y Y ；Y=yes，N=no，三个字母分别代表xyz轴; Isotropic pressure coupling is now on
;Pcoupl = berendsen ；NO：无压力耦合，盒子尺寸大小固定，berendsen:每个时间步长都会重新度量盒子大小，Parrinello-Rahman
;Pcoupltype = semiisotropic
;tau_p = 1.0 1.0 ；耦合时间常数
;compressibility = 0 4.5e-5 ；压缩系数
;ref_p = 1.0 1.0 ；参考压强
; Generate velocites is off at 300 K.
gen_vel = no ；no：初始速度为零yes：按照麦克斯韦分布设定初始速度
gen_temp = 300.0 ；麦克斯韦分布的温度
gen_seed = 173529 ；使用随机发生器来产生随机速度(time() + getpid()) % 1000000。