Olex2及Ortep作图时设置标签后缀上下标
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Olex2及Ortep作图时设置标签后缀上下标
在使用Olex2或者Ortep绘制单晶结构透视图时,根据需要可能要对原子标签后缀进行上下标设置,尤其是在需要展示对称操作得出的结构部分时,设置适当的后缀显得非常重要,而将后缀设置为上下标则可以节省空间,使结构图看起来更加整洁美观。
我们以Olex2附带数据water为例讲解如何进行上述设置,其不对称单元结构如下图所示:
从其不对称单元可以看出,其不对称单元中包含的分子数是半个,其完整结构需要用grow操作来展示,如下图所示:
但是你会发现grow之后还是缺了一个水分子,这时就需要grow -w来使其完整地展示出来,如下图所示:
现在,我们可以把原子标签显示出来,例如显示杂原子标签,则在Work菜单下Draw子菜单下点击hetero按钮,如下图红色按钮所示:
得到的结果如下图所示,你会发现grow出来的另一半中的原子与不对称单元中的原子的标签一模一样:
这是因为默认设置是不带后缀的,后缀可以在Symmetry label中设置,如下图所示:
在风格中可以设置上下标或者括号,如下图所示:
例如Symmetry label选择X,Style则按默认格式,得到如下图所示格式标签,带有上标i的原子表示由对称操作得到,其对称操作码可以将鼠标放在其原子上得到,本例结构中的对称操作码为:-X,1-Y,-Z
当然了,你也可以根据自己的需要进行编辑,将鼠标放在原子标签上并双击,在弹出的对话框中进行更改,其上下标格式有如下四种:
1. N\-1 = N1
2. N\+1 = N1
3. N\-2\+1 = N21
4. (N\-2\0)\+1 = (N2)1
例如将其中一个后缀由i改为A:
则得到如下图所示结果,红色箭头所指:
当然了,这种方法需要一个一个去更改,你也可以在程序给定的几个选项中挑选合适的设置。
Ortep中对称操作出来的原子的后缀为“_i”,如下图所示:
该后缀也可以设置为上标,在Labels下拉菜单中选择是否勾选如下图红色箭头所示选项即可,其中两者都勾上的效果是上图所示的模样。
将其都去掉勾选,则为下图所示效果:
这个设置最好是在标记原子标签之前,因为Ortep中不能随时移动标签位置。
希望上述内容对大家有所帮助。