DAVID-v6.7学习资料
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• Tissue Expression
• 数据上传
• =>选择Functional Annotation（菜单栏 Short cut里或传完后 直接选择）
• =>分析结果概览 （Summary results)
• =>Clustering, Chart 或Table
• =>结果保存
1.提交的信息
结果概览
点击
• Kappa值越高相似度越高
• Thanks
此课件下载可自行编辑修改，仅供参考！ 感谢您的支持，我们努力做得更好！谢谢
该基因所在的terms
物种
基因功能分类
• 按照基因的生物学功能，相似的归为一类
• 数据导入 • =>运算 • =>TEXT结果格式 • =>图像结果格式
分成了多少个cluster 限定强度
该cluster涉及到的terms
画图
相关基因
该cluster里的基因
注释
Gene batch viewer：快速查找相似基因
相关term
在生物学上 比较类似的 一组term
EASE 分值，也就是修正后的P值（越低越显著） FDR可选
数据信息
规定term的最少基因数 规定p值
Chart
每页至多rm搜索
基因数
P值 FDR
百分比
Table:以逐条的基因为中心
基因ID
相关基因
Database
先用conversiontool转换再提交列表信息及编辑选定重命名删除组合及显示基因列表background一般系统会自动选好如果没选好可以去david自带的background里查找设置或自行上传列表可循环利用于后面的所有分析无需重复上传id概述是否找到按照id来源的概述点击图标集体转换每个id的详细列表点击图标单独转换选择functionalannotation菜单栏short分析结果概览summaryresultsclusteringchart或tablefunctionalcategoriesgeneralannotationsmainaccessionsproteindomainsproteininteractionstissueexpression1
DAVID-v6.7
数据上传
• 1.直接从EXCEL里粘贴或从文件导入
• 2.选择所粘贴或基因标识的类型
• 3.Gene list 或background，即，所 提交的是感兴趣的基因还是整张芯片 的基因
• 4.提交
• 如果出现这个提示框，说明没有匹配上的基 因比较多。
• Option1：照常提交，但它只计算匹配上的 • Option2：先用Conversion Tool 转换再提交 • 可根据基因的匹配情况进行选择
• 转好之后点击提交 • 之后在这里会出来新转换的list
富集和功能注释
• Functional Categories • GO • General Annotations • Literature • Main Accessions • Pathways • Protein Domains • Protein Interactions
3.1 百分比
3.2 基因数
3.3 只对此类生 成图表
点击所需要的结果形式：
4.1 结果聚类 去除冗余
4.2 Chart
2.勾选选择感兴趣的结果（系统有默认）
4.3 Table
注释的聚类
数据信息
限定强度（越高分类越细）
该Cluster里的所有基因
富集分值（越高富集度越大）
Term名称
Term里基因个数
• 基因的匹配情况 • 列表信息及编辑（选定，重命名，删除，组
合及显示基因列表）
• Background一般系统会自动选好，如果没选好，可以去 DAVID自带的Background里查找设置，或自行上传
• 选择所要做的分析
• 列表可循环利用于后面的所有分析，无需重复上传
ID转换
概述，是否找到 按照ID来源的概述，点击图标集体转换 每个ID的详细列表，点击图标单独转换
• 数据上传
• =>选择Functional Annotation（菜单栏 Short cut里或传完后 直接选择）
• =>分析结果概览 （Summary results)
• =>Clustering, Chart 或Table
• =>结果保存
1.提交的信息
结果概览
点击
• Kappa值越高相似度越高
• Thanks
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该基因所在的terms
物种
基因功能分类
• 按照基因的生物学功能，相似的归为一类
• 数据导入 • =>运算 • =>TEXT结果格式 • =>图像结果格式
分成了多少个cluster 限定强度
该cluster涉及到的terms
画图
相关基因
该cluster里的基因
注释
Gene batch viewer：快速查找相似基因
相关term
在生物学上 比较类似的 一组term
EASE 分值，也就是修正后的P值（越低越显著） FDR可选
数据信息
规定term的最少基因数 规定p值
Chart
每页至多rm搜索
基因数
P值 FDR
百分比
Table:以逐条的基因为中心
基因ID
相关基因
Database
先用conversiontool转换再提交列表信息及编辑选定重命名删除组合及显示基因列表background一般系统会自动选好如果没选好可以去david自带的background里查找设置或自行上传列表可循环利用于后面的所有分析无需重复上传id概述是否找到按照id来源的概述点击图标集体转换每个id的详细列表点击图标单独转换选择functionalannotation菜单栏short分析结果概览summaryresultsclusteringchart或tablefunctionalcategoriesgeneralannotationsmainaccessionsproteindomainsproteininteractionstissueexpression1
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数据上传
• 1.直接从EXCEL里粘贴或从文件导入
• 2.选择所粘贴或基因标识的类型
• 3.Gene list 或background，即，所 提交的是感兴趣的基因还是整张芯片 的基因
• 4.提交
• 如果出现这个提示框，说明没有匹配上的基 因比较多。
• Option1：照常提交，但它只计算匹配上的 • Option2：先用Conversion Tool 转换再提交 • 可根据基因的匹配情况进行选择
• 转好之后点击提交 • 之后在这里会出来新转换的list
富集和功能注释
• Functional Categories • GO • General Annotations • Literature • Main Accessions • Pathways • Protein Domains • Protein Interactions
3.1 百分比
3.2 基因数
3.3 只对此类生 成图表
点击所需要的结果形式：
4.1 结果聚类 去除冗余
4.2 Chart
2.勾选选择感兴趣的结果（系统有默认）
4.3 Table
注释的聚类
数据信息
限定强度（越高分类越细）
该Cluster里的所有基因
富集分值（越高富集度越大）
Term名称
Term里基因个数
• 基因的匹配情况 • 列表信息及编辑（选定，重命名，删除，组
合及显示基因列表）
• Background一般系统会自动选好，如果没选好，可以去 DAVID自带的Background里查找设置，或自行上传
• 选择所要做的分析
• 列表可循环利用于后面的所有分析，无需重复上传
ID转换
概述，是否找到 按照ID来源的概述，点击图标集体转换 每个ID的详细列表，点击图标单独转换