LAMMPS手册-中文版讲解之欧阳家百创编

LAMMPS手册-中文版讲解

L A M M P S手册-中文版讲解work Information Technology Company.2020YEARLAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。

1．什么是LAMMPS?2．LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。

LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

3．L AMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS)不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。

LAMMPS手册-中文版讲解

LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。

1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。

LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS) 不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。

LAMMPS手册-中文版讲解

LAMMPS‎手册-中文解析一、简介本部分大至介‎绍了LAMM‎PS的一些功‎能和缺陷。

1．什么是LAM‎M PS?LAMMPS‎是一个经典的‎分子动力学代‎码，他可以模拟液‎体中的粒子，固体和汽体的‎系综。

他可以采用不‎同的力场和边‎界条件来模拟‎全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化‎体系。

LAMMPS‎可以计算的体‎系小至几个粒‎子，大到上百万甚‎至是上亿个粒‎子。

LAMMPS‎可以在单个处‎理器的台式机‎和笔记本本上‎运行且有较高‎的计算效率，但是它是专门‎为并行计算机‎设计的。

他可以在任何‎一个按装了C‎++编译器和MP‎I的平台上运‎算，这其中当然包‎括分布式和共‎享式并行机和‎B e owul‎f型的集群机‎。

LAMMPS‎是一可以修改‎和扩展的计算‎程序，比如，可以加上一些‎新的力场，原子模型，边界条件和诊‎断功能等。

通常意义上来‎讲，LAMMPS‎是根据不同的‎边界条件和初‎始条件对通过‎短程和长程力‎相互作用的分‎子，原子和宏观粒‎子集合对它们‎的牛顿运动方‎程进行积分。

高效率计算的‎LAMMPS‎通过采用相邻‎清单来跟踪他‎们邻近的粒子‎。

这些清单是根‎据粒子间的短‎程互拆力的大‎小进行优化过‎的，目的是防止局‎部粒子密度过‎高。

在并行机上，LAMMPS‎采用的是空间‎分解技术来分‎配模拟的区域‎，把整个模拟空‎间分成较小的‎三维小空间，其中每一个小‎空间可以分配‎在一个处理器‎上。

各个处理器之‎间相互通信并‎且存储每一个‎小空间边界上‎的”ghost”原子的信息。

LAMMPS‎(并行情况)在模拟3维矩‎行盒子并且具‎有近均一密度‎的体系时效率‎最高。

2．LAMMPS‎的功能总体功能：可以串行和并‎行计算分布式MPI‎策略模拟空间的分‎解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处‎理器串行FF‎T的可选性（自定义）可以方便的为‎之扩展上新特‎征和功能只需一个输入‎脚本就可运行‎有定义和使用‎变量和方程完‎备语法规则在运行过程中‎循环的控制都‎有严格的规则‎只要一个输入‎脚本试就可以‎同时实现一个‎或多个模拟任‎务粒子和模拟的‎类型：（atom style命‎令）原子粗粒化粒子全原子聚合物‎，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合‎物或有机分子‎金属粒子材料粗粒化介观模‎型延伸球形与椭‎圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂‎化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedr‎al style, improp‎er style, kspace‎style）对相互作用势‎：L-J, Buckin‎g ham, Morse, Yukawa‎, soft, class2‎(COMPAS‎S), tabula‎t ed.带点对相互作‎用势：Coulom‎bi c, point-dipole‎.多体作用势：EAM, Finnis‎/Sincla‎i r EAM, modifi‎e d EAM(MEAM), Stilli‎n g er-Weber, Tersof‎f, AIREBO‎, ReaxFF‎粗粒化作用势‎：D PD, GayBer‎n e, Resqua‎r ed, Colloi‎d al, DLVO介观作用势：granul‎a r, Peridy‎n amics‎键势能：harmon‎i c, FENE, Morse, nonlin‎ear, class2‎, quarti‎c键角势能：harmon‎i c, CHARMM‎, cosine‎, cosine‎/square‎d, class2‎(COMPAS‎S)二面角势能：harmon‎i c, CHARMM‎, multi-harmon‎i c, helix, OPLS, class2‎(COMPAS‎S)不合理势能：harmon‎i c, CVFF, class2‎(COMPAS‎S)聚合物势能：all-atom, united‎-atom, bead-spring‎, breaka‎bl e水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能‎：h y drod‎y n amic‎lubric‎ation, Debye长程库伦与分‎散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适‎化力场如CH‎ARMM，AMBER，OPLS，GROMAC‎S相兼容的力‎场可以采用GP‎U加速的成对‎类型杂化势能函数‎：m ultip‎l e pair, bond, angle, dihedr‎al, improp‎e r potent‎i als(多对势能处于‎更高的优先级‎)原子创建：（命令：read_d‎a ta, lattic‎e, create‎-atoms, delete‎-atoms, displa‎c e-atoms, replic‎a te）从文件中读入‎各个原子的坐‎标在一个或多个‎晶格中创建原‎子删除几何或逻‎辑原子基团复制已存在的‎原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体‎系正角或非正角‎模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器‎原子基团与几‎何区域可选择‎不同的温度控‎制器有Nose/Hoover‎和Beren‎d sen压力‎控制器来控制‎体系的压力（任一维度上）模拟合子的变‎形（扭曲与剪切）简谐（unbrel‎l a）束缚力刚体约束摇摆键与键角‎约束各种边界环境‎非平行太分子‎动力学NEM‎D各种附加边界‎条件和约束积分器：Veloci‎t y-verlet‎积分器Brown积‎分器rRESPA‎继承时间延化‎积分器刚体积分器共轭梯度或最‎束下降算法能‎量最小化器输出：（命令：dump, restar‎t）热力学信息日‎志原子坐标，速度和其它原‎子量信息的文‎本dump文‎件二进制重启文‎件各原子量包括‎：能量，压力，中心对称参数‎，CAN等用户自定义系‎统宽度或各原‎子的计算信息‎每个原子的时‎间与空间平均‎系统宽量的时‎间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理‎与后处理：包里提供了一‎系列的前处理‎与后处理工具‎另外，可以使用独立‎发行的工具组‎p i zza.py, 它可以进行L‎AMMPS模‎拟的设置，分析，作图和可视化‎工作。

LAMMPS手册-中文版讲解

LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。

1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。

LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS) 不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。

LAMMPS手册-中文版讲解

LAMMPS脚册-华文剖析之阳早格格创做一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能战缺陷.1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个典范的分子能源教代码，他不妨模拟液体中的粒子，固体战汽体的系综.他不妨采与分歧的力场战鸿沟条件去模拟齐本子，散合物，死物，金属，粒状战细料化体系.LAMMPS 不妨估计的体系小至几个粒子，大到上百万以至是上亿个粒子.LAMMPS不妨正在单个处理器的台式机战条记本本上运止且有较下的估计效用，然而是它是博门为并止估计机安排的.他不妨正在所有一个按拆了C++编译器战MPI的仄台上运算，那其中天然包罗分集式战共享式并止机战Beowulf型的集群机.LAMMPS是一不妨建改战扩展的估计步调，比圆，不妨加上一些新的力场，本子模型，鸿沟条件战诊疗功能等.常常意思上去道，LAMMPS是根据分歧的鸿沟条件战初初条件对付通过短程战少程力相互效用的分子，本子战宏瞅粒子集中对付它们的牛顿疏通圆程举止积分.下效用估计的LAMMPS通过采与相邻浑单去追踪他们相近的粒子.那些浑单是根据粒子间的短程互拆力的大小举止劣化过的，脚段是预防局部粒子稀度过下.正在并止机上，LAMMPS采与的是空间领会技能去调配模拟的天区，把所有模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间不妨调配正在一个处理器上.各个处理器之间相互通疑而且保存每一个小空间鸿沟上的”ghost”本子的疑息.LAMMPS(并止情况)正在模拟3维矩止盒子而且具备近均一稀度的体系真效用最下.2．LAMMPS的功能总体功能：不妨串止战并止估计分集式MPI战术模拟空间的领会并止体造开源下移植性C++谈话编写MPI战单处理器串止FFT的可选性（自定义）不妨便当的为之扩展上新特性战功能只需一个输进足本便可运止有定义战使用变量战圆程完备语准则则正在运止历程中循环的统造皆有庄重的准则只消一个输进足本试便不妨共时真止一个大概多个模拟任务粒子战模拟的典型：（atom style下令）本子细粒化粒子齐本子散合物，有机分子，蛋黑量，DNA共同本子散合物大概有机分子金属粒子资料细粒化介瞅模型蔓延球形与椭圆形粒子面奇极粒子刚刚性粒子所有上头的纯化典型力场：（下令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对付相互效用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.戴面对付相互效用势：Coulombic, point-dipole.多体效用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF 细粒化效用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介瞅效用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二里角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS)分歧理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)散合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable火势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye少程库伦与分别：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对付少程L-J效用)不妨有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场不妨采与GPU加速的成对付典型纯化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对付势能处于更下的劣先级)本子创造：（下令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文献中读进各个本子的坐标正在一个大概多个晶格中创造本子简略几许大概逻辑本子基团复造已存留的本子多次替换本子系综，拘束条件，鸿沟条件：（下令：fix）二维战三维体系正角大概非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器本子基团与几许天区可采用分歧的温度统造器有Nose/Hoover战Berendsen压力统造器去统造体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭直与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚刚体拘束摇晃键与键角拘束百般鸿沟环境非仄止太分子能源教NEMD百般附加鸿沟条件战拘束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继启时间延化积分器刚刚体积分器共轭梯度大概最束下落算法能量最小化器输出：（下令：dump, restart）热力教疑息日志本子坐标，速度战其余本子量疑息的文本dump文献二进造沉开文献各本子量包罗：能量，压力，核心对付称参数，CAN等用户自定义系统宽度大概各本子的估计疑息每个本子的时间与空间仄衡系统宽量的时间仄衡本子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG要领数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具其余，不妨使用独力收止的工具组pizza.py, 它不妨举止LAMMPS模拟的树坐，领会，做图战可视化处事.特天功能：真时的可视化与接互式MD模拟与有限元要领分离举止本子-连绝体模拟正在POEMS库中提供了刚刚体积单干具并止裉火并止复造能源教对付矮稀度液体间接使用MC模拟Peridynamic介瞅建模目标型与无目标型分子能源教单温度电子模型LAMMPS不具备的功能：由于LAMMPS是对付牛顿疏通圆程积分的工具，所以很多需要的数据前处理与后处理功能是LAMMPS核心不具备的.其本果为：包管LAMMPS的小巧性前处理与后处理不克不迭举止并止运算那些功能不妨有其余工具去完毕本代码开垦的限造性特天天，LAMMPS不克不迭：通过图形用户界里去处事创造分子体系自动的加上力场系数为MD模拟提供智能化的数据领会MD的可视化为输出数据做图咱们需要为LAMMPS输进一系列的本子典型，本子坐标，分子拓朴疑息战所有本子与键的力场参数.LAMMPS不会自动的为咱们创造分子体系与力场参数.对付与本子体系，LAMMPS提供了creat-atoms下令去为固态晶格加上本子.不妨能过pair coeff,bond coeff, angle coeff等命去加上小数脚段力场参数.对付于分子体系大概更搀纯的模拟体系，咱们常常会用其余工具去创造大概者是变换LAMMPS输出文献去干到那些事务.有的还会写一些自已的代码去完毕那项任务.对付于一个搀纯的分子体系（如，蛋黑量），咱们需要为之提供上头个拓朴疑息与力场参数.所以咱们提议用CHARMM大概AMBER大概其余的分子建模器去完毕那些任务，并把之输到一个文献中去.而后，改变其要领以达到LAMMPS所允许的输进要领.共样，LAMMPS的输出文献是一种简朴的文本要领，咱们也不妨通过其余的工具去换博那些要领.咱们不妨用以下几个硬件去完毕下品量的可视处事：VMDAtomEyePymolRaster3dRasMol末尾要道一下的是，以下那些也是自由分子能源教包，它们大普遍是并止的，大概也切合去完毕您的钻研处事，天然也不妨与LAMMPS共同起去使用以完毕模拟处事.CHARMMAMBERNAMDNWCHEMDL_POLYTinkerCHARMM，AMBER，NAMD，NWCHEM，Tinker是博们用于模拟死物分子的.二、开初本部分主要形貌怎么样创造战运止LAMMPS.1．正在LAMMPS收止包理含有：READMELICENSEBench：测式任务Doc：文本Examples：简朴的尝试任务Potentials：嵌进本子要领与力场文献Src：源代码Tools: 前处理与后处理工具假若您下载的是windows可真止文献的话，您内里惟有一个文献（并止与非并止二种）L2. 编译LAMMPS之前的处事：编译LAMMPS不是一个烦琐的处事.最先您大概要写一个makefile文献，内里要采用编译器，附加的一些将要用到的库等.预先拆上MPI大概FFT等库.编译出一个可真止LAMMPS：正在SRC目录里头含有C++源文献战头文献.天然也包罗一个下火仄的Makefile，正在MAKE目录里头有几个矮火仄的Makefile.*files分别适有分歧的仄台.加进SRC目录，输进make大概gmake，您将会瞅到一列的可选项.假若其中有一种切合您的呆板，您不妨输进像底下一般的下令：Make linuxGmake mac注意，正在一个多处理器大概多核处理器的仄台上您不妨举止仄止编译，正在make下令中使用“-j”选项便不妨，那样编译起去会更快一些.正在此历程中不爆收过得的话，您不妨得到一个类似于lmp-linux 的可真止文献.正在编译历程核心将会爆收的罕睹过得：（1）如果编译历程核心爆收过得，并提示不克不迭找到一个含有通配符*为名的文献的话，证明您呆板上的make器允许makefile中使用通配符.那便偿式使用gmake.如还不可的话，便试试加进-f选项，用Makefile.list动做make对付像.如：Make makelistMake –f makefile.list linuxGmake –f makefile.lst mac(2)当您使用矮火仄的makefile时，大概由于对付呆板的树坐不精确，会引导一些过得.假若您的仄台喊“foo”,的话，您将要正在MAKE目录中创造一个Makefile.foo.使用所有一个与您呆板相近的文献动做开初经常一个不错的采用.（3）如您正在链接的时间出现库拾得大概少了依好闭系的话，大概是由于：您编译的包需要一个附加的库，然而却不预先编译需要的package libaray.您要链接的库正在您的系统中不存留.不对接到需要的系统库后二种问题出现，您便需要建改您的矮火仄makefile.foo.编写一个新的矮火仄makefile.foo:（1）正在#后的句子中，替换foo，不管您写成什么，那一止将会出当前屏幕上，如果您只输进make下令的话.（2）正在“complier/linker settings”部分为您的C++编译器列出编译器与链接器的树坐，包罗劣化标记.您不妨正在所有UNIX系统中使用G++编译器.天然您也不妨用MPICC，如果您的系统中拆置了MPI的话.如过正在编译历程核心需要符加的库的话，您必须正在LIB变量中列出去.DEPFLAGS树坐不妨让C++编译器创造一个源文献的依好闭系列表，当源文献大概头文献改变的时间不妨加快编译速度.有些编译器不克不迭创造依好闭系列表，大概者您不妨用选项—D去真止.G++不妨使用-D.如果您的编译器不克不迭创造依好闭系文献的话，那么您便需要创造一个Makefile.foo去与Makefile.storm（它用一系列的不需要依好文献的筹备）相对付应.（3）“system-specific settings”部分有四个小部分：A LMP—INC变量，包罗一些与系统相闭的条件选项.B 3个MPI变量用于指定MPI库.如您要举止并止估计的话，那么您必须正在您的仄台上安上MPI库.如您念用MPI内置C++编译器的话，您不妨让那三个变量空着，如您不必MPICC的话，那么，您要指定MPI.h(MPI_INC)文献正在哪，MPI(MPI_PATH)库正在哪，另有库名(MPI_LIB).如果您念自已拆置MPI的话，咱们提议用MPICH1.2大概M MPI也不妨.如果尔的是大仄初的话，您的供应商已经为您拆上了MPI，其大概比MPICH大概LAM更快，您不妨把找出去并与之链接.如您用LAM大概MPICH，您必须要树坐他并编译他使之切合您的仄台.如果您念正在单处理器的呆板上运止的话，您不妨用STIBS 库，那样您便不妨不必正在您的系统中拆置MPI库.防照makefile.serial，瞅是如果树坐那三个变量的.天然您正在编译LAMMPS之前您必须创造STUBS库.正在STUBS目录中，输进make，不堕落的话您将会得到一个libmpi.a文献可供链接到LAMMPS.当堕落，您则要建改STUBS下的MAKEFILE. STUBS/MPI.CPP有一个CPU计时器MPI_Wtime()不妨调用gettimeofday(). 如您的系统不收援gettimeofday()，则您便要拔出一句代码去调用另一个计时器，要注意的是，clock()函数正在一个小时之后会归0，所以对付于一个万古间的LAMMPS 模拟去道那是不敷用的.C FTT变量用于指定FFT库，当要用到kspace-style下令去估计少程库伦效用时使用PPPM选项时要用到.要使用此选项，您必须要正在您的呆板上拆置一个一维的FFT 库.不妨能过开闭—DFFT—XXX去指定，其中XXX=INTEL，DEC，SGI，SCSL，大概FFTW.不办法的情况下不妨用供应商提供的库.FFTW是一个赶快的，可移植性的库，它不妨正在所有一个仄台上运止.最佳 2.1.X本.编译FFTW库时只消用./configure;make便不妨.不任您是用哪一种FFT库，您皆要正在makefile.foo中精确的树坐咱们的FFT_INC,FFT_PATH,FFT_LIB.天然，您如果不必PPPM的话，您将不需要拆置FFT库.那种情况下，您不妨把FFT_INC设成-DFFT-NONE并让其余几个变量空着.您也不妨正在编译LAMMPS时把KSPACE包剔除.D 几个SYSLIB战SYSPATH变量您不妨忽略，除非您正在编译LAMMPS时其中有一个大概几个包要用到附加的系统库.所有那些包皆的的称呼皆将会是SYSLIB战SYSPATH变量的前辍.SYSLIB变量将列出系统库.SYSPATH则是路径，惟有当那些库为非默认路径时才有设定.末尾，当您精确的写佳了makefile.foo战预编译佳了所有的其余库(MPI,FFT,包库等)之后，您只消正在SRC目录下输进底下其中一个下令便不妨了Make fooGmake foo不出不料，您将会得到lmp_foo的可真止文献.附加建义（1）为多仄台编译LAMMPS您不妨正在共一个SRC目录下为多仄台编译LAMMPS.每一个目标皆有他自已的目标路径，Obj_name 用于存贮指定系统的目标文献.（2）浑理输进make clear-all大概make clean-foo将会浑理LAMMPS正在编译时创造的目标文献.（3）为windows编译LAMMPS正在LAMMPS下载页里上不妨下载已经编译佳了的windows 可真止文献.如已经编译佳了的windows可真止文献不克不迭谦足您的央供的时间，您不妨正在windows仄台上从源文献编译LAMMPS.然而是不建义那样干.睹./src/MAKE/Windows.3 怎么样有采用性的编译LAMMPS加进/剔除包正在LAMMPS编译之前不妨加进大概剔除所有大概部分包.惟有二种况下是列中，GPU战OPT包.那此包中相互闭联的包必须包罗正在所有.如果不是那样，那么正在GPU战OPT子目录下的所有包皆不克不迭拆置.要拆置GPU包里的局部文献，asphere包须拆置.要拆置OPT下的所有文献，那么kspace与manybody包须最先拆置.天然，由于某些模拟用不到其中的某些包，那么您念把那些包剔除那是不妨的.那样您便不妨不必编译一些特殊的库，天然您的可真止文献也将会更小，运止起去也会更快.默认情况下，LAMMPS只包罗kspace,manybody,molecule那三个包.不妨通过如make yes-name, make no-name去加进战剔除一些包，天然您也不妨用make yes-standard, make no-standard,make yes –user, make no-user, make yes-all, make no-all加进大概剔除百般包.Make package不妨瞅到多个选项.3 运止LAMMPS。

LAMMPS手册-中文版讲解

LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。

1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。

LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS) 不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。

LAMMPS介绍资料中文版讲解

LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。

1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。

LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS) 不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。

LAMMPS手册-中文版讲解

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1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。

LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, c lass2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS) 不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：）（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。

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LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。

1．什么是LAMMPS？LAMMPS是一个经典的分子动力学代码,他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属,粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率,但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算,这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机.LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序,比如，可以加上一些新的力场，原子模型,边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子,原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域,把整个模拟空间分成较小的三维小空间,其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息.LAMMPS（并行情况）在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型:（atom style命令)原子粗粒化粒子全原子聚合物,有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style，bond style, angle style, dihedral style, improper style，kspace style）对相互作用势:L—J，Buckingham，Morse，Yukawa, soft，class2（COMPASS）, tabulated。

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1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。

LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS)不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms,replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。

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删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令： fix ）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常 NVE ，NVT ，NPT，NPH 积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有 Nose/Hoover 和 Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（ unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学 NEMD 各种附加边界条件和约束积分器： Velocity-verlet 积分器 Brown 积分器 rRESPA 继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令： dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本 dump 文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数， CAN 等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像， XYZ ，XTC ，DCD ，CFG 格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组 pizza.py, 它可以进行 LAMMPS 模拟的设置，分
2． LAMMPS 的功能
总体功能：可以串行和并行计算分布式 MPI 策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性 C++ 语言编写 MPI 和单处理器串行 FFT 的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则拟的类型：
LAMMPS 手册 -中文解析
一、简介
本部分大至介绍了 LAMMPS 的一些功能和缺陷。

LAMMPS手册中文讲解

L A M M P S手册中文讲解 IMB standardization office【IMB 5AB- IMBK 08- IMB 2C】LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。

1．什么是LAMMPS?2．LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。

LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

3．L AMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atomstyle命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pairstyle,bondstyle,anglestyle,dihedralstyle,improperstyle,kspacestyle）对相互作用势：L-J,Buckingham,Morse,Yukawa,soft,class2(COMPASS),tabulated.带点对相互作用势：Coulombic,point-dipole.多体作用势：EAM,Finnis/SinclairEAM,modifiedEAM(MEAM),Stillinger-Weber,Tersoff,AIREBO,ReaxFF粗粒化作用势：DPD,GayBerne,Resquared,Colloidal,DLVO介观作用势：granular,Peridynamics键势能：harmonic,FENE,Morse,nonlinear,class2,quartic键角势能：harmonic,CHARMM,cosine,cosine/squared,class2(COMPASS)二面角势能：harmonic,CHARMM,multi-harmonic,helix,OPLS,class2(COMPASS) 不合理势能：harmonic,CVFF,class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom,united-atom,bead-spring,breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamiclubrication,Debye长程库伦与分散：Ewald,PPPM,Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiplepair,bond,angle,dihedral,improperpotentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data,lattice,create-atoms,delete-atoms,displace-atoms,replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump,restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组,它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。

LAMMPS手册-中文版讲解

LAMMPS手册-中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。

1．什么是LAMMPS？LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系.LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子,大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的.他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机.LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲,LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子,原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子.这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的,目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上.各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost"原子的信息.LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令)原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style，dihedral style，improper style，kspace style)对相互作用势：L—J, Buckingham, Morse，Yukawa，soft, class2(COMPASS）, tabulated.带点对相互作用势：Coulombic，point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM，modified EAM（MEAM）, Stillinger—Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD，GayBerne，Resquared, Colloidal，DLVO介观作用势:granular, Peridynamics键势能：harmonic，FENE, Morse, nonlinear, class2，quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine，cosine/squared，class2（COMPASS）二面角势能：harmonic, CHARMM, multi—harmonic，helix，OPLS，class2（COMPASS)不合理势能：harmonic, CVFF，class2(COMPASS）聚合物势能:all—atom, united—atom，bead-spring，breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication，Debye长程库伦与分散：Ewald，PPPM, Ewald/N（针对长程L—J作用）可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle，dihedral, improper potentials（多对势能处于更高的优先级)原子创建：(命令：read_data, lattice，create-atoms，delete-atoms, displace-atoms，replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综,约束条件，边界条件:（命令:fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE,NVT，NPT,NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐(unbrella)束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：(命令:dump，restart)热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量,压力,中心对称参数,CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像,XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外,可以使用独立发行的工具组pizza。

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1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子,聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子,大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的.他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场,原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲,LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分.高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子.这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间,其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息.LAMMPS（并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令)原子粗粒化粒子全原子聚合物,有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场:（命令：pair style，bond style，angle style，dihedral style，improper style，kspace style）对相互作用势：L—J，Buckingham, Morse，Yukawa，soft，class2(COMPASS）, tabulated.带点对相互作用势：Coulombic，point-dipole。

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1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。

LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS)不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。

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1．什么是LAMMPS?LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子，固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子。

LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率，但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如，可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的，目的是防止局部粒子密度过高。

在并行机上，LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间，其中每一个小空间可以分配在一个处理器上。

各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的”ghost”原子的信息。

LAMMPS(并行情况)在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。

2．LAMMPS的功能总体功能：可以串行和并行计算分布式MPI策略模拟空间的分解并行机制开源高移植性C++语言编写MPI和单处理器串行FFT的可选性（自定义）可以方便的为之扩展上新特征和功能只需一个输入脚本就可运行有定义和使用变量和方程完备语法规则在运行过程中循环的控制都有严格的规则只要一个输入脚本试就可以同时实现一个或多个模拟任务粒子和模拟的类型：（atom style命令）原子粗粒化粒子全原子聚合物，有机分子，蛋白质，DNA联合原子聚合物或有机分子金属粒子材料粗粒化介观模型延伸球形与椭圆形粒子点偶极粒子刚性粒子所有上面的杂化类型力场：（命令：pair style, bond style, angle style, dihedral style, improper style, kspace style）对相互作用势：L-J, Buckingham, Morse, Yukawa, soft, class2(COMPASS), tabulated.带点对相互作用势：Coulombic, point-dipole.多体作用势：EAM, Finnis/Sinclair EAM, modified EAM(MEAM), Stillinger-Weber, Tersoff, AIREBO, ReaxFF粗粒化作用势：DPD, GayBerne, Resquared, Colloidal, DLVO介观作用势：granular, Peridynamics键势能：harmonic, FENE, Morse, nonlinear, class2, quartic键角势能：harmonic, CHARMM, cosine, cosine/squared, class2(COMPASS)二面角势能：harmonic, CHARMM, multi-harmonic, helix, OPLS, class2(COMPASS) 不合理势能：harmonic, CVFF, class2(COMPASS)聚合物势能：all-atom, united-atom, bead-spring, breakable水势能：TIP3P，TIP4P，SPC隐式溶剂势能：hydrodynamic lubrication, Debye长程库伦与分散：Ewald, PPPM, Ewald/N(针对长程L-J作用)可以有与普适化力场如CHARMM，AMBER，OPLS，GROMACS相兼容的力场可以采用GPU加速的成对类型杂化势能函数：multiple pair, bond, angle, dihedral, improper potentials(多对势能处于更高的优先级)原子创建：（命令：read_data, lattice, create-atoms, delete-atoms, displace-atoms, replicate）从文件中读入各个原子的坐标在一个或多个晶格中创建原子删除几何或逻辑原子基团复制已存在的原子多次替换原子系综，约束条件，边界条件：（命令：fix）二维和三维体系正角或非正角模拟空间常NVE，NVT，NPT，NPH积分器原子基团与几何区域可选择不同的温度控制器有Nose/Hoover和Berendsen压力控制器来控制体系的压力（任一维度上）模拟合子的变形（扭曲与剪切）简谐（unbrella）束缚力刚体约束摇摆键与键角约束各种边界环境非平行太分子动力学NEMD各种附加边界条件和约束积分器：Velocity-verlet积分器Brown积分器rRESPA继承时间延化积分器刚体积分器共轭梯度或最束下降算法能量最小化器输出：（命令：dump, restart）热力学信息日志原子坐标，速度和其它原子量信息的文本dump文件二进制重启文件各原子量包括：能量，压力，中心对称参数，CAN等用户自定义系统宽度或各原子的计算信息每个原子的时间与空间平均系统宽量的时间平均原子图像，XYZ，XTC，DCD，CFG格式数据的前处理与后处理：包里提供了一系列的前处理与后处理工具另外，可以使用独立发行的工具组pizza.py, 它可以进行LAMMPS模拟的设置，分析，作图和可视化工作。

(2021年整理)LAMMPS手册-中文版讲解

（完整）LAMMPS手册-中文版讲解编辑整理：尊敬的读者朋友们：这里是精品文档编辑中心，本文档内容是由我和我的同事精心编辑整理后发布的，发布之前我们对文中内容进行仔细校对，但是难免会有疏漏的地方，但是任然希望（（完整）LAMMPS手册-中文版讲解）的内容能够给您的工作和学习带来便利。

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LAMMPS手册—中文解析一、简介本部分大至介绍了LAMMPS的一些功能和缺陷。

1．什么是LAMMPS？LAMMPS是一个经典的分子动力学代码，他可以模拟液体中的粒子,固体和汽体的系综。

他可以采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物,金属，粒状和粗料化体系。

LAMMPS可以计算的体系小至几个粒子，大到上百万甚至是上亿个粒子.LAMMPS可以在单个处理器的台式机和笔记本本上运行且有较高的计算效率,但是它是专门为并行计算机设计的。

他可以在任何一个按装了C++编译器和MPI的平台上运算，这其中当然包括分布式和共享式并行机和Beowulf型的集群机。

LAMMPS是一可以修改和扩展的计算程序，比如,可以加上一些新的力场，原子模型，边界条件和诊断功能等。

通常意义上来讲，LAMMPS是根据不同的边界条件和初始条件对通过短程和长程力相互作用的分子，原子和宏观粒子集合对它们的牛顿运动方程进行积分。

高效率计算的LAMMPS通过采用相邻清单来跟踪他们邻近的粒子。

这些清单是根据粒子间的短程互拆力的大小进行优化过的,目的是防止局部粒子密度过高.在并行机上,LAMMPS采用的是空间分解技术来分配模拟的区域，把整个模拟空间分成较小的三维小空间,其中每一个小空间可以分配在一个处理器上.各个处理器之间相互通信并且存储每一个小空间边界上的"ghost”原子的信息.LAMMPS(并行情况）在模拟3维矩行盒子并且具有近均一密度的体系时效率最高。