Mega使用方法.pdf - 360文档中心

mega用法

mega用法
"Mega" 的用法取決於上下文，可以是形容詞、名詞或副詞。

1. 形容詞：用來描述非常大的事物或程度很高的事物，相當於"very" 或"extremely"。

- The concert was a mega success.（這場音樂會非常成功。

）
- She has a mega talent for singing.（她有很高的唱歌天賦。

）
2. 名詞：指稱巨大的事物或大型的組織或公司。

- The company is a mega in the tech industry.（該公司是科技行業的巨頭。

）- The new shopping mall is a mega with multiple floors and hundreds of stores.（這座新購物中心有多層樓和數百家商店。

）
3. 副詞：表示以巨大或極大的程度進行某事，通常與動詞或形容詞搭配使用。

- The car sped past us mega fast.（那輛車飛速超過了我們。

）
- She is mega talented and can play multiple instruments.（她非常有才華，可以演奏多種樂器。

）。

MEGA使用说明书

MEGA使用说明书1. 简介1.1 MEGA的概述1.2 相关术语解释2. 安装与注册2.1 安装包并进行安装2.2 注册新账号或登录现有账号3. 用户界面导览3.. 主要功能区域介绍- 文件管理器：浏览、和文件。

- 联系人列表：查看已添加联系人信息。

- 消息中心：接收系统通知和消息更新。

4.文件操作指南4.. 浏览及搜索文件a) 使用目录树结构快速定位所需文件夹。

b) 利用搜索框输入关键词，筛选出相关文档。

c）利用标签对重要文档进行分类整理。

5.分享与协作a). 分享i）一个公开可访问的，并发送给他人以便共享特定内容。

ii）设置密码保护来限制只能被授权用户打开该。

6.数据同步a). 同步设备间数据i）在不同设备上同时登陆自己的帐户, 可实时获取最新版本资料；ii ) 手动选择需要离线保存到本地端硬盘空间内之个别项目；7.版本历史记录a). 查看文件的修改历史i）查看特定文档在不同时间点上所做过的更改；ii ) 还原到之前某个具体时刻保存下来的旧版；8. 设置与选项8.1 账户设置- 修改密码、邮箱等账户信息。

8.2 高级选项- 自定义和速度限制，以满足网络环境需求。

9.常见问题解答a) 如何恢复误删除或丢失数据？b) 如何增加存储空间容量？c) MEGA是否支持多人同时编辑一个文件？10.附件- 用户手册.pdf11.法律名词及注释i）用户：指使用MEGA服务并注册帐号进行操作和管理资料者。

ii）分享：通过公开可访问URL地址将内容共享给他人。

iii）授权用户: 指被允许浏览、编辑或已经分享出去资源的其他Mega 帐号所有者。

MEGA使用说明书

MEGA软件构建系统发育树摘要：以白色念珠菌属下面的十个种的18s RNA 为例，构建系统发育树来说明MEGA 软件的使用方法。

1背景简介1.1 MEGA（分子进化遗传分析）MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis。

MEGA is an integrated tool for automatic and manual sequence alignment, inferring phylogenetic trees, mining web-based databases, estimating rates of molecular evolution, and testing evolutionary hypotheses. MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。

MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。

最新版本：MEGA 5.1 Beta (软件开发者建议其结果不用于发表文章)建议下载版本：MEGA 5.05 for Windows and Mac OS。

MEGA 5 has been tested on the following Microsoft Windows® operating systems: Windows 95/98, NT, 2000, XP, Vista, version 7, Linux and Mac OS [1].MEGA 5.05 可免费下载，只需输入名字及有效邮箱，下载链接会发送至邮箱，点击可下载。

1.2 系统发育树定义系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。

是一种亲缘分支分类方法（cladogram）。

在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）1.3 系统发育树的分类根据有根和无根来区分：树可分为有根树和无根树两类。

mega使用手册

mega使用手册Mega使用手册欢迎阅读Mega使用手册。

本文档将详细介绍如何使用Mega以及各项功能的使用方法。

请按照以下章节进行阅读。

1.简介1.1 Mega的概述1.2 Mega的优势1.3 Mega的功能2.账户管理2.1 注册Mega账户2.2 登录和注销账户2.3 密码重置和修改2.4 安全性设置3.文件和3.1 文件3.2 文件3.3 文件夹管理和操作3.4 文件共享和协作4.数据同步与备份4.1 同步文件和文件夹4.2 数据备份和恢复4.3 版本控制和历史记录5.文件搜索和过滤5.1 文件搜索功能5.2 文件过滤和筛选6.安全性和隐私6.1 文件加密和解密6.2 权限管理和共享控制6.3 数据安全和隐私保护7.终端与云端互通7.1 Mega客户端的安装和配置 7.2 云端与本地文件同步7.3 终端与云端文件交互8.其他功能8.1 文件预览和编辑8.2 多设备同步8.3 文件批量处理8.4 容量管理和空间优化附件：本文档所涉及的附件可于Mega官方网站的附件页面。

法律名词及注释：1.Mega：一种云存储和文件同步服务，由Mega Limited提供。

2.账户：用户在Mega上注册的个人或企业账户。

3.文件：用户在Mega上和存储的各种类型的文件。

4.文件夹：用户可以在Mega上创建和管理的文件夹，用于组织和管理文件。

5.文件共享：用户可以通过Mega共享，方便他人访问和文件。

6.数据同步：将本地文件同步到云端，并保持文件的最新状态。

7.数据备份：将云端数据备份到其他存储介质，以避免数据丢失。

8.文件加密：使用加密算法对文件进行加密，以保护文件的安全性和隐私性。

感谢阅读本文档，如有任何问题或困惑，请随时联系我们的客户支持团队。

mega使用教程

MEGA 的主界面：使用步骤1.序列导入可以通过Data 导入数据也可以通过file 导入数据。

妙Edit.TextRe启匚oovertAleFormattoMEGA.<. 昌Printer Setup …EaitMEGAAlti-X如果打开的文件是比对结果，选择Analyze ；如果打开的文件是序列文件，选择Align 。

広■訂飞testsequen 匚e.fasta1FASTAAleI 」572KBOpen&Filetest.s ■亡quence.fas FASFile572KBFSAFile5.72KE另外双击这些后缀名文件即可自动导入序列，导入后会弹出MEGA比对界面。

如果fasta序列导入报错，多是因为序列长度不同导致：fPTFTCN 黜aVLRLFPGERrHFTDEELWQYLSREVCSSPLPA5IIPEETJVCHMPWDLPS-NLEKEaYrFSTElEJiKYPWRTRSNRftlSSGYWKSLrGLEK^imSHGNQlVGL fbQLSLPPGFRnPTDEfLLVQYLCm^GYHrSL^IGDI&LYKr&FWDLPS^GTCFTin^GEYKCT-YLGKrt^rSEKEKyrFSPRDRKYPHGSRPHRVAGWW IkQ15IZETl3yRETFTE>EELm B Ef ：LCR33iASHI?F5：LQLIA£：IDL¥KEI>E r WVi^5KaXFGEKEWYFi _£E !RB5i K¥F3G5S：PNHVAGSG¥HK5L HGTDKV]^TE ：EREWZ A-PF-SraFHFrDEELILHYLI^t^SSSPVPLSIIftDVDIYKSDPWDLPAKAFrGEKEWYrFSPRD^PWGMPSrRAAASSYWKATSTDKLIAVPNGEGTHE^I百UFF 囲皿民卞亍诜丘1孙爬匸址m-Pt 即虑陀EFT 玳咗bPW 血塞自垃空已MFFM 亍匪站HPM 曲a 服迂弟品YIgm 』買茁二虽買IM 』玄品£MDBTJKLVKNGVIiRLPPGFRFHPTDEELWQYLKRKVCSSPLPASIIPEFDVCRAT-PtfDIxPGNLEKERYFFSTRE TDHIMEEYRLSSSPPSSMGPTQNWV1CRIFLKKRAGNKNDDODGESRNLRHJiNNNN D SDQIEIITT DQTDDKTK>AT4G274LQMGVREKDPLAQLSLPPGFRFYPTDEELLVQYLCRKVAGYHFSLQVIGDIDLYKFDPrJDLPSKQTCFTFVGEYNC GTKKA1VFYAGKAPKGTKTNWIMHEYRLIEHSRSHGSSRLDDWVLCRIYKRTSGSQFtQAVTPVQACREEHSTNGAPTNGLPSYGGYDAFRAAZGEAESGH^ZWRQQNS5GLTQSFGYSSSGFGV5G<JTETFRQ>AT3G1550QMGLQE.LDPLAQLSLPPGFREYPTDEELMVEYLCRKAAGHDFSLQLIAEIDLifKFDP»VLP£KALrGEKEWYFFSKTNWIMHE YRLIEPSRRNGSTKLDDWVLCRIYKKQTSAQKQAYNNLMTSGREYSi™STSSSSHQYDDVLESLELGLSRNVPSIRYGDGGT QQQTEGIPRFNNNSDVSftWQGFSVDPVNGFGYSGQQSS^FeFI如果序列长度不同，可以采用新建文件，将序列文件导入的方法步骤：Align f Edit/BuildAlignment f createanewalignment f Data f open f RetrievesequencesfromFile将复制输入的序列另存输出看看步骤:datafExportalignmentffastaformat■•■Fas-tapm 注■riTor^Ewpectedserjuenc -E-characleir,twt fou<id mSequencesaredIffereinilengihE.0**fihec5 EFVGIKK M TPOrarHFF DEELVLMT ：5TEGQR¥C：|'—Irr ■TJ t.：iiZ3曰MAC-3|$-f*£3|kA A-criinH-fl,EepIcrKri'LJ::|WEditsearchgmffflfcWsbheflLienwilLP □匚r»阳触I*Q S Qp«nRacnpar9匚1口“PTylC甘BFMIK斷]MM^iiSE匚fed»Sfc-E®»rlAJ^nrw*e*rtD N*S HMJBW：* PjotewSe^jenceEi',lTranqlriBi/L-nlTAnilfliw■^vlmEOririhraLiTi^rT^lilri* JndrattlMi匚CIl'IjiJtaniSiiE■a R总昌国⑪甜段匙呈髙居屍〒$口>fiT5M37*»riL-q Ml.r'1t±iicii i i HniKD-ii>i I IHI ba■Qim■Lx■KiqQin r i'HMHad.Lki MI*I od I.uIDE SDLVIiFHPhe L FEMrt.¥CEKE?VF FSHRDRtf1FHCERFW%ft*CTn¥M^TGWH卩I GH Hl.I KI I1TH-E IRII YHInWlFII^M：!I FIHIIEF-H«LUUWWI H A：I VFIHHfa I IR KTIF~H4HI M~r I KViri DHWUC^EFKU[K.E.»fiLEIlFI«&TENFS5ECLLQKiAFUFqFQVI^SDFliD-^FOWF EQKP I■-liT^Ll^liiiHhrAiiij.tita NUiriLHLE屮I*HP!纯呂対II MSIJFLI I I WM^IMWLP&NHHEIHVl TU汕VMKiiT；I D*IASUTEIUH]>IUCLKKTLVFYKCHPPIHSiltTDtf[«HEWLSiSF H朋旬朋切沖4UDs.|tHLkl«Hiwi>^Ult I[I I Irk I IrWIHKll-1U卜摘IQ J I M-N，LLrS£D£LTSSilMfSiFA-■■-、口TM空片WHLUEEKSPLAHLELPPCF RFVPTBE[LLUqYLCRKIABYHFELqUJCO I DL Y轴hI引PL P5H L I l；lHi Wil^I'HPH.lYFHIi^UJ'rflCilAGkKYLMA IG K t>M]I mtUIHIII；jKHJI i>i¥HI；KHI'PStiCS^KLRDUULiCRIVKKirTCEiH lAUlTFVq^iCREEH5TH€S¥S5^SSqL D4ULKF PEI Hrn nMn<\iHEI Hrirt nr IHZI i'^vsiEWhAii IMAI EI AI^EIIUMH q^HNKCi ignisiwNs^u^fil3l；l^r.fllfeH[±QELbPI.A4L£LRf£FRFVPT@EfLHI£¥LCRHRACHDFSLQLJAE LDL^FbFWLPSHPmilEHl'BFRLARFinVLHAT l；T"HU I髯W CZIWUni KKII UIV I ILKAP Ifi H HIHUI HMI VRII B-Pkko FSA4k^!rM.MrS；£F£tfSwt£tmfX£HlQyhtOLESLHE EfeHft^LCFflRC^HALPHiAlignByMuscle AAA.AJ&AProteinSequencesMarlc/UnmarkSiteCtrl+M Specie a/Atibrv2+WP011931144.12+CAA44467H2氛A^N16207H1 4.WP_01229^898a AAAK1«222.1B Wr_D1203^132.1 7,KDP92253.1DeleteGap-OnlySites|A|A|AA|A|AAIVALAAA-LLL^VAI AjA|Aft|A|AA||__._.-|A|A|A|AA|AA||VV||V|A|L VL|L序列长度都被用横线补齐了2.池MHAlEgnmentExploreritesLsequEncz&fm硏DataEditSearch|AlignmentWebSequencerDi^pl^yHelpIV Signby匚tustalW选择muscle或者clustalw进行比对：clustalw—般用于DNA,muscle多用于蛋白。

MEGA使用说明书

MEGA使用说明书MEGA使用说明书1、简介MEGA是一款跨平台的云存储和文件共享服务提供商。

它为用户提供了安全、稳定且易于使用的云端存储解决方案。

本文档将详细介绍MEGA的功能和使用方法，以帮助用户快速上手并充分利用该平台。

2、注册和登录2.1 注册账号2.1.1 打开MEGA官方网站2.1.2 注册按钮2.1.3 输入个人信息并创建账号2.2 登录账号2.2.1 打开MEGA官方网站2.2.2 输入注册时所使用的账号和密码2.2.3 登录按钮3、文件和3.1 文件3.1.1 在MEGA界面中找到需要的文件夹3.1.2 按钮3.1.3 选择本地文件并确认3.2 文件3.2.1 在MEGA界面中找到需要的文件3.2.2 右键文件，并选择选项3.2.3 选择本地保存路径并开始4、文件夹管理4.1 创建文件夹4.1.1 在MEGA界面中找到所需文件夹的位置4.1.2 右键文件夹的上级目录，并选择新建文件夹选项 4.1.3 输入文件夹名称并确认创建4.2 移动文件夹4.2.1 在MEGA界面中找到要移动的文件夹4.2.2 右键文件夹，并选择移动选项4.2.3 选择目标位置并确认移动4.3 删除文件夹4.3.1 在MEGA界面中找到要删除的文件夹 4.3.2 右键文件夹，并选择删除选项4.3.3 确认删除操作5、文件共享和权限管理5.1 共享文件5.1.1 在MEGA界面中找到要共享的文件 5.1.2 右键文件，并选择共享选项5.1.3 输入共享和访问权限，并共享5.2 管理共享5.2.1 在MEGA界面中找到需要管理的共享 5.2.2 右键共享，并选择管理选项5.2.3 根据需要修改共享权限或取消共享5.3 接受/拒绝共享5.3.1 在接收到共享的通知邮件中5.3.2 登录MEGA账号5.3.3 根据需求接受或拒绝共享请求6、安全和隐私设置6.1 修改密码6.1.1 登录MEGA账号6.1.2 进入个人设置界面6.1.3 找到密码修改选项并进行修改操作6.2 启用二次验证6.2.1 登录MEGA账号6.2.2 进入个人设置界面6.2.3 找到二次验证选项并进行配置6.3 隐私设置6.3.1 登录MEGA账号6.3.2 进入个人设置界面6.3.3 根据需求修改隐私设置7、恢复和备份7.1 回收站7.1.1 在MEGA界面中找到回收站选项7.1.2 找到需要恢复的文件或文件夹7.1.3 右键文件或文件夹并选择还原选项7.2 历史版本7.2.1 在MEGA界面中找到历史版本选项7.2.2 找到需要恢复的文件7.2.3 右键文件并选择历史版本选项7.2.4 选择要恢复的版本并确认恢复8、常见问题解答9、附件本文档涉及附件：- MEGA用户手册：pdf- MEGA常见问题与解答：docx10、法律名词及注释- MEGA：MEGA是MEGA Limited公司的注册商标，是一家提供云存储和文件共享服务的公司。

MEGA使用说明书

MEGA使用说明书MEGA是一款提供云存储服务的应用，它可以帮助用户上传、存储和共享文件。

本文将介绍如何在不同平台上使用MEGA。

第一步：注册帐号在使用MEGA之前，首先需要注册一个帐号。

用户可以通过MEGA官网或者应用程序进行注册。

注册流程1.打开MEGA官网或者应用程序；2.点击“注册”；3.输入电子邮件地址和密码；4.通过电子邮件验证注册帐号。

注意事项1.MEGA仅支持使用电子邮件进行注册，不支持使用手机号注册；2.为了保障帐号的安全，建议使用不易被猜测的密码，并开启双重身份验证。

第二步：下载MEGA应用在注册完帐号后，用户可以下载MEGA应用。

目前MEGA提供了桌面客户端和移动端应用。

用户可以根据自己的需求选择下载。

下载流程下面将介绍如何在不同平台上下载MEGA应用。

Windows1.打开MEGA官网；2.点击“立即下载”；3.在弹出的下载页面中，选择Windows版本；4.下载完后，双击MEGA安装程序，按照提示完成安装。

macOS1.打开MEGA官网；2.点击“立即下载”；3.在弹出的下载页面中，选择macOS版本；4.下载完后，双击DMG文件，将MEGA拖动到应用程序中。

Android1.打开Google Play商店；2.搜索“MEGA”应用；3.点击“安装”；4.下载、安装完成后，打开应用程序。

iOS1.打开App Store；2.搜索“MEGA”应用；3.点击“获取”，输入指纹或密码；4.下载、安装完成后，打开应用程序。

注意事项1.在下载安装应用程序时，需要保障网络通畅，同时保障设备空间充足；2.应用程序可能会因地区、设备、系统等因素而有所不同。

用户在下载安装时需要根据自己的实际情况进行选择。

第三步：上传文件在安装完成MEGA应用后，用户可以开始使用了。

下面将介绍如何上传文件。

上传流程1.打开MEGA应用程序；2.点击“上传”按钮；3.选择要上传的文件；4.点击“上传”。

注意事项1.上传的文件格式应符合MEGA规定，不支持上传非法内容；2.上传的文件大小应符合MEGA规定，如果超过限制，建议将文件分割成较小的部分。

MEGA软件地使用

MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。

1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。

而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。

首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面：单击工具栏中的“File”按钮，会出现如下图所示的菜单：从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”（打开数据）、“Reopen Data”（打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Data”（关闭数据）、“Export Data”（导出数据）、“Conver To MEGA Format”（将数据转化为MEGA格式）、“Text Editor”（数据文本编辑）、“Printer Setup”（启动打印）、“Exit”（退出MEGA程序）。

单击“Open Data”选项，会弹出如下菜单：浏览文件，选择要分析的数据打开，单击“打开”按钮，会弹出如下操作界面：此程序操作界面，提供了三种选择数据选择：Nucleotide Sequences（核苷酸序列）、Protein Sequences（蛋白质序列）、Pairwise Distance（遗传距离矩阵）。

根据输入数据的类型，选择一种，点击“OK”即可。

如果选择“Pairwise Distance”，则操作界面有所不同；如下图所示：根据遗传距离矩阵的类型，如果是下三角矩阵，选择“Lower Left Matrix”即可；如果是上三角矩阵，选择“Upper Right Matrix”即可。

点击“OK”按钮，即可导入数据。

如果是核苷酸数据，则读完之后，会弹出如下对话框：如上图，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则选择“Yes”按钮；如果是不编码蛋白质的核苷酸序列，则点击“No”按钮。

之后，会弹出如下操作窗口：此作界面的名称是“Sequence Data Explorer”，在其最上方是工具栏“Data”、“Display”、“Highlight”等，然后是一些数据处理方式的快捷按钮，在操作界面的左下方是每个序列的名称。

MEGA使用图解

用MEGA2做进化树的步骤(图示)1、打开程序如下图所示：2、MEGA2只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。

点File:Convert to MEGA Format...打开转换文件对话框如下图所示：3、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK如下图所示：4、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录如下图所示：5、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg 文件如下图所示：6、选择meg文件，点“打开”如下图所示：7、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。

然后点OK就行了如下图所示：8、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型如下图所示：9、现在终于可以开始做Bootstrap验证和进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。

各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致，我们在此以UPGMA方法为例进行演示。

点下图所示的菜单项。

如下图所示：10、...会弹出如下的对话框，在此你可以选择计算参数。

如下图所示：11、Distance Options标签页中的Models可以下拉，其中有若干个计算距离的方法可以选择，在此默认泊松校验(Poisson Correction)作为计算距离的方法。

如下图所示：12、Include sites标签页中可以选择处理空缺或者缺失数据的方法，在此也用默认方法如下图所示：13、系统进化树的测试方法，可以选择用Bootstrap，也可以选择不进行测试。

重复次数(Replications)通常设定至少要大于100比较好，随机数种子可以自己随意设定，不会影响计算结果。

mega使用手册

MEGA软件的使用引言现代分子生物学所积累的数据库（如美国国家生物信息中心建立的GeneBank等）隐含着大量的生物系统学和生物进化的有用信息。

计算机软件是挖掘这些知识宝藏的最有效的工具，而且这些数据库不断快速扩展，信息量十分庞大。

因此，如果没有计算机软件的帮助，我们简直无法开战分子系统学和分子进化方面的研究工作。

同样，这些数据分析方法和软件在古DNA研究中是必不可少的。

因为有着坚实的分子进化和人类遗传学基础，序列比对分析已经成为重构物种和基因家族进化历史，估算分子进化速率、推断基因和基因组进化过程中自然选择力量的强度等的必不可少的方法和手段。

计算机的应用和统计学的介入大大简化这些工作。

在这些背景下，Sudhir Kumar、Koichiro Tamura和Masatonshi Nei 和在上世纪九十年代初就发展了Mega遗传分析软件，并不断改进。

现在公布了3.0版，增添很多新功能，并使软件使用者能在线取得帮助。

Mega（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一个界面友好、操作简便、功能强大的分子进化遗传分析软件，也是文献中经常用到的分析软件。

尤其是，Mega的新版本对使用界面做了优化，并有改进了许多统计学和遗传学算法，其支持的文件格式很多，而且可以直接从测序图谱中读取序列。

另外，Mega 软件还内嵌了一个Web浏览器，能直接登录NCBI网站。

Mega软件操作起来很方便，其界面与传统的Windows程序界面很像，即使初学者也很易上手。

Mega软件功能十分强大，尤其在计算遗传距离、构建分子系统树方面。

Mega 软件提供多种计算距离的模型，包括Jukes-Cantor距离模型、Kimura距离模型、Equal-input距离模型、Tamura距离模型、HEY距离模型、Tamura-Nei距离模型、General reversible距离模型、无限制距离模型等。

系统发育树mega使用流程

系统发育树mega使用流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。

文档下载后可定制随意修改，请根据实际需要进行相应的调整和使用，谢谢!并且，本店铺为大家提供各种各样类型的实用资料，如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等，如想了解不同资料格式和写法，敬请关注!Download tips: This document is carefully compiled by theeditor. I hope that after you download them,they can help yousolve practical problems. The document can be customized andmodified after downloading,please adjust and use it according toactual needs, thank you!In addition, our shop provides you with various types ofpractical materials,such as educational essays, diaryappreciation,sentence excerpts,ancient poems,classic articles,topic composition,work summary,word parsing,copy excerpts,other materials and so on,want to know different data formats andwriting methods,please pay attention!1. 数据准备：收集要分析的序列数据，可以是 DNA、RNA 或蛋白质序列。

怎样使用MEGA建立进化树

怎样使用MEGA建立进化树在进行生物信息学研究中，建立进化树是一项非常重要的任务。

MEGA （分子进化遗传学分析）是一款常用的软件，专门用于进行进化树和多序列分析。

下面将详细介绍如何使用MEGA建立进化树。

安装完成后，打开MEGA软件。

在MEGA的主界面上，有几个常用的功能选项，包括「File」、「Edit」、「View」、「Tools」、「Align」、「Phylogeny」和「Help」。

我们主要关注「Phylogeny」（进化树）选项。

在新窗口中，我们需要选择构建进化树的方法。

MEGA支持多种构建进化树的方法，包括Neighbor Joining、Maximum Parsimony、Maximum Likelihood和Bayesian等。

在这里，我们以Neighbor Joining方法为例进行演示。

在Neighbor Joining方法中，我们需要先选择计算进化距离的方法。

MEGA支持许多计算进化距离的方法，如P-distance、Kimura 2-parameter、Tamura 3-parameter等。

在这里，我们选择P-distance方法。

在选择了计算进化距离的方法后，我们还需要选择树的标准。

MEGA支持Bootstrap（Bootstrap方法是统计学中一种用于评估统计性信号和树的可靠性的方法）和Nearest-Neighbor Interchange等标准。

在这里，我们选择Bootstrap标准。

在选择了进化距离的方法和树的标准后，我们需要选择输入序列数据的文件格式。

MEGA支持多种格式的序列文件，如FASTA、PHYLIP和MEGA 等。

选择相应的格式后，我们需要导入序列数据。

可以通过从文件中导入或从剪贴板中粘贴来导入序列数据。

MEGA是一款非常强大的进化树分析软件，但对于初学者来说，可能需要一些时间去了解其中的各种选项和功能。

因此，建议在使用MEGA之前，先阅读相关文档和教程，以便更好地使用MEGA进行进化树的构建和分析。

进化树分析软件MEGA的用法

进化树分析软件MEGA的用法MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一款功能强大的分子进化遗传学分析软件，用于构建进化树、进行序列比对、计算基因组变异等。

它提供了丰富的功能和易于使用的界面，使用户能够对生物序列进行详细的进化分析。

下面是MEGA软件的用法详解。

1.安装和启动MEGA软件2.导入序列数据在MEGA软件中，可以导入多种类型的序列数据，如DNA序列、蛋白质序列等。

您可以通过"File"菜单下的"Open"选项来导入已有的序列文件，或通过粘贴操作将文本格式的序列数据直接粘贴到MEGA软件中。

3.序列比对MEGA提供了多种序列比对方法，如ClustalW、MUSCLE等。

您可以通过"Align"菜单下的"Multiple Sequence Alignment"选项选择适当的方法进行序列比对。

在比对完成后，软件将显示每个位置的序列相似性信息。

4.进化树构建MEGA支持多种进化树构建方法，如NJ法（Neighbor-Joining）、ML法（Maximum Likelihood）等。

您可以通过"Phylogeny"菜单下的"Construct/Inference Phylogenetic Trees"选项选择适当的方法进行进化树构建。

MEGA还支持Bootstrap分析，用于评估构建的进化树的可靠性。

6.进化分析MEGA提供了多个工具用于进一步研究和分析进化树上的数据。

通过"Phylogeny"菜单下的"Tree Explorer"选项，您可以对进化树进行多种分析，如比较进化树的拓扑结构、计算进化树的分支长度、分析基因组变异等。

7.分支针对性分析MEGA还提供了一些工具用于对进化树上的特定分支进行分析。

(完整)如何使用mega

用MEGA4做进化树的步骤1、由BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 搜索，获得所需要的序列，并保存为txt格式。

2。

对所搜到的序列名称进行修改:注意种名保留例如:H2-8。

利用CLUSTAL X 软件进行多序列比对，同时进行修饰序列，去掉突出的前段序列和后部序列，使序列变整齐.如下图所示对序列名称进行修改修饰后如下：3、修饰好保存，会有两个格式的文件.aln、。

dnd保存,打开MEGA4.4、MEGA4只能打开meg格式的文件,但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式(Clustal的输出文件)转换meg文件。

点File:Convert to MEGA Format。

.打开转换文件对话框，如下图所示:5、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK。

如下图所示:6、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件,meg文件会和aln文件保存在同一个目录，如下图所示：保存到文件夹7、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file"打开刚才的meg文件 .如下图所示:8、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。

然后点OK 就行了。

如下图所示：有错误的地方可手工删除:可删除9、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型10、现在可以开始做系统进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。

各种算法虽然不同,但是操作方法基本一致.如下图所示：所得系统树如下：也可以切换树的显示模式调整树显示选项,比如树枝的粗细,字体以及字体大小等最后通过得出的系统进化树进行分析,可看出物种之间的亲缘关系,每个节点代表其各分支的最近共同祖先，节点间的线段长度对应演化距离。

如何使用mega

如何使⽤mega⽤MEGA4做进化树的步骤1、由BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 搜索，获得所需要的序列，并保存为txt格式。

2.对所搜到的序列名称进⾏修改：注意种名保留例如：H2-8。

利⽤CLUSTAL X 软件进⾏多序列⽐对，同时进⾏修饰序列，去掉突出的前段序列和后部序列，使序列变整齐。

如下图所⽰修饰后如下：对序列名称进⾏修改3、修饰好保存，会有两个格式的⽂件.aln、.dnd保存，打开MEGA4。

4、MEGA4只能打开meg格式的⽂件，但是它可以把其他格式的多序列⽐对⽂件转换过来，我们在这⾥⽤aln格式（Clustal的输出⽂件）转换meg⽂件。

点File:Convert to MEGA Format...打开转换⽂件对话框，如下图所⽰：5、选择⽂件和转换⽂件对话框，选择aln⽂件，点OK。

如下图所⽰：6、转换好的meg⽂件，点存盘保存meg⽂件，meg⽂件会和aln⽂件保存在同⼀个⽬录，如下图所⽰：activate a data file”打开刚才的meg⽂件。

如下图所⽰：8、程序会⾃动识别序列的类型，如果识别错误，请⼿⼯选择数据类型。

然后点OK就⾏了。

如下图所⽰：有错误的地⽅可⼿⼯删除：可删除9、数据输⼊之后的样⼦，窗⼝下⾯有序列⽂件名和类型10、现在可以开始做系统进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进⾏统计验证的⼀种⽅法，可以作为进化树可靠性的⼀个度量。

各种算法虽然不同，但是操作⽅法基本⼀致。

如下图所⽰：所得系统树如下：也可以切换树的显⽰模式调整树显⽰选项，⽐如树枝的粗细，字体以及字体⼤⼩等最后通过得出的系统进化树进⾏分析，可看出物种之间的亲缘关系，每个节点代表其各分⽀的最近共同祖先，节点间的线段长度对应演化距离。

距离越近，同源性越⾼，距离越远，同源性越远。

11、保存emf⽂件，这种格式的图像可以直接paste到Word⽂档。

Mega使用方法

Mega使用方法用MEGA2做进化树的步骤(图示)Fasta—alignment—clustal—create a new alignment—data—open—retrieve sequences from file—alignment—align by clustalW—ok—ok—export alignment—mega format Click me to activate a data file—mega file—phylogeny—bootstrap test of phylogeny—UPGMA—compute—修改参数即可（options）--一般tree width改为8001、打开程序如下图所示：2、MEGA2只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。

点File:Convert to MEGA Format...打开转换文件对话框如下图所示：3、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK如下图所示：4、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录如下图所示：5、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg 文件如下图所示：6、选择meg文件，点“打开”如下图所示：7、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。

然后点OK就行了如下图所示：8、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型如下图所示：9、现在终于可以开始做Bootstrap验证和进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。

各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致，我们在此以UPGMA方法为例进行演示。

MEGA软件的使用

MEGA软件的使用Mega是一款操作十分简便的遗传学分析软件，其界面十分友好，即使初学者也很易上手。

1、数据的录入及编辑Mega软件能够接受多种数据格式，如FASTA格式、Phylip格式、PAUP数据格式等等。

而且Mega软件专门提供了把其他格式的数据转换位Mega数据格式的程序。

首先，打开Mega程序，有如下图所示的操作界面:单击工具栏中的“ File按钮，会出现如下图所示的菜单:从上图可以看出，下拉菜单有“Open Data”打开数据）、“Reopen Data”打开曾经打开的数据，一般会保留新近打开的几个数据）、“Close Dat（关闭数据）、“ Export Data（导出数据）、“ Con ver To MEGA Format （将数据转化为MEGA 格式）、“Text Editor （数据文本编辑）、“Printer Setup （启动打印）、“ Exit （退出MEGA程序）。

单击“Open Dat选项，会弹出如下菜单：DdUTjipe WijrHflnt.rip Siwiupn 帕sPFotein S 钳 Lian 护MhsinaData ”MMfH Fomnal常 L JOV *CPLeft Mitrat fUpper Right W 日liix根据遗传距离矩阵的类型, 可；如果是上三角矩阵，选择导入数据。

如果是核苷酸数据, 如果是下三角矩阵，选择 “UpperRight Matrix ”即可。

则读完之后，会弹出如下对话框:iJjuaaa)心十仏|31|.… |rri_dLLL"-p[■yn -iA^-pic-inih fehri*yh*_Dl|rt. ■_(□环Fliai浏览文件，选择要分析的数据打开，单击打开”按钮，会弹出如下操作界面:此程序操作界面，提供了三种选择数据选择： Nucleotide Seque nces （核苷酸序列）、Protein Sequence （蛋白质序列）、Pairwise Distanee （遗传距离矩阵）。