CLUSTAL 使用注意事项

卡尔费休试剂的注意事项

卡尔费休试剂的注意事项1.实验室安全：在进行任何实验之前，首先要确保实验室安全。

佩戴适当的防护设备，如实验室外套、手套和安全眼镜。

遵循正确的实验室操作流程，以防止意外发生。

2.操作规范：在使用卡尔费休试剂之前，确保你已经仔细阅读并理解了试剂的相关信息。

遵循实验室的操作规范和实验室指导方针，正确地操作试剂。

3.储存条件：存放卡尔费休试剂应避免阳光直射和高温。

根据试剂瓶上所示的储存条件，保持试剂的质量和稳定性。

4.试剂准备：卡尔费休试剂是加入到样品中的溶液，在使用之前需要正确地准备试剂。

根据试剂瓶上的指示，按照正确的比例将试剂与溶剂混合。

5.样品预处理：在使用卡尔费休试剂之前，需要进行样品的预处理。

这通常包括对样品的离心、滤过或稀释。

确保样品处理的方法正确，以避免对实验结果产生干扰。

6.实验条件：在进行卡尔费休试剂沉淀的实验时，确保实验条件的一致性。

这包括温度、pH值和反应时间。

任何可能影响试剂反应的因素都应该被控制。

7.反应时间：卡尔费休试剂的反应时间应按照推荐的时间进行。

通常情况下，反应时间应该是足够长的，以确保完全沉淀的形成，但要避免过长的反应时间。

8.沉淀分离：在卡尔费休试剂的使用中，沉淀物的分离非常重要。

通过离心或过滤将沉淀物与清液分离开。

确保分离的步骤正确进行，从而得到清晰的分离结果。

9.实验结果记录：在进行卡尔费休试剂的实验过程中，及时记录实验结果。

包括对实验条件和试剂使用情况的详细记录，以便日后的参考和分析。

10.废物处理：使用完卡尔费休试剂后，应正确处理废物。

根据试剂瓶上的指示，选择合适的废物处理方法。

确保废物不会对环境造成污染。

总之，在使用卡尔费休试剂时，需要遵循实验室操作规范和安全措施。

正确准备试剂，进行样品预处理，控制实验条件，确保分离结果的准确性，并记录实验过程和结果。

通过严格遵循这些注意事项，可以最大限度地提高实验结果的准确性和可重复性。

Clustalx的中文使用说明书

Clustalx的中文使用说明书
生物
用ClustalX做多序列比对分析图示
1、打开程序如下图所示：
2、Load Sequnce, 载入序列如下图所示：
3、选择序列文件,FASTA格式的如下图所示：
4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容,这里用的是记事本,推荐用EditPlus或者Ultraedit 如下图所示：
5、序列Load进去之后如下图所示：
6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可,无须修改比对参数如下图所示：
7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框,.dnd的是输出的指导树文件,.aln 的是序列比对结果,它们都是纯文本文件如下图所示：
点“ALIGN”之后开始等待,如果序列不多,很快就可以算完,如果数据很多,可能要等一段时间,这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏,那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息,看看可以消磨时间。

8、比对结束之后,我们可以看到这个结果如下图所示：
9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件,仍然用文本编辑器打开来看,这时.aln文件,这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析如下图所示：
10、这是.dnd文件(指导树) 如下图所示：
11、可以用Treeview打开dnd文件,看上去就像这样子如下图所示
图3-15 ClustalX所识别的文件输入格式。

blast和clustal的原理

blast和clustal的原理一、引言Blast和Clustal是生物信息学领域中常用的两种序列比对工具。

Blast 主要用于快速查找数据库中与给定序列相似的序列，而Clustal则用于多个序列之间的比对。

本文将分别介绍Blast和Clustal的原理。

二、Blast原理1. 基本概念Blast全称为Basic Local Alignment Search Tool，是一种常用的序列比对工具。

其基本思想是通过寻找两条序列之间最长的局部匹配来确定它们之间的相似性程度。

2. 搜索算法Blast搜索算法主要分为两步：预处理和搜索。

预处理阶段，将数据库中所有序列进行预处理，生成索引文件。

这个过程称为建立BLAST数据库。

这个过程通常耗时较长，但只需要执行一次。

搜索阶段，将查询序列与索引文件进行比对，并找出最佳匹配结果。

这个过程通常很快，可以在几秒钟内完成。

3. 基本流程Blast基本流程如下：（1）将查询序列切成多个长度相等的片段；（2）将每个片段与数据库中所有序列进行比对，并计算得分；（3）根据得分排序，并选择最高得分的前N条结果返回。

4. 常用算法Blast有多种算法，其中最常用的是BLASTP、BLASTN、BLASTX、TBLASTN和TBLASTX。

（1）BLASTP：用于比对蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列；（2）BLASTN：用于比对核酸序列与核酸数据库中的序列；（3）BLASTX：用于比对核酸序列的翻译产物与蛋白质数据库中的序列；（4）TBLASTN：用于比对蛋白质序列与核酸数据库中的翻译产物；（5）TBLASTX：用于比对核酸序列与核酸数据库中的翻译产物。

三、Clustal原理1. 基本概念Clustal全称为Cluster Analysis，是一种常用的多序列比对工具。

其基本思想是通过寻找多条序列之间最长的共同片段来确定它们之间的相似性程度。

2. 比对算法Clustal比对算法主要分为两步：预处理和多重比对。

【软件使用】clustalX2使用以及相关的问题

【软件使⽤】clustalX2使⽤以及相关的问题Clustalx的操作第⼀步：输⼊序列⽂件。

第⼆步：设定⽐对的⼀些参数。

参数设定窗⼝。

第三步：开始序列⽐对。

第四步：⽐对完成，选择保存结果⽂件的格式相关问题CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列⽐对程序的Windows版本。

Clustal X为进⾏多重序列和轮廓⽐对和分析结果提供⼀个整体的环境。

这⾥总结⼀下在使⽤做序列⽐对过程中⼀些常见的问题~1，从⽹上看来说CLUSTALX软件使⽤的时候，开始要输⼊FASTA格式准备的DNA序列test.seq⽂件。

请问这种⽂件怎么⽣成啊?记事本?其实没有规定的⽂件名，不⼀定是叫test.seq，任何你想要的都可以，除了中⽂名（下⾯会说明）。

主要⾥⾯的内容是正确的格式就⾏了~。

Clustal⽀持的格式有多种，如NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG/MSF (Pileup), GCG9/RSF and GDE 等2，什么使⽤时，总是导⼊不了序列，出现 ERROR:Can not open output file??这个问题挺多⼈碰到过的~这是因为你导⼊的⽂件的路径包含有中⽂名。

把⽂件放在其它地⽅看看。

最好路径也不要有空格了。

当然前提是你的格式要正确了。

这个问题同样适⽤于ClustalW或其它dos类的软件3，ClustalX⽐对后的结果中.aln⽂件是什么？这个是序列⽐对结果的⽂件。

关于这部分，你可以看4，ClustalX⽐对后的结果中.dnd⽂件是什么？。

Clustal多重序列比对图解教程图解使用

C l u s t a l x多重序列比对图解教程(B y R a i n d y) 本帖首发于Raindy'blog软件简介:CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。

ClustalX为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

序列将显示屏幕的窗口中。

采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。

窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。

主要功能：你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。

当前版本:1.83PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx1.81版链接地址:ist&ID=7435(请完整复制)应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例流程：载入序列―>编辑序列―>设置参数―>完全比对―>比对结果1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方的菜单栏选择“File”－“LoadSequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是否替换现有序列(Replaceexistingsequences)，根据具体情形选择操作。

图1图22.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cutsequences(剪切序列)、Pastesequences(粘贴)、SelectAllsequences(选定所有序列)，ClearsequenceSelection(清除序列选定)、Searchforstring(搜索字串)、RemoveAllgaps(移除序列空位)、RemoveGap-OnlyColumns(仅移除选定序列的空位)图33.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。

序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南

序列比对之Clustalx与Clustalw使用指南这几天实验需要做多序列比对，很久不做了，一时之间不知道如何使用clustal这个工具了。

在网上搜集了一些资料，做个整理，总结了Clustalx和Clustalw的使用，省得以后久不使用又生疏了，又要去整理了，在此分享给大家，希望有所帮助。

1.先提供下载地址：官方下载地址：/download/current/Clustalx、Clustalw的各种最新版本都能下载到，包括linux、Win、Mac...2.原理：序列同源性分析：是将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。

这是理论分析方法中最关键的一步。

完成这一工作必须使用多序列比较算法。

常用的程序包有CLUSTAL等;Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G.等开发。

有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。

CLUSTAL是一种渐进的比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。

3.操作3.1 Clustalx的操作第一步：输入序列文件。

第二步：设定比对的一些参数。

参数设定窗口。

第三步：开始序列比对。

第四步：比对完成，选择保存结果文件的格式--------------------------------------------3.2 Clustalw的使用(一)第一步：按屏幕提示选择1，输入序列文件注意：请把你需要比对的多条序列合并为一条，放在一个文件中第二步：选择保存文件的形式，按提示选择，你会的!第三步：参数设置好后，按Enter返回主界面，开始比对!EBI提供的在线clustalw服务/clustalw/可以在这里得到更多关于clustal的帮助：http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html。

ClustalX不能load sequence（加载序列失败）的解决办法——造福。

后人。

吐
如果发现ClustalX加载序列时不停地弹对话框“Cannot Open File”
一般是序列路径，或是格式出错了！
一定把序列调整成Fasta格式
一定把序列放到全英文路径下，而且文件名中不要含有空格！
序列别放在桌面，最好是放在D盘的根目录底下
这么关键的事情没几个人说啊。

昨天做生物信息作业愣是让这个倒霉的傻瓜软件卡了半个多小时才搞定
这是个生物信息软件哎~程序怎么编的嘛。

太傻了。

被整得死去活来之后决定一定要发文造福后人。

别被这种傻软件绊住脚了~。

clustalx多序列比对结果建树

clustalx多序列比对结果建树
在ClustalX中进行多序列比对后，可以使用其提供的建树工
具将比对结果转化为树状结构。

以下是使用ClustalX建树的
步骤：
1. 打开ClustalX软件，点击"File"，选择"Open Alignment"，选择之前进行多序列比对的文件。

2. 点击"Tree"，选择"Build Tree"，进入建树参数设置界面。

3. 在参数设置界面中，可以选择不同的建树方法，如
Neighbor-Joining、UPGMA等。

可以根据需要选择合适的方法。

4. 设置完参数后，点击"OK"开始建树过程。

5. 建树完成后，可以在软件界面的右侧窗口中查看树状结构。

可以通过点击树状图上的节点来展开或折叠子树。

需要注意的是，ClustalX建树功能只是提供了一种简单的可视
化方法，用于初步了解序列的进化关系。

如果需要更加精确的进化关系推断，可以考虑使用其他更专业的建树软件如PhyML、PAUP*等。

如何用MEGA和Clustalx构建进化树

(1)利用该软件可得到不同树型，如下图所示：
除此之外，还可以有多种树型，根据需要来选择。
２）显示建树的相关信息：点击图标i。
３）点击优化图标，可进行各项优化： �� Tree栏中，可以进行树型选择：rectangular tree/circle tree/radiation tree。每种树都可以进行长度，宽度或角度等的设定
是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了一
个适当的方法，那么所构建的进化树就会接近真实的“进
化树”。模拟的进化树需要一种数学方法来对其进行评估。
不同的算法有不同的适用目标。一般来说，最大简约性法适用于符合以下条件的多序列：i 所要比较的序列的碱基差别小，ii 对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率， iii 没有过多的颠换/转换的倾向，iv 所检验的序列的碱基数目较多（大于几千个碱基）；用最大可能性法分析序列
参考序列选择注意事项：
1、不选非培养(unclutured)微生物为参比；
2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。
如果为核酸序列，选择“Nucleotide sequence”，点击“OK”，得到以下图示。
选择默认的Standard，点击OK后，如图所示。
点击程序中的，可以得到下图
在另外一个窗口内，出现以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标，可对所选择的序列进行编辑，完成后点击close即可。
序列编辑完成后，可进行保存，点击保存后出现以下界面，点击ok即可。
（1） phylogeny→UPGMA

多序列比对软件Clustalw使用方法

多序列比对软件Clustalw 使用方法2011年06月23日星期四星期四 16:44 16:44Clustal 的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。

比对过程中，先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值，然后根据相似性分数值将它们分成若干组，并在每组之间进行比对，计算相似性分数值。

根据相似性分数值继续分组比对，直到得到最终比对结果。

比对过程中，相似性程度较高的序列先进行比对，而距离较远的序列添加在后面。

作为程序的一部分，列先进行比对，而距离较远的序列添加在后面。

作为程序的一部分，Clusal Clusal 可以输出用于构建进化树的数据。

输出用于构建进化树的数据。

Clustal 程序有许多版本，程序有许多版本，ClustalW(Thompson ClustalW(Thompson 等，等，1994)1994)1994)，根据对亲缘关系较，根据对亲缘关系较近的序列间空位情况，确定如何在亲缘关系较远的序列之间插入空位。

同样，相似性较高的序列比对结果中的残基突变信息，可用于改变某个特殊位置空位罚分值的大小，推测该位点的序列变异性。

大小，推测该位点的序列变异性。

ClustalW ClustalW 是一种渐进的多序列比对方法，先将多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系多个序列两两比对构建距离矩阵，反应序列之间两两关系;;然后根据距离矩阵计算产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权产生系统进化指导树，对关系密切的序列进行加权;;然后从最紧密的两条序列开始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。

始，逐步引入临近的序列并不断重新构建比对，直到所有序列都被加入为止。

ClustalX 是CLUSTAL 多重序列比对程序的Windows 版本。

版本。

Clustal X Clustal X 为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

Clustal的使用

2.两种工作模式。
a.多序列比对模式。
b.剖面(profile)比对模式。
3.一个实际的例子。
多序列比对实例
输入文件的格式(fasta)： >KCC2_YEAST NYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN…… >DMK_HUMAN DFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYAMKIMNK……. >KPRO_MAIZE TRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN…… >DAF1_CAEEL QIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD…… >1CSN HYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNLLNN……
EBI提供
的在线
Clustalw
服务
更为详细的教程
可以在这里得到更多关于clustal的帮助：
trasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html
实际操作(练习)
• 使用clustalx程序，对给定的多序列，选择合适的参数，进行多序列比对，输出结果文件维phylip格式。 • 相同的文件，使用ebi和我们提供的在线服务，进行多序列比对。
• 对上述计算机程序比对的结果进行手工改动（bioedit，seaview），使得多序列比对结果跟符合要求。
>SIV MSMSSSNITSGFIDIATFDEIEKYMYGGPTATAYFVREIRKSTWFTQVPVPLSRNTGNAAFGQEWSVSIS RAGDYLLQTWLRVNIPPVTLSGLLGNTYSLRWTKNLMHNLIREATITFNDLVAARFDNYHLDFWSAFTVP ASKRNGYDNMIGNVSSLINPVAPGGTLGSVGGINLNLPLPFFFSRDTGVALPTAALPYNEMQINFNFRDW HELLILTNSALVPPASSYVSIVVGTHISAAPVLGPVQVWANYAIVSNEERRRMGCAIRDILIEQVQTAPR QNYVPLTNASPTFDIRFSHAIKALFFAVRNKTSAAEWSNYATSSPVVTGATVNYEPTGSFDPIANTTLIY ENTNRLGAMGSDYFSLINPFYHAPTIPSFIGYHLYSYSLHFYDLDPMGSTNYGKLTNVFVVPAASSAAIS AAGGTGGQAGSDYAQSYEFVIVAVNNNIVRIENSLVRNRRRWSREGPMVMVC >TIV MSMSSSNITSGFIDIATFDEIEKYMYGGPTATAYFVREIRKSTWFTQVPVPLSRNTGNAAFGQEWSVSIS RAGDYLLQTWLRVNIPPVTLSGLLGNTYSLRWTKNLMHNLIREATITFNDLVAARFDNYHLDFWSAFTVP ASKRNGYDNMIGNVSSLINPVAPGGTLGSVGGINLNLPLPFFFSRDTGVALPTAALPYNEMQINFNFRDW HELLILTNSALVPPASPYVPIVVGTHISAAPVLGPVQVWANYAIVSNEERRRMGCAIRDILIEQVQTAPR QNYVPLTNASPTFDIRFSHAIKALFFAVRNKTSAAEWSNYATSSPVVTGATVNYEPTGSFDPIANTTLIY ENTNRLGAMGSDYFSLINPFYHAPTIPSFIGYHLYSYSLHFYDLDPMGSTNYGKLTNVSVVPQASPAAIA AAGGTGGQAGSDYPQNYEFVILAVNNNIVRISGGETPQNYIAVC >WIV MSMSSSNITSGFIDIATFDEIEKYMYGGPTATAYFVREIRKSTWFTQVPVPLSRNTGNAAFGQEWSVSIS RAGDYLLQTWLRVNIPQVTLNPLLAATFSLRWTRNLMHNLIREATITFNDLVAARFDNYHLDFWSAFTVP ASKRTGYDNMIGNVSSLINPVAPGGNLGSTGGTNLNLPLPFFFSRDTGVALPTAALPYNEMQINFNFRDW TELLVLQNSALVAPASPYVPIVVPTHLTVAPVLGPVQVWANYAIVSNEERRRMGCAIRDILIEQVQTAPR QNYTPLTNASPTFDIRFSHAIKALFFSVRNKTSASEWSNYATSSPVVTGATVNFEPTGSFDPIANTTLIY ENTNRLGAMGSDYFSLINPFYHAPTIPSFIGYHLYSYSLHFYDLDPMGSTNYGKLTNVSVVPQASPAAVN AASGAGGFPGSDYPQSYEFVIVAVNNNIVRISGGETPQNYLSGSFVTLLNRRKWSREGPMIMVQ >CzIV MSMSSSNITSGFIDIATFDEIEKYMYGGPTATAYFVREIRKSTWFTQVPVPLSRNTGNAAFGQEWSVSIS RAGDYLLQTWLRVNIPQVTLNAQLGPTFGLRWTRNFMHNLIREATITFNDLVAARFDNYHLDFWSAFTVP ASKKIGYDNMIGNISALTNPVAPGGSLGSVGGINLNLPLPFFFSRDTGVALPTAALPYNEMQINFNFRDW PELLILTNTALVPPASPYVPIVVGTHLSAAPVLGAVQVWANYAIVSNEERRRMGCAIRDILIEQVQTAPR QNYTPLTNAMPTFDIRFSHAIKALFFSVRNKTSSAEWSNYATSSPVVTGQLVNYEPPGAFDPISNTTLIY ENTNRLGAMGSDYFSLINPFYHAPTIPSSIGYHLYSYSLHFFDLDPMGSTNYGKLTNVSVVPQASPAAVT AAGGSGAAGSGADYAQSYEFVIIGVNNNIIRISGGALGFPVL >CIV MSISSSNVTSGFIDIATKDEIEKYMYGGKTSTAYFVRETRKATWFTQVPVSLTRANGSANFGSEWSASIS RAGDYLLYTWLRVRIPSVTLLSTNQFGANGRIRWCRNFMHNLIRECSITFNDLVAARFDHYHLDFWAAFT TPASKAVGYDNMIGNVSALIQPQPVPVAPATVSLPEADLNLPLPFFFSRDSGVALPTAALPYNEMRINFQ FHDWQRLLILDNIAAVASQTVVPVVGATSDIATAPVLHHGTVWGNYAIVSNEERRRMGCSVRDILVEQVQ TAPRHVWNPTTNDAPNYDIRFSHAIKALFFAVRNTTFSNQPSNYTTASPVITSTTVILEPSTGAFDPIHH TTLIYENTNRLNHMGSDYFSLVNPWYHAPTIPGLTGFHEYSYSLAFNEIDPMGSTNYGKLTNISIVPTAS PAAKVGAAGTGPAGSGQNFPQTFEFIVTALNNNIIRISGGALGFPVL

哈希总磷试剂安全操作及保养规程

哈希总磷试剂安全操作及保养规程哈希总磷试剂是科学实验室中常用的试剂，其作用是测定水或土壤中总磷含量。

虽然在实验室中使用这种试剂可以获得非常准确的测试结果，但使用哈希总磷试剂也存在一定的安全隐患。

下面将介绍哈希总磷试剂的安全操作及保养规程。

安全操作规程1. 佩戴相应防护装备在进行哈希总磷试剂实验时，应首先戴上手套和口罩，以避免试剂对人体造成危害。

特别是当使用浓度较高的试剂时，更需要做好个人防护工作。

2. 实验室环境清洁施加哈希总磷试剂时，应保持实验室环境的清洁整洁。

防止使用时其他材料进入试管中，造成数据偏差。

3. 认真阅读使用说明书在使用哈希总磷试剂前，必须认真阅读使用说明书。

查看试剂的搭配方式、注意事项以及反应条件等，以确保使用正确、安全。

4. 严格按照使用说明书操作在操作时，应严格按照说明书的要求操作，并注意试剂的相容性和损坏情况。

如试剂老化，应及时更换。

5. 小心操作在配制哈希总磷试剂时，应小心操作，以避免剂量过大、剂量不够等错误发生。

操作时使用毛细滴管或注射器较为安全。

6. 加量应谨慎不要贸然加大试剂剂量，应严格遵循使用说明书上标明的剂量，并按照说明书中特殊条件的要求添加试剂。

7. 小心倒液倒液应缓慢小心，防止发生液体溅出或倒出药液发生。

8. 实验后注意清洗操作完毕后，应及时清洗仪器，保证无残留。

保养规程1. 合理存储哈希总磷试剂的存储非常重要。

对于敏感试剂，应商家建议存储，避免高温高湿和阳光直射。

2. 正确使用正确使用哈希总磷试剂是保养的关键。

在保养过程中，应该严格按照使用说明书来操作，遵循试剂相容性、损坏情况等基本规则。

3. 定期更换试剂为了确保实验结果的准确性，需要定期更换新鲜的试剂，避免试剂老化和成分丧失。

4. 定期校验试剂质量对于常规使用哈希总磷试剂的实验室，需要定期进行试剂质量校验，以保证测试结果准确性。

总结在实验室中使用哈希总磷试剂是实验工作中必不可少的一部分，但是使用这种试剂时需要遵守一定的安全操作规程和保养规程，以确保人身安全和测试数据的准确性。

Clustalx 实验指南(一步一步很详细)

实验三：多条序列比对——Clustalx（一）ClustalXClustal是一种利用渐近法（progressive alignment）进行多条序列比对的软件。

即从多条序列中最相似（距离最近）的两条序列开始比对，按照各个序列在进化树上的位置，由近及远的将其它序列依次加入到最终的比对结果。

（Figure 3.1）/1.安装clustalx程序。

双击安装clustalx-2.0.12-win.msi.exe文件到自己的电脑上。

也可从/download/current/下载，列表中的倒数第二个文件。

clustalx-2.0.12-win.msiFigure 3.1 clustal 算法2.准备要比对的序列请查找至少存在于5个物种中的同源序列（核酸或蛋白质皆可），并保存为fasta格式，存为文本文件（所有的序列请粘贴到同一个文本文件中）。

选择NM、XM或NP打头的序列，不要选择NC或NW打头的序列，那是全基因组序列。

做法可参照邮箱中的preparations for practice3.doc文件。

3.打开clustalX程序开始菜单－程序－clustalX2- clustalX24.载入序列点最上方的File菜单，选择Load Sequence-选择你刚保存的序列文件，点打开。

在左侧窗口里是fasta格式序列的标识号，取自序列第一行“>”后的字符。

(Figure 3.2) 注意：ClustalX程序无法识别汉字，无法识别带空位的文件夹名，如 my document。

各位同学保存的序列文件不要保存在桌面上或带汉字的文件夹中，推荐保存在D盘根目录下。

常见文件打开错误原因：１．序列格式有问题，非正确的fasta格式。

２．文件中有序列重复粘贴。

TIPS: 想要方便识别序列所属物种，可在每条序列“>”后输入物种名，加空位即可。

EXAMPLE：原格式：>gi|262050536|ref|NM_002218.4| Homo sapiens inter-alpha (globulin) inhibitor H4 (plasma Kallikrein-sensitive glycoprotein) (ITIH4), transcript variant 1, mRNA改为：>human gi|262050536|ref|NM_002218.4| Homo sapiens inter-alpha (globulin) inhibitor H4 (plasma Kallikrein-sensitive glycoprotein) (ITIH4), transcript variant 1, mRNAFigure 3.2 载入序列5.比对参数的选择可以对两条序列比对的参数和多条序列比对的参数进行设置。

草酸溶液的正确使用方法

草酸溶液的正确使用方法草酸溶液是一种无机酸溶液，具有强酸性。

它常用于实验室中的化学分析和制备反应中。

正确使用草酸溶液可以确保实验的安全性和准确性。

以下是草酸溶液的正确使用方法的详细解释：1.安全措施：草酸溶液具有强酸性，可能对人体造成刺激和腐蚀。

因此，在使用草酸溶液时，必须采取适当的安全措施。

佩戴防护眼镜、实验室手套和实验室外套是必要的。

确保在通风良好的实验室环境下使用，避免吸入草酸溶液的蒸气。

2.储存和处理：草酸溶液应储存在密封的容器中，并放置在通风良好的地方，远离易燃物、可燃物和氧化剂。

避免与其他化合物混合。

当处理草酸溶液时，应尽量避免将其倾倒入下水道或其他排放通道中。

3.稀释：在实验中，我们经常需要调整草酸溶液的浓度。

要准确稀释草酸溶液，可以先将容器放在防洒托盘上，并逐渐加入适量的水。

要小心地、缓慢地倒入水，以避免溅溺或喷溅。

草酸溶液需缓慢加入水中，并且要用玻璃杯搅拌，以保持均匀混合。

4.酸碱中和：在一些实验中，我们需要使用草酸溶液进行酸碱中和反应。

在酸碱中和反应中，要首先正确计算所需的草酸溶液的用量，然后将其逐渐滴加到酸碱溶液中。

滴加的速度要缓慢，并且要时刻注意溶液颜色的变化，直到达到中和点。

5.溶解固体：草酸溶液也可以用于溶解固体。

在溶解固体时，首先确定所需草酸溶液的浓度和用量。

然后将草酸溶液逐渐加入到容器中的固体上，并用玻璃杯搅拌，直到固体完全溶解。

6.注意事项：在使用草酸溶液时还需要注意以下事项：-避免草酸溶液接触皮肤，如接触到皮肤或眼睛应立即用大量清水冲洗并就医。

-在实验过程中，要注意观察反应是否产生异常情况，如气体的产生或溶液的温度升高等，采取相应的措施。

-不要将草酸溶液倒入玻璃容器中，因为草酸对玻璃具有腐蚀作用。

-草酸溶液不应与易燃物品或可燃物质接触，以避免发生火灾。

总结：正确使用草酸溶液是确保实验安全性和准确性的重要步骤。

在使用草酸溶液时，必须遵循安全措施，正确储存和处理草酸溶液。

有机试剂乙酰基吡啶安全操作及保养规程

有机试剂乙酰基吡啶安全操作及保养规程1. 引言有机试剂乙酰基吡啶是化学实验室常用的有机试剂之一，广泛应用于有机合成和有机分析等领域。

为了确保工作场所的安全和操作者的健康，必须遵守安全操作规程和正确的保养措施。

本文档旨在提供有机试剂乙酰基吡啶的安全操作指南和保养规程，以帮助实验室人员正确、安全地处理和储存乙酰基吡啶。

2. 安全操作规程2.1 操作前准备在进行有机试剂乙酰基吡啶的操作之前，必须做好以下准备工作：•穿戴合适的个人防护装备，包括实验室外套、手套、护目镜和防护面罩。

•确保实验室通风良好，有足够的通风设施。

•根据实验需要准备好所需试剂和设备，并确保其完好无损。

2.2 操作过程在进行有机试剂乙酰基吡啶的操作过程中，需要遵守以下安全规定：•尽量在化学通风柜下进行操作，以避免有机溶剂的挥发。

•遵循正确的实验操作步骤和操作顺序，避免操作失误。

•注意个人卫生，避免直接接触有机试剂。

•避免有机试剂的喷溅和飞溅，尤其要注意其对眼睛和皮肤的刺激。

•不要将有机试剂乙酰基吡啶与其他试剂混合，以防发生化学反应。

•操作过程中如有异常情况或意外发生，应立即停止操作并向主管人员报告。

2.3 操作后处理在完成有机试剂乙酰基吡啶的操作后，需要做好以下处理工作：•将残余试剂按照安全规定进行处理，不得随意倾倒。

•清洗操作台面和实验器材，保持实验环境的整洁和卫生。

•妥善保存有机试剂乙酰基吡啶，按照标签上的要求进行储存。

•注意及时购买和更换过期的试剂，并核实其质量和纯度。

3. 乙酰基吡啶的保养规程3.1 储存条件乙酰基吡啶应存放在阴凉、干燥和通风良好的地方，远离火源和热源。

避免阳光直射和高温环境，以防试剂的挥发和泄漏。

3.2 包装容器乙酰基吡啶通常使用密封良好的玻璃瓶或塑料瓶进行包装。

确保瓶盖紧闭，并在瓶子上标明试剂的名称、纯度、生产日期和有效期限等信息。

3.3 质量检查定期对乙酰基吡啶进行质量检查，包括检查外观、颜色和纯度等指标。

clustalx的应用讲解

可以选择输出任意几条序列的比对打分并保存。文件形式如左图所示，默认保存在clustal所在文件夹下。
打开此文件后选择写字板显示如左图。其中五条序列相应位置上残基的比对得分在右侧显示，当五个残基完全一致时，分值为 100分；当有不同残基时，根据选择的矩阵打分方式，不同的残基种类和不同的个数，其得分也不尽相同。
➢Step4-treeview制作进化树
Dnd文件载入方式
dnd文件用treeview打开。
Treeview软件可以将多序列比对结果以进化树的形式展示，其默认前提是所有蛋白源自同一祖先。枝的长度代表进化距离。在其中两种树状图的左下角有标尺，可根据它来计算进化距离。
自动列出所有的dnd 文件，选中目标文件直接可以载入
Clustalx的工作原理
Clustalx输入多个序列快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。
邻接法(NJ)构建一个树（引导树）
根据引导树，渐进比对多个序列。
多序列比对的意义
➢ 用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个分子家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。
采取open的方式载入dnd文件：浏览dnd文件存放位置并打开
根据进化树可以分析其进化关系和进化距离。
实例操作：
Step1 clustalx的下载 Step2 执行完全序列比对 Step3 输出aln和dnd文件 Step4 treeview软件制作进化树
➢Step1 clustalx的下载
➢Step2-执行序列比对
实行序列比对操作
执行序列比对命令后的界面
EMBL-EBI < Help < Tools < Clustal Omega FAQ

氯素安全说明书

氯素安全说明书一、产品概述氯素是一种常用的消毒剂，广泛应用于水处理、医疗卫生、食品加工等领域。

本安全说明书旨在向用户提供关于氯素的安全使用方法和注意事项，以确保使用者的人身安全和环境安全。

二、安全使用方法1. 使用前请仔细阅读产品标签和说明书，了解产品的成分、性质和用途。

2. 在使用氯素时，应佩戴防护手套、口罩和护目镜，避免直接接触皮肤和眼睛。

3. 在使用氯素的过程中，应保持通风良好的工作环境，避免吸入氯素蒸气。

4. 在储存氯素时，应避免与有机物、酸性物质和可燃物接触，以防发生反应。

5. 使用氯素进行消毒时，应按照产品说明书中的建议用量和浓度进行正确配比，避免过量使用。

6. 氯素溶液使用完毕后，应妥善处理残余液体，避免对环境造成污染。

三、注意事项1. 氯素具有一定的腐蚀性，避免将其接触到金属物品或其他易受损材料上，以免造成损坏。

2. 避免将氯素溶液接触到皮肤、眼睛或口腔等敏感部位，如不慎接触，请立即用清水冲洗并就医。

3. 使用氯素时，应与其他药品、化学品严格分开存放，避免发生不可预测的化学反应。

4. 氯素具有漂白性质，避免将其接触到有色织物上，以免造成褪色。

5. 在处理氯素废液时，应按照相关法规和规定进行处理，避免对环境造成污染。

6. 如发生氯素泄漏事故，应立即采取适当的紧急措施，迅速将泄漏物清理干净，防止扩散。

四、急救措施1. 如不慎接触氯素溶液，请立即用大量清水冲洗受影响的部位，并就医进行进一步处理。

2. 如不慎吸入氯素蒸气，应迅速转移到空气新鲜处，保持呼吸道通畅，并就医进行进一步处理。

3. 如不慎误食氯素溶液，应立即漱口，并尽早就医进行进一步处理，切勿催吐。

五、储存和运输1. 氯素应储存在干燥、阴凉、通风良好的库房中，避免阳光直射和高温环境。

2. 氯素的储存区域应与易燃物、有机物和酸性物质等严格隔离，以防发生危险事故。

3. 在氯素的运输过程中，应采取防止破损、泄漏和混装的措施，确保产品安全。

clustalw2比对原理

clustalw2比对原理ClustalW2是一种广泛应用的生物信息学工具，用于进行多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA）。

其主要原理是通过比较两个或多个序列之间的相似性来确定最佳的序列对齐方式。

ClustalW2的设计旨在最大程度地提高多序列比对的速度和准确性。

鉴于输入序列的数量可能很大，因此需要使用一种快速而高效的算法来进行比对操作。

ClustalW2的比对过程大致可以分为以下几个步骤：序列导入、序列预处理、序列比对、比对结果评估和输出。

首先，序列导入阶段，用户将输入序列文件导入到ClustalW2中。

该文件可以包含两个或多个序列，以Fasta格式或其他常见格式表示。

ClustalW2支持DNA、RNA和蛋白质序列的比对。

接下来，序列预处理阶段，ClustalW2会对输入序列进行一些预处理操作，以提高比对的准确性。

例如，对于蛋白质序列，ClustalW2会进行氨基酸编码转换，将字母代码转换为数值表示。

此外，ClustalW2还会检查序列文件中是否存在非法字符或缺失的序列，并进行相应的处理。

然后，序列比对阶段，ClustalW2会使用一种称为progressive alignment的策略来进行序列比对。

这种策略首先对序列进行两两比较，然后根据比对的得分来构建一个序列树。

根据这个序列树的拓扑结构，ClustalW2计算出不同序列之间的距离矩阵，并使用该矩阵来确定序列在比对中的位置。

这个过程将不断迭代进行，直到得到最佳的序列比对结果。

在比对结果评估阶段，ClustalW2会对比对结果进行评估，以确定比对的质量。

评估的主要指标是比对得分和序列的保守性。

比对得分表示比对的质量，较高的得分表示较好的比对结果。

序列的保守性表示序列中特定位置上的氨基酸或碱基是否高度保守，即在不同物种或样本中保持一致。

ClustalW2通过比对得分和序列保守性来评估比对结果的质量。

ClustalX 软件使用简易教程

ClustalX 软件使用简易教程本帖首发于Raindy'blog，软件简介:CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。

Clustal X为进行供一个整体的环境。

序列将显示屏幕的窗口中。

采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。

主要功能：你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序；你可以选择序列子集进行比对；你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中；可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。

当前版本:1.83PS:如果你是新手或喜欢中文界面,推荐使用本人汉化的Clustalx 1.81版链接地址:/index.php?Go=Show::List&ID=7435 (请应用:Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提实例：植物呼肠孤病毒属外层衣壳蛋白P8(AA序列)为例流程：载入序列�D>编辑序列�D>设置参数�D>完全比对�D>比对结果1.载入序列：运行ClustalX，主界面窗口如下所图（图1），依次在程序上方Sequence”载入待比对的序列，如图2所示，如果当前已载入序列，此时会提示是sequences)，根据具体情形选择操作。

图 1 图2 2.编辑序列：对标尺(Ruler)上方的序列进行编辑操作，主要有Cut sequences(剪切序列)、贴)、Select All sequences(选定所有序列)，Clear sequence Selection(清除序列选定)、Sear字串)、Remove All gaps(移除序列空位)、Remove Gap-Only Columns(仅移除选定序列的空位) 图 3 3.参数设置：可以根据分析要求设置相对的比对参数。

通常情况下，我们可以使用默认参数个，分别是Reset New Gaps before Alignment(比对前重置新的空位参数)，Reset All Gaps be对前重置所有空位参数），Pairwise Alignment Parameters（两两序列比对参数），Multiple Al（多重序列比对参数），Protein Gap Parameters（蛋白空位参数），Secondary structure Pa参数），如图4所示：图4 修改参数只需点击相应标签，示例比对的是多序列比对，故可选择“Multiple Alignment Pa设置窗口，如图5所示：感谢您的阅读，祝您生活愉快。