一文参透：lncrna研究思路、模式和数据库应用知识讲解
LncRNA：LncRNA的前世今生以及临床思路分析
LncRNA：LncRNA的前世今生以及临床思路分析前言：近年来，LncRNA相关研究在国内外的热度居高不下，早在1991年，Xist 调控X染色体的失活就登上Nature，但当时认为这只是一种特殊情况。
2007年Howard Chang在Cell上发表题为“Functional demarcation of active and silent chromatin domains in human HOX loci by noncoding RNAs”的论文（图1），正式开启了LncRNA火热的十年。
接下来从以下8个方面来介绍：LncRNA的定义、LncRNA的发现、LncRNA的分类、LncRNA的功能、LncRNA的作用模式、LncRNA的争议、LncRNA的常用数据库以及LncRNA的研究模式。
图1图2-谷歌学术显示该文章引用量高达2854次一、LncRNA的定义LncRNA(Long non-coding RNA)，是长度大于200个核苷酸的非编码RNA，一些LncRNAs，长度超过90kb，也被称为macroRNA，如Airn 和KCNQ1OT1。
标准“非编码”是指在转录本中缺少开放阅读框和/或保守密码子，2011年Cell发表论文表明LncRNA可以被核糖体吸引，其中一些能翻译产生小肽（图3）。
编码肽的能力与转录产物充当功能性RNA的能力并不一定冲突，事实上，越来越多的证据表明双功能转录产物既可以作为蛋白质模板，也可以作为LncRNAs。
图3-Cell论文证实LncRNA能翻译产生小肽二、LncRNA的发现LncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II 转录的副产物，不具有生物学功能。
然而，1991年，Nature等杂志刊文证实Xist参与X染色体失活的调控（图4）。
此后越来越多的研究表明，LncRNA在众多生命活动过程中发挥重要作用，LncRNA开始引起人们广泛的关注。
一文参透：lncrna研究思路、模式和数据库应用知识讲解
一文参透：l n c r n a研究思路、模式和数据库应用一文参透：lncRNA研究思路、模式和数据库应用...作者：解螺旋.老谈导语当很多小伙伴还徘徊在miRNA时，lncRNA已经横空出世，还没得来得及反应过来lncRNA到底是怎么回事时，circRNA又开始崭露头角了。
科研就是这样，你落后一步，便步步落后，跟娶媳妇生孩子是一样一样的。
说回正题，应部分解螺旋粉丝的要求，今天老谈帮大家整体梳理了曾经红极一时、目前热度不减的IncRNA的研究思路和模式以及相关工具，希望能对那些想在IncRNA研究上有所作为的小伙伴能助上一臂之力。
lncRNA研究思路IncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。
很多人看到lncRNA的热度还没有过去，经常会问老谈如果没有相关的工作基础，如何开始lncRNA的研究?今天我们就褪去虚伪外衣，研究的大方向是这样子的：1. 寻找到lncRNA分子2. lncRNA分子表型研究3. lncRNA 通过何种机制调节表型？老谈将这些研究方向及实验手段按层次的方式绘成流程图，如下所示：首先，是样本的准备与收集。
高质量的样本是实验结果具有可靠性的前提。
其次，是lncRNA检测。
可以先通过芯片的方式高通量筛选到目的基因，然后通过q-PCR或Northern blot的方法验证所得到的芯片结果。
再次，其研究方向根据研究目的而定。
如果是研究生物标志物，那么可以通过收集更多的临床样本，研究lncRNA对疾病的指示作用。
如果是研究其功能，则是研究其细胞表型、分子表型及机制。
小伙伴们是不是觉得这和miRNA的总体研究思路相似呢？这时可以根据各自的实验平台条件选择相应的研究。
值得注意的是，lncRNA的功能研究并不像miRNA一样通过3’UTR影响翻译套路，总的来说lncRNA机制研究套路还不成熟。
对于很多科研工作者而言，lncRNA分子的获得及其细胞表型的获得并非难事，关键在于如何进行下一步研究，这时候就要涉及到对功能研究的定位。
长链非编码RNALncRNA研究，读这篇文章就足够了！
长链⾮编码RNALncRNA研究，读这篇⽂章就⾜够了！1.认识⼀下长⾮编码RNA定义⾮编码RNA (non-coding RNA，ncRNA)指不翻译成多肽的RNA。
按照长度不同，短于200nt的归为⼩⾮编码RNA (small ncRNAs，sncRNAs)，长于200nt的归为长⾮编码RNA (longncRNAs，lncRNAs)。
分类根据染⾊体上与编码基因的相对位置将lncRNA分为反义型(antisense lncRNAs)、内含⼦型(intronic lncRNAs)、反向型(divergent lncRNAs)、基因间型(intergenic lncRNAs)、启动⼦上游型(promoter upstream lncRNAs)、启动⼦型(promoter-associated lncRNAs)、转录起始位点型(transc ription start site-associated lncRNAs) [1, 2] (图1)。
图1. 根据染⾊体上与编码基因的相对位置对ncRNA进⾏分类。
lncRNAs作⽤范围⼴泛，机制⾮常复杂，这⾥从基因调控的⾓度重点讲⼀讲。
为了⽅便⼤家的理解，咱们来看看lncRNA的特点。
简单讲，lncRNA的本质是RNA，是由核苷酸组成的长链，有以下⼏个优势：(1) 可以轻松的与同源DNA序列(转录lncRNA的基因以及序列相似的基因)结合；(2) 可以轻松的与同源RNA序列结合；(3) 其丝带般的特点可以折叠成复杂的⼆级结构，轻松与多种蛋⽩质结合。
也就是说，lncRNA情商极⾼，与上层领导(DNA)关系暧昧，与同事(RNA)关系很铁，与下属(蛋⽩质)关系紧密。
这样⼋⾯玲珑的lncRNA那肯定是相当吃得开啊。
2.lncRNA参与转录前调控顾名思义，转录前调控就是对转录事件发⽣之前的准备阶段进⾏调控，主要指染⾊质开放或关闭状态的调控——想要使原来不转录的基因开启转录，就需要染⾊质从关闭状态转换为开放状态；想要使原来转录的基因不再转录，就需要染⾊质从开放状态转换为关闭状态。
外泌体lncRNA芯片研究方法及思路
外泌体lncRNA芯片研究方法及思路
一、技术简介
外泌体(Exosome)是由细胞分泌而来的微小囊泡，直径约为30-200 nm，形态也呈现出多样性。
长链非编码RNA（long non-coding RNA）是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。
近年来的研究表明lncRNA能在标贯遗传、转录及转录后水平上调控基因表达，参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程，与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。
lncRNA芯片对lncRNA进行功能研究也被更多的关注，通过设计不同的lncRNA探针，可以更加快速、高通量地筛选出疾病或特定生物学过程中差异表达的lncRNA和mRNA信息，最终找到lncRNA的靶基因位点深入分析调控机制。
二、测序流程：
1. RNA提取
2. 逆转录合成cDNA1链
3. 合成cDNA2链
4. 体外转录合成cRNA
5. 随机引物合成正义链DNA
6. DNA产物片段化
7. Cy3标记
8. 芯片杂交
9. 数据分析
三、数据分析
1. 芯片数据质控和标准化
2. 主成分分析
3.mRNA表达模式聚类分析
4. GO富集分析
5. KEGG富集分析
6. lncRNA表观模式聚类分析。
lncRNA研究策略与技术
lncRNA研究策略与技术研究背景：长链非编码RNA(long noncoding RNA，lncRNA)是一类不编码蛋白的RNA分子，长度在200 bp 以上，起初被认为是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能；近期的研究说明lncRNA具有保守的二级结构，可以与蛋白、DNA和RNA相互作用，参与多种生物学过程的调控，尤其在肿瘤当中发挥了重要的调控角色，如染色质修饰、转录激活和抑制、转录后调解以及作为miRNA的诱导分子干扰基因的表达等，图1所示。
随着高通量测序技术的发展，越来越多的lncRNA被注释，但是绝大多数的lncRNA的功能仍然不清楚，因此lncRNA的研究是一片非常广阔的未知领域，具有极大的研究价值和意义。
图1. lncRNA参与肿瘤生物学调控，红色线状图表示lncRNA锐博生物提供研究思路：差异lncRNA筛选的研究方法：案例解读：案例(一)RNA seq发现lincRNA1. 2011年，Rinn研究小组对24种组织样本进行RNA测序发现了8000多个人的lincRNAseq预测lincRNAlincRNA的数量及交集及用软件组装的结果2. lincRNA的表达具有组织特异性图3. lincRNA和mRNA在不同组织当中的表达情况案例(二)lncRNA可以成为各种肿瘤的生物标志物2012斯坦福大学医学院研究人员进行首个大型的癌症lncRNA表达谱分析。
对64个肿瘤样品高通量测序，在各种肿瘤类型之间找出差异表达的1065个已知的以及1072新的lncRNA。
lncRNA表达谱分析案例(三)lncRNA表达谱芯片结合lncRNA-mRNA共表达网络筛选关键lncRNA第二军医大学的研究人员利用2/3肝部分切除(PH)小鼠在不同的时间点，针对肝脏再生过程进行了全基因组lncRNA芯片表达谱分析。
通过lncRNA和mRNA共表达网络分析找到了一个非常有意义的长链非编码RNA(lncRNA-LALR1)，并结合体内外实验证实在肝再生过程中lncRNA-LALR1通过激活Wnt/β-Catenin信号加速细胞周期进程，促进了肝细胞增殖。
医学 lncRNA 测序——一站式解读 lncRNA 和 mRNA
首页 科技服务 医学检测 科学与技术 市场与支持 加入我们 关于我们提供领先的基因组学解决方案Providing Advanced Genomic Solutions分析内容诺禾致源北京诺禾致源生物信息科技有限公司于2011年3月15日在北京中关村创立，专注于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算技术在生命科学研究和人类健康领域的应用，致力于成为全球领先的基因组学产品和服务提供者。
经过5年快速发展，诺禾致源建立了目前国内通量规模最大的基因测序平台和领先的高性能的计算平台，拥有20台 HiSeq X Ten、11台 HiSeq 4000／2500／2000、4台 MiSeq、1台 NextSeq 500 和 5台 Life Ion Proton 等最先进的基因测序仪；高性能计算平台目前物理核数8796个，计算峰值速度 170Tflops，总内存 42TB，总存储 6.2PB；同时，已申请88项软件著作权，41余项发明专利。
公司已完成了近10,000个项目，帮助全球7,000多客户完成了超过140,000个样品的测序工作，成果发表于 Science、Nature 等多个顶级学术期刊上，截止2016年4月共计140余篇，累计影响因子超过800。
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凭借优质的测序服务，通过与世界各地的医疗、教育和研究机构开展合作，诺禾致源取得了飞速发展。
本研究通过 RNA-seq 发现样本之间的 lncRNA 存在表达变异性，而且比具有蛋白编码功能的 mRNA 变异性更大。
鉴定低丰度和高组织特图1 lncRNA 表达变异性高于 mRNA肿瘤发育遗传领域的“暗物质” 一个关乎生老病死的课题。
一文参透：lncrna研究思路、模式和大数据库应用
一文参透：lncRNA研究思路、模式和数据库应用...作者：解螺旋.老谈导语当很多小伙伴还徘徊在miRNA时，lncRNA已经横空出世，还没得来得及反应过来lncRNA到底是怎么回事时，circRNA 又开始崭露头角了。
科研就是这样，你落后一步，便步步落后，跟娶媳妇生孩子是一样一样的。
说回正题，应部分解螺旋粉丝的要求，今天老谈帮大家整体梳理了曾经红极一时、目前热度不减的IncRNA的研究思路和模式以及相关工具，希望能对那些想在IncRNA研究上有所作为的小伙伴能助上一臂之力。
lncRNA研究思路IncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。
很多人看到lncRNA的热度还没有过去，经常会问老谈如果没有相关的工作基础，如何开始lncRNA的研究?今天我们就褪去虚伪外衣，研究的大方向是这样子的：1. 寻找到lncRNA分子2. lncRNA分子表型研究3. lncRNA 通过何种机制调节表型？老谈将这些研究方向及实验手段按层次的方式绘成流程图，如下所示：首先，是样本的准备与收集。
高质量的样本是实验结果具有可靠性的前提。
其次，是lncRNA检测。
可以先通过芯片的方式高通量筛选到目的基因，然后通过q-PCR或Northern blot的方法验证所得到的芯片结果。
再次，其研究方向根据研究目的而定。
如果是研究生物标志物，那么可以通过收集更多的临床样本，研究lncRNA对疾病的指示作用。
如果是研究其功能，则是研究其细胞表型、分子表型及机制。
小伙伴们是不是觉得这和miRNA的总体研究思路相似呢？这时可以根据各自的实验平台条件选择相应的研究。
值得注意的是，lncRNA的功能研究并不像miRNA一样通过3’UTR影响翻译套路，总的来说lncRNA机制研究套路还不成熟。
对于很多科研工作者而言，lncRNA分子的获得及其细胞表型的获得并非难事，关键在于如何进行下一步研究，这时候就要涉及到对功能研究的定位。
lncrna研究方法
LncRNA研究方法引言长链非编码RNA（long noncoding RNA，简称lncRNA）是一类长度超过200个核苷酸的RNA分子，不具有翻译成蛋白质的能力。
近年来，越来越多的研究表明，lncRNA在生物学过程中起到重要的调控作用。
因此，研究lncRNA的功能和机制对于深入理解基因表达调控和疾病发生发展具有重要意义。
本文将介绍几种常用的lncRNA研究方法，包括lncRNA鉴定、表达分析和功能研究。
1. lncRNA鉴定方法1.1 基于转录组测序技术的lncRNA鉴定1.1.1 基于RNA-seq的lncRNA鉴定RNA-seq是一种高通量测序技术，可以同时检测转录本的数量和结构。
通过RNA-seq数据分析，可以利用不同lncRNA和mRNA的长度、读取方向、外显子数目和剪接事件等特征来鉴定lncRNA。
1.1.2 基于CAGE技术的lncRNA鉴定CAGE（Cap Analysis of Gene Expression）技术可以用来检测转录起始位点（transcription start site，TSS），从而揭示基因的转录起始区域。
结合CAGE技术和高通量测序，可以鉴定lncRNA的转录起始位点，辅助lncRNA的鉴定和表达分析。
1.2 基于生物信息学方法的lncRNA鉴定1.2.1 基于序列保守性的lncRNA鉴定lncRNA在进化中可能会保留一定程度的序列保守性，即不同物种之间的lncRNA序列相对保守。
利用序列保守性的分析方法，可以鉴定出可能的lncRNA 序列，并进行进一步的实验验证。
1.2.2 基于结构特征的lncRNA鉴定lncRNA的结构特征在一定程度上与其功能相关。
通过比对已知lncRNA的结构特征和未知序列的结构特征，可以进行预测和鉴定。
2. lncRNA表达分析方法2.1 qRT-PCRqRT-PCR（quantitative reverse transcription polymerase chain reaction）是一种可靠的lncRNA表达分析方法。
lncrna建库原理
lncrna建库原理LncRNA（长链非编码RNA）是一类在细胞中广泛存在的非编码RNA，长度通常超过200个核苷酸。
近年来，越来越多的研究发现了LncRNA在基因调控、细胞分化和发育等生物过程中的重要作用。
为了更好地理解和研究LncRNA的功能和机制，进行LncRNA建库是一种常用的实验方法。
LncRNA建库的原理基于高通量测序技术，旨在快速高效地筛选并分析细胞中的LncRNA。
该建库方法包括四个主要步骤：RNA提取、LncRNA富集、文库构建和测序分析。
首先，从样本细胞中提取总RNA。
可以采用常规的细胞裂解和蛋白酶处理方法，使细胞中的RNA完整地释放出来。
然后，利用RNA提取试剂盒等工具，将RNA纯化、富集并进行组织。
接下来，需要对富集的RNA进行文库构建。
传统的RNA文库构建方法包括两步骤：首先，将RNA逆转录成cDNA，然后对合成的cDNA 进行文库构建。
在LncRNA建库过程中，一般采用不同的RNA逆转录酶和引物，以确保LncRNA的合成和扩增。
此外，一些新型的LncRNA文库构建方法也在不断的发展，以提高LncRNA的检测灵敏度和特异性。
在文库构建完成后，可以进行高通量测序。
通常采用Illumina等测序平台，通过测序仪将LncRNA进行高通量测序，并生成海量的测序数据。
测序数据包含了LncRNA基因的序列信息，可以通过生物信息学的方法进行分析。
最后，对测序数据进行分析和解读。
通过比对和注释，可以识别和注释样本中的LncRNA。
同时，可以进行LncRNA差异表达分析、功能富集分析等，以深入理解LncRNA在生物过程中的作用。
综上所述，LncRNA建库是一种高通量测序分析技术，用于全面了解LncRNA在基因调控和细胞生物学过程中的功能和机制。
通过LncRNA建库，我们可以更深入地探索LncRNA的生物学特性，为研究人员提供了有价值的工具和资源，以加深对这一重要类别的非编码RNA的理解。
实例解读文献，一文带你GET国自然热点：lncRNA
实例解读文献，一文带你GET国自然热点：lncRNA展开全文lncRNA在近几年科研领域中持续高热不减，研究表明lncRNA可通过影响染色质结构和转录因子占位、表观遗传学、以序列和结构特异性结合生物大分子等机制调节基因表达，在发育、机体内平衡和维持细胞命运中发挥重要作用，lncRNA的异常表达与包括癌症在内的多种疾病密切相关。
随着高通量测序、lncRNA芯片等技术的发展，越来越多的lncRNA被鉴定出来，但具体的作用与功能仍然不是很清楚，因此lncRNA的研究领域依然是一片非常广阔的神秘区，具有极大的研究价值。
相关研究往往更受基金资助的青睐，2018年国自然资助lncRNA 研究相关项目就高达717项。
lncRNA抑制基因转录作用机制lncRNA激活基因转录作用机制lncRNA研究的主要步骤1LncRNA的筛选常用的方法包括RNA-seq、lncRNA array等。
通过这些高通量方法，研究人员可快速获得与特定生物学过程或者疾病相关的lncRNA。
2LncRNA的验证筛选到lncRNA后，可通过NONCODE或者lncRNAdb等网站进一步了解lncRNA的相关信息。
在实验方面，可通过定量PCR或者Northern Blot验证lncRNA 的表达；通过RACE技术获得lncRNA全长序列。
对于lncRNA定位信息，可通过查询RNAlocate数据库或者相关分子实验确定。
3LncRNA的功能研究最基本的研究就是构建lncRNA表达载体或通过siRNA、反义核酸等方法沉默lncRNA，直观地展现lncRNA的生物学功能。
在分子机制方面，常常通过lncRNA与RNA、lncRNA与蛋白、lncRNA与DNA等的相互作用分析来挖掘。
相关文献解读下面，小编为大家解读一篇2018年10月发表在Nature immunology（IF 21.5060）上的文章，希望能给您的lncRNA研究提供一点思路和研究方法上的参考。
lncRNA研究的常见思路与策略
lncRNA研究的常见思路与策略lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪⾳”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有⽣物学功能。
然⽽⼤量研究表明，lncRNA在细胞核内、核外，通过染⾊质修饰，转录调控，转录后调控等多种⽅式调节基因表达，在肿瘤发⽣发展中具有重要作⽤。
lncRNA功能研究的基本思路⼀般来说，lncRNA功能研究的主线包含3个主要步骤：（1）⾼通量筛选。
全转录组测序和lncRNA芯⽚是⽬前最常⽤的技术⼿段，通过这种⾼通量的筛选⽅法，可以快速获得不同实验组间差异表达的lncRNA和mRNA。
（2）候选lncRNA的确定。
通过⽣物信息学分析，从⼤量lncRNA 中筛选有潜在功能意义的lncRNA。
（3）⽬标lncRNA的功能分析与验证。
根据上述⽣物信息分析推断出lncRNA可能的⽣物学功能，并设计相应的实验来验证假设是否成⽴。
lncRNA研究的基本流程LncRNA的⼀般研究策略1. lncRNA筛选通过lncRNA芯⽚或RNA测序等⽅法对多对疾病模型和对照样本组织进⾏lncRNA表达谱分析；通过⽣物信息学的⽅法筛选出具有表达差异的lncRNA，预测lncRNA的靶基因，构建共表达⽹络；通过PCR或Northern Blot技术对候选lncRNA验证，确定其表达差异。
lncRNA筛选建议根据统计学筛选，⽐如fold-change和p-value，同时表达量⾼的根据lncRNA在基因组上的位置进⾏筛选根据lncRNA的靶基因进⾏筛选，筛选和表型相关的lncRNA根据lncRNA与mRNA在表达上的协同关系进⾏推断，筛选具有hub地位的lncRNA根据lncRNA与protein的关系进⾏筛选根据lncRNA与miRNA的靶向关系筛选2. lncRNA全长克隆可以通过5'RACE获取lncRNA 5'全长，3'RACE获取lncRNA 3'全长，最终拿到完整的lncRNA序列。
LncRNA的研究思路是怎么来的
LncRNA的研究思路是怎么来的有很多⼈在弄LncRNA研究吧，估计是这样的，那⼀般的LncRNA研究到底需要做些什么？要深⼊了解这个问题，我们需要从这四⽅⾯⼊⼿：也就是：最基本的表达分析、表型功能实验、机制分析和临床数据。
不管是好蚊帐还是Low蚊帐，做完这⼏⽅⾯也基本上能成型了。
那我们继续再将每个node深⼊分析：表达分析我们要做什么？就是体内表达和体外的细胞表达两种。
表型功能实验⼜要细分成体外细胞表型，体内细胞表型和体内的基因表型，没错下游基因的表达变化，我们在这⾥也作为⼀种表型来进⾏分析。
机制的话，其实LncRNA的机制就这么⼏种、转录调控、转录后调控和蛋⽩调控。
可能你们最最喜欢⽤的就是LncRNA的转录后调控，因为这个做起来最简单。
临床数据，除了体内的基因表达，还需要结合⽣存曲线等等表型。
那我们再往下细分。
⽐如体外的表达还需要做什么啊？LncRNA是不会去做Western的，所以都是RNA表达分析。
那功能实验呢？就肿瘤⽽⾔，就是什么增殖、迁移、侵袭、⾃噬、凋亡，现在还多了个外泌体。
机智⽅⾯，刚才说的LncRNA的转录后调控，其实就是作为MiRNA的Sponge。
⽽转录调控呢？就需要研究LncRNA与转录因⼦的结合了。
蛋⽩的调控并不常见，⽐如2015年有⼀篇LncRNA作为NFkappaB磷酸化位点的MASK的⽂献。
这样的机制，理论上难度会更⼤。
呃，弄完整个思路的脑图，会变成这样：机智的童鞋会识别⼀下这个⼩程序码，应该就能看到图了。
华丽丽的分割线李莫愁博⼠：对于思路，其实都是⼤家慢慢⾃⼰累积的⼀个过程。
有的时候，不能完全把握所有的⽂献或者所有的Nodes，你可以⼀点点累积⾃⼰脑中的思路，把它最终完善成⼀张完整的脑图。
好啦，⼤家有兴趣的话，⾃⼰也去画画看吧。
整理⼀下思路也是挺不错的呢。
今天就先策到这⾥吧。
lncRNA研究套路的机制模式，通路详解与实验背景
lncRNA研究套路的机制模式，通路详解与实验背景连这些基础常识都拎不清，怎好意思在lncRNA圈social？lncRNA之所以能风靡科研界，是因为其功能可直接媲美功能蛋白，细胞内处处可见其身影，可参与调节胞内多个生物过程，几乎可以说是“保罗万象、无所不能”。
但就现阶段而言，lncRNA研究还处于初级阶段，前路漫漫，还有许多需要探索。
不过，既然上周已有酸菜所讲解的lncRNA研究套路打底，那么为了让大家跟lncRNA更加愉快的玩耍，《lncRNA研究套路》课程第二章则会以lncRNA作用模式、明星通路以及基础实验来拆解范例文章的数据研究结果，深入理解文章说理逻辑。
01正所谓，知己知彼，百战不殆。
首先，就要先了解lncRNA的常见调控模式。
就调控层次而言，lncRNA的功能横跨基因水平、转录水平、转录后水平、翻译水平和翻译后水平5个层次。
而从分子作用模式来看，主要可分为调控下游基因转录（Signal）、分子阻断剂（Decoy）、lncRNA与蛋白结合（Guide）和中心平台（Scaffold）4个模式。
1. Signal-信号2.Decoy-诱饵3.Gudie-引导4.Scaffold-支架以上4种作用模式是相互关联的，而非相互排斥的，所以千万不要孤立且割裂的看待每一种作用模式，否则研究的视野会受到局限，不利于更好地研究lncRNA的功能及其作用机制。
02明星信号通路是机制研究不可或缺的组成部分，深刻理解明星信号通路是读懂文章论述逻辑的关键。
本节内容则聚焦了参考文献中的MAPK、P38、ERK信号通路，同时也详细介绍了DUSP1去磷酸化JNK和p38过程以及DUSP6去磷酸化ERK过程。
1）MAPK信号通路是细胞内一条非常重要的通路，参与了广泛的细胞生物学作用，并介导了多种生理和病理功能，是以下四条并行信号通路的总称。
2）p38分子毫无疑问是MAPK信号通路的核心，有磷酸化和去磷酸化两种形式，当p38被MKK磷酸化后可活化效应蛋白如CREB蛋白等，进而激活下游信号通路。
一张图看懂LncRNA研究模式--结合近期典型文章详细解读分享
一张图看懂LncRNA研究模式--结合近期典型文章详细解读分享一张流程图看懂 LncRNA功能研究--ceRNALncRNA (Long noncoding RNAs, lncRNAs)长链非编码 RNA，目前一般定义转录长度>200nt的非编码RNA为LncRNA。
LncRNA 起初被认为是基因组转录的不具有生物学功能的“噪音”，只是RNA 聚合酶II转录的副产物。
随着近年来各类LncRNA被大量发现，LncRNA被证实参与了细胞内多种重要的调控过程，最近LncRNA研究更是成果不断，例如2017年5月4日，Cell杂志在线发表了中科院生化与细胞研究所陈玲玲课题组题为“SLERT Regulates DDX21 Rings Associated with Pol I Transcription”的关于LncRNA的最新研究成果，该成果揭示了细胞核仁里LncRNA SLERT 在RNA聚合酶I转录过程中的重要功能和作用机制，这是首次在人类细胞中发现可以调控RNA聚合酶转录的LncRNA。
与LncRNA研究成果频出相对应的是，近几年有关LncRNA研究的国自然立项数连年增长，2016年261项，2017年更是达到了345项。
LncRNA的相关研究也逐渐成为了当今生命科学最热门的研究领域之一。
本文先介绍当前最热门的LncRNA功能研究--ceRNALncRNA的ceRNA作用模式：LncRNA作为竞争性内源RNA(ceRNA)，与miRNA 结合，在细胞中起到miRNA海绵的作用。
从而降低miRNA的活性，间接上调miRNA相关靶基因的表达。
话不多说，直接上图基于ceRNA调控机制的 LncRNA系统研究思路接下来我们选择了2017年6月28日在线发表在Molecular Cancer的一篇发现并研究LncRNA MRCCAT1在肾透明细胞癌的作用和机制的文章，通过解读此文来讲述LncRNA研究方法。
两篇文章告诉你lncRNA的主要研究思路
两篇文章告诉你lncRNA的主要研究思路长链非编码RNA（long non-coding RNA，LncRNA）一般指不具有蛋白编码能力，转录本长度超过200 nt的RNA分子，包括intronic/exonic lncRNAs、antisense lncRNAs、overlapping lncRNA和long intergenic ncRNAs（lincRNAs）。
LncRNA与细胞周期和分化、发育、生殖、性别调控、衰老以及多种人类疾病密切相关。
lncRNA数量比较多，大约是为mRNA的3-100倍，但是目前多数lncRNA的功能仍不清楚，有很大的研究空间。
最近，有文章报道lncRNA可以编码微肽并具有特定生物学功能，又拓展了新的研究方向。
因此，lncRNA是目前生物和医学研究中的热点话题之一。
高通量研究lncRNA主要思路1. 利用组学研究LncRNA时空表达模式包括不同发育阶段、疾病发展进程等生物学连续过程中的lncRNA 的种类、数量和表达丰度。
2. 候选lncRNA的功能研究高通量筛选出对照组/处理组、处理不同时间点间以及其它生物学相关差异候选lncRNA，再进行后续功能学研究或作为疾病治疗靶点和biomarker研究。
3. LncRNA-mRNA或LncRNA-lncRNA interaction调控生物学功能研究例如利用Genome-scale RNA interactome analysis（RIA-Seq）分析到TINCR lncRNA与多种mRNA结合调控细胞发育。
4. miRNA-dependent CeRNA研究（转录组层面）。
5. LncRNA的多组学研究（基因组、转录组、表观组学等多层面）。
6. LncRNA编码肽段的研究高通量预测组学lncRNA数据的蛋白编码能力，生信分析流程中保留可以编码的lncRNA进行后续研究。
下面我们通过两篇基迪奥项目文章，看看别人如何研究lncRNA 的表达模式。
lncRNA介绍专题：一文带你了解lncRNA
lncRNA介绍专题：一文带你了解lncRNA背景分类分析流程生物学功能lncRNA数据库大全lncRNA研究背景非编码RNA，根据其长度的不同可分为长链非编码RNA和短链非编码RNA。
转录本序列长度在200 bp 以上的非编码RNA 通常被称为长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）。
目前，lncRNA的发现主要是通过以下三种途径：•传统的遗传学手段（如Xist、H19、HOTAIR以及植物中的HID1等）；•芯片方法（如乳腺癌、胰腺癌、肝癌等癌症相关的lncRNA等）；•高通量RNA-seq方法鉴定(新的lncRNA等)。
lncRNA与细胞周期和分化、发育、生殖、性别调控、衰老以及多种人类疾病密切相关。
lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。
文献研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程，这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。
分类许多lncRNA都具有保守的二级结构，剪切形式以及亚细胞定位，这种保守性和特异性表明它们是具有功能的。
但lncRNA的功能相对于microRNA和蛋白质的功能来说更加难以确定，因为目前并不能仅根据序列或者结构来推测它们的功能。
根据它们在基因组上相对于蛋白编码基因的位置， lncRNA可以分为五类：（1）Antisense lncRNA (反义lncRNA)，（2）Enhancer lncRNA (增强子lncRNA)，（3）Large intergenic noncoding RNA (lincRNA)，（4）Bidirectional lncRNA (双向lncRNA)，（5）Intronic transcript lncRNA (内含子lncRNA)。
分析流程生物学功能lncRNA可通过与DNA/RNA结合或与蛋白结合而行使其功能。
lncRNA四种经典作用模式详解，必读综述
lncRNA四种经典作用模式详解，必读综述4种模式，道尽lncRNA分子机制研究的典型思路。
lncRNA红火，功能万全，众人皆知。
目前，lncRNA相关研究已呈井喷之势，但其功能的某些领域仍是一片蓝海，静待大家去深海寻宝，而这就需要各位学员对lncRNA研究的必备常识储备有一定的积累。
因而，本期《文献精读》就选取了该领域里的一篇里程碑式经典综述，聚焦lncRNA的分子机制，来一展lncRNA的通天彻地之能。
“神”一般的明星分子——lncRNA小小的lncRNA实际上蕴含着大大的能量，细胞内的很多生物学功能都有它们的身影出没。
通常生物功能越复杂、越多样性，非编码核酸所占的比例越来越高，而它所发挥的生物学作用也就越来越重要。
既然如此，lncRNA从何而来也是必要解答的重要问题。
其实，就其编码容量和表达水平而言，lncRNA都能达到最高值；唯独保守性，lncRNA降为最低，由此可见lncRNA的功能具有多样性和复杂性。
首先，lncRNA可在基因表达的不同阶段、不同层次、不同水平对基因表达进行调控。
lncRNA不仅仅参与了机体正常的生物学功能，同时也涉及了多种疾病的进程；还可以与染色质重构复合体结合，从而改变染色质的结构和转录过程。
Signal lncRNA其实，《三十六策》的第22策“移花接木”已经提到了lncRNA 作用机制的四种模式——signal（信号）、decoy（诱骗）、guide （引导）和scaffold（结构骨架）。
而本篇综述也以此分类模式，来分别展示lncRNA的相应分子功能。
研究发现，在不同的刺激条件和信号通路下，一些lncRNA将会被特异性地转录，并会作为信号传导分子参与特殊信号通路的传导。
比如lncRNA可以直接结合染色体中邻近位置的DNA调节基因表达，即顺式调控模式（cis-regulation）。
通常可从等位基因特异性、解剖特异性表达、DNA 损伤诱导、多能性与重编程、寒冷诱导、增强子 RNA 为代表的协同活性以及重复检测等方面进行具体的阐释。
lncrna研究方案
引言长链非编码RNA（Long non-coding RNA，lncRNA）是一类RNA分子，其长度通常超过200个核苷酸，并且不具备翻译成蛋白质的能力。
在过去的几年中，越来越多的研究表明lncRNA在调控基因表达、细胞生命周期以及疾病发生发展等方面起到重要的作用。
本文旨在介绍一种lncRNA的研究方案，包括实验设计、数据分析以及结果解读等方面。
实验设计样本采集首先，需要选择适当的样本进行研究。
根据研究目的和研究对象的不同，可以选择不同的样本来源，如细胞系、动物组织或者患者样本。
确保样本的来源和特性与研究问题相匹配。
RNA提取和测序在获得样本后，需要进行RNA的提取。
根据样本类型的不同，可以使用不同的方法进行RNA提取，如RNA提取试剂盒、酚/氯仿法等。
提取到的RNA质量和纯度需要进行评估，可以使用比色法、琼脂糖凝胶电泳等方法进行检测。
提取到RNA后，可以选择不同的测序方法进行lncRNA的定量分析。
常见的测序方法包括转录组测序（RNA-Seq）和全长转录组测序（full-length transcriptome sequencing）等。
根据研究目的，选择合适的测序方法进行分析。
数据分析数据预处理在进行数据分析之前，需要对得到的测序数据进行预处理。
这一步骤包括去除低质量序列、去除接头序列、去除重复序列等。
常用的工具包括Trimmomatic、Cutadapt等。
数据比对和定量在预处理后，将得到的序列数据进行比对到参考基因组或转录组上。
选择合适的比对工具，如Bowtie、STAR等。
根据比对结果，可以对lncRNA进行定量分析，根据差异表达水平进行筛选。
功能分析对于不同表达的lncRNA，可以进行生物学功能的分析。
根据研究问题，可以选择不同的功能分析方法，如通路富集分析、功能注释等。
常用的工具包括GSEA、DAVID等。
结果解读根据上述的分析，可以得到不同lncRNA的表达差异结果，并进行生物学功能解读。
lncRNA,miRNA,TF的研究思路–GCBI学院
lncRNA,miRNA,TF的研究思路–GCBI学院调控表达中相关的lncRNA，miRNA，TF应该如何去研究，今天在这分享一点思路。
1.lncRNA的研究思路首先介绍lncRNA的研究思路，目前lncRNA的研究方法基本基于它的作用机制，那lncRNA的作用机制有哪些呢？•调节转录•介导染色质重构和组蛋白修饰•调节mRNA的剪接方式•产生內源性siRNAs•调节蛋白活性•核酸蛋白复合物的结构组分•调节蛋白细胞定位•小分子RNA的前体那从生物信息学的角度如果去切入呢？基因组位置分析lncRNA的一大功能在于转录调节，其与编码基因的关系可分为上游，下游，或与编码基因正义链和反义链有部分重叠，所以我们可以利用lncRNA的基因组定位法去查询他的上下游及正反义链有哪些编码基因，从而推测其可能作用的靶基因。
共表达网络除了基因组定位，我们也可以通过lncRNA和mRNA两者之间的表达丰度的相关性来推测lncRNA可能的功能。
那怎样才能挑选出潜力lncRNA呢？有三招，第一招，看degree，其大小可以衡量lncRNA的核心程度。
第二招，看P值，Q值及Fold change，通过差异结果进一步筛选目标lncRNA。
最后一招，看相关的编码基因功能，从而推测lncRNA可能的功能。
是不是很简单？大家在做研究的时候也可以借鉴下面这篇文章，它就完美的体现了上面提到的三大招，作者首先筛选出来lncRNA-HEIH,再依次找到了与之相关的18个基因，图中绿色的基因是与肿瘤生长和耐药性相关，所以作者推测lncRNA-HEIH也与肿瘤生长和耐药性相关。
在分析过程中，常用的lncRNA数据库有NCBI，ENSEMBL，lncRNAdb，NONCODE，lncRNADisease，Sanger Institute，ncRNA Expression Database 。
比较常用和权威的就是NCBI，ENSEMBL，大家可以自己实践操作一下看看各数据库的功能和特点。
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一文参透：l n c r n a研究思路、模式和数据库应用一文参透：lncRNA研究思路、模式和数据库应用...作者：解螺旋.老谈导语当很多小伙伴还徘徊在miRNA时，lncRNA已经横空出世，还没得来得及反应过来lncRNA到底是怎么回事时，circRNA又开始崭露头角了。
科研就是这样，你落后一步，便步步落后，跟娶媳妇生孩子是一样一样的。
说回正题，应部分解螺旋粉丝的要求，今天老谈帮大家整体梳理了曾经红极一时、目前热度不减的IncRNA的研究思路和模式以及相关工具，希望能对那些想在IncRNA研究上有所作为的小伙伴能助上一臂之力。
lncRNA研究思路IncRNA参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。
很多人看到lncRNA的热度还没有过去，经常会问老谈如果没有相关的工作基础，如何开始lncRNA的研究?今天我们就褪去虚伪外衣，研究的大方向是这样子的：1. 寻找到lncRNA分子2. lncRNA分子表型研究3. lncRNA 通过何种机制调节表型？老谈将这些研究方向及实验手段按层次的方式绘成流程图，如下所示：首先，是样本的准备与收集。
高质量的样本是实验结果具有可靠性的前提。
其次，是lncRNA检测。
可以先通过芯片的方式高通量筛选到目的基因，然后通过q-PCR或Northern blot的方法验证所得到的芯片结果。
再次，其研究方向根据研究目的而定。
如果是研究生物标志物，那么可以通过收集更多的临床样本，研究lncRNA对疾病的指示作用。
如果是研究其功能，则是研究其细胞表型、分子表型及机制。
小伙伴们是不是觉得这和miRNA的总体研究思路相似呢？这时可以根据各自的实验平台条件选择相应的研究。
值得注意的是，lncRNA的功能研究并不像miRNA一样通过3’UTR影响翻译套路，总的来说lncRNA机制研究套路还不成熟。
对于很多科研工作者而言，lncRNA分子的获得及其细胞表型的获得并非难事，关键在于如何进行下一步研究，这时候就要涉及到对功能研究的定位。
归纳如下：lncRNA的功能分为3方面:1. 通过修饰染色体参与表观调节；2. 通过与转录因子的相互作用参与转录调节；3. 通过影响mRNA处理过程参与转录后调节。
在以上3个方向的研究中，其中转录后调节相对简单，大家在选择lncRNA的时候，可以对其序列做一下分析，看看自己研究的lncRNA是作为miRNA的sources还是sinks？另外两方面的调节机制均涉及RNA-蛋白质的相互作用。
在没有目的蛋白的时候，此时不得不使用先进技术，用于检测RNA-蛋白质相互作用的实验手段如下：RNA-蛋白质相互作用的检测手段有nRIP、CLIP；lncRNA由于其长片段核苷酸序列，则碱基之间相互作用，通常具有二级结构，可通过RNase足迹等实验手段进行探讨；在染色体结构修饰作用中，还会涉及RNA-RNA的相互作用，可通过CHIRP等实验手段来研究。
由于上述实验手段比较难得，lncRNA的机制研究相对还是比较困难。
那我们该怎样进行lncRNA研究呢？咱换个思路，不要将lncRNA作为一个调节分子，而是把lncRNA当做和mRNA一样的分子来研究，尽管很少表达蛋白。
在体外，可以通过分子干扰手段，进行分子及表型研究；在体内，也是如此。
两者通过各种组合，那就等着发5分的文章吧。
LncRNA研究模式我们先来谈一谈“老瓶”——基因研究模式。
首先向大家灌输“文章模块化拆解的核心思想”。
打个比喻，不管是亿万富翁还是街头的流浪汉，作为人这个物种，他都有手脚心肝肺等，即使他们的外在地位不一样，但作为物种来讲，他们组成形式都差不多。
基础科研的文章也一样，十篇文章可能有十个分值，但是他们的组成模块其实差不多，都是由“领域”、“分子”、“效应”、“通路”组成（如下图所示），不同的文章就是不通模块的组合。
上面这个研究模式大家是不是很亲切？其实，lncRNA研究也可以装进上面那个老瓶里，只不过把“gene”换成“lncRNA”而已。
下面是一个lncRNA普通模板实例：领域（胆囊癌）、分子（lncRNA）、效应{方法验证（敲减效率）、细胞层次（MTT实验、转移小室、克隆形成实验）和动物层次}。
这篇文章并不涉及机制研究，所以各位小伙伴是不是觉得分外眼熟？除去机制研究，和普通基因的研究模式是不是很接近呢！基本套餐的lncRNA和基因研究不同点在于机制研究，两者的研究手段不一样。
lncRNA机制研究的常用技术为：RACE技术、RNA pulldown技术、RIP（RNA immunoprecipitation）技术。
幸运的是，目前lncRNA不需要做到机制层面也能发表一篇2-3分档次的SCI，有兴趣的小伙伴还不赶紧小试身手！经典的教科书上所记录的中心法则: DNA→RNA→蛋白。
但是随着分子生物学的不断发展，非编码RNA已经越来越显示出重要的功能。
经过将近十年的深入研究，研究者已经发现了多种lncRNA的作用模式。
但是面对纷繁复杂的lncRNA作用模式，小伙伴们是不是感到无从下手？今天老谈就把lncRNA的作用模式总结一下，希望帮助小伙伴们更好地理解。
lncRNA 的作用模式可以分为四大类: signal，decoy，guide，scaffold。
１、signal：lncRNA的第一种作用是调控下游基因转录。
已有研究发现，不同的刺激条件和信号通路下，lncRNA将会被特异性地转录，并作为信号传导分子参与特殊信号通路的传导。
一些lncRNA分子被转录后，拥有调控下游基因转录的作用。
从生物体的角度而言，利用RNA进行转录调控是具有明显优势的，因为利用RNA进行调控，且不涉及蛋白质的翻译，因此具有更好的反应速度，对于机体的某些急性反应可以做出更好更迅速的反应。
2、decoy：lncRNA的第二种作用是分子阻断剂。
这一类lncRNA 被转录后，会直接和蛋白（一般都是转移因子/转录调节子）结合，从而阻断了该分子的作用和信号通路。
由于lncRNA的结合，这类转录因子的功能被阻断，从而调控下游的基因转录。
3、guide：第三种作用模式是lncRNA与蛋白结合（通常是转录因子），然后将蛋白复合物定位到特定的DNA序列上。
研究发现lncRNA介导的这种转录调控作用可以是顺式作用模式，也可以是反式作用机制，因此仅仅从lncRNA的序列上是无法获得信息的。
4、scaffold：lncRNA 还可以起到一个“中心平台”的作用，即多个相关的转录因子都可以结合在这个lncRNA分子上。
在细胞机体中，当多条信号通路同时被激活，这些下游的效应分子可以结合到同一条lncRNA分子上，实现不同信号通路之间的信息交汇和整合，有利于机体/细胞迅速地对外界信号和刺激产生反馈和调节。
需要注意的是，虽然lncRNA的作用模式可以总结为上述四种，但是这四种作用机制和模式是相互关联，而非相互排斥的。
千万不要孤立且割裂地看待lncRNA的作用方式，这样会使视野受限，不利于更好地理解lncRNA的机制。
lncRNA的常用数据库大全有关所有lncRNA全方面的功能研究还需要进一步的探索，少不了需要装配研究的利器，帮助我们在寻求相关lncRNA信息时能够手到擒来，不费吹灰之力！今天老谈就跟大家分享一些研究lncRNA的数据库，帮助大家做好科研准备工作。
1.NONCODE：NONCODE提供对长链非编码RNA的全面注释，包括表达和ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。
这是非编码RNA研究的知名数据库，已经更新到2014年的8月了。
网址：Note：小伙伴们要小心使用时，可能出现的各种状况，因为这个网站对lncRNA的命名方法是他们网站内部命名的系统！！要哭了有没有，根本找不到你要的lncRNA……但有个办法解决，因为他们的网站有Blast系统，你如果有lncRNA序列的话，还是能找到对应的编号的。
对于lncRNA在不同组织中的表达的研究还是挺有用的。
2.lncRNAdb:提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。
这是长链非编码RNA研究领域的大牛Johnmattick实验室构建的网站。
网址：/Note：这个用下来凭良心说还行，输入lncRNA名称之后，会对这个lncRNA的功能及表达进行注释。
这个网站用的是NCBI上Gene的命名法，使用上还是没有障碍的。
3.CHIPbase：提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释，整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。
网址：/chipbase/Note：中大的这个数据库主要是对于一些lncRNA的表达及lncRNA与转录因子之间的关系的一个注释数据库。
主要可以了解与转录因子相关的lncRNA的结合情况。
要调取lncRNA的表达数据，劝你选别的数据库，因为这个网站极其坑爹，只能输入GeneSymbol，并不是基因名，其实是lncRNA的转录名，一般是什么“RP11-XXXX”。
举个例子：lncRNA2-1的基因名其实是“LncRNA2.7”，转录名是“RP11-34P13.8”，这需要注意哦。
4.LncRNome：超过18000转录本目前已作为lncRNA标注，覆盖先前注释非编码转录本，包括大型基因间非编码RNA、反义RNA和加工的假基因。
但在提供稳定的注释，交叉引用和生物相关的信息资源方面有显著的差距。
由印度CSIR基因组和整合生物学研究所的研究人员开发的lncRNome，旨在填补这一空白，他们通过把生物显著性的各种各样的信息注释整合到一个全面的知识库。
网址：http://genome.igib.res.in/lncRNomeNote：三哥三姐确实NB，但记住：查询的话，还是转录名：“RP11-XXXX”那种，也有其他命名法的“HAS-LNCXXXX”这种。
功能上挺强大，有lncRNA的二级结构，lncRNA的蛋白互作功能预测，还有lncRNA的SNP位点。
总的来说还不错，就是搜索起来麻烦点。
5.Starbase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP, PAR-CLIP , iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA 靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA和RNA-protein等的调控关系。
整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
网址：/Note：中大的良心之作，主要功能就是查询lncRNA与miRNA的互作，蛋白及lncRNA的互作，以及正在火的ceRNA预测。
不过主要功能其实还是在miRNA上。