遗传学发展的背景资料
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背景资料
遗传学的历史并不长,但其中的发现确实石破天惊,让我们一起来看看,并重新回顾一下当时的惊喜,快乐和担忧。
大约公元前10000年,小麦作物的选择育种开始在地中海地区实行。
大约公元前400年,希腊医生希波克拉底认为,品质是以混合的流体形式由父母传给孩子的,是父母双方的特征的结合。
大约公元前320年,亚里士多德认为婴儿所有的特征来自其父母。
公元100~1000年,印度人意识到一定的身体特征和疾病会在家族中遗传。
1100~160年,欧洲人提出了(不正确的)自然产生的理论,即说生物是有非生命物质产生的,
1630年,威廉.哈维认识到当一个卵子和一个精子结合(尽管这还没有被显微镜看到)后,婴儿就产生了。
1665年,罗伯特.虎克首先用显微镜识别了软木塞上的细胞。
1856年~1868年,奥地利修道士——格雷戈尔.孟德尔研究豌豆种植,发现显性和隐性基因(他称之为因子)。
然而,他的工作没有得到重视。
1859年,约翰.米歇尔从白血球细胞中分离出DNA,尽管,当时无人知道那是什么。
1870~1890年,运用新的显微技术,科学家观察到了染色体,看到了细胞分裂。
1900年,德.夫里耶斯、冯.切尔马克和科伦斯三人重新揭示了孟德尔的理论,证明孟德尔是正确的。
1902年,术语“基因”开始用来描述孟德尔的“因子”。
1905年,埃德蒙.威尔逊和内特.史蒂文斯都各自独立发现是:X和Y染色体决定了一个人是男是女。
1941年,乔治.彼德尔和爱德华.塔特姆每一个基因充当一种特定蛋白质的密码。
1944年,奥斯瓦尔德.埃弗里和他的同事发现DNA携带着遗传信息。
1950年,欧文.查格夫发现DNA内含有等量的四种化学碱基:腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶(常简写为A、C、G、T)。
1952年,罗莎琳的.富兰克林用X光结晶学研究DNA,发现他的螺旋结构。
1953年,沃森和克里克发现了DNA的右手双螺旋分子结构。
1956年,克里克和该莫夫找出DNA中的碱基是如何为不同的蛋白质编码的。
1966年,马歇尔.你伦伯格和他的同事提出了用三字母组的方式为DNA中的不同氨基酸编码的方法。
1972年,保罗.伯格通过结合两股DNA链在一起来改变DNA。
1973年,斯坦利.科汗、安妮.张和赫伯特.博耶将两种细菌的DNA结合,制成最早的基因改性的有机体。
1975年,弗雷德.商格和其他科学家发展了读取DNA序列的方法。
1977年,genentech公司率先用基因改性的细菌制造蛋白质。
1981年,科学家开始发现构成特定疾病的基因,例如癌症。
1985年,卡瑞.穆利斯开发了聚合酶链反应来复制大量的DNA。
1988年,科学家腌制了第一支利用遗传工程及时改变的实验老鼠。
1989年,亚历克.杰弗里斯发展了DNA指纹分析方法,用于犯罪检验。
1990年,人类基因组计划开始实施。
1993年,利用遗传工程技术改变、涉及以有超长保存期的西红柿开始出售。
1996年,多利,第一支从成年哺乳动物克隆出来的动物,诞生于苏格兰的罗斯林研究
所。
2001年,地衣服人类基因组图完成。
2002年,不同的科学家宣称他们正致力于克隆人类。
一、原理
1)基本原理
1.DNA在氯化钠溶液中的溶解度,是随着氯化钠的浓度的变化而改变的。
当氯
化钠的物质的量浓度为0.14 mol/L时,DNA的溶解度最低。
利用这一原理,可
以使溶解在氯化钠溶液中的DNA析出。
2.DNA不溶于酒精溶液,但细胞中的某些物质则可以溶于酒精。
利用这一原理,
可以进一步提取出含杂质较少的DNA。
3.DNA遇二苯胺(沸水浴)会染成蓝色,因此,二苯胺可以作为鉴定DNA的
试剂。
2)原理补充
2.1 DNA的释放本实验用鸡血细胞做实验材料有两个原因。
一是因为鸡血细胞核的DNA含量丰富,材料易得;二是鸡血细胞极易吸水胀破。
DNA位于鸡血细胞的细胞核中,正常情况下不会释放出来。
为了使DNA从细胞核中释放出来,实验中采用了向鸡血细胞液中加入蒸馏水并且搅拌的方法。
蒸馏水对于鸡血细胞来说,是一种低渗液体,水分可以大量进入血细胞内,使血细胞破裂。
同时,再加上搅拌的机械作用,就加速了鸡血细胞的破裂(细胞膜和核膜的破裂),于是释放出DNA,当然也有RNA。
但是,释放出来的大量DNA和RNA往往与蛋白质结合在一起。
2.2 将DNA与蛋白质分离根据二者的特性,即在浓度较高的氯化钠溶液(物质的量浓度为2 moL/L )中,核蛋白容易解聚,游离出DNA。
而DNA在浓度较高的氯化钠溶液中的溶解度很高,Na+与带负电的DNA结合成DNA钠盐。
这时DNA在溶液中呈溶解状态。
2.3 DNA的析出与获取利用DNA在浓度较低的氯化钠溶液中溶解度小的原理,向含有DNA的浓度较高的氯化钠溶液中加入大量(300 mL )蒸馏水,稀释氯化钠溶液,使DNA 的溶解度下降,而蛋白质的溶解度增高(这就是蛋白质的盐溶现象),从而使二者分离。
这时,加上不停地搅拌,溶解度下降的DNA逐渐呈丝状物。
再通过过滤,滤去蛋白质,就可以获取DNA 的黏稠物了。
如果采用离心法则更好,用4 000 r/min 的旋转频率,离心15 min ,除去上清液(含有蛋白质),留下的沉淀物中含DNA。
2.4 DNA的再溶解再用较高浓度的氯化钠溶液去溶解DNA黏稠物。
2.5 DNA的沉淀和浓缩除去了蛋白质的核酸溶液,必须再进一步沉淀和浓缩。
最常用的方法是酒精沉淀法。
就是将含有Na+的DNA溶液,加入到相当于其两倍体积的体积分数为95%冷酒精溶液中(实验一般要求采用预冷的95%的乙醇,但对比结果显示,常温下的乙醇溶液也可产生明显效果。
从理论上分析,预冷的乙醇溶液具有以下优点。
一是抑制核酸水解酶活性,防止DNA降解;二是降低分子运动,易于形成沉淀析出;三是低温有利于增加DNA分子柔韧性,减少断裂。
),混匀以后可以使DNA沉淀、浓缩,形成含杂质较少的DNA
丝状物,悬浮于溶液中。
如果出现的丝状物较少,可以将此混合液再放入冰箱中冷却几分。
浓缩后的DNA丝状物,可以用缓缓旋转玻璃棒的方法卷起(因为玻璃棒有吸附DNA的作用)。
2.6 DNA的鉴定本实验中鉴定DNA的方法为二苯胺法。
二苯胺法的原理是:DNA中嘌呤核苷酸上的脱氧核糖遇酸生成ω-羟基-γ酮基戊醛,它再和二苯胺作用而显现蓝色(溶液呈浅蓝色)。
鉴定时溶液蓝色的深浅,与溶液中DNA含量的多少有关。
二、不同材料DNA提取与鉴定方法
1、高中课本上的实验
1.破碎细胞,释放DNA:向5~10 mL的鸡血细胞液加入20 mL蒸馏水。
用玻璃棒沿一个方向小心快速搅拌5 min搅拌,使血细胞膜和核膜胀破。
再用3~4层纱布过滤,除去一些颗粒较大的杂质。
2.溶解细胞核内的DNA:在溶液中加入两倍体积的浓度为2 mol/L的NaCl溶液,搅拌1 min。
注意应沿一个方向搅拌,使DNA充分溶解。
3.DNA的析出:这一步骤是实验成败的关键。
①缓慢贴壁加入蒸馏水,并轻轻地沿一个方向不停地均匀搅拌。
同时控制加水量,使NaCl溶液的终浓度为0.1~0.2 mol/L。
加水过程一般分三次进行,当总加水量为300 mL左右时,DNA已基本析出。
加水太多、溶液过稀,会使DNA分子又重新溶解。
②用3~4层纱布对DNA稀释液进行过滤,滤去蛋白质,收集DNA的黏稠物。
此时注意观察DNA黏稠物的颜色(最佳为白色)。
4.DNA的初步纯化:继续用2 mol/L的NaCl溶液20 mL溶解DNA黏稠物,仍旧沿一个方向不停搅拌3 min,使DNA充分溶解。
用3~4层纱布进行过滤,滤去杂质,收集含有DNA 的滤液。
向滤液中贴壁缓慢加入50 mL预冷的体积分数为95%的乙醇,并用玻璃棒朝一个方向缓慢、均匀地搅拌(玻璃棒不要直插到烧杯底部),溶液中会出现DNA丝状物。
(因为玻璃棒有吸附DNA的作用。
也可以用筷子等表面粗糙的用具来帮助DNA分子缠绕。
)。
5.DNA的鉴定:用0.015 mol/L的NaCl溶液5mL溶解DNA丝状物。
加入4mL二苯胺试剂,置于沸水中加热5min,注意观察试管溶液颜色的变化。
(要做对照组)
2、几种新材料的DNA粗提取与鉴定介绍
2.1新鲜菜花(或蒜黄、菠菜)DNA粗提取与鉴定
一.材料用具
新鲜菜花(或蒜黄、菠菜)。
塑料烧杯,量筒,玻璃棒,尼龙纱布,陶瓷研钵,试管,试管架,试管夹,漏斗,酒精灯,石棉网,三角架,火柴,刀片,天平。
研磨液,体积分数为95%的酒精溶液,二苯胺试剂,蒸馏水。
二.方法步骤
(1)DNA的粗提取
①准备材料将新鲜菜花和体积分数为95%的酒精溶液放入冰箱冷冻室,至少24 h。
②取材称取30 g菜花,去梗取花,切碎。
③研磨将碎菜花放入研钵中,倒入10 mL研磨液,充分研磨10 min 。
④过滤在漏斗中垫上尼龙纱布,将菜花研磨液滤入烧杯中(有条件的学校可将滤液倒入塑料离心管中进行离心,用1 000r/min的旋转频率,离心25 min,取上清液放入烧杯中)。
在4S冰箱中放置几分后,再取上清液。
⑤加冷酒精将一倍体积的上清液倒入两倍体积的体积分数为95%的冷酒精溶液中,并用玻璃棒缓缓地轻轻搅拌溶液(玻璃棒不要直插烧杯底部)。
沉淀35 min后,可见白色的DNA 絮状物出现。
用玻璃棒缓缓旋转,絮状物会缠在玻璃棒上。
(2)DNA的鉴定
①配制二苯胺试剂取0.1 mL B液,滴入到10 mL A液中,混匀。
②鉴定取4 mL DNA提取液放入试管中,加入4 mL 二苯胺试剂,混匀后观察溶液颜色(不变蓝)。
用沸水浴(100 ℃)加热10 min 。
在加热过程中,随时注意试管中溶液颜色的变化(逐渐出现浅蓝色)。
2.2洋葱DNA粗提取实验与鉴定(值得推介,它取材容易,操作简便,效果明显。
)
一、实验原理
洗涤剂等去污剂可以溶解细胞的细胞壁,破坏细胞膜,同时也能使蛋白质变性。
当细胞壁破坏后,细胞释放出核酸与蛋白质形成的复合物——核糖核蛋白(RNP)和脱氧核糖核蛋白(DNP),这两种复合物在不同电解质溶液中的溶解度有较大差异。
当NaCl浓度达到0.14mol /L时,DNP溶解度约为纯水中溶解度的1%,但RNP则不一样,在0.14mol/L NaCl溶液中,DNP溶解度很低,而RNP的溶解度仍相当大,因此在制备DNA时,利用0.14mol/L稀盐溶液使DNP与RNP分开。
去除蛋白质后的核酸盐溶液,再利用其不溶于有机溶剂的性质,但细胞中的其他物质则可以溶于有机溶剂,应用适当浓度的有机溶剂 (如乙醇)使DNA呈絮状沉淀析出(本实验加入酒精后使食盐浓度接近0.14mol/L)。
在溶液中,DNA链略带负电荷,而盐离子可被吸引到DNA的负电荷上,中和这些负电荷,因此就能够使DNA片段聚合在一起,形成絮状粘稠物质。
利用这一原理,就可以用酒精萃取DNA。
DNA与二苯胺作用生成蓝色沉淀用来鉴定 DNA。
二. 材料:洋葱、洗洁精、食盐、95%酒精、蒸馏水、
0.015 mol/L的NaCl溶液:称取0.88g NaCl,投入1000ml容量瓶中,加水到所需体积的刻度线上,溶解后成0.015 mol/L氯化钠溶液。
二苯胺试剂:1 g重结晶的二苯胺溶于100ml冰乙酸(A.R.)中,再加10ml过氯酸,临用前加入1.0ml 16%的乙醛,试剂应为无色,
三.器具:
匀浆机或研钵、纱布、漏斗、烧杯、玻璃棒、量筒、滴管、试管、天平。
四.方法步骤
称取100 g洋葱,切碎,放进搅拌机或研钵中
加入100ml洗洁精
充分搅拌或研磨
将研磨液用漏斗和两层纱布过滤到烧杯中
加入1g食盐,搅拌均匀
量取上述澄清的洋葱液50ml
加入70ml的95%酒精
轻轻摇动或用玻璃棒轻轻搅拌
白色纤维状粘稠物质析出,即DNA
用玻璃棒可将其轻轻卷起,放入1号试管
搅拌溶解后,加入4ml二苯胺试剂
混合均匀,在沸水浴中加热 3~8min,观察颜色的变化。
五. 实验注意事项
1)材料必须充分匀浆或研磨,否则洋葱细胞没有完全破碎,影响实验效果;
2)加入酒精后摇动或搅拌时一定要轻缓,否则会破坏DNA,以至于看不到;
3)DNA鉴定时,二苯胺最好现配现用,否则二苯胺会变成浅蓝色或绿色,则不能使用。
3.几种新材料的DNA粗提取介绍
3.1 细菌DNA提取方法(尤其对有荚膜的细菌)
方法一
1.种子加入2ml盛有4℃预冷的抽提缓冲液(8M LiCl,2% b-巯基乙醇仅针对RNA)离心管中,4℃过夜;
2.离心4s,转移上清到2ml新管中(针对植物);
3.离心,12,000rpm,30min,4℃(仅针对RNA);
4.弃上清液,用70%乙醇洗沉淀,风干;
5.溶解上述沉淀于缓冲液(5%SDS,10mMNaCl,25mM EDTA,10mM Tris-HCl,pH7.6,2%巯基乙醇)中;
6.加入等体积的酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)
7.离心12,000rpm,10min,转移上清到新管中.
8.加入等体积氯仿/异戊醇(24:1)
9.离心12,000rpm,10min,转移上清到新管中
10.分装至两支1.5ml离心管中,各加入1/10体积的3M醋酸钠和1.5倍体积的乙醇(或加入等体积的异丙醇),-200C沉淀;
11.离心12,000rpm,10min;
12. 弃上清,70%乙醇洗,也可以再用100%乙醇洗,然后溶解于100ml 水中。
方法二
1.试剂:抽提缓冲液、2% CTAB (W/V)、 2% PVP K25 (w/v) (去色素)、100mM Tris-HCl (pH8.0)、 25mM EDTA (pH8.0)、 2.0M NaClbM.、 2.10M LiClr+1、3. 2M LiCl, DEPC-water(抑制RNA酶活性)、 3M NaAc (pH5.2) 、96% 乙醇、 70% 乙醇2.步骤:
1)抽提缓冲液65℃预热;
2)加菌体到已经预热的缓冲液(700ul)中混匀,65℃,10min;;
3)加酚、氯仿、异戊醇(25:24:1),振荡,离心12,000rpm,10min;
4)取上清,加氯仿、异戊醇(24:1)振荡,离心12,000rpm,10min;
5)取上清,重复4步骤;
6)加10M LiCl 1/4体积到上清液;
7)4℃过夜,沉淀DNA;
8)离心(12,000rpm,10min),弃上清;
9)70%乙醇洗,再用100%乙醇洗,风干;
10)加入1/10体积的3M醋酸钠和1.5倍体积的乙醇(或加入等体积的异丙醇),-200C沉淀;
11)离心12,000rpm,10min;
12)弃上清,70%乙醇洗,也可以再用100%乙醇洗,然后溶解于100ml 水中。
3.2 从动物组织提取DNA的方法:
一、材料:哺乳动物新鲜组织。
二、设备:移液管、高速冷冻离心机、台式离心机、水浴锅。
三、试剂
1、分离缓冲液:10mmol/L Tris·Cl pH7.4, 10mmol/L NaCl, 25mmol/L EDTA。
2、其它试剂:10% SDS,蛋白酶 K (20mg/ml或粉剂),乙醚,酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),无水乙醇及70%乙醇,5mol/L NaCl,3mol/L NaAc,TE。
四、操作步骤:
1. 切取组织5g左右,剔除结缔组织,吸水纸吸干血液,剪碎放入研钵(越细越好)。
2. 倒入液氮,磨成粉末,加10ml分离缓冲液。
3. 加1ml 10% SDS, 混匀,此时样品变得很粘稠。
4. 加50ul或1mg 蛋白酶 K, 37℃保温1-2小时, 直到组织完全解体。
5. 加1ml 5mol/L NaCl, 混匀,5000rpm离心数秒钟。
6.取上清液于新离心管,用等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提。
待分层后,3000rpm 离心 5分钟。
7. 取上层水相至干净离心管, 加2倍体积乙醚抽提(在通风情况下操作)。
8. 移去上层乙醚,保留下层水相。
9. 加1/10 体积3mol/L NaAc, 及2倍体积无水乙醇颠倒混合沉淀DNA。
室温下静止10-20分钟,DNA沉淀形成白色絮状物。
10. 用玻棒钩出DNA沉淀,70%乙醇中漂洗后,在吸水纸上吸干,溶解于1ml TE中,-20℃保存。
11. 如果DNA溶液中有不溶解颗粒,可在5000rpm短暂离心,取上清; 如要除去其中的RNA,可加5μl RNaseA(10μg/μl), 37℃保温30分钟, 用酚抽提后, 按步骤9-10重沉淀DNA。
3.3 大豆DNA的提取
将新鲜大豆叶片保存在冰箱,用时取出。
1、称取大豆叶片2克左右,放入研磨钵中,倒入液氮,将其研碎成粉末。
2、将粉末装入50ml离心管中;同时将CTAB提取液放入水浴锅中,加温至65度。
3、吸取10ml的CTAB提取液和200ul的巯基乙醇放入装有叶片粉末的离心管中。
4、充分振荡后,放入65度的水浴锅中,大约40分钟;其间,每隔10分钟轻轻的摇
晃离心管,使溶液和粉末充分混合。
5、40分钟后,取出冷却至室温,加入等体积的氯仿异戊醇(24:1),充分混匀。
6、然后将离心管放入离心机中离心,转速12000rpm,时间大概15分钟,即可。
7、取上清液至另一离心管中,再吸取等体积的氯仿异戊醇,混匀离心,重复上述步骤。
8、再一次吸取上清液,加入2倍于该上清液体积的冰无水乙醇,轻轻混匀(因为此时DNA已有少许絮状沉淀,避免DNA断裂),放入4度冰箱中,大概1小时左右。
9、将DNA沉淀用玻璃器皿将其挑到1.5ml的离心管中,用70%的酒精清洗两遍,放
置室温中,待其酒精味挥发完之后(用鼻子闻闻),加入TE溶液即可,这就是DNA原液,放入-20度冰箱保存即可。
3.4 植物DNA的SDS(十二烷基硫酸钠)提取法:
取2-3g新鲜叶片,在液氮中研磨成粉状(防止溶化)后转入15ml离心管中。
加入5ml 于65℃预热的提取缓冲液,65℃水浴保温30min(摇动数次),使提取液与样品充分混合。
加入2ml 5mol/L Kac,剧烈振荡,冰浴保温20 min以上。
2700转离心20min,将上清液倒入新的15ml离心管中,(若提取DNA用于Southern等实验,一般在转移上清时加滤膜,防止样品残渣混入,可保证DNA纯度)。
加入4ml氯仿/异戊醇(24∶1),摇匀,平衡,2700 转离心15 min。
在另一新的15ml离心管中加入5ml预冷的异丙醇,将上清液用移液枪转入此管,在-20℃冷却30 min以上。
2700转离心10 min,弃去上清液,用4ml 70%乙醇洗涤,室温保持10 min。
2700转离心3 min,倒去上清液。
重复步骤7,用4ml 70%乙醇洗涤,室温保持10 min。
2700转离心3min,倒去上清液。
超净工作台内吹干(3h左右)。
加1ml TE 缓冲液中溶解,加10μl RNase (10mg/ml),在37℃恒温箱中温育20min。
再加100μl 3 mol/L NaAc和2ml无水乙醇,2700转离心3min,倒去上清液。
超净工作台内吹干(3h左右)。
将DNA沉淀溶于150μl TE中,置于超净工作台内(3h左右)。
将TE溶液转入已灭菌的15ml eppendorf管中,-20℃保存备用。
3.5 植物DNA的“一管法”提取方法:
称取100mg新鲜植物组织,剪碎置于15ml离心管中,可加入少许无菌石英砂,加入3 滴提取缓冲液,用带玻璃钻头的电钻充分研磨匀浆。
加入400μl提取缓冲液,混匀后置于90℃水浴中,不时颠倒摇匀。
温育20min后,置于冰浴中5min,使组织和聚乙烯聚吡咯烷
酮(PVPP)沉淀,置于4℃下保存备用。
3.6 适用于PCR研究的快速提取法:
田间剪取植株新鲜叶片5-10mg(约2cm长)左右,新鲜叶片放于15ml离心管中,存
于冰盒中,根据样品号贴上相应的标签。
用剪刀将叶片组织剪细(约0.5cm长)放在点穴式研板中。
加入400μl DNA提取缓冲液,用玻棒将叶组织研细,直到液体变成深绿色即可。
再加400μl DNA提取缓冲液,混合均匀,转入一新的15ml离心管(贴上相应的编号)。
加400μl氯仿,混合均匀后,2400转离心30s,将上清液转入一支新的15ml离心管(贴上相应的编号)。
加800μl无水乙醇,混匀,2400转离心3min。
弃上清。
70%乙醇冲洗,风干。
用50μl TE缓冲液溶解,存于-20℃。
取1μl用于PCR分析。
3.7 棉花等酚类、多糖类物质较多的植物DNA提取法:
取2g新鲜幼嫩的叶片放入研钵中,加入液氮后快速、充分研磨,待成极细的粉末状时迅速转入到50ml离心管中。
在50ml离心管中加入10ml冰预冷的提取缓冲液,在涡悬振荡器上充分混匀。
于4℃,2700转离心20min,倒去上清液在沉淀中加入5ml裂解缓冲液,在涡旋振荡器上充分混匀。
于65℃水浴锅中温育30min。
加入5ml氯仿/异戊醇(24/1),并上下翻转以充分混合。
于4℃,2700转离心5min。
转移上层水相至一新的50ml离心管中。
重复步骤7-9一次。
加入2/3体积的冰预冷的异丙醇,并上下翻转以充分混合,至-20℃ 2h。
于4℃,1200转离心10min。
在一新管中加入20ml含80%乙醇15m mol/L NaAc溶液,用玻棒将DNA转入该管(如不能直接用玻棒缠出,可离心后倒出上清,再在其中加入20ml含80% 乙醇15m mol/L NaAc溶液),放置20min后稍许离心,移走上清并吸出残存乙醇,室温干燥。
加入1 0ml TE(10 m mol/L Tris-HCl pH=8.0、1 m mol/L EDTA)并加入终浓度为20g/L 的RnaseA,过夜。
风干,用50μl TE缓冲液溶解,存于-20℃备用。
3.8 植物DNA的CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)提取法:
称取新鲜叶片2-3g,剪碎放入研钵中,在液氮中研磨成粉末。
将粉末转移到的加有7ml 经预热的15×CTAB提取缓冲液15ml离心管中,迅速混匀后置于65℃水浴中,温育30min。
取出离心管,冷却至室温,加入氯仿、异戊醇(24:1),充分混匀,室温下2300转离心20min。
将上清转移至另一新的15ml离心管中,加入1/10体积10%的CTAB和等体积的氯仿/异戊醇。
充分混匀,2300转离心20min。
转移上清至另一新的15ml离心管中,加入等体积1%的CTAB沉淀缓冲液,轻轻摇晃至形成DNA絮状沉淀。
1000转离心10min,使DNA沉淀于管底。
加入1.5-2ml的1mol/L NaCl及5μl RNase置于56℃水浴中过夜。
待DNA完全溶解后,加2-3ml 4℃预冷的95%的冰乙醇使DNA沉淀,挑出DNA,置于15ml离心管中。
用70%乙醇清洗30min,用离心机甩5s,倒出70%乙醇,再用95%乙醇浸泡5min,倒出95%乙醇,在超净工作台上吹干。
将风干的DNA直接在4℃保存备用或溶于100μl TE溶液中于-20℃保存。
三、试剂配制
二苯胺试剂的配制
A液:15 g二苯胺溶于100 mL 冰醋酸中,再加15 mL浓硫酸,用棕色瓶保存。
如冰醋酸呈结晶状态,则需加温后待其熔化,再使用。
B液:乙醛的体积分数为0.2%的溶液。
将0.1 mL B液加入到10 mL A液中,现配现用。
研磨液的配制方法
Tris(三羟甲基氨基甲烷):10.1 g(相对分子质量为121.14),先加50 mL 蒸馏水溶解,用物质的量浓度为2 moL/L 的盐酸调至pH8.0,再加下述药品。
NaCl:8.76 g(相对分子质量58.44)
EDTA(乙二胺四乙酸二钠):37.2 g(相对分子质量372.24)
SDS(十二烷基磺酸钠):20 g(相对分子质量288.3)
待上述药品全部溶解后,再用蒸馏水定容至1 000 mL。
若在室温低于20 ℃时配制药液,SDS呈沉淀析出,此时需要加温,才能将SDS溶解。
如果提前配制的研磨液出现了沉淀,则应加温使沉淀溶解后再使用。
四、DNA纯化及杂质去除
4. 1 酚类杂质的去除
对植物中次生产物酚类物质的去除,普遍是在提取液中加入适量的抗氧化剂和螯合剂,防止多酚氧化褐变。
在提取DNA 过程中加入巯基乙醇、半胱氨酸、二硫苏糖醇、谷胱甘肽及抗坏血酸等巯基试剂,抑制氧化反应,避免褐化。
在样品液氮研磨及提取缓冲液中加入高分子螯合剂PVP(聚乙烯吡咯烷酮) 或PVPP(聚乙烯聚吡咯烷酮) 等能络合多酚和萜类物质离心或氯仿抽提出去,有效的防止多酚物质氧化成醌类,避免溶液变褐而具有抗氧化作用。
因此在提取液中加入适量的PVP 或PVPP 能提高DNA 的纯度) ,其用量视杂质的多少而定
(1 %~6 %) ,PVP 同时能有效去除多糖。
因此将PVP 和巯基乙醇配合使用并调整用量,能够有效地防止多酚污染。
王玉成等认为以上的方法仅对褐化现象较轻者有效,却很难克服一些含酚类化合物丰富的植物,如柽柳、冷杉等树种的褐化。
在CTAB 缓冲液加入一定量的硼砂(提取缓冲液含0. 012 5 mol/ L 硼砂、2 % CTAB 、1. 4 mol/ L NaCl 、巯基乙醇0. 1 mol/ L ,pH值为9. 0) 提取柽柳、冷杉的RNA 取得了良好的效果,而且在提取紫丁香、糖槭、旱柳等植物组织的RNA 时也从未发生褐化[10] 。
4. 2 多糖类杂质的去除
多糖的污染是提取植物DNA 时常遇到的另一棘手的问题[11] 。
植物组织中往往富含多糖, 而多糖的许多理化性质与DNA 很相似,因此很难将它们分开。
经典的CsCl 梯度离心能有效的除去植物中多糖,但梯度离心设备昂贵,操作不便且DNA 得率很低。
近年国内外有一些去除多糖的相关报道,Dellaporta 等认为加入高浓度的KAc 有利于除去多糖[12] ;Fang 等认为在1. 0~2. 5 mol/ L NaCl 的高盐TE 中,用无水乙醇沉淀DNA 能除去多糖[13] ; Sue Porebski 等在沉淀粗提DNA 时,将NaCl 的浓度提高至2. 5 mol/ L 以除去多糖
[14] ;Candelario 等通过调节材料的取样时期、使用量, 在氯仿处理后加含2 %CTAB 的分离缓冲液, 及延长离心时间等方法来有效去除仙人掌植物的多糖[15] ;徐志祥等将DNA 沉淀重悬于30 %乙醇中4 ℃放置过夜,离心, 上清加乙醇至80 %重新沉淀DNA ,能去除多糖和其他杂质[16] ;陈大明等利用活细胞中由于细胞区室化多酚类以及其他杂质与DNA 相互隔离的特性,在裂解细胞前用不含CTAB 的提取缓冲液(0. 14 mol/ L 葡萄糖、3 %可溶性PVP、10 mmol/ Lβ2巯基乙醇) 去除细胞质中大多数生化成分,同时有效地防止多酚类物质被氧化,从而达到排除多酚类等杂质干扰的目的[17] ;程运江等先用水饱、乙醚和1. 2~1. 5 mol/ L Na2 Cl 溶液将大部分多糖去除, 再用2 倍乙醇沉淀DNA 可大大提高效率[18] 。
An Michiels 等用生长2~4 月的幼苗转移到暗室暗化处理4 周的黄化叶提取DNA 有效地防止多糖污染,同时发现在25 ℃异丙醇过夜沉淀DNA 能减少杂质污染且大大提高产率[19] 。
关于提取DNA 中蛋白质、糖类、多酚等各种杂质对分子生物学后续试验的影响,马小军等和文晓鹏等认为在一定范围内DNA 样品中蛋白质含量的高低, 可能不是影响PCR 扩增的重要因素, 去除RNA 后尚未纯化的DNA 作为模板进行RAPD 扩增也能得到和纯化后一致的条带。
但是, 用EcoRI 和HindIII 检测表明, 未纯化的DNA 不能用于酶切[20 - 21] 。
目前检测DNA 的纯度最常用的方法是测定DNA 在230、260、280 nm的吸收值, 通过计算OD 260/ OD 280 来评价DNA 的纯度, 通常认为OD 260/ OD 280 在1. 8~2. 0 表明DNA 的纯。