同源建模工具easymodeller4.0 操作说明
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同源建模ຫໍສະໝຸດ Baidu基本步骤
1、模板蛋白搜索：
PDB数据库、BLAST(或PSI-BLAST) 、获取模板（一个或多个）
2、比对结果的校正 3、主链生成 4、环区建模 5、模型优化 6、合理性检测
EasyModeller 4.0 使用说明
----By Xm 中科院昆明动物研究所 2014.3.11
Before using
需要安装的软件：
• Python(2.5,2.6,2.7系列均可，3系列不可)
• • • •
Modeller（salilab.org） Easymodeller 4.0 RasMol (windows版 www.python.org) Office Excel
模板.pdb文件准备
选择align结果中的蛋白， 就可以找到相应的蛋白3D 结构，下载pdb文件即可
同源度，>30% 时方可用 与目标蛋白 序列同源的 蛋白
Start using
右击，win7或vista系统下 选择“以管理员身份运行”
出来的界面
①目标氨 基酸序列， 无空格， 需全部大 写 ②导入模 板PDB文 件 ③勾选需 要比对的 模板 ④点击开始比 对选中的模板
⑤点击，align模板
⑥点击，align模板 和目标序列
⑦点击，生成模型
⑧选中生成的模型， 进行预览
⑨对模型显示进行 设置
点击，选择 （可多选）
点在蓝色区域内大于 90%时该模型才算好 模型