转录组高通量测序

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转录组测序

转录组测序

转录组测序(RNA-seq)是指利用高通量测序技术对cDNA进行测序从而获取不同mRNA 片段在特定样本里的含量。通过统计相关读段(reads)数计算出不同RNA的表达量,发现新的转录本;如果有基因组参考序列,可以把转录本映射回基因组,确定转录本位置、剪切情况等更为全面的遗传信息。

RNA-seq广泛应用于生物学研究、医学研究、临床研究和药物研发等。在功能基因组学方面的应用:基因(转录本)精细结构,各种器官表达模式,不同发育阶段的表达模式;在癌症和疾病方面:SNPs,选择性剪切,可选启动子,等位基因差异表达,RNA编辑,融合基因;农业和微生物方面:动植物疾病,微生物致病机理,分子育种,作物抗性研究;等等。服务内容

RNA测序

客户提供

足够的组织材料或者RNA样品。

我们提供

测序结果、报告。

转录组测序技术

转录组测序技术

转录组测序技术

转录组测序技术(Transcriptome sequencing technology)是研究基因表达的一种高通量测序技术,用于分析特定时间点或特定条件下细胞、组织或生物体内的所有转录本的整体集合,即转录组。通过转录组测序,可以研究基因的表达模式、发现新的转录本、检测外显子变异、研究RNA修饰等。

转录组测序技术主要有以下几种:

1. RNA-Seq: RNA-Seq是目前最常用的转录组测序技术,它能够以高通量、高灵敏度和高分辨率分析细胞中全部转录本的表达情况。RNA-Seq首先将RNA提取、逆转录为cDNA,然后通过高通量测序仪对cDNA进行测序,最后根据测序结果分析基因的表达水平和异质性剪接等信息。

2. 3'end sequencing: 3'end测序是一种用于定量研究基因表达的测序技术。它通过选择转录本的3'末端序列进行测序,可以快速获得RNA的5'端信息,并通过对测序数据的分析揭示基因的表达水平。

3. Full-length transcript sequencing: 全长转录本测序技术是一种能够获得完整转录本序列的测序方法。与传统的RNA-Seq只能得到部分转录本序列不同,全长转录本测序技术可以通过直接测序RNA分子的全长来研究转录组。

4. Small RNA sequencing: 小RNA测序是用于研究微小RNA (miRNA)和其他小的非编码RNA的测序技术。小RNA测

序可以帮助研究人们了解miRNA的表达和调控机制,以及它

们在多种生物学过程中的功能。

rna高通量测序

rna高通量测序

RNA高通量测序

引言

RNA高通量测序是一种研究RNA分子的方法,通过高效的测序技术和数据分

析方法,可以获得RNA分子的序列信息和表达水平,从而帮助研究者揭示基因表

达调控的机制、发现新的基因、寻找新的药物靶点等。本文将介绍RNA高通量测

序的原理、实验流程和数据分析方法。

RNA高通量测序的原理

RNA高通量测序基于第二代测序技术,主要有Illumina(Solexa)测序和Ion Torrent测序两种常用的方法。这两种方法都是通过将RNA分子转录成cDNA,然

后进行文库构建,最后使用测序技术对文库进行高通量测序。具体来说,RNA高

通量测序方法主要包括以下几个步骤:

1.提取RNA:首先需要从细胞或组织中提取RNA分子。常见的RNA

提取方法有酚-氯仿法、柱子法和磁珠法等。

2.cDNA合成:将提取的RNA反转录为cDNA,通常使用逆转录酶和随

机引物等进行反转录反应。这一步骤可以将RNA分子转录成cDNA,方便后

续文库构建和测序。

3.文库构建:将cDNA进行文库构建,主要包括末端修复、连接适配体、

连接PCR引物和文库富集等步骤。文库构建的质量对后续测序的准确性和可

靠性至关重要。

4.测序:将构建好的文库进行高通量测序,获取大量的短序列数据。

Illumina测序使用桥式PCR和碱基测序技术,Ion Torrent测序则通过测量氢离子释放进行测序。

5.数据处理:对测序得到的原始数据进行质控、去除接头序列、去除低

质量序列等预处理步骤,然后将清洗后的序列比对到参考基因组或转录组上,得到RNA的定量和定位信息。

转录组测序原理

转录组测序原理

转录组测序原理

转录组测序是一种用于研究细胞内转录活动的技术,它可以揭

示细胞中所有转录的RNA分子,包括mRNA、miRNA和lncRNA等。转

录组测序的原理是通过高通量测序技术,将RNA分子转化为DNA序列,并对其进行测序分析,从而获得细胞内所有转录的信息。

首先,转录组测序需要提取细胞或组织中的总RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA和其他小RNA。随后,通过反转录酶将RNA转化为cDNA,然后对cDNA进行文库构建,包括末端修复、连接连接适配体、PCR

扩增等步骤。接着,将构建好的文库进行高通量测序,得到大量的

短序列读段。最后,利用生物信息学分析软件对测序数据进行处理

和分析,包括序列比对、基因表达定量、差异表达基因分析等。

在转录组测序中,有几个关键的技术步骤需要特别注意。首先

是RNA提取,需要选择合适的提取试剂盒和方法,确保提取的RNA

质量和纯度符合测序要求。其次是反转录和文库构建,需要严格控

制反转录反应的条件和文库构建的步骤,避免引入偏差和误差。最

后是测序数据的分析,需要利用多种生物信息学工具和数据库进行

综合分析,从而获得可靠的转录组数据。

转录组测序技术在生物医学研究中具有重要的应用价值。通过转录组测序,可以揭示细胞内基因的表达水平、剪接变异、转录起始位点、RNA修饰等信息,有助于理解基因调控机制、发现新的基因和RNA,以及研究疾病的发生机制。同时,转录组测序也可以为个性化医学和精准医疗提供重要的数据支持,为疾病诊断和治疗提供新的思路和方法。

总之,转录组测序是一种强大的技术工具,可以为生命科学研究和临床医学提供丰富的信息和数据。随着测序技术的不断发展和成熟,转录组测序将在越来越多的领域发挥重要作用,为人类健康和疾病防治做出更大的贡献。

转录组测序的常见方法和主要特点

转录组测序的常见方法和主要特点

转录组测序的常见方法和主要特点

真核转录组测序(mRNA):真核mRNA测序是基于高通量平台,对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序,既可研究已知基因,亦能发掘新基因,全面快速地获得mRNA序列和丰度信息。真核mRNA测序方法可以分为:有参考转录组、无参考转录组以、数字基因表达谱(DGE)三大类。

长链非编码RNA测序(lncRNA):通过高通量测序技术结合生物信息学方法在整体水平上揭示样品中lncRNA及mRNA的全面信息。在鉴定已知lncRNA的同时,可全面挖掘与疾病相关的新型lncRNA,并对其在早期发生发展的调节作用进行结构特征和功能分析。并与特定生物学现象联系起来,可研究正常细胞或组织与病理样品中非编码RNA 的差别和调控作用,揭示与之相关的遗传特性或疾病机理。

环状RNA测序(circRNA):由于环状RNA的闭合环状特性,通过去除totalRNA中的rRNA和线性RNA分子,可以特异地富集环状RNA 分子后测序,更有针对性地分析受检样本中特定的环状RNA谱、环状RNA剪接模式、组间差异和分子功能等。CircRNA功能众多,可作为miRNA的海绵,竞争性结合miRNA,发挥ceRNA的调控功能,调控基因表达。近年来还发现与疾病的发生和发展密切相关,在疾病诊断标记物等方向具有很大的应用前景。

高通量测序技术的应用与发展

高通量测序技术的应用与发展

高通量测序技术的应用与发展

高通量测序技术是一种革命性的生物技术,已经被广泛应用于基因组学、转录组学、表观遗传学等领域。该技术能够高效、准确地测定 DNA 或 RNA 的序列,为生命科学研究和临床诊断提供了强大的工具。本文将探讨高通量测序技术的应用与发展。

一、高通量测序技术的应用

高通量测序技术广泛应用于以下领域:

1. 基因组学

基因组学是研究生物基因组结构、功能和演化的科学。高通量测序技术已经使得人类基因组计划和其他生物基因组计划得以实现。高通量测序技术可以在较短的时间内测定整个基因组的序列,从而揭示生物的基因组组成,并为进一步研究生物的遗传机制提供了重大的帮助。

2. 转录组学

转录组学是研究生物基因表达的科学。高通量测序技术的出现使得转录组学得以实现。RNA-Seq是一种高通量测序技术,可以直接测定所有转录本的数量和序列,为研究基因的表达和调控提供了重要的信息。

3. 表观遗传学

表观遗传学研究表观遗传信息的传递和维护。高通量测序技术可以测定基因组上的 DNA 甲基化和染色质构象等表观遗传信息,揭示生物表观遗传调控机制的新奥秘。

二、高通量测序技术的发展

高通量测序技术经历了以下几个阶段的发展:

1. 第一代测序技术

第一代测序技术采用 Sanger 测序法,需要大量的人工操作,时间和成本都很高。虽然第一代测序技术测序准确度很高,但无法应对大规模测序的需求。

2. 第二代测序技术

第二代测序技术采用高通量测序仪,通过并行测序的方式,大大提高了测序速度和效率。第二代测序技术有多种,包括 Illumina 测序、Ion Torrent 测序和 PacBio 测序等。这些技术有其优缺点,但总体来说,它们带来了高通量测序的革命。

转录组测序的流程

转录组测序的流程

转录组测序的流程

转录组测序是一种用于研究RNA转录本的高通量测序技术,它

可以帮助科研人员了解生物体内部的基因表达情况,从而揭示基因

调控、代谢途径等重要生物学过程。本文将介绍转录组测序的流程,包括样本准备、RNA提取、建库、测序和数据分析等步骤。

1. 样本准备。

转录组测序的第一步是样本准备,样本的选择和处理对后续的

实验结果至关重要。首先需要确定研究的对象,是细胞、组织还是

整个生物体,然后采集样本并进行保存。在采集样本的过程中,需

要注意避免RNA的降解和污染,可以使用RNAlater等试剂来稳定RNA。此外,还需要记录样本的相关信息,如采集时间、处理方法等。

2. RNA提取。

RNA提取是转录组测序的关键步骤,它可以从样本中纯化出RNA,并去除DNA、蛋白质和其他杂质。常用的RNA提取方法包括酚/氯仿法、硅胶柱法和磁珠法等。在进行RNA提取时,需要注意保持样本

的完整性和纯度,避免外源性RNA的污染。此外,还需要对提取得

到的RNA进行定量和质量检测,确保其可以用于后续的实验。

3. 建库。

建库是将提取得到的RNA转录本转化为可以进行测序的DNA文

库的过程。建库的关键步骤包括RNA的反转录、cDNA合成、末端修复、连接接头、文库扩增和纯化等。在建库的过程中,需要注意避

免外源DNA的污染,确保文库的纯度和完整性。此外,还需要对建

库得到的DNA文库进行定量和质量检测,以确保其可以用于高通量

测序。

4. 测序。

建库完成后,就可以进行高通量测序了。目前常用的转录组测

序技术包括RNA-seq和全长转录组测序。RNA-seq可以对RNA转录

rnaseq流程步骤

rnaseq流程步骤

rnaseq流程步骤

RNA测序(RNA-seq)是一种用于研究转录组的高通量测序技术。它可以帮助我们理解基因表达和转录调控的机制,并揭示基因功能和调控网络。本文将介绍RNA测序的流程步骤。

1. 样品制备

RNA测序的第一步是样品制备。样品可以是细胞、组织或者其他生物学材料。首先,需要提取RNA,通常使用酚-氯仿法或商业化的RNA提取试剂盒。提取的RNA可以是总RNA,也可以是多聚A+ RNA,取决于研究的目的。

2. RNA质量检测

提取的RNA需要进行质量检测,以确保RNA的完整性和纯度。常用的方法有比色法、凝胶电泳和生物分析仪。RNA的A260/A280比值应在1.8-2.2之间,表示RNA的纯度较高。

3. RNA文库构建

RNA测序需要构建RNA文库,即将RNA转录为cDNA,并进行文库的建立。常用的文库构建方法有两种:全长文库和选择性文库。全长文库包括了RNA的全部信息,而选择性文库只包括了某些特定的RNA,如mRNA或非编码RNA。

4. 文库测序

构建好的RNA文库需要进行测序。目前常用的测序技术有两种:第

一代测序和第二代测序。第一代测序技术包括Sanger测序和454测序,具有高准确性但测序量较少。第二代测序技术包括Illumina测序、Ion Torrent测序和PacBio测序等,具有高通量但准确性稍低。

5. 数据质量控制

测序得到的原始数据需要进行质量控制,以排除低质量的序列。常用的数据质量控制工具有FastQC和Trimmomatic。这些工具可以检查序列的质量分数、序列长度分布和测序错误等,并根据设定的阈值进行过滤和修剪。

高通量测序技术的原理和应用

高通量测序技术的原理和应用

高通量测序技术的原理和应用随着基因组学研究的不断深入,对基因组的了解也越来越深入。而为了更好地研究基因组,人们已经开发出了很多种测序技术。

其中,高通量测序技术便是一种效率和精准度都很高的测序技术。这篇文章将针对高通量测序技术的原理和应用进行讲述。

一、高通量测序技术的原理

1.端点测序和鸟枪法测序

端点测序是第一种测序技术,它是通过将DNA的一端连接

到一种特殊的引物上,然后引物与DNA的另一端连接,最后利用

酶开放区域,加入dNTPs和DNA聚合酶进行扩增,然后进行测序。而鸟枪法测序则是利用两串寡聚核苷酸将DNA分成一小段一

小段,然后进行扩增,在完成扩增后,通过比较不同反应组严格

高精的测序结果,我们可以得出完整序列。

2.震荡式测序(Sanger测序)

震荡式测序(Sanger测序)是目前使用较多的一种测序方法,

它通过将所需的DNA样本进行扩增,得到多个特异性片段。然后

将这些片段进行分离电泳,得到A、T、C和G四个碱基片段的信号。最后,根据各个碱基标记的强度,推算出大概的有机物组成,根据机组运转偏测结果进行判断,从而得到DNA的序列。

3.Pyrosequencing技术

Pyrosequencing技术是一种比较新颖的测序技术,它基于酶

反应来测序。在这种技术中,DNA序列是通过酶反应来完成的,

从而得到相应的序列信息。

二、高通量测序技术的应用

1.基因组重测序

基因组测序是目前较为常见的一种DNA测序方法,它可以

对整个基因组的信息进行测定和分析。基因组重测序技术是一种

利用高通量测序技术的方法,通过对基因组中的所有区域进行大

转录组测序

转录组测序

转录组测序

转录组是特定发育阶段或生理条件下细胞内的完整转录组的集合。转录组测序的主要目的是对所有转录物进行分类,包括mRNAs、非编码RNA和小RNA;根据基因的起始位点、5′端和3′端、剪接模式和其他转录后修饰来确定基因的转录结构;量化每个转录物的表达水平的变化在发育期间和不同条件下的转录本。了解转录组对于解释基因组的功能成分、揭示细胞和组织的分子成分以及理解发育和疾病是必不可少的,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

转录组测序技术优势:

百泰派克生物科技转录组测序服务基于Illumina高通量测序平台,能够在单核苷酸水平上检测任何物种的整体转录水平。在分析转录本的结构和表达水平的同时,还可以发现未知的转录本和稀有的转录本,并能准确识别可变剪切位点和编码序列单核苷酸多态性(cSNP),从而提供最全面的转录组信息。与传统的芯片杂交平台相比,转录组测序可以在不预先设计已知序列探针的情况下检测任何物种的整个转录水平,提供更准确的数字信号,更高的检测通量和更宽的检测范围。转录组测序分析是深入研究转录组复杂性的强有力工具。

转录组测序实验流程:

转录组测序实验流程。

转录组测序分析流程:

转录组测序分析流程。

转录组测序服务优势:

经验丰富的技术人员,可以提供从实验设计、样品检测、数据分析等全套专业服务;

流程明确,减少不必要的样品和时间浪费,交付时间短;

百泰派克生物科技拥有自主生信分析平台,除常规分析外,还可提供高级定制分析;

百泰派克拥有蛋白组、代谢组等分析平台,可进行多组学整合分析,提升文章质量。

高通量测序的流程

高通量测序的流程

高通量测序的流程

高通量测序技术作为现代生物学和医学研究中不可或缺的重要工具,已经在基因组学、转录组学和生物信息学等领域广泛应用。本文将深入探讨高通量测序的流程及其技术要点,以及在不同应用场景下的具体应用。

一、高通量测序技术是一种通过并行处理大量DNA或RNA分子的方法,能够快速、准确地测定样本中的基因组序列信息。其广泛应用于基因变异分析、群体遗传学研究、肿瘤基因组学以及微生物群落结构分析等多个领域。

二、高通量测序的主要步骤

1. 样本准备与DNA/RNA提取

高通量测序的第一步是样本的准备和核酸的提取。样本可以是来自生物体的任何组织或细胞,提取得到的DNA或RNA质量和纯度直接影响后续测序结果的可靠性。常用的提取方法包括酚/氯仿法、商业提取试剂盒以及磁珠法,选择合适的方法取决于样本类型和实验室设施的情况。

2. 文库构建

DNA或RNA提取后,需要将目标核酸转化为可用于高通量测序的文库。文库构建的关键步骤包括断裂、末端修复、连接连接子、文库扩增和文库纯化等。每个步骤都需要精确控制反应条件和使用高质量的试剂,以避免污染和损伤目标DNA/RNA。

3. 测序平台选择与测序类型确定

在文库构建完成后,需要根据具体实验设计选择合适的测序平台

和测序类型。目前常用的高通量测序平台包括Illumina、Ion Torrent、PacBio和Oxford Nanopore等,每种平台都有其特定的优缺点和适用

场景。测序类型主要分为全基因组测序(WGS)、全外显子组测序(WES)、RNA测序和甲基化测序等,根据研究问题的不同选择合适的测序类型至关重要。

转录组测序具体详细流程

转录组测序具体详细流程

转录组测序具体详细流程

转录组测序是一种高通量测序技术,用于研究特定生物体内的所有转录本。这种技术可以帮助我们了解基因表达的调控机制,以及在不同生理和病理状态下基因表达的变化。下面将详细介绍转录组测序的具体流程。

1. RNA提取

需要从样本中提取RNA。这可以通过使用商业化RNA提取试剂盒或自制试剂盒来完成。提取的RNA应该是高质量的,没有降解或污染。

2. RNA质量评估

为了确保RNA的质量,需要对提取的RNA进行质量评估。这可以通过使用生物分析仪或琼脂糖凝胶电泳来完成。RNA的完整性和纯度是评估RNA质量的两个重要指标。

3. RNA文库制备

RNA文库制备是转录组测序的关键步骤。在这个步骤中,需要将RNA转录成cDNA,并将其连接到测序适配器上。这可以通过使用商业化RNA文库制备试剂盒或自制试剂盒来完成。

4. 文库质量评估

为了确保文库的质量,需要对文库进行质量评估。这可以通过使用生物分析仪或PCR扩增来完成。文库的大小和纯度是评估文库质量的两个重要指标。

5. 测序

文库制备完成后,需要进行测序。转录组测序可以使用Illumina HiSeq、NovaSeq或PacBio等高通量测序平台来完成。在测序过程中,需要对测序数据进行质量控制和过滤,以确保测序数据的质量。

6. 数据分析

需要对测序数据进行数据分析。这可以通过使用不同的生物信息学工具和软件来完成。数据分析的目的是识别差异表达基因、功能注释和通路分析等。

转录组测序是一种强大的技术,可以帮助我们了解基因表达的调控机制和在不同生理和病理状态下基因表达的变化。通过上述步骤的详细介绍,我们可以更好地理解转录组测序的具体流程。

高通量测序技术在基因组学及转录组学研究中的应用与发展

高通量测序技术在基因组学及转录组学研究中的应用与发展

高通量测序技术在基因组学及转录组学研究中的

应用与发展

研究方案:高通量测序技术在基因组学及转录组学研究中的应用

与发展

引言:

随着高通量测序技术的发展,基因组学和转录组学研究得到了巨大的

推进。高通量测序技术可以高效地获取海量的DNA或RNA序列信息,

为我们深入了解基因组和转录组的组成、结构和功能提供了重要的手段。本研究将通过应用高通量测序技术,结合先进的实验设计、数据

采集和分析手段,对其在基因组学和转录组学研究中的应用进行深入

探究,以及尝试提出新的观点和方法。

研究目标:

本研究的目标是调查高通量测序技术在基因组学和转录组学研究中的

应用现状,并进一步探索其在解决实际问题中的潜力。其中重点包括

下述几个方面的研究内容:

1. 分析高通量测序在基因组学研究中的应用:通过测序某一生

物种群的全基因组,研究是否可以发现新的基因或基因变异,并挖掘

其与形态特征、遗传疾病等方面的关系。

2. 探索高通量测序技术在转录组学研究中的应用:利用RNA测

序技术,分析转录组的差异表达基因,并研究其与细胞发育、功能调

控等方面的相关性。

3. 开发新的高通量测序技术及其在基因组学和转录组学研究中

的应用:结合已有的高通量测序技术,探索新的测序策略和数据处理

方法,以提高数据质量、加快测序速度等。

研究方法:

1. 数据采集:选择目标生物种群,提取其全基因组DNA或转录组RNA,并利用高通量测序技术进行测序。挑选适宜的对照组进行比较分析。

2. 实验设计:

a. 随机分组实验设计:将目标群体分为实验组和对照组,实验组

接受某种处理(如药物干预、环境影响),对照组则没有接受处理。

转录组学测序和单细胞测序

转录组学测序和单细胞测序

转录组学测序和单细胞测序

转录组学测序和单细胞测序(single cell RNA-seq)是两种不同水平的基因表达研究方法。转录组学测序主要研究细胞或组织中所有基因的表达情况,而单细胞测序则从单个细胞水平研究基因表达。这两种技术各有优势,可以互相补充,为生命科学研究提供了重要手段。

一、转录组学测序

转录组学测序是一种高通量的测序技术,用于研究细胞或组织中所有基因的表达水平。通过对样本中的RNA进行提取、反转录、构建文库、测序等步骤,可以获得基因的表达量矩阵。通过对这些数据进行分析,可以了解在不同条件或处理下,哪些基因的表达水平发生了显著变化,从而揭示细胞或组织的生物学过程和功能。

转录组学测序技术的优势在于可以全面、系统地研究基因表达,具有很高的灵敏度和准确性。同时,RNA-seq技术的发展也使得数据分析方法不断更新,可以进行更深入的基因功能和调控机制研究。此外,转录组学测序技术还可以与其他组学数据(如基因组学、蛋白质组学等)进行整合分析,为全面了解细胞或组织的生物学信息提供可能。

二、单细胞测序

单细胞测序是一种从单个细胞水平研究基因表达的技术。通过对单个细胞中的RNA进行提取、反转录、构建文库、测序等步骤,

可以获得单个细胞的基因表达矩阵。单细胞测序技术的出现,弥补了传统细胞群体测序在揭示细胞异质性方面的不足,为研究单个细胞的生物学过程和功能提供了新的手段。

单细胞测序技术的优势在于可以从单个细胞水平研究基因表达,揭示细胞间的异质性。此外,单细胞测序还可以与其他单细胞分析技术(如流式细胞术、免疫荧光等)进行整合分析,为全面了解单个细胞的生物学信息提供可能。

转录组测序原理

转录组测序原理
疾病发生发展的分子机制
转录组测序可以检测疾病状态下基因的表达变化,从而深入了解 疾病发生、发展的分子机制,为疾病的诊断和治疗提供依据。
转录组测序的技术原理
下一代测序技术
转录组测序主要基于下一代测序技术,通过高通量测序获得全基因组的转录本序列,再通过与参考基因组比对,确定 每个转录本的基因来源、表达量和变异信息。
转录组测序可用于研究物种进化过程中基因表达的差 异,揭示物种的演化机制。
转录组测序的发展历程
1990年代
随着人类基因组计划的启动,转录组研究开 始受到关注。
2000年代
高通量测序技术的出现,使得转录组测序进 入快速发展阶段。
2010年代
单细胞转录组测序技术的兴起,为研究细胞 异质性提供了有力工具。
临床应用与个性化医疗
疾病机制研究
通过转录组测序分析疾病发生发展过程中的基 因表达变化,深入了解疾病机制。
药物研发与个性化治疗
利用转录组数据筛选药物靶点,开发针对特定 患者的个性化治疗方案。
预后预测和诊断
通过转录组数据预测疾病预后和诊断疾病类型,为临床决策提供依据。
05
转录组测序的案例分析
案例一:人类疾病转录组研究
通过比较不同条件或组 织样本的转录本序列, 检测基因表达的差异, 筛选出差异表达的基因 。
对差异表达基因进行生 物学功能注释,包括GO (Gene Ontology) 分析 和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 通路分析等,以揭示相 关生物学过程和分子机

高通量单细胞转录组测序数据分析流程

高通量单细胞转录组测序数据分析流程

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转录组高通量测序

2010-11-22 09:48

(第二代高通量测序技术-454)

转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代高通量测序仪平均读长超过

400bp,在测序读长上遥遥领先于其它第二代高通量测序仪,使其成为转录组学研究的首选测序平台,已被广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

一、罗氏454测序技术在环境微生物生态多样性研究中的突出优势体现在:(1)测序序列长,便于聚类拼接,可以对转录本进行从头组装(de novo assembly)。

(2)测序通量高,可以检测到低丰度转录本信息。

(3)可以对无基因组参考序列的新物种进行转录组测序,发现新的转录本和亚型。

(4)实验操作简单、结果稳定,可重复性强。无需进行克隆的文库构建,双链cDNA连接454接头后可以直接进行测序,实验周期短。

(5)测序数据便于进行生物信息分析,可以进行基因差异表达分析、鉴定基因的可变剪切以及预测新基因。

二、美吉公司在环境微生物生态多样性研究中的突出优势体现在:

(1)拥有自主实验室和高通量测序平台,可以根据客户要求灵活安排实验,实验周期短,取样方便,质量可靠。

(2)技术人员经验丰富,可以稳定地进行总RNA的提取和双链cDNA的合成,可以根据顾客要求第一时间提供实验方案。

(3)有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为客户提供个性化的生物信息分析服务。

(4)开放式实验室,参与式服务。客户不但可以参与整个实验过程,而且可以参与生物信息分析,提供最为增值的售后服务。

三、服务流程

(1)客户提供样本背景信息、实验目的和实验预期。

(2)美吉公司设计实验方案,提供测序深度建议和生物信息分析建议。

(3)客户认可实验方案,双方签订项目合作协议。

(4)项目开始运作,美吉公司指定专人和客户保持无障碍沟通。

(5)项目结束,美吉公司提供标准结题报告。

(6)客户可以和美吉公司签订长期合作协议,享受折扣和VIP服务。

四、送样要求

(1)动物、植物、微生物组织:

> 请提供足量的新鲜样品,样品量≥5g;植物材料应避免过老的组织,尽量用柔嫩部位。

> 新鲜程度要求:采样后将样品立即液氮速冻-80℃保存(保存期不超过1个月),干冰运输,运输时间不超过72h。

> 样本保存期间切忌反复冻融。

> 样品质量合格与否的判断标准:RNA提取后经变性电泳,各RNA条带清晰,比例适中,完整性好,无降解。

> 填写完整的送样订单(请点击下载),提供尽量详细的物种基因组背景资料信息,如:基因组大小,基因平均长度,预计表达的基因数量等待。用自封袋密封后随同样本一起快递。

> 样本的送样量和其他具体要求,请致电免费电话400-660-1216。

(2) RNA

> 总RNA>500ug,浓度>1ug/ul;

> mRNA>3ug,浓度>50ng/ul;

> OD260/OD280为1.8-2.2;28S/18S>1.8; RIN≥ 8(哺乳动物)

> 质检以我方电泳胶图、紫外分析仪定量为准。。

> 送样管务必标清样本编号,管口使用Parafilm膜密封。

> 样本保存期间切忌反复冻融。

> 送样时使用干冰运输。

> 填写完整的送样订单(请点击下载)和RNA电泳检测照片,用自封袋密封后随同样本一起快递。

(3)双链cDNA

> 按照美吉公司提供的cDNA 454文库构建流程进行文库构建,去除文库中的POLY-A。

> 总量>5ug,浓度>50ng/ul,OD260/280在1.8左右。

> 送样管务必标清样本编号,管口使用Parafilm膜密封。

> 样本保存期间切忌反复冻融。

> 送样时使用干冰或冰袋运输。

> 填写完整的送样订单(请点击下载)和cDNA电泳检测照片,用自封袋密封后随同样本一起快递。

五、无参考基因组转录组分析(de novo Transcriptome Analysis)

> 测序和基本数据处理

合成双链Cdna 酶切去POLY-A 两端连接454接头 454测

序基本数据处理(图像识别、碱基识别、过滤接头序列)

> 生物信息分析内容

* 数据产出统计及测序数据的成分和质量评估

* Contig长度分布

* Unigene长度分布

* Unigene 功能注释

* Unigene GO分类

* Unigene 表达差异分析(不少于两个样本)

* Unigene 在样本间的差异GO分类(不少于两个样本)

* Unigene 代谢通路分析

* 蛋白功能和分类预测

> 应用领域

* 全基因组EST测序

* 筛选SNV、SSR和InDel分子标记

* 基因表达谱研究

* 非编码RNA研究

六、有参考基因组的转录组分析(Transcriptome analysis with reference genome)

> 测序和基本数据处理

合成双链Cdna 酶切去POLY-A 两端连接454接头 454测

序基本数据处理(图像识别、碱基识别、过滤接头序列、检测可能的样本污染)

> 生物信息分析内容

* 测序数据产量及与Reference比对结果概述

* Reads在基因组上的分布

* 测序随机性评估

* 基因覆盖度、测序深度的分布

* 基因差异表达分析

* 对基因结构进行优化

* 鉴定基因的可变剪切

* 预测新基因

> 应用领域

* 基因组注释

* 基因结构分析(可变剪接、基因边界等)

* 转录融合基因研究

* 基因表达谱研究

* 非编码RNA研究

七、实验过程模拟

八、常见问题

(1)是否可以进行原核生物转录组分析?

> 可以。请提供20 ug total RNA样品即可。

(2)需要提供什么样本?

> 可以提供新鲜的动物、植物、微生物组织,提取后的总RNA或合成的双链cDNA 均可。

(3)实验周期多长?

> 美吉公司从获得客户样本、高通量测序到数据分析,根据合作伙伴的个性化需求不同,一般控制在30到40个工作日内完成。

(4)需要多少测序量?

> 100万条有效序列,平均读长在300到500bp,聚类拼接后可以得到2到4万条Unigene,Unigene的平均大小在500bp到10Kb之间。转录组的大小受基因数目和基因丰度双重影响,在物种之间变化很大。此外,组织差异、状态和实验处理等因素也会影响转录组的组成。

(5)是否可以参与实验和生物信息分析?

> 我们是开放式实验室,我们欢迎合作伙伴参与我们的实验过程和数据分析过程,在参与中增强沟通。

(6)全长cDNA的判断

> 聚类拼接后的Unigene是否为全长cDNA, 需要进行判断。

> 直接从序列上可以从如下几个方面进行判断。

5′端:

* 有同源全长基因的比较, 通过与其它生物已有的对应基因末端进行Blast 来

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