油棕EgNAC 33基因的克隆与逆境响应表达分析
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江西农业学报㊀2020,32(6):6 10
ActaAgriculturaeJiangxi
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http://www.jxnyxb.com
DOI:10.19386/j.cnki.jxnyxb.2020.06.02
油棕EgNAC33基因的克隆与逆境响应表达分析
周丽霞,曹红星∗
㊀
㊀收稿日期:2019-12-18
基金项目:农业农村部物种品种资源保护费项目(125163015000160004);热带木本油料产业技术创新团队项目(17CXTD-13);农业
农村部农业国际交流与合作项目(SYZ2019-12)㊂
作者简介:周丽霞(1982─),女,山东聊城人,助理研究员,硕士,从事生物化学与分子生物学研究㊂∗通信作者:曹红星㊂
(中国热带农业科学院椰子研究所/海南省热带油料作物生物学重点实验室,海南文昌571339)
摘㊀要:应用RT-PCR及RACE技术,克隆了油棕抗逆相关基因EgNAC33的全长cDNA;应用生物信息学方
法对其氨基酸序列进行了分析,同时采用qRT-PCR分析了低温㊁干旱及高盐胁迫处理后EgNAC33的响应表达情况㊂结果表明:克隆获得的基因EgNAC33的cDNA全长为1952bp,含1个长约735bp的开放阅读框,编码245个氨基酸,该基因编码的蛋白与椰子NAC蛋白的同源性最高;EgNAC33基因受低温及高盐胁迫的诱导,其中,在8ħ条件下胁迫8h时的表达量最高,在高盐条件下胁迫24h时的表达量最高;但在干旱胁迫下,
EgNAC33的表达量基本上不受影响㊂
关键词:油棕;EgNAC33基因;生物信息学;逆境胁迫;表达分析
中图分类号:S564.6㊀文献标志码:A㊀文章编号:1001-8581(2020)06-0006-05
CloningofEgNAC33andItsExpressionAnalysisunderStressinOilPalm
ZHOULi-xia,CAOHong-xing∗
(CoconutResearchInstitute,ChineseAcademyofTropicalAgriculturalSciences/HainanKeyBiologicalLaboratoryofTropicalOilCrops,Wenchang571339,China)
Abstract:Thefull-lengthcDNAofEgNAC33generelatedtostresstoleranceinoilpalmwasclonedbyRT-PCRandRACEmethods,anditsaminoacidsequencewasanalyzedbybioinformatics.Theexpressionchangesundercold,droughtandsaltstres⁃seswereanalyzedbyqRT-PCR.Theresultsshowedthatthefull-lengthcDNAofEgNAC33was1952bpincluding1openreadingframe(ORF)of735bp.Itencoded245aminoacids.EgNAC33proteinhadthehighesthomologywithcoconutNACprotein.TheEgNAC33transcriptswereinducedbycoldandsaltstresses,anditsexpressionreachedthehighestlevelunder8ħfor8handsaltstressfor24h,respectively.TheexpressionofEgNAC33wasnotaffectedundertheconditionofdrought.
Keywords:Oilpalm;EgNAC33;Bioinformatics;Stress;Geneexpression
㊀㊀当植物受到低温㊁干旱及盐碱等非生物逆境胁迫时,细胞会发生一系列的基因调控,产生一系列的逆境响应机制来适应逆境[1]㊂转录因子在基因调控过程中起到效应基因开关的作用,常见的转录因子,如WRKY㊁AP2㊁bZIP及NAC等[2-4],都在植物逆境响应过程中发挥调控作用,其中,NAC转录因子广泛参与植物对逆境的响应过程㊂NAC转录因子的N端存在1个比较保守的NAC结构域,其C端有1个转录调控结构域,当接收到逆境胁迫信号后,NAC通过转录调控结构域来调控下游基因的表达[5]㊂
NAC转录因子最初是从矮牵牛分生组织中分
离出来的[6],当缺少该基因时,叶片无法正常发育㊂近年来,随着对NAC转录因子调控功能的不断挖掘,发现NAC在植物生长发育㊁代谢衰老㊁植物对抗生物及非生物胁迫等多方面都起到表达调控的作用,如Kusano等[7]研究发现NAC在水稻根㊁茎和花的发育早期及水稻成熟韧皮部的维管束组织中均有所表达㊂Guo等[8]研究发现AtNAC基因在衰老叶片中的表达量上调,且过表达的AtNAC基因会加速叶片的衰老㊂Zhang等[9]发现当水稻受稻瘟菌侵染后,28个OsNAC基因的表达量上调,19个OsNAC基因的表达量下调㊂Ochiai等[10]在水稻中筛选出1个NAC基因Boronexcess
tolerant1,该基因可以负调控水稻的耐硼毒性㊂Yokotani[11]发现水稻中至少有5个NAC基因在干旱及盐胁迫中的表达量上调,SNAC1基因的过量表达会促进水稻叶片气孔的关闭,减少水分流失,提高抗旱能力㊂Xue等[12]通过转基因克隆小麦的TaNAC基因,发现该基因在干旱和低温胁迫下的表达量上调,以提高小麦对环境的抗逆性㊂孙丽娟等[13]通过分析巨桉的基因EgrNAC1在低温㊁干旱和高盐胁迫下的表达量,发现该基因在上述3种非生物胁迫下的表达量均上调,该基因对这3种胁迫均会产生响应㊂
我国从马来西亚㊁印度尼西亚等油棕传统种植区引进油棕试种近90年,主要种植在海南㊁广西等热区㊂近年来,随着棕榈油消费量的增大,油棕的种植面积急需扩大,但我国冬季的低温天气严重限制了油棕的扩大种植,低温是限制我国油棕产业发展的瓶颈之一,研究油棕EgNAC33基因的表达特征和功能,对油棕的抗逆尤其是抗寒育种具有重要意义㊂目前,关于油棕NAC基因受非生物胁迫诱导表达的研究鲜有报道㊂笔者借助分子技术,克隆了油棕的EgNAC33基因,应用生物信息学方法分析了其序列结构特征,通过荧光定量PCR方法检测了该基因在低温条件下被诱导表达的规律,同时初步探索了此基因对干旱及高盐胁迫的响应,旨在为进一步的基因功能鉴定工作提供试验依据,同时为油棕分子辅助育种提供候选基因㊂1㊀材料与方法
1.1㊀试验材料
供试油棕材料来自中国热带农业科学院椰子研究所油棕品种试种示范园㊂选取9株同一批培育㊁植株大小相近,长势良好㊁茎高约45cm的幼苗,将其分为3个重复,每个重复为3株,放入可控植物三色光培养箱中,进行8ħ低温(光照14h/黑暗10h)处理,分别在处理后1㊁4㊁8㊁24和48h时进行叶片采样;以28ħ室外生长条件下的幼苗为对照组㊂分别用7㊁5㊁3㊁2和1d不浇水的植株作为干旱处理组;以正常浇水组为对照组,进行叶片采样㊂高盐处理:将油棕幼苗置于不同塑料容器内,处理组容器中保持植株栽培盆1/2高度的300mmol/LNaCl溶液,对照组则用清水保持同样液面高度,并分别在处理后0㊁4㊁12㊁24㊁48及72h时进行叶片采样㊂取样样品均为幼苗的中间嫩叶,用液氮冷冻,用于RNA的提取㊂
主要试剂:大肠杆菌Escherichiacoli5α为湖南大学分子育种实验室保存;T4DNA连接酶㊁Taq
DNApolymerase㊁RNA逆转录试剂盒购自海口琼山莱客(海南)科技服务中心;克隆载体pGEM-TEasyVector购自Promega公司;RT-PCR试剂盒㊁RACE试剂盒购自Invitrogen公司;荧光定量试剂盒[FastStartUniversalSYBRGreenMaster(Rox)]购自罗氏公司;引物合成及测序由深圳华大基因科技服务有限公司完成㊂
主要仪器设备:Mx3000P型实时荧光定量PCR仪㊁SYNGENEGBOXHR凝胶成像分析系统㊁三色光培养箱(LED-30HL1,美国)㊁超速冷冻离心机(EppendorfCentrifuge5810R型,德国)㊁超微量核酸蛋白检测仪(ThermoNanodrop2000)㊂1.2㊀RNA的提取及cDNA的合成
采用Trizol法[14]提取油棕嫩叶的RNA㊂称取约2g油棕嫩叶,利用液氮将其研磨至粉末状,置于2mLEP离心管中,向管中加入1mLRNA提取液,充分振荡并静置10min;再向其中加入0.2mL氯仿,充分振荡混匀后静置7min;然后在4ħ超速冷冻离心机中以10000r/min离心10min;吸取600μL上清液至新的1.5mL无RNase的离心管中,加入等体积冰冻的异丙醇,轻轻摇匀后冰上放置10min,在4ħ超速冷冻离心机上以10000r/min离心10min;去上清,加入1mL75%乙醇,在4ħ超速冷冻离心机上以8000r/min离心5min;去上清,在超净工作台上静置至酒精完全挥发,加入20μLRNase-free水,用枪头吹打混匀得RNA㊂用1%琼脂糖凝胶电泳检测所提取RNA的完整性,利用超微量核酸蛋白检测仪检测RNA的纯度及浓度㊂取1μL上述检测过的质量和纯度较好的RNA,应用海口琼山莱客(海南)科技服务中心的RNA逆转录试剂盒进行cDNA合成㊂
1.3㊀EgNAC33基因的克隆和序列分析
首先,从GenBank数据库中获得NAC基因的编码序列,通过ClustalX进行多序列比对,根据序列的保守性设计兼并性引物NAC-F:5ᶄ-GGA⁃CAAAGAATTGCTTAATGC-3ᶄ;NAC-R:5ᶄ-CA⁃CAACAGCTGAACTTGATATC-3ᶄ㊂以cDNA为模板进行PCR扩增,利用获得的片段以T载体法克隆PCR产物,将阳性克隆送深圳华大基因科技服务有限公司进行测序㊂
7
㊀6期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀周丽霞等:油棕EgNAC33基因的克隆与逆境响应表达分析
根据RT-PCR片段的序列测定结果,合成RACE-PCR所需的特异引物GSP1:5ᶄ-CTG⁃GTTTCCGTTTCCATCCC-3ᶄ;GSP2:5ᶄ-CGAAC⁃CGAGCAGCCAACA-3ᶄ,分别用于克隆cDNA的5ᶄ端序列和3ᶄ端序列,具体步骤均按RACE试剂盒说明书执行;PCR产物回收后经T载体克隆㊁测序,并与已克隆的NAC基因编码拼接,从而获得全长cDNA序列㊂以拼接得到的基因全长cDNA设计引物NAC-F:5ᶄ-CTCAAAGATTAGAGGCTCCCC-3ᶄ;NAC-R:5ᶄ-AGTGATAAGCTCCTCGTCGGT-3ᶄ,通过PCR扩增和测序,验证所获基因全长的准确性㊂
1.4㊀EgNAC33基因的表达分析
应用实时荧光定量PCR考察EgNAC33基因在油棕叶片中的表达量变化情况,以Actin1为内参基因,引物为Actin1-F:5ᶄ-GTTGTCGCTCCACCCG-3ᶄ;Actin1-R:5ᶄ-GCAGGACCACATTCATCATA-3ᶄ[15]㊂应用Primer5软件设计EgNAC33基因的定量引物EgNAC33-F:5ᶄ-ACGCTTTCCGCGACACTG-3ᶄ;EgNAC33-R:5ᶄ-CCGGAGTGCCGTGAACAA-3ᶄ㊂定量PCR分别进行3个生物学重复和3个技术重复,反应体系为10μL:5μLFastStartUniversalSYBRGreenMaster缓冲液㊁0.5μL上引物(10μmol/L)㊁0.5μL下引物(10μmol/L)㊁0.2μLRox㊁1μLcDNA模板㊁2.8μLddH2O㊂反应条件为:95ħ预变性10min;95ħ变性15s,60ħ复性30s,72ħ延伸20s,共35个循环㊂
1.5㊀数据分析
应用SMART软件预测EgNAC33的保守结构域;通过NCBI网站blast油棕EgNAC33与其他植物NAC蛋白序列的同源性;同时应用MEGA6.06软件构建油棕与其他植物NAC蛋白的进化树,分析进化关系㊂
2㊀结果与分析
2.1㊀EgNAC33基因的克隆与测序分析
在RACE后通过拼接㊁验证和再测序,获得了1条NAC的全长cDNA序列,该序列大小约为1952bp,含1个长约735bp的开放阅读框,可编码245个氨基酸残基㊂在NCBI网站上blast(http://blast.ncbi.nim.nih.gov/blast)对比后,发现该基因靠近N端的位置具有NAC保守结构域㊂将EgNAC33基因编码的蛋白序列与其他植物的同源蛋白序列进行比对,结果如图1所示,在不同植物间蛋白序列N端约11个氨基酸的同源性较低,第47 143氨基酸序列相对保守㊂通过分析不同植物间NAC基因的系统进化树(图2),发现大致分为2个亚族,其中油棕NAC33与CnNAC同源蛋白的亲缘关系最近,其同源氨基酸相似度高达93%,且与椰枣和槟榔同属1个亚族,该亚族中的植物均为木本植物;而拟南芥㊁大豆和花生作为草本植物聚类在一起,与其他木本植物的亲缘关系较远㊂在进化上,EgNAC33与CnNAC的亲缘关系最近㊂
At为拟南芥;Cn为椰子;Gm为大豆;Os为水稻;Dp为椰枣;Ac为槟榔㊂图1㊀油棕EgNAC33蛋白序列与其他植物同源蛋白序列的比对
2.2㊀在低温胁迫下EgNAC33基因的表达
由图3可知,油棕幼苗经过8ħ低温处理后,EgNAC33在各时间点的表达明显受到低温诱导,且在各低温胁迫时间点的相对表达量均比对照组的表达量高,显示该基因受到了低温胁迫的诱导㊂其中在低温胁迫的0 8h期间,EgNAC33的表达量逐渐变大,在8h时其相对表达量达到最高水平;随着低温胁迫时间的增加,其表达量先降低,然后又增加;从整体上看,在8ħ低温条件下,EgNAC33的表达在不同处理时间下均被强烈诱导,与对照相比,该基因的表达量在1h时即被诱导增加了4.42倍,在4h时增加了7.83倍,在8h
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时增加了9.88倍,在24h时增加了2.91倍,在48h时增加了5.98倍㊂由此可见,在不同的胁迫时间段内,EgNAC33基因的表达量存在一定的波动性㊂这说明EgNAC33基因参与了调控油棕的抗寒响应,但又体现了其对低温胁迫响应调控的复杂性,一方面该基因的表达与温度有关,另一方面,它还可能受到植物其他生理因子的影响[16]㊂
图2㊀不同植物间NAC基因的进化树分析
图3㊀在低温胁迫下EgNAC33基因的相对表达量2.3㊀在高盐胁迫下EgNAC33基因的表达
从图4可以看出:油棕幼苗经过300mmol/LNaCl溶液处理后,EgNAC33在各胁迫时间点的表达量明显受到高盐诱导,且在各胁迫时间点的相对表达量均高于对照组的表达量,初步表明该基因受到了高盐胁迫的诱导㊂具体来说,在胁迫的0 24h期间,EgNAC33的表达量逐渐变大,其中,在24h时的相对表达量达到最高水平,高达4.3倍;随着胁迫时间的延长,其表达量逐渐降低㊂由此可见,EgNAC33基因对高盐胁迫做出了应答,参与了调控油棕的耐盐机制㊂
2.4㊀在干旱胁迫下EgNAC33基因的表达
从图5可以看出,在干旱胁迫条件下,在各时间点EgNAC33基因的相对表达量与对照组相比无明显差异㊂推测EgNAC33不能被干旱胁迫诱导,该基因不参与干旱逆境的应答信号途径㊂
3㊀讨论与结论
NAC基因家族是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育中具有重要的调控作用,而且也参与植物对干旱㊁高盐㊁低温等非生物胁迫的抗逆反应,其中有20% 25%的家族成员参与至少1种以上逆境因子的响应[17]㊂本研究通过分析EgNAC33蛋白的生物信息学特性,发现EgNAC33
基因的长度为1952bp,含有1个长约735bp的开放阅读框,编码245个氨基酸;EgNAC33蛋白质的N端具有NAC保守结构域;在系统进化上,该基因与椰子NAC的亲缘关系最近,且与椰枣和槟榔同属一个亚族㊂该结果表明棕榈科植物中NAC蛋白的氨基酸序列具有高度的保守性㊂
图4㊀在高盐胁迫下EgNAC33基因的相对表达量
图5㊀在干旱胁迫下EgNAC33基因的相对表达量
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㊀6期㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀周丽霞等:油棕EgNAC33基因的克隆与逆境响应表达分析
㊀㊀很多研究表明,NAC基因受多种逆境因子的影响,并能启动多个逆境反应调控途径,参与植物的多种抗逆响应,例如:棉花的GhSNAC5和Gh⁃SNAC8基因会不同程度地被高盐㊁干旱及黄萎病胁迫诱导[18];番茄的TNAC基因同时受高盐和低温逆境的诱导[19];大豆的GmNAC基因受盐胁迫的诱导[21]㊂本研究发现,EgNAC33对干旱胁迫没有明显响应,但对低温和高盐胁迫均表现出典型的诱导表达效应,且在不同处理时间点均表现出诱导表达的特点,同时由EgNAC33介导的冷胁迫及高盐胁迫响应与干旱胁迫响应途径没有交叉反应㊂
基因的表达调控是一个复杂的过程㊂本研究只初步考察了油棕受到低温㊁高盐及干旱胁迫时EgNAC33基因的表达量变化,虽然可以为研究NAC基因家族调控油棕抗逆反应机制提供一定的试验依据,但对该基因家族的具体表达调控机制及其在油棕对抗外界胁迫时发挥的具体作用还需更深入的探索㊂
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(责任编辑:黄荣华)
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