NCBI站点的一般介绍及其它资源库的介绍.pptx
NCBI [恢复]
![NCBI [恢复]](https://img.taocdn.com/s3/m/77b91f53c850ad02de804134.png)
完成情况
2.前身是NIH所属的一个研究所的计算生 物学研究室,1988年独立为NCBI,形式上 属于国家医学图书馆(National Library of Medicine/NLM)
LOGO
2017/4/3
基本研究：
使命： 1.建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学 知识的存储和分析的自动系统 。 2.实行关于用于分析生物学重要分子和复合物 的结构和功能的基于计算机的信息处理的 ，先进方法的研究 。 3.加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据 库和软件的使用。 4.全世界范围内的生物技术信息收集的合作努 力。
2017/4/3
P 脯 (proline) 谷氨酰胺(glutamine) Q R 精 (arginine) S 丝 (serine) T 苏 (threonine) U 硒代半胱(selenocysteine) V 缬(valine) W 色 (tryptophan) Y 酪 (tyrosine) Z E或Q X 任何氨基 (any) * 翻译终止(translation stop) – 不确定长度间隔
2017/4/3 文本
依据Ph1染色体和bcr/abl融合基因，可将 CML分为3类 第1类为Ph1阳性和bcr/abl阳性，其临床 表现为外周血象白细胞升高，以骨髓粒细胞 极度增生为主 第2类为Ph1阴性而bcr/abl阳性，这是一 组异质性疾病，实际上属于Ph1阳性的CML 范畴 第3类为Ph1和bcr/abl均阴性。前两者具 有相同的临床表现和血液学特征，为典型的 CML，后者为非典型CML。正确区分对临 床治疗判定有一定的指导作用。
NCBI使用教程PPT
如：输入stem[ti] AND neuroscience Details显示：
(stem[ti] AND ("neurosciences"[MeSH Terms] OR neuroscience[Text Word]))
截词检索：treat* 强迫短语检索：“brca 1”（不再 自动转换匹配和扩展检索）
数据收录
MEDLINE 4300余种生物医学期刊，内容涉及医学、 护理、牙科、兽医、健康保健系统、前 临床医学等学科。这些期刊来源于美国 和世界上70多个国家和地区。 文献量达1千1百万条记录，并回溯到 1966年。 [indexed for MEDLIEN]
In process citation 提供MEDLINE尚未经规范处理的数 据。 获MeSH词后，再加入MEDLINE。 记录中[in process]的标记。
自动扩展检索 系统自动对主题词、副主题词进行 扩展检索，如： 输入“hypertension therapy,系统自 动将高血压的药物治疗、饮食疗 法，
三.PubMed的辅助检索功能
Limits（检索限制选择） 字段限制：著者、刊名、篇名、滤过（filter原 文收藏处）等 数据输入时间：默认检索可回溯到1966年， 限制选择30天-10年 7种文献类型限制： 7种语种： 12种子文档：(01年新增2种Space Life Sciences and Bioethics ）
期刊数据库 （Journal database）:
通过输入刊名、缩写名、等浏览期刊文 献。 提供电子原文的超链键。
临床问题 （Clinical Queri献，主要涉及治疗、诊断、病因、和 预后四个分类，并提供强调选择，即敏 感度（强调查全）或专指度（强调查 准）。
NCBI各数据库简介
NCBI各数据库简介本篇文献转自以下网址：/experiment/fenzi/237847.html随着ncbi数据库各种资源的涌现，NCBI已经成为科研工作者必不可少的工具了。
那么各位小伙伴们，你能说出NCBI有多少数据库吗？有哪些实用的工具吗？不知道的就进来看看吧！美国国立生物技术信息中心(National Center for BiotechnologyInformation)，即我们所熟知的NCBI是由美国国立卫生研究院(NIH)于1988年创办。
创办NCBI的初衷是为了给分子生物学家提供一个信息储存和处理的系统。
除了建有GenBank核酸序列数据库(该数据库的数据资源来自全球几大DNA数据库，其中包括日本DNA数据库DDBJ、欧洲分子生物学实验室数据库EMBL以及其它几个知名科研机构)之外，NCBI还可以提供众多功能强大的数据检索与分析工具。
目前，NCBI提供的资源有Entrez、Entrez Programming Utilities、MyNCBI、PubMed、PubMed Central、EntrezGene、NCBI Taxonomy Browser、BLAST、BLAST Link (BLink)、ElectronicPCR等共计36种功能。
而且都可以在NCBI的主页上找到相应链接，其中多半是由BLAST功能发展而来的。
1NCBI数据库更新进展1.1 PubMed搜索功能的增强NCBI对PubMed进行了几项改进工作，改动最大的是搜索界面和摘要浏览界面。
其中，搜索界面中新增了“Advanced Search”选项(这实际上是对以往“Limits”和“Preview/Index”功能的整合)，并且增加了一个新的窗口，用户可以在此窗口下通过“论文作者名”、“论文所属杂志名称”、“论文出版日期”等限定条件进行搜索。
而且，“论文作者名”和“论文所属杂志名称”还设有文本框自动填充功能。
NCBI资源介绍及使用手册
NCBI资源介绍及使用手册NCBI 资源介绍本文目录：NCBI(美国国立生物技术信息中心) 简介NCBI 站点地图NCBI癌症基因组研究NCBI－Coffee BreakNCBI－基因和疾病NCBI－UniGeneCluster of Orthologous Groups of proteins（COG）介绍Gene Expression Omnibus （GEO）介绍LocusLink介绍关于RefSeq：NCBI参考序列NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介介绍理解自然无声但精妙的关于生命细胞的语言是现代分子生物学的要求。
通过只有四个字母来代表DNA化学亚基的字母表，出现了生命过程的语法，其最复杂形式就是人类。
阐明和使用这些字母来组成新的“单词和短语”是分子生物学领域的中心焦点。
数目巨大的分子数据和这些数据的隐秘而精细的模式使得计算机化的数据库和分析方法成为绝对的必须。
挑战在于发现新的手段去处理这些数据的容量和复杂性，并且为研究人员提供更好的便利来获得分析和计算的工具，以便推动对我们遗传之物和其在健康和疾病中角色的理解。
国立中心的建立后来的参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。
NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。
NCBI的任务是发展新的信息学技术来帮助对那些控制健康和疾病的基本分子和遗传过程的理解。
它的使命包括四项任务：建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。
NCBI功能详介
NCBI功能详介NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库之一，也是生物医学研究领域最重要的资源之一、NCBI提供了广泛的生物学和医学数据库和工具，以帮助科学家们进行基因组学、蛋白质学、遗传学、药物研发等方面的研究。
NCBI的主要功能包括：1. PubMed：NCBI的PubMed是最大的生物医学文献数据库。
它收录了全球范围内的生物医学文献，并提供了非常强大的功能，以帮助科学家们找到自己感兴趣的论文。
3. BLAST：BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是NCBI 提供的一种重要的生物信息学工具。
它可以用来比对生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列），以找到相似的序列或已知的序列。
BLAST对生物学研究非常重要，可以用于序列比对、功能注释、物种分类等各种应用。
4. Entrez数据库：Entrez是NCBI提供的一种综合性数据库工具，可以用来访问和多个数据库，如PubMed、GenBank、Protein、Nucleotide等。
用户可以使用Entrez来查找和获取各种类型的生物学数据，如文献、序列、蛋白质结构等。
5. PubChem：PubChem是一个提供生物化学信息的数据库，包含大量的有关化合物的实验数据、化学结构、药物作用等信息。
它可以帮助研究人员进行药物发现、化合物筛选和毒性评估等方面的研究。
6. dbSNP：DBSNP（Single Nucleotide Polymorphism Database）是一个用于存储和查询单核苷酸多态性数据的数据库。
它收集了全球范围内各种不同物种的单核苷酸变异信息，包括单核苷酸变异的位点、变异类型、频率等。
7. GEO：GEO（Gene Expression Omnibus）是一个用于存储和共享基因表达数据的数据库。
NCBI站点的一般介绍及其它资源库的介绍共46页PPT
15、机会是不守纪律的。——雨果
46、我们若已接受最坏的，就再没有什么损失。——卡耐基 47、书到用时方恨少、事非经过不知难。——陆游 48、书籍把我们引入最美好的社会，使我们认识各个时代的伟大智者。——史美尔斯 49、熟读唐诗三百首，不会作诗也会吟。——孙洙 50、谁和我一样用功，谁就会和我一样成功。——莫扎特
NCBI站点的一般介绍及其它 资源库的介绍
11、战争满足了，或曾经满足过人的 好斗的 本能， 但它同 时还满 足了人 对掠夺 ，破坏 以及残 酷的纪 律和专 制力的 欲望。 ——查·埃利奥 特 12、不应把纪律仅仅看成教育的手段 。纪律 是教育 过程的 结果， 首先是 学生集 体表现 在一切 生活领 域—— 生产、 日常生 活、学 校、文 化等领 域中努 力的结 果。— —马卡 连柯(名 言网)
NCBI序列数据库概述
4
RefSeq (reference sequence)：GenBank中的数据是由用户提交数据构成，具有较高的冗余度和差错率， 为更好的实现特征序列的查询，NCBI在GenBank数据基础上针对每个基因不同的数据类型提取一个 可靠地注释条目作为参考条目，组成RefSeq。
6
3.Genome • NCBI收录了超过1000种已经完成测序的生物体全部基因组序列和定位数据，及正在进行测序的物种
阶段性发布的基因组信息。 • Genome涉及的物种涉及所有的生物领域：细菌、古细菌、真核生物，以及许多病毒、噬菌体、类
病毒、质粒和含遗传物质的细胞器。
7
4.蛋白质数据库 • NCBI Protein数据库收录来源于GenPept、RefSeq、Swiss-Prot、PIR、PRF及PDB等蛋白质数据资源的蛋
2
二、NCBI中的重要子库
NCBI收录的生物数据依据不同的类别、层次、存储质量和应用特征等划分为众多相对独立，而又交叉 引用的子库
• 1.GenBank与RefSeq • 2.Gene • 3.Genome • 4.蛋白质数据库 • 5.遗传多态数据库 • 6.BioProject • 7.其他
3
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7.其他
• GEO（Gene Expression Omnibus）接受和管理各研究机构提交的基因芯片或测序技获得的不同生 理、病理状态个体或细胞系基因（包括非编码基因）表达数据。
• Epigenomics：是一个表观基因组数据查询和浏览相结合的数据库。提供DNA甲基化、组蛋白修饰等 表观遗传学数据集下载、基因序列、表观遗传状态的定位比较和可视化等。
NCBI数据库及其应用精品PPT课件
NCBI数据库检索
1. ENTREZ高级检索系统：
在检索框中输入检索词，检索词间默认 逻辑关系为AND
还可用来检索核酸与蛋白质序列、 MEDLINE相关文献或专利（PubMed）、 基 因组及MMDB分子结构模型库信息。
• 显示格式 ：
Summary Report格式 GenBank Report格式 FASTA Report格式
★2210130101------刘思远 ★2210130102------肖泽友 ★2210130103------江宜铮
NCBI分子生物学数据库 http://
美国国立医学图书馆（NLM）于1988 年11月4日建立国家生物技术信息中心 （National Center of Biotechnology Information,简称NCBI）。
Sequin:
可供MAC、PC\Windows、UNIX 用户使用的递交软件，可输入有关 数据的详细资料。
三、检索途径与方法
• 基本检索 - Basic Search
• 高级检索 - Advanced Search
•
(preview/index)
• 限定检索 - Limits Search
• 期刊检索 – Journal Databases
• 显示格式选择 Display旁的下拉菜单，选择记录格式： summary默认、brief、Abstract、Citation、 ASN.1、MEDLINE、XML等格式 • 纯文本格式 Sent to-Text
2、排序
无序（Sort） 著者（Author） 刊名（Journal） 出版日期（Pub Date）
• 主题词检索 - MeSH Databases
生物信息学 NCBI数据库PPT
线虫 ACeDB, Sanger 果蝇 FlyBase, Berkeley 小鼠 MGD, Japan
酵母 Stanford, MIPS
大肠杆菌 WISC
DNA结构数据库
CUTG (Codon Usage Tabulated from GenBank, 密码子使用频度表) [日]
EPD (Eukaryotic Promotor Database, 真核生物启动子数据库) [欧]
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2、我 的 实 验 室
简单重复序列
简单重复序列(Simple Sequence Repeats， SSRs)也称微卫星序列(Microsatellites)或短串联 重复序列(Short Tandem Repeats，STRs)，是由 1-6个碱基对组成的串联重复DNA片段。SSRs在 真核和原核生物的基因组中分布广泛、数量丰富, 并具有较高的突变频率。
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NCBI数据库
1、国外的重要生物信息中心 2、NCBI介绍
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1、国外重要生物信息中心
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NCBI
• 美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)
• 前身是NIH所属的一个研究所的计算生物学 研究室,1988年独立为NCBI,形式上属于国家 医学图书馆(National Library of Medicine/NLM)
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DDBJ homepage
22
22
国际核苷酸序列数据库联盟
• International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)包括
– GenBank
NCBI的数据库资源及其应用
NCBI的数据库资源及其应用随着生物技术的飞速发展，生物信息学已经成为当今科学研究的重要领域之一。
NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）作为世界领先的生物信息学机构之一，为广大科研人员提供了海量的生物信息学数据库资源。
本文将深入探讨NCBI的数据库资源及其在教育、科研和临床诊断等领域的应用。
NCBI拥有多种类型的数据库资源，包括核酸数据库、蛋白质数据库以及其他功能数据库等。
其中，最为著名的是GenBank核酸数据库，该数据库包含了全球范围内最新、最全面的核酸序列信息。
NCBI还拥有UniProte同心圆蛋白质数据库，这是全球最大的蛋白质序列数据库之一。
除此之外，NCBI还提供了一系列的实用工具和在线分析软件，帮助科研人员更好地处理和解析这些生物信息学数据。
在教育领域，NCBI的数据库资源发挥着重要的作用。
学生和教师可以通过NCBI的数据资源了解最新的生物医学研究成果，学习和研究生物信息的获取、处理和分析。
例如，学生可以使用NCBI的序列检索工具BLAST来查找特定的序列，并使用在线工具进行生物信息学分析。
在科研领域，NCBI的数据库资源为研究者提供了强有力的支持。
科研人员可以利用NCBI的数据资源进行基因组学、蛋白质组学、代谢组学等方面的研究。
例如，科学家可以使用GenBank数据库查找某种特定基因的序列，利用BLAST工具进行序列比对，进而研究物种间的亲缘关系和进化历程。
在临床诊断领域，NCBI的数据库资源同样具有广泛的应用价值。
医生可以利用NCBI的数据库资源进行病原菌检测、疾病诊断和治疗等方面的研究。
例如，医生可以通过访问GenBank数据库，查找导致疾病发生的病原菌基因序列，进而通过序列比对确定病原菌的种类和变异情况，为制定治疗方案提供依据。
NCBI的数据库资源在教育、科研和临床诊断等领域均发挥着重要作用。
生物数据库介绍——NCBI
⽣物数据库介绍——NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家⽣物技术信息中⼼）除了维护GenBank核酸序列数据库外，还提供数据分析和检索资源。
NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed Central、PubReader、Gene、the NCBI Taxonomy Browser、BLAST、Pimer-Blast、COBALT、RefSeq、UniGene、HomoloGene、ProtEST、dbMHC、dbSNP、dbVar、Epigenomics、the Genetic Testing Registry、Genome和相关⼯具、⽐对查看器、跟踪存档、Sequence Read Archive、BioProject、BioSample、ClinVar、MedGen、HIV-1/⼈类蛋⽩质相互作⽤数据库、Gene Expression Omnibus、Probe、Online Mendelian Inheritance in Animals、the Molecular Modeling Database、the Conserved Domain Database、the Conserved Domain Architecture Retrieval Tool、Biosystem、Protein Clusters and thePubChem suite of small molecule databases，所有这些资源可以在NCBI主页找到。
Databases⼀个提供有关基因组组装结构，装配名称和其他元数据，统计报告以及基因组序列数据链接等信息的数据库。
⼀个有关培养物、动植物样本和其他⾃然样本的精选元数据集。
记录显⽰样本状态，有关馆藏的机构的信息，以及NCBI中相关数据链接。
NCBI检索方法-精品课件
。2021年7月8日星期四下午10时28分41秒22:28:4121.7.8
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T H E E N D 15、会当凌绝顶，一览众山小。2021年7月下午10时28分21.7.822:28July 8, 2021
16、如果一个人不知道他要驶向哪头，那么任何风都不是顺风。2021年7月8日星期四10时28分41秒22:28:418 July 2021
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11、一个好的教师，是一个懂得心理 学和教 育学的 人。21.7.822:28:4122:28Jul-218-Jul- 21
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12、要记住，你不仅是教课的教师， 也是学 生的教 育者， 生活的 导师和 道德的 引路人 。22:28:4122:28:4122:28Thur sday, July 08, 2021
专家库 相关信息准确且全面
• 9、春去春又回，新桃换旧符。在那桃花盛开的地方，在这醉人芬芳的季节，愿你生活像春天一样阳光，心情像桃花一样美丽，日子像桃子一样甜蜜。21. 7.821.7.8Thursday, July 08, 2021
• 10、人的志向通常和他们的能力成正比例。22:28:4122:28:4122:287/8/2021 10:28:41 PM
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5、You have to believe in yourself. That's the secret of success. ----Charles Chaplin人必须相信自己，这是成功的秘诀。-Thursday, June 17, 2021June 21Thursday, June 17, 20216/17/2021
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15、一年之计，莫如树谷；十年之计 ，莫如 树木； 终身之 计，莫 如树人 。2021年7月下 午10时 28分21.7.822:28Jul y 8, 2021
NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构（上篇）
NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构（上篇）NCBI，The National（美国国家）Center for Biotechnology （生物技术） Information）旨在通过提供biomedical（生物医学）和genomic（基因组）信息供访问来推进科学和健康事业。
这是网站首页正中的介绍，短短的一句话表明网站的资源包含两大部分，biomedical和genomic。
最先能看到的网站中的概括性介绍就是关于NCBI页面，点进去后可以看到。
1我们的使命一般介绍理解大自然静默而优雅的语言，生物细胞的语言，是现代分子（molecular）生物学的追求。
从代表DNA的化学亚基（subunits）的4种字母，呈现出了生命的过程的语法，复杂至人。
这些『字母』的解开和用来形成新『单字和短语』正是分子生物学领域的核心焦点。
分子数据的惊人体量和它们神秘而微妙的模式（cryptic and subtle patterns），使得对计算机数据库（computerized databases）和计算机分析工具的需求成为必然。
我们面临的挑战在于发现新的处理数据的量和复杂度的新方式，在于提供给研究者们分析和计算工具更好的访问性，以此来推动我们对基因的遗传（genetic legacy）的理解，对它在健康和疾病中起作用的理解。
创建NCBI已故的Claude Pepper参议员认识到计算机信息处理方法对于生物医学研究开展的重要性，在1988年11月4日提案，建立National Center for Biotechnology Information（国家生物技术信息中心），作为在National Institutes of Health（国立卫生研究院）中的National Library of Medicine（国家医学图书馆）的一个部门。
国家医学图书馆因为在创建和维护生物医学数据库方面的经验被选中，并且因为属于国立卫生研究院，可以在计算分子生物学领域建立一个院内研究计划。
NCBI数据库的使用与功能介绍(教学课件)
利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter
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如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列
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mRNA序列：
蛋白序列：
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已知一基因序列：
CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCA AGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATG GCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTT GGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAG ATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTT TCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTT TGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACC AACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCG TGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC
NCBI首先创建GenBank数据库，在重点开发 GenBank的同时，又于1991年开发了Entrez 数据库检 索系统。该系统整合了GenBank、EMBL、PIR和 SWISS-PROT等数据库的序列信息以及MEDLINE有 关序列的文献信息，并通过相关链接，将他们有机地 结合在一起。
4
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以IL6基因为例：
1、这是哪个基因？ 2、编码的蛋白质 序列是怎么样的? 3、有没有保守的功能结构域？ 4、它的功能是怎样的？ 5、有没有三级结构？
NCBI所有数据库简介
美国国家生物技术信息中心(National Center of Biotechnology Information)唐志立它的使命包括四项任务：1. 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统2. 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究3. 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。
山东师范大学2016年4月10日星期日30则留学生经典笑话，英语不好伤不起！凭你在国内口语练得多么娴熟，去了国外，照样有犯痴呆傻的时候！1、有次房东问我：did u eat anyting yet? 我说：no.她听后重复了一遍：so u didn’t eat anyting. 我说：yes.房东老太太犹豫了下又问：did u eat? 我说：no.她接着说：so u didn’t eat. 我说：yes. 估计她当时要崩溃了……2、刚上班不久，有个公司的A/R打电话来催支票，我循例问了一下他是哪间公司打来的，那男的很有礼貌的说：This is xxx calling from Beach Brother.听懂了很开心，不过由于对公司名字还不熟，心想先用笔记下来公司名，省得等下忘记了，正得意忘形之间，顺嘴开始拼写人家公司的名字，还说得一本正经：b.i.t.c.h.bitch, correct? 那男的终于还是没能忍住怒火，近似于怒吼似的对我喊道：NO!B.E.A.C.H.BEACH! 接下来的一年里，没再跟这间公司有过任何生意往来……3、我男朋友以前在温哥华乘skytrain 的时候，一个白人女人说：I am sorry. 他直接说：you are welcome. 对方都呆了。
4、第一次跟老外去打painball，玩的是抢旗的那种。
由于第一次玩，一直跟着个看起来很专业的队友跑，一路上躲着子弹跑到对方的base. 我们人都挂了，对方就剩一个人在看老家，就听那老外跟我说了一大堆术语，我也没听懂。
NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构（中篇）
NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构（中篇）上一讲中我们完成了概括性内容的了解，今天对NCBI的具体资源的内容进行梳理。
NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构（上篇）(很明显，还有下篇哦)在首页，我们可以看到上面的标题栏、跟在后面的检索框，中间的主体内容，以及底部的很多链接堆。
看了真让人混乱，到底应该从哪里地方进入呢？我迷茫了很久，因为即使是中间的主体内容，准确的说是主体内容的目录也够复杂的。
所以只有一个一个先看看到底是个啥么，然后才能重新在头脑中建立起一个整体概念。
而事实上，也只有从这里面才能建立一个整体概念，如果跳过这一步骤，直接进入后面的步骤，很容易就混乱，并持续混乱下去，所有，这一过程又是很重要的。
我们按照从左到右，再从上到下的顺序，依次考察链接后，得到如下的架构体系。
先吐槽一下，为什么左上角会有两个logo？好的，先看这个比原文更加混乱的表，我画的。
不过至少到现在我们明白了一件事情，为什么NCBI要在首页上辣么多东东了，目的就是减少中间环节，你所要的所有东西，全部在页面上可以找到最佳的路径直接访问到。
这样的好处不言而喻，坏处就是不够有条理，第一次看上去感觉痛苦的不行。
1左上角言归正传，左上角的两个菜单分别叫资源（Resources）和如何（How To），名字起得显而易见，特别注意的是，仔细看上图可知，在左侧的菜单栏中，也有资源这一超链接叫做所有的资源（All Resources），这两个其实是一样的，而唯一左上角菜单的资源菜单的作用在于，点击下拉三角图标后，可见子菜单，移动到菜单项上后，还可以看到二级子菜单。
也就是说左上角的资源菜单可以直接到最底层项目，而左侧菜单只能到中间的层次。
我不啰嗦，点击一下就可以知道了。
内容都是一样的，这里我没有把菜单项的名称标记上中文的原因是，我忘记了：）等到截完屏做出来就不好再添加上去了，但其实这反倒是一件好事情，因为真正所有的资源，后面我们会大量涉及的主体信息其实就是这些内容。
NCBI（美国国家生物技术信息中心）的资源架构（下篇）
的多个⼩规模（small-scale）变异（variations）· 基因信息（Gene）：基因整合来⾃⼴泛物种的信息。
记录可能包括命名法（nomenclature），参考序列（Reference Sequences）（RefSeqs），图谱（maps），途径（pathways），变异（variations），表型（phenotypes），以及全球范围的基因组、表型和基因座特异性的资源的链接。
· 蛋⽩质序列集合（Protein）：该数据库是来⾃多个来源的序列集合，包括美国国⽴卫⽣研究所遗传序列数据库（GenBank（NIH genetic sequence database）），国家⽣物信息中⼼参考序列数据库（RefSeq（NCBI Reference Sequence Database）），第三⽅标注序列数据库（TPA（Third Party Annotation Sequence））中注释的编码区（coding regions）的翻译，以及注释的蛋⽩质数据库（annotated protein database ）Swiss-Prot，蛋⽩质信息资源（PIR（Protein informationresources）），蛋⽩质研究基⾦会（PRF（Protein Research Foundation）和蛋⽩质数据银⾏（PDB（Protein Data Bank））的记录。
蛋⽩质序列是⽣物结构和功能的基本决定因素。
· ⽣化信息库（PubChem）：提供⼩分⼦⽣物活性（biological activities）的信息，由三个主要数据库Pcsubstance、Pccompound、和PCBioAssay，分别包含物质（substance）信息，化合物（compound）结构和⽣物学活性（BioActivity）数据。
回到右侧的内容，下⾯还有个提供了发布新闻和博客的链接（News & Blog），不赘述了。
NCBI数据库的使用与功能介绍
数据下载与保存
数据下载
用户可以下载NCBI数据库中的数据，支持多种数据格式，如FASTA、 GenBank、GFF等，方便用户进行数据分析和处理。
数据保存
用户可以将检索到的数据保存到本地计算机中，方便随时查看和使用。同时， NCBI数据库还支持数据导出功能，方便用户将数据分享给其他研究人员。
数据可视化
蛋白质组学研究中的应用
蛋白质序列
NCBI数据库收录了大量蛋白质序列，为蛋白质组学研究提供了基础数据。
蛋白质功能研究
通过NCBI数据库，研究人员可以了解蛋白质的结构、相互作用和功能，从而深入探究生命活动的本质。
生物信息学研究中的应用
基因组学与蛋白质组学数据整合
NCBI数据库提供了多种生物信息学工具，可以将基因组学和蛋白质组学数据进行整合， 为系统生物学和药物研发等领域提供支持。
04
NCBI数据库的案例分析
基因组学研究中的应用
基因组测序
NCBI数据库提供了大量基因组测序数 据，包括人类、动物、植物和微生物 等物种，为基因组学研究提供了丰富 的资源。
基因注释
研究人员可以利用NCBI数据库中的基 因注释信息，了解基因的功能、位置 和表达情况，为基因功能研究和疾病 治疗提供依据。
发展
NCBI数据库不断发展壮大，推出了多个知名的子数据库和工具，如GenBank、PubMed、PubMed Central、Gene、NCBI Taxonomy等，为生物医学研究提供了全方位的信息支持。同时，NCBI数据 库也不断更新和改进检索和分析工具，提高数据质量和用户体验。
02
NCBI数据库的使用方法源自新技术与新方法的融合新技术应用
NCBI需要关注新兴技术的发展，如人工智 能、云计算等，将这些技术应用于数据处理 、分析和管理中，提高数据库的技术水平和 应用范围。
NCBI站点的一般介绍及其它资源库的介绍
增长统计
n 参 见 公 布 通 知 的 2.2.6 （ 每 个 分 类 的 统 计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8 （GenBank增长）小节。
PPT文档演模板
NCBI站点的一般介绍及其它资源库 的介绍
公布通知
n 最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的 分类，数据增长统计，GenBank的引用。
n 注意：完成的人类的HTG序列可以同时 在GenBank和Human Genome Sequencing 页面上访问。
PPT文档演模板
NCBI站点的一般介绍及其它资源库 的介绍
STSs 序列标签位点
n 短的在基因组上可以被唯一操作的序列， 用于产生作图位点。
n 注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变 异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷 酸多态性库中（dbSNP）。
n
PPT文档演模板
NCBI站点的一般介绍及其它资源库 的介绍
RefSeq
n NCBI数据库的参考序列。Curated, 非冗 余集合包括基因组DNA contigs,已知基因 的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色 体 。 Accession numbers 用 NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的 形式来表示。
n
PPT文档演模板
NCBI站点的一般介绍及其它资源库 的介绍
FTP基因组蛋白
n 从ftp站点的genbank/genomes目录下下载 各 种 物 种 的 FASTA 格 式 的 氨 基 酸 序 列 *.faa和蛋白表文件*.ptt。参见readme文件。 蛋白表也可以在Entrez基因组中看到。
n 关于Entrez更多的信息请看下文。
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STS列， 用于产生作图位点。
注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变 异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷 酸多态性库中（dbSNP）。
国际核苷酸序列数据库合作组
织
GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述， 并链接到相应的主页。
纪录样本
关于GenBank的各个字段的详细描述， 以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
访问GenBank
通过Entrez Nucleotides来查询。 用accession number，作者姓名，物种，基因/
蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。 关于Entrez更多的信息请看下文。 用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序
Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。
dbEST — 表达序列标签数据库，短的、单次 （测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差 异显示和RACE实验的cDNA序列。
dbGSS —基因组调查序列的数据库，短的、单 次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的 序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和 软件比如Entrez和PowerBLAST。（请在提交前 用VecScreen去除载体）
ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅 读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和 RACE实验的cDNA序列。
包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸 数据库，
包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列， 不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），
nr.Z（每日更新的非冗余蛋白质），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
分子数据库概览
核酸序列 Entrez核酸 — 用accession number,作者姓
列相似搜索。 用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query
和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP 下载整个的GenBank和更新数据。
增长统计
参见公布通知的2.2.6（每个分类的统 计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8 （GenBank增长）小节。
公布通知
GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan）， and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换 的，因此他们是相等的。
数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但 是accession number，序列数据和注解都是一模 一样的。即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应 纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参 考内容等等。
最新 - 最近和即将有的变化，GenBank的 分类，数据增长统计，GenBank的引用。
旧 - 同上相同，是过去公布的统计。 遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来
确保GenBank中纪录的编码序列被正确的 翻译。
向GenBank提交数据
Sequin
提交软件程序，用于一条或者很多条的提交， 长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/ 突变研究的提交。
DDBJ/EMBJ/GenBank特性表 （见讲义）
特性表格式和标准被合作数据库用在序 列记录的注释上，使得数据共享成为可 能，包括详细的描述生物特性和特性限 定语的附录，以及IUPAC规定的核苷酸 和氨基酸的代号。
FTP GenBank and Daily Updates
GenBank普通文件格式
dbSTS
序列标签位点的数据库，短的在基因组 上可以被唯一操作的序列，用于产生作 图位点。
dbSNP — 单核苷酸多态性数据库，包括 SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单 元，和微卫星变异。
完整的基因组
参见下面Genome和Maps部分，包括各 种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母， 线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质 粒。
NCBI站点的一般介绍及其它资 源库的介绍
GenBank Overview 生物信息学站点地图
其它资源库的介绍
什么是GenBank？
GenBank是一个有13亿碱基，来自于 100,000多种生物的核苷酸序列的数据库。 每条纪录都有编码区（CDS）特征的注释， 还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个 序列数据库的国际合作组织，包括EMBL 和DDBJ。
名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其 它的文本术语来搜索核酸序列记录（在 GenBank + PDB中）。更多的关于Entrez 的信息见下。如果要检索大量数据，也 可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
RefSeq
NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集 合，包括基因组DNA contigs，已知基因的 mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。
GSSs
基因组调查序列，短的、单次（测序） 阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列， cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量 基因组序列，未完成的（阶段0，1，2） 和完成的（阶段3）序列。
注意：完成的人类的HTG序列可以同时 在GenBank和Human Genome Sequencing 页面上访问。
参见GenBank记录样本和在GenBank公布 通知中的详细描述，下载大多数最近的 完全公告和日常积累或非积累更新数据。
ASN.1格式 — 摘要句法记号1，国际标 准组织（ISO）数据表示格式，下载大多 数最近的完全公告和日常积累或非积累 更新数据。
FASTA格式
定义行号后只跟随序列数据（示例）， 参见描述数据库的readme文件，