ADF教程：开壳层、闭壳层与Restricted、Unrestricted的概念

ADF教程：如何计算Nucleus Independent Chemical Shifts (NICS)

如何计算Nucleus Independent Chemical Shifts （NICS）-ADF
（1）将优化好的结构导入ADFinput，并依次设置参数如下图所示：
基组、泛函、冻芯可以根据精度的需要，进行相应的调整，详见结构优化、单点计算。

在希望计算NICS的位置上，添加Ghost原子，也即元素周期表中右下角的Xx原子：
在Properties—NMR菜单中将Ghost原子Xx选中，点击下图所示的“+”：
保存TAPE10文件：
取消对称性：
保存*.run文件。

（2）保存该文件后，运行该文件：
1）在Linux下：
●普通列表项目adfjobs—选中该任务—job—run
●ADFinput—File—Run
●在run文件所在目录直接执行./*run >*.out
2）在Windows下：
●adfjobs—选中该任务—job—run
●ADFinput—File—Run
●在run文件所在目录直接双击run文件执行，或右键点击run文件，然后选择“运行方式”中带adf
图标的方式，运行
（3）结果查看：
在生成的logfile文件末尾我们可以看到我们需要计算的两个点的化学位移屏蔽张量：
在out文件的末尾也可以看到类似更详细的内容：
（4）NICS：Ghost可以被看作是一个中子，因此该点的NICS的值为该点的屏蔽张量中的各向同性部分乘以-1——也就是logfile中，该点的NMR Shielding值乘以-1。

adf原理

adf原理
ADF（Adaptive Filter Design）是一种自适应滤波器设计方法，广泛应用于信号处理、通信和控制系统中。

该方法根据输入和输出信号之间的误差来调整滤波器的参数，以使输出信号尽可能地接近期望的信号。

ADF的基本原理是根据输入信号的统计性质，通过将滤波器
系数依次加以修正，从而使输出信号最小化与期望信号之间的误差。

该修正过程是迭代进行的，通过不断调整滤波器的参数，直到输出信号的误差最小化为止。

为了实现自适应滤波器的优化设计，ADF使用了一系列的算
法和技术。

其中，最常用的方法是最小均方误差（LMS）算
法和最小均方根误差（NLMS）算法。

这些算法根据误差信号
的统计特性来调整滤波器的系数，以达到最小化误差的目标。

在实际应用中，ADF具有很高的灵活性和适应性。

它可以自
动适应不同的输入信号和环境条件，从而提供更好的滤波效果。

此外，ADF还可以用于解决非线性和时变系统的滤波问题，
使得信号处理和控制系统更加稳定和可靠。

总的来说，ADF通过自适应调整滤波器的参数，以使输出信
号与期望信号之间的误差最小化。

这种方法可以提高信号处理和控制系统的性能和稳定性，并在许多领域中得到广泛应用。

ADF教程：开壳层、闭壳层与Restricted、Unrestricted的概念

ADF教程：开壳层、闭壳层与Restricted、Unrestricted的
概念
ADF教程：开壳层、闭壳层与Restricted、Unrestricted的概念
开壳层：指体系存在未配对的电子，因此奇数个电子的体系一定是开壳层体系。

但有的偶数电子的体系，也有电子未配对，例如氧气分
子，有两个电子没有配对，从而导致基态是三重态，属于开壳层体系
闭壳层：所有电子都配对。

因此必然是偶数电子体系。

Restricted：是针对计算的方法。

Spin down与Spin up在计算时，采用同一组轨道，也就是说Spin down的轨道空间分布函数、能级是多少，Spin up跟它完全一致，不需要额外计算，自动“复制”
一套，唯独在自旋上区分一下。

因此在进行自洽场迭代（SCF）的过程中，只需要计算一种自旋就可以了，另一种自旋的套用结果就可以了。

Unrestricted：是针对计算的方法。

Spin down与Spin up在计算时，各自采用不同的轨道。

因此Spin down和Spin up要分别进行SCF迭代。

综述：
1Restricted方法计算量比Unrestricted要小大约一倍；
2闭壳层一般用Restricted方法，如果一定要用Unrestricted，也行，但会发现轨道、能级的差别非常非常非常的小；
开壳层可以用Restricted方法、也可以用Unrestricted方法，这个要根据情况决定。

例如我们把乙烷分成两个甲基片段，要做片段分析，这个时候，两个甲基都是开壳层，但使用Restricted方法更符合需求。

ADF 入门第一步系列

用一种初学者的思维来介绍ADF，一步一步地深入下去，有助于正确地认识ADF和使用ADF。

可能在开始学习时有些迷惑，一个一个问题的来解决，由易到难。

思维的方式是：是什么--->为什么--->做什么---->怎么做，逐步来分析和学习。

一、什么是ADFADF 的全称是 Application Development Framework，任何东西把握了它的含义，其实也理解了一半的东西，从英语的翻译来看，它是一种应用程序开发的框架，有一个关键词是Framework，这个对于软件开发人员来讲是不陌生的，如果有Spring或者学习其它开源框架的人来讲，更容易了，换言之ADF是一种框架，有助于开发人员更好的开发软件。

至于它有什么样的特点，后面随着学习的深入，相信有一定的了解。

现在你只需要了解ADF只是一种框架，它用于软件开发。

二、再进一步了解ADF上面的解答或许你不满意，那么我们再进一步来讨论下ADF的话题，在讨论这之前，有必须提一下MVC（model--view---controller）,这个其实也不难理解，主要是解决软件开发过程的耦合性、重用性、可维护性等。

现在可以告诉你的是ADF遵循MVC的设计原则，那么你现在需要掌握的是ADF的结构是什么，对应于MVC的各个部分又是什么，这样对于整个结构图而言是十分有用的。

直接给oralce官方的图。

Destop现在你不需要了解，直接从Browser-Base来看，大部分的软件现在是WEB的，它的view是JSF，ADF Mobile现在也跳过，现在很简单了，View就是展示给用户的，在web中就是页面。

用户不光要浏览页面，也需要操作页面，Ok，问题来了，为了解耦，有一层是控制层，把JSF跳过，剩下ADF Controller，在ADF中控制层主要使用Task Flow，这也很好理解，非常类似Struts,确认好初始页面要到哪个目的地去，很简单吧，就是定义导航的规则，按照这个规则进行相应的跳转。

ADF 11g 概述

<在此处插入图片>
ADF 11g 概述
马平（ping.ma@）高级解决方案顾问甲骨文开发者计划
甲骨文融合中间件
议程
• Web 2.0
• Oracle ADF 应用开发框架 • ADF Model 模型 • ADF BC 业务组件 • ADF View 视图 • ADF Controller 控制器
ADF Business Components
• 一个简化 Java EE 业务服务开发的框架
• • • • • • 简化数据访问简化数据验证和业务逻辑使用基于 SQL 的数据视图将数据视图与业务逻辑分离采用JavaEE设计模式轻松自定义
ADF BC 特性
• • • • • • • • • • 查询任何字段值列表自动计算字段各种验证范围抓取事务控制锁机制状态管理自动处理只对特定时期有效的数据支持Groovy 所有操作都是声明式的，无需编码！
控制器
模型
ADF BC JMX
BI
XML
业务服务
JCR
数据
关系数据库 XML 数据遗留数据
其它应用程序
议程
• Web 2.0
• Oracle ADF 应用开发框架 • ADF Model 模型 • ADF BC 业务组件 • ADF View 视图 • ADF Controller 控制器
ADF Model——一流的模型层
• 动态导航 • 支持缩放
议程
• Web 2.0
• Oracle ADF 应用开发框架 • ADF Model 模型 • ADF BC 业务组件 • ADF View 视图 • ADF Controller 控制器

adf检验步骤

adf检验步骤ADF检验步骤ADF（Augmented Dickey-Fuller）检验是一种常用的时间序列分析方法，用于判断一个时间序列是否具有单位根（即非平稳性）。

本文将介绍ADF检验的步骤及其含义。

1. 建立假设ADF检验的第一步是建立假设。

在ADF检验中，我们要检验的原假设（H0）是时间序列具有单位根，即非平稳性。

备择假设（H1）是时间序列不具有单位根，即平稳性。

2. 数据预处理在进行ADF检验之前，我们需要对待检验的时间序列进行预处理。

常见的预处理方法包括去除趋势项、季节性调整等，以确保时间序列的平稳性。

3. 计算ADF统计量ADF统计量是判断时间序列是否具有单位根的关键指标。

它的计算方法是将时间序列进行回归拟合，并计算残差的单位根检验统计量。

ADF统计量的计算公式较为复杂，这里不做详细展示。

4. 确定临界值在进行ADF检验时，需要确定一个临界值，用于判断ADF统计量是否显著。

临界值的选择取决于所设定的显著水平，常见的显著水平有1%、5%和10%。

根据经验，一般选择5%的显著水平。

5. 判断结果根据计算得到的ADF统计量和临界值，我们可以判断时间序列是否具有单位根。

如果ADF统计量小于临界值，则拒绝原假设，认为时间序列是平稳的；如果ADF统计量大于临界值，则接受原假设，认为时间序列是非平稳的。

6. 结果解读根据ADF检验的结果，我们可以对时间序列的平稳性进行解读。

如果时间序列是平稳的，说明其没有长期趋势，数据的统计性质是稳定的，可以进行进一步的分析和预测。

如果时间序列是非平稳的，说明其存在长期趋势，数据的统计性质是不稳定的，需要进行差分处理或其他方法来消除趋势。

7. 注意事项在进行ADF检验时，需要注意以下几个问题：- 样本量：样本量应足够大，以保证ADF统计量的准确性。

- 数据质量：数据应具有一定的代表性和可靠性，避免出现错误的结论。

- 阶数选择：在进行ADF检验时，需要选择适当的阶数，以最大限度地刻画时间序列的特征。

ADF教程：ADF产生的各个文件都是干什么的

ADF产生的各个文件都是干什么的*.adf文件这是供图形界面识别的文件。

里面的内容是文本。

图形界面打开这个文件之后，就能读取里面的参数、坐标信息，供用户再次在图形界面里面修改参数、编辑体系。

*.run文件这是脚本文件。

在Windows或Linux系统，均可直接执行该文件，即开始运行计算任务。

因此提交任务前，修改参数也可以在这个文件里面修改。

以这个文件为准。

*.job文件这个文件一般不用去关心它。

但在此大致说说它的意义：它是从*.run文件生成的一个新的脚本文件，里面把程序运行的所有环境设置好。

一般用户都不必去理会这个文件。

也可以删掉它。

*.logfile文件这个文件是计算过程中产生的日志文件。

这个文件很重要，浏览大致的计算过程信息，中间是否有出错、运行到哪一步了，等等。

简略的结果信息也可以在该文件找到，例如能量、坐标、NMR化学位移等等。

*.out文件这个文件是文本格式的输出文件。

里面包含了详细的计算结果的文字内容描述。

输出内容的繁简程度，在ADFinput右边的菜单Details里面可以调节。

*.t21文件该文件包含的是用于图谱显示的内容。

是二进制格式的文件，因此不能用写字板等打开（打开后是乱码）。

里面包含大量的格点数据，因此一般会比较大。

图谱显示读取该文件后，图谱的内容，一般可以导出数据：在图谱窗口，file菜单里面有导出数据的选项。

其他临时文件其他文件一般都很少用到，临时文件会在两个地方产生：SCM_TMPDIR和当前工作目录。

因此这两个地方计算完毕之后，可以清理一下。

最常用的文件：*.adf、*.run、*.logfile、*.out、*.t21。

ADF软件初学者使用指南

ADF软件初学者使用指南一、安装运行ADF客户端软件1.用户下载ADF客户端软件，即ADF应用模型设置、前处理、结果分析软件。

2.下载地址：中国矿业大学主页之现代分析与计算中心网站，注册后，常用下载栏目之“ADF客户端软件之windows (32-bit)”3.在用户的PC机的windows操作系统中安装下载的ADF客户端软件：adf2012_windows.exe4.安装license许可:将license.txt文件放入ADF的安装目录（ADF2012版即adf2012.01目录中）。

5.运行ADF客户端软件:如果正常，则会出现ADF的图形界面。

如果你的这台计算机没有被收录在license许可里，软件会出现如下图，请其中最后二行的内容并发送至662@，软件管理员将回复用户一个新license文件。

二、在ADF客户端软件进行前处理工作1.建立模型设置参数等，保存，会产生一个${JOBNAME}.run文件。

如示例AgI_asoexcit.run2.编辑作业脚本：使用纯文本编辑软件（如记事本）编辑脚本文件，如示例adf_test.pbs。

可以做一个范本，以后要计算不同的任务的时候，只需拷贝到对应目录，稍作修改即可。

具体内容如下：#PBS -j oe#PBS -N M3_2x12_2012#PBS -q adf#PBS -l nodes=2:ppn=12###Apply for the use of two compute nodes, each node of 12 nuclear#PBS -Vcd $PBS_O_WORKDIR### ---------------------------------------### PLEASE MODIFY YOUR JOBNAME### ---------------------------------------JOBNAME=AgI_asoexcit###The name of the job, corresponding to the ‘*’ of *.run### ---------------------------------------### BEGINNING OF EXECUTION### ---------------------------------------export ADFHOME=/public/software/adf2012.01###The root directory of ADFexport SCMLICENSE=$ADFHOME/license.txt###The path of ADF license fileexport SCM_TMPDIR=/public/home/test/adf_tmpe### Make sure you have right to write into this directory. ADF will generate scratch in this ###directory, for this reason, you’d better cleanthis directory termly.export ADFBIN=$ADFHOME/bin###Directory for ADF executable filesexport ADFRESOURCES=$ADFHOME/atomicdata###Basis file and force field file directoryexport PATH=$ADFBIN:$PATH###Add adf executable file derectory into PA THNP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`###PBS finds appropriate nodes from nodes list to run this job/public/home/test/test/${JOBNAME}.run > ${JOBNAME}.out###${JOBNAME}.run is generated by ADFinput, while ${JOBNAME}.out is output of this job in ###text format. logfile will be generated automatically. After you submit this job, type tail –f ###logfile, you can monitor the task.注意：其中红色字的内容，用户自己根据自己不同的作业修改为相应的内容。

adf检验原理

adf检验原理ADF检验，全称为Augmented Dickey-Fuller Test，是一种常用的时间序列分析方法，用于检验一个时间序列是否具有单位根（unit root）。

其原理基于Dickey-Fuller检验，但对于高度自相关的时间序列进行了修正，因此更加适用于实际数据的检验。

ADF检验的基本原理可以用以下步骤来概括：1. 建立原假设：序列具有单位根，即序列具有一阶差分后的残差随机游走（random walk）特征。

2. 建立备择假设：序列不存在单位根，即序列具有平稳（stationary）特征。

3. 选择ADF检验的统计量：ADF检验使用了多种不同的统计量，其中最常见的是ADF统计量、Z统计量和Tau统计量。

具体选择哪种统计量要根据样本特征和目的来决定。

4. 进行假设检验：在一定置信水平下进行假设检验，通常是95%或99%的置信水平。

如果检验结果的P值小于置信水平，则拒绝原假设，否则不能拒绝原假设。

ADF检验基于时间序列的一阶差分进行计算，因此其原理基于对差分后的序列进行建模和假设检验。

具体的计算方法可以用以下步骤来描述：1. 假设时间序列为y1, y2, ..., yt，其中t表示时间点。

2. 对时间序列进行一阶差分，得到yt - yt-1，表示时间序列的变化量。

3. 建立自回归模型：y2 - y1 = a0 + a1(y1 - y0) + u1其中，a0表示截距，a1表示之前变化量的影响系数，u1表示残差项。

4. 进行假设检验，检验自回归模型中残差序列是否存在单位根。

通过以上步骤，可以得到ADF检验的结果并对时间序列是否具有单位根进行检验。

如果检验结果为拒绝原假设，则可以认为序列不具有单位根，即不是随机游走过程，可以用传统的统计方法进行分析和建模。

需要注意的是，ADF检验并不适用于所有时间序列，特别是对于非平稳但具有趋势性的序列，其检验结果可能会存在较大的误判。

因此，在使用ADF检验时，需要根据具体的实际情况进行判断和选择适当的模型和方法，以提高检验结果的准确性和可靠性。

量化计算中开壳层和闭壳层以及多重度的选择

量化计算中开壳层和闭壳层以及多重度的选择闭壳层计算就是对于多重度是1的体系，此时α和β的电子数目相同，可以把α和β配对，成对的α和β使用同一个轨道，一个轨道上填充2个电子。

开壳层计算就是对α和β电子分别计算，一个轨道上只填充1个电子，一般来说，多重度是1时，开壳层计算和闭壳层计算会给出相同的结果。

限制开壳层计算是对多重度大于1的体系，此时α和β的电子数目不同，设有m个α和n个β电子，m>n，那么让前n个轨道上每个填充一个α和一个β，剩下的m-n个α电子再填充m-n个轨道。

即前n个轨道是闭的（每个轨道2个电子），后m-n个轨道是开的（每个轨道1个电子）在高斯中，以HF为例，闭、开、限制开壳层计算分别是RHF，UHF，ROHF。

如果只写HF，则按下面的方式取默认方法：对多重度是1的体系，默认为RHF，对多重度大于1的体系，默认是UHF。

总结如下图。

其中M是多重度。

此主题相关图片如下：关于自旋多重度定义: 多重度＝2S+1, S=n*1/2,n为单电子数。

所以，关键是单电子的数目是多少。

当有偶数个电子时，例如 O2，共有16个电子，那么单电子数目可能是0，即8个alpha和8个beta电子配对，对应单重态，但是也可能是有9个α电子和7个β电子，那么能成对的是7对，还剩2个α没有配对，于是n=2,对应的是多重度3。

同理还可以有多重度5，7，9， ...一般而言,是多重度低的能量低,最稳定,所以,一般来说,偶数电子的体系多重度就是1。

但是也有例外，例如O2就是一个大家都知道的例子，它的基态是三重态，其单重态反而是激发态。

所以对于未知的体系，还是算几个保险一点，看哪个能量更低。

所以，总结一下，就是电子数目是偶数，未成对电子数目n=0,2,4,6,...自旋多重度是1,3,5,7,...电子数目是奇数，未成对电子数目n=1,3,5,7,...自旋多重度是2,4,6,8,...多数情况是多重度低的能量低，有时（特别是有“磁”性的时候，例如顺磁的O2，以及Fe 啊什么的），可能会高多重度的能量低，所以需要都算算，看哪个能量更低。

ADF中文教程：如何进行开壳层片段的分析

如何进行开壳层片段的分析
默认的设置，无法进行开壳层片段的分析，例如我们要分析乙烷中两个甲基片段的相互左右，就需要如下特别的过程：
1，将乙烷分为两个区，分区的方法，参考费米科技WIKI：如何进行分区计算：QMMM、QUILD 的使用
2，用限制性开壳层方法，计算其中一个片段（删除乙烷的A甲基，保留B甲基）。

限制性开壳层计算的设置，参考费米科技WIKI：如何进行限制性开壳层（Ristricted Open Shell）计算，计算完毕之后，产生该片段的t21文件，例如名为：CH3_1.t21
3，用Restricted的方法，计算另一个片段（删除乙烷的B甲基，保留A甲基）。

计算完毕之后，产生该片段的t21文件，例如名为：CH3_2.t21
4，进行整个乙烷的计算，特殊的参数设置：
保存任务之后运行。

5，查看结果：
可以看到，片段轨道是限制性开壳层轨道，整个乙烷分子是限制性闭壳层轨道。

out文件的内容与普通的片段分析类似。

ADF中文教程：ADF参数设置详解

Total Charge：指左边窗口整个体系总共带的电量。ADF2016 以后的版本也支持将电荷指定到特定的片段上去（在 Model > Constraint DFT 中设置） Spin Polarization：设定未配对电子数。如果有一个电子没有配对（二重态）则填 1，有两个电子没有配对（三重态）则填 2，以此类推。故而奇数电子的体系，此处应填写奇数；

Solvation：考虑溶剂化效应的设置。如果要考虑溶剂化，则将 Solvation method 从 none 改为 SCRF 或者 COSMO 或 SM12 即可。其中 COSMO 和 SCRF 参考费米科技 WIKI 中“ADF 知识库” ：COSMO、SCRF 溶剂化计算。SM12 的设置类似 COSMO。
费米科技
费米科技

Frequencies：计算分子的振动性质，比如红外频率、以及热力学性质（与分子的振动有关）。详细使用参考费米科技 WIKI 中“ADF 知识库” ：如何计算分子的频率/ 红外吸收谱

Geometry Optimization：对分子进行能量最小化，也就是所谓的结构优化。自然界存在的分子，其分子结构一般而言都是处于能量的最低点（当然可能是局域最低点，也可能是全局最低点），也就是说通过结构优化，可以得到分子的真实键长、键角、几何构型。一般而言，结构优化的可靠性是很高的，即使不太精确的泛函、比较小的基组，比较低的积分精度，得到的几何结构也和精确的参数相差很小（误差仅在 0.001 埃的量级），因此一般结构优化都不需要使用很高精度的方法和基组。基态、激发态的几何结构优化，都是使用该选项，但其他参数设置有差别。典型案例参考费米科技 WIKI 中“ADF 知识库” ：如何优化分子的几何结构、如何进行三重高激发态的几何结构优化、如何计算荧光、磷光的寿命

oracleADF框架介绍

ADF是（application Development Framework）的简称，它的前身是BC4J。

光听这个名字就知道它是一个end-to-end的框架。

和SPRing一样它在企业应用架构的每一个层次都提供了它的支持。

ADF的架构如下图所示：在每一层ADF都有它的一些组件。

我这次主要想讲讲ADF的data binding，因为它隔离了业务逻辑层和web层，使得两个层次的独立性更强。

但是，ADF似乎做得过于复杂，使得很难上手使用。

ADF中要害的数据绑定概念如下：Data Control:Data Control是对业务接口的抽象，也就是说所有访问业务对象的方法现在都通过Data Control来进行，这样使得绑定层使用一种方式来访问数据，不论后台的数据对象是种实现。

可以把Data Control看做是一种代理机制。

Iterator Bindings and Control Bindings:Binding是一种轻量级的对象，它的主要目的就是让后台数据和前台显示解藕，这是老生常谈的问题，让我们看看ADF是怎么做的。

Iterator Binding 和提供集合对象数据的Data Control合作。

Control Bindings 则提供了一个标准的接口让用户界面可处理集合对象或者调用业务方法。

Binding Containers：Binding Container 对象记录了某一个用户界面使用了哪些iterator binding、control binding。

有一个xml文件记录了这些内容，在运行时就会根据这个XML来生产一个Binding Container。

Binding Context：Binding Context 则是比Binding Container更大的一个概念，它包含了所有的Binding Container以及Data Control的信息。

下面介绍一个简单的应用蓝图：点击查看大图这个应用是这样的，现在有一个论坛，在这个论坛上有一个页面用来Review 一些Threads并指定一个team回复它，这个页面叫做ReviewThreads.jsp 。

ADF文件数据结构解析和ADF文件读写

ADF⽂件数据结构解析和ADF⽂件读写包括位姿和特征点位置和描述信息。

4 2I'm starting to work with the Google Tango Tablet, hopefully to create (basic) 2D / 3D maps from scanned areas. But first I would like to read as much about the Tango (sensors / API) as I can, in order to create a plan to be as time efficient as possible.I instantly noticed the ability to learn areas, which is a very interesting concept, nevertheless I couldn't find anything about these so called Area Description Files (ADF).I know the ADF files can be geographically referenced, that they contain metadata and an unique UUID. Furthermore I know their basic functionalities, but that's about it.In some parts of the modules ADF files are referred to as 'maps', in other parts they are just called 'descriptions'.So what do these files look like? Are they already basic (GRID) (2D) maps, or are they just descriptions? I know there are people who already extracted the ADF files, so any help would be greatly appreciated!Answer:Important: Saved area descriptions do not directly record images or video of the location, but rather contain descriptions ofimages of the environment in a very compressed form. While those descriptions can’t be directly viewed as images, it is inprinciple possible to write an algorithm that can reconstruct a viewable image. Therefore, you must ask the user for permission before saving any of their learned areas to the cloud or sharing areas between users to protect the user's privacy, just as youwould treat images and video.Other than that there doesn't seem to be much info about the file internals - I use a lot of them, but I've never been compelled to look inside -curious yes, but not compelledThanks for your answer! I've seen that part on the Tango Docs, and it made me more curious. Is it possible for you to send me one of your ADF files? –Soon - right now my ADFs are in my house or places I've gotten specific permission for - I now have people who have granted me public access for the next set of milestones and those ADFs will be available - that said, unless you're where they were recorded they won't do you much good, save in the attempt to reverse engineer the file format. And that might make Google frown, but it's your call.And if this answer helped, could you mark it answered ? Thanks –I got the ADF file, basically coded binaries and seems difficult to decode.我得到了ADF⽂件，基本上是编码⼆进制⽂件，似乎难以解码。

ADF2009培训讲义-3

附录II：操作指南Tutorial1:乙烯的激发能量1、构建乙烯分子，并对构型做初步优化；2、填写Title，选择预置方案“Geometry Optimization”，其它参数不变；保存，运行；3、新建文档，从上一步的t21文件中导入原子坐标；4、在‘Main Option’里填写Title，选择预置方案“Single Point”；5、在‘Excitations,CD’选择激发类型为“Singlet and Triplet”，其它参数不变；保存，运行；6、打开ADFlevels，观察HOMO和LUMO轨道；在ADFspectra里观察激发谱，以及跃迁发生于哪两个轨道之间；7、转到ADFview，打开t41文件，添加等势面，从Transition Density选择1B3U Fitdensity，修改等势面值为0.003；8、转到ADFbob，点击菜单'Response Properties'->'Excitations Energies (Davidson)'，浏览数据；Tutorial2:乙醇分子的构型优化1、启动ADFjobs，建立一个文件夹，然后启动ADFinput；2、构建乙醇分子C2H5OH，并做初步的构型优化；3、鼠标控制如下：选择左键单击旋转左键拖动在当前平面旋转Ctr-左键拖动平移Alt-左键拖动，或者中键拖动选区Shift-左键拖动快捷菜单右键单击放大/缩小右键拖动(鼠标放在所选原子上拖动，平移和旋转只针对所选原子) 4、常用快捷键：选择所有原子Ctr-a选择原子所在的整个分子Ctr-m选择与所选原子相连的原子Ctr-d删除所选原子Del或者Backspace取消上一步操作Ctr-z5、改变某个原子的种类：先选择元素工具，然后双击目标原子；6、改变某个键的种类：先选择键，然后用修改工具更改；7、根据个人习惯定义元素的颜色，并保存为默认设置；8、修改结构参数：键长、键角以及二面角；利用Coordinates面板直接修改原子坐标；9、准备优化构型：选择预设的“Geometry Optimization”；10、选择SCF后的XC方式为“LDA+GGA+METAGGA”；为了缩短演示时间，修改基组为“SZ”，积分精度为“3.0”；11、保存，运行；12、计算结束后用ADFBob观察数据，用ADFMovie观察优化过程，用ADFlevels观察能级；13、用ADFview观察轨道和等势面；Tutorial3:乙烷分子的振动频率1、启动ADFjobs，新建文件夹，转到ADFinput；2、构建乙烷分子，并优化构型；3、新建文档，从上一步计算的t21文件中导入优化好的分子构型；4、选择预置方案'Frequencies'，其它参数不变，保存，运行；5、转到ADFspectra，观察所得IR谱图，以及某个频率所对应的振动模式；导出谱图数据为x-y格式；Tutorial4：构建分子的技巧a)基本操作a1、打开ADFinput，显示坐标轴，先画一个甲烷分子；a2、从Structure Tool中选择“Alkyl Chains/Methyl”，替换图中某一个氢原子（双击），得到乙烷分子；a3、选择O，替换图中某一个氢原子；接着从Structure Tool中选择乙基，点在氧原子附近，此时其中CH2上的碳原子会处于被选择状态；a4、Shift-单击氧原子将其也选上，Ctr-l成键并预优化，得到乙醚分子；b)构建肽链b1、删除全部原子；从Structure Tool中选择“Amino Acids/AA Backbone”，画一个短肽链；b2、按空格键，选择上次用的工具（AA Backbone），延长肽链；Reset View；c)构建配合物c1、删除全部原子；从Structure Tool中选择“Metal Complexs/ML6 Octahedral”，画一个六配位的正八面体；c2、右键选择图中所有六个虚原子(Xx)，右键添加配体“Ligands/CN”，将虚原子全部替换；d)构建多齿配合物d1、删除全部原子；放置一个Fe原子，从Structure Tool中选择“Ligands/Bidentates/Ethylenediamine”，双击Fe原子，构建双齿配位；d2、按空格键，选择上次用的工具，双击Fe原子，构建四齿配位；d3、调整两个平面的角度：依次从图中选择两个N原子、Fe原子、另两个N原子，分别修改为0度、60度、90度，观察效果；e)预定义茂环配体e1、删除全部原子；设置视角为“Along Z-axes”，从Structure Tool中选择咪唑环贴上，将其改为茂环；e2、在环中间添加一个虚原子(Xx)，分别与5个C原子分别连接成键，然后修改虚原子的坐标使其离茂环平面约2埃；H-C-Xx x e3、利用点群工具定义体系对称性为C5v，选择虚原子定义C5轴，选择H-C-X 三个原子定义垂直对称面，点击Symmetrize使体系对称；e4、设置虚原子为原点，保存.adf文件并复制到$SCM_STRUCTURES所在的目录下；关闭ADFinput然后重新打开，调用茂环构建二茂铁；(如果预定义结构中定义的连接原子是虚原子，当双击图中原子时将用现有原子替换虚原子；)Tutorial5：TlH自旋轨道耦合1、构建TlH分子，设定键长为1.87埃(实验值)；2、设定体系对称性为“Clin”(C∞v)，同时选定两个原子设为“C axes”，点击Symmertrize调整坐标；3、同时选定两个原子，右键菜单“New Fragment...”，输入碎片名称为“TlH_SR”;4、在‘Main Options’面板设置参数如下：Preset:'FragmentAnalysis'XC potential in SCF:'GGA-BP'Relativity:'Spin-Orbit'Basis set:'TZ2P'Core Type:'None'5、保存后点击“Preset”右侧的“...”打开“Task:FragmentAnalysis”面板，点击“Open”检查计算碎片时的参数；6、刚才保存的时候生成两个.run文件；点击菜单运行，将会先后出现两个“logfile”窗口；7、转到ADFlevels，观察纵坐标(-0.7,-0.5)范围内的耦合情况，然后再打开“TlH_SO.TlH_SR.t21”观察(HOMO-4,LUMO+4)范围；8、转到ADFview，设置Grid为Fine，添加“Spinor:spin magnetization density”，观察轨道“SCF_J1/2:122:1.0”；9、添加“Isosurface:Double”，观察轨道“SCF_J1/2:118:1.0”；同时也观察这个轨道的旋量(Spinor)；Tutorial6:1、启动ADFjobs，新建文件夹，启动BANDinput；2、在设置面板里选择“Coordinates”，将periodicity设置为“Bulk”；3、取消多晶格视图；4、设置三个向量，分别为(0,2.75,2.75),(2.75,0,2.75),(2.75,2.75,0)；5、添加一个Na原子，并将其置于原点处；6、添加一个Cl原子，将其座标改为(2.75,2.75,2.75)；7、修改Cl原子的颜色，打开多晶格视图；8、填写Title，保存，运行；9、打开Band Structure观察计算结果；10、打开ADFview，观察轨道和形变密度(deformation density)；11、打开ADFbob，检查Hirshfeld电荷；Tutorial7：a1、新建文档，选择“Coordinates”面板，设置编辑模式为Builder；a2、设置Bravais lattice为“Soldium Chloride”，元素分别为Na和Cl，晶格参数为5.64，构建晶体；观察原子坐标；b1、设置periodicity为“Slab”，进入Builder模式；b2、设置Bravais lattice为“Face-Centered Cubic”，元素为Cu，晶格参数3.61，Miller indices为(1,1,1)，厚度为3；b3、构建晶体，观察原子坐标，取消透视后分别从三个轴向观察体系结构；b4、在Super cell栏选择预置参数“sqrt(3)×sqrt(3)”，重新构建晶体，分别从三个轴向观察体系；Tutorial8:碎片分析a1、构建Ni(CO)4，并作构型优化；a2、新建文档，导入优化后的构型，将Ni原子和四个CO分别定义成碎片，选择预置方案“Fragment Analysis”；保存，运行；a3、打开ADFlevels检查碎片之间的轨道相互作用；b1、构建PtCl4H2(2-)，并作构型优化；在“main options”设置计算参数如下，然后保存，运行；Preset:'Geometry Optimization'Total charge:-2Relativity:Scalarb2、删掉当前图中分子，导入优化好的构型，分别定义PtCl4和H2为碎片，并在“Task:FragmentAnalysis”的选项中设置PtCl4的电荷为-2；b3、预置方案改为“Fragment Analysis”；另存，运行；b4、打开ADFlevels检查碎片之间的轨道相互作用；为了计算H2片段时未曾考虑体系所带负电荷，需要将H2的能级整体上调0.28(hatree)；附录III：ADF远程提交任务的配置ADF支持Client-Server模式，可以在本地widows上建模，然后通过ssh连接提交到远程Linux 服务器上进行计算。

ADF教程：自洽迭代过程不收敛

SCF过程不收敛-ADFSCF过程不收敛的情况常见于过渡金属开壳层体系、石墨烯分子。

在ADF中，这些问题，都能得到解决。

当然对问题的判断需要较为丰富的理论经验和化学直观经验，很难一一尽述。

但在这里，可以大致将常见的SCF不收敛的判断和解决方式，列举出来：（1）HOMO-LUMO较为接近（0.2Hatree以内），可能造成HOMO-LUMO的震荡。

解决办法：Details — SCF Convergence Details设置level shift到一个较大数值，例如0.5（Hartree），这个数值本身不影响结构，所以大小关系不大，能收敛即可。

对于这种情况，尤其是石墨烯体系，经常将泛函改为B3LYP等杂化泛函，HOMO-LUMO间隙会扩大，收敛问题就会消失。

这种情况不适于激发态的计算。

（2）占据方式不确定。

这种情况仅仅对于有对称性的体系有效。

用户自己通过查看HOMO附近的每个不可约表示的最高占据轨道和最低空轨道的电子分布方式，根据化学直观，确认正确占据方式，然后通过指定占据解决问题。

使用方式：对于小分子，可以直接使用Model — Spin and Occupation — Run ADF Guess得到不可约表示的列表，并给出一个参考初始猜测，用户根据上述方式猜测可能的正确占据，并依照这样的占据方式去计算，或对比不同的占据方式的计算结果，去选择需要的那个结果。

定义好占据方式只会，不收敛的情况往往也会消失。

（3）从logfile来看，某个SCF步之后，震荡变得非常剧烈，那么这个时候，可以尝试Details — SCF Convergence Details — Freeze Orbital From Cycle，输入变得震荡剧烈之前的SCF步数。

（4）非常难以收敛的体系，选择Details — SCF — Converge Method — ARH。

adfs 编辑声明规则

adfs 编辑声明规则ADFS（Active Directory Federation Services）是一种基于标准的身份验证和授权解决方案，它可以帮助组织在不同的安全边界之间共享身份验证信息。

在ADFS中，声明规则是一种用于定义用户属性和身份验证要求的规则。

在本文中，我们将探讨如何使用ADFS编辑声明规则。

我们需要了解声明规则的基本概念。

声明规则是一种用于定义用户属性和身份验证要求的规则。

它们可以用于控制用户访问资源的方式，例如，限制用户访问某些资源或允许用户访问其他资源。

声明规则可以基于用户的属性、组成员身份、设备信息等因素进行定义。

在ADFS中，声明规则可以通过以下步骤进行编辑：1. 打开ADFS管理控制台并选择“声明转换规则”。

2. 选择“添加规则”以创建新的声明规则。

3. 选择要使用的声明规则模板。

ADFS提供了多种声明规则模板，例如，基于组成员身份的规则、基于设备信息的规则等。

4. 编辑声明规则。

在编辑声明规则时，我们可以使用各种条件和操作符来定义规则。

例如，我们可以使用“IF”条件来定义规则的前提条件，使用“AND”和“OR”操作符来组合多个条件，使用“SET”操作符来设置用户属性等。

5. 测试声明规则。

在编辑声明规则后，我们可以使用ADFS提供的测试工具来测试规则的有效性。

测试工具可以模拟用户身份验证请求并显示规则的结果。

6. 保存声明规则。

在测试声明规则后，我们可以将规则保存到ADFS中以便后续使用。

声明规则是ADFS中非常重要的一部分，它们可以帮助组织控制用户访问资源的方式。

通过使用ADFS提供的声明规则编辑工具，我们可以轻松地创建和编辑声明规则，并测试它们的有效性。

因此，了解如何使用ADFS编辑声明规则是非常重要的。

ADF教程：如何通过计算拉普拉斯电子密度区分共价键和离子键

ADF教程：如何通过计算拉普拉斯电子密度区分共价键和离子键基础理论AIM理论中的键临界点(BCP)出现在相邻的相互作用的原子之间，这个点一般被认为是描述相应两个原子相互作用的最关键的点，这个点的性质（密度、能量密度、动能密度、源函数等）常被用来讨论成键特征。

有一个流行的通过AIM理论判断两个原子间相互作用类型的方法，也就是看这两个原子间的键临界点(BCP)的电子密度拉普拉斯值的符号。

如果符号为负，就被认为是共价作用，其理由是共价相互作用的原子间由于共享电子对儿，会造成电子密度在成键区域聚集；如果符号为正，就被认为是闭壳层相互作用，比如离子键、氢键、卤键、二氢键、pi-pi堆积之类，这些相互作用本质是静电或范德华作用，不是靠共享电子对儿实现的，因此成键区域没有电子密度的聚集，BCP处拉普拉斯值被顺着键径的方向上的电子密度的正曲率所主导而成为正值。

（注：闭壳层相互作用是相对于开壳层相互作用而言的。

开壳层相互作用其实就是共价相互作用，一般是成键的两个原子各提供一个自旋相反的单电子构成共享电子对儿，就像两个自由基的结合。

虽然配位键算是其中一方提供共享电子对儿，形式上看似是两个闭壳层体系间发生的作用，但实际效果上属于极性共价键，所以不归在闭壳层相互作用范畴）这种判断相互作用的方式很多情况确实管用。

乙炔的电子密度拉普拉斯值等值线图如下所示，棕点代表核临界点(NCP)，蓝点代表BCP。

实线和虚线分别代表拉普拉斯值为正和为负的区域，很清晰地表现出电子密度在哪里聚集。

C-C以及C-H之间BCP点落在虚线范围内，故BCP处拉普拉斯值为负，正确地表现了这两种键都是共价键。

以苯为例进行说明：参数设置结果查看点击Add > Cut plane: Colored > Select Field > Properties > Density > SCF Laplacian，之后程序开始计算拉普拉斯电子密度并显示。

arcgisadf+案例

ArcGIS Server Java ADF 案例教程 1前言如果你开始学ArcGIS Server Java ADF，你会在第一时间发现相关资料的缺乏。

手上最靠谱的资料就是自带的Help文件，可是当你虔诚地点开“Open Java Help”以后一看，章节倒是不少，可是每一篇都是那么出人意料的短小精悍——这可不是因为英文比较精炼的缘故。

好吧，吐血之余如果你能通过Google 在浩瀚的互联网挖掘一下，你应该会如获至宝地发现前辈高人CJ的Java ADF教程，恭喜你，你基本已经找到中文Java ADF开发资料大约一半的内容了。

相比 .Net ADF的开发资料，你不禁会发出一声感慨：“真是穷的穷死，富的富死啊！”。

唉，不用多抱怨这个社会的不公了，想想CJ写那篇教程（2007.8左右）之前的岁月，想想那个时候受苦受难的弟兄们，现在好歹算是解放了吧。

转眼解放也快2年了，Java ADF的资料还是一如既往的少——同时，ArcGIS Server已经从9.2更新到了9.3，CJ的教程是基于9.2的，有一些内容已经和9.3对不上了——这些都成为了我写这篇教程的原因之一。

在我学习Java ADF的时候，非常幸运有一个ADF高手同事在我边上充当我的活字典（在这里我向他表示万分感谢）。

由于我有问题马上能够得到解答，还能举一反三，这让我摸索的这个过程变得比较愉快。

在我上学的时候就不喜欢看那些可以充当手册的教材，而是比较喜欢听谁来给我把知识像故事一样地娓娓道来——至今我还非常想念当年在实验室的一个师兄，感谢他在带我入门GIS世界时候的循循善诱和耐心教导，顺便也遥祝他在新加坡的学习生活愉快。

希望这篇教程也能给你带来类似的感觉！ArcGIS Server Java ADF 案例教程 2ADF为什么选择JSF为什么ESRI会选择JSF作为ArcGIS Java ADF的基础框架，想来你也不会很关心，因为这已经是一个既成事实了（说这句话的时候我感觉很对不起我这个小标题）。

ADF的使用

几点注意
跟gaussian不同，空行不是必要的，只是我的个人习惯， ADF examples里面的例子都是没有空行的
跟gaussian不同，关键字顺序大多数情况下没有要求，所以基组放在方法后面，电荷放在对称前后都没影响。
某些语句在win下和在unix下是不一样的，比如需要用到 A.t21文件里面的a碎片时引用t21文件的命令。
Output文件
由于提供的信息量非常之大，类似于gaussian的 log文件；将演示一下如何提取常用的电荷；能级信息；优化最终构型；最终能量。在output文件提取信息推荐最好的方法是使用ADF output打开out文件，然后在菜单栏中选择自己需要的信息，光标就会自动跳转，再进行选取复制等。有些特殊数据只需要某几列可以使用Editplus打开搜索相关关键字进行列选择。
• 所以需要注意按照 example来练习adf最好在unix系统下，否则会出现如上错误。
上一个任务创建了bulk.t21文件使用adf中的green程序计算
没有原子部分，通过算前面的bulk.t21文件得到结果。类似于后gaussian 的chk文件后处理
可以看到这里没有任何原子坐标的信息，而通过ADF input来生成run文件的时候是必须要有原子才能编辑的。所以如果要用这个green 程序来算传输性质，就必须懂得这些关键字及其意义。
三个green程序，分别计算了bulk.t21文件中的三个碎片；其中第三个计算了态密度DOS和传输性质。
对传输性质有兴趣的同学可以参见ADF user guild 和ADF Examples中的Transport properties 章节。里面有详细的原理介绍（会有一个免费下载的199页文档）和操作步骤及相关说明。