【群体遗传】遗传分化一些基本概念

【群体遗传】遗传分化⼀些基本概念
群体遗传学中衡量群体间分化程度的指标有很多种，最常⽤的就是Fst指数。

Fst指数，由F统计量演变⽽来。

F统计量（FIS，FIF，FST）主要有三种。

Fst是针对⼀对等位基因，如果基因座上存在复等位基因，则需要⽤Gst衡量，基因差异分化系数（gene differentiation coefficient，Gst）。

假定有s个地⽅群体，第k个地⽅群体相对⼤⼩为wk，第k个地⽅群体中第i个等位基因频率为qk(i)，杂合体频率观察值为hk，那么整个群体中观察到的杂合体频率平均值HI，地⽅群体为理想群体的期望杂合体频率平均值HS，整个群体为理想群体的期望杂合体频率HT，分别为：
FIS，是HI相对于HS减少量的⽐值，即地⽅群体的平均近交系数。

FST，是HS相对于HT减少量的⽐值，即有亲缘关系地⽅群体间的平均近交系数。

FIT，是HI相对于HT减少量的⽐值，即整个群体的平均近交系数。

三者在数量上的关系
从配⼦间亲缘关系⾓度分析，FST和FIT分别相当于地⽅群体和整个群体中携带的⼀对等位基因是同源的概率，⽽FST是从两个地⽅群体中任意抽取的两个配⼦是同源的概率。

从两个地⽅群体中任意抽取的两个配⼦是同源的概率⼤，表明两个地⽅群体的遗传组成相似，分化程度低；反义，分化程度⾼。

FST取值范围[0,1],最⼤值为1，表明等位基因在各地⽅群体中固定，完全分化；最⼩值为0，意味着不同地⽅群体遗传结构完全⼀致，群体间没有分化。

Fst值分析遗传分化
Wright建议，实际研究中，FST为0～0.05:群体间遗传分化很⼩，可以不考虑；
FST为0.05～0.15，群体间存在中等程度的遗传分化；
FST为0.15~0.25，群体间遗传分化较⼤；
FST为0.25以上，群体间有很⼤的遗传分化。