上海交通大学医学院2012级研究生 文献导读JCI38263.v2
盐酸埃克替尼治疗表皮生长因子受体突变的晚期非小细胞肺癌的疗效观察
参考文献1李晓华,李俊,马廉亭,等.双微导管技术在颅内动脉瘤栓塞中的应用研究[J ].临床外科杂志,2008,16(4):253-254.2王志刚,丁璇,王成伟,等.血管内栓塞治疗颅内动脉瘤复发的临床因素分析[J ].实用放射学杂志,2008,24(4):543-545.3朱旭成,魏建军,张扬,等.Neuroform 支架在颅内宽颈动脉瘤中的应用(附20例临床报告)[J ].临床神经外科杂志,2009,6(4):194-195.4Yahia AM ,Gordon V ,Whapham J ,et -plications of neuroform stent in endovascular treatment of intracranial aneurysms [J ].Neu-rocrit Care ,2008,8(1):19-30.5彭亚,宣井岗,杨伊林,等.双微导管技术在颅内宽颈动脉瘤血管内治疗中的应用[J ].中国脑血管病杂志,2009,6(7):371-372.6于嘉,高国栋,于耀宇,等.微导管重塑瘤颈在颅内宽颈动脉瘤栓塞中的应用[J ].中国脑血管病杂志,2009,6(11):593-595.7王祝峰,赵振伟,高国栋,等.Neuroform 支架或球囊瘤颈重塑辅助弹簧圈栓塞颅内宽颈动脉瘤[J ].中国脑血管病杂志,2009,6(5):239-243.8温宏峰,赵春霞,李继来,等.双微导管技术栓塞颅内宽颈不规则动脉瘤[J ].介入放射学杂志,2012,21(11):890-891.9孟雷,栾立明,许尚臣,等.蛛网膜下腔出血急性期采用双微导管技术治疗破裂性宽颈动脉瘤(附21例报道)[J ].中国急救医学,2011,31(6):566-568.10赵继明,纪霞.颅内宽颈动脉瘤的血管内介入治疗[J ].医学影像学杂志,2011,21(7):951-953.11Biondi A ,Janardhan V ,Katz JM ,et al.Neuro-form stent -assisted coil embolization of wide neck intracranial :strategies in stent deploy-ment and midterm follow -up [J ].Neuro-surgery ,2007,61(3):460-469.12哈文波,崔立山,宿鹏飞,等.老年颅内动脉瘤破裂急性期血管内栓塞治疗[J ].中国老年学杂志,2010,30(8):1043-1045.13Brinjikji W ,Lanzino G ,Cloft HJ ,et al.Endo-vascular treatment of very small (3mm or smaller )intracranial aneurysms :report of a consecutive series and a meta -analysis [J ].Stroke ,2010,41(1):116-121.14于加省,何跃,陈如东,等.颅内动脉瘤栓塞术中破裂的原因分析与防治[J ].中华神经外科疾病研究杂志,2010,10(4):356-357.15张占伟,喻坚柏,罗刚.LEO 自膨式支架在治疗颅内宽颈小动脉瘤中的应用(附18例报告)[J ].中国临床神经外科杂志,2010,15(1):6-7.(收稿日期:2013-06-10;修回日期:2013-10-15)(本文编辑:刘莉)·短篇论著·盐酸埃克替尼治疗表皮生长因子受体突变的晚期非小细胞肺癌的疗效观察苏晓妹,刘桢,朱亚杰,刘焕义,赵振国,张涛作者单位:610083四川省成都市,中国人民解放军成都军区总医院肿瘤诊治中心通讯作者:张涛,610083四川省成都市,中国人民解放军成都军区总医院肿瘤诊治中心;E -mail :zhangtaO269@【摘要】目的观察盐酸埃克替尼治疗表皮生长因子受体(EGFR)突变的非小细胞肺癌(NSCLC )患者的疗效、无疾病进展生存期(PFS )及不良反应。
一种新型的动态心电数据存储器设计
一种新型的动态心电数据存储器设计
马健;陆为民
【期刊名称】《中国医学装备》
【年(卷),期】2010(007)003
【摘要】设计了一种基于SD卡的动态心电数据存储器.本存储器由四个模块组成,心电采集模块完成心电数据的采集、SD记忆卡读写模块可以实现大容量心电数据的暂存,模数转换模块实现模拟心电信号的数字化,LCD显示模块可用来显示系统菜单和状态信息.主机与各模块之间的数据传输通过两种总线协议串行外同设备接口SPI总线和内部集成电路I2C总线实现,并给出了部分接口电路.本心电数据存储器具有很好的稳定性,但干扰性能强、具有长达30 d的存储能力.
【总页数】3页(P8-10)
【作者】马健;陆为民
【作者单位】上海市江湾医院设备科,上海,200434;武警上海市总队医院,上
海,200000
【正文语种】中文
【中图分类】TH772
【相关文献】
1.一种新型非易失性存储器——相变存储器 [J], 王磊;徐国敬;任伯群
2.基于SD卡的动态心电数据存储器的研究 [J], 陆为民
3.一种新型存储器件-磁电存储器 [J], 高宗义
4.一种新型存储器件——磁电存储器 [J], 黄征;庄弈琪
5.一种多核DSP的动态存储器分配设计方法 [J], 孟思远;刘建;奚杰;陈杰
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上海交通大学医学院17项成果获08年度市科技奖
上海交通大学医学院17项成果获08年度市科技奖
佚名
【期刊名称】《上海交通大学学报:医学版》
【年(卷),期】2009(29)3
【总页数】1页(P345-345)
【关键词】上海交通大学;交通部第一交通大学;医学院;医学院校
【正文语种】中文
【中图分类】R
【相关文献】
1.上海交通大学医学院4项成果获中华医学科技奖 [J],
2.上海交通大学医学院17项科研成果荣获2020年度上海医学科技奖 [J], 无
3.上海交通大学医学院7项成果获2017年度高等学校科学研究优秀成果奖 [J],
4.上海交通大学医学院附属瑞金医院刘琰团队荣获2020年度上海医学科技奖一等奖 [J],
5.2015年度(第十四届)上海医学科技奖上海交通大学医学院获奖名单 [J],
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纤维蛋白基生物医用材料
胱氨酸与 α 链上的第 5 位半胱氨酸相连,由此形成半 胱氨酸二硫环的环状结构,从而使 α、β、γ 3 条肽链的 中部联系在一起。这 α、β、γ 3 条链形成绳索状的螺旋 区,极性在外侧,非极性向内转,在 C- 末端,β 和 γ 链有 高度折叠,而 α 链则伸展疏开。这样的结构很容易被 纤溶酶切除。 1.2 纤维蛋白原的功能
134 × 103;β 链 的 氨 基 酸 为 922 个,相 对 分 子 质 量 为 112 × 103;γ 链 的 氨 基 酸 为 822 个,相 对 分 子 质 量 为 94 × 103。分子中有 29 个二硫键,其中有 3 个二硫桥 (-S-S-)。这 3 个二硫桥将纤维蛋白原的两组 α、β、γ 亚 基连接为一个整体,而其余 2×13 个二硫键在每组亚基 中出现 1 次。β 链 C- 末端与 γ 链 N- 末端有结合的糖 分子,6 个 N- 末端几乎均聚集在一起,构成纤维蛋白原 结构的中心区,此外二硫键最多。为直观起见,引述王 中枢 [3] 的半个血纤维蛋白原结构模式简图(图 1)。该 图示人血纤维蛋白原二聚体结构的一半,二聚体之间
维蛋白粉末黏结后作为小血管出血的止血剂 [5]。Matrash(1972)首次采用冷沉淀技术,不仅大大提高了人
·190·
Chinese Journal of Reparative and Reconstructive Surgery, February 2008, Vol. 22, No.2
纤维蛋白原制品的浓度,而且加入牛凝血酶和ⅩⅢ 因 子后制成了早期的纤维蛋白生物胶 [6]。随后在上世纪 80 年代由奥地利 Immuno 公司将其商品化,制成可吸 收性生物止血胶,并在欧洲市场迅速推广。总结 20 多 年来的临床应用,纤维蛋白胶不仅在心血管外科、普通 外科、骨科、整形外科、神经外科、胸外科、妇产科、口腔 科以及耳鼻喉科等几十个领域内广泛应用,而且临床 应用的患者已超过百万例 [7-8]。我国早在上世纪 80 年 代初,卫生部上海生物制品研究所率先从人血中提取 纤维蛋白,并研制出医用纤维蛋白黏合剂,同时在临床 应用中也取得了较好的效果,可与进口产品媲美 。 [9-10] 1994 年,广州倍特生物技术有限公司以哺乳类动物的 血液为原料,成功研制出动物源纤维蛋白,并组合成生 物纤维蛋白胶,也广泛应用于临床,得到国内医学界的 认同;10 多年来,数万例临床应用证明其效果优良 [11]。 2007 年 5 月 15 日,美国 FDA 批准了由以色列 OMRIX 生物制药有限公司申报的商品名为 Evicel 的纤维蛋白 黏合剂 [12],该产品以混合人血浆为原料,由纤维蛋白 原浓缩剂和凝血酶组成。在 147 例患者的关键性研究 中,接受 Evicel 治疗的 83% 患者在 4 min 内止血,而对 照组仅有 39.7%。FDA 生物制品评价与研究中心主任 Jesse Goodman 认为,“当缝合、压迫或其他标准技术无 效或不可行时,Evicel 为阻止血管外科手术期间细小 血管的渗血提供了一种有效方式。”因此,FDA 批准它 为局部控制细小血管渗血的液态产品。
生物大分子的三维空间结构数据库比...
上海交通大学硕士学位论文基于基因本体论的整合生物信息学数据仓库研究姓名:***申请学位级别:硕士专业:生物医学工程指导教师:骆建华;李亦学20031201基于基因本体论的整合生物信息学数据仓库研究 摘 要 近年来随着快速序列测定多维核磁共振人工智能等技术的应用生物学实验数据呈爆炸趋势增长处理和传输成为可能后基因组时代蛋白质组水平上的生物学数据的有机整合是生物信息技术发展的关键因素形成统一的用户使用界面以及智能化的多重将为我国功能基因组研究基于生物信息学数据库的研究现状高效地从中获取高质量的生物学数据采用数据仓库技术开发了一个异构的生物信息学数据整合平台并在此基础之上开发了一个语义相似性查询工具复合和交叉检索在BioDW中引进了基因本体论作为数据整合的工具形成了共同的基于基因本体论的生物信息数据描述标准通过数据格式转换工具将多种异构的将各个数据源之间的交叉链接关系整合在DBREF数据库关系表中提供了多种数据查询的方法使之便于生物学家进行数据查询和数据挖掘设计了一套数据自动更新的方法并生成相应的索引结构本文的主要创新点主要有采用基因本体论的方法对各种异构生物数据进行数据整合从而形成一个有机的整体2所描述工作的基础上提供了一种面向基因产物注释信息的查询途径关键词生物信息学数据整合语义相似性 RESEARCH ON INTEGRATED BIOINFORMATICSDATA WAREHOUSE BASED ON GENE ONTOLOGYABSTRACTIn recent years, with the application of the technology of DNA sequencing, gene reorganization, multi-dimension NMR, synchronization radiation and AI, and the finishing of the Human Genome Project (HGP), the data generated from the biological experiments are explored. At the same time with the development of computer science and Internet technology, it becomes possible to store, process and transform the large-scale data. Development of bioinformatics is based on the growing of database technology. In post genome age, it is the key factor for bioinformatics technology development whether bioinformatics integration at the level of genome and proteome and bioinformatics data warehouse technology is mature. To parse many heterogeneous biological databases technically and to move them to a individual coherent database management system, then to build a uniform interface, and last to integrate bioinformatics data organically and to realize a intellectualized, complex and cross query function and data sharing based high capability computing grid, it will offer a information technology support for genome research and medication development of our nation.According to the present condition of bioinformatics database, we wantto utilize such many heterogeneous bioinformatics resources, to obtain efficiently bio data, and to develop a bioinformatics data integrated platform based on the biological data internality character using data warehouse technology. Further more, we designed a semantic similarity research tool torealize intellectualized, multiplex, crossed query.This paper contents several points as following: (1) We have introduced Gene Ontology as a tool to integrate data according which to build relationships between data with biological meaning. It forms a bioinformatics describing standard based on Gene Ontology. And we also use it to development a semantic similarity query tools based on information contents.(2) A universal Extract, Transform and Load (ETL) tool named XBDETL is created to transform various formatted bio-data into certain BioDW relational tables directly; (3) To store relationship between each resource to a relation table named DBREF, which we can use to query all entries from current one.(4) To offer many data query way, for expediently obtain all kind of needed information. (5) To design a set of method to auto update data, for resolving problem about maintaining difficultly which using data warehouse brought.There are two innovative points in this paper: 1) Integrated heterogeneous biological data using Gene Ontology. We relate many bioinformatics databases to Gene Ontology through DB2GO table to realize biological data semantic integration. 2) Based the work as 1) describe, to realize semantic similarity research function based on Gene Ontology. We offer a query method with gene products annotation information. This will be more convenient for biologists’ work to query and data mining.KEY WORDS bioinformatics, data warehouse, data integration, geneontology, semantic similarity上海交通大学学位论文原创性声明本人郑重声明是本人在导师的指导下除文中已经注明引用的内容外对本文的研究做出重要贡献的个人和集体本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担张永立日期上海交通大学学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版本人授权上海交通大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文 本学位论文属于 不保密请在以上方框内打 学位论文作者签名骆建华 日期2004年03月15日上海交通大学硕士学位论文第一章 绪论提要 从课题产生的背景出发针对当前数据库的数据来源以及功能的不同并简要分析了存在的局限性和不足阐述了本论文的主要研究内容和创新之处1 课题的背景 20世纪90年代以来使得每年所发表的有关核酸序列图1-1½öµÇ¼ÔÚÃÀ¹úGenBank 131.0数据库[1-4]中的DNA序列已达18119条统计到2002年8月15日目前SWISS-PROT 40.28数据库[5-9]中的记录已达114ÆäÖÐ18统计到2002年9月10日整理出来的数据库已达500余个1 GenBank中的核酸序列及PDB中的结构数据增长的曲线Figure 1-1 Growth curve of DNA sequences in GenBank and number of structures in PDB第一章绪论这一切构成了一个生物学数据的海洋在人类的科学研究历史中是空前的并不等于信息和知识关键在于对这些巨大而又极其复杂的生物数据进行有效的管理从中发现新的规律生物信息学是一门交叉科学处理分发它综合运用数学来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义数学与计算机技术则是它的基本工具[11]它更是一种重要的研究开发工具ËüÊÇÒ»ÃÅÑо¿ÉúÎïºÍÉúÎïÏà¹ØϵͳÖÐÐÅÏ¢ÄÚÈݺÍÐÅÏ¢Á÷ÏòµÄ×ÛºÏϵͳ¿ÆѧÎÒÃDzÅÄÜ´ÓÖÚ¶à·ÖÉ¢µÄÉúÎïѧ¹Û²âÊý¾ÝÖлñµÃ¶ÔÉúÃüÔËÐлúÖƵÄÏêϸºÍϵͳµÄÀí½âϸ°û¼äµÄÈ«²¿ÐźÅתµ¼¹ý³Ì´Ó¹¤¾ßµÄ½Ç¶ÈÀ´½²Ò½Ò©ÔÚÐòÁгʱ¬Õ¨ÐÔÔö³¤µÄʱ´úÖ»Óиù¾ÝÒÔÍù»ýÀÛµÄÊý¾ÝºÍ¾-ÑéÕÒµ½Ó¦µ±ÓÉʵÑé¾ö¶ÏµÄÎÊÌâ½ÚÊ¡ÈËÁ¦ºÍÎïÁ¦[12]今后生物学研究项目的起点将是理论的然后才转向实验去继续或检验该假设只有基于生物信息学对大量已有数据资料的分析处理所提供的理论指导和分析同样我们才能正确处理和评价新的观测数据并得到准确的结论1°üÀ¨´ó¹æÄ£»ùÒò×é²âÐòÖеÄÐÅÏ¢·ÖÎö·Ç±àÂëÇø·ÖÎöºÍDNA语言研究及分子进化和比较基因组学等内容基因表达的信息学不同的组织中基因的表达谱来研究基因表达中的群聚关系进而从整体上掌握细胞内全部互相耦合的生化反应生物上海交通大学硕士学位论文大分子的结构信息学通过蛋白质结构的预测和理论模拟同时为蛋白质的改造和基于受体结构的药物分子设计提供依据这是生物信息学的最重要的支持条件如果没有发达可靠的数据库系统是无法将这些数据科学管理和充分利用的发布在国际互联网的数据库可以同时为全球各地的研究者访问现有的数据库一般可以分为核酸序列数据库有时也把有经验的研究者人工校对过的数据库单独分类这些数据库是分子生物学的基础资源包括了比如GenBank这三个数据库也是生物信息学研究中分别由美国国立卫生研究院国家生物技术中心(NCBI, National Center for Biotechnology Information)(2) 蛋白质序列数据库是美国华盛顿的乔治城大学全国生物医学研究基金会(NBRF)简称JIPID)和德国的慕尼黑蛋白质序列信息中心(Munich Information Center for Protein SequencesÁíÒ»¸öÖøÃûµÄµ°°×ÖÊÐòÁÐÊý¾Ý¿â¾ÍÊÇSWISS-PROTÒ»²¿·ÖÊÇÓÉר¼Ò½øÐÐÈ˹¤Ð£¶ÔºÍ±êʶ½¨Á¢µÄSWISS-PROTÖÊÁ¿ºÍ¿É¿¿ÐԷdz£¸ß这一部分数据是通过EMBL的数据用计算机方法直接翻译的作为SWISS-PROT的补充第一章绪论(3) 生物大分子的三维空间结构数据库核酸和糖的三维结构现在由结构生物学合作研究协会(RCSB, Research Collaboratory for Structural Bioinformatics)管理的但是由于其不盈利性为这些数据库接收的数据一般都有很高的可靠性这些数据库的数据一般都比较完整但与此同时比如数据冗余较多一般生物研究者难以直接利用2 论文的目的和意义 基因组研究的迅猛发展带来了生物学数据的迅速膨胀处理信息科学信息科学技术使得处理这些海量的生物学数据成为可能后基因组时代蛋白质组水平上的生物学数据的有机整合是生物信息技术发展的关键因素形成统一的用户使用界面以及智能化的多重将为我国功能基因组研究因此满足我国生物信息技术发展的需求在现有的生物学数据库的基础上加快数据的查询和更新速度及开发配置相应的数据信息处理软件旨在实现基于基因本体论的生物数据的整合另一方面完善了我国生物信息数据库体系可与世界现有常用生物信息学数据库体系接轨的上海交通大学硕士学位论文据注释内容扩展的数据管理此外为生物数据的查询提供了新的途径和方法1已有一些工作和商业化的产品英国的SRS[32,33]ÃÀ¹úNCBI的Entrez[35, 36, 37]瑞士的蛋白质知识库ExPASy[39, 40, 41]加拿大的人类基因组联邦数据库GDB[45, 46, 47]等所有这些数据库体系在生物信息数据的整合上采取的方法都是建立分散在不同的异构数据库中的数据之间的简单链接不能实现智能化的多重更没有实现与高性能计算网格的无缝连接生物学家常常为了比较但是由于这些数据库固有的差异性给生物学家带来了不便(1) 数据存储类别不同存储不同的数据类别DNA序列信息存储在GenBank中还有各种不同的典型数据病毒特征微排列数据和蛋白质相互作用不同的数据源采用不同的数据模型在不同的系统中文本文件如SWISS-PROTÈçAceDB[51](3) 数据表达不同结构上的不同是指无论数据模型和数据结构都不相同或者不同的术语表达了相同的意思第一章绪论(4) 数据源独立性每个数据源都是独立的并且可以不经过任何其他的数据源的同意删除(5) 数据查询方式不同并且拥有自己独立的查询方式针对于有限的几个字段进行相应的查询国外发展的较快MDS ProteomicsרߺÔð½¨ÉèÒ»¸öÏòËùÓÐѧÕßÃâ·Ñ¿ª·ÅµÄÔÚÏ߿Ƽ¼×ÊÁÏÐÅÏ¢½»Á÷¿â¹©¸÷¹ú¿Æѧ¼ÒÃÇʹÓÃÕâ¼Ò¹«Ë¾½«´Ó¿Æ¼¼ÆÚ¿¯ÎñÇó°ÑÕâÒ»ÔÚÏßÊý¾Ý¿â½¨³ÉÑо¿ÈËÀàºÍÆäËüÉúÎïÌåµ°°×ÖʵĽ»»¥×÷ÓõÄÏÂÒ»²½ÔòתÏò×ÅÖØËѼ¯ºÍÕûÀí×îеÄÈËÀà»ùÒòÃÜÂëÆÆÒë³É¹û¿ª·¢ºÍÑÐÖÆÐÂÒ©ÕâЩµ°°×ÖÊÔÚÈËÌåÖи÷ÓÐÆ书ÄÜÒÅ´«»ùÒòÈç¹û·¢Éú´íÎóÒò´Ë¿Æѧ¼ÒÃǾÍÓпÉÄÜÕÒµ½ÖÎÁƼ²²¡µÄз½·¨ÓëÐÂÒ©Îï¹úÄÚ·½ÃæµÄÒѾ-³öÏÖÁ˲»ÉÙµÄÉúÎï¿ÆѧÍøÕ¾Èç/ÉúÎï¿Æ¼¼µÄÊý¾Ý¿âÊýÁ¿ÉϺÜÉÙûÓÐ×ÔÖ÷֪ʶ²úȨµÄÉúÎïÐÅÏ¢Êý¾Ý²Ö¿âÌåϵºÍרҵµÄÉúÎïÐÅÏ¢ËÑË÷ÒýÇæϵͳ²éѯºÍ·ÖÎö·½Ãæ»ù±¾ÒÀÀµÓÚ¹úÍâµÄ¹«¹²ÉúÎïÐÅÏ¢Êý¾Ý¿âÒÔ¼°Èô¸ÉÉúÎïÐÅÏ¢Êý¾Ý²Ö¿âÌåϵSRS上海交通大学硕士学位论文Google等随着功能基因组研究的深入借助于国外的生物信息数据仓库体系极其不便由于历史的原因1我们利用众多异构的生物信息数据库的资源并根据生物信息学数据本身的特点BioDWÕûÌå¿ò¼ÜÈçͼ1-2所示 在BioDW系统中引进了基因本体论简称GO²¢ÇÒͨ¹ý½¨Á¢DB2GO数据库关系表形成了共同的基于基因本体论的生物信息数据描述标准 通过数据格式转换工具将多种异构的从而实现将各种数据源的数据统一转换为关系数据库的数据模式 将各个数据源之间的交叉链接关系统一存储在DBREF数据库关系表中第一章绪论 提供了多种数据查询的方法 设计了一套数据自动更新的方法主要创新点 (1) 采用基因本体论的方法对各种异构生物数据进行数据整合从而形成一个有机的整体因此不但增加了数据与数据之间的联系(2) 在所述工作的基础上提供了一种面向基因产物注释信息的查询途径更加方便了生物研究者的数据查询和数据挖掘工作Figure 1-2 Framework of the thesis上海交通大学硕士学位论文第二章 数据收集和整合工具 提要 从生物数据的本身的特点出发对数据进行了分类;并详细介绍了数据整合的工具数据仓库的概念并肯定了它在生物信息学数据整合当中的重要作用简要分析基因本体论在生物学上的意义以及在本课题研究当中所发挥的重大价值目前而模式生物的生物学数据在不同层次上的整合和数据挖掘已经成为功能基因组学研究的基本需求我们从在国际上比较权威的几个数据库中,比如GenBank InterPro[53]和KEGG[54]等进行信息整合后构建数据仓库蛋白和生化代谢途径等不同层次数据和知识的整合模式生物的信息在目前可分为两种已形成专有的数据库线虫等只要将已有的数据库进行复制经过注释的序列信息已放入GenBankÒ²¿Éͨ¹ýÏÂÔØ»ñµÃҪͨ¹ý¸÷ÖÖÊý¾Ý¿âÈ»ºó¹¹½¨¸÷¸öģʽÉúÎïµÄÊý¾Ý¿â¹¹½¨ÒÔ»ùÒò±¾ÌåÂÛΪ»ù´¡µÄ»ùÒò×¢Êͱê×¼´óÁ¿ÓëÈËÀà×ÔÉíÏà¹ØµÄÉúÎïÐÅÏ¢Êý¾ÝÒò´ËÎÒÃÇ第二章数据收集和整合工具将希望从NCBI以及其它数据库提供者处获得尽可能完整的人类生物学经过解析Human BiologicalDatabase¿ÉÒÔ¹¹½¨ÒÑÓеÄÕæºËģʽÉúÎïÊý¾Ý¿â¿ÉÓÃÓÚ¹¹½¨¹ØÓÚFugu鱼的注释信息库[55]ΪÁË·½±ãµØ´ÓÐíÐí¶à¶à²»Í¬µÄÒì¹¹µÄÊý¾Ý¿âÖлñÈ¡Êý¾ÝºÍ½øÐÐÊý¾ÝÕûºÏÒÔ±ãÓÚ½«ÆäËüÊý¾Ý¸ñʽµÄÊý¾Ýµ¼ÈëÎÒÃÇ×Ô¼ºµÄÊý¾Ý¿â»¹ÎªËùÓÐÕâЩÕæºËÉúÎïÖƶ¨¸ü¼ÓͳһµÄÊý¾Ý¸ñʽ表2-1 真核模式生物组织列表 Table 2-1 A list of strategic eukaryotic model organismsType OrganismsPlants Arabidopsis thalianaOryza sativa (rice)Zea mays (corn)Hordeum vulgare (barley) Triticum aestivum (bread wheat)Animals, InvertebratesCaenorhabditis elegans (worm)Drosophila melanogaster (fly)Animals, Vertebrates Danio rerio (zebrafish)Mus musculus (mouse) Homo sapiens (human) Rattus norvegicus (rat) Xenopus laevis (frog) Takifugu rubripes (pufferfish)Lower eukaryotes Dictyostelium discoideum (slime molde)上海交通大学硕士学位论文Saccharomyces cerevisiaeSchizosaccharomyces pombe2.1.2 原核模式生物数据库的资源选择对于原核生物因此可以更加方便构建原核生物数据库根据NCBI所提交数据显示我们可以选择那些我国生物研究人员感兴趣的原核生物来构建各种原核生物的数据库表 2-2 原核模式生物组织列表 Table 2-2 A list of strategic pronucleus model organismsData Content Data ResourcesGenetic Map Data genome projectGenome Sequence Data NCBI, collaboratorsNucleotide Data NCBIMetabolic Pathway Data WIT, KEGG, SoyBaseProtein Data (Licence from SWISS-PROT)Taxonomy Gene Ontology, NCBI public data Protein Family, Motifs and Domains PFam, PROSITEMicroarray Data (collaborating labs)Protein 3D Structure Data PDB(Licence from PubMed andLiterature DataResearchIndex, NEC)前面描述了我们所要收集的数据目的是在我们搭建完数据仓库平台后通过物化试图的方法下面我们首先介绍数据整合工具数据仓库的概念第二章数据收集和整合工具2.2 数据整合工具数据仓库当前随着计算机信息系统在全球范围内的广泛应用这些历史数据是一笔宝贵的财富我们可以研究过去的经营状况发现和挖掘可以改进的地方并为制订计划数据仓库作为一种高效地解决数据使用的技术随着信息技术应用逐步从传统操作层面上升到信息和分析决策层面第四代语言的发展产生的冲击数据仓库技术的出现数据仓库的主要设计思想就是将分析决策所需的大量数据从传统的操作环境中分离出来难于访问的操作数据转换成集中统一下面我们来介绍数据仓库的概念及其特征用来存放大容量的只读数据数据仓库是与操作型系统相分离的带有时间属性的William H. Inmon在他的书里把数据仓库定义为一个面向主题的随时间变化的非易失性数据的集合数据仓库具有如下四个特上海交通大学硕士学位论文征什么是主题呢主题是一个抽象的概念归类并进行分析利用的抽象它是对应企业中某一宏观分析领域所涉及的分析对象就是在较高层次上对分析对象的数据的一个完整能完整以及数据之间的联系是指按照主题进行数据组织的方式具有更高的数据抽象级别目前数据仓库仍是采用关系数据库技术来实现的因此需要将它们提高到一个更高的抽象层次上来理解(2) 数据仓库的数据是集成的要进行加工集成然而操作型数据与DSS分析型数据之间差别甚大数据仓库的每一个主题所对应的源数据在原有的各分散数据库中有许多重复和不一致的地方第二因此在数据进入数据仓库之前这一步是数据仓库建设中最关键所要完成的工作有如字段的同名异义单位不统一等等数据仓库中的数据综合工作可以在从原有数据库抽取数据时生成即是在进入数据仓库以后进行综合生成的Non-volatile¶ø²»ÊÇÁª»ú第二章数据收集和整合工具数据所涉及的数据操作主要是数据查询因此数据进入数据仓库后极少更新或不更新数据仓库中的数据不可更新是针对应用来说的数据仓库的用户进行分析处理时是不进行数据更新操作的在从数据集成输入数据仓库开始到最终被删除的整个数据生存周期中数据仓库的数据是随时间变化不断变化的这一特征表现在以下三方面数据仓库系统必须不断捕捉OLTP数据库中变化的数据也就是要不断地生成OLTP 数据库的快照但对于每次的数据库快照确实是不再变化的只不过又生成一个数据库的快照增加进去n 数据仓库随时间变化不断删去旧的数据内容一旦超过了这一期限只是数据仓库内的数据时限要远远长于操作型环境中的数据时限90天的数据5n 数据仓库中包含有大量的综合数据如数据经常按照时间段进行综合这些数据要随时间的变化不断地进行重新综合数据仓库的码键都包含时间项 运行数据系统和数据仓库信息系统具有大量的相对立的特征上海交通大学硕士学位论文表2-2 数据仓库与运行系统比较 Table 2-2 A list of compare between data warehouse and running system数据仓库系统运行系统管理层使用一线工人使用战略性价值策略性价值支持战略定向支持日常操作用于联机分析用于事务处理面向主题面向应用程序存储历史数据仅存储当前数据不可预测查询模型可预测查询模型2.2.3 数据仓库体系结构数据仓库从多个信息源中获取原始数据存储在数据仓库的内部数据库中向数据仓库的用户提供统一支持企业全局的决策过程和对企业经营管理的深入综合分析一个数据仓库一般来说包含以下八个主要组成部分,如图2-1所示第二章数据收集和整合工具 数据源source dataÁª»úÊÂÎñ´¦Àíϵͳ的操作型数据 数据抽取transformation load refreshÆ书ÄÜÊÇ´ÓÊý¾ÝÔ´ÖгéÈ¡Êý¾Ý¶ÔÊý¾Ý½øÐмìÑéºÍÕûÀí¶ÔÊý¾Ý½øÐÐÖØÐÂ×éÖ¯ºÍ¼Ó¹¤²¢ÇÒ¿ÉÒÔÖÜÆÚÐÔµØË¢ÐÂÊý¾Ý²Ö¿âÒÔ·´Ó³Ô´µÄ±ä»¯ÒÔ¼°½«Êý¾Ý²Ö¿âÖеÄÊý¾Ý×÷ת´¢3modeling tools source databaseÒÔÃèÊöÊý¾Ý¼ìÑé¼Ó¹¤µÄÐèÇóºÍÏàÓ¦¹ý³Ì¼°²½ÖèÊý¾Ý²Ö¿â¹ÜÀíÈËÔ±¿ÉÒÔͨ¹ýʹÓÃÊý¾Ý½¨Ä£¹¤¾ß¶ÔÊý¾ÝµÄ¼ìÑé¼Ó¹¤ºÍÖØÐÂ×éÖ¯µÄ¹ý³Ì½øÐе÷ÕûºÍÓÅ»¯4metadata repositoryÆäÖж¨ÒåÁË´ÓÔ´Êý¾Ýµ½Ä¿±êÊý¾ÝµÄת»»¹ý³Ì5monitoring administration¶ÔÊý¾Ý²Ö¿âµÄÔËÐÐÌṩ¼à¿ØºÍ¹ÜÀíÊÖ¶ÎÓû§²Ù×÷µÄºÏ·¨ÐÔ´æ´¢¹ÜÀíµÈ¶à·½ÃæµÄÄÚÈÝ6target databaseÕûÀíËü¿ÉÒÔÊǹØϵÊý¾Ý¿â或多维数据库7是功能强大的多用户的数据操纵引擎为前端工具提供多维数据视图及服务8供业务分析和决策人员访问目标数据库中的数据数据访问和分析工具不但要提供一般的数据访问功能汇总还要提供对数据的深入分析功能data miningÈçÊý¾ÝµÄ±È½Ïģʽʶ±ðµÈ上海交通大学硕士学位论文一定程度上面向企业的业务需求而不只是通用的数据查询和操作功能使得无论是从数据的提取和整合因此作为一种高效地解决数据使用的技术的出现但是要把这些数据在生物意义下进行整合因为我们需要的并不是大量数据的简单堆积对数据与数据之间的联系进行挖掘因此2.4 基因信息注释标准的建立在生物学数据库的构建中冗余的去除和符合生物学研究需要的查询设计由于历史的原因对本质上完全相同的生物学客体的描述由于研究方法不同而千差万别有的出现在不同生化代谢过程中的看起来名称不同的蛋白质实际上是同一个基因的表达产物构建生物学数据库时到这个蛋白质在细胞中所扮演的重要角色都一一发掘出来还必须运用合适的方法将其中的信息做有系统的汇集进行科学的分类建立科学的具有生物学意义的数据间的关联使之便于生物学家进行数据查询和数据挖掘而基因本体论试图通过三个途径第二章数据收集和整合工具能Biological Process CellularComponent自然而然的建立数据之间生物学意义上的关联的科学基础但是由于基因本体论的标准建立和提出时间并不太长而生物学数据库的建设已有数十年的历史其余少数几个数据库也只是引入基因本体论作为一个辅助的数据链接对我们而言最终目的就是要使基因本体论成为我们所要构建的关系型数据库中建立数据之间关联的生物学基础为用户提供数据库的基于语义的查询和数据挖掘有了以上生物学数据的支持和基因本体论作为基因功能注释的科学标准和对浩如烟海的生物学数据和数据库进行整合我们就可以针对来自任何异构数据库的生物数据进行语义上的整合接下来介绍数据仓库的概念及其特点和优势所在用来存放大容量的只读数据数据仓库从多个信息源中获取原始数据转换存储在数据仓库的内部数据库中向数据仓库的用户提供统一支持企业全局的决策过程和对企业经营管理的深入综合分析作为一种高效地解决数据使用的技术的出现上海交通大学硕士学位论文学研究进一步发展的需求我们试图应用数据仓库这个数据整合工具但我们想要的是所有这些数据的有机的整合无章法的将他们收集到一起因为基因本体论是目前所发现的最好的为了更加明确什么是基因本体论我们将在下一章对对其进行详细的讲解和说明第三章基因本体论第三章 基因本体论 提要 由于基因本体论是这项工程的核心及精华所在而要理解基因本体论我们必须理解什么是本体论首先阐明了什么是本体论以及它在生物信息学当中的重大作用和意义用于描述事物的本质在近一本体论已被广泛地应用于人工智能随着人类基因组计划的推动与完成配合着计算机网络的普及与应用将众多的异构生物学数据库从技术上解释并且在物理上移植到一个单独的结构一致的数据仓库管理体系之中这将为我国功能基因组研究然而实现生物信息数据整合复合和交叉检索成为其中的比较难解决的问题之一我们引入了本体论的概念3.1.1 哲学上的本体论 本体论是哲学中研究的一门学科它只与该世界模型相关因而语言中性即不依赖于描述它的自然语种或其表现形式因此对那个主体而言上海交通大学硕士学位论文当今的哲学体系里一Formal Ontology²¢´ÓÐÎʽÂß¼-µÄ¹Ûµã¼ìÑéÂ۶ϵĺÏÀíÐÔºÍÓîÖæÀíÂ۵ĶàÑùÐÔ×÷Ϊij¸ö¾ßÌåÁìÓòÒ»ÖÖ¸ÅÄîµÄ¹æ·¶Domain Ontology¼´·ÖÎö¶ÔÏó״̬¼°Æä´æÔÚµÄÌõ¼þµÈµÈÒÔ¼°±Ë´ËÖ®¼äÒÀÀµ¹Øϵ3.1.2 域本体论概念的提出首先前者是针对整个宇宙而言的而后者只对某个特定的感兴趣的范畴Сµ½Ä³¸öϸ°û´óµ½Õû¸öÓîÖæËüÕë¶ÔÊÀ½çµÄÒ»²¿·ÖÌṩÁËÒ»Ì×¾ßÌåµÄ·ÖÀàϵͳËûÔø¼ÙÏëÈçºÎ´ÓÐí¶àÆäËûÊÂÇéÖвÅÄÜ»ñµÃһЩÉõÖÁÆÕ±éµÄÒ»ÖÂÊÂÇéµÄÎÊÌâ¿ÉÒÔ±»¿´×öΪ¸ÅÄî±¾Ìå[60]×ãÒÔ˵Ã÷ijÑù¶«Î÷ÊÇʲôÁËÈκζ«Î÷¶¼¿ÉÒÔ°üº¬µ½ÀïÃæÔÚ¶Ô·Ö×ÓÉúÎïѧµÄʵÌå×÷Ú¹ÊÍʱÈç¹ûÕæÒªÏëʹÓÃÉÏÃæµÄ·½·¨µÄ»°Ö±µ½Ëü¿ÉÒÔÏêϸµÃÃèÊö·Ö×ÓÉúÎïѧµÄÁìÓò¼ÙÉèÿһ¸öÊôÐÔ¶¼ÊDz»¿ÉÄÜÔÙ·ÖµÄÄÇÑùµÄ»°¼´ËûÃÇÖ®¼äµÄ¹ØϵÊÇʲôÕâЩ图3-1 亚里士多德的本体论模型 Figure 3-1 Aristotle’s ontologymodel第三章基因本体论信息也应该被加入本体论的框架内N. Guarino提出了另外一种概念图3-2图3-2 N. Guarino设计的本体论模型 Figure 3-2 Ontology model designed by N. Guarino以上举的是两个比较典型的有关本体论的例子不断地有人想给本体论下一个比较明确的定义下面是现在常常被引用的三个域本体论的定义i对一个世界的详细显示进行说明的分类系统ii概念化的规范说明iii对相关实体以及他们之间的潜在的有效的关系简明而明确的描述规则iËü´ÓÕÜѧµÄ½Ç¶ÈºÜºÃµØ¿Ì»-Á˱¾ÌåÂÛϵͳ¶¨Òå表达了找出实例的基本概念并规范它们但这个定义本身却并不能自圆其说上海交通大学硕士学位论文定义是一个比较完备的定义i iiÖÁÓÚÄĸöÊÇÓë¹æÔòÏà¶ÔÓ¦µÄʵÌå3.1.3 对本体论的进一步理解本体论包括了不同的范畴和内容 n 概念本体 n 应用本体 n 任务本体 由于分子生物学和生物信息学在许多方面都是非常复杂的否则要想完成一个完美的本体论就会面临着很大的挑战一个本体论系统总是相对于它的应用来进行评估的一个本体论系统不可能是一成不变的知识的新焦点和我们的语言中语义的变更然而依赖于数据库的表达形式稳定得多显然它也可以被转化为数据库计划表基本的应用域的关系它不需要较大的改动[64]µ«±ØÐèÂú×ãÒÔÏÂÁ½µãn 用一些规范来表示出这些实体间的关系与存在的意义第三章基因本体论3.2 分子生物学中的本体论3.2.1 生物信息学中引入本体论的必要性通过因特网我们可以访问到很多异构生物学数据库细胞信息[66]表型信息[68]等等与生物学相关的信息[69]¶ÔÓÚͬһÖÖÀàÐ͵ÄÐÅÏ¢例如DNA序列存在术语的不同别名文档结构拼写方法不同学科之间以及学科内部同名异物图3-3因特网上的生物信息资源 Figure 3-3 Bio information from internet由于以上的原因而意义相同的却又具有不同名字在不同分类方法之间形成的语义上的冲突严重阻碍了数据整合工作的进行甚至具有重要意义的分子生物学的基本概念都是模糊不清的。
沉默禽流感病毒ns1基因的prna-sirna纳米嵌合体的构建
上海交通大学硕士学位论文沉默禽流感病毒NS1基因的pRNA-siRNA纳米嵌合体的构建姓名:***申请学位级别:硕士专业:预防兽医学指导教师:孙建和;严亚贤20080101沉默禽流感病毒NS1基因的pRNA-siRNA纳米嵌合体的构建摘要世界许多国家和地区都有高致病性禽流感爆发,其不仅造成了养禽业的巨大经济损失,更因为存在禽流感病毒与人流感病毒重组的危险以及出现人际传播禽流感的可能性,因而如何有效防控禽流感倍受关注。
禽流感病毒的非结构蛋白(non-structural protein,NS)——NS1蛋白, 能抑制机体产生干扰素-α/β,利于禽流感病毒的进一步增殖,因此NS1基因是防控禽流感的重要靶基因之一。
siRNA(small interfering RNA, siRNA)是能特异性沉默靶基因表达的双链RNA,但要实现siRNA在感染细胞中发挥作用,必须解决一系列技术难题,如siRNA必须能顺利到达细胞内且不会降解。
应用噬菌体pRNA(packaging RNA)为导入载体,构建pRNA-siRNA纳米嵌合体为解决上述难题提供了可能。
本研究拟筛选能沉默禽流感病毒NS1基因的siRNA,构建pRNA-siRNA,为深入研究NS1蛋白的功能、研发有效防控禽流感的全新核酸药物提供技术储备。
为了构建pRNA-siRNA纳米嵌合体,根据siRNA设计原则,筛选出NS1基因编码区的siRNA作用靶序列;根据噬菌体pRNA序列,合成120个碱基的寡核苷酸作为模板;设计携带T7启动子和针对NS1基因的siRNA 靶序列的引物,应用PCR技术,扩增出DNA,DNA产物命名为dpRNA-siRNA(t);应用T7 RNA聚合酶进行体外转录,获得携带针对NS1靶基因的pRNA-siRNA,命名为pRNA-siRNA(t)。
构建pRNA-siRNA(c),其靶序列与鼠、人、犬、禽及禽流感病毒基因组序列无同源性,作为评III估pRNA-siRNA沉默NS1基因效果的阴性对照。
匹罗卡品诱导的颞叶癫痫小鼠的恐惧记忆行为学研究
上海交通大学硕士学位论文匹罗卡品诱导的颞叶癫痫小鼠的恐惧记忆行为学研究姓名:***申请学位级别:硕士专业:神经病学指导教师:***20080401IMPAIRED FEAR CONDITIONING IN THE PILOCARPINE MICE MODEL OF TEMPORAL LOBEEPILEPSYABSTRACTObjective To investigate the changes of fear conditioning in the pilocarpine-induced temporal lobe seizure results in mice and to analyse the possibility of using this behavioral test to evaluate temporal lobe epilepsy.Methods Epilepsy model was induced by pilocarpine in C57BL/6 mice,emotional learning and memory were assessed using fear-conditioning test, and the brains were processed for histologic analysis.Results Compared with the control group ,the requirement of fear memory is imparied in the tone cued conditioning training. However, the congnitive function significantly decreased in six weeks group and ten weeks group, the two weeks group did not significantly decrease in the contextual test. Whereas only ten weeks group was observed that tone cued significantly reduced. Furthermore, the hippocampal pathology didcorrelate with impaired fear conditioning.Conclusion These data suggest that processing of complex contextual stimuli is severely affected in experimental epilepsy, whereas conditioning to simple tone cues is better preserved. Therefore, fear conditioning test may become a clinical indicator to be applied to assess fear memory in the patient with temporal lobe epilepsy.KEY WORDS:temporal lobe epilepsy, pilocarpine, fear memory, behavior图片目录 图1.匹罗卡品致痫原理 ………………………………………………11 图2.场景恐惧记忆实验的实验具体操作过程 ………………………16 图3.场景恐惧记忆实验行为学检测设备 ……………………………17 图4.小鼠在实验中的各种表现 ………………………………………18 图5.声音提示恐惧记忆训练 …………………………………………19 图6.场景恐惧记忆测试 ………………………………………………20 图7.声音提示的恐惧记忆测试 ………………………………………21 图8.听觉传导途径 ………………………………………………… 26 图9.三维模拟图………………………………………………………29 图10.尼氏染色 ………………………………………………………32 英文缩略语 缩略词 英文全称 PILO pilocarpineSE status epilepticusKA kainate acidCS conditioning stimuliUS unconditioning stimuliCR conjunctive representation BDNF brain-derived neurotropic factor LTP long term potentiationLA lateral nucleus of amygdalaB basal nucleusAB accessory basal nucleusCE central nucleusSRS spontaneous recurrent seizure GABA ?-aminobutyric acid NMDA N-methyl-D-aspartate AMPA a-amino-5-methyl-3-hydroxy-4-isoxazolepropionic acid上海交通大学 学位论文原创性声明 本人郑重声明:所呈交的学位论文,是本人在导师的指导下,独立进行研究工作所取得的成果。
脂肪来源的间充质干细胞及外囊泡促成骨分化的研究进展
1672V ol.40 No.12 Dec. 2020上海交通大学学报(医学版)JOURNAL OF SHANGHAI JIAO TONG UNIVERSITY (MEDICAL SCIENCE )综述近年来,我国骨质疏松症患病率逐渐攀升。
一项最新研究[1]显示,我国骨质疏松症的总患病率为13%,总人数已超过1.78亿。
老年人是骨质疏松症的重点人群,自1982年起,我国65岁以上老年人占人口比重不断升高,2019年我国65岁以上老年人占人口比重已达到12.6%[2]。
预计到2050年,我国骨质疏松症或骨密度低的患者将达到2.12亿[1]。
骨质疏松症使得骨质脆性增加、易于骨折,导致患者的生活水平急剧下降。
利用脂肪来源的间充质干细胞(adipose-derived mesenchymal stem cells ,ADMSCs )诱导成为成骨细胞治疗骨质疏松症是医学研究的新方向[1]。
ADMSCs 可以通过旁分泌功能,分泌一些生物活性分子,为组织修复建立良好的微环境,促进新生血管的形成和伤口愈合,并且减少组织的炎症反应。
ADMSCs 也可分泌促进血管生成和抗凋亡潜能的生长因子,如转化生长因子(transforming growth factor ,TGF )、胰岛素样生长因子(insulin growth factor ,IGF )、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor ,VEGF )、肝细胞生长因子(hepatocyte growth factor ,HGF )[3]和骨形态发生蛋白(bone morphogenetic protein ,BMP )家族BMP-2、BMP-7等[4]。
ADMSCs 来源丰富,通过脂肪抽吸术易于获得,无免疫排斥。
平均每300 mL 脂肪组织可获得108个 细胞,每克动物脂肪可获得5 000个成纤维集落形成单位(colony forming unit-fibroblast ,CFU-F )[5]。
高模量高强度丝素蛋白GBR膜的制备及性能评估
网络出版时间:2024-04-1121:53:59 网络出版地址:https://link.cnki.net/urlid/34.1065.R.20240410.1008.005高模量高强度丝素蛋白GBR膜的制备及性能评估廖小毓1,方 辉1,杨飞宇1,邹多宏1,22024-02-21接收基金项目:国家自然科学基金(编号:32171347);上海交通大学医学院生物材料与再生医学研究院联合攻关项目(编号:2022LHA04);上海交通大学医学院附属第九人民医院临床研究助推计划(编号:JYLJ202102)作者单位:1安徽医科大学口腔医学院,安徽医科大学附属口腔医院,安徽省口腔疾病研究重点实验室,合肥 2300322上海交通大学医学院附属第九人民医院,上海交通大学口腔医学院,上海市口腔医学重点实验室,上海 200011作者简介:廖小毓,女,硕士研究生;邹多宏,男,教授,研究员,博士生导师,责任作者,E mail:zdhyy@ahmu.edu.cn摘要 目的 拟制备一种高模量和高强度的可降解丝素蛋白引导骨再生(GBR)膜,以解决骨缺损修复成骨空间维持问题。
方法 提纯丝素蛋白后利用蒸发-热压法制备膜材,使用拉伸测试、体外模拟、细胞共培养等方法评估其理化性质与生物性能。
结果 制得丝素蛋白GBR膜,体外模拟12h降解率为35 3%,湿态弹性模量达45MPa,拉伸强度达8 39MPa,7d细胞生存率近100%。
结论 所制得可降解GBR膜具有高模量和高强度,以及优异的生物相容性,有望为解决骨缺损修复成骨空间维持问题提供材料基础。
关键词 骨缺损修复;成骨空间维持;引导骨再生膜;丝素蛋白;蒸发-热压法;成骨分化;拉伸强度中图分类号 R782文献标志码A文章编号1000-1492(2024)04-0590-06doi:10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2024.04.005 引导性骨再生(guidedboneregeneration,GBR)技术是口腔科常用的骨量提升技术之一,而GBR膜作为其关键材料之一,具有避免骨缺损部分被软组织侵占并引导新骨生长的重要作用[1]。
上海交通大学医学院文献检索课程2012级第2讲文摘检索(交大医201209版)
26
例:检索文章题目中含有高血压的中文文献 检索式:hypertension[ti] AND chi[la]
27
PubMed基本检索 常用检索字段描述和标识(2)
Publication date[dp]:出版日期 指论文所在期刊的出版日期 日期检索的形式为:YYYY/MM/DD[DP] 要检索一段时期内的文章,日期之间可以加冒号,如: 1993/01:1995/06[DP] Publication type[pt]:出版类型。有综述,新闻,传记,临床试 验等。如:review[pt] MeSH terms[mh]:主题词字段。如:hypertension[mh] Subheadings[sh]:副主题词。与主题词组配检索.
(基于OVID/ISI Web of Knowledge系统平台)
• CA&SciFinder Scholar美国化学文摘
2
数据库检索 A P44
3
一、PubMed数据库简介
PubMed是美国国家医学图书馆(NLM)下属的 国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于 WWW的医学数据库查询系统。 网址: http://www. /pubmed
Author Index
作者索引表
No Mapping
17
备注:
如果在上述4个表或索引中仍找不到相匹配的词时, PubMed就将短语劈开,再重复以上顺序单独分别 查找,直到找到相匹配的词。如果仍找不到匹配 词,则用AND 将短语中的单个词连接起来在全部 字段中查找。 例:检索 h1n1 influenza 转换为: h1n1[All Fields] AND ("influenza, human"[MeSH Terms] OR ("influenza"[All Fields] AND "human"[All Fields]) OR "human influenza"[All Fields] OR "influenza"[All Fields])
上海交通大学医学院文献检索课程2012级2012WOK研究生web of science
(1)外部资源:arXiv Mathematics(数学), AGRICOLA(农业)等 (2)其它免费资源:NCBI的GenBank 基因库 等 (3)机构已订购的不同出版社提供的网络期 刊全文 (4)机构自身拥有的或开发的资源:OPAC (图书馆馆藏目录系统)
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作者甄别
陈国强
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Web of Knowledge
邓珮雯 dengpw@
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• 第三章 西文医学文献检索工具
第一节 西文文摘型检索工具 五 Web of Knowledge学术信息资源检索系统
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Web of Knowledge P159
Thomson Scientific:
19001900197518401993-
1997年, ISI , Derwent, BIOSIS等信息服务机构共同组成汤姆森科技 信息集团,成为全球领先的科技信息服务机构
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Web of Science中收录的中国期刊 • 截止2008年Web of Science中共收录中国 (包括香港、台湾)出版的期刊150多种 • SCIExpanded 150种 • SSCI 6种 • A&HCI 6种
活性氧相关分子对唑类药物药效的影响
第二军医大学硕士学位论文活性氧相关分子对唑类药物药效的影响姓名:***申请学位级别:硕士专业:药理学指导教师:***2011-05活性氧相关分子对唑类药物药效的影响摘 要白假丝酵母菌(Candida albicans)是临床最常见的条件致病性真菌,它寄居在人体不同的解剖部位,包括皮肤、口腔、胃肠道、阴道等,约占所有医院真菌感染的50-60%,能够引起多种疾病,尤其是皮肤感染、粘膜感染以及侵入性深部真菌感染。
在正常宿主中,念珠菌是一种无害的共生物,检出率几乎达50%。
正常机体有足够的免疫力阻止白假丝酵母菌感染,但是当外界因素打破菌群平衡,白假丝酵母菌在局部大量生长繁殖,就会导致感染。
随着氟康唑长期大量应用导致真菌耐药性普遍产生,成为临床上治疗失败的主要原因。
目前抗真菌药物的联合应用已经成为临床抗真菌治疗的发展方向之一。
但国内外报道的联合用药多局限于少数抗真菌药物之间的合用,有些抗真菌药物合用反而产生拮抗作用。
活性氧簇(Reactive Oxygen Species,ROS)是细胞有氧代谢过程中产生的一组带有未成对电子的化学性质活泼的含氧自由基,主要包括超氧阴离子、羟基自由基、单线态氧和过氧化氢等。
许多国内外文献认为白假丝酵母菌耐药性与活性氧相关,但是直接针对体外应用过氧化氢对唑类药物药效影响的报道较少。
本课题首先通过体外实验棋盘式微量稀释法检测了过氧化氢与氟康唑、伊曲康唑、咪康唑、酮康唑、硫康唑合用对8株临床耐药白假丝酵母菌的MIC80值,计算其相应的FIC指数。
结果发现以MIC80值为基础,两药合用对全部8株菌(100%)皆表现出协同作用(FICI<0.5)。
不同菌株的协同指数不同,但是均表现出协同效果。
其次通过平板纸片扩散试验看到,在加FLC平板上的含过氧化氢药物纸片的抑菌圈与空白平板有显著差异。
在各类唑类药物的琼脂平板纸片扩散试验均得到了阳性结果。
此外,我们运用另一升高活性氧的药物寡霉素进行纸片扩散实验,结果提示:寡霉素与各类唑类药物也具有协同效果。
胎儿期低水平铅暴露对婴儿发育
第二次全国中青年儿科医学学术交流会获奖论文选刊胎儿期低水平铅暴露对婴儿发育影响的前瞻性研究沈晓明 颜崇淮 吴圣楣 郭 迪 敖黎明李纫秋 周建德 黄 红 薛敏波 唐君明摘要 为了探讨胎儿期低水平铅暴露对婴儿出生以后发育的影响,于1993年8月~11月间,在上海市杨浦区随机测定了348位产妇分娩时婴儿脐带血铅水平。
将脐带血铅水平在第70百分位以上及第30百分位以下的婴儿分别作为高铅组及低铅组,进行3、6、12月龄发育随访。
结果发现,3月龄时高铅组Bayley 婴儿发育量表的精神发育指数(M D I )和心理运动发育指数(PD I )均显著落后于低铅组儿童(P <0.01)。
两组间M D I 的差别在6及12月龄时持续存在(P <0.05),但两组PD I 间的差别在6及12月龄随访时消失。
相关回归及多元逐步回归分析表明,脐血铅水平与不同阶段M D I 之间均存在负相关关系,而两组间3月龄时PD I 的差别在排除掺杂因素作用后即不复存在。
提示目前上海市区胎儿期铅暴露水平已足以对婴儿出生以后的神经发育产生不良影响。
关键词 胎血 铅 儿童发育Prena ta l low level lead exposure and i nfan t develop m en t i n the f irst year :a prospective study i n Shangha i ,Ch i na S hen X iao m ing ,Y an Chong hua i ,W u S hengm ei ,et a l .S hang ha i S econd M ed ica l U n iversity Cen ter f or Ch ild hood L ead P oison ing R esea rch ,S hang ha i 200092Abstract T he au tho rs conducted th is p ro spective study to assess the effects of p renatal low lev 2el lead expo su re on infan tile developm en t of ch ildren in u rban Shanghai.To tally 348um b ilical co rd b lood samp les w ere co llected and b lood lead levels (CBPb )w ere determ ined .Based on their CBPb ,the infan ts w ere classified in to tw o expo su re group s :104in a “low ”lead group (CBPb <30th per 2cen tile ,0.357mo l L ),and 109in a “h igh ”lead group (CBPb >70th percen tile ,0.516mo l L ).A t 3,6and 12mon th s ,the Bayley scales of infan t developm en t w ere app lied and cap illary b lood lead lev 2els w ere m easu red .A t all th ree ages ,the m en tal developm en t index sco res w ere inversely co rrelated w ith the infan ts ′CBPb .N o statistically sign ifican t associati on betw een CBPb and the p sychomo to r de 2velopm en t index sco res w as found at 6and 12mon th s ,even at 3mon th the difference becam e no t sig 2n ifican t w hen adju sed fo r confoundings.Po stnatal lead levels w ere un related to concu rren t develop 2m en tal statu s.T he au tho rs conclude that p renatal low level lead expo su re ,w h ich is relatively com 2mon in Shanghai ,is associated w ith an adverse developm en tal i m pact on ch ildren du ring the first year of life .Key words Fetal b lood L ead Ch ild developm en t本文获第二次全国中青年儿科医学学术交流会优秀论文一等奖本研究为国家自然科学青年基金和上海市科技发展基金资助项目作者单位:200092上海第二医科大学儿童铅中毒防治研究中心(沈晓明、颜崇淮、郭 迪、敖黎明、李纫秋);上海市儿科医学研究所(吴圣楣、周建德);上海第二医科大学附属新华医院儿童保健科(黄 红、薛敏波);上海市杨浦区妇幼保健院(唐君明)・471・Ch in J Pediatr ,A p ril 1997,V o l.35,N o .4 铅是具神经毒性的重金属元素,低水平环境铅暴露对儿童发育的毒性作用已经引起广泛重视[1]。
上海交通大学医学院
上海交通大学医学院
“博士创新基金”结题报告
项目编号:
项目名称:
立题时间:
项目负责人
所在培养单位:
联系电话:
上海交通大学医学院科技处、研究生分院
二○○八年制
填报说明
1、本表为上海交通大学医学院资助的“博士创新基金”结题时填写。
2、结题报告内容,要求实事求是,认真填写。
表达要明确,字迹要
清晰。
3、本表须先报所在培养单位研究生管理部门审查通过后,加盖培养
单位科研管理部门公章,然后报医学院科技部。
4、本表上报一式两份。
5、上报材料时,请附科学技术成果鉴定证明书、奖励证书或专利证
书复印件一份及代表性论著复印件一份和其余论著的首页和有标注页的复印件一份。
6、本表为A4本,双面打印。
上海交通大学医学院科研项目经费使用情况表(万元)
项目负责人(签章):年月日。
抗精神病药物诱发代谢综合征的DNA甲基化研究进展
1656V ol.40 No.12 Dec. 2020上海交通大学学报(医学版)JOURNAL OF SHANGHAI JIAO TONG UNIVERSITY (MEDICAL SCIENCE )综述抗精神病药物是精神分裂症及其他伴有精神病性症状精神障碍的主要治疗手段,包括第一代(典型)和第二代(非典型)药物。
前者主要作用于中枢多巴胺D2受体,容易导致锥体外系不良反应。
后者主要拮抗多巴胺和5-羟色胺受体,对精神分裂症的阳性症状、阴性症状及认知症状均有一定疗效,且锥体外系不良反应较少见,因此被广泛应用。
精神分裂症患者需要长期服用抗精神病药物控制症状、预防复发。
然而,长期服用第二代抗精神病药物容易合并代谢综合征。
以美国国家胆固醇教育计划(The National Cholesterol Education Program ,NCEP )的标准,精神分裂症患者中有40.9%罹患代谢综合征,而一般人群中为23.7%[1]。
代谢综合征是一组代谢紊乱症候群,核心症状包括中心性肥胖(腹部脂肪多)、高血压、高血糖、高血清三酰甘油和低血清高密度脂蛋白,会增加心血管疾病和2型糖尿病的患病风险,是导致精神障碍患者寿命缩短的主要因素[2]。
现代医学认为遗传因素、心理因素、环境因素是三大重要致病因素,而环境及心理因素可通过表观遗传学修饰改变相关基因的表达,参与疾病的发生与发展[3-4]。
表观遗传现象多种多样,包括DNA/RNA 甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA 等。
其中,DNA 甲基化是真核生物中最稳定且最具特征的表观修饰之一,指在DNA 甲基转移酶作用下将S-腺苷甲硫氨酸(甲基供体)中的甲基共价结合于DNA 的特定位点,如胞嘧啶的第5位碳原子、腺嘌呤的第6位氮原子和鸟嘌呤的第7位氮原子等。
当前研究最广泛且最多见的位点是与启动子区域胞嘧啶 - 磷酸 - 鸟嘌呤(cytosine-phosphodiesterbond-guanine ,CpG )岛中胞嘧啶第5位碳原子共价成5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine ,抗精神病药物诱发代谢综合征的DNA 甲基化研究进展项思莹,李宁宁,徐一峰#,陈剑华#上海交通大学医学院附属精神卫生中心,上海市精神心理疾病临床医学研究中心,上海200030[摘要] 精神分裂症患者更易合并代谢综合征,其发生和发展可能与基因和环境相互作用有关。
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1Cenቤተ መጻሕፍቲ ባይዱer
The RNA-binding protein HuR (also known as ELAV1) binds to the 3′-untranslated region of mRNAs and regulates transcript stability and translation. However, the in vivo functions of HuR are not well understood. Here, we report that murine HuR is essential for life; postnatal global deletion of Elavl1 induced atrophy of hematopoietic organs, extensive loss of intestinal villi, obstructive enterocolitis, and lethality within 10 days. Upon Elavl1 deletion, progenitor cells in the BM, thymus, and intestine underwent apoptosis, whereas quiescent stem cells and differentiated cells were unaffected. The survival defect of hematopoietic progenitor cells was cell intrinsic, as transplant of Elavl1–/– BM led to compromised hematopoietic reconstitution but did not cause lethality. Expression of p53 and its downstream effectors critical for cell death were induced in progenitor cells as HuR levels declined. In mouse embryonic fibroblasts, HuR bound to and stabilized the mRNA for Mdm2, a critical negative regulator of p53. Furthermore, cell survival was restored by expression of Mdm2 in Elavl1–/– cells, suggesting that HuR keeps p53 levels in check in progenitor cells and thereby promotes cell survival. This regulation of cell stress response by HuR in progenitor cells, which we believe to be novel, could potentially be exploited in cytotoxic anticancer therapies as well as stem cell transplant therapy.
3Department
for Vascular Biology and 2Department of Immunology, University of Connecticut Health Center, Farmington, Connecticut, USA. of Pathology, HUSLAB, and Haartman Institute, Helsinki University Central Hospital, and Genome-Scale Biology Research Program, University of Helsinki, Helsinki, Finland. 4Department of Pathology, Division of Diagnostics, University of Oulu, and Oulu University Hospital, Oulu, Finland. 5Janelia Farm Campus, Howard Hughes Medical Institute, Reston, Virginia, USA. 6Department of Molecular, Microbial, and Structural Biology, University of Connecticut Health Center, Farmington, Connecticut, USA. 7Center for Vascular Biology, Department of Pathology and Laboratory Medicine, Weill Cornell Medical College, New York, New York, USA.
Research article
Essential role of the RNA-binding protein HuR in progenitor cell survival in mice
Mallika Ghosh,1 Hector Leonardo Aguila,2 Jason Michaud,1 Youxi Ai,1 Ming-Tao Wu,1 Annabrita Hemmes,3 Ari Ristimaki,3,4 Caiying Guo,5 Henry Furneaux,1,6 and Timothy Hla1,7
Conflict of interest: The authors have declared that no conflict of interest exists. Citation for this article: J. Clin. Invest. 119:3530–3543 (2009). doi:10.1172/JCI38263.