动物组织RNA提取及荧光定量PCR精讲

合集下载
  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
2)取5μl RNA(200 ng/μl)至一个小 EP管中,以供电泳使 用。
(注:剩余部分于-80℃保存备RT反应用)
3)将上步的RNA 70℃加热2 min。
4)冰上冷却。RNA提取概要RNA的浓度及质量检测
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
2、质量检测—凝胶电泳法
实验操作:
5)向每管中加入1μl 6×Loading Buffer,混合均匀。 6)将琼脂糖凝胶放入到电泳槽中。 7)导入1×TAE Buffer,完全浸过胶面。 8)点样:将管内样品全部加入到一个凝胶孔里。 9)电泳:100-120V,约20-30分钟。 10)凝胶成像。
RNA提取
概要
RNA的提取步骤
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
11、将上层水相溶液小心转移至新的EP管中, 大约每个EP管中能取出400~500μl,谨慎操作, 切勿吸到中间层。
(注:下层有机废液勿乱丢,收集起来统一进行无毒化处理。)
12、加入等体积异丙醇,上下颠倒EP管,充分 混匀。
13、室温静置10 min后,4℃,13000rpm离心 10 min。可在离心后的EP管底部观察到少量的 白色沉淀。
若有条带,可能混 入了基因组DNA
利 用 1% 的 琼 脂 糖 凝 胶 进 行 电 泳 , 如果可以清晰观察到两条rRNA条 带(真核生物:28S和18S;原核 生物:23S和16S),且其浓度比 值大约为2:1,则RNA未降解。
28S rRNA 18S rRNA
tRNA等
若观察到smear现象,或比值小
注意事 项总结
RNA提取 概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
RNA的提取步骤
8、每1ml液体中加入1/5体积(约200μl)的氯 仿,盖紧EP管,用手剧烈震荡15秒,直至溶液 充分乳化,无分相现象。(注:不能用振荡器混匀,
因为容易造成DNA和RNA的物理降解。)
9、室温静置5 min,4℃,13000rpm离心15 min。 10、从离心机中小心取出EP管,此时匀浆液分 为三层,上层是透明的水层,RNA溶解在此层 中;半固体状的中间层,此层 中包含DNA;下层为粉红色的 有机溶剂,蛋白质、多糖等物 质溶解在此层中。
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
2、质量检测—凝胶电泳法
实验操作:
1)取10μl RNA原液至一个1.5ml EP管中,使用RNase-free ddH2O将其稀释至200ng/μl。
注 : 需 RNase-free ddH2O 体 积 (μl)=[10μl×RNA 浓 度 (ng/μl) /200(ng/μl)]10μl
RR
Q
Q
3’
5’
荧光定量PCR(Q-PCR) 概要
RNA 提取
RT-PCR
QPCR
Q-PCR
注意事 项总结
注意事项总结 概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
常见问题及疑难解答
提取RNA收率低
当收率明显低于预期时,可以考虑以下原因: 1)加入Trizol或RNAiso Plus后样品匀浆不充分; 2)分层时水相回收率低; 3)RNA沉降后与水复溶性不好; 4)异丙醇沉降或洗涤过程中混入Rnase。
于2:1,则RNA已发生降解。
DL2000 DNA Marker
如果观察到大于28S或23S的条带, 电泳图(1%琼脂糖胶,TAE)
则样品可能有基因组DNA污染,
这时可以考虑使用DNase I处理。
RNA提取
概要
RNA的浓度及质量检测
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
2、质量检测—凝胶电泳法
注意事 项总结
RNA提取
概要
RNA的提取步骤
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
18、打开EP管,室温放置干燥(目的是让残留 的乙醇挥发,乙醇的残留可能对后续的反应有 影响)。干燥的时间不宜太久,RNA完全干燥 后很难溶解
19、用RNase-free ddH2O溶解沉淀。(视RNA 量的多少所加RNase-free ddH2O的体积从20200不等,肝脏组织RNA产率较高,肺组织产 率低)
RNA提取 概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
RNA的提取步骤
5、向研磨成粉末状的样品中加入1ml RNAiso Plus,并完全覆盖样品。(注:在加入RNAiso Plus时
要保证组织没有融化,否则RNA易被RNase降解。)
6、室温静置5~10 min。
7、待样品融化后,用研杵继续研磨至裂解液 呈透明状。将匀浆液转移至1.5ml EP管中,室 温静置5 min后,4℃,13000rpm离心5 min, 将上清转移至新的1.5ml EP管中。
RNA 提取
RT-PCR
反转录(RT)反应
实验操作:
1)RT-PCR程序:
37℃, 15min
85℃, 5s
反转录过程
使反转录酶失活
4℃, ∞
Q-PCR
注意事 项总结
得到的cDNA短期可在4℃保存数 天,长期保存应在-20℃以下
荧光定量PCR(Q-PCR)
概要
在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号累积实时在 线监测整个反应进程,并结合相应的软件对未知模板进行
20、RNA溶液保存在-80℃冰箱中。
注意事 项总结
RNA提取
概要
RNA的浓度及质量检测
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
1、浓度及纯度检测:
(Thermo SCIENTIFIC NANODROP 1000 Spectrometer )
核酸在260nm附近有强吸收,蛋白质在280nm附近有强 吸收。所以测定溶液在260nm和280nm下的吸光度,根 据A260计算提取的核酸量,根据A260/A280的比值评价提取 的核酸纯度。
注意事 项总结
RNA提取
概要
RNA的提取步骤
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
14、小心弃去上清。
15、 向含 有沉淀的 EP管中缓缓 加入 1ml预 冷 75%乙醇,轻轻上下颠倒,清洗沉淀。(动作 轻柔,无需将沉淀悬浮起来)
16、4℃,13000rpm离心5 min。用移液器除去 上清。
17、将EP管瞬时离心,用移液器仔细将残存在 EP管底部的少量液体除去。
定量分析的方法。
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
荧光定量PCR(Q-PCR) 概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
荧光定量PCR(Q-PCR) 概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
荧光定量PCR(Q-PCR) 概要
RNA 提取
RT-PCR
QPCR
下面介绍动物组织Total RNA的提取方法
RNA提取 概要
实验材料
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
1、组织(以小鼠肝脏为例) 2、RNAiso Plus(Code No: 9108)(作用同
TRIzol) 3、其他:氯仿、异丙醇、75%乙醇、研钵、加
样器、1.5ml EP管、枪头等。(均为RNasefree)
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
RNA的提取步骤
1、从小鼠体内取出肝脏,用预冷的生理盐水 清洗。
2、使用液氮迅速冷冻组织, -80℃冰箱保存。
3、使用液氮充分预冷研钵。 4、将称重冷冻的组织(约50-100mg)从冰箱 取出后迅速放入预冷好的研钵中,用研杵研磨 组织,期间不断加入液氮,直至组织被研磨成 粉末状。(注:无明显的可见颗粒,如果研磨 不彻底会影响RNA的收率和质量。)
理想的RNA纯度A260/A280应在1.8~2.2范围内。 低 离 子 强 度 或 低 pH 值 会 使 OD280 升 高 , 从 而 使 OD260/OD280值低(<1.65)
注意事 项总结
RNA提取
概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
RNA的浓度及质量检测 2、质量检测—凝胶电泳法
0.1%DEPC水
有毒
RNA提取 概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
准备工作
戴口罩、手套、帽子 提取区域:用75%乙醇擦拭试验台 试验器具:用75%乙醇擦拭加样枪
准备RNase-free的枪头和离心管 低温离心机预冷至4℃ 准备-20℃预冷的75%乙醇
注意事 项总结
RNA提取 概要
RNA 提取
实验材料:
a. 提取的RNA溶液 b. DL2000 DNA Marker c. 6×Loading Buffer d. 1%的琼脂糖凝胶(加1μl Goldview/20ml凝胶) e. 1×TAE Buffer f. 电泳仪 g. UV凝胶成像仪
RNA提取
概要
RNA的浓度及质量检测
RNA 提取
注意事 项总结
注意事项总结 概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
常见问题及疑难解答
提取的RNA难以溶解
1)75%乙醇清洗沉淀后不要干燥时间过长或加热干燥; 2)若难溶可以于60℃加热5分钟后再于冰上溶解数小时。
注意事 项总结
注意事项总结
概要
常见问题及疑难解答
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
提取的RNA降解
1)提取RNA应采用新鲜的组织材料,或者用液氮迅速冷冻 后置于-80℃保存的组织材料。
2)提取RNA使用的试剂及器具中可能混有Rnase;
3 ) 提 取 的 组 织 材 料 中 含 有 大 量 的 Rnase , 提 取 时 应 提 高 Trizol或RNAiso Plus的使用量。
RNA提取
概要
RNA产率估计
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
组织材料 肝 脑 肾
骨骼肌 HL-60 白细胞
部分组织的RNA产率估计
样品量
Total RNA收率
1g
约5000μg
1g
约1500μg
1g
约3000μg
1g
约1500μg
1×107细胞
约100μg
1×107细胞
约20-40μg
注意事 项总结
4)RNA提取应有专门的区域,使用无酶的枪头、EP管,带 口罩、帽子、手套,并在操作中更换新手套。跑电泳时每 次将槽子洗干净,换新的TAE缓冲液。
RNA提取 概要
RNA 提取
RT-PCR
Thank you!
Q-PCR
注意事 项总结
宋志新 Tel:15922761761
谢谢观赏
动物组织RNA提取及荧光定量PCR精讲
RNA提取 概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
利用含有变性剂和Rnase抑制剂的有机溶剂提取RNA,是 目前常用的RNA提取方法。
Trizol(主要成分为异硫氰酸胍和酚),具有极强的裂解 能力,可在短时间内裂解细胞和组织样本,保持样品中 RNA的完整性,有效抑制RNA的降解。样品在Total RNA Extraction Reagent中能够充分被裂解,在加入氯仿离心 后,溶液会形成上清层、中间层和有机层 (鲜红色下层), RNA分布在上层水相中,收集上清层后,经异丙醇沉淀 便可以回收得到Total RNA。提取的总RNA纯度高,基本 不含蛋白质及基因组DNA,提取的RNA可直接用于 Northern,点杂交,mRNA纯化,体A Extraction Reagent广泛适用于培养细胞、动物 组织、微生物等。
2)配反应体系(注意:不同的试剂盒体系不同,我们用的是TaKaRa
的RR037A) 20μl体系
5x Buffer
4μl
Oligo dT Primer 1μl
Random 6 mers 1μl
DEPC H2O
1μl
Enzymermix
1μl
提取的RNA模板 2μl
逆转录PCR(RT-PCR) 概要
Q-PCR
注意事 项总结
双标记探针(Taqman Probe)
荧光报告基团 5‘
(Reporter)
寡核苷酸探针
3‘ 荧光淬灭基团
(Quencher)
序列特异性
➢ 游离状态下,FRET效应,不发荧光 ➢ 伴随产物生成,荧光积累
双标记探针(Taqman Probe)
5’
3’
5’
3’
3’
5’
Excitation Excitation
RNA提取 概要
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
巨噬细胞RNA 动物组织RNA
巨噬细胞RNA
RNA降解
逆转录PCR(RT-PCR)
概要
反转录(RT)反应
RNA 提取
RT-PCR
Q-PCR
注意事 项总结
RNA自身不能作为PCR反应的模板,所以必须先将其反转录为cDNA。
实验操作:
1)将提取的RNA调整浓度为500ng/μl,并于70℃变性2min。
相关文档
最新文档