简明生物信息学基础实验讲义
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
简明生物信息学基础实验讲义王万军叶春郭泰林魏大木
生物秀—专心做生物!
www.bbioo.com
生物秀论坛-专注于生命科学!
www.bbioo.com/bbs/
西南交通大学生物工程系
2004年9月
目录
第一章 计算机应用基础知识
1字处理软件——Word2003的使用
2 Excel基础知识与使用
3 Foxmail的设置与使用
第二章分子生物学软件的使用
1序列的格式及其转换——Seqverter 1.3的使用2引物设计软件——Primer Premier4.0的使用
3DNA多态性分析软件——DNAsp的使用
第三章生物信息学资源挖掘
1 多序列比对——Clustal X1.8.1的使用
4蛋白质结构分析——RasMol2.7.2.1的使用
5系统发育树软件——TreeView的使用
第四章生物信息学网络资源的应用
1 生物信息学数据库的使用——G enBank的使用
2 生物信息学数据库的使用——EMBL的使用
第一篇计算机应用基础知识
一、字处理软件——Word 2003的使用
1、软件的基本功能:
Word 是功能极强的文字处理和版面编排软件,它简单易学,操作界面好、智能化程度高,Microsoft Word 20003作为Word 的新版本,保持了以前版本的优点,同时具有更强大的网络功能和通信功能。
Word可以编辑各种各样的文档(如报告、文章、演讲稿等)以及对文档各段落的设置;可以打开原先编辑的文档,可以进行新的文档编辑;在进行文档编辑时,可以设置字体,编辑各种格式的文档。
2、基本操作:
⑴ 文件的打开、关闭与保存和页面设置。
⑵ 对文字和段落格式的设定。
⑶ 在文档中插入并制作表格。
⑷ 文档编辑中修改。
⑴文件的打开、关闭和页面设置:
①新建文档:用鼠标点击Word图标,选择图1中“文件”菜单中的“新建”命令即可;
图1
②打开文档:如图1,打开已存在的文件则选择“文件”菜单中的“打开”,选择要打开
文件的存放路径。
同时,单击,可以回到目前所处文件夹的上一层文件夹之中。
单击,可以打开[工具]下拉式框,使用[查找]、[删除]、[打印]等工具。
③保存文档:如图1要保存正在编辑的文件,则选择“文件”菜单中的“保存”,选择
该文件的保存路径和该文件的保存格式。
在word中使用[保存]指令时,如果文件已经保存过一次,那么单击[保存]指令时,文件就会直接进行保存,而不会出现[另存为]对话框了。
当然,也可以把该文件另存为其它文件名或者其它文件格式。
如图2所示。
图2
④页面设置:设定文件版面,在对编辑的文件进行页面设置,如图1所示,选择“文件”
菜单中的“页面设置”,出现图3这样的菜单。
在这个菜单中就可以进行页边距,单击“确定”,文档将根据所设置出现。
图3
选择“纸张”,出现如图4的菜单,选择适合纸型,单击“确定”,文档将根据所设置出现。
图4
⑵文字和段落格式的设定
①设定文字字体格式:
首先,选定需要设置字体的文字,单击“格式”,出现如图5的菜单。
图5 然后选择“字体”菜单,出现如图6的菜单。
在“字体”标签中选择所需字体、字形、字号,单击“确定”。
图6
其次设置文字的效果,在图6中,可设置文字的效果,如上下标,字体阴影等。
再选中需要设置的文字,然后在图6中选择需要设置文字的效果如选择上标或下标,单击“确定”即可。
最后选择字符间距,出现图7菜单,选择间距和位置来设定文字之间的距离,单击“确定”即可。
图7
②段落格式设定:
图8 如图8,选择“格式”中的“段落”菜单,出现如下菜单:
图9
单击“缩进和间距”标签,在“对齐方式”中选择一种段落的对齐方式,单击“确定”。
在Word中,除了可以在“段落”对话框中设定段落对齐方式外,还可以在“格式”工具栏中设定段落的对齐方式。
在Word的“格式”工具栏中有“两端对齐”、“居中”、“右对齐”及“分散对齐”四项工具按钮,使用这四项工具按钮,就可以改变段落的对齐方式。
当然,这里也有其它一些如缩进、间距等对段落的设置。
⑶文档中插入表格:
把鼠标移到文档中要插入的位置,然后用鼠标选择“表格”菜单,出现如下菜单:
图10 选择插入表格,出现如下菜单:
图11
在列数和行数文本框中设定表格的行数和列数,然后单击“确定”,回到Word文档编辑窗口,就会出现设定的表格。
⑷文档编辑中修改。
在文档的编辑中,需要对编辑过的文章进行修改,当出现这种情况时,可选择菜单栏中的“编辑”进行快速修改,如下图:
图12
选择“撤消”或“重复”菜单,可进行文章的快速修改。
5、作业:
用Word编辑一个1500字左右的文档,要求进行字体设置、段落设置和添加表格。
二、Excel基础知识与使用
1、Excel的基本功能介绍:
Excel以二维表格作为基本的操作界面提供给用户,用户通过在表格中输入数据,而由程序自动完成诸如计算、等功能,同时电子表格还具有数据库处理功能。
因此,电子表格被广泛应用于统计分析、财务分析、经济、行政等各个领域。
2、Excel的基本概念与操作步骤:
⑴基本概念:
①工作薄:Excel所处理的文档称为工作薄,它是一个运算和存储数据的文件,可以在一个工作薄中管理各种类型的相关信息,Excel文件的后缀为“.XLS”。
②工作表:可以把Excel的工作薄理解为一个帐本,帐本中的一页在Excel中称为一个工作表。
Excel 2003的工作表由65536行×256列组成的巨型表格。
工作表用来列出数据和分析数据,表中可以存放图表、对话框、程序等。
一个工作薄可以包括多个工作表,Excel2003默认为每个工作薄打开3个工作表,每个工作表有一个名字,称为工作表标签,系统把他们记作sheet1、sheet2、···等。
在一个工作薄中最多可以建立255个工作表。
③单元格:工作表中的每一个表格称为单元格,它是组成工作表的最小单位。
用户输入的任何数据都是存放在单元格中的,这些数据可以是数字、公式、文字、图形、声音等。
④单元格地址:为了能确定单元格的位置,给表格的行和列建立了坐标,列坐标从左至右标记为A、B、C、···,共256列,行坐标从上至下标记为1、2、3、···,共65536行。
单元格的坐标称为单元格地址,如:A4。
有时为了区分不同工作表中的单元格,可在地址前加工作表名称。
如:sheet1!A8。
⑤活动单元格:活动单元格是指当前正在使用的单元格,活动单元格的标志是其外有一个黑色的方框,这时所输入的数据会被保存在该单元格中。
⑵Excel的打开、关闭与保存的操作步骤:
①启动一个Excel,选择“文件”菜单,点击“新建”,即是新建立的Excel:
图1
②如图1打开已存在的文件则选择“文件”菜单中的“打开”,选择要打开文件的存放路径。
同时,单击,可以回到目前所处文件夹的上一层文件夹之中。
③如图1要保存正在编辑的Excel,则选择“文件”菜单中的“保持”,选择该文件的保存路径和该文件的保存格式。
在Excel中使用[保存]指令时,如果文件已经保存过一次,那么单击[保存]指令时,文件就会直接进行保存,而不会出现[另存为]对话框了。
当然,也可以把该文件另存为其它文件名或者其它文件格式。
⑶工作薄、工作表和单元格的操作
①通过菜单插入单元格,如下图,选择菜单栏中的“插入”,出现如下菜单:
图2 然后选择“单元格”,出现如下菜单,选择插入的格式,单击“确定”即可。
图3
②活动单元格 鼠标单击任何单元格,使其成为当前可输入内容的单元格,则该单元格即为活动单元格。
(每个单元格容纳32000个字符)。
③工作表中输入数据
a.输入的数据
文字:默认左对齐;
数字:输入正数,不用加+号,加了也被省略;用括号括住数字,表示输入的是负数,如:(321)表示-321;分数前加0与空格否则表示为日期,如1/2表示1月2日;输入的数字太长,表示为########,必须调整列宽才可显示数字;输入数字右对齐,若按文字处理,前加单引号;
日期和时间:日期用/或-隔开,时间用:隔开,同时有日期和时间必须用空格分开,如:05/6/6 16:18:18;日期时间按数字处理,可作运算,日期表示距1900年1月1日的天数,时间表示距0时0分的秒数;默认24小时,若要以12小时制,后加入AM或PM,如输入6:18AM 表示为上午的6点18分,不是下午;
b.输入数据的方法
单击单元格键入数据。
用箭头←、↑、→、↓、回车或TAB来结束输入。
改正错误的数据:按Backspace键删除光标左侧的字符。
按Delete键删除光标右侧的字符(Excel的编辑工具栏修改数据更为方便)。
对表中数据的修改和删除单元格中的修改:单击单元格,用←、↑、→、↓和Del等编辑键对数据进行修改。
若删除单元格内容,按Delete键即可。
④鼠标指针类型及作用 常规鼠标指针:选择命令或选定对象;鼠标带阴影十字指针:选择单元格或区域;鼠标I型指针:输入数据;鼠标双向箭头:改变行号或列号的大小;鼠标双头斜箭头:改变图、表的大小。
⑤选定单元格区域首先,将鼠标指针沿着矩形的一条对角线,从一个角单元拖到另一个角单元后再释放,即这个矩形被选定为一个区域。
然后,单击要选定的行号或列号,即可选定整行或整列。
接着,单击左上角的全选按钮,即可选定所有单元格。
最后,不连续的单元用CTRL键。
⑥单元格数据的移动与复制 数据移动: 方法一:选定→编辑→剪切→编辑→-粘贴;
方法二:选定→(鼠标指针变成一个箭头)拖动→目标位置放开。
数据复制: 方法一:选定→-编辑→复制→编辑→-粘贴;
方法二:选定→(鼠标变成一个十字箭头)拖动→目标位置放开。
⑦单元格的其它插入、删除及合并
插入:在要插入空行的行号上单击右键,选择“插入”;合并:将多个相邻的单元格选中,按右键选“合并”;删除:选择要删除的行,按右键选“删除”。
⑧多工作表中数据的编辑 单击原工作表标签→选定单元格→复制/剪切→单击目标工作表标签→单击目标单元格→粘贴。
⑨数据的类型与设置单元格数据类型 Excel是一个数据处理与分析的软件,所以数据的类型就十分关键;右键单击单元格→“设置单元格格式”→“数字”标签。
一般我们使用的是
常规类型,只有特殊的数据才需要改变单元格类型。
常见的数据类型 常规、数值、时间、日期、百分比。
5、作业:
编辑如下学生成绩表,并计算学生的总分和每门课的平均分:
学号 姓名 政治 语文 数学 英语
9801 王小红 84.5 91 88 85
9802 梁虹春 87 95 81 91
9803 冯立峰 77 84 79 74
9804 吕国华 80 88 91 78
9805 胡建军 91 86.5 74 80
9806 李静静 90 87 91 96
9807 马晓莉 82 93 97 89
三、Foxmail的设置与使用
1、软件基本功能介绍
随着互联网的快速发展,电子邮件成为当今人们进行相互联系的常用工具之一,而Foxmail这个免费的收发电子邮件的工具正好为我们提供了方便。
它具有收发电子邮件的功能,当进行一些设置后可在上网后自动收邮箱里的邮件。
2、基本操作步骤
⑴设置帐户
首先打开Foxmail的主界面,选择“帐户”菜单下的“新建”,跳出一个向导,在向导中添加帐户的名称和邮件的存放路径,然后是填写发送者姓名和邮件地址,它要求用户输入“发送者姓名”与“邮件地址”信息。
“发送者姓名”用来在发送邮件时追加用户姓名,以便于E-mail的接收者识别邮件到底是由哪个用户发送过来的;“邮件地址”则是在发送的邮件中显示发送者的E-mail地址,以便于接收者给您回信。
然后是填写邮件服务器和密码,POP3是用来接收邮件的服务器,SMTP是用来发送和中转邮件的服务器。
密码是指邮箱的密码。
对于一些常用的免费邮箱,如:163、新浪等,Foxmail会自动填写正确的POP3和SMTP服务器地址。
如果服务器地址填写不正确,就不能正常收/发邮件。
最后是选择是否需要进行SMTP验证和邮箱是否保留邮件,一般需要选择SMTP验证才可以进行发送邮件的。
其它帐户管理可看帮助文件。
⑵ 收发邮件
当设置好帐户后,选择要设置的帐户,单击鼠标右键,选择属性,弹出一个对话框,选择接收邮件,选中”每隔”就可设置多少时间进行自动收取该帐户下邮箱的邮件。
选择“发送邮件”可设置邮件格式,也可添加如发送邮件时添加自己的名片等自我风格的邮件。
⑶删除邮件的恢复
在使用邮件过程中难免会删除一些所谓垃圾信件,但是万一你想恢复误删除的邮件呢?如果你删除的信件还没有完全删除,也就是说在删除时并没有同时按下“SHIFT”键,这时文件还在废件箱,我们可以从废件箱中将刚才删除的信件拉回来。
(方法是在废件箱中选中要恢复的信件,用鼠标拖动到你要放该信件的信箱即可。
)
如果你已经完全删除信件而且你还没有关闭现在运行的Foxmail的话,可以通过下面的方法来恢复。
选中信箱中的收信箱或者是废件箱(只要是信箱中的一个即可),单击鼠标右键选择"属性"这时出现,单击"工具"选项,在其对于的界面中单击“开始恢复”,这样即可恢复刚才删除的信件。
⑷自动过滤邮件
Foxmail的过滤器不但功能强大,其设置也非常方便。
设置分为条件和动作两部分。
用鼠标单击主菜单栏中的“帐户”下的“过滤器”子菜单,激活“过滤管理器”设置界面。
首先给出的是“条件”标签项,在其中设置过滤器的名称、过滤条件,然后切换到“动作”标签项,在其中设置找到目标邮件后可采取的处理方式即可。
在“条件”中可以设置过滤的条件,比如应用在“来信”还是“收信”;应用位置包含一封邮件的所有位置,比如“发件人”、“收件人”、“附件”。
在“动作”中,几乎包含了可以想到的任何动作,比如移动、转移、拷贝、自动回复、改变标签、运行程序、显示信息、发出声音,还有一项很特别的设置“跳过后面的过滤器”。
在新版本程序中,用户可以设置多个过滤器,这对于管理多邮箱、多帐号是非常有利的。
⑸添加自动填写POP3和STMP服务器地址
在使用免费信箱时,有些POP3和SMTP服务器地址没有,可在Foxmail目录下的Info 中的poonsmtp.txt中添加POP3和SMTP服务器地址,在建立一个对应的帐号时,该软件自
动添加服务器地址,下面的方法是我们通过手工设置使它也能自己来添加地址,比如你用的是网友@,则在该记事本中添加〈p〉〈s〉smtp. ,当你在使用网友.@的信箱时就会自动的添加了服务器地址。
⑹快速将发件人地址添加到地址簿
为方便用户对地址簿的管理,Foxmail提供了将发件人地址快速添加到地址簿中的功能,从而免去了用户手工输入发件人地址之苦。
为此,我们只需在Foxmail的邮件列表窗口中右击需要添加到地址邮件,然后从弹出快捷菜单中执行“加到地址簿”命令,此时系统就会打开一个“添加地址”对话框,要求用户对地址簿进行选择(Foxmail具有同时设置几个相对独立的地址簿的功能)。
单击“确定”按钮后,Foxmail就会将指定邮件的发件人地址添加到系统的地址簿中,然后我们就可以直接使用了。
⑺自动压缩邮箱
在Foxmail中,使用“邮件”菜单中的“删除”命令删除邮件,实际上Foxmail并没有真正把邮件从硬盘上清除,它们仍然占用着硬盘空间。
邮件删除后,只有再执行“邮箱”菜单中的“压缩”或“压缩全部”命令后,才能真正将其从磁盘上彻底清除,从而节约磁盘空间。
其实压缩邮箱的操作我们可以完全让Foxmail自动进行,方法为:选择需要的帐户,单击“选项”菜单中的"当前帐户属性"命令,系统弹出“帐户属性”对话框,在左边的列表框中,单击“接收邮件”选项,在“邮箱”下选中“浪费空间超过×%时压缩邮箱”复选框;然后单击“确定”按钮即可。
这样,在你每次退出Foxmail时,系统都自动对所有邮箱进行压缩操作。
⑻备份地址簿
当你需要重新安装系统的时候,千万不要忘记备份日积月累的地址簿。
Foxmail的地址簿保存在Address目录下,名为Address.IND和Address.BOX,把地址簿文件拷贝出来可以实现地址簿信息的备份。
除了上述方法,你还可以利用Foxmail自带的导入、导出功能来备份地址簿。
通过它,还可以实现导入Outlook(或者Outlook Express)地址簿和导出到文本文件或Wab文件。
惟一的遗憾,Outlook与Foxmail在地址簿字段定义上存在着不同,也就造成了不能完全兼容的局面。
⑼快速添加附件
当用户需要在发出的邮件中添加附件时,一般情况下,都是在Foxmail的“写邮件”窗口单击工具栏上的“添加附件”按钮,然后通过“打开”文件对话框添加附件。
在Foxmail中,除采用上述方法能为邮件添加附件外,用户还可采用如下两种方法快速添加附件。
①利用“发送到”命令
当用户需要将一个或多个文件作为附件添加到邮件中时,只要打开“资源管理器”,然后选中将要作为附件发送的一个或多个文件(多个文件可按Shift键),然后单击鼠标右键,从弹出的快捷菜单中选择“发送到”子菜单中的“Foxmail”命令,如图1所示。
这时系统就会自动启动Foxmail程序,并打开“写邮件”窗口,而所选文件将作为邮件的附件出现在附件栏中。
当用户利用“发送到”命令添加附件时,并不需要先将Foxmail事先打开。
②拖放法
使用拖放法为邮件添加附件时,首先打开Foxmail的“写邮件”窗口,撰写好邮件正文内容后,将“写邮件”窗口最小化,接着在“资源管理器”选中需要添加的一个或多个文件,用鼠标将选中的文件拖到任务栏的“写邮件”图标,这时“写邮件”窗口就会自动复原。
用鼠标将选中的文件拖到邮件的编辑区中,当鼠标指针下出现一个“+”号标志后,松开鼠标,选中的文件就作为附件添加到附件栏中。
⑽附件保存技巧
①快速保存多个附件
如果收到的邮件中有多个附件需要保存,只要在附件栏中任一附件名称上单击鼠标右键,从弹出的快捷菜单中选择“全选”命令,然后将附件拖到目标文件夹中,即可将全部附件快速保存。
用户也可以在选择“全选”命令后,再次右击附件,从弹出的快捷菜单中选择“另存为”命令,然后选择目标文件夹进行保存。
②单独删除邮件中的附件
在Foxmail中,对于用户收到带有附件的邮件,系统未提供单独删除邮件中的附件的功能。
用户要想单独删除邮件中的附件,需采用如下方法处理:在Foxmail“收件箱”中选中需要删除附件的电子邮件,将其拖到“发件箱”中。
松开鼠标后,系统会弹出一个“要将邮件转移到:发件箱吗?”的确认对话框,单击“是”按钮,将选中的邮件转移到“发件箱”。
在“发件箱”中用鼠标右击刚才转移过来的邮件,从弹出的快捷菜单中选择“再次发送”命令,在“写邮件”窗口中打开该邮件。
在附件栏中将需要删除的附件选中,单击鼠标右键,从弹出的快捷菜单中选择“删除”命令,将附件删除。
单击工具栏中的“保存”按钮,将邮件保存。
最后单击“关闭”按钮退出“写邮件”窗口。
将删除了附件的邮件选中,将其拖回到“收件箱”中。
操作完成后,将“发件箱”中带附件的邮件删除。
经过上述操作,就可将电子邮件中的附件单独删除,从而节省了邮件所占用的磁盘空间。
⑾破除口令
在Foxmail中可以为不同的使用者建立不同的账户,每个账户可以拥有自己的口令,来保护自己的信箱。
但是,如果忘记了密码,则自己也进不去了,怎么办?
①打开Foxmail,在“账户”里边新建立一个账户,用户名可以任意,为讲解方便我们假设该账户名为“MCH”。
如果你要恢复已经忘记的账户密码,那么,在建立账户时,你所设置的POP3服务器和SMTP服务器(也就是你的E-mail设置)必须和以前的账户是一样的,完成后退出Foxmail。
②打开“资源管理器”或“我的电脑”,找到Foxmail文件夹,如果采用默认安装方式,一般在C:\ProgramFiles\Foxmail下。
打开其下的“MAIL”文件夹,你会发现这里有许多以账户名命名的文件夹,打开新建的“MCH”文件夹后,你会发现里边有个文件名为“account.stg”的文件,把它复制到你忘记了密码的账户目录里边,直接覆盖原来的“account.stg”文件。
③重新运行Foxmail,点击原本忘记了密码的那个信箱,呵呵,不会再向你问口令了!直接就可以打开该账户,你会发现你的邮件静悄悄地躺在那里!
需要说明的是:如果你对新建账户设置了访问口令,如“123123”,那么当你将新建账户文件夹下的“account.stg”拷贝到忘记了口令的那个账户文件夹下后,则忘记了口令的那个账户现在的访问口令也为“123123”了。
大家可能都看出来了,使用上面的方法别人也可以侵入你的邮箱,这时候以上第一条里边的设置就无所谓了,他只要随便建立一个账户名,用“account.stg”覆盖你账户文件夹里面的“account.stg”文件,然后就可以直接打开你的信箱,里面的信件可以一览无余!
如果他还给新建的账户设置了口令,则你被侵入的账户也带有同样的口令了,这样你就再也无法进入该信箱了——除非你也用同样的方法重新进入!
⑿防范方法
如果你是在公共环境下使用Foxmail那就要小心了,最保险的方法是使用Foxmail以后,将你的账户所对应的文件夹删除,或者在建立账户时,邮箱路径不要选择默认的,而是输入一个自己才知道的,如c:\windows\system\window的路径,在系统文件夹下,谁敢乱动!再保险一点,找到新建的信箱文件夹后,点击鼠标右键,在弹出菜单中选择“属性”,将文件夹设为“隐藏”,别人想找你的文件夹也就更费力气了。
除此以外,还可以使用WinZip对该文件夹进行压缩,对压缩后的ZIP文件加长一点的访问口令,使用时将其展开,使用完毕再如
法炮制即可
⒀解决新邮件提示栏的错误
在用Foxmail收信后,可能你会直接动手删除一些广告邮件。
然而在阅读完其他新邮件后,你会发现运行在电脑屏幕顶端的“新邮件提示栏”中却还提示着那些已经被删除的邮件,双击其中一封,Foxmail却又提示“找不到邮件”。
这个问题怎么解决呢?这时,你直接删除Foxmail目录下的“fmnmtk.dat”文件就可以了。
因为在接收邮件时,Foxmail会将未阅读的新邮件信息保存在“fmnmtk.dat”文件中,当你在未阅读的情况下删除一封新邮件时,保存在“fmnmtk.dat”文件里的新邮件信息还在,并不会被删掉。
下次重启Foxmail时,程序会自动重建新的“fmnmtk.dat”文件。
3、作业
分别用Word和Execl各编辑一个文件,然后用Formail编写一个邮件,把它们用作邮件附件来进行邮件发送。
第二篇分子生物学软件的使用
一、序列格式的转换——SeqVerter 1.3的使用
1、软件基本功能介绍
在进行生物信息学实验操作过程中,由于采用不同的分析软件,导致序列格式产生很大的差异。
而不同的分析软件在分析序列的不同功能方面具有差异性。
由此,为了选择最优的分析软件,同时解决好相互之间的格式转换问题,我们需要一个序列格式转换工具。
SeqVerter 1.3是一个序列格式转换程序,具有5个方面的功能,①同时打开多个序列文件;②查看序列;③选择序列的一部分进行格式转换;④将不同源文件的序列并入一个多序列文件;⑤将序列从一个多序列文件中分成不同单序列文件。
2、基本操作
以如下所示的一个SeqVerter 1.3程序窗口为例加以说明。
15 sequences open:指目前打开了15条序列。
序列列表窗口列出了目前打开的序列
的名称,前面的选择对勾表示此序列需包括在输出文件中,若某序列不想包
括在输出文件中,则再用鼠标单击此序列前方方框,对勾便消失,表示其不
包括在输出文件中。
View:单击将打开目前所选择的序列,显示序列信息,上例便是打开E.bov序列。
Select All:单击表示选择所有列表中的序列,也就是所有序列前均打上对勾。
Deselect All:单击将清除所有序列前的对勾。
Clear:单击将清空序列列表窗口中的所有序列。
About:单击显示程序版本信息与版权信息。
Option:单击将打开选项,进行各种选项设置。
Import Sequence File:单击将打开对话框输入或选择想要打开的文件名,可以通过按住Ctrl键同时用鼠标选择多个文件,让程序同时打开。
Merge Sequences (Multiple sequence file) :单击,将选择的序列输出到一个多序列文件中。
Split Sequences (Single sequence file) :单击,将选择的序列分别输出到多个单序列文件中。
输出允许选择多种文件格式。
Sequence Info:显示了目前选择的序列的一些信息,如名字、格式等。
目前程序可转换的格式包括:单序列格式:ABI (read only)、DNAStar、IBI/PUSTELL 、SCF (read only);多序列格式:FASTA、GenBank、STRIDER、
SWISS_PROT (read only)、EMBL (read only)、Clustal、PHYLIP Interleaved、
MSF。