MRIcro中文说明书样本

MRIcro 使用说明( 人工翻译版)

MRIcro

系统win95或者随后的Linux系统

需求x86,或SUN微系统的x86 ( 我觉得这不是问题, 支持32位的就行)

硬件支持16或24位色的

当前版本 1.40 build 1( 这说明书有点老叻)

费用免费

作者Chris Rorden

描述:

把医疗图像转化为SPM友好分析格式。( SPM, 即Scanning Probe Microscopy, 扫描探针显微) 。

能够逐次分析查看分析格式的图像。

创立分析格式的头文件。

创立3D兴趣区域( 经过计算容量和密度)

兴趣区域的多层叠加。

旋转图像来符合SPM的模版图像。

输出图像格式包括BMP, JPEG, PNG, TIF。

结合图像: 多个图像的相关查看。( 观察相同坐标的PET或MRI扫描)

介绍

MRIcro允许在装有windows和Linux系统的电脑上浏览医疗图像。这是一个单机运行的程序, 这她包裹郑重补充SPM的工具。MRIcro能够有效率的浏览和输出脑图像。除此之外, 它还能使神经生理学家鉴定有意义的区域。MRIcro能够创立给其它平台输出脑图像的分析格式的头文件。

对其它Windows程序熟悉的使用者将发现这个软件非常简单好用。把鼠标停在按钮上一段时间将在这个按钮上出现一个文字暗示。万不得已, 我们还揍了一个简要的使用手册来描述基本的功能。

加载图像和主信息面板

MRIcro能够浏览各种各样的图像格式, 包括SPM分析格式。分析格式的图像包括两个部分: 一个是包括原始图像资料的img格式文件和一个描述图像维度的hdr格式的文件。MRIcor的住信息面板显示了头文件的信息和一系列的按钮这样你就能够打开浏览头文件。

Open Analyze format hdr/img pair这个按钮是你能有留言Analyze或者NIfTI格式的图像。当你按下这个按钮的时候, 一个是你选择头文件去打开的对话会出现。MRIcro这时候就会试图打开一个邮箱头名字的图像文件。

图1 主要信息面板。

Show extended header information这个按钮能够打开一个窗口来显示当前打开的头文件的信息。

slice浏览面板

slice浏览面板是你能够选择加载映像文件的表象。滑动选择要显示的片。( 你能够在滑动条右边的编辑框编辑, 或者请按Fn1/Fn2来观察连续的上一个或者下一slice, 也能够用鼠标的滚轮来切换, 如果有的话~~) 。

图2 slice浏览面板当你浏览轴向面、横断面和冠状面视图的时候, 你经过独立地调整三个编辑框能够设置X, Y, Z三个坐标。

改变图像亮度和控制对比度值的按钮在sun这个按钮旁边和反对比图像。这些数值描述了窗口的中心和窗口显示的宽度。窗口中心( window centre) 指的是显示中等灰度的图像强度, 同时窗口的宽度描述的范围在亮白和完全黑色之间。点击”auto contrast”( 显示是以一个黑色箭头指向一个有缺口的白圈) 设置图像的1%为完全的黑或完全的白。自动平衡工作对MRI扫描来说很好用, 可是对CT扫描来说一般不太好用, 这时骨头显示的比背景和脑组织都要亮。对CT扫描来说, 你能够经过在”View”窗口选择一个”Contrast Preset[CT]”来做一个好的设置。例如, ”Bone”这个预设置把窗口中心设置在400到之间( 这样相对合理一些) , 这一般对CT扫描中发亮的骨是有效的。

图 3 你能够经过按住鼠标右键把需要调节对比度的区域从图像中框出来, 来调节这个区域的对比度。亮度值( 窗口中心) 和对比度值( 窗口宽度) 的调节与选区是成比例的。注意: 如果你选择了任何兴趣区的绘图工具, 这个就不论用( 按下快捷键Fn10来取消) 。

图4 这个柱状图从侧面显示了这个名为”IconT1”图像的图像强度。用户也能够自定义兴趣区域来创立条形图( 看ROI部分详细介绍) 。注意: Mn临界值列出, 这个能够用来设置目标图像的图像

强度比例来匹配一个SPM模版( 详细请见指南部分) 。

Histogram这个按钮( 在面板的左侧底部) 显示立体像素在当前打开图像的亮度分布。( 见上图)

滑动条上面显示的六个图标能够让你选择图像的展现方式: 轴向, 矢状, 冠状, 和投射( 前面三个同时) , 自由旋转, 多层面, 三维渲染。如果这个图像跟选择的按钮不匹配, 图像也就不会保存为轴向格式。在投射视图中, 三个编辑栏显示在slice浏览区的靠上位置。能够使你独立的设置你想要观察的X, Y, Z坐标( 也能够点击在图像上, 来直接跳到鼠标所在的坐标) 。

如果你想同时观察一个以上的图像( 启动MRIcro不止一次) , 你能够”yoke”视图, 这样同一个视图能够打开多次, 成为每个图像( 要用这种特性来进行工作, 首先确保”yoke”复选框是打勾的) 。Yoking将试图经过原图和原始坐标来匹配slice。这样你就能够比较一个图像和模版的正常化程度( 原意是normalisation) , 同时能够经过比较PET扫描和分量T1 MRI扫描图像来定位PET扫描的结构。

如果要同时查看一系列的横断和冠状slice, 按下”multislice”按钮( 有一个与一个箭头型slice紧挨着的三轴向slice的图标) 。要运行这个功能, 先要加载一个图像。每个slice能够在”options”窗口选择出, 如这个手册”other commands”部分所说。

选择自由旋转按钮一起一个名为”Free Rotate”新窗口的出现

( 见下图) 。这个窗口能够是你选择你想看那个斜剖部分。你能够独立的选择查看的, 相片旋角( yaw) , 滚动, 和倾斜度。

除此之外, 你能够选择你想看那一片。”pivot”设置使你能够设置图像的轴向旋转运动。你也能够”nudge”( 这是一个键, 推进的意思) 。( 把图像放在框架中间) 。最后, 你能够设置新的图像尺寸。习惯的视图能够保存为, 绘图图像( 用”file/save as picture”命令) , 打印图格式, 或者按在自由旋转窗口下面的”Save”按钮来创立一个8位的由你的旋转状态描述分析格式图片。注意, 自由旋转工具中混合观察居中的和物体居中, 这两者的坐标, 可能会使你迷惑。( mix viewer centered和object centered) 。

另外, 当自由旋转的多重区域增益选定”interpolate”复选框, 你可能会在这些区域周围看见一个轻微的光晕。

你能够经过按”3D”这个按钮生成一个3D立体渲染图( 显示出一个矢状的大脑皮层描述) 。这个功能描述的细节在这个手册”volume rendering page”部分。