MOtif——

蛋白质MOTIF的构建及搜索
• 蛋白质MOTIF识别方法是研究和预测蛋白 质结构和功能的一种重要工具。 • 本文用理化性质矩阵描述蛋白质的特征保 守多肽，构建了一个包含两千多个 MOTIF 的库。 • 并编制了快速而灵敏的MOTIF搜索软件
• 利用蛋白质序列的多重联配方法进行修正， 然后再用计算机对蛋白质序列库作统计分 析和验证,建立 了各种蛋白质功能位点的氨 基酸序列的保守模式的数据库,取名为 PROSITE • 之后以PROSITE为基础,建立了一个由 2302个氨基酸保守区 组成的库,称之为 BLOCKS
• 2）MOTIF的选择及构建 • 几个同族蛋白质序列进行多重联配,我们选 择多重联配中能够代表该族蛋白质结构和 功能特异性的一个或几个保守区作为 M O T IF ,然 后 转化为用性质矩阵 表示的 M O T IF • 能够揭示蛋 白质家族所具有的特定的理化 特性及蛋白质活性区所要求的理化环境。 • 这种方法比用氨基酸出现概率描述 M O T IF更 能反映蛋 白质序列和生命现象之间的 内在联系
MOTIF的可靠性检验
• • • • 1）MOTIF的氨基酸打分矩阵 下图 是 M O T I F 的理化性质矩阵。 在测试序列中用此矩阵辨认 M O T IF 时, 必须给定 M O T I F 中的位置向量与氨基酸 的性质向量的偏离度,从而确定测试序列的 某区段与 M O T IF 的偏离度。 • 若偏离度足够小,表明该区段具有 M O T IF 。
• 该文献在BLOCKS的基础上，用理化性质 表示法，构建含有2000多个MOTIF的库 • 优点： • 该库与 PROSITE库相比,具有可读性高、易 维护的特征。 • 而 BLOCKS库属于资料库,仅有查询的价值。
一、MOTIF的构建方法
• 1）氛基酸的理化性质向量表示法 • 氨基酸可以用 11 个理化性质来描述,它们 分别代表疏水性、极性、带电性、正 电性、 负电性、体积的2 个性质、脂肪性、芳香性、 脯氨酸、甘氨酸。 • 这样,每个氨基酸可用一个 11 维的向量来 表示,向量的每一维代表一种理化性质,其取 值只有 0（表示氨基酸不具有该性质）和1 （具有该性质）。