技术指标参数及要求

技术指标参数及要求

货物名称技术指标参数及要求数量备注

1 软件1应用范围（或用途）：。

2配置（或系统组成）

2.1 软件1套

3 技术指标

*3.1 软件必须是国际通用、技术成熟的商用软件，所有功能模

块为原厂商开发并整合在统一的软件图形界面下使用。

*3.2 软件必须为标准“客户端 - 服务器”结构，两端可同时支

持Windows和Linux操作系统，所有模块都支持工作流技术。

*3.3 所有模块必须能实现数据共享，同时能够在局域网上浮动

运行。为保证全部软硬件系统的安全性、可维护性和保密

性，所有模块在运行时只允许使用一个许可证加密文件。

3.4 软件为永久使用权，首次安装须一次性提供大于80年的许

可加密文件，自安装之日起提供为期壹年的软件免费升级。

*3.5 提供核心基础模块包，实现基本的分子结构显示、分子构

建、结果分析、Perl编程、任务管理等工具，基于Pipeline

Pilot技术实现软件所有模块之间的无缝操作链接流程。核

心基础模块包主要功能包括：

*3.5.1 Standalone：可视化界面，服务器/客户端安装在

同一台机器上，提供化学/生物学数据显示、模拟/分析、

构建三维分子、展示动态变化、三维作图及许多其它功能。

提供该模块1个使用许可。

*3.5.2 CHARMm：来自Harvard大学Dr. Martin Kaplus的

经典的分子力学和动力学模拟工具，要求商业版本且与上

述可视化界面完美结合、通过Standalone可视化界面或者

命令行两种方式提交并完成计算任务，包括基于CHARMm

力

场的柔性对接工具CDOCKER。提供该模块1个使用许可。

*3.5.3 Biopolymer：蛋白质、肽类和核酸结构搭建、修

改和分析的工具，包括著名的静电分布计算工具DelPhi以

及基本的X-Ray工具。提供该模块1个使用许可。

*3.5.4 Protein Refine：针对MODELER的模建结果，基于

CHARMm

进行蛋白质氨基酸侧链和loop区的优化，提高模建

结果的合理性。提供该模块1个使用许可。

3.5.5 Analysis：动力学计算结果图形分析工具，能够分

析和显示蛋白质、蛋白质与配体复合物的分子动力学轨迹

文件。提供该模块1个使用许可。

3.5.6 Catalyst Score：化合物和药效团叠合并打分，为

结构修饰和改造提供信息。提供该模块个使用许可。

3.5.7 Catalyst Conformation：多样、完全且快速的构

想模型生成工具，可产生化合物的多构象模型，可选择采

用Polling或CAESAR算法，也可采用系统搜索或随机方法生

成构象。提供该模块1个使用许可。

3.5.8 QUANTUMm：QM/MM计算工具，结合CHARMm

和DMol3的

功能完成受体-配体结合能计算。提供该模块1个使用许可。

3.5.9 DMol3 Molecular：密度泛函量子力学计算工具，

计算分子中与电子相关的描述符。提供该模块1个使用许

可。

3.5.10 MMFF：Merck力场，来自于从头算和实验数据的第

二类力场，专门为准确处理构象能和非键相互作用。提供

该模块1个使用许可。

3.6 提供基于受体结构的小分子设计工具包，主要功能包括：

*3.6.1 CFF：ClassII力场，可优化DNA、RNA、糖类、脂质、

蛋白、多肽及小分子模型的高级力场参数。提供该模块1个

使用许可。

3.6.2 De Novo Evolution：基于Ludi产生全新的小分子或

对已有母核进行侧基改造。提供该模块1个使用许可。

3.6.3 Flexible Docking：融合了蛋白侧链优化、Hotspot

对接方法、配体多构象生成等多种方法，使用经典的CHARMm

力场进行柔性对接的工具。提供该模块1个使用许可。

3.6.4 DS Libdock：将柔性配体快速对接到受体相互作用

热区(Hotspot)的对接工具。提供该模块1个使用许可。

3.6.5 LUDI：基于受体结构的全新小分子设计工具。提供

该模块1个使用许可。

3.6.6 Catalyst DB Build：建立和管理Catalyst数据库，

数据库中可以包括一维、二维、三维和形状属性。提供该

模块1个使用许可。

3.6.7 Catalyst DB Search：利用一维、二维、三维和形

状作为联合检索条件，搜索Catalyst数据库。提供该模块1

个使用许可。

*3.6.8 Catalyst Hypothesis：自动的药效团产生工具，

包括原Catalyst中三种生成药效团的方式：HypoGen

(3D-QSAR Quantitative Pharmacophore), HipHop (Common

Feature Pharmacophore), and HypoRefine (Excluded

Volume from Inactives). 提供该模块1个使用许可。

3.6.9 Catalyst SBP基于受体结构反推与受体相作用的小

分子的药效团。提供该模块1个使用许可。

3.6.10 Catalyst Shape基于分子形状产生药效团特征。

提供该模块1个使用许可。

3.6.11 De Novo Ligand Builder基于药效团的片段生长

药物设计方法。提供该模块1个使用许可。

MCSS：基于片断的小分子设计工具。提供该模块1个使用许

可。

4 技术服务

4.1 设备的安装调试

承诺在该合同所定设备到用户单位后，派有关技术人员前

往用户指定地点进行安装调试，免收安装调试费。验收标

准按厂家样本承诺的指标验收。

4.2 保修期

自技术人员对该设备安装调试合格之日算起，12个月内对

仪表实行保修。

4.3 人员培训