Diamond基础操作指南(大全)

Diamond基础操作手册
Crystal Impact Diamond是一款分子和晶体结构可视化软件。

Diamond整合了丰硕的功能，能够简化处置晶体结构数据冗长的工作，不仅适用于研究和教学，同时也能够应用与出版和作报告。

(1) 双击diamond快捷方式，进入主程序。

打开数据.cif文件，程序将显现一系列对话框，可一直点击“下一步”，明白有“完成”显现，点击“完成”，如再有对话框显现仍点击“完成”，程序进入结构图编辑页面。

(2) 在做图之前，第一点击修改键长按钮，显现键长对话框，将不可能成键的原子组去掉（如Cd-C Cd-H），并依照已知键长范围设定原子组，如以下图Cd-O 键最大值约在，因此将运算机默许值由改成。

(3) 选择添加不对称单元原子按钮，将在屏幕上显现该配合物一个不对称单元中的原子（未键连）。

(4) 在Build菜单中找到Filter，单击显现对话框，在该对话框中，原子前假设挑钩那么表示其在屏幕中会正常显示出来。

若是不挑钩那么表示该原子被过滤掉，将不显示出来。

在配合物的结构图中一样H原子不需要显示出来，因此咱们将H 原子的钩去掉。

(5)配位环境图的绘制。

选择屏幕左下方的连接原子按钮，将(3)中孤立的原子连接起来。

由于配位环境图的绘制需要补全与金属离子键合的所有分子，因此利用补全配位模式按钮，将另外两个三唑长出来。

关于配位环境图中的非碳原子需标出原子序号，方式为鼠标左键单击要编号原子，然后选择屏幕下方的原子标号按钮。

若是关于程序直接给出的原子标号字体大小不中意，能够鼠标左键双击原子
标号进入原子标号设定对话框进行设定。

注意对后长出来的与金属离子直接相连的原子需要依照该原子的对称操作符号（与.txt文件中的对称操作对应）给出相应的对称操作记号。

如N2的对称操作为x,-y+1/2,z+1/2 在.txt文件中对应的操作码符号为#1，那么该原子在标注时为N2A。

(6) 原子颜色与键长的修改，在picture菜单下的Atom Design 和Bond Design选项。

(7) 在画配合物的高维结构图的时候，需要利用补全原子配位模式按钮使配合物骨架不断生长，为幸免程序反映过慢，请将屏幕下方的Representation settings中的Rendering前的对钩去掉。

(8) 将(7)中无序的平面图依照必然的排列规那么裁剪出来。

（利用鼠标左键选择与键盘Delete键配合）其中坐标系与文字说明部份可别离通过双击打开相应付话框进行编辑。

(10) 利用图像旋转移动按钮，将配合物骨架图调整到易于观看的方向。

(11) 选择File 菜单下的save as 保留图片。

注意：需要同时通过save structure as 和save graphics as保留diamond和gif两种格式的文件。