dnaman使用说明
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列3．DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标DNA 特性）circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。
DNAman使用说明
查看文章DNAMAN使用说明书（中文）2008年04月16日星期三下午10:50DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
dnaman使用方法
dnaman使用方法使用DNAMAN的方法DNAMAN是一款功能强大的生物信息学软件，广泛应用于DNA 和蛋白质序列分析、比对、编辑和可视化等领域。
本文将介绍DNAMAN的使用方法，帮助读者快速上手并熟练运用该软件。
一、安装和启动DNAMAN1. 下载软件安装包：在DNAMAN官方网站上下载适用于您的操作系统的安装包，并保存到本地。
2. 安装软件：双击安装包，按照提示完成软件的安装过程。
3. 启动软件：安装完成后，双击桌面上的DNAMAN图标，即可启动软件。
二、导入和编辑序列1. 导入序列：在DNAMAN的主界面，点击"文件"菜单，选择"导入序列"，然后选择您要导入的序列文件（支持FASTA、GenBank 等格式）。
2. 编辑序列：在序列编辑界面，您可以对序列进行添加、删除、替换等操作。
点击"编辑"菜单，选择相应的编辑功能，然后在弹出的对话框中进行操作。
三、序列比对和分析1. 序列比对：点击"工具"菜单，选择"序列比对"，然后选择比对算法和参数设置，点击"开始比对"按钮即可进行序列比对。
2. 序列分析：DNAMAN提供了丰富的序列分析工具，如ORF预测、限制酶切位点分析、引物设计等。
点击"工具"菜单，选择相应的分析工具，按照提示进行操作。
四、序列可视化和输出1. 序列可视化：DNAMAN提供了多种序列可视化方式，如线性图、环形图、比对图等。
点击"视图"菜单，选择相应的可视化方式，即可查看序列的结构和特征。
2. 输出结果：完成序列分析后，您可以将结果导出为文本文件或图像文件。
点击"文件"菜单，选择"导出结果"，然后选择输出格式和保存路径，点击"保存"按钮即可导出结果。
五、保存和管理项目1. 保存项目：在使用DNAMAN进行序列分析时，建议您保存项目以便后续操作。
序列分析软件DNAMAN_的使用方法中文
4．DNA 序列比对分析 （Dot Matrix Comparision）
要比较两个序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision （点矩阵比较）通过 Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面， 点击对比界面左上角的按钮，出现下列 对话框：
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许 可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项， 是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
饶志明
博士/教授／ 博士生导师
江南大学生物工程学院工业微生物中心 江南大学工业生物技术教育部重点实验室
E-mail: raozhm@
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析 软件。由于它功能强大，使用方便，已 成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
将待分析的序列装入Channel，点击要分析的 Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开 对话框， 参数说明如下： Results 分析结果显示 其中包括： Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点） Draw restriction map（显示限制性酶切图） Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）
序列分析软件DNAMan
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示第二栏为工具栏：如下所示：第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，如左所示：点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel ，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（1）通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（2）通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
序列分析软件DNAMAN的使用方法
DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析 软件。由于它功能强大，使用方便，已 成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：
第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个 常用主菜单， 第二栏为工具栏： 第三栏为浏览器栏： 在浏览器栏下方的工作 区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提 供20 个Channel，点击Channel 工具条上相 应的数字，即可击活相应的Channel。 每个Channel 可以装入一个序列。将要分析 的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入 Channel 中可以节约存取序列时间，加快分 析速度。
Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数， 其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许 可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项， 是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点 表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
ห้องสมุดไป่ตู้
选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下 列对话框： 参数说明如下： Enzyme 代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮， 出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz， 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文 件名。 其中restrict.enz 数据文件包含180 种限制酶， dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。 选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中 列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则 对应的酶被选中，在右边空白框中列出。
DNAMAN中文使用说明
DNAMAN中文使用说明好不容易找到了一个中文说明，希望可以帮助初学使用DNAMAN的朋友，更快的进入状态，当然现在网上也有汉化版的软件了，但是这个说明还是可以起到很好的帮助作用，与大家分享！DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿
序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿第一部分：软件介绍1.DNAMAN是什么？-DNAMAN是一款用于DNA和蛋白质序列分析的软件。
-它提供多种功能，包括序列比对、引物设计、限制酶分析和进化树构建等。
2.DNAMAN的应用领域-DNAMAN广泛应用于生物学、生物技术和医药领域。
-它可以帮助研究人员进行序列分析、设计实验方案和解读实验结果。
第二部分：基本序列比对1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入序列-点击“导入”按钮，选择需要比对的序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将序列导入到项目中。
3.序列比对-选择需要比对的序列，点击“比对”按钮进行序列比对。
-系统会自动比对序列并生成比对结果。
4.结果解读-比对结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的比对算法和调整参数来优化比对结果。
第三部分：引物设计1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入标记序列-点击“导入”按钮，选择需要设计引物的标记序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将标记序列导入到项目中。
3.引物设计-点击“引物设计”按钮，选择设计引物的参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动生成引物设计结果。
4.结果解读-引物设计结果以图形和文本形式展示。
-可以通过选择不同的参数和算法来优化引物设计结果。
第四部分：限制酶分析1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。
-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。
2.导入限制酶序列-点击“导入”按钮，选择需要分析的限制酶序列文件，点击“确定”导入。
-系统会自动将限制酶序列导入到项目中。
3.限制酶分析-点击“限制酶分析”按钮，选择分析参数和算法。
-系统会根据所选参数和算法自动进行限制酶分析。
4.结果解读-限制酶分析结果以图形和文本形式展示。
DNAMAN的使用方法
DNAMAN的使用方法DNAMAN是一种快速、准确、高通量的DNA检测工具，可以用于各种生物学研究和临床应用中。
DNAMAN的使用非常简单，但有一些关键步骤和注意事项需要注意。
以下是DNAMAN的详细使用方法，以帮助您充分利用这个工具。
第一步：准备样本第二步：DNA提取DNA提取是DNAMAN使用的关键步骤，它有助于从样本中纯化和分离出DNA。
您可以使用商用的DNA提取试剂盒，按照说明书中的步骤进行操作。
确保遵循所有操作步骤，并注意避免任何与其他样本的交叉污染。
第三步：DNA定量第四步：稀释DNA根据DNAMAN的说明书，使用PBS或其他适当的缓冲溶液将DNA稀释到所需的浓度。
确保在实验室条件下进行稀释，并遵循操作规范，以避免任何误差。
第五步：添加DNA至DNAMAN芯片将稀释后的DNA样品添加到DNAMAN芯片中的指定位置。
根据芯片的标记，确保每个样品正确放置，并避免任何交叉污染。
如果需要，可以使用多通道移液器进行操作，以提高效率。
第六步：启动DNAMAN分析在DNAMAN分析仪上启动相应的分析程序。
根据仪器的说明书，选择适当的参数和设置。
确保校准仪器，以获得准确的结果。
第七步：数据收集和解读注意事项：1.在操作DNAMAN之前，确保您已经熟悉仪器的说明书和操作流程。
遵循所有操作规程，以确保准确性和结果的可靠性。
2.在使用DNAMAN之前，请确保仪器已经进行了校准和维护，并且仪器状态良好。
如有必要，请进行常规性能检查，并在需要时进行任何维护和修理。
3.在操作中避免交叉污染。
使用带有盖子的离心管和一次性移液器尖，避免任何样品之间的接触。
4.尽量减少操作时间，以避免DNA的降解。
在整个实验过程中，尽量保持操作环境的清洁和无尘。
5.定期评估和验证DNAMAN的性能。
与其他方法进行对比试验，以确保DNAMAN的结果的准确性和可靠性。
总结：DNAMAN是一种非常有用的DNA检测工具，可以在各种生物学研究和临床应用中得到应用。
DNAman使用方法
7．画质粒模式图
参数说明如下： Name : 要添加的酶切位点 的名称(例如HindIII) Position:位置（以碱基数表 示） 点击 Add Element选项，出 现如下对话框：
• Type :要素类型（共有三种类型， 鼠标点击即可切换） • （c）olor/Pattern: 填充色（共有 16种颜色供选择） • Name: 要素名称 • Start /End/Size:要素起点/终点/粗 细度 • 点击Add Text选项，出现如下对 话框：
6.PCR引物设计
点击 按钮，出现下列对话框： 选择选项，点击 按钮，出现:
7．画质粒模式图
• 我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发 表文章，常常需要质粒图。DNAMAN 提供强大的绘质粒 图功能，能满足我们的需要。通过Restriction/Draw map 命令打开质粒绘图界面：
DNAMAN 使用方法
• 1．将待分析序列装入Channel
• • • • • •
2．以不同形式显示序列 3．DNA序列的限制性酶切位点分析 4．DNA序列比对分析 5．序列同源性分析 6. PCR引物设计 7．质粒模式图绘制
DNAMAN 使用方法
• DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能 强大，使用方便，已成为普遍使用的DNA序列分析工具。 以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用 方法。打开DNAMAN，可以看到如下界面：
• 输入要保存酶列表的文件名，点击 按钮即可保存。 自制酶列表可以方便分析特定的酶切位点。 • • Cutter 酶切识别序列长度；End 酶切产生的末端，其中 包括，Blunt（平头末端），5’Overhang（5’突出粘性末 端）,3’Overhang(3’突出粘性末端)，系统根据cutter和 end的设定情况,在左边酶列表中显示符合条件的酶。最后， 点击 按钮执行操作。
序列分析软件的使用方法中文演示文稿
Complement Sequence 显示待分析序列的 互补序列
Double Stranded Sequence 显示待分析序 列的双链序列
RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列
3．DNA 序列的限制性酶切位点分析
说明如下： 如果要比对的序列在Channel 中，点击下拉箭头，选
择相应的Channel，则被选中的Channel 中的序列作 为参加比对的第一序列； 也可以从文件夹中选择参加比对的序列，在File 选择 框上点击即可。通过Length 选择参加比对的序列片 段。 Sequence 2 参加比对的第二序列选择框；选项说明 同上 Show Sequence 选择此项，当同源性大于设定值时， 将显示同源性；
区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提 供20 个Channel，点击Channel 工具条上相 应的数字，即可击活相应的Channel。 每个Channel 可以装入一个序列。将要分析 的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入 Channel 中可以节约存取序列时间，加快分 析速度。
要比较两个序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比对工具Dot Matrix Comparision （点矩阵比较）通过 Sequense/Dot matrix comparision 命令打开比对界面，
点击对比界面左上角的按钮，出现下列 对话框：
参数说明如下：
Sequence type 序列类型 Sequence 1 参加比对的第一序列选择框，框内选项
参数说明如下：
Enzyme 代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，
出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz， 如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文
序列分析软件DNAMAN的使用
序列分析软件DNAMAN的使用序列分析软件DNAMAN是一款功能强大的生物信息学工具，主要用于DNA和蛋白质序列的分析和处理。
它提供了许多常用的生物计算方法和算法，可以帮助研究人员进行序列比对、物种进化分析、序列重组等研究工作。
下面我将为您详细介绍DNAMAN软件的使用方法。
-如果您已经有一个序列文件，可以直接选择"导入序列"，弹出一个文件选择对话框，选择要导入的序列文件。
2.序列比对-在菜单栏中选择"工具"，点击"比对分析"选项，即可进入序列比对界面。
- 在“比对分析”界面，选择要进行比对的序列，可以是单一序列或者多个序列，然后选择合适的比对算法，例如Smith-Waterman或Needleman-Wunsch。
-点击"比对"按钮，软件将自动对序列进行比对，并输出比对结果。
-您可以通过比对结果窗口中的工具对比结果进行进一步分析和处理。
3.进化分析-在菜单栏中选择"工具"，点击"进化分析"选项，即可进入进化分析界面。
-在“进化树构建”界面，选择要进行进化分析的序列，可以是多个物种的序列。
- 选择合适的进化树构建方法，常用的有最大似然法（Maximum Likelihood）和邻接法（Neighbor-Joining）。
-点击"构建"按钮，软件将自动对序列进行进化分析，并输出进化树结果。
-您可以通过进化树窗口中的工具对进化树进行可视化和进一步分析。
4.序列重组-在菜单栏中选择"工具"，点击"序列分割"选项，即可进入序列重组界面。
-在“序列分割”界面，选择要进行序列重组的参考序列和待重组序列。
-配置合适的参数，例如重组窗口大小、重组窗口滑动步长等。
-点击"分割"按钮，软件将自动对待重组序列进行重组，并输出重组结果。
DNAMAN的使用方法
DNAMAN的使用方法第五章 DNAMAN 的使用方法DNAMAN是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面:第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示:第二栏为工具栏:如下所示:第三栏为浏览器栏:如下所示:在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel工具条，DNAMAN提供20个Channel，如左所示:点击Channel工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列(DNA 序列或氨基酸序列)放入Channel中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel中。
本文以具体使用DNAMAN的过程为例来说明如何使用DNAMAN分析序列。
1(将待分析序列装入Channel(,)通过File|Open命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
(初始为 channel1)可以通过激活不同的channel(例如:channel5)来改变序列默认装入的Channel。
(,)通过Sequence|Load Sequence菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
如果只想分析序列的一部分，或者给待分析的序列添加批注，点击激活该序列所在的Channel，通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination命令打开一个对话框，如下所示:对话框选项说明如下:Name 序列名称Circular DNA 环形DNAStart pos 待分析序列起点End pos 待分析序列终点根据需要，可以设定上述选项的内容，如果要分析整个序列，可以点击按钮，如果当前序列不是DNA，则可点击按钮，如果要添加或修改批注，可以使用(添加)，(移除)，和(清除全部)三个按钮进行操作。
DNAMAN使用说明
DNAMAN使用说明书DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列3．DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern （显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标DNA 特性）circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。
序列分析DNAMAN极简使用方法
水天2014.11.3编辑
DNAMAN 是美国 Lynnon Biosoft 公司开发的高度集成化的分子生物学综合应用软件，可以用于多序列比对、PCR 引物设计、限制性酶切分析、质粒绘图、蛋白质分析等，几乎囊括了所有日常核酸、蛋白质序列的分析工作。
下面是软件界面截图的操作流程以及简单说明，其他的一些功能可以自己摸索，都比较简单。
这个软件很容易找到汉化版，一般都没有功能限制，而且很好的一点就是可以保存所有的比对和分析结果！！有木有，这一点太赞了。
First.DNA
多序列比对
可以批量载入测序结果以及参考序列
在比对方式的选择上，一般选完全比对和快速比对，其他参数一般默认。
其中完全比对只能同时比对一个方向的测序结果，如果正反向同时进入比对，反向会和正向从一边开始比对，当然就比对不上了。
而快速比对可以正反向批量比对。
生物分析软件DNAMAN 简单使用方法
2014年11月3日9:59
2.限制性酶切分析
限制性酶切分析需要首先载入目标序列
选择合适的酶文件以及想要看到的信息，下一步就OK了
我的示例序列的分析结果。
序列分析软件DNAMan
序列分析软件DNAMAN的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示第二栏为工具栏：如下所示：第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，如左所示：点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel ，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（1）通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（2）通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
DNAman使用方法
按扭， 按扭，出现
Enzyme ：代表 代表enzyme data file，点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项 ，点击旁边的下拉按钮， ，restrict.enz和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制 和 ，如果添加过自制的酶列表， 酶列表文件名。其中restrict.enz数据文件包含 种限制酶，dnamane.enz 数据文件包含180种限制酶 种限制酶， 酶列表文件名。其中 数据文件包含 数据文件包含2524种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的 种限制酶。 数据文件包含 种限制酶 选择其中一个数据文件， 显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称， ），鼠标双击酶名称 显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被 选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表， 选中，在右边空白框中列出。要自制酶切列表，可以从左边酶列表中双击 鼠标选择多种酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后点击 ），然后点击 鼠标选择多种酶（例如 ）， 按 钮出现下列对话框： 钮出现下列对话框：
5．序列同源性分析 ．
（1）两序列同源性分析 ） 通过Sequence/Two Sequence Alignment命令打开对话框，如 命令打开对话框， 通过 命令打开对话框 下所示： 下所示： 参数说明如下： Alignment method ：比对方法， 通常可选Quick(快速比对)或 Smith&Waterman(最佳比对)，当 选择快速比对时，设置较小的ktuple值，可以提高精确度，当序 列较长时，一般要设置较大的ktuple值（DNA序列：k-tuple值可选范 序列： 序列 值可选范
DNAMAN使用说明
DNAMAN使用说明书DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。
对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列3．DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要）Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标DNA 特性）circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。
[应用]DNAMAN使用说明
![[应用]DNAMAN使用说明](https://img.taocdn.com/s3/m/1b5ad8c93c1ec5da50e270f5.png)
DNAMAN使用说明书DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。
通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence择需要的选项，点击按钮，出现：点击按钮，完成操作。
7．画质粒模式图我们常常要用到各种质粒图，无论是制作幻灯片，还是发表文章，常常需要质粒图。
DNAMAN提供强大的绘质粒图功能，能满足我们的需要。
序列分析软件DNAMan
序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。
由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：：第一栏为主菜单栏。
除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示第二栏为工具栏：如下所示：第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，如左所示：点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。
每个Channel 可以装入一个序列。
将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。
此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel ，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。
本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。
1．将待分析序列装入Channel（1）通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。
（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel。
（2）通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。
可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。
2．以不同形式显示序列通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。