中农 微生物分组名单
食品卫生微生物学检验培训课件
食品卫生微生物学检验
甲 乙甲 乙
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丙 丁丙 丁
甲 乙甲 乙
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丙 丁丙 丁
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食品卫生微生物学检验一 实验准备
❖ 培养基制备 ❖ 高压蒸汽灭菌 ❖ 器材预算 ❖ 刻度吸管的无菌操作方法
食品卫生微生物学检验
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培养基的制备（40人份）
组号
1+2 +3+4
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培养基
乳糖胆盐 发酵培养基
营养琼脂
称量g 水量ml
❖ 大肠菌群并非细菌学分类命名, 而是卫生细菌领域的 用语, 它不代表某一个或某一属细菌, 而是指具有某 些特性的一组与粪便污染有关的细菌, 是评价食品卫 生质量的重要指标之一。
❖ 大肠菌群在生化及血清学方面并非完全一致, 其定义 为: 需氧及兼性厌氧、在37℃能分解乳糖产酸产气的 革兰阴性无芽胞杆菌。一般认为该菌群细菌可包括大 肠埃希菌属、柠檬酸杆菌属、克雷伯菌属和肠杆菌属 等四个属的细菌。
食品卫生微生物学检验
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器材准备
❖ 1.冰箱: 0～4℃ ❖ 2.恒温培养箱: 35～37℃ ❖ 3.恒温水浴箱: 45～47℃ ❖ 4.灭菌1ml刻度吸管: 3支×10组×2倍 ❖ 5.灭菌10ml刻度吸管: 2支×10组×2倍 ❖ 6.灭菌90mm平皿: 7个×10组×2倍 ❖ 7.灭菌70mm平皿: 4个×2×10组×2倍 ❖ 8.灭菌中试管: 2支×10组×2倍
条包住吸管向前转动几圈, 将吸管尖退入纸筒内约3～4 厘米, 把纸筒起始端压平, 打折180度 （折3～4 厘米长、纸筒壁厚度约三层纸, 不容易被管尖扎破）, 转动并压住起始端打折部分, 继 续转动。转动时, 右手将纸条向前推平, 左手将吸管向后拉紧, 同时向前转动, 吸管就能够包得 很紧。纸筒形成以后, 把末端空心纸筒压平固定, 打折, 系牢, 多余的纸撕掉。 ❖ 每10支用1/2版（宽 20cm）的报纸包成1包。 ❖ 高压蒸汽灭菌, 烤干备用。
中国镰刀菌属菌种的初步名录
中国镰刀菌属菌种的初步名录镰刀菌属是真菌界的一个重要类群，其成员在农业、工业和生态系统中具有重要作用。
中国是世界上生物多样性最丰富的国家之一，开展对中国镰刀菌属菌种的分类和鉴定工作，对于深入了解我国生物资源、发掘新物种和基因具有重要意义。
本文旨在提供中国镰刀菌属菌种的初步名录，为后续研究提供参考。
为了广泛收集中国镰刀菌属的菌种资源，我们采用了多种方法进行采集。
采集地点包括农田、森林、草地、公园等自然环境和谷物、水果、蔬菜等农作物。
采集到的菌种样品经过分离、纯化、培养和筛选，挑选出具有代表性的菌株，进行分类和鉴定。
为了准确鉴定镰刀菌属菌种的种类，我们采用了DNA提取和分子鉴定的方法。
将挑选出的菌株进行DNA提取，然后利用通用引物进行PCR 扩增。
将PCR产物进行测序，利用基因组信息进行分类和鉴定。
通过构建系统发育树，可以清晰地展示不同菌种之间的亲缘关系。
系统发育分析是研究物种亲缘关系的重要手段。
我们利用MEGA等软件，根据基因组信息构建了镰刀菌属菌种的分子系统树。
通过分析系统发育树，可以发现不同菌种之间的亲缘关系和演化历程。
这有助于深入了解镰刀菌属的物种多样性和演化特点。
在完成分类和鉴定的基础上，我们编制了中国镰刀菌属菌种的初步名录。
名录中包括了每个菌种的中文名称、拉丁学名、采集地点和鉴定方法等信息。
为了反映菌种之间的亲缘关系，名录中还列出了在系统发育树上的位置和与其他菌种的亲缘关系。
本文提供了中国镰刀菌属菌种的初步名录，为后续研究提供了基础数据。
中国镰刀菌属的物种多样性和遗传资源非常丰富，随着研究的深入，相信还会发现更多的新物种和基因。
为了更好地发掘和利用这些资源，建议后续研究集中在以下几个方面：1）加强全国范围内镰刀菌属菌种的调查和采集工作，以完善我国的生物资源库；2）开展深入的生化和遗传研究，发掘新的基因资源和功能；3）结合生物信息学和系统发育分析方法，完善镰刀菌属菌种的分类和鉴定体系；4）加强应用研究，将新发现的物种和基因应用于农业、工业和环境保护等领域。
猪流行性腹泻病毒HB
中国畜牧兽医 2022,49(8):3140-3150C h i n aA n i m a lH u s b a n d r y &V e t e r i n a r y Me d i c i n e猪流行性腹泻病毒H B /H E B E U /2020株全基因组遗传变异与重组分析翟新国1,郑培培1,苏金辉2,李庆阳2,焦贺静2,张若冰2,李朋辉1,2(1.河北工程大学生命科学与食品工程学院,邯郸056038;2.河北大北农农牧食品有限公司,衡水053900)摘 要:ʌ目的ɔ了解猪流行性腹泻病毒(P o r c i n ee p i d e m i cd i a r r h e av i r u s ,P E D V )的基因组特征及变异规律㊂ʌ方法ɔ以3只发病仔猪小肠病料作为模板,采用R T -P C R 技术检测病原㊂以检测阳性的肝脏组织R N A 为模板,进行R T -P C R ,分段扩增P E D V 全基因组,使用D N A S t a r 软件对P E D V 基因组测序结果进行剪辑㊁拼接和相似性分析,利用M e g aX10.0.5软件对P E D V 基因组和S 基因进行遗传进化分析;利用R D P 4软件对P E D V 基因组进行重组分析㊂ʌ结果ɔP C R 检测结果表明,3只病仔猪的小肠组织均检测到P E D V 阳性㊂采用R T -P C R 分段扩增成功获得1株P E D V 全基因组序列,命名为H B /H E B E U /2020株,基因组大小为28038b p ,含有7个开放阅读框,从5'到3'依次为复制酶1a 基因㊁复制酶1b 基因㊁S 基因㊁O R F 3基因㊁E 基因㊁M 基因和N 基因㊂相似性分析结果显示,H B /H E B E U /2020与S N J -P ㊁U S A /C o l o r a d o /2013和H B 2018等变异毒株全基因组和S 基因的相似性均较高,分别为97.8%~99.3%和95.7%~98.8%,在所有市售疫苗株中,与变异型疫苗株A J 1102毒株全基因组和S 基因的相似性分别为98.3%和97.3%;遗传进化分析结果显示,21株P E D V 可划分为G 1群和G 2群2个分支,G 1群进一步分化为G 1a 亚群和G 1b 亚群,G 2群进一步分化为G 2a 亚群和G 2b 亚群,H B /H E B E U /2020属于G 2a 亚群㊂在G 2群内,所有流行株均为2010年后出现,H B /H E B E U /2020与市售疫苗株A J 1102遗传距离较近,其次是L W /L ,与C V 777和a t t e n u a t e dC V 777株遗传距离较远;经重组分析,H B /H E B E U /2020基因组可能为重组毒株,存在3个潜在的重组事件,重组事件1~3的断点分别为15918 22119㊁100 734和2214 2729b p ,其中重组事件1和2发生概率较大㊂ʌ结论ɔH B /H E B E U /2020为1株变异型P E D V ,与以C V 777为代表的经典毒株亲缘关系较远,与2010年后中国发生的变异型毒株亲缘性较近,并且存在潜在重组事件㊂本研究结果可为调研中国当前P E D V 进化和变异提供重要资料,为遏制P E D V 蔓延与进化㊁制定合理防控方案提供理论和现实依据㊂关键词:猪流行性腹泻病毒;全基因组;遗传变异;重组分析中图分类号:S 855.3文献标识码:AD o i :10.16431/j.c n k i .1671-7236.2022.08.030 开放科学(资源服务)标识码(O S I D ):收稿日期:2022-02-08基金项目:河北工程大学创新基金-博士专项基金联系方式:翟新国,E -m a i l :z h a i x g 1966@163.c o m ㊂通信作者李朋辉,E -m a i l :l i p e n gh u i 101@126.c o m G e n e t i cV a r i a t i o na n dR e c o m b i n a t i o nA n a l ys i s o fW h o l eG e n o m e o f P o r c i n eE pi d e m i cD i a r r h e aV i r u sH B /H E B E U /2020S t r a i n Z HA IX i n g u o 1,Z H E N GP e i p e i 1,S UJ i n h u i 2,L IQ i n g y a n g 2,J I A O H e j i n g 2,Z H A N G R u o b i n g 2,L IP e n gh u i 1,2(1.C o l l e g e o f L i f eS c i e n c e a n dF o o dE n g i n e e r i n g ,H e b e i U n i v e r s i t y o f E n g i n e e r i n g ,H a n d a n 056038,C h i n a ;2.H e b e i D a b e i n o n g F a r m i n g a n dA n i m a lH u s b a n d r yF o o dC o .,L t d .,H e n gs h u i 053900,C h i n a )A b s t r a c t :ʌO b j e c t i v e ɔT h i ss t u d y w a s a i m e d t oi n v e s t i ga t et h e g e n o m e c h a r a c t e r i s t i c s a n d v a r i a t i o no f P o r c i n e e p i d e m i cd i a r r h e av i r u s (P E D V ).ʌM e t h o d ɔT h es m a l l i n t e s t i n e t i s s u e so f 3d i a r r h e a p i g l e t sw e r eu s e da s t e m p l a t e s ,t h e p a t h o g e nw a sd e t e c t e db y R T -P C R .U s i n g th eR N A8期翟新国等:猪流行性腹泻病毒H B/H E B E U/2020株全基因组遗传变异与重组分析o f t h e p o s i t i v e i n t e s t i n et i s s u e,R T-P C Rt e c h n o l o g y w a su s e dt oa m p l i f y t h e w h o l e g e n o m eo f P E D V.D N A S t a rs o f t w a r e w a su s e dt oe d i ta n ds p l i c eo ft h ea m p l i f i e ds e q u e n c ea n d p e r f o r m s i m i l a r i t y a l i g n m e n t.M e g a X10.0.5s o f t w a r e w a su s e dt oc o n s t r u c t p h y l o g e n e t i ct r e e so ft h e w h o l e g e n o m ea n d S g e n eo fP E D V s t r a i n.R D P4s o f t w a r e w a su s e dt oa n a l y z et h e p o t e n t i a l r e c o m b i n a t i o ne v e n t s o f P E D Vs t r a i n.ʌR e s u l tɔP C Rr e s u l t s s h o w e dt h a tP E D V w a sd e t e c t e d i n a l l t h e t h r e es i c k p i g l e t s.T h ew h o l e g e n o m eo fP E D Vs t r a i n w a ss u c c e s s f u l l y o b t a i n e db y R T-P C Rf r a g m e n t e da m p l i f i c a t i o n,n a m e d H B/H E B E U/2020.T h ev i r u s g e n o m es i z ew a s28038b p a n d i t c o n t a i n e d7o p e nr e a d i n g f r a m e s(O R F)w h i c he n c o d e dr e p l i c a s e p o l y p r o t e i n1a,r e p l i c a s e p o l y p r o t e i n1b,s p i k e(S),O R F3,e n v e l o p e(E),m e m b r a n e(M),a n dn u c l e o p r o t e i n(N)g e n e i n5' t o3'o r i e n t a t i o n.T h e s i m i l a r i t y a l i g n m e n t o f t h e c o m p l e t e g e n o m e a sw e l l a s S g e n e b e t w e e nH B/H E B E U/2020a n dP E D Vv a r i a n t s t r a i n s,s u c ha sS N J-P,U S A/C o l o r a d o/2013a n d H B2018w e r e97.8%-99.3%a n d95.7%-98.8%,r e s p e c t i v e l y.A m o n g a l l t h ec o m m e r c i a l l y a v a i l a b l ev a c c i n e s,A J1102s h a r e dt h eh i g h e s ts i m i l a r i t y w i t h H B/H EB E U/2020s t r a i n,t h en u c l e o t i d es i m i l a r i t y b e t w e e n t h e c o m p l e t e g e n o m ea sw e l l a s S g e n eo fH B/H E B E U/2020a n dA J1102w e r e98.3% a n d97.3%,r e s p e c t i v e l y.G e n o m e-w i d ee v o l u t i o nr e s u l t ss h o w e dt h a t21P E D V s t r a i n s w e r e c l a s s i f i e d i n t oG1g e n o g r o u p a n dG2g e n o g r o u p,G1g e n o g r o u p w a s d i v i d e d i n t oG1a s u b g r o u p a n d G1b s u b g r o u p,G2g e n o g r o u p w a sd i v i d e d i n t oG2as u b g r o u p a n dG2bs u b g r o u p,H B/H E B E U/ 2020b e l o n g e d t oG2a s u b g r o u p.A l l t h e P E D Vs t r a i n s t h a t b e l o n g e d t oG2g e n o g r o u p i n t h e s t u d y w e r e e m e r g e d a f t e r2010.A m o n g a l l t h e c o m m e r c i a l l y a v a i l a b l ev a c c i n e s,A J1102h a d t h en e a r e s t g e n e t i c r e l a t i o nw i t h H B/H E B E U/2020,L W/L w a ss e c o n d,t h e g e n e t i cd i s t a n c e sb e t w e e n H B/ H E B E U/2020a n dC V777a sw e l l a s a t t e n u a t e dC V777w e r e f a r.3p o s s i b l e r e c o m b i n a t i o ne v e n t s w e r e i d e n t i f i e d i n t h e g e n o m eo fH B/H E B E U/2020s t r a i n.T h e r e c o m b i n a n t r e g i o n so f t h e t h r e e p o s s i b l e r e c o m b i n a t i o ne v e n t sw e r e15918-22119,100-734a n d2214-2729b p,r e s p e c t i v e l y.T h e f i r s t t w or e c o m b i n a t i o ne v e n t sh a dh i g h p r o b a b i l i t y o fo c c u r r e n c e.ʌC o n c l u s i o nɔH B/H E B E U/ 2020w a sav a r i a n tr e c o m b i n a n tP ED V,w h i c hh a r b o r e dd i s t a n t p h y l o g e n e t i cr e l a t i o n s h i p sw i t h c l a s s i cPE D Vs t r a i nC V777,b u tw a s c l o s e dr e l a t e d t o t h ev a r i a n t s t r a i n so c c u r r e d i nC h i n aa f t e r 2010.T h er e s u l t s w o u l d p r o v i d e t h e o r e t i c a l a n d p r a c t i c a lr e f e r e n c e f o r p o s t p o n i n g n a t u r a l s e l e c t i o na n d e v o l u t i o na sw e l l a s f o r m u l a t i n g t h e v a c c i n a t i o n p r o c e d u r e o f P E D V.K e y w o r d s:P o r c i n e e p i d e m i c d i a r r h e a v i r u s;w h o l e g e n o m e;g e n e t i c v a r i a t i o n;r e c o m b i n a t i o n a n a l y s i s猪流行性腹泻病毒(P o r c i n ee p i d e m i cd i a r r h e a v i r u s,P E D V)属于冠状病毒科(C o r o n a v i r i d a e)病毒大家族[1]㊂P E D V是一种单股正链具有囊膜的R N A病毒,基因组长约28000b p[1-2]㊂P E D V基因组编码3个非结构蛋白(复制酶1a㊁复制酶1b以及附属蛋白(O R F3))和4个结构蛋白(刺突糖蛋白(S)㊁囊膜蛋白(E)㊁核衣壳蛋白(N)和膜蛋白(M))[3-5]㊂在所有P E D V蛋白中,S蛋白主要参与病毒吸附和入侵,决定病毒的毒力和细胞嗜性,并诱导宿主产生中和抗体,在分子流行病学上具有重要意义[6-10]㊂P E D V感染各年龄段猪均可导致猪流行性腹泻(p o r c i n e e p i d e m i c d i a r r h e a,P E D),但仔猪往往更为严重,表现为厌食,呕吐,肠绒毛萎缩,水样腹泻,恶性脱水,体重减轻,病死率极高(最高可达100%)[11-13]㊂1971年英国报道首例P E D疫情,但P E D V却直到1977年才被比利时科学家首次鉴定出来,命名为C V777株[13-15],随后P E D V广泛传播至欧洲和亚洲诸多生猪养殖国家[16]㊂1984年,中国学者利用免疫荧光试验和血清中和试验首次证实P E D V在中国的存在[17]㊂由于中国广泛使用传染性胃肠炎(t r a n s m i s s i b l e g a s t r o e n t e r i t i s,T G E)和P E D的腹泻二联疫苗,P E D疫情一直维持在较低水平[16,18]㊂2008 2010年间,韩国和中国暴发了由高毒力变异型P E D V毒株引起的P E D,随后疫情迅速席卷亚洲㊁北美洲和欧洲,对全球养猪业造成巨大的损失[19-20]㊂为更好防控变异型P E D V毒株,中国基1413中国畜牧兽医49卷于A J1102和L W/L毒株研发并上市两款新的变异毒株疫苗㊂尽管如此,近些年P E D仍是中国最常见危害性最大的猪病之一㊂T i a n等[19]报道2014 2018年四川省和贵州省有47.66%的猪场呈P E D V 阳性,对52株P E D V S基因进行遗传变异分析,发现变异型P E D V达82.7%㊂C u i等[16]报道2015 2019年许多河南省和山西省的经典弱毒疫苗免疫的猪场仍会暴发腹泻,P E D V阳性率为63.7%,对32株P E D V S基因进行遗传变异分析,发现其均属于变异型P E D V㊂因此,变异P E D V毒株已经发展为流行并循环于中国猪场的最主要毒株[15-16,19]㊂作为一种重要的猪冠状病毒,P E D V仍在不断进化和变异,免疫逃逸能力和传染性在不断加强,中国P E D V已呈现出较强的流行性和基因异质性,亟需加强对P E D V毒株的遗传变异监测并发展更有效的防控方案[19]㊂2020年底,河北省某大型猪场暴发P E D,大量新生仔猪水样腹泻,迅速死亡,损失惨重㊂为了了解河北地区遗传变异情况,掌握本地区P E D V的流行情况,本研究对该猪场病仔猪进行检测,成功获得1株P E D V全基因组序列,并进行了遗传变异和重组分析,以期了解该P E D V毒株的遗传进化和重组规律,为P E D V疫苗的研制和该病的合理防控提供新思路和理论依据,也为进一步研究P E D V的致病机制以及病毒与宿主的相互作用奠定基础㊂1材料与方法1.1样品采集与处理急性仔猪腹泻样品于2020年底采集于河北某大型种猪场,产房内出生仔猪水样腹泻,无菌条件下采集3份濒死仔猪新鲜小肠组织,利用无菌生理盐水冲洗,剪取约1g组织,充分剪碎并放入灭菌2m LE P管中,加入1m L无菌P B S,再加入2~4粒灭菌玻璃匀浆珠,提前30m i n预冷组织研磨仪的适配器,按照标准研磨程序,将小肠组织研磨成组织悬液,在4ħ下,10000ˑg离心3m i n,取上清于-80ħ保存备用㊂1.2主要试剂离心柱法D N A/R N A提取试剂盒购自I D E X X 公司;琼脂糖购自B I OW E S T公司;D L5000D N A M a r k e r㊁大肠杆菌D H5α感受态细胞和p M D18-T V e c t o r均购自T a K a R a公司;快速P C R试剂盒(1.1ˑT3S u p e rP C R M i x)购自北京擎科生物技术有限公司;T I A N p r e p M i n iP l a s m i d K i t和T I A N g e lM i d i P u r i f i c a t i o nK i t均购自天根生化科技(北京)有限公司;T r a n s S c r i p tF i r s t-S t r a n d c D N AS y n t h e s i sS u p e r M i x 购自北京全式金生物技术有限公司㊂1.3引物与探针基于L W/L(MK392335.1)㊁U S A/C o l o r a d o/ 2013(K F272920.1)㊁S14(MH891585.1)㊁P E D V-W S(KM609213.1)㊁P E D V1842/2016I T A (K Y111278.1)㊁S D2014(K X064280.1)㊁J S X2014 (MH056658.1)㊁G D-A(J X112709.1)㊁C H/S (J N547228.1)㊁C H/H N Y F/14(K P890336.1)㊁B J-2011-1株(J N825712.1)和A J1102(J X188454.1)等设计P E D V引物,分别为:P E D V-5'-F:A C T T A A A-A A G A T T T T C T A T C T A C G G A T A G T T A G C T C; P E D V-3'-R:G T G T A T C C A T A T C A A C A C C;用于扩增P E D V基因组内部序列的引物参考文献[21],引物由北京擎科生物技术有限公司合成㊂1.4总R N A提取与R T-P C R扩增参考翟新国等[22]方法进行总R N A提取和R T-P C R㊂取适量肠组织研磨液上清按照核酸提取试剂盒说明书提取总R N A;取950n g总R N A按照T r a n s S c r i p tF i r s t-S t r a n d c D N AS y n t h e s i s S u p e r M i x说明书(A T301)合成c D N A;以c D N A为模板参照1.1ˑT3S u p e rP C R M i x说明书进行P C R扩增, P C R反应体系25μL:1.1ˑT3S u p e rP C R M i x 20μL,上㊁下游引物(10μm o l/L)各1μL,c D N A模板1μL,补d d H2O至25μL㊂P C R反应条件:98ħ预变性3m i n;98ħ变性10s,56ħ退火10s,72ħ延伸10s,共31个循环;72ħ延伸2.5m i n㊂1.5序列测定与基因组拼接将获得的各P E D V基因片段的R T-P C R产物进行1.0%琼脂糖凝胶电泳,按照T I A N g e l M i d i P u r i f i c a t i o nK i t说明书对各P E D V片段进行切胶纯化,送北京擎科生物技术有限公司测序;利用D N A S t a r软件对测序结果进行拼接和整理,组装成完整的P E D V基因组㊂1.6遗传变异和重组分析从G e n B a n k中选取20条P E D V基因组序列作为参考序列(表1),利用D N A S t a r软件对所获的P E D V毒株基因组和S基因序列与参考毒株相应序列进行相似性分析;利用N C B I在线B L A S T程序对所获得的P E D V毒株基因组与参考毒株S N J-P株进行核苷酸变异性比对;利用M e g a X 10.0.5软件对所获的P E D V毒株基因组和S基因24138期翟新国等:猪流行性腹泻病毒H B/H E B E U/2020株全基因组遗传变异与重组分析序列与参考毒株相应序列进行拟合对比和最大似然法(M L)遗传进化分析[23];利用R D P4软件对所获的P E D V毒株基因组序列与参考毒株基因组序列进行重组分析[24-25]㊂表1参考毒株信息T a b l e1T h e i n f o r m a t i o no fP E D Vr e f e r e n c e s t r a i n s毒株S t r a i n sG e n B a n k登录号G e n B a n ka c c e s s i o nN o.来源S o u r c e s年份Y e a rS N J-P MK702008.1中国2018 A J1102J X188454.1中国2011 L W/L MK392335.1中国2010 G D-X L-2019MN759311.1中国2019 P E D V-Y Z MK841495.1中国2016B J-2011-1J N825712.1中国2011C H/H L J/18MW561264.1中国2018 H B2018M T166307.1中国2018 S D2014K X064280.1中国2014 C H/HN Y F/14K P890336.1中国2014 U S A/C o l o r a d o/2013K F272920.1美国2013 G E R/L03208/2019L R812930.1德国2019 S14MH891585.1韩国2018 J S2008K C210146.1中国2008 v i r u l e n tD R13J Q023161.1韩国2009 a t t e n u a t e dD R13J Q023162.1韩国2011 a t t e n u a t e dC V777K T323979.1中国1998 S C1402K P162057.1中国2014 C H/S J N547228.1中国1986 C V777A F353511.1比利时19782结果2.1P E D V基因组扩增与测序R T-P C R扩增产物经1.0%琼脂糖凝胶电泳分析,产生1条清晰条带,大小约1816b p(图1),说明小肠病料为P E D V阳性,将该毒株命名为H B/ H E B E U/2020㊂成功克隆了覆盖P E D V全基因组的目的片段,经测序和拼接,获得H B/H E B E U/ 2020全基因组序列,并提交G e n B a n k,获得的登录号为:MW413556㊂2.2H B/H E B E U/2020基因组相似性分析由表2可知,H B/H E B E U/2020基因组全长28038b p,其中5'-非编码区(U T R)的1 36b p和3'-U T R的28020 28038b p为引物序列,其余27983b p均为本研究测序所得㊂H B/H E B E U/2020基因组编码区全长27412b p,含有7个开放阅读框,从5'到3'依次为复制酶1a基因(12309b p)㊁复M,D L5000D N A M a r k e r;1~3,样本M,D L5000D N A M a r k e r;1-3,S a m p l e s图1P E D V基因组R T-P C R扩增结果F i g.1R T-P C Ra m p l i f i c a t i o n r e s u l t s o fP E D V g e n o m e3413中 国 畜 牧 兽 医49卷制酶1b 基因(8037b p )㊁S 基因(4161b p )㊁O R F 3基因(675b p )㊁E 基因(231b p )㊁M 基因(681b p )和N 基因(1326b p)㊂与S N J -P 株(MK 702008.1)相比,H B /H E B E U /2020基因组包含207个核苷酸点突变,但不存在插入或者缺失㊂由图2可知,H B/H E B E U /2020与P E D V 流行株株的相似性在96.5%~99.3%之间,H B /H E B E U /2020株与分离自中国的S N J -P 株相似性最高,为99.3%,S D 2014㊁U S A /C o l o r a d o /2013㊁B J -2011-1㊁S 14㊁H B 2018㊁C H /H L J /18㊁P E D V -Y Z ㊁G E R /L 03208/2019㊁A J 1102㊁C H /H N Y F /14㊁G D -X L -2019和L W /L 与H B /H E B E U /2020相似性均>97.5%,S C 1402与H B /H E B E U /2020相似性为96.6%;v i r u l e n tD R 13㊁C H /S 和J S 2008与H B /H E B E U/2020相似性分别为97.3%㊁97.0%和96.7%㊂在所有市售疫苗株中,变异疫苗株A J 1102与H B /H E B E U /2020相似性最高,为98.3%,其次是变异疫苗株L W /L ,与H B /H E B E U /2020相似性为97.8%;经典疫苗株a t t e n u a t e dC V 777和C V 777则与H B /H E B E U /2020的相似性稍低,均为96.5%㊂表2 H B /H E B E U /2020株与S N J -P 株基因组的变异性比对T a b l e 2 C o m p a r i s o no f g e n o m i c v a r i a b i l i t i e s o fH B /H E B E U /2020a n dS N J -P 基因G e n e s位置P o s i t i o n /b p 核苷酸突变位点A m i n o a c i dm u t a t i o n s i t e s5'-U T R 1 292T 5C ㊁C 51T ㊁T 251C ㊁C 255T复制酶1aR e pl i c a s e 1a 293 12601G 466T ㊁C 508T ㊁C 610T ㊁A 631G ㊁T 832A ㊁G 1316T ㊁G 1612T ㊁A 1704T ㊁C 1757T ㊁C 1781T ㊁C 1888T ㊁A 1930T ㊁C 2006T ㊁C 2014T ㊁C 2188T ㊁A 2207T ㊁A 2212C ㊁A 2232C ㊁C 2301T ㊁T 2379C ㊁T 2480C ㊁G 2519A ㊁C 2740T ㊁C 2749T ㊁C 2773T ㊁G 2809T ㊁T 2869C ㊁C 2896T ㊁T 2959A ㊁C 3236A ㊁T 3238C ㊁T 3240C ㊁T 3253C ㊁A 3292G ㊁T 3361C ㊁C 3439T ㊁T 3457A ㊁C 3466T ㊁C 3529T ㊁C 3572G ㊁T 3613C ㊁C 3655T ㊁C C 3685 3686T T ㊁G 3697T ㊁G 3704A ㊁T 3763C ㊁T 3766C ㊁T 3967A ㊁T 3982C ㊁T 4054C ㊁T 4132G ㊁T 4171C ㊁G 4175A ㊁T 4201C ㊁T 4303C ㊁G 4369C ㊁C 4549T ㊁C 4650T ㊁A 4701C ㊁C 4993T ㊁C 5052T ㊁G 5099A ㊁A 5108G ㊁G 5121A ㊁C 5146T ㊁T 5167C ㊁C 5344T ㊁C 5504T ㊁C 5803T ㊁T 5878C ㊁C 5881T ㊁A 5964G ㊁G 5977T ㊁T 6199C ㊁G 6271T ㊁C 6290T ㊁C 6605T ㊁T 6644C ㊁C 6766T ㊁G 6883A ㊁C 6913T ㊁C 7522T ㊁A 7727G ㊁C 8011T ㊁T 8026C ㊁C 8047T ㊁A 8059G ㊁G 8368T ㊁C 8485A ㊁C 8896T ㊁C 9416A ㊁C 9472T ㊁C 9586T ㊁T 9616C ㊁T 10049C ㊁C 10054T ㊁C 10355T ㊁T 10608C ㊁T 11194C ㊁T 11611C ㊁G 12226A ㊁C 12570T 复制酶1bR e pl i c a s e 1b 12601 20637C 12765T ㊁A 12809C ㊁C 12954T ㊁T 13351C ㊁C 13401T ㊁G 13635A ㊁T 13827C ㊁C 13935T ㊁C 14475T ㊁T 14544C ㊁T 14838C ㊁T 15021C ㊁T 15027A ㊁C 15033T ㊁T 15210C ㊁C 15216T ㊁A 15333G ㊁C 15394T ㊁C 15468T ㊁T 15537A ㊁C 15588T ㊁C 15609T ㊁A 15648G ㊁G 15717A ㊁G 15732A ㊁G 15855A ㊁C 15861T ㊁T 16896C ㊁C 17595T ㊁G 18665A ㊁C 19890T ㊁G 20028A ㊁T 20091C ㊁A 20193G ㊁C 20319TS20634 24794A 20774G ㊁T 21238C ㊁C 21283T ㊁C 21300A ㊁T 21326C ㊁T 21334C ㊁G 21383A ㊁T 21515C ㊁C 21572T ㊁G 21597T ㊁C 21663T ㊁T 21759C ㊁C 22093T ㊁T 22107C ㊁T 22139C ㊁C 22232T ㊁C 22265T ㊁C 22304T ㊁C 22334T ㊁22344T ㊁A 22445G ㊁T 22525C ㊁T 22574C ㊁T 22652C ㊁G 22762A ㊁T 22802C ㊁C 22927T ㊁C 22943T ㊁A 22965G ㊁C 23077A ㊁T 23189C ㊁T 23249C ㊁G 23253T ㊁C 23369T ㊁C 23492T ㊁T 23589A ㊁A 23653G ㊁G 23717A ㊁C 23834T ㊁T 23892G ㊁C 24023T ㊁T 24341C O R F 324794 25468C 24922T ㊁C 24997T ㊁C 25096G E 25449 25679T 25502C ㊁C 25553TM 25687 26367G 25851A ㊁C 25941T ㊁G 26035A ㊁T 26357CN 26379 27704T 26393C ㊁C 26528T ㊁C 26702T ㊁T 26705C ㊁C 26858T ㊁T 27085C ㊁T 27401C ㊁G 27566㊁A 27611T ㊁C 27656T ㊁T 27670C ㊁T 27689C 3'-U T R27705 28038G 27709T ㊁T 27733G44138期翟新国等:猪流行性腹泻病毒H B /H E B E U /2020株全基因组遗传变异与重组分析五角星表示本研究的目标毒株;黑圆表示疫苗毒株㊂下同P e n t a g r a mr e p r e s e n t s t h e t a r g e t s t r a i no f t h i s s t u d y ;T h eb l a c kc i r c l e s r e p r e s e n t v a c c i n e s t r a i n s .T h e s a m e a sb e l o w 图2 H B /H E B E U /2020全基因组与各P E D V 参考毒株的相似性比对F i g .2 S i m i l a r i t y a l i gn m e n t o fw h o l e g e n o m e o fH B /H E B E U /2020a n d t h eP E D Vr e f e r e n c e s t r a i n s 2.3 H B /H E B E U /2020S 基因相似性分析通过对H B /H E B E U /2020全基因组测序结果进行分析,可知其S 基因全长4161b p ,编码1386个氨基酸㊂由图3可知,H B /H E B E U /2020S 基因与比利时C V 777标准株的相似性为93.5%,共存在248个核苷酸突变,在167b p 处存在G 插入,在175 185b p处存在C A G G G T G T T A A 插入,在416 418b p 处存在A T A 插入,在475 480b p 处存在C G T G A T 缺失,推导的氨基酸相似性为92.8%,共存在93个氨基酸突变,在56 59和140位氨基酸处分别存在G E N Q 和N 插入,在163 164位氨基酸处存在D I缺失㊂H B /H E B E U /2020S 基因与所选参考株相似性在93.2%~98.8%之间,其中与H B 2018的相似性最高,为98.8%㊂H B 2018㊁C H /H L J /18㊁G E R /L 03208/2019㊁C H /H N Y F /14㊁G D -X L -2019㊁S 14㊁U S A /C o l o r a d o /2013㊁A J 1102㊁S N J -P ㊁S D 2014㊁B J -2011-1㊁L W /L ㊁P E D V Y Z 株S 基因与H B/H E B E U /2020相似性均超过95.5%,S C 1402相似性为93.3%㊂变异疫苗株A J 1102和L W /L S 基因与H B /H E B E U /2020相似性分别为97.3%和96.9%,相比之下,经典疫苗株a t t e n u a t e dC V 777和C V 777则与H B /H E B E U /2020的相似性稍低,分别为93.3%和93.5%㊂2.4 H B /H E B E U /2020基因组遗传进化分析由图4可知,21株P E D V 毒株进化形成了G 1群和G 2群,G 1群包含G 1a 和G 1b 亚群,G 1a 亚群以经典株C V 777为代表,还包含v i r u l e n tD R 13和C H /S ,G 1b 亚群以J S 2008为代表,还包含a t t e n u a t e dD R 13㊁S C 1402和a t t e n u a t e dC V 777毒株;G 2群包含G 2a 和G 2b 亚群,G 2a 亚群以变异株B J -2011-1为代表,还包括S N J -P ㊁S D 2014㊁U S A/C o l o r a d o /2013㊁S 14㊁H B 2018和C H /H L J /18等毒株,G 2b 亚群以变异株A J 1102为代表,还包括G D -X L -2019和L W /L 毒株㊂H B /H E B E U /2020属于G 2a 群,该群中所有14株P E D V 均分离于2010年之后,包括11株中国株S N J -P ㊁S D 2014㊁B J -2011-1㊁H B 2018㊁C H /H L J /18㊁P E D V -Y Z ㊁A J 1102㊁C H/H N Y F /14㊁H B /H E B E U /2020㊁G D -X L -2019和L W /L ,1株美国株U S A /C o l o r a d o /2013,1株韩国株S 14和1株德国株G E R /L 03208/2019㊂H B /H E B E U /2020与市售的经典疫苗株a t t e n u a t e dC V 777和C V 777遗传距离(亲缘关系)较远,而与变异疫苗株A J 1102和L W /L 遗传距离较近㊂5413中 国 畜 牧 兽 医49卷图3 H B /H E B E U /2020S 基因与各P E D V 参考毒株的相似性对比F i g .3 S i m i l a r i t y a l i gn m e n t o f S g e n e o fH B /H E B E U /2020a n d t h eP E D Vr e f e r e n c e s t r a i ns 图4 H B /H E B E U /2020基因组遗传进化分析F i g .4 P h y l o g e n e t i c a n a l ys i s o fw h o l e g e n o m e o fH B /H E B E U /20202.5 H B /H E B E U /2020S 基因遗传进化分析由图5可知,S 基因遗传进化分析结果与全基因组结果基本一致,H B /H E B E U /2020S 基因与6株中国株P E D V -Y Z ㊁B J -2011-1㊁C H /H L J /18㊁H B 2018㊁S D 2014和C H /H N Y F /14,1株美国株U S A /C o l o r a d o /2013和1株韩国株S 14均属于G 2a 亚群,其中与H B 2018的遗传距离最近,具有共同的起源,而A J 1102与S N J -P ㊁L W /L 和G D -X L -2019形成了G 2b 亚群,C V 777与C H /S ㊁v i r u l e n t D R 13㊁a t t e n u a t e dD R 13和G E R /L 03208/2019形成了G 1a亚群,J S 2008与a t t e n u a t e d D R 13㊁a t t e n u a t e d C V 777和S C 1402形成了G 1b 亚群㊂值得关注的是,基于S 基因遗传进化分析,德国株G E R /L 03208/2019和中国株C H /H N Y F /14虽分别被划为G 1a 亚群和G 2a 亚群,但其S 基因在遗传上实际处于G 1和G 2群之间㊂2株P E D V S 基因更接近G 1和G 2群共同的始祖株㊂H B /H E B E U /2020S基因与市售的经典疫苗株a t t e n u a t e dC V 777株和C V 777遗传距离(亲缘关系)较远,而与变异疫苗株A J 1102和L W /L 遗传距离较近㊂2.6 H B /H E B E U /2020基因组重组分析为了解H B /H E B E U /2020潜在基因重组情况,基于图4P E D V 遗传系谱,选择11株具有代表性的P E D V 毒株(S N J -P ㊁A J 1102㊁L W /L ㊁C H/H N Y F /14㊁B J -2011-1㊁S D 2014㊁P E D V -Y Z ㊁G D -X L -2019㊁H B 2018㊁a t t e n u a t e dC V 777和S C 1402)进行基因组重组分析㊂由表3可知,H B /H E B E U /2020基因组存在3个潜在重组事件,根据重组事件发生的概率,事件1㊁2均至少有5种重组检测方法呈阳性,发生概率较高㊂重组事件1主要亲本可基于64138期翟新国等:猪流行性腹泻病毒H B/H E B E U/2020株全基因组遗传变异与重组分析G2a群的S D2014进行推导,次要亲本为G2a群的S N J-P,重组断点为15918 22119b p(O R F1b-S基因部分区域);重组事件2主要亲本为G2a群的H B2018,次要亲本为G1b群的S C1402,重组断点为100 734b p(5'-U T R-O R F1a基因部分区域),发生在G1群和G2群之间;重组事件3,发生概率较低(所有7种重组检测方法中2种呈阳性,重组断点为2214 2729b p(5'-U T R基因部分区域),主要亲本为G2a群的S N J-P,次要亲本可基于G1b群的经典疫苗株a t t e n u a t e dC V777进行推导㊂图5H B/H E B E U/2020S基因遗传进化分析F i g.5P h y l o g e n e t i c a n a l y s i s o f S g e n e o fH B/H E B E U/2020表3H B/H E B E U/2020株基因组的重组分析T a b l e3R e c o m b i n a t i o na n a l y s i s o fw h o l e g e n o m e o fH B/H E B E U/2020重组事件编号N u m b e r o fr e c o m b i n a n te v e n t s重组序列R e c o m b i n a n ts e q u e n c e s主要亲本M a j o rp a r e n t s次要亲本M i n o rp a r e n t s断点(相对MW413556)B r e a k p o i n t p o s i t i o n(c o m p a r e d t oMW413556)/b p检测方法D e t e c t i o nm e t h o d sR G B M C S3 1H B/H E B E U/2020S D2014*S N J-P15918 22119+++++++ 2H B/H E B E U/2020H B2018S C1402100 734+-+++-+ 3H B/H E B E U/2020S N J-P a t t e n u a t e dC V777*2214 2729--+---+①*,用于推断可能存在的缺失亲本序列㊂②R,R D P;G,G E N E C O N V;B,B o o t s c a n;M,M a x c h i;C,C h i m a e r a;S,S i S s c a n;3,3S e q①*,P a r e n t a ls e q u e n c eu s e dt oi n f e rt h ee x i s t a n c eo fa m i s s i n g.②R,R D P;G,G E N E C O N V;B,B o o t s c a n;M,M a x c h i;C,C h i m a e r a;S,S i S s c a n;3,3S e q3讨论P E D V是威胁全球养猪业的一种重要冠状病毒,2010年后,中国的流行毒株以变异型P E D V毒株为主,许多已免疫的猪场纷纷发病,仔猪死亡率极高,损失巨大[26]㊂目前,P E D V仍在不断流行和进化,然而近2年具有代表性的P E D V毒株全基因组遗传信息却十分匮乏㊂2020年底,河北某大型猪场暴发P E D,本研究采集病料成功扩增并获得1株突变型P E D V H B/H E B E U/2020全基因组序列,并进行了遗传变异和重组分析㊂H B/H E B E U/2020属于P E D V突变株,在相似性和遗传进化上与当前主要的商业化传统疫苗株存在差异㊂虽然基于P E D V基因组和S基因相似性分析结果略有不同,H B/H E B E U/2020与以B J-2011-1㊁U S A/C o l o r a d o/2013㊁H B2018㊁S14和S D2014等为代表的分离于2010年后的P E D V毒株相似性均较高㊂本研究选择了M L法进行遗传进化分析㊂利用M L法进行遗传进化分析虽然耗时长,但却往往能反应真实的情况,结果更为准确[27-28]㊂本研究发现,不论是全基因组遗传进化分析还是S基因遗传进化分析,P E D V均呈现两种不同的进化路径,形成了G1群和G2群,G1群可进一步分化为G1a亚群和G1b亚群,G2群可进一步分化为G2a亚群和G2b亚群,该结果与W a n g等[26]的研究结果一致㊂德国株G E R/L03208/2019在全基因组遗传进化分析和S基因遗传进化分析中呈7413中国畜牧兽医49卷现不同的结果,但在遗传上都处于G1a群和G2a群之间,亲缘关系更接近于G1群和G2群共同的始祖株㊂与G E R/L03208/2019类似,C H/HN Y F/14在遗传上也更接近于G1群和G2群共同的始祖株㊂相比其他甲型冠状病毒,如猪传染性胃肠炎病毒(T r a n s m i s s i b l e g a s t r o e n t e r i t i sv i r u s,T G E V)和人冠状病毒229E株等,一种高头蝠冠状病毒512/ 2005株(S c o t o p h i l u s b a tc o r o n a v i r u s,B t C o V)与P E D V原型株C V777的亲缘性更高,说明C V777与B t C o V存在共同祖先,冠状病毒可能在猪和蝙蝠之间存在跨物种传播[29]㊂H B/H E B E U/2020属于G2a群,与P E D V原型株C V777(G1a亚群)的遗传距离较远,因此H B/H E B E U/2020的进化方向与高头蝠来源的B t C o V关系不大㊂目前,以C V777为基础的经典株P E D V疫苗在中国市场占有较大份额,本研究提示这些经典疫苗可能很难对H B/ H E B E U/2020提供有效的保护㊂在所有市售疫苗株中,A J1102(G2b亚群)与H B/H E B E U/2020遗传距离最近,同属于G2群,这提示A J1102与H B/ H E B E U/2020可能进化于同一个祖先毒株㊂由于A J1102与H B/H E B E U/2020相似性达98.3%,并且目前尚无以G2b亚群毒株开发的商品化P E D V 疫苗,本研究结果表明现阶段选择以A J1102毒株为基础的P E D V疫苗并制定免疫计划将有助于对H B/H E B E U/2020的防控㊂近年来,中国频频发生G2b亚群P E D V变异毒株感染疫情[22,26],损失惨重,建议中国及早布局G2b亚群P E D V毒株疫苗研发计划以应对P E D V疫情㊂P E D V仍在不断进化,H B/H E B E U/2020已经进化为跨G1和G2群的重组变异株㊂以冠状病毒为代表的R N A病毒通过点突变积累和同源重组进化有利于基因损伤修复㊁组织嗜性和宿主范围改变,进而增强环境适应性[22,30-33]㊂本研究发现,H B/ H E B E U/2020存在3个潜在的重组事件,其中重组事件1和2均至少有5种检测方法验证呈阳性,说明发生概率较大㊂翟新国等[22]研究发现P E D V G1群和G2群毒株S1基因可能存在重组事件㊂在本研究中,重组事件2和3证明P E D V G1b亚群和G2a亚群基因组之间存在重组事件,说明不同P E D V毒株之间普遍存在基因重组现象[19,34]㊂由于P E D V重组发生会带来潜在不可控风险,因此建议种猪场在制定免疫程序时,应基于本场病原日常监测结果,选择亲缘关系较近的疫苗毒株(避免不同疫苗株混用),从而有效防止强毒重组突变株的产生㊂B o n i o t t i等[32]报道了1株2009 2012年间流行于意大利的猪重组肠道冠状病毒(S w i n ee n t e r i c c o r o n a v i r u s,S e C o V),S e C o V由P E D V的S基因和T G E V的骨架重组产生,随后,德国和西班牙等国也暴发了这种重组型S e C o V引起的疫情[35];V a l kó等[36]发现在匈牙利S e C o V S基因和P E D V又有了新的重组现象,这些都说明冠状病毒属的成员之间也可发生基因重组,这些广泛发生的猪冠状病毒重组将持续对生猪养殖业带来严重威胁㊂因此,应继续加强对P E D V病原学监测,揭示P E D V潜在起源㊁演化和重组的分子机制㊂4结论本研究成功克隆了河北省暴发于2020年底的1株变异型P E D V(H B/H E B E U/2020)全基因组,发现其与S N J-P株相似性最高,属于P E D V G2b亚群,并且存在跨P E D V亚群重组现象㊂研究结果有助于揭示P E D V在中国的自然选择与进化规律,为制定合理的防控策略提供理论和依据㊂参考文献(R e f e r e n c e s):[1] HU Y,X I EX H,Y A N GLC,e t a l.Ac o m p r e h e n s i v ev i e wo n t h eh o s t f a c t o r sa n dv i r a l p r o t e i n sa s s o c i a t e dw i t h P o r c i n e e p i d e m i c d i a r r h e a v i r u si n f e c t i o n[J].F r o n t i e r s i n M i c r o b i o l o g y,2021,12:762358.[2] S A L AMA T S E A,C O L L A N T E S T M A,L UM B E R A W M L,e ta l.S e q u e n c ea n a l y s i so fn e wv a r i a n t s o fP o r c i n e e p i d e m i cd i a r r h e av i r u s i nL u z o n,P h i l i p p i n e s,i n2017[J].A r c h i v e s o f V i r o l o g y,2021,166(7):1859-1867.[3] HU A N C C,P A N H C,F U S Y,e t a l.C h a r a c t e r i z a t i o n a n d e v o l u t i o n o f t h e 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(完整word版)动物病原微生物分类名录
动物病原微生物分类名录农业部令2005年第53号颁布时间：2005—5—24发文单位：农业部根据《病原微生物实验室生物安全管理条例》第七条、第八条的规定，对动物病原微生物分类如下：一、一类动物病原微生物口蹄疫病毒、高致病性禽流感病毒、猪水泡病病毒、非洲猪瘟病毒、非洲马瘟病毒、牛瘟病毒、小反刍兽疫病毒、牛传染性胸膜肺炎丝状支原体、牛海绵状脑病病原、痒病病原。
二、二类动物病原微生物猪瘟病毒、鸡新城疫病毒、狂犬病病毒、绵羊痘／山羊痘病毒、蓝舌病病毒、兔病毒性出血症病毒、炭疽芽孢杆菌、布氏杆菌。
三、三类动物病原微生物多种动物共患病病原微生物：低致病性流感病毒、伪狂犬病病毒、破伤风梭菌、气肿疽梭菌、结核分支杆菌、副结核分支杆菌、致病性大肠杆菌、沙门氏菌、巴氏杆菌、致病性链球菌、李氏杆菌、产气荚膜梭菌、嗜水气单胞菌、肉毒梭状芽孢杆菌、腐败梭菌和其他致病性梭菌、鹦鹉热衣原体、放线菌、钩端螺旋体。
牛病病原微生物：牛恶性卡他热病毒、牛白血病病毒、牛流行热病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛病毒腹泻／粘膜病病毒、牛生殖器弯曲杆菌、日本血吸虫。
绵羊和山羊病病原微生物：山羊关节炎／脑脊髓炎病毒、梅迪／维斯纳病病毒、传染性脓疱皮炎病毒。
猪病病原微生物：日本脑炎病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪细小病毒、猪圆环病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪丹毒杆菌、猪支气管败血波氏杆菌、猪胸膜肺炎放线杆菌、副猪嗜血杆菌、猪肺炎支原体、猪密螺旋体.马病病原微生物：马传染性贫血病毒、马动脉炎病毒、马病毒性流产病毒、马鼻炎病毒、鼻疽假单胞菌、类鼻疽假单胞菌、假皮疽组织胞浆菌、溃疡性淋巴管炎假结核棒状杆菌。
禽病病原微生物：鸭瘟病毒、鸭病毒性肝炎病毒、小鹅瘟病毒、鸡传染性法氏囊病病毒、鸡马立克氏病病毒、禽白血病／肉瘤病毒、禽网状内皮组织增殖病病毒、鸡传染性贫血病毒、鸡传染性喉气管炎病毒、鸡传染性支气管炎病毒、鸡减蛋综合征病毒、禽痘病毒、鸡病毒性关节炎病毒、禽传染性脑脊髓炎病毒、副鸡嗜血杆菌、鸡毒支原体、鸡球虫。
各大高校生物研究生专业比较
微生物1山东大学A+6南开大学A11复旦大学A2浙江大学A+7南京农业大学A12四川大学A3华中农业大学A+8广西大学A13厦门大学A4武汉大学A9山东中山大学A14西北农林科技大学A5中国农业大学A10云南大学A15北京大学AB+等(24个)：安徽农业大学、南京师范大学、中南大学、西南大学、上海交通大学、清华大学、华南理工大学、江南大学、湖南师范大学、华东理工大学、哈尔滨工业大学、黑龙江大学、中国海洋大学、南京林业大学、吉林大学、福建师范大学、西北大学、扬州大学、东北林业大学、内蒙古大学、河南农业大学、南昌大学、华南农业大学、华南热带农业大学B等(23个)：华中科技大学、东北农业大学、山东农业大学、浙江工业大学、贵州大学、广西医科大学、山西大学、东北师范大学、青岛农业大学、大连轻工业学院、重庆大学、南京工业大学、福建农林大学、首都师范大学、兰州大学、四川农业大学、河北大学、华东师范大学、华中师范大学、江西农业大学、辽宁大学、安徽工程科技学院、上海师范大学2.生物化学与生物分子学；排名学校名称等级排名学校名称等级排名学校名称等级1北京大学A+12华中科技大学A23西南大学A2复旦大学A+13浙江大学A24华南农业大学A3吉林大学A+14厦门大学A25南京农业大学A4武汉大学A+15兰州大学A26华东理工大学A5清华大学A+16南开大学A27东北农业大学A6中山大学A+17四川大学A28同济大学A7上海交通大学A+18西北农林科技大学A29西安交通大学A8中国农业大学A+19暨南大学A30南方医科大学A9华中农业大学A20山东大学A31山西大学A10中国科学技术大学A21中南大学A11南京大学A22北京师范大学AB+等(47个)：东北林业大学、河北医科大学、湖南师范大学、大连医科大学、汕头大学、大连理工大学、华东师范大学、山东农业大学、四川农业大学、云南大学、福建农林大学、江南大学、南京医科大学、湖北大学、北京林业大学、东北师范大学、哈尔滨医科大学、内蒙古大学、天津大学、南昌大学、石河子大学、南京林业大学、江苏大学、湖南农业大学、西南交通大学、东南大学、华南理工大学、南京师范大学、西北大学、华中师范大学、湖南大学、上海大学、河北农业大学、哈尔滨工业大学、郑州大学、福建师范大学、华南热带农业大学、安徽大学、江西农业大学、徐州医学院、云南农业大学、广东医学院、陕西师范大学、黑龙江大学、河北大学、北京理工大学、吉林农业大学B等(46个)：东华大学、安徽医科大学、中国药科大学、天津医科大学、苏州大学、广西大学、福州大学、首都医科大学、四川师范大学、山西农业大学、深圳大学、贵州大学、昆明理工大学、广西医科大学、北京交通大学、辽宁大学、新疆农业大学、北京工业大学、青岛农业大学、中国医科大学、沈阳药科大学、沈阳农业大学、浙江工业大学、河南师范大学、宁波大学、电子科技大学、北京科技大学、首都师范大学、辽宁医学院、华侨大学、新疆医科大学、扬州大学、天津科技大学、中国计量学院、上海师范大学、广西师范大学、遵义医学院、山西医科大学、南华大学、兰州理工大学、大连大学、夏门大学、三峡大学、曲阜师范大学、内蒙古农业大学、新疆大学3.生物化工：排名学校名称等级排名学校名称等级排名学校名称等级1华东理工大学A+5天津大学A9浙江工业大学A2北京化工大学A+6清华大学A10中南大学A3大连理工大学A+7浙江大学A11华侨大学A4南京工业大学A8南理工大学A12合肥工业大学AB+等(19个)：东华大学、四川大学、东南大学、江南大学、北京理工大学、南京理工大学、石河子大学、仲恺农业技术学院、太原理工大学、西北大学、上海交通大学、北京科技大学、天津科技大学、华中科技大学、武汉工业学院、浙江工商大学、哈尔滨工业大学、上海大学、山东轻工业学院B等(22个)：青岛科技大学、武汉工程大学、厦门大学、中国石油大学、海南大学、浙江中医药大学、广西工学院、陕西科技大学、东北大学、福州大学、河北工业大学、中国矿业大学、南京林业大学、东北农业大学、河北科技大学、南昌大学、江西师范大学、辽宁石油化工大学、大连轻工业学院、北京工商大学、沈阳药科大学、湖北工业大学4.发酵工程：排名学校名称等级排名学校名称等级排名学校名称等级1江南大学A+4华东理工大学A7青岛科技大学A2华南理工大学A+5山东大学A8四川大学A3天津科技大学A6南京工业大学AB+等(13个)：内蒙古农业大学、北京化工大学、天津大学、南京农业大学、广西大学、河南农业大学、河北农业大学、河南工业大学、山东轻工业学院、湖北工业大学、天津商业大学、浙江工业大学、福州大学B等(11个)：吉林农业大学、大连轻工业学院、浙江大学、哈尔滨商业大学、河北科技大学、安徽工程科技学院、山东农业大学、西北农林科技大学、贵州大学、华中农业大学、郑州轻工业学院5.食品科学：排名学校名称等级排名学校名称等级排名学校名称等级1江南大学A+7华南农业大学A13东北农业大学A2华南理工大学A+8华中农业大学A14河南工业大学A3南昌大学A+9江苏大学A15哈尔滨商业大学A4中国农业大学A+10天津科技大学A16中国海洋大学A5南京农业大学A11上海交通大学A17沈阳农业大学A6西北农林科技大学A12浙江大学AB+等(25个)：吉林农业大学、浙江工商大学、山东农业大学、西华大学、湖南农业大学、山西大学、云南农业大学、天津大学、宁夏大学、山东轻工业学院、内蒙古农业大学、天津商业大学、扬州大学、福建农林大学、郑州轻工业学院、四川农业大学、新疆农业大学、中南林业科技大学、上海理工大学、陕西科技大学、合肥工业大学、上海水产大学、陕西师范大学、暨南大学、昆明理工大学B等(24个)：长沙理工大学、南京财经大学、西安理工大学、宁波大学、浙江工业大学、华东理工大学、贵州大学、甘肃农业大学、黑龙江八一农垦大学、河北农业大学、大连轻工业学院、南京工业大学、安徽农业大学、上海大学、集美大学、新疆大学、长春工业大学、湖北工业大学、河南农业大学、青岛农业大学、吉林大学、渤海大学、辽宁大学、福州大学C等(17个)：名单略6.植物学：排名学校名称等级排名学校名称等级排名学校名称等级1中国农业大学A+8四川大学A15华中农业大学A2浙江大学A+9东北林业大学A16厦门大学A3北京大学A+10首都师范大学A17西北农林科技大学A4武汉大学A+11西北大学A18华南农业大学A5北京林业大学A+12南京大学A19南京农业大学A6中山大学A13清华大学A20湖南农业大学A7兰州大学A14复旦大学AB+等(30个)：山东农业大学、上海交通大学、北京师范大学、东北农业大学、西南大学、扬州大学、重庆大学、云南大学、华东师范大学、南开大学、山东师范大学、华南师范大学、山东大学、内蒙古大学、内蒙古农业大学、山西大学、河南大学、湖南师范大学、华中师范大学、河南农业大学、中南大学、南京师范大学、华南热带农业大学、南京林业大学、陕西师范大学、河北农业大学、东北师范大学、河北师范大学、广西大学、河南师范大学B等(30个)：福建农林大学、石河子大学、新疆大学、贵州师范大学、江西农业大学、华中科技大学、中南林业科技大学、新疆农业大学、福建师范大学、青海师范大学、上海师范大学、安徽师范大学、四川农业大学、沈阳农业大学、西北师范大学、内蒙古师范大学、甘肃农业大学、西南林学院、吉林农业大学、聊城大学、杭州师范大学、陕西理工学院、浙江师范大学、云南农业大学、河北大学、南昌大学、海南大学、哈尔滨师范大学、西南科技大学、贵州大学7.遗传学：排名学校名称等级排名学校名称等级排名学校名称等级1复旦大学A+7浙江大学A13首都师范大学A2武汉大学A+8北京大学A14中国农业大学A3中山大学A+9上海交通大学A15华南农业大学A4中南大学A+10华中农业大学A16山东大学A5南京农业大学A11南开大学A6四川大学A12湖南师范大学AB+等(24个)：哈尔滨医科大学、西南大学、暨南大学、西北农林科技大学、清华大学、南京大学、温州医学院、中国科学技术大学、中国海洋大学、哈尔滨师范大学、南京林业大学、云南大学、东北师范大学、东北林业大学、中国医科大学、苏州大学、河北师范大学、北京师范大学、华中科技大学、扬州大学、湖南农业大学、齐齐哈尔大学、南方医科大学、东南大学B等(24个)：天津大学、广西医科大学、哈尔滨工业大学、福建农林大学、西华师范大学、河南大学、华东师范大学、南京医科大学、重庆医科大学、云南师范大学、石河子大学、郑州大学、湖北大学、吉林大学、杭州师范大学、贵州师范大学、南京师范大学、长江大学、河南师范大学、西安交通大学、山东农业大学、徐州师范大学、西南民族大学、辽宁师范大学8.生物制药工程：9.生态学：1兰州大学A+7北京大学A13华南农业大学A2北京师范大学A+8南京农业大学A14中国农业大学A3华东师范大学A+9北京林业大学A15中山大学A4东北师范大学A+10复旦大学A16厦门大学A5东北林业大学A11云南大学A17西南大学A6浙江大学A12西北农林科技大学A18南京林业大学AB+等(28个)：湖南农业大学、南京大学、内蒙古大学、中国海洋大学、武汉大学、中南林业科技大学、安徽师范大学、福建农林大学、东北农业大学、山西大学、南开大学、华中农业大学、西南林学院、安徽大学、四川大学、新疆大学、广西大学、安徽农业大学、甘肃农业大学、河北师范大学、杭州师范大学、华中科技大学、山东大学、河北农业大学、海南师范大学、湖北大学、华南热带农业大学、浙江师范大学B等(28个)：河南农业大学、陕西师范大学、扬州大学、上海交通大学、西华师范大学、三峡大学、新疆农业大学、湖南师范大学、西北大学、吉首大学、河南大学、山西农业大学、广西师范大学、山西师范大学、华南师范大学、贵州大学、青海师范大学、沈阳农业大学、浙江林学院、清华大学、哈尔滨师范大学、昆明理工大学、首都师范大学、辽宁大学、江苏大学、内蒙古农业大学、贵州师范大学、宁夏大学10.细胞生物学：排名学校名称等级排名学校名称等级排名学校名称等级1北京大学A+6武汉大学A11浙江大学A2中国科学技术大学A+7清华大学A12上海交通大学A3北京师范大学A+8东北师范大学A13四川大学A4厦门大学A9河北师范大学A5中山大学A10复旦大学AB+等(21个)：中南大学、华中科技大学、首都医科大学、山东大学、中国海洋大学、西北农林科技大学、兰州大学、中国医科大学、吉林大学、中国农业大学、华东师范大学、南方医科大学、南京农业大学、东北林业大学、华中农业大学、南京师范大学、西南大学、重庆医科大学、南京林业大学、辽宁师范大学、湖南师范大学B等(20个)：西北大学、首都师范大学、山东师范大学、南京医科大学、四川师范大学、苏州大学、西安交通大学、重庆大学、郑州大学、安徽大学、华南师范大学、湖南农业大学、西北师范大学、河南师范大学、福建农林大学、聊城大学、沈阳师范大学、河北大学、云南大学、河南大学11.免疫学：排名学校名称等级排名学校名称等级排名学校名称等级1北京大学A+5安徽医科大学A9中南大学A2复旦大学A+6武汉大学A10上海交通大学A3华中科技大学A+7中国医科大学A11西安交通大学A4南方医科大学A 8中山大学AB+等(17个)：东南大学、苏州大学、吉林大学、哈尔滨医科大学、河北医科大学、四川大学、暨南大学、南京医科大学、山东大学、首都医科大学、天津医科大学、南开大学、汕头大学、郑州大学、温州医学院、新疆医科大学、河南大学B等(16个)：大连医科大学、遵义医学院、南京大学、泰山医学院、山西医科大学、青岛大学、蚌埠医学院、新乡医学院、安徽理工大学、南通大学、辽宁医学院、内蒙古医学院、三峡大学、兰州大学、南华大学、石河子大学12.动物学：排名学校名称等级排名学校名称等级排名学校名称等1中山大学A+6南京师范大学A11中国农业大学A2厦门大学A+7武汉大学A12兰州大学A3南开大学A+8复旦大学A13西北农林科技大学A4北京大学A+9清华大学A14北京师范大学A5内蒙古大学A10南京大学AB+等(22个)：中国海洋大学、陕西师范大学、华中师范大学、华南农业大学、河北大学、浙江大学、贵州大学、新疆大学、南京农业大学、华东师范大学、南昌大学、湖南师范大学、东北林业大学、华中农业大学、河南师范大学、西南林学院、四川大学、山西大学、山东师范大学、福建师范大学、云南大学、西南大学B等(22个)：吉林大学、安徽师范大学、东北师范大学、山东大学、河北师范大学、西北大学、南京林业大学、杭州师范大学、华南师范大学、扬州大学、沈阳师范大学、东北农业大学、西华师范大学、广西师范大学、新疆农业大学、辽宁师范大学、西北师范大学、南方医科大学、曲阜师范大学、上海师范大学、浙江师范大学、哈尔滨师范大学13.神经生物学：1复旦大学A+2北京大学A+3首都医科大学A4中国科学技术大学A5清华大学A6中山大学A7上海交通大学AB+等(10个)：山东大学、浙江大学、北京师范大学、南方医科大学、中南大学、中国医科大学、西北农林科技大学、云南大学、青岛大学、华中科技大学B等(11个)：南通大学、徐州医学院、昆明医学院、东北林业大学、华东师范大学、泰山医学院、郑州大学、北京理工大学、沈阳师范大学、山西医科大学、皖南医学院14.发育生物学：武汉大学A+3湖南师范大学A5上海交通大学A2复旦大学A4清华大学AB+等(9个)：北京师范大学、南京农业大学、东北林业大学、中南大学、东北农业大学、山东农业大学、山东大学、东南大学、云南大学B等(8个)：厦门大学、华中农业大学、西北农林科技大学、中国医科大学、山东师范大学、暨南大学、华东师范大学、陕西师范大学15.生物信息学：山西农业大学福建农林大学天津医科大学苏州大学华中科技大学重庆邮电大学西南交通大学河北大学南方医科大学浙江大学厦门大学哈尔滨工业大学我们国家内地有这个专业的就这几个学校.顺序不是排名咯.去这些学校的官网上查查嘛，比较后会知道那些好的.反正一流大学选学校.二流大学选专业.16.海洋生物学：1中国海洋大学A+3中山大学A2厦门大学A4宁波大学AB+等(5个)：上海水产大学、汕头大学、清华大学、浙江大学、广东海洋大学B等(6个)：南京农业大学、大连水产学院、浙江海洋学院、哈尔滨商业大学、华东理工大学、烟台大学17.古生物学：18.生物进化：。
中国农业植物病原菌物常见种属名录
中国农业植物病原菌物常见种属名录本文旨在介绍中国农业植物病原菌物中的一些常见种属，包括其名称、研究意义和分布情况。
这些病原菌物对农业植物的生长发育产生重要影响，对农业生产构成潜在威胁。
通过了解这些常见病原菌物的特征和分布情况，有助于采取有效的防治措施，提高农业生产的稳定性。
名称：稻瘟病菌属，包括多种水稻瘟病菌种，如稻瘟病菌（Piricularia oryzae）等。
研究意义：稻瘟病是水稻生产中的重要病害之一，对水稻产量和质量造成严重影响。
研究稻瘟病菌属及其相关病害的防治措施，对保障水稻安全生产具有重要意义。
分布情况：稻瘟病菌属在中国分布广泛，尤其在长江流域和华南地区发生较为严重。
名称：轮纹病菌属，包括多种植物病原菌种，如梨轮纹病菌（Macrophomina phaseolina）等。
研究意义：轮纹病是果树生产中的一种重要病害，可导致果实品质下降和产量损失。
研究轮纹病菌属及其病害的防治措施，对保障果树安全生产具有重要意义。
分布情况：轮纹病菌属在中国果树产区有广泛分布，其中部分地区发生较为严重。
名称：枯萎病菌属，包括多种植物病原菌种，如香蕉枯萎病菌4号小种（Fusarium oxysporum f.sp. cubense）等。
研究意义：枯萎病是农作物生产中的一种毁灭性病害，可导致植物生长衰弱甚至死亡。
研究枯萎病菌属及其病害的防治措施，对保障农作物安全生产具有重要意义。
分布情况：枯萎病菌属在中国农作物产区有广泛分布，其中部分地区发生较为严重。
名称：疫病菌属，包括多种植物病原菌种，如大豆疫病菌（Phytophthora sojae）等。
研究意义：疫病是农作物生产中的一种常见病害，可导致植物叶片黄化、植株死亡等。
研究疫病菌属及其病害的防治措施，对保障农作物安全生产具有重要意义。
分布情况：疫病菌属在中国农作物产区有广泛分布，其中部分地区发生较为严重。
炭疽病菌属（Colletotrichum）名称：炭疽病菌属，包括多种植物病原菌种，如香蕉炭疽病菌（Colletotrichum musae）等。
专业代码、专业名称、研究方向
同上
05小麦遗传育种
窦秉德
同上
淮阴师范学院兼职导师
06食用豆类遗传育种
金文林
同上
北京农学院兼职导师
07草坪草育种
段碧华
同上
同上
08牧草耐盐转基因研究
杨起简
同上
同上
09玉米抗病性遗传研究
张世煌
同上
中国农科院兼职导师
10小麦基因工程
马有志
同上
同上
11小麦品质改良
何中虎
同上
同上
12长绒棉遗传育种
孔庆平
专业代码、专业名称、研究方向
指导
教师
招生
人数
考试科目
备注
001农学院
071002动物学
10
01昆虫生态学
王登元
①101政治②201英语③314无机及分析化学④402昆虫学
复试农业昆虫学
02害虫治理
于江南
同上
03害虫治理
赵莉
同上
04害虫治理
马德英
同上
05害虫治理
薛光华
同上
新疆出入境检疫中心兼职导师
06昆虫资源保护利用
徐文修
同上
04作物高产栽培生理
赵图强
同上
石河子农业开发中心兼职导师
05作物高产栽培生理
季良
同上
新疆农科院兼职导师
★090102作物遗传育种
18
01棉花遗传育种
曲延英
①101政治②201英语③311普通生物化学④410遗传学
复试作物育种学
02棉花新品种选育
毛鸿才
同上
03棉花遗传育种
王芳
同上
04小麦遗传育种
2019年中国农业大学硕士研究生考试招生专业目录
2 0 1 9 年中国农业大学硕士研究生考试招生专业目录发布日期：2018-09-14学学院院代名码称专业代码专业名称研究方向代码研究方向名称学习方式学制拟招考人数考试科目代码及名称备注01作物栽培工程全日制①101 思想政治理论②201 英语一③701 数学（自命）或702 化学（自命）④801 植物生理学与生物化学（自命）02作物化学控制和生物调节剂全日制①101 思想政治理论②201 英语一③701 数学（自命）或702 化学（自命）④801 植物生理学与生物化学（自命）03作物栽培学与090101农作制度研究全日制 3 13①101 思想政治理论②201 英语一③701 数学（自命）或702 化学（自命）④801 植物生理学与生物化学（自命）耕作学04农田生态健康全日制①101 思想政治理论②201 英语一③701 数学（自命）或702 化学（自命）④801 植物生理学与生物化学（自命）农05能源作物栽培全日制①101 思想政治理论②201 英语一③701 数学（自命）或702 化学（自命）④801 植物生理学与生物化学（自命）301 ①101 思想政治理论②201 英语一③学作物节全院06 701 数学（自命）或702 化学（自命）水高产日栽培制④801 植物生理学与生物化学（自命）作物育种原理全①101 思想政治理论②201 英语一③01 701 数学（自命）或702 化学（自命）与分子日技术应制④801 植物生理学与生物化学（自命）用090102 作物遗传育种02作物杂种优势机理及利用全日制3 28①101 思想政治理论②201 英语一③701 数学（自命）或702 化学（自命）④801 植物生理学与生物化学（自命）作物细全①101 思想政治理论②201 英语一③03 701 数学（自命）或702 化学（自命）胞工程日及应用制④801 植物生理学与生物化学（自命）04 作物分子遗传全日①101 思想政治理论②201 英语一③701 数学（自命）或702 化学（自命）WORD格式学制④801植物生理学与生物化学（自命）05作物基因组学和生物信息学全日制①101思想政治理论②201英语一③701数学（自命）或702化学（自命）④801植物生理学与生物化学（自命）种子科0901Z1学与技术0102种子发育生理与分子生物学作物种子生产原理与方法全日制全日制33①101思想政治理论②201英语一③701数学（自命）或702化学（自命）④801植物生理学与生物化学（自命）①101思想政治理论②201英语一③701数学（自命）或702化学（自命）④801植物生理学与生物化学（自命）作物高全①101思想政治理论②201英语一③01701数学（自命）或702化学（自命）产高效日生理制④801植物生理学与生物化学（自命）0901Z2作物生理学0203作物逆境生理作物品质生理全日制全日制32①101思想政治理论②201英语一③701数学（自命）或702化学（自命）④801植物生理学与生物化学（自命）①101思想政治理论②201英语一③701数学（自命）或702化学（自命）④801植物生理学与生物化学（自命）04植物激素调控全日制①101思想政治理论②201英语一③701数学（自命）或702化学（自命）④801植物生理学与生物化学（自命）0903Z3生物质工程0102木质纤维素降解与转化生物天然气工程与技术全日制全日制22①101思想政治理论②201英语一③701数学（自命）或702化学（自命）④801植物生理学与生物化学（自命）或806生物化学（自命）①101思想政治理论②201英语一③701数学（自命）或702化学（自命）④801植物生理学与生物化学（自命）或806生物化学（自命）全①101思想政治理论②204英语二③01作物29339农业知识综合一④860作物育种日制全2与栽培①101思想政治理论②204英语二③095131农艺与种业02种业日制5339农业知识综合一④876种子科学技术原理03作物非全日制310①101思想政治理论②204英语二③339农业知识综合一④860作物育种与栽培WORD格式04种业非全日制10①101思想政治理论②204英语二③339农业知识综合一④876种子科学技术原理01植物逆境机理全日制①101思想政治理论②201英语一③702化学（自命）④806生物化学（自命）植物发全①101思想政治理论②201英语一③02702化学（自命）④806生物化学（自育生物日学制命）071001植物学03作物重要性状功能基因组学全日制210①101思想政治理论②201英语一③702化学（自命）④806生物化学（自命）植物基因表达全①101思想政治理论②201英语一③04702化学（自命）④806生物化学（自调控的日分子机制命）理302生物学院0102生殖内分泌学生殖与发育的细胞和分子机全日制全日制①101思想政治理论②201英语一③702化学（自命）④806生物化学（自命）①101思想政治理论②201英语一③702化学（自命）④806生物化学（自命）推免指标如有剩余可追加到招考指标中。
我国食用菌害虫初步名录
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中农大环境微生物学课件第8章 微生物的分类和鉴定
域：真核域 (Eukarya) 界：动物界 (Animalia) 门：脊索动物门 (Chordata) 亚门：脊椎动物亚门 (Vertebrata) 纲：哺乳纲 (Mammalia) 亚纲：真兽亚纲 (Eutheria) 目：灵长目 (Primates) 科：人科 (Hominidae) 属：人属 (Homo) 种：智人种(Homo sapiens sapiens)
例1 大肠埃希氏菌（简称“大肠杆菌”） Escherichia coli
例2 枯草芽孢杆菌（简称“枯草杆菌”） Bacillus subtilis
• 三名法(trinominal nomenclature)
• 当某种微生物是一个亚种(subspecies, 简称“subsp”)或变种 (variety,简称“var”) 时，学名按三名法拼写
学名
• 地区性的俗名(common name)：大众化和简明等优点， 但往往涵义不够确切。 如结核杆菌(tubercle bacillus)是Mycobacterium tuberculosis(结核分枝杆菌)的俗名
• 学名(scientific name)：是某一菌种的科学名称，是按 “国际命名法规”进行命名并受国际学术界公认的通 用正式名称。
• 属名：表示微生物主要特征的名词或用作名词 的形容词，单数，第一个字母应大写。其词源 来自拉丁词、希腊词或其他拉丁化的外来词。
• Lactobacillus(乳杆菌属)就是由两个拉丁词干组 成，Shigella(志贺氏菌属)由拉丁化的日本姓氏 组成。
• 当前后有两个或更多的学名连排在一起时，若它们的属 名相同，则后面的一个或几个属名可缩写成一个、两个 或三个字母，在其后加上一个点。
农业农村部办公厅关于成立全国动物病原微生物菌（毒）种保藏管理专家委员会的通知
农业农村部办公厅关于成立全国动物病原微生物菌（毒）种保藏管理专家委员会的通知文章属性•【制定机关】农业农村部•【公布日期】2021.06.03•【文号】农办牧〔2021〕26号•【施行日期】2021.06.03•【效力等级】部门规范性文件•【时效性】现行有效•【主题分类】机关工作,畜牧业正文农业农村部办公厅关于成立全国动物病原微生物菌（毒）种保藏管理专家委员会的通知农办牧〔2021〕26号各省、自治区、直辖市农业农村（农牧）、畜牧兽医厅（局、委），中国动物疫病预防控制中心、中国兽医药品监察所、中国动物卫生与流行病学中心，中国农业科学院各相关研究所，有关高校、科研单位：根据《中华人民共和国生物安全法》《病原微生物实验室生物安全管理条例》《动物病原微生物菌（毒）种保藏管理办法》等规定，为加强动物病原微生物菌（毒）种保藏管理，充分发挥相关领域专家的技术支撑作用，我部决定成立全国动物病原微生物菌（毒）种保藏管理专家委员会，归口我部畜牧兽医局管理，并制定了全国动物病原微生物菌（毒）种保藏管理专家委员会章程，遴选确定了第一届委员会委员名单，现予以公布。
请各有关单位积极支持专家委员会工作。
附件：1.全国动物病原微生物菌（毒）种保藏管理专家委员会章程2.第一届全国动物病原微生物菌（毒）种保藏管理专家委员会委员名单农业农村部办公厅2021年6月3日附件1全国动物病原微生物菌（毒）种保藏管理专家委员会章程第一章总则第一条为规范全国动物病原微生物菌（毒）种保藏管理专家委员会（以下简称“委员会”）工作，制定本章程。
第二条委员会在农业农村部领导下依法开展动物病原微生物菌（毒）种保藏管理工作，为国家动物病原微生物菌（毒）种保藏管理提供决策咨询和技术支撑。
第三条委员会由农业农村部负责组建、管理、指导与监督。
第四条委员会坚持科学、公正、客观、规范的原则依法开展工作。
第二章组织机构第五条委员会设主任委员1名，由中国兽医药品监察所所长担任；副主任委员3名，委员若干名，均由农业农村部聘任。
禽类中沙门氏菌MLST分型及毒力基因筛查
MLST Typing of Salmonella in Poultry and Screening of Virulence Genes
ZHANG Jie12,CHANGXiao-hui12,LIU Ming3,!! Xiao-lin12,WAN Xiao-nan1,HUAI Shut?,ZHAO Zhuo3** (1. Science and Technology Research Center of China Customs, Beijing 100026, China; 2. Beijing Key Laboartory of Entry-Exit Food Safety Testing , Beijing 100026, China; 3. Technical Center for Safety of Industrial Products of Tianjin Customs District, Tianjin 300308, China)
Abstract: Thirty six Salmonella isolates were used to study the genotypes and virulence gene prevalence in Salmonella from poultry in Beijing. Whole -genome sequencing and multilocus sequence typing (MLST) were performed on Salmonella isolates. STI 1 was the dominant type. Strains from chickens included ST11 ,ST13, ST17,ST96,ST241,ST1941 and ST26. Strains from ducks included ST19,ST34,ST1546 and ST2441. The ana lyzed strains all carried representative genes from virulence islands SPI1-SPI5,66.7% of these strains also con tained the virulence plasmid spvB described in the virulence factors database (VFDB). Representative genes of S.Schwarzengrund (including sopE,sptB,mgtC ,iiwA/iiwF) were all positive,and these strains did not carry spvB,pefA. ,or prot6E. These results suggest that the pathogenicity island of Salmonella is relatively stable,but differences in genotype affect virulence gene expression・ Both cdtB and pitA were positive in S.Schwarzengmnd, and it was speculated that the Salmonella generally carried GDT. Key words: Salmonella^ multilocus sequence typing(MLST); whole genome sequencing;pathogenicity island; virulence gene
我国猪、鸡源沙门菌和大肠埃希菌的耐药研究进展
Abstract China is a big country of pig and chicken breeding. Salmonellosis and colibacillosis, as the most common bacterial diseases in pig and chicken farms, are often mixed infections, and antimicrobial drugs are used in clinical treatment. In recent years, due to the large-scale unreasonable use of antibacterial drugs, Salmonella and Escherichia coli have developed serious antimicrobial resistance, and the breeding industry, veterinary clinical treatment, and public health have been affected. This article mainly investigates the research progress of antimicrobial resistance of pig- and chicken-derived Salmonella and Escherichia coli reported in China in the past three years (20172019), including the resistance mechanism of pig- and chicken-derived Salmonella and E.coli, common resistance genes, resistance types and resistance rates of Salmonella and E. coli isolated in some areas of China, in order to strengthen the monitoring and control of antimicrobial resistance.
农业基因组学学科群
8
农业部玉米水稻等作物遗传育种重点实验室[05]
中国种子集团有限公司
农业 科学观测 实验站
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17
农业部作物基因资源与种质创制上海科学观测实验站
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18
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19
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20
农业部作物基因资源与种质创制浙江科学观测实验站
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13
农业部动物疫病病原生物学重点实验室[16]
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14
农业部海洋渔业与可持续发展重点实验室[17]
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15
农业部农业微生物资源利用重点实验室[18]
华中农业大学
02作物基因资源与种质创制学科群
类别
序号
名称
依托单位
综合性重 点实验室
1
农业部作物基因资源与种质创制重点实验室
南京农业大学
6
农业部棉花生物学与遗传育种重点实验室［08］
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注：名称右上角标注［兴］内的数字表示其所属学科群编号，下同
专业性/区 域性重点
实验室
7
农业部油料作物生物学与遗传育种重点实验室[09]
中国土壤微生物组pdf
中国土壤微生物组pdf中国土壤微生物组是土壤中各种微生物组成，包括有机物和重金属等，主要反映环境健康状况。
一、土壤微生物组多样性1、物种多样性：土壤微生物组多样性表现为物种多样性。
中国土壤中可能含有数百万种及其多种类别的微生物群落成分，其多样性在不同地质和气候条件、土壤海拔深度、土壤沉积物类型等方面也有所不同。
2、进化多样性：土壤微生物组具有较高的进化多样性，包含细菌、真菌及古细菌等不同的群体，以及多种生物学特征、settle、遗传形态和生态系统进化多样性。
根据细菌与古细菌的特征，可分为自然系统、冷湿性系统、温暖湿润系统、沙土、混合沙土等五种基本生态系统。
3、环境多样性：土壤微生物组受环境差异的影响，也表现出的环境多样性。
根据不同的环境条件，土壤中的微生物群落分布结构也可能有所不同，如温度、水分、pH等因素都可能对土壤微生物组产生影响。
二、中国土壤微生物组的研究1、多学科联合研究：中国土壤微生物研究结合了土壤学、微生物学、生物学、环境学等多学科，将研究范围从单一细菌或真菌细胞层面拓展至土壤微生物组化层次。
目前，土壤细菌多样性的研究已经取得了较好的结果，其详细的特征和关系越来越清楚，农作物以及环境的生态调控也不断被发掘出来。
2、土壤细菌组分析技术：土壤微生物组分析技术在中国发展迅速，现已成为重要的土壤污染信息提供技术。
该领域的研究主要集中在环境分子生物学和细菌系统发育方面，诸如16S rDNA鉴定技术、凝胶法生物标志物标定技术等，在有才、微生物识别、细菌系统学和定量分析等方面都可以获得较好的结果。
三、土壤微生物组的应用1、生态环境恢复：土壤微生物组对土壤环境的恢复、农田生态环境的恢复和高效或环保的农业生产等都有重要的理论和实践意义。
2、抗药性的高效管理：土壤微生物组研究也可以同农药使用相结合，如病原菌种群结构和多样性变化、抗性基因在微生物组中的分布及传播、农药污染后土壤环境对微生物抗性的影响等，从而实现高效农药管理。
农作物的细菌属及其代表的种
重要的细菌属及代表的种1.黄单胞菌属（Xanthomonas）黄单胞菌属为薄壁菌门的成员。
菌体短杆状，多单生，少数为双生，单鞭毛，极生，无荚膜，革兰氏染色反应阴性，好气性。
代谢为呼吸型，无发酵型。
氧化酶反应阴性，过氧化氢酶反应阳性。
对营养要求不高，供给简单的碳水化合物和其他无机盐多数都可生长，一般在培养基上不产生色素，但菌体含有一种黄色的类胡罗素。
营养琼脂培养基上呈蜜黄色、光滑货粘稠的菌落。
绝大多数成员为植物病原细菌，为害植物引起叶斑坏死或者枯死等症状。
本属细菌下重要的种有：野油菜黄单胞菌（甘蓝黑腐病菌）、水稻黄单胞菌，重要的变种有：野油菜黄单胞菌禾草致病变种、野油菜黄单胞菌柑橘致病变种、水稻白叶枯病菌。
2.劳尔氏菌属（Ralstonia）劳尔氏菌属是从假单胞杆菌属中分离出的，其中茄科植物的青枯病菌是众所周知的重要病原菌。
普通细菌培养基上菌落隆起、光滑、湿润、灰白色至白色。
有些菌株在培养基上可分泌水溶性褐色素而使培养基变褐色。
在灭菌的马铃薯薯块上，则能使其变成深褐色至黑色。
病菌的寄主范围很广，可侵染30多科的一百多种植物，马铃薯、烟草、番茄等茄科的青枯病发生非常严重。
种下分类多样化，不同菌株的寄生专化性不同，寄生在番茄、马铃薯、花生上的是同一类型，而烟草上的则是另外一种。
典型的症状是全株急性凋萎，感病茎秆维管束变褐，横切后用手挤压有白色菌脓溢出。
病菌在土壤中可长期存活，可随土壤、灌溉、种薯、种苗传播。
侵染主要途径是伤口，高温高湿条件有利于发病。
3.假单胞杆菌属（Pseudomonas）该属是薄壁假单胞菌科的模式属。
菌体短杆状略弯，单生，鞭毛1~4根，极生，没有荚膜，革兰氏染色反应阴性，严格好气性。
代谢为呼吸型，无发酵型。
氧化酶反应阴性，少数阳性，过氧化氢酶反应阳性。
对营养要求不高，供给简单的有机碳水化合物和其他无机盐一般都能生长。
营养琼脂培养基上呈灰白色、圆形、隆起的菌落，有荧光反应，有些种产生褐色素扩散到培养基中。
布氏田鼠的分类学地位-中国试验动物学报
布氏田鼠的研究概况和其分类学名称变化刘牧1，施海霞1, 2，高珊1 ，宋铭晶1, 21.中国医学科学院医学实验动物研究所北京协和医学院比较医学中心卫生部人类疾病比较医学重点实验室，北京，100021；2.农业虫害鼠害综合治理研究国家重点实验室，北京，100101摘要:布氏田鼠Lasiopodomys brandtii（Radde，1861）分布广泛，分三个亚种。
本文简介了布氏田鼠的研究进展，包括：生态、形态、生理、遗传以及实验动物化研究等。
此外，布氏田鼠的中、英文名称和其分类学地位，因历史原因和研究方法不同，一直存在分歧和争议。
本文介绍了布氏田鼠在我国各时期的名称和分类学变动情况。
关键词: 布氏田鼠，实验动物化，分类学The introduction of Brandt's vole and its changes in names and systematic classificationLiumu 1 Shi Haixia1,2 Gao Shan1 Song ming-Jing1,21. Key Laboratory of Human Diseases Comparative Medicine, Ministry of Health; Institute of Laboratory Animal Science, Chinese Academy of Medical Sciences(CAMS) & Comparative Medicine Centre, Peking Union Medical College (PUMC), Beijing 100021；2. The State Key Laboratory of Integrated Management of Pest Insects andRodents, Beijing 100101AbstractThe Brand’s vole，Lasiopodomys brandtii（Radde，1861）distributed widely in the world, and had been recognized as 3 subspecies, recently. This article introduces the recent study on Brandt's vole, including: ecology characteristics, physiology, population genetics, and the laboratory animalization for this species. Besides, this[基金项目] 农业虫害鼠害综合治理研究国家重点实验室开放研究基金资助项目（Chinese IPM1204）[作者简介] 刘牧，研究员，主要从事动物胚胎工程和实验动物学研究。
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