进化树的建立过程

进化树的建立过程

1， 通过测序后，在NCBI 中进行BLAST 比对，看和哪个属中的种最近，从而确定进化树

中需比较的菌种，然后可以在权威的International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 杂志中看最近是否有你要建树的菌的图，从而更捷径的得到典型的建树对比菌株(一般上标为T)

2， 打开MEGA 4在Alignment →Query Databank s →

在上图红色圈出的空格处添加建树对比菌的登入号，然后直接点击上头的Add to Alignment ，以此添加，当然添加的量可多也可少，按照自己的要求，建的树越大需要比对的就越多，反之，亦然。添加完之后会是如下的图形，可以参照

。

3 添加完对比的后，将自己测序菌株序列导入

如果拿回来后的序列是文本文档，就需要将它转化成fasta 格式，其实也就是在文本文档上头加个“>”号就可以，但是序列字母必须是大写的，如果是小写的，可以在DNAman 中转化成大写的(或者在EditSeq 中的先全选择序列后在edit 的reverse case 中转变，后如下操作)，并且需每列中的数字去掉，保存为fasta 格式后，

这里输入建树的登入号

在MEGA的Edit→insert sequences to file将保存的fasta文件导入MEMA中，如果导入的序列是互补链的话，直接在添加的里面，点击导入链，右击后点击互补就行，选中所有的序列后，在Alignmen t选项中选中Align by clustalw让其自动分析后，出现这样的界面，然后在Date选项中输出格式选择为MEGA格式保存

4 再一次启动软件将上一步保存的文件打开，然后在我红色标记的采用的是“邻接法”建树。

然后点击“computer“就可以输出图了

希望大家下载后，能够给我的帖子进行评价，谢谢！