Oligo_6.44_引物设计

Oligo 6.44 使用说明
主要功能：专门的引物设计软件Oligo 6.44 启动界面
3个弹出窗口
用Oligo 设计引物时的3个标准
Tm 值曲线以选取5’到3’的下降形状有利于引物引发聚合反应。

Frq 曲线宜选用3’端Frq 值相对较低的片段。

ΔG 值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低
选中引物
引物分析
首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。

二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。

第三项检查为GC 含量，以45-55％为宜。

Search for primer using Oligo 6.44
随机引物
适用于长的或具有发卡结构的RNA。

适用于rRNA、mRNA、tRNA 等所有RNA的反转录反应。

主要用于单一模板的RT-PCR反应。

Oligo dT
适用于具有PolyA尾巴的RNA。

（原核生物的RNA、真核生物的 Oligo dT rRNA和tRNA不具有PolyA尾巴。

）由于Oligo dT要结合到PolyA 尾巴上，所以对RNA样品的质量要求较高，即使有少量降解也会使全长cDNA合成量大大减少。

PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致，或大或小，或者同时出现特异
性扩增带与非特异性扩增带。

4. 操作多份样品时，制备反应混合液，先将dNTP、缓冲液、引物和酶混合好，然后分装，这样即可以减少操作，避免污染，又可以增加反应的精确度；
5. 最后加入反应模板，加入后盖紧反应管。