KEGG数据库的使用说明
KEGG数据库中文教程
KEGG数据库中文教程快速导航1. 这篇教程介绍了什么？2. KEGG数据库里面有什么？3. 我如何查询某一特定的代谢途径(pathway)的信息，例如Glycolysis / Gluconeogenesis?4. 我如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate?5. 我如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应?6. 我如何查询某一基因的信息,例如gltA ?7. 我如何知道Bacillus subtilis是否有gltA?8. 我如何查询gltA在其他物种中的同源基因?9. 我如何列出某一代谢途径中涉及的所有的酶？例如cytrate cycle pathway（TCA循环）10. 我如何知道人类的cytrate cycle中pyruvate carboxylase这种酶有多少化合物与其发生相互作用？11. 我如何查询人类由Citrate生成Acetyl-CoA的可能步骤？12. 我有一条未知的序列，如何查询KEGG数据库中是否有基因或酶与其对应?一. 简介代谢(Metabolism)是指细胞内发生的各种化学反应的总称。
一个代谢途径（Metabolic pathway）包括一系列互相联系的反应(reaction),反应中的酶( enzyme)以及反应中的前体或者产物(substrate) 。
随着现代生物信息学的进展，我们可以通过计算机来展示，以至预测细胞内的代谢途径。
现在常用的查询代谢途径的数据库主要包括：KEGG(http://www.genome.jp/kegg/), GenMAPP(/), BioRag(/) 等。
本教程主要介绍KEGG 数据库的使用方法。
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是由日本京都大学和东京大学联合开发的数据库，可以用来查询代谢途径，酶（或编码酶的基因），产物等，也可以通过BLA ST比对查询未知序列的代谢途径信息。
KEGG数据库的使用方法与介绍
KEGG数据库的使用方法与介绍KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是一个综合性的基因组学数据库，其中包含了丰富的生物信息学数据和工具，帮助研究人员进行基因、蛋白质、代谢物和药物的研究。
KEGG数据库的使用涉及到以下几个方面的内容：数据源、数据库结构、主要功能和应用、数据访问和使用方法，以及最新的更新和发展趋势。
一、数据源二、数据库结构三、主要功能和应用1.基因注释和功能预测2.代谢通路分析KEGG Pathway数据库是KEGG最重要的部分之一，收集了大量的代谢通路信息。
用户可以通过KEGG Pathway数据库了解代谢通路中的基因、蛋白质和化学反应等。
同时，KEGG Pathway还提供了绘制和分析代谢通路的工具，方便用户进行研究。
3.药物研究KEGG数据库中的KEGG Drug库提供了大量的关于药物的信息，包括化学结构、作用机制和药理学特性等。
研究人员可以通过KEGG Drug库了解药物的相关信息，如副作用、靶点和药物相互作用等，有助于药物研发和预测。
四、数据访问和使用方法1.网页界面：KEGG数据库提供了用户友好的网页界面，用户可以通过关键词、浏览分类目录或输入基因、化学物质等标识符来查询相关数据。
通过网页界面，用户可以直观地查看和分析数据，也可以进行一些简单的数据处理和交互。
2. 软件工具：KEGG数据库还提供了一些软件工具，如KAAS（KEGG Automatic Annotation Server）、KegArray、KegDraw等。
用户可以使用这些工具进行基因组注释、代谢通路分析、基因表达数据分析等。
五、最新的更新和发展趋势1. 数据整合：KEGG数据库正在与其他生物信息学数据库进行整合，如与UniProt、Ensembl等进行数据链接和互操作。
这将进一步丰富和提高KEGG数据库中的数据质量和相关性。
2.数据挖掘：KEGG数据库将更加注重数据挖掘和机器学习技术的应用，开发新的算法和工具来挖掘隐藏在数据中的模式和关联，为研究提供更深入的洞察。
kegg查目的基因 -回复
kegg查目的基因-回复题目：使用KEGG来查找目的基因的指南引言：随着生物信息学的快速发展，一些重要的基因研究问题可以通过公开的数据库进行解决。
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个广泛应用的生物信息学数据库，提供了基因功能预测、代谢物通路分析、疾病关联分析等多种功能。
本文将详细介绍如何使用KEGG来查找目的基因的步骤及技巧。
第一步：访问KEGG网站打开互联网浏览器并访问KEGG网站，网址为第二步：探索基因数据库在KEGG网站的主页上，选择“Databases”菜单下的“Genes”链接。
这将带您进入一个包含多个基因数据库的页面。
根据您的需求，选择一个适合的基因数据库进行进一步的研究。
第三步：输入目的基因在所选的基因数据库页面上，可以看到一个搜索框。
在搜索框中输入您感兴趣的基因名或基因ID，然后点击“Search”按钮进行搜索。
如果您不确定基因的正式名称或ID，您可以使用一些已知的关键词描述基因的功能或特性来进行搜索。
第四步：选择基因在搜索结果页面上，您会看到与您搜索相关的基因列表。
每个基因都会带有一个链接，点击链接可以进一步查看该基因的详细信息。
在这个页面上，您可以找到基因的描述、基因的功能注释、参与的代谢途径等信息。
第五步：进一步分析基因在目标基因的详情页面上，您可以进一步查看基因的结构信息、编码蛋白质的序列、基因表达的调控机制等。
您还可以找到该基因与其他基因之间的相互作用关系和调控网络。
第六步：分析基因相关的代谢途径通过KEGG数据库，您可以查找目标基因所参与的代谢途径信息。
在目标基因的详情页面上，可以看到一个“Pathways”选项卡，点击后，您将看到该基因参与的多个代谢途径的名称和图表。
进一步分析这些代谢途径的信息，可以帮助我们理解该基因在生物体内的功能和作用。
第七步：进一步研究目标基因了解目标基因所在的代谢途径后，您可以进一步探索该基因在疾病发展和药物应用中的意义。
KEGG使用说明
KEGG使用说明KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个基因组学、基因组信息资源的综合数据库。
它提供了基于基因组的多样化信息，包括基因与蛋白质序列、基因组组装与注释、代谢途径与通路、药物与化合物等。
KEGG数据库的使用非常重要，对于基因组学和生物信息学研究具有重要的指导意义。
本文将详细介绍KEGG数据库的使用方法。
KEGG数据库的主要功能包括基因数据的和浏览、代谢通路的分析、化学物质的和浏览、蛋白质序列的比对和注释、基因组的比较分析等。
首先，我们介绍KEGG数据库中基因数据的和浏览功能。
用户可以通过基因名、基因ID或基因功能关键词来感兴趣的基因。
结果将显示基因的相关信息，包括基因名、基因ID、功能描述、序列等。
用户还可以通过点击基因名来进一步浏览基因的详细信息，如基因家族、调控关系、突变位点等。
其次，我们介绍KEGG数据库中代谢通路的分析功能。
用户可以通过进入“Pathway”页面来浏览KEGG数据库中的各种代谢通路。
用户可以选择对代谢通路的感兴趣的部分进行深入分析。
点击代谢通路即可进入通路的详细页面，包括通路图、参与的基因和蛋白质等信息。
用户可以通过点击基因和蛋白质来进一步浏览它们的详细信息。
然后，我们介绍KEGG数据库中化学物质的和浏览功能。
用户可以通过输入化学物质的名称、化学式或CAS号来感兴趣的化合物。
结果将显示化合物的相关信息，如名称、化学式、分子量、生物活性等。
用户还可以通过点击化合物名称来进一步浏览化合物的详细信息，如结构、代谢途径、药物相互作用等。
此外，KEGG数据库还提供了蛋白质序列的比对和注释功能。
用户可以通过进入“BLAST”页面来进行蛋白质序列的比对。
用户可以输入待比对的蛋白质序列，选择比对参数，然后点击“Submit”按钮进行比对。
比对结果将显示在页面上，用户可以进一步分析和解释比对结果。
综上所述，KEGG是一个重要的基因组学与生物信息学的综合数据库。
KEGG使用经验分享
KEGG使用经验分享KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个全面而详尽的基因组学数据库，其中包含了大量的基因、代谢途径、疾病以及化学物质等信息。
在研究生物学以及生物信息学领域，KEGG是一个非常重要且常用的工具。
以下是我的使用经验分享。
首先，KEGG对于基因注释和功能分析非常有用。
当我们获取到一组与特定实验相关的基因时，想要了解它们的功能和相关的代谢途径时，KEGG可以提供非常有价值的信息。
通过在KEGG数据库中或BLAST自己的序列，我们可以找到与查询序列最相似的基因列表。
而且KEGG的基因注释信息非常丰富，可以告诉你这些基因的功能、亚细胞定位以及调控因子等等。
这对于我们深入了解基因功能和相关的代谢途径非常重要。
其次，KEGG可以用于基因组的比较和物种间基因的比较。
在KEGG的数据库中，我们可以找到大量的细菌、真菌、植物和动物的基因组信息。
通过比较不同物种的基因组，我们可以发现共有的基因，从而推测这些基因在不同物种间的功能和进化关系。
这对于研究物种间的进化和功能分化非常有帮助。
此外，KEGG还提供了细菌和植物的代谢物数据库。
在这些数据库中，我们可以找到不同物种的代谢途径以及相关的化学物质。
这对于研究植物和细菌的新药开发、代谢工程以及环境修复等方面非常有用。
通过了解不同化学物质在代谢途径中的位置和作用，我们可以设计更有效的药物或者开展更高效的代谢工程。
此外，KEGG还提供了泛素修饰、信号转导和代谢调控等方面的数据库。
这些数据库可以帮助我们了解细胞内复杂的信号传递网络以及代谢的调控机制。
通过KEGG数据库，我们可以获得大量的关于特定信号转导通路和调控网络的信息，有助于我们深入理解细胞的调控机制。
在使用KEGG时，我发现以下几点使用注意事项。
首先，由于KEGG数据库非常庞大且复杂，初学者可能会有困惑。
因此，建议通过观看KEGG的官方教程和手册来熟悉数据库的结构和使用方法。
KEGG的使用方法
KEGG的使用方法KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是一个重要的生物信息学数据库，提供了基因、基因组、代谢通路和化合物等生物信息的综合性资源。
它为研究人员提供了一个系统性地探索生物学的工具和平台。
以下是KEGG的一些主要功能和使用方法的详细介绍。
1.数据库结构：KEGG数据库由四个主要模块组成：-通路数据库：包含了多种生物学过程的代谢通路、信号转导通路以及生物化学途径等信息。
-基因数据库：提供了多种物种的基因组、基因的序列、注释和分类信息。
-组数据库：提供了基于基因和化合物之间关系的信息，例如基因座与化合物之间的关联。
-化合物数据库：提供了化合物的结构、属性以及相关的代谢途径和药物作用信息。
2.基因和基因组数据：KEGG基因数据库包含了多个物种的基因组序列以及相关的注释信息。
通过KEGG的基因功能，可以输入基因的名称、ID或者序列来与之相关的信息。
结果将提供基因的位置、功能注释、代谢途径及相关通路等信息。
3.代谢通路和生物化学途径：KEGG通路数据库提供了多种生物学过程的代谢通路、信号传导通路和生物化学途径等信息。
通过KEGG的通路功能，可以输入通路的名称或者基因的名称来与之相关的信息。
结果将提供通路的组成成分、相关基因、代谢产物等详细信息。
4.同源基因比较和功能注释：KEGG基因数据库提供了基因的同源比较和功能注释工具，如BLAST和Motif等。
通过这些工具，研究人员可以比较不同物种中的基因，并预测它们的功能。
5.化合物数据和药物发现：KEGG的化合物数据库提供了大量的化合物结构、属性以及与生物过程相关的代谢通路和药物作用等信息。
研究人员可以使用KEGG的化合物功能，输入化合物的名称、结构或者KCF格式的化学表达式来与之相关的信息。
6.KEGG图谱和数据可视化：KEGG提供了多种图谱和数据可视化工具，包括通路图谱、基因组图谱和基因表达图谱等。
KEGG的使用经验分享
KEGG的使用经验分享KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是一个广泛使用的生物信息学数据库，提供了各种各样的生物信息学数据和工具。
作为一个生物信息学研究者，我在使用KEGG的过程中积累了一些经验，下面是一些值得分享的经验。
首先，一个好的开始是了解KEGG数据库的组织结构和内容。
KEGG数据库包含了大量的生物通路、基因组、化学物质等信息。
了解这些信息可以帮助你更好地利用KEGG提供的工具和数据。
进入KEGG的主页，你可以看到数据库中的不同模块，如“Pathway”、“Brite”、“Module”等。
通过浏览这些模块，你可以快速了解到KEGG数据库所提供的内容。
一般来说，KEGG的路径模块是最常用的模块之一、KEGG提供了大量的生物通路信息，包括代谢通路、信号传导通路、免疫系统等。
你可以通过感兴趣的基因或者通路来获得相关信息。
在每个通路页面上，你可以查看通路图、浏览相关基因和化学物质，以及获取有关这些通路的详细信息。
这些信息可以帮助你理解基因在不同生物过程中的功能和相互作用关系。
除了路径模块，KEGG的基因组模块也是非常有用的。
KEGG提供了大量的物种的基因组信息，包括基因注释、通路信息等。
你可以通过物种名称或者基因名来获得相关信息。
在每个基因页面上，你可以查看基因的注释信息、序列信息、通路信息等。
这些信息可以帮助你了解基因的功能和调控机制。
KEGG还提供了一些有用的工具和资源，如“BLAST”、“KOALA”、“BlastKOALA”等。
BLAST是一个常用的序列比对工具，可以帮助你找到相关的序列信息。
KOALA是一种基于Kegg Orthology的功能注释工具，可以帮助你预测基因的功能。
BlastKOALA则是将BLAST和KOALA结合在一起，可以帮助你在基因注释和功能预测方面更好地利用KEGG数据库。
在使用KEGG的过程中，还有一些注意事项值得注意。
kegg数据库的使用方法与介绍
kegg数据库的使用方法与介绍KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）数据库是一个全面的基因组、基因、路径和药物信息的数据库资源。
它由日本京都大学生物信息学中心维护和更新。
KEGG提供了对各种生物学系统的综合信息，包括基因组、化学物质、代谢网络、信号传递、细胞过程和疾病等。
KEGG数据库具有以下几个主要的组成部分：基因组、基因、通路、化合物和药物、疾病、反应、酶和互动。
基因组部分提供了大量物种的基因组图谱和序列信息。
用户可以通过浏览物种树、搜索特定物种或基因来访问所需的基因组数据。
基因部分包含了基因的注释信息和相互作用网络。
用户可以查询特定基因或搜索具有特定功能或特征的基因。
通路部分提供了详细的代谢网络和信号传递通路图。
这些图谱显示了生物进程中的相互作用和调控。
化合物和药物部分包括了化学物质和药物的信息。
用户可以通过搜索特定的化学物质或药物来访问它们的结构、性质和作用机制等相关信息。
疾病部分提供了与疾病相关的基因和通路等信息。
用户可以浏览特定的疾病，并了解与该疾病相关的基因和通路。
反应部分提供了生物化学反应的详细信息。
它包括反应方程式、酶和底物等相关信息。
酶部分提供了酶的功能、结构和催化机制等信息。
用户可以查询特定的酶或搜索具有特定功能的酶。
互动部分展示了基因、化学物质和药物之间的相互作用。
用户可以查询特定的基因或化学物质，并了解它们之间的相互作用。
在使用KEGG数据库时，用户可以使用多种不同的方式来访问和获取所需的信息。
以下是一些常见的使用方法：1. 浏览：用户可以通过浏览不同的数据库部分来获取特定领域的信息。
他们可以浏览基因组图谱、代谢通路和与疾病相关的信息等。
2. 搜索：用户可以使用KEGG数据库的搜索功能来查找特定的基因、化合物、通路或疾病等。
他们可以输入关键词，然后得到与之相关的结果。
3. ID转换：用户可以使用KEGG数据库的ID转换工具来将不同的标识符转换为KEGG ID。
kegg使用方法
kegg使用方法KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个由日本的京都大学建立的数据库，提供了大量的生物信息资源和工具。
KEGG数据库包括基因组、基因、蛋白质、化合物、酶、代谢途径、药物和疾病等各个方面的数据和信息。
本文将介绍KEGG数据库的使用方法。
1.访问KEGG数据库2.数据KEGG数据库提供了基因、蛋白质、化合物、酶、代谢途径、药物和疾病等各个方面的数据功能。
用户可以输入关键词感兴趣的数据。
3.基因和蛋白质用户可以通过输入基因或蛋白质的名称或ID来相关信息。
例如，输入基因的KEGG ID（例如hsa:1234）可以获得该基因的详细信息、序列和相关文献等。
4.代谢途径5.功能和注释KEGG数据库提供了各种功能和注释信息，包括KO（KEGG Orthology）注释、GO（Gene Ontology）注释、PFAM注释、KEGG BRITE注释等。
这些注释信息可以帮助用户理解基因、蛋白质和化合物的功能和特性。
6.序列比对和功能注释KEGG数据库提供了序列比对和功能注释的工具，如BLAST、KASS、KOBAS等。
用户可以输入序列数据进行比对，并获得比对结果和相关的功能注释。
7.代谢通路KEGG数据库的核心特色之一是提供了详细的代谢途径信息。
用户可以通过浏览代谢途径的分类来了解不同的代谢途径，或者通过输入化合物或基因的名称或ID来查找相关的代谢途径信息。
8.KEGG地图KEGG地图是KEGG数据库中非常重要的功能之一，可以帮助用户直观地了解基因、蛋白质和化合物在代谢途径中的位置和相互关系。
用户可以在KEGG地图中点击不同的节点来获取相关的详细信息和注释。
10.API接口KEGG数据库还提供了API接口，可以方便地将KEGG数据集成到自己的脚本或程序中。
用户可以通过API接口来获取和处理KEGG数据库的数据。
总结：KEGG数据库是一个功能强大的生物信息资源和工具，提供了丰富的数据和功能。
KEGG数据库使用方法详解
以下内容转载自ybzhao的博客，特此感谢！KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外 KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGG Orthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上KO（或K）标签。
下面就首先来讲一下KEGG orthology。
任找一个代谢通路图，在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这3个选项，点击pathway entry, 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。
在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Ortholog table 。
就进入了Ortholog table如下的页面：在这个表中，行与物种对应，3个字母都是相应物中的英文单词缩写，比如has表示Homo sapiens，mcc表示Macaca mulatta；列就表示相应的Ortholog分类，比如K00844就表示生物体内的己糖激酶hexokinase 这一类序列和功能相似的蛋白质类（酶类）。
如上图has后有3101，3098，3099这3个条目，它表示在人类细胞中中存在3中不同的己糖激酶，它们分别由以上这3组数字代表的基因所编码，这3组数字应该是这3个基因的登录号。
空白则表示在该物种中不存在这种酶。
点击K00844则这一KO分类信息及成员列表都可显示出来；点击has则链接到物种（人类）基因组去了；点击P，则显示相应的代谢通路。
下面我们点击3101，如下：如上图，就是我们常见的一个页面，3101是KEGG中的基因ID（登录号），H.sapiens表示物种，然后是基因的名称，表达的酶，属于哪个KO分类以及参与哪些代谢途径；下面还有结构、序列信息等等。
KEGG使用介绍
KEGG使用介绍KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个全球使用最广泛的生物信息学资源，旨在帮助研究人员深入了解基因和代谢途径在生物体中的功能和调控机制。
下面将对KEGG的使用介绍进行详细阐述。
KEGG数据库提供了综合的生物信息学工具和资源，包括基因组、代谢途径、疾病、药物等方面的数据。
它具有以下几个主要特点。
首先，KEGG提供了大量的基因组学和转录组学数据，包括多个物种的遗传组织定位、基因组序列、蛋白质注释和表达数据等。
用户可以通过KEGG数据库查询感兴趣基因的信息，如基因位点、转录本、编码蛋白、关键功能等。
这些信息可帮助研究人员了解基因的组织表达模式、功能注释和代谢调控。
其次，KEGG提供了详细的代谢途径图和物质代谢网络。
用户可以通过KEGG Pathway浏览和研究特定代谢途径的调控机制和关键分子。
KEGG Pathway中的每个分子都链接到详细的注释信息，包括物质结构、酶和基因的注释、相互作用等。
通过对代谢途径的研究，研究人员可以深入了解一种生物过程中基因和代谢产物之间的相互关系和调控机制。
此外，KEGG提供了疾病和药物信息，包括疾病的遗传学和发病机制、药物的作用和靶点等。
用户可以通过KEGG Disease查询具体疾病的病因、发病机制等信息，帮助研究人员了解疾病的分子基础和可研究的靶点。
同时，KEGG Drug提供了药物的分类、化学结构和作用机制等信息，用户可以通过查询具体的药物名或药物类别来获得相关数据。
最后，KEGG还提供了一系列实用的生物信息学工具。
例如，KEGG Mapper工具可以将基因、蛋白质或化合物ID映射到KEGG数据库中的相应数据，帮助研究人员获得更详细的注释信息。
此外，KEGG提供了基因表达和代谢组学的分析工具，用户可以通过这些工具对自己的实验数据进行分析和解释。
在使用KEGG时，主要有以下几个步骤：2.在KEGG的主页上，可以通过关键词或点击数据库上的链接来查找感兴趣的基因、代谢途径、疾病、药物等。
KEGG使用教程
KEGG使用教程KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因组和基因组百科全书）是一个涉及基因组、基因和生物化合物的综合数据库，为研究生物学、生物信息学和系统生物学提供重要的资源和工具。
本教程将介绍KEGG数据库的基本用法，帮助用户更好地利用该数据库进行研究。
一、KEGG数据库概述KEGG数据库包含了大量的关于基因组、代谢途径、疾病和药物等方面的信息。
其主要包含了以下三个数据库：1.KEGGPATHWAY：代谢途径数据库，包含了多种生物途径的详细信息，如糖代谢途径、氨基酸代谢途径等。
2.KEGGGENES：基因数据库，提供了大量的基因序列、功能注释和基因组定位等信息。
3.KEGGDRUG：药物数据库，包含了多种药物的结构信息、药物靶点和作用机制等。
二、KEGG数据库的使用方法2.基因：在栏中输入基因名或ID，然后点击按钮。
系统将返回与输入相关的基因信息，包括基因描述、序列、功能注释等。
3.代谢途径：在栏中输入感兴趣的代谢途径名或ID，然后点击按钮。
系统将返回与输入相关的代谢途径信息，包括途径图、相关基因和代谢产物等。
4.药物：在栏中输入感兴趣的药物名或ID，然后点击按钮。
系统将返回与输入相关的药物信息，包括药物结构、作用靶点和相关的疾病等。
5. 序列比对：在KEGG网站的工具栏中，选择“Sequencesimilarity search”选项，可以进入基因序列比对的页面。
用户可以将自己的序列与KEGG数据库中的序列进行比对，以查找相关基因或代谢途径。
7. 可视化分析：KEGG数据库还提供了一些用于代谢途径之间相互作用和基因表达等数据分析的工具和资源。
用户可以在KEGG网站的工具栏中选择“Analysis”选项，进入相应的页面进行数据可视化和分析。
三、使用案例以糖代谢途径为例，介绍KEGG数据库的使用方法。
1. 在KEGG网站的栏中输入“Glycolysis”（糖酵解），点击按钮。
kegg数据库的使用
kegg数据库的使用
KEGG数据库是一个集成了基因组、化学物质和疾病信息的综合性数据库，提供了基因组学、生物化学、代谢组学、信号传导等方面的数据。
KEGG数据库包含了生物系统的结构与功能信息，是理解生命科学和生物信息学的重要工具。
2. KEGG数据库的分类
KEGG数据库包含了生物系统、生物途径、基因组、酶、化合物、药物等分类。
其中生物途径分类是KEGG数据库的核心内容，包括代谢途径、信号传导途径、细胞过程等。
生物途径的详细描述和图形化表示，有助于研究者理解生物系统的复杂性。
3. KEGG数据库的使用方法
使用KEGG数据库需要掌握基本的搜索、浏览和分析方法。
在KEGG 主页上，可以通过关键词搜索、分类浏览和BLAST等分析工具来查找所需信息。
在浏览生物途径时，可以通过点击途径上的代谢物、酶、基因等元素，进一步查看它们在其他途径中的作用和相关信息。
4. KEGG数据库的应用
KEGG数据库在生命科学和生物信息学研究中有广泛的应用。
例如，通过分析KEGG代谢途径，可以了解代谢物在生物体内的形成和降解过程，从而预测代谢物的功能和作用机制。
KEGG数据库还可以用于药物研究、疾病预测等方面。
总之，KEGG数据库是生物信息学研究中不可或缺的工具之一，掌握其使用方法和应用能力，有助于提高生物信息学研究的效率和深
度。
KEGG数据库的使用方法与介绍 (转)
KEGG数据库的使用方法与介绍（转）KEGG的数据KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI 等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGG Orthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上KO（或K）标签。
下面就首先来讲一下KEGG orthology。
任找一个代谢通路图，在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这3个选项，点击pathwayentry, 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。
在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Ortholog table 。
就进入了Ortholog table如下的页面：在这个表中，行与物种对应，3个字母都是相应物中的英文单词缩写，比如has 表示Homo sapiens，mcc表示Macaca mulatta；列就表示相应的Ortholog分类，比如K00844就表示生物体内的己糖激酶hexokinase 这一类序列和功能相似的蛋白质类（酶类）。
如上图has后有3101，3098，3099这3个条目，它表示在人类细胞中中存在3中不同的己糖激酶，它们分别由以上这3组数字代表的基因所编码，这3组数字应该是这3个基因的登录号。
空白则表示在该物种中不存在这种酶。
点击K00844则这一KO分类信息及成员列表都可显示出来；点击has则链接到物种（人类）基因组去了；点击P，则显示相应的代谢通路。
下面我们点击3101，如下：如上图，就是我们常见的一个页面，3101是KEGG中的基因ID（登录号），H.sapiens表示物种，然后是基因的名称，表达的酶，属于哪个KO分类以及参与哪些代谢途径；下面还有结构、序列信息等等。
KEGG数据库中文教程
KEGG数据库中文教程
KEGG数据库含有不同类型的数据，包括基因组、蛋白质序列、基因
表达、药物分子、代谢通路等。
其中，基因组数据提供了多个生物物种的
完整基因组序列；蛋白质序列数据提供了蛋白质的氨基酸序列和相应的功
能注释；基因表达数据包括基因在不同组织和条件下的表达水平；药物分
子数据提供了大量化合物的结构和药理学信息；代谢通路数据描述了生物
体内不同代谢过程的分子机制。
在结果页面中，你可以看到到的相关信息，如基因、代谢通路、药物等。
点击相关链接可以进一步获取详细信息。
例如，点击“人类代谢通路”将进入到人类代谢通路的详细页面。
在该页面上，你可以看到不同代谢通
路的名称和相应的分子反应方程式。
点击分子反应方程的链接，可以查看
该反应的详细信息，如底物、产物和酶等。
除了功能，KEGG还提供了其他实用工具，如BLAST、KegHier等。
BLAST工具可以用于序列比对，用于找到与输入序列相关的数据库中的相
似序列。
KegHier工具可用于生物体系分类，可以根据生物物种的系统发
育信息进行分类和分析。
总之，KEGG数据库提供了丰富的生物信息学资源和实用工具，可以
帮助科研人员进行基因、蛋白质、药物以及代谢通路的研究和分析。
通过
学习和使用KEGG数据库，你可以更好地理解生物体内各种生物过程的分
子机制，为生物医学研究提供有力的支持。
kegg使用方法
kegg使用方法【原创版2篇】目录（篇1）1.KEGG 简介2.KEGG 的使用方法3.KEGG 的优点与局限性正文（篇1）1.KEGG 简介KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) 是一个综合性的基因组学数据库，它提供了关于基因、化合物、药物等信息的广泛而详尽的数据。
KEGG 的数据库涵盖了基因组、代谢通路、化合物以及药物等多个方面，为科研人员和学生提供了方便、快捷的基因组学信息查询工具。
2.KEGG 的使用方法(1) 基因查询在 KEGG 数据库中，可以通过输入基因名称或者基因 ID 来查询相关信息。
例如，输入“APC”或者“APC ID: 7”来查询与该基因相关的信息。
查询结果会显示基因的基本信息、转录本、蛋白质结构、功能注释等内容。
(2) 代谢通路查询KEGG 数据库中包含了众多代谢通路，可以通过输入代谢通路名称或者代谢通路 ID 来查询相关信息。
例如，输入“糖酵解”或者“糖酵解 ID: map001”来查询与该代谢通路相关的信息。
查询结果会显示代谢通路的概述、反应、酶等信息。
(3) 化合物查询KEGG 数据库中包含了众多化合物，可以通过输入化合物名称或者化合物 ID 来查询相关信息。
例如，输入“葡萄糖”或者“葡萄糖 ID: C00011”来查询与该化合物相关的信息。
查询结果会显示化合物的结构、代谢通路、作用等信息。
(4) 药物查询KEGG 数据库中包含了众多药物，可以通过输入药物名称或者药物 ID 来查询相关信息。
例如，输入“阿司匹林”或者“阿司匹林 ID: D000002”来查询与该药物相关的信息。
查询结果会显示药物的作用、代谢、不良反应等信息。
3.KEGG 的优点与局限性(1) 优点KEGG 数据库是一个全面、系统的基因组学数据库，它提供了丰富的基因、代谢通路、化合物以及药物等信息，为科研人员和学生提供了方便、快捷的查询工具。
KEGG 数据库的更新速度快，数据准确性高，是生物学研究中不可或缺的工具之一。
kegg查目的基因
kegg查目的基因
KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个生物信息学数据库，提供了对基因和蛋白质的注释、分类和功能预测。
在生物医学领域，KEGG常被用于研究基因的功能、代谢途径以及疾病的发生机制。
要使用KEGG查目的基因，通常需要以下步骤：
确定目的基因：首先，你需要确定你想要查询的目的基因的名称或编号。
这通常是一个基因或蛋白质的名称，或者是它们在某个数据库中的编号。
访问KEGG网站：访问KEGG的官方网站，并找到“Gene”或“Genes”选项。
通常在网站的顶部导航栏或侧边栏中可以找到。
输入目的基因：在相应的搜索框中输入目的基因的名称或编号。
你可以使用关键词搜索，或者直接输入完整的基因或蛋白质名称。
搜索结果：点击搜索按钮后，KEGG将返回与你的查询匹配的结果。
结果通常包括目的基因的详细信息，如名称、编号、分类、注释等。
获取更多信息：你可以点击目的基因的名称或编号，以获取更多关于该基因或蛋白质的信息。
例如，你可以查看该基因的序列、结构、功能注释等。
下载数据：如果你需要更详细的数据或对目的基因进行进一步的分析，你可以从KEGG网站下载相关的数据。
通常，KEGG提供多种格式的数据下载选项，如FASTA格式、GFF格式等。
总之，使用KEGG查目的基因可以帮助你了解该基因或蛋白质的详细信息，包括其功能、代谢途径以及与疾病的关系。
这对于生物医学研究、药物开发等领域具有重要意义。
KEGG数据库使用方法详解
KEGG数据库使用方法详解KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个整合了基因组、生物信息、代谢途径和疾病等多种数据的数据库。
它提供了一种系统的方法来理解生物分子行为和生物系统的功能。
本文将详细介绍KEGG数据库的使用方法。
首先，KEGG数据库提供了基因组和基因信息的查询功能。
用户可以通过基因ID、基因名或其他基因标识符来特定的基因，并获得与该基因相关的信息，如基因的序列、结构和功能注释等。
此外，用户还可以查询特定物种的基因组信息，如基因组大小、基因组组成和染色体标记等。
第二，KEGG数据库提供了生物信息学工具来预测和分析基因的功能和相互作用。
例如，KEGG可以根据基因或蛋白质的序列信息，通过基因注释和蛋白质相似性等方法，预测基因的功能和相互作用。
此外，KEGG 还提供了一系列的生物信息学工具，用于分析基因的表达模式、基因家族和进化关系等。
这些工具可以帮助研究人员更好地理解基因在细胞、组织和器官水平上的功能。
第三，KEGG数据库还提供了代谢途径和信号传导网络的详细信息。
用户可以查询特定物种的代谢途径和信号传导网络的图表，并查看其中包含的基因、蛋白质和化合物等分子的详细信息。
此外，用户还可以通过KEGG数据库来预测和分析代谢途径的调控机制、信号传导通路的调控网络等。
这些功能可以帮助研究人员更好地理解代谢途径和信号传导网络在生物系统中的作用和调控机制。
第四，KEGG数据库提供了疾病和药物的相关信息。
用户可以查询特定疾病或药物的相关信息，并了解其与基因、代谢途径和信号传导网络的关联。
此外，KEGG还提供了一些工具来预测和分析疾病和药物的相互作用，如药物的靶点和作用机制等。
这些功能可以帮助研究人员更好地理解疾病的发生和药物的治疗机制。
最后，KEGG数据库还提供了一些工具和资源来帮助研究人员进行数据分析和可视化。
例如，KEGG提供了一些图形化工具来展示基因、代谢途径和信号传导网络的关系。
KEGG数据库的使用说明
KEGG数据库的使用方法与介绍http://www.genome.jp/KEGG的数据KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGG Orthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上KO（或K）标签。
下面就首先来讲一下KEGG orthology。
任找一个代谢通路图，在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这3个选项，点击pathway entry, 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。
在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Ortholog table 。
就进入了Ortholog table如下的页面：在这个表中，行与物种对应，3个字母都是相应物中的英文单词缩写，比如has表示Homo sapiens，mcc表示Macaca mulatta；列就表示相应的Ortholog分类，比如K00844就表示生物体内的己糖激酶hexokinase这一类序列和功能相似的蛋白质类（酶类）。
如上图has后有3101，3098，3099这3个条目，它表示在人类细胞中中存在3中不同的己糖激酶，它们分别由以上这3组数字代表的基因所编码，这3组数字应该是这3个基因的登录号。
空白则表示在该物种中不存在这种酶。
点击K00844则这一KO分类信息及成员列表都可显示出来；点击has则链接到物种（人类）基因组去了；点击P，则显示相应的代谢通路。
下面我们点击3101，如下：如上图，就是我们常见的一个页面，3101是KEGG中的基因ID（登录号）， H.sapiens表示物种，然后是基因的名称，表达的酶，属于哪个KO分类以及参与哪些代谢途径；下面还有结构、序列信息等等。
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KEGG数据库的使用方法与介绍http://www.genome.jp/KEGG的数据KEGG中的pathway是根据相关知识手绘的,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从NCBI等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有没完成的草图；另外KEGG中有一个“专有名词”KO（KEGG Orthology），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组，然后打上KO（或K）标签。
下面就首先来讲一下KEGG orthology。
任找一个代谢通路图，在上方有pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这3个选项，点击pathway entry, 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大家一定再熟悉不过了。
在这个页面中的pathway map项中点击按钮状的链接Ortholog table 。
就进入了Ortholog table如下的页面：在这个表中，行与物种对应，3个字母都是相应物中的英文单词缩写，比如has表示Homo sapiens，mcc表示Macaca mulatta；列就表示相应的Ortholog分类，比如K00844就表示生物体内的己糖激酶hexokinase这一类序列和功能相似的蛋白质类（酶类）。
如上图has后有3101，3098，3099这3个条目，它表示在人类细胞中中存在3中不同的己糖激酶，它们分别由以上这3组数字代表的基因所编码，这3组数字应该是这3个基因的登录号。
空白则表示在该物种中不存在这种酶。
点击K00844则这一KO分类信息及成员列表都可显示出来；点击has则链接到物种（人类）基因组去了；点击P，则显示相应的代谢通路。
下面我们点击3101，如下：如上图，就是我们常见的一个页面，3101是KEGG中的基因ID（登录号）， H.sapiens表示物种，然后是基因的名称，表达的酶，属于哪个KO分类以及参与哪些代谢途径；下面还有结构、序列信息等等。
所以从Ortholog table中可以很容易地知道一张代谢通路上有哪些KO分类（酶类），并且这些酶类的成员在各物种中分配存在的情况以及特定的名称。
怎么看KEGG中代谢通路图比如以上这个图，方框一般就是酶，方框里面的5.4.2.2不是IP 而是EC编号；小圆圈代表代谢物，你把鼠标放上去，（别放我这上面，放KEGG中去）会出现C00668的东西，C代表compound，00668是这种化合物在KEGG中的编号，一般在KEGG中数据条目都是这样的，前面一个标志，后面一个五位数编号；大的圆方块，就表示是另一个代谢图了，所以就不展开了。
但是：为什么这个图上有的小框框是绿色呢？（这是绿色吧？我蓝绿不分的，下同）因为这是一张特定物种（S. cere. 酿酒酵母）的代谢图，蓝色的框框表示专属于这个物种。
在KEGG中有两种代谢图，一种是参考代谢通路图reference pathway，是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图，这种图上就不会有绿色的小框，而都是无色的，所有的框都可以点击查看更详细的信息；另一种就是像上面这样的属于特定物种的代谢图species-specific pathway，会用绿色来标出这个物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框点击以后才会给出更详细的信息。
这两种图很好区分，reference pathway 在KEGG中的名字是以map 开头的，比如map00010，就是糖酵解途径的参考图，而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写（应该就是一个属的首字母+2个种的首字母）比如酵母的糖酵解通路图，就是sce00010，大肠杆菌的糖酵解通路图就应该是eco00010吧。
那么：怎么找这两种图呢？（1）有下拉列表的时候，在列表选择reference 或者是特定物种即可。
（2）在pathway检索的页面http://www.genome.jp/kegg/pathway.html，如下图：默认的就是map，参考图，你想要什么物中的代谢图写上它的名称就好了（种属缩写），如果不知道是哪3个字母，点击organism 选择即可。
（不过你点进去也是一片空白，你要提示两个字母才会给出下拉条目）顺便问一下：怎么找基因呢？还是上面这张图，看到了吗，除了PATHWAY之外是不是还有BRITE、DISEASE..以及GENES等等，点击基因GENES，就可以查找基因了，如下图：不过这里要按一定的格式（org:gene）输入要查找的目的基因，比如它给出的示例：syn表示物中，ssr3451表示基因ID，查找出来的基因名称是psbE。
其实我试了一下，若直接检索基因名称（而不是KEGG中的基因ID）syn:psbE 也是一样的。
因为我不知道KEGG中基因ID如何编制的，但是，我同时也不知道基因的名称是如何定义的。
比如果糖1，6-二磷酸酶Fructose1,6-biphosphatase 的基因就叫fbp,我放进去能检索，但是我把有名的gal填上去就不能检索，当然这可能与基因后面的乱七八糟的序号后缀有关，比如填上gal1就能检索了，所以我真不知道基因到底怎么命名的？当然我在syn中没找到gal1在sce中检索到了，这也说明了基因果然不是乱长的。
依旧是上面这个图，看到KEGG2了吗？点击。
也会出现检索框，这是一个总体性地检索框，在这里面输入关键词，代谢通路也好，glycolysis 也好，gal也好，化合物也好，没那么多限制，KEGG中的相关东西都会检索出来，在这里浏览一下，再进行后续检索，也是一个不错的方法。
当然，代谢通路图，还有其他的查看形式（比如以KO查看），以及图上可以点击，链接到这链接到那，点来点去总能点出奇怪的页面来，熟悉一下也就熟悉了，这些东西会很有用，所以我就不说了。
下面讲一下KEGG的自动注释功能。
KEGG的自动注释KEGG Automatic Annotation Server，KEGG的自动注释服务简称KAAS。
在线网址为http://www.genome.jp/tools/kaas/。
就是你提交一段蛋白质序列或者基因序列（必须是fasta格式），它自动在内部进行相似性比对，找到最相似的基因，并确定检索基因的KO分类，然后给出这些基因所在的代谢通路并以以不同的颜色标示这些基因。
如下图：我在help中随便复制了它的两条示例氨基酸序列，然后粘贴到检索框中，进行了检索。
检索框默认的蛋白质序列，如果不是的话要改选。
然后填上一个邮箱地址，点击又下角的compute即可。
不出意外的话，你在接下来的页面中应该看不到任何结果，甚至连提示都没有，原来它把结果发到你邮箱去了。
我也不明白就一个网页链接为什么还硬要发送到邮箱。
首先发你一封信说已经接受，并给你一个期待结果显示的网址，一段时间后，会发你另外一封邮件，说已经完成。
打开它给的网址，就能看到结果了，如下：看来从1：20开始计算到1：50 才结束，两条氨基酸链计算了30分钟（不过我感觉没这么长呀）。
人家说了，计算时间是与要和检索序列对比的目标序列成正比，因此在检索的时候最好限制一下检索范围。
点击html 有两条代谢通量图的条目，点开他们就可以直观地看出我们检索的未知序列在代谢通路中的位置和作用了。
Text给出的是两个KO分类。
好像北京大学的生命科学学院也搞了一个KOBA，也是基于KEGG 中的KO进行注释的一个服务，应该和这个差不多吧。
代谢通路的着色怎么在KEGG检索出来的代谢通路中给特定的一些化合物或者基因（酶）着色以高亮显示呢？进入网页http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html，或者由pathway主页的Color objects in KEGG pathways进入，看图：如上图，search against 下拉出你可供选择的代谢通量图，总所周知的一个很烦人的问题就是，在这些下拉列表中，条目排序竟然是乱七八糟的很难索引。
还好我发现把焦点定在这个下拉列表的最顶端的文本框上（即文本框变成选中的蓝色），然后在键盘上拼写你要的那个物中的英文单词，只需要拼两三个字符相应的代谢通量图就出现在顶端了。
比如我要找酵母的代谢通量图，只需要在文本框变蓝的时候拼写“sacc”这几个字符“Saccharomyces cerevisiae(budding yeast)”就自动被置于上面了。
或者不把焦点集中在文本框中也行，但是你要很快地拼写sacc，否者的话焦点会在以这几个字符开头的条目之间切换。
如上图，右边有示例，这个貌似不要太简单。
想给谁着色就把它写出来后面跟上颜色就好了，一个一行。
比如写上C00118 blue 就表示在代谢通路图中把C00118这种代谢物（3-磷酸甘油醛，GAP）给着上蓝色。
但是大家也看出来了，着色可以自定义背景色，也可以同时定义前景色。
我曾一度琢磨前景色是干嘛的，琢磨半天发现没用。
背景色就是把方框或者圆圈涂成选定的颜色，这自然是要的；而前景色是谁的颜色，就是方框里面的5.4.2.2 这几个数字的颜色，或者是小圆圈圆周的颜色，这有必要定义吗，所以后面直接跟一种颜色就行了。
然后就可以了。
我随便弄个gal1想去着色，KEGG突然说在酵母中找不到gal1，怎么可能找不到呢？我前面还在GENES中搜过呢，分明是酵母，分明是gal1,分明搜的到，我当时还大为兴叹，唉，看来基因果然不能乱长啊，怎么可能一顿饭就说找不到了呢？我又回去搜里一下，确实搜的到，我再回来着色还说找不到。
发现没有哪里不对呀，难道在这里KEGG着色只能输入基因ID而不能输入名称？不是，输入基因ID能给着色，基因名称也应该能给… 哈哈，我突然大笑起来，一定是KEGG区分大小写了！果然，我把搜到的GAL1输进去，好了！用gal1又不行了。
我突然觉得好玩起来，就一次次地改大小写，一次次地看它给出的错误报告，一次次得意地嗤笑它的弱智。
既然区分大小写，那red能着红色，Red、RED肯定就不认识了，果然改写一个大小写的red就没反应了，c00118也不认识了。
前面那么多检索一直都不区分大小写的，在这里怎么区分大小写呢？KEGG显然把这点疏忽了。
着色结果如下：（红色的就是GAL1的酶，右上角的就是C00118）代谢物还好，如果要着色酶，没必要去找基因，还免得像我那样麻烦，直接在输入框中输入相应的酶就好了，比如ec:2.7.1.6 red(ec 要小写) 跟 GAL1 red 是一样的。
或者直接写 2.7.1.6 red 也是一样的。
这种着色功能还可用于对比（或寻找）两个不同物种的一些基因，或者根据芯片数据，直观地示意一些基因的表达调控。