新版PubMed检索
Pubmed数据库的检索
检索<American Journal of Pathology>上的关于 mad cow disease的文献
1/5/2021
Pubmed数据库的检索
24
Pubmed 常用字段
tag
Field name Tag field name
AB
Abstract摘要 TI Title
AD
Affiliation 单位 MH MeSH Terms主题词
1948Update everyday (Tuesday - Saturday)
1/5/2021
Pubmed数据库的检索
5
Pubmed简介(cont’d) Attention!
摘要型(Abstract)的数据库, 提供文献的线索 免费检索,部分文献(约5%)提供免费全文;
提供Link, Linkout 指向Free source on the Net 或者自己的图书馆已经购买的电子期刊全 文数据库中的全文
1/5/2021
Pubmed数据库的检索
2
1/5/2021
Pubmed数据库的检索
3
NCBI 数据库系统
1/5/2021
Pubmed数据库的检索
4
Pubmed简介(cont’d)
检索全世界生物医学期刊论文的重要工具; 学科覆盖范围:
临床医学、基础医学、护理学、牙科学、兽 医学、药理学、环境和公共卫生。 收录文献的时间范围:
16
" Kidney allograft “
1/5/2021
Pubmed数据库的检索
17
Kidney allograft [All Fields]
1/5/2021
PubMed检索方法
只对主题词进行加权检索
题录检索、期刊检索
题录检索
期刊检索
基本检索规则
作者姓名[字段标识符 ] Just[au]
刊名[字段标识符] science[ta]
截词检索 注意:检索词自动转换匹配功能关闭
词组检索 注意:检索词自动转换匹配功能关闭
检索式:common cold AND (vitamin c OR zinc)
禁用词表
注册
二、循证医学文献的查找
1.临床查询(Clinical Queries)
(1)Clinical Study Categories(临床研究类文献) (2)Systematic Reviews(系统评价) (3)Medical Genetics(医学遗传学)
2.MeSH: MeSH
Clinical Queries
5.Clinical Trials()
三、临床案例
一、PubMed概述
1.简介
PubMed是生物医学领域最重要和权威的数据库之一, 由美国国立医学图书馆(National Library of Medicine, NLM)下属美国生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)研制开发,可通过网络 免费访问()。
1113篇
Clinical Queries:
Therapy/Narrow[filter] AND (("stroke"[MeSH Terms] OR "stroke"[All Fields] OR
("cerebrovascular"[All Fields] AND "accident"[All Fields]) OR "cerebrovascular
PubMed检索指南
PubMed检索指南1.PubMed基本检索方式(Basic PubMed Search)进入PubMed基本检索方式主页,在检索框中可以输入任意词,包括文献作者,出版杂志等:∙键入一个或多个检索词(可以为任意词),如protein disulfide isomerase ,也可以输入缩略名如pdi等;输入多个词时,可自动识别成词组;但词数太多时,则以逻辑与的方式识别,如可以将protein disulfide isomerase识别成一个词,也有可能将其识别成“protein AND disulfide AND isomerase”尤其是出现数字等符号时不易识别成词组;∙对PubMed不能识别检索的词组,需加引号强调,如键入:“Insight II”∙以文献作者方式检索,作者名的输入格式为:姓+名如输入:Freesman DJ ,其中“姓”为全称,“名”则为首字母简写形式(“名”可以省略);∙键入的杂志名称可以是全名,也可以是杂志名的MedLine缩写格式∙或ISSN杂志号(见期刊浏览)。
∙检索时可在词尾加“*”号检索所有具有同样词头的词。
如键入:biolog*可查得biology或biological 等词。
PubMed可将多个词以词组形式查询,对PubMed不能识别检索的词组,需加引号强调,如键入:“Insight II”将识别成词组“Insight II”以方式查询,若键入:Insight II则有可能分开识别成“Insight” 和“II”两个词,以逻辑与“Insight AND II”的方式进行检索。
词与词间可用AND、OR或NOT逻辑进行连词检索。
键入检索词后,别忘了选择检索年限(30天,10年不等)及选择文献的页面显示数目。
按Enter回车键或鼠标击话界面中的“Search”按钮可得到查询文献提要(document summary page)。
2.PubMed高级检索方式 (Advanced Search)与基本检索方式不同的是增加了检索范围(search fields).和检索模式(search mode)的选择框。
pubmed高级检索方法
pubmed高级检索方法一、pubmed高级检索基础1.1 首先呢,pubmed是个超棒的医学文献宝库。
它的高级检索功能就像一把神奇的钥匙,能让你更精准地找到你想要的东西。
咱别小看这个功能,它就像一个隐藏的宝藏地图,要是会用,那可真是如鱼得水。
1.2 你得知道,pubmed高级检索界面有很多选项。
就好比一个大超市,每个货架都有不同的东西。
这里的选项就是那些货架,你得清楚每个货架放的是啥,才能快速找到你需要的“商品”,也就是文献啦。
二、检索字段的运用2.1 比如说作者字段。
这就像找人一样,你知道作者是谁,那就直接在作者字段里输入作者的名字。
这就好比你在人群里找一个熟人,直接喊他名字就好啦。
不过有时候作者名字可能有多种写法,你得像个侦探一样,把可能的写法都试试,可不能一根筋。
2.2 还有标题字段。
如果一个文献的标题里有你想要的关键词,那在标题字段检索就像瓮中捉鳖一样容易。
标题可是文献的招牌,往往包含了核心内容。
你要是想找关于某种疾病特定治疗方法的文献,在标题里搜这个治疗方法的名字,很可能就一击即中。
2.3 期刊字段也不能忽视。
你要是对某个期刊特别感兴趣,或者知道你要找的文献大概率发表在某个期刊上,那就在期刊字段里输入期刊名。
这就像你知道一个人住在某个小区,直接去那个小区找他就对了,省得满世界乱找。
三、布尔逻辑运算符的使用3.1 AND这个运算符啊,就像是交朋友里的“志同道合”。
你输入两个关键词,中间用AND连接,那搜索出来的文献就是同时包含这两个关键词的。
比如说你搜“糖尿病 AND 胰岛素”,那找出来的文献就是既和糖尿病有关,又提到胰岛素的,这样就把范围缩小得很精准了。
3.2 OR这个运算符呢,有点像广撒网。
当你输入两个关键词,中间用OR连接,搜索出来的文献只要包含其中一个关键词就会被显示。
比如“感冒 OR 流感”,那只要是关于感冒或者流感的文献都会出来。
这在你不确定具体用词或者想扩大搜索范围的时候很有用,就像你想找水果,苹果或者香蕉都可以满足你吃水果的愿望,这里的苹果和香蕉就相当于不同的关键词啦。
pubmed检索方法与技巧
pubmed检索方法与技巧Pubmed是生命科学领域最重要的文献检索工具之一、它提供了广泛的生命科学文献库,包括医学、生物学、药学和健康科学等领域的文献。
Pubmed的检索方法和技巧对于有效地和获取相关文献非常重要。
以下是一些常用的Pubmed检索方法和技巧:1. 关键词检索:使用关键词是Pubmed检索的基本方法。
关键词应该准确描述你所感兴趣的主题。
你可以使用与主题相关的单词、短语和术语进行检索。
同时注意使用同义词和近义词来扩大检索范围。
2. 语法:Pubmed支持使用逻辑运算符来组合多个词和短语。
常用的逻辑运算符包括AND(交集)、OR(并集)和NOT(排除)。
例如,使用"lung cancer AND smoking"将会检索到包含这两个关键词的文章。
3. MeSH主题词检索:MeSH(Medical Subject Headings)是Pubmed特有的主题词索引系统。
使用MeSH主题词可以更精确地检索相关文献。
你可以在Pubmed网站上找到MeSH数据库,然后主题词并将其添加到检索中。
4. 过滤结果:在Pubmed中,你可以使用多种筛选器来缩小结果范围。
例如,你可以使用年份范围、文章类型(如临床试验、回顾性研究等)、出版物类型(如期刊文章、综述等)和语言等来过滤结果。
5. 设置提醒:Pubmed提供设置提醒的功能,这样你可以根据自己的兴趣和需求定期获取最新的相关文献。
你可以创建保存结果或使用特定的词或主题来设置提醒。
6. 利用专业数据库:除了Pubmed之外,还有其他一些专业数据库也可以用于文献检索。
例如,Scopus、Embase和Web of Science等都是重要的文献检索工具,可以在组合使用它们与Pubmed一起使用以获取更全面和准确的文献信息。
8.限制范围:如果你想获取特定类型的文献,可以使用限制器来缩小范围。
例如,你可以限制文章类型为临床试验、人类研究或动物研究等来获取特定类型的文献。
pubmed文献检索方法
pubmed文献检索方法【原创版4篇】目录(篇1)I.检索PubMed的意义II.PubMed的检索方法III.PubMed检索结果的展示和筛选IV.检索PubMed的注意事项正文(篇1)I.检索PubMed的意义PubMed是全球最大的生物医学数据库之一,提供了大量的生物医学文献资源。
对于研究人员、医学专业人士和学生来说,了解和掌握PubMed的检索方法,可以帮助他们快速找到所需的文献。
II.PubMed的检索方法1.打开PubMed网站,输入网址:https:///2.在页面左侧导航栏中选择“Search”按钮,进入检索页面。
3.在检索页面中,可以选择不同的检索方式,如关键词、作者、出版日期等。
4.输入检索词后,点击“Search”按钮,即可得到相关的检索结果。
III.PubMed检索结果的展示和筛选1.检索结果会按照相关度排序,用户可以选择不同的排序方式。
2.每个检索结果都包含标题、摘要、作者、出版日期等信息。
3.对于需要进一步阅读的文献,可以点击“Open”按钮,查看全文。
4.可以通过筛选条件,如主题、关键词、学科领域等,缩小检索范围。
IV.检索PubMed的注意事项1.避免使用过于具体的检索词,以免得到过多的无关结果。
2.对于复杂的检索需求,可以使用逻辑运算符和短语检索等方式进行组合检索。
目录(篇2)I.引言A.为什么需要pubmed文献检索方法B.pubmed简介II.pubmed文献检索方法A.如何使用pubmed1.输入关键词2.选择检索结果3.查看文献详情B.pubmed的优点1.方便快捷2.检索结果全面3.文献质量较高C.pubmed的不足1.检索结果可能不全面2.文献质量可能较低3.检索结果可能存在误导III.结论A.pubmed文献检索方法的重要性和实用性B.如何利用pubmed进行有效的文献检索正文(篇2)pubmed文献检索方法是一种非常实用的工具,可以帮助科研人员快速、准确地检索到所需的文献。
PubMed使用教程指南
2024/9/21
19
一、基本检索
6.期刊检索
2024/9/21
发送至检索恇
点击选中
20
一、基本检索
6.期刊检索
2024/9/21
点击执行检索
21
一、基本检索
6.期刊检索
2024/9/21
检索成果
22
二、辅助检索区
1.Limit (限定检索) 2.Preview/index(预览/索引) 3.History(检索史) 4.Clipborard(剪贴板) 5.Detail(检索式详览)
28
2024/9/21
环节1 点击预览和索引
环节2 输入待选词
环节4 拟定与检索栏中 检索提问旳逻辑关系
环节3 索引选词
29
3.History(检索史)
▪ 检索式回忆 ▪ 编辑检索式 ▪ 如#3 AND child
2024/9/21
30
检索历史回忆
2024/9/21
检索式
检索时间 检出篇数
检索式编号可替代检索式进行输入检索
63
2024/9/21
点击有关规范词
64
2024/9/21
选择检索 选择副主题词
65
2024/9/21
执行检索
66
2024/9/21
检索成果 题录:著者、篇名、刊名
67
2.阿司匹林治疗心肌梗死
2024/9/21
首先,将概念切提成2个面: Aspirin/治疗应用 心肌梗死/药物治疗
然后,分别进行规范词选择检索
68
2024/9/21
69
2024/9/21
70
2024/9/21
pubmed检索方法
4.1 字段选择
可选择:所有字段(All Fields)、作者地址、作者姓名、期刊名、ISSN号码、语种、MeSH词、副主题词、页码、出版日期、自由词、标题词、期刊卷号、数据库更新代码、物资名称等22个选项,默认选项为All Fields。
4.2必须有摘要的文献(Only Items with Abstracts )
4.9 文献进入MEDLINE的时间
有30天、60天、90天、180天、1年、2年、5年和10年选择。
4.10 出版或进入MEDLINE的时间段
应输入时间范围。按照年/月/日的格式。
5. 利用预览/索引(Preview/Index)检索
使用预览/索引可以:预览检索出的文献数量,加快显示速度、一次性地增加检索词来精确检索、增加检索词来检索某些特殊领域、从索引中查看和选择检索词。例如:要检索以"chickenpox"为头的MeSH词,先选择在下拉式菜单的MeSH Terms,在检索框内输入chickenpox,再点击Index按钮。滚动索引Index窗,高亮显示"chickenpox vaccine",点击AND按钮,"Chickenpox vaccine" 就会出现在检索提问框内。 注意: Preview/Index 只能显示最近三次检索的预览结果。而历史(History)窗口能显示多达过去100次的检索请求。
为复选框,选中后检索出的文献均有摘要。注意1975年前的文献是没有摘要的。
4.3 出版形式(Publication Types)
包括: Clinical Trial 临床试验;Editorial 编辑按语;Letter 读者来信;Meta-Analysis 荟萃分析 ;Practice Guideline 实践指南 ;Randomized Controlled Trial 随即对照试验 ;Review 综述
PubMed数据库检索
的基本检索功能( 四、PubMed的基本检索功能(五)
短语检索
PubMed首先将键入的检索词(词组)视为合理 首先将键入的检索词(词组) 首先将键入的检索词 的短语在短语索引中进行查找。 的短语在短语索引中进行查找。如:poison ivy 将其视为词组进行查找。 , PubMed将其视为词组进行查找。 当 PubMed 将其视为词组进行查找 没有找到该词组时, 没有找到该词组时 , 系统将自动把两个词分开 进行检索; 进行检索; 如果不希望系统将两词分开, 则需要用“” “”把 如果不希望系统将两词分开 , 则需要用 “” 把 检索词括起来,即强迫PubMed进行词组检索。 进行词组检索。 检索词括起来,即强迫 进行词组检索 如“single cell”。 。 当用双引号括起词语时, 当用双引号括起词语时,PubMed将不执行自动 将不执行自动 词语匹配功能。 词语匹配功能。
New Data
PubMed
Collect
Pre-Medline
Process
Medline
PubMed
出版商提供的书目信息:出版商
提供的是整本期刊的信息, 提供的是整本期刊的信息,若有 部分没有被MEDLINE收录, 部分没有被MEDLINE收录,PubMed MEDLINE收录 仍保存,在记录中做[PubMed--as 仍保存,在记录中做[PubMed--as [PubMed-publisher]的标记 supplied by publisher]的标记 。
的基本检索功能( 四、PubMecular 在检索框中键入杂志全名 biology of the cell 也可以直接键入Medline的期刊标准缩写 也可以直接键入 的期刊标准缩写 形式,如:mol boil cell, 形式, , 键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码) 国际标准出版物代码) 键入刊物的 国际标准出版物代码 进行检索, 进行检索,如1059-1524。 。 Cell transplantation [ta]
pubmed上引文检索
在PubMed上进行引文检索的具体步骤如下:
1. 打开PubMed官网,进入检索页面。
2. 在检索框中输入想要检索的文献标题或作者等信息。
3. 点击检索按钮,进入检索结果页面。
4. 在检索结果页面,找到想要查看的文献,点击文献下方的“Cite”,就可以复制文献引文。
此外,新版的PubMed提供了“AMA”、“APA”、“MLA”及“NLM”四种参考文献格式,可根据发表期刊的要求进行选择。
也可直接下载.nbib格式文件导出文献至文献管理软件如EndNote 中。
如果需要批量导出文献,也可选中需要导出的文献,然后点击“Send to -> Citation manager”来批量导出。
中国版GoPubmed,我来了!
中国版GoPubmed,我来了!前⾔:作为全球最重要的⽂献检索平台,Pubmed的⽂献含量量与⽇俱增,每⼀次检索会得到⼏千甚⾄⼏万、⼏⼗万的检索结果,⾯对这些浩如烟海检索结果我们近乎绝望。
如何发掘这些信息中的重要价值更值得深思,德国Gopubmed针对这⼀⽅⾯做的很好,但很可惜的是这个平台已经停⽌服务半年之久,并且⾄今没有恢复的迹象。
所以,中国版Gopubmed来了。
第⼀步:任意检索主题词第⼆步:适当进⾏范围限制需要注意的是GM每次下载处理数据总量限定在 5000 条左右,所以最好做⼀次范围限制(时间或者影响因⼦)这样效果会更好。
第三步:点击“1下载数据”第四步:点击“2分析数据”第五步:将第四步下载完成的数据拖⼊即可重要分析结果数据如下功能⼀:期刊统计点击期刊名可以“⼀键复制”该期刊名期刊名后⾯的数字就是期刊的“影响因⼦”⼤家可以选择⾼分⽂章点击⾊块可以看到该期刊包含的全部⽂章适合⽤来做投稿推荐,嗯,就这样……功能⼆:第⼀作者⼤家可以看看有哪些⾏业⾼⼿,虽然有朋友觉得这个模块价值⼀般但我觉得,⾥⾯没准隐藏着下⼀个⼤神对了,点击⾊块可以看到该作者的相关⽂章功能三:通讯作者毫⽆疑问,凡是出现在这个模块的应该都是⼤⽜了,⽅便⼤家选择导师、审稿⼈……最后⼀个是周彩存教授……功能四:keywords分析判断研究热点,应该很靠谱……功能五:Mesh分析判断研究热点,应该⽐keywords更靠谱功能六:国⼈发刊我听说你苦于不知道往哪⾥投稿?那就看看前辈们的选择。
注意1:这个功能完成⼤概需要50s,所以需要耐⼼等待⼀下注意2:优先推荐使⽤⾕歌浏览器⽼规矩:把本⽂放在朋友圈告诉更多⼈,截图到后台,会获得以下东西全套医学美图PPT模板2.3G医学作图视频2.65G全套医学动画⼤合集200节科研公开课总之:GeenMedical会越来越好……。
新版PubMed引文检索功能及全文获取
[Key words]PubMed;cited reference search;fulhext retrieval [中图分类号】(252.7 [文献标识码】C [文章编号】1008—0821(2008)02—0216—02
PubMed是广大从事生物医学研究的科技工作人员一个
常用和十分熟悉的网上免费生物医学数据库。其界面随着
引证文献(1条)
1.孙慧兰.张冰.徐杰.张恩健.刘清海.王晓鹰 网络环境下医学编辑网上稿件初审的思考[期刊论文]-中国科技期刊
研究 2009(4)
引用本文格式:杜永莉.张晓燕 新版PubMed引文检索功能及全文获取[期刊论文]-现代情报 2008(2)
情
图2 PMc期刊检索页面
报
纵
该中心提供期刊名称的部分和全部字段检索,例如,
杂志社提供;下方还列出主要相关文章的链接及所有相关 横
在检索框中输入“CANCER”,点击“Find Joumah”按钮,
文章链接,点击即可,十分方便。
即显示PMC收录刊名中含有CANCER字段的5种杂志,可 根据需求选择您所需期刊。每种杂志刊名后显示收录起始 卷期,并说明提供全文的时限。此外,PMC还提供期刊首 字母列表、全部期刊列表和新增期刊列表检索,新增期刊 显示60日内PMC新增的全文期刊,如点击“New Journals", 系统列出最新收录的包括《耶鲁生物医学杂志》“The Yale Journal d Biology and Medicine”在内的9种新期刊,并注明 每种期刊的起始年卷和最近一期的年卷,点击卷或刊名链 接。可直接显示PMC收录的本卷期的文献目录和PDF格式 的原始文献。 2.2直接从检索结果链接中获取
2024年pubmed数据库使用指南
概述:
PubMed是一个生命科学领域的文献数据库,是生物医学文献检索的重要工具。
本文对PubMed数据库的使用做一个简要介绍,以帮助读者更好地利用这个数据库进行文献检索。
1. PubMed数据库的结构和特点:
PubMed数据库是由美国国立卫生研究院(NIH)的国家医学图书馆(NLM)开发维护的。
它是一个免费的公共数据库,收录了生物医学和生命科学领域的大量学术文献,包括期刊文章、会议论文、学位论文等。
2.检索策略:
(1)关键词检索:根据文献的关键词进行检索。
关键词可以是疾病名、药物名、基因名等。
使用AND、OR、NOT等逻辑符号来组合关键词,以缩小或扩大范围。
(2)高级检索:在PubMed的高级界面中,可以通过使用多个字段、设置日期范围、对检索结果进行限定等方式,更精确地进行文献检索。
3.结果筛选和排序:
(1)限制结果:通过在界面的左侧面板中选择相关选项,可以限制结果的类型、语言、年份等。
(2)排序方式:结果默认按相关性排序,但也可以按出版日期、被引用次数等进行排序。
4.期刊和发表者信息:
5.数据库更新与同步:
(1)PubMed数据库每周更新,保持最新的文献信息。
(2)可以通过RSS订阅或设置自动更新来获取最新的文献信息。
6.其他功能和工具:。
pubmed检索式
pubmed检索式Pubmed检索式是一种在PubMed上检索可供参考的文献的方法。
Pubmed(又称NCBI共媒体数据库)是美国国家生物技术信息中心(NCBI)维护和发布的一个在线免费文献数据库,包括医学、生物、药物和其他专业和技术领域的科学文献。
这些文献也可以从别的在线免费文献数据库中找到,但是 Pubmed据库检索式有其独特的优势。
首先,Pubmed检索式可以搜索文献的元数据,包括作者、出版年份、期刊名称等信息。
这样就容易找到符合条件的文献,而不是搜索整个文献全文,从而节省搜索时间。
其次,Pubmed检索式可以使用贴合度运算符和逻辑运算符来实现复杂的查询。
例如,可以使用“ OR运算符来将搜索词组合在一起,以找到包含其中一个搜索词的文献;也可以使用“ AND运算符来搜索同时包含多个搜索词的文献。
此外,还可以使用括号和近义词来实现高级搜索功能,如联合搜索、排除搜索和并列搜索。
此外,Pubmed检索式还可以使用语言、文献类型、国家和地区的制约条件来限定搜索结果。
例如,可以使用“ Journal:制约条件来搜索某期刊的文献,或使用“ Language:制约条件来搜索某一种语言的文献。
样做可以帮助搜索者更快地找到符合条件的文献,而不必逐论搜索。
最后,Pubmed检索式还可以自动搜索引用文献。
使用 Pubmed索式搜索找到的文献后,可以自动搜索引用文献,以查找文献中提及的其它文献。
这样可以帮助读者了解更多关于特定主题的研究方法和结果,从而更好地理解特定的研究领域。
综上所述,Pubmed检索式可以帮助搜索者在 PubMed据库中更有效、更全面地搜索文献,而不必花费大量精力。
因此,Pubmed检索式对于科学家和研究者而言,是一种十分有用的工具。
PubMed检索步骤
PubMed检索步骤1、PUBMED 词汇自动转换功能:例如:在键入“Vitamin c",点击"Go",再点击"Details"显示("ascorbic acid"[MeSH Terms] OR vitamin c[Text Word]),看一下主题词是什么?所用词汇是否合适?然后点击“Preview/Index”显示你所用的检索词、检中的篇数、所用时间。
也可点击“limit"进行检索。
检索时可以使用通配符"*"进行截词检索或用双引号进行强制检索词检索。
2、著者强制检索:作者用双引号括起来"zhang y" [au];比较一下分别输入zhang yun ;yun zhang,zhang y; zhang y [au];"zhang y" [au] 检索结果的区别。
3、刊名检索:可用刊名全称或缩写、ISSN号,再加上刊名子段限定符,如:输入J Tradit Chin Med [ta] ,然后敲回车或点击Go,系统将在刊名子段中检索,并显示检索结果。
点击“History”可以查看检索历史。
4、布尔逻辑检索:系统允许使用布尔逻辑检索,布尔逻辑运算符要大写(AND、OR或NOT)。
5、剪贴板:使用"send to Clipboard",可把检索结果存入剪贴板,剪贴板最多可存放500条记录。
只要剪贴板中有记录,就可点击Clipboard查看其中的记录(记录为summary格式),粘贴板按记录存放的先后顺序显示记录题录。
6、当前页显示篇数默认为20篇,如果需要可调整当前页的篇数“5、10、20、50、100、200、500”篇。
检索结果默认summary格式(题录格式),可以选择display下拉菜单中的Abstract(文摘),以文摘格式显示。
(一)基本检索1. 检索2000年以来收录我院孙保亮老师作为第一作者的论文数量2.检索PubMed收录山东大学姓王的作者所有的文献3. 字段限制检索:检索作者Jone W Smith发表的论文标题中含癌症治疗方面的文献。
新版PubMed文献检索
Search Details框详细显示自动词语匹配的实际 检索式 有较好的查全率,同时保证一定的查准率
例如,查找阿司匹林防治心肌梗死的文献,最简单 的方法是在检索框中直接输入heart attack aspirin三个词,系统即进行自动词语匹配检索, Detail栏目显示PubMed实际执行的检索式为
高级检索
基本检索
登录 My NCBI
PubMed主页面
自动词语匹配检索(Automatic Terms Mapping) 输入有实际意义的检索词,点击“Search”,系 统按照自动词语匹配的原理进行检索 PubMed最具特色的检索功能之一
智能化的检索过程 基本原理:对输入的检索词,首先在多个索引词表进 行搜索、比对,并自动转换为相应的MeSH主题词、著 者或刊名,再将检索词在all fields(所有字段)中检索, 并执行“OR”逻辑运算。如有多个检索词或短语词组, 则继续将其拆分为单词后分别在all fields(所有字段) 中检索,单词之间的逻辑关系为“AND”
注意:用MeSH词检索时,只检索来源于 MEDLILNE的文献,不检索PubMed其他来源的文 献(包括in-process, supplied by publisher, OLDMEDLINE等)
选定检索词后进行 布尔逻辑运算
PubMed的索引检索
MeSH主题词检索(MeSH) MeSH主题词检索是PubMed最具特色的检索功能 之一,能保证较好的查全率和查准率
主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范 主题词可以组配相应的副主题词,使检索结果更加专指 主题词的树状结构表:系统默认对含有下位概念的主题词 进行扩展检索(点选Do Not Explode this term则不进行 扩检) 应用Major Topic(主要主题词)检索,可以使检索结果 更加准确
新版PubMed检索
记表示
[注] 截止2006年3月15日PubMed公布的数据
In process citation
提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。 获MeSH词后,再加入MEDLINE。 记录中用[PubMed-in process]标记表示。
处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理 论问题的基础与应用研究,包括基因体分析、 序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力 学与交互作用、结构/功能预测等。
建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产业界 之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家 间的计算分子生物合作研究计划。
提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。
BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序,还可作为鉴别 基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整 个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有: 开放阅读框寻觅器(ORF Finder),电子PCR,和序列提交工 具,Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从 HTTP或FTP来获得。
计划、监督与管理NCBI的计算机技术操作,包含用来研究、发展与 存取公开数据库的计算机系统。
提供NCBI人员与外来使用者技术支持。 提供NCBI服务之网络操作指导。 规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会。 计划、发展与管理政府合约与合作协议书,已获得支持NCBI信息 功能的设备与服务。 作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人。 执行应用研究与发展,提供技术支持与指导,鉴定使用者需求; 管理生物使用社群之问卷调查,以评估NCBI发展的软件使用情形。 协调政府其它办事处与生物信息资源,促进NCBI数据储存的发展。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一,其成立的原因 是为已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生 物医学研究的重要性,因此,在1988年11月4日成立NCBI。NCBI 是National Institutes of Health(NIH)底下的National Library of Medicine(NLM)的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医 学数据库经验,且因它是NIH的单位,因此可执行计算分子生物计划。 NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。 NCBI成立的主要任务为: 提供生物医学的分析与计算工具,协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色 发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程, 包 括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统;促 进研究与医学社群使用数据库与软件;协调生物技术信息的传递 与 管理;执行以计算机为基础的进阶信息分析过程,用以分析生 物重要分子的结构与功能。
出版商直接向PubMed提供电子记录 包括MEDLINE未收录的部分记录 记录中用[PubMed-as supplied by publisher] 标记表示。
OldMedline
1950-1965年间发表的200多万篇文献 没有MeSH字段和摘要 记录中用[PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966]标记表示。
PubMed数据范围
数据类型:期刊论文、综述以及与其他数据 资源链接。 特点:
免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取) 提供检索词自动转换匹配 操作简便、快捷
PubMed数据范围
MEDLINE
4800余种生物医学期刊,内容涉及医学、护理、 牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学 科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家 和地区。 文献量达1千2百多万条记录,并回溯到1966年。 记录中用[PubMed-indexed for MEDLINE]标 记表示
收录记录新:
文献类型全:
认识新版PubMed
PubMed首页 PubMed检索结果页 PubMed结果显示 PubMed摘要显示
新版PubMed特色: 简洁、清新 检索速度较快
/pubmed
检索词输入框
Welcome to PubMed
使用帮助
常用工具
更多服务
认识新版PubMed
Summary 篇名TI 作者AU
结果筛选
检索提示
出处SO
文献类型(状态)
认识新版PubMed
调整显示设置 可改变显示模 式,显示数量 及检索结果排 序
显示设置 排序模式 显示摘要 显示数量
认识新版PubMed
文献篇名 文献作者 作者地址
在摘要显示模 式下可以看到 详细的文献信 息
Entrez以及BLAST
Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列,定位,分类, 和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色 体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信 息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列,蛋白序列, 大分子结构,全基因组,和通过PubMed检索的MEDLINE。 Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列,结构和参 考文献的能力。PubMed是一个网络搜索界面,可以提供对在 MEDLINE上的九百万杂志引用的访问,包含了链接到参与的 出版商网络站点的全文文章。
NCBI组织架构
Computational Biology Branch (CBB) Information Engineering Branch(IEB) Information Resources Branch(IRB)
NCBI组织架构
Computational Biology Branch(CBB)
[注] 截止2006年3月15日PubMed公布的数据
In process citation
提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。 获MeSH词后,再加入MEDLINE。 记录中用[PubMed-in process]标记表示。
Publisher Supplied Citations
PubMed not Medline
PubMed收录Medline不收录的文献。 记录中用[PubMed]标记表示。
PreMedline
PubMed
Medline
PubMed与MEDLINE的区别
收录范围广:
MEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医 学专业期刊(物理、天文、化学等) 在MEDLINE数据标引前的最新题录 提供电子原文链接(部分免费)
NCBI组织架构
NCBI还有一个跨多学科的基础研究群,组成人员包括 计算机科学家、分子生物学家、数学家、生化学家与物 理学家,共同致力于计算分子生物的基础与应用研究。 他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基 本生物医学问题,这些问题包含了基因结构侦测与分析、 序列分析、立体结构预测、重复序列类型(Pattern)、 建立基因体图谱、HIV感染动力学的数学模型、分析序 列错误对数据库搜寻的影响、发展数据库搜寻与多重序 列比对的新算法、建立无重复的序列数据库、使用数学 模型评估序列相似性在统计学上的重要性、建立文章检 索的载体(Vector)模型等。除此之外,这些研究人 员尚与NIH的研究单位、学术单位的研究实验室与政府 机构的研究实验室间维持合作关系,目前仍有多项研究 计划正在进行当中。
NCBI资源
NCBI目前提供的生物信息资源主要分为
生物数据库 生物信息工具
NCBI资源
生物数据库
生物数据库是一个永久数据的大的组织体,通常结合计 算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。对于研究 人员而言,数据库必须符合:容易取得信息以及只取得 回答特殊生物问题的信息两项功能。 NCBI的数据库搜寻与存取系统-Entrez,可用来获取单 一数据库或许多数据库的整合数据。例如Entrez蛋白质 数据库除了可查询蛋白质信息,同时亦可连结到生物分 类数据库查询生物分类信息。目前,NCBI提供的公开 (Open Access)数据库包括如下:
Entrez可以检索的数据库
Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM),人类遗传疾病相关文献 数据库 PopSet,族群演化分析相关研究资料 Protein sequence database,蛋白质序列数据库(包含Swiss-Prot、PIR、 PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料) PubChem BioAssay,化学成分之生物活性筛选资料 PubChem Compound,小分子化学物质结构 PubChem Substance,具生物活性之化学物质筛选数据 PubMed,科学文献报导数据库 PubMed Central,科学文献数字全文数据库 Site Search,可搜寻NCBI的网页与FTP SNP,单点核酸多样性数据库(dbSNP) Structure,分子模型数据(MMDB) Taxonomy,以核酸或蛋白质为基础的分类学信息 UniGene,人类unique基因序列数据库 UniSTS,unique序列卷标地址数据库
NCBI组织架构
Information Engineering Branch(IEB)
进行数据表现与分析的应用研究,包括在分子生物、遗 传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。 设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书,包 括核酸、蛋白质与结构信息。 设计与发展分布式软件系统,提供研究人员本机与远程 的计算服务。 协调公开序列、遗传、结构、目录信息,建立管理与整 合数据库或连结至外部数据库。 建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划。 提供软件与数据库设计咨询与建议。 发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。
NCBI组织架构
Information Resources Branch(IRB)
计划、监督与管理NCBI的计算机技术操作,包含用来研究、发展与 存取公开数据库的计算机系统。 提供NCBI人员与外来使用者技术支持。 提供NCBI服务之网络操作指导。 规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会。 计划、发展与管理政府合约与合作协议书,已获得支持NCBI信息 功能的设备与服务。 作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人。 执行应用研究与发展,提供技术支持与指导,鉴定使用者需求; 管理生物使用社群之问卷调查,以评估NCBI发展的软件使用情形。 协调政府其它办事处与生物信息资源,促进NCBI数据储存的发展。
处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理 论问题的基础与应用研究,包括基因体分析、 序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力 学与交互作用、结构/功能预测等。 建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产业界 之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家 间的计算分子生物合作研究计划。 提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。 与分子生物社群互动,利用计算与理论方法提 高实验研究质量。
新版PubMed检索
浙江中医药大学图书馆
刘春金
新版PubMed检索
PubMed及NCBI相关数据库 PubMed数据范围 认识新版PubMed PubMed检索方法 PubMed RSS学科跟踪
PubMed及相关数据库
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美 国国立生物技术信息中心)