vasp计算中需用到的命令
VASP使用总结

VASP计算的理论及实践总结一、赝势的选取二、收敛测试1、VASP测试截断能和K 点2、MS测试三、结构弛豫四、VASP的使用流程(计算性质)1、VASP的四个输入文件的设置2、输出文件的查看及指令3、计算单电能(1) 测试截断能(2) 测试K点4、进行结构优化5、计算弹性常数6、一些常用指令一、赝势的选取VASP赝势库中分为:PP和PAW两种势,PP又分为SP(标准)和USPP(超软)。
交换关联函数分为:LDA(局域密度近似)和GGA(广义梯度近似)。
GGA 又分为PW91和PBE。
在VASP中,其中pot ,pot-gga是属于超软势(使用较少)。
Paw, paw-pbe ,和paw-gga是属于PAW。
采用较多的是PAW-pbe 和PAW-gga。
此外vasp 中的赝势分为几种,包扩标准赝势(没有下标的)、还有硬(harder)赝势(_h)、软(softer)赝势(_s), 所谓的硬(难以赝化),就是指该元素原子的截断动能比较大,假想的势能与实际比较接近,计算得到的结果准确,但比较耗时,难以收敛。
软(容易赝化),表示该元素原子的截断动能比较小,赝势模型比较粗糙,但相对简单,可以使计算很快收敛(比如VASP开发的超软赝势)。
即硬的赝势精度高,但计算耗时。
软的精度低,容易收敛,但节省计算时间。
另一种情况:如Gd_3,这是把f电子放入核内处理,对于Gd来说,f电子恰好半满。
所以把f电子作为价电子处理的赝势还是蛮好的(类似还有Lu,全满)。
(相对其他的4f元素来说,至于把f电子作为芯内处理,是以前对4f元素的通用做法。
计算结果挺好)常用的做法是:用两种赝势测试一下对自己所关心的问题的影响情况。
在影响不大的情况下,选用不含4f电子的赝势(即后缀是3),一来减少计算量,二来避免DFT对4f电子的处理。
【1.赝势的选择:vasp的赝势文件放在目录~/vasp/potentials 下,可以看到该目录又包含五个子目录pot pot_GGA potpaw potpaw_GGA potpaw_PBE ,其中每一个子目录对应一种赝势形式。
VASP静态自洽计算的输入文件,执行和输出文件

VASP静态⾃洽计算的输⼊⽂件,执⾏和输出⽂件VASP输⼊⽂件1.INCAR⽂件# 计算的体系的名称SYSTEM = Hybrid# I/O设置(读⼊、读出)ISTART = 0 # 0代表⼀个全新的计算ICHARG = 2LWAVE = .FALSE.LCHARG = .TRUE. #输出电⼦密度⽂件LVOT = .TRUE. #loacl potential⽂件LELF = .TRUE. #输出电⼦局域化函数LORBIT = 11 #输出材料的分波态密度#以上四个⽂件⼀般在需要计算准确电⼦结构(⾃洽运算)时才会出现# Electronic Relaxation(电⼦步)ENCUT = 600 #平⾯阶段能,由赝势决定(POTCAR中的ENMAX*1.25~1.50)(数值越⼤,精度越⾼)NELM = 100 #最⼤电⼦步数量,默认60步(难收敛体系,如过渡⾦属,可设置为200、300~)ALGO = Fast #⾃洽循环算法(Fast,Normal,VaryFast)PREC = Accurate #精度设置ISMEAR = 0 # ⾦属0+,⾮⾦属0-(⾦属不可以设置为负数)SIGMA = 0.05 # 划分布⾥渊区,展宽EDIFF = 1E-5 #电⼦步收敛精度AMIX = 0.1 #BMIX = 0.01 #加快收敛NEDOT = 2000EMIN = -10.0 #两个EMAX = 10.0 #细化能级# Ionic Relaxation (离⼦步)IBRION = 2 #离⼦弛豫的算法(2较稳定)NSW = 300 #最⼤离⼦步的个数EDIFFG = -1E-2 #离⼦步收敛标准(默认是EDIFF*10)ISIF = 3 # 对晶胞的弛豫⽅法(3:全弛豫 2:固定体积的弛豫 4:固定体积但允许形状改变)# Polarization (含磁性体系)ISPIN = 2 # ⾃旋极化LOSRBIT = .False. #考虑⾮线性磁性(默认不考虑)# Parallization(并⾏计算的相关设定)LREAL = Auto #计算进⾏在实空间或是导空间NPAR = 1 #取节点数量或核⼼数量的根号值LPLANE = .FALSE. #针对平⾯波的设置‘#’ 表⽰注释符,后⾯的内容不会被执⾏2.KPOINTS⽂件# 划分布⾥渊区⽹格Automatic meshGamma #划分⽹格8 8 80.0 0.0 0.0# 另⼀种KPOINTS⽂件形式Automatic meshAuto25.03.POSCAR⽂件# 通过VESTA建模得到# 包括体系名称,晶胞基⽮信息,原⼦元素种类、数量和具体坐标4.POTCAR⽂件# 从赝势库中得到的赝势信息,⼀般不需要进⾏操作VASP程序的执⾏mpirun -np x vasp_std < INCAR# x是指CPU的线程数(核⼼数)VASP输出⽂件1.OSZICAR#第⼀⾏内容F #体系的⾃由能E0 #最后体系的总能量dE #体系能量的改变量# 使⽤linux命令得到⽂件中我们需要的数据grep E0 OSZICAR #打印出OSZICAR⽂件中所有含有'E0'的⾏2.OUTCAR⽂件# 包含VASP全部输⼊信息的总结(⽇志⽂件)# 最后⼀⾏:计算成本,磁性信息,电荷信息grep 'reached required accurary' OUTCAR# 若OUTCAR⽂件中存在上述字符串,则表明计算成功收敛;若没有,则未收敛3.DOSCAR⽂件# 材料的态密度信息(材料在不同能级上各⾃的占据情况/概率)(5列、3列)# 若在电⼦步设置了LORBIT=11,则会输出分波态密度(19列)更⼤4.CHGCAR⽂件#电⼦在空间位置上的分布,可直接通过VESTA⽂件画图5.LOCALCAR⽂件#电⼦在空间中的能级分布6.ELFCAR⽂件#定义的电⼦局域化函数7.EIGENVAL⽂件#电⼦在导空间上的分布状态。
VASP计算实例

VASP计算实例目录一、氢气分子H2键长的计算 (3)1.基本文件 (3)2.赝势类型的选择 (3)3.截断能ENCUT参数的选择 (4)4.KPOINTS参数选择 (5)5.对晶格常数进行优化 (6)二、Si晶体晶格常数计算 (8)1.赝势类型选择 (8)2.截断能(ENCUT)参数的选定 (9)3.KPOINTS参数的选定 (11)4.SIGMA参数的选定 (12)5.晶格常数计算结果 (13)三、Si元素单原子能量计算 (14)1.由内聚能倒推单原子能量 (14)2.基本文件 (15)3.单原子能量计算 (15)四、Si的VASP力学常数计算 (16)1.计算所需文件 (16)2.计算与数据处理 (17)3.计算所用到的公式: (18)五、SI晶体的电子结构 (19)1.采用VASP计算能带的步骤 (19)2.电荷分布计算结果 (20)能带计算和结果 (21)3.态密度计算和结果 (21)六、Si晶体介电函数和光学性质的计算 (22)1.计算步骤 (22)2.用到的文件 (23)3.计算结果 (26)七、VASP的声子谱计算 (29)1.计算步骤 (29)2.基本文件 (30)3.声子谱、声子态密度计算和结果 (33)4.热学性质计算和结果 (34)八、化合物co2键长计算 (35)1.计算步骤 (35)2.基本文件 (35)一、氢气分子H2键长的计算1.基本文件准备基本文件INCAR、POTCAR、POSCAR、KPOINT以及脚本文件encut、k、optimize2.赝势类型的选择输入文件如下其中参数要靠经验初选INCAR:System = F2ISTART = 0ICHARG = 2NELMDL = 5ISMEAR = 0SIGMA = 0.1PREC = AccurateKPOINTS:Automatic meshM1 1 10 0 0POSCAR:O115.0 0.00 0.000.00 14.0 0.000.00 0.00 13.01D0.00 0.00 0.00分别选用五个贋势文件进行计算。
VASP结合VASPKIT计算杂化能带详细步骤

VASP结合VASPKIT计算杂化能带详细步骤1.准备POSCAR,调用vaspki- 303(体相材料)或-302(二维材料)得到KPATH.in和PRIMCELL.in文件;对于二维体系,需要检查PRIMCELL.in文件的真空层是否沿z方向,如果没有,可调用vaspkit-923或vaspkit-407强制真空层沿z方向。
2.cp PRIMCELL.vasp POSCAR后,用VASP-PBE优化结构。
KPATH.in能带只针对于PRIMITIVE CELL,缺少这一步,你可能得到错误的结果。
如果有必要,比较KPATH.in文件中的能带路径是否与在线能带路径产生工具SeeK-Path产生的一致,包括比较PRIMCELL.vasp和HIGH_SYMMETRY_POINTS文件。
需要指出的是SeeK-Path只用于体相结构能带路径的产生。
3.4.cp CONTCAR POSCAR,用VASP-HSE继续优化结构;严格来说HSE优化的结构与PBE方法得到的有差别,只是不同的体系差别程度有所不同(可选)5.调用vaspkit-251命令产生用于能带计算的KPOINTS文件,KPOINTS文件包含两部分为:第一部分为不可约布里渊区权重不为零的K点,用于自洽计算得到正确的费米能;第二部分为权重为零的沿着特定能带的K点,用于能带计算;6.先用PBE计算一次并保存波函数。
切记计算结束后,用vaspkit-252命令检查一下能带是否合理。
概念一定要清楚,PBE能带也可以采用这种方法得到,和常规分两步计算得到能带是等价的。
7.修改INCAR关于HSE计算参数,然后继续执行一次VASP计算;8.用vaspkit- 252提取杂化密度泛函能带数据。
ms计算声子谱

声子谱(Phonon Spectrum)是描述晶体中原子振动模式的能谱。
在计算声子谱时,通常使用第一性原理模拟软件,如VASP、Quantum ESPRESSO等。
这些软件可以计算晶体的电子结构、原子间的相互作用以及原子的振动模式。
以下是使用VASP计算声子谱的基本步骤:
1. 准备输入文件:首先需要准备VASP的输入文件,包括POSCAR(描述晶体结构)、INCAR(控制计算参数)和KPOINTS(定义k点网格)。
2. 运行VASP:在准备好输入文件后,可以在命令行中运行VASP程序。
例如,对于VASP 5.4.4版本,可以使用以下命令:
bash
mpirun -np 4 vasp_std
其中,`-np 4`表示使用4个并行进程运行VASP,`vasp_std`是VASP的标准版本。
3. 分析结果:计算完成后,VASP会生成多个输出文件,其中最重要的是OUTCAR (包含总能量、力等信息)和DOSCAR(包含态密度信息)。
通过分析这些文件,可以得到声子谱的信息。
4. 绘制声子谱图:根据OUTCAR和DOSCAR文件中的数据,可以使用Python
或其他编程语言编写脚本来绘制声子谱图。
例如,可以使用matplotlib库绘制声子谱图。
需要注意的是,声子谱的计算可能需要较长时间,因为涉及到大量的原子间相互作用和振动模式。
此外,为了获得准确的声子谱,需要选择合适的k点网格和晶格参数。
个人非常好的VASP学习与总结

精析V ASP目录第一章LINUX命令11.1 常用命令11.1.1 浏览目录11.1.2 浏览文件11.1.3 目录操作11.1.4 文件操作11.1.5 系统信息1第二章SSH软件使用22.1 软件界面22.2 SSH transfer的应用32.2.1 文件传输32.2.2 简单应用3第三章VASP的四个输入文件33.1 INCAR 33.2 KPOINTS 43.3 POSCAR 43.4 POTCAR 5第四章实例54.1 模型的构建54.2 VASP计算84.2.1 参数测试(VASP)参数设置这里给出了赝势、ENCUF、K点、SIMGA一共四个参数。
是都要验证吗?还是只要验证其中一些?84.2.2 晶胞优化(Cu) 134.2.3 Cu(100)表面的能量144.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化154.2.5 CO吸附于Cu100表面H位174.2.6 H吸附于Cu100表面H位184.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位194.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面204.2.9 过渡态计算21第一章Linux命令1.1 常用命令1.1.1 浏览目录cd: 进入某个目录。
如:cd /home/songluzhi/vasp/CH4 cd .. 上一层目录;cd / 根目录;ls: 显示目录下的文件。
注:输入目录名时,可只输入前3个字母,按Tab键补全。
1.1.2 浏览文件cat:显示文件内容。
如:cat INCAR如果文件较大,可用:cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件:cat A B > C (A和B的内容合并,A在前,B在后) 1.1.3 目录操作mkdir:建立目录;rmdir:删除目录。
如:mkdir T-CH3-Rh1111.1.4 文件操作rm:删除文件;vi:编辑文件;cp:拷贝文件mv:移动文件;pwd:显示当前路径。
如:rm INCAR rm a* (删除以a开头的所有文件)rm -rf abc (强制删除文件abc)tar:解压缩文件。
VASP参数设置详解

VASP参数设置详解VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一种用于计算材料和表面的第一性原理分子动力学(MD)和电子结构计算的软件程序。
它是一个功能强大且广泛应用的工具,可用于研究诸如能带结构、电子密度、总能量、力和应力等性质。
为了得到准确的计算结果,合适的参数设置非常重要。
以下是一些关键的VASP参数,以及它们的详细解释。
1.ENCUT(截断能)ENCUT是用于计算波函数的能量截断值。
它控制VASP计算中所使用的平面波基组的能量截断。
较高的截断能可提高计算结果的准确性,但同时也会增加计算的时间和资源消耗。
通常,ENCUT的值应在200到800eV之间选择,并根据体系的特点进行调整。
2.ISMEAR(态的展宽)ISMEAR参数用于控制态的展宽,即Gaussian函数用于展宽费米面附近的电荷分布。
它通常选择为0(对金属材料)或-5(对绝缘体和半导体材料)。
同时,SIGMA参数也需被设置为一个适当的值,以控制态的展宽。
3.IBRION(晶格弛豫类型)IBRION参数用于控制晶格弛豫的类型。
对于静止的体系,IBRION应设置为-1;对于晶胞形状和体积的弛豫,使用2;对于原子位置的弛豫,使用1、此外,ISIF参数用于指定对称性约束的条件,可以根据需要进行设置。
4.NSW(步数)NSW参数用于控制分子动力学(MD)计算中的步数。
步数越大,计算的结果越准确,但计算时间也会随之增加。
根据研究需求,可以选择适当的步数进行计算。
5.EDIFFG(势场截止值)EDIFFG参数用于控制在每个步骤中结构优化时原子之间相对位移的收敛标准。
它表示两个连续构型之间最大原子位移的标准,较小的值通常会导致更精确的结果。
6.KPOINTS(k点网格)KPOINTS参数用于控制在计算布里渊区积分时所使用的k点网格。
它决定了计算的精度和效率。
理想情况下,应选择一个高度对称的k点网格,以保证准确性。
如何用VASP计算晶格常数

如何用VASP计算晶格常数VASP是一款常用的第一性原理计算软件,可用于计算各种物理和化学性质,包括晶格常数。
本文将通过详细的步骤指导如何使用VASP计算晶格常数。
1.准备工作:在使用VASP计算晶格常数之前,需要准备以下文件:-INCAR文件:包含所有计算参数的输入文件。
- POSCAR文件:包含体系的原子坐标和晶格常数的输入文件。
可以使用外部软件生成,例如Materials Studio、VESTA等。
-POTCAR文件:包含原子势能信息的文件。
-KPOINTS文件:用于定义k点网格,用于计算能带结构。
可以使用自动生成工具进行生成。
2.设置INCAR文件:打开INCAR文件,设置以下参数:-ENCUT:截断能。
一种势能截断参数,对计算结果影响较大。
可通过多次计算逐渐增大其值,直到结果收敛为止。
- ISMEAR:用于定义电子占据数的方法。
常用的选项有Gaussian和Methfessel-Paxton。
- SIGMA:在使用ISMEAR选项为Gaussian时,用于定义宽度的参数。
一般选择小于0.2 eV。
- PREC:定义计算的精度级别。
常用的设置有Low、Normal和High。
-NSW:定义离子进行多少步的迭代。
-ISTART和ICHARG:对于初始的计算,将其设置为0。
-EDIFF:收敛判据。
设置一个合适的值,使得计算结果收敛。
3.设置POSCAR文件:打开POSCAR文件,设置晶体的结构参数。
可以手动输入原子的坐标,或者复制其他软件生成的文件内容。
4.设置POTCAR文件:在VASP的安装目录中,找到POTCAR文件夹,并将需要使用的原子势能文件复制到当前工作目录中。
注意保持POTCAR文件的顺序和POSCAR文件中原子的顺序一致。
5.设置KPOINTS文件:打开KPOINTS文件,在其中设置k点的信息。
k点的密度对计算结果的精度有一定影响,可以根据具体需求进行调整。
在这里,我们将只计算晶格常数,因此可以选择较低的k点密度。
VASP参数设置详解要点

VASP参数设置详解要点VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一种第一原理计算程序,用于计算材料性质和从头计算材料结构。
在进行VASP模拟时,合理设置参数非常重要,它们决定了模拟的准确性和效率。
下面将详细讨论几个关键的VASP参数设置要点。
1.设置能量截断(ENCUT):ENCUT是控制计算中的平面波能量截断的参数。
它应该尽量接近真实波函数的动能截断,以保证计算结果的准确度。
选择合适的ENCUT值非常关键,过低的值可能导致计算不收敛,过高的值则会造成计算时间过长。
一般建议从400eV开始进行尝试,然后根据计算的收敛性和计算结果调整。
2.设置k点密度(KPOINTS):k点密度是控制倒空间采样的参数。
k点密度越高,计算结果越准确,但计算时间也会增加。
为了在准确性和效率之间取得平衡,可以根据材料的对称性和大小进行合理的选择。
一般情况下,对于晶体,k点密度可以使用Reciprocal Space的自动生成程序,对于分子系统,可以使用Gamma Point + Monkhorst Pack方案。
3.设置电子步的最大迭代次数(NELM):NELM是控制电子步迭代收敛性的参数。
它决定了算法进行多少次最大迭代。
在计算过程中,电子步的总数是非常关键的。
如果电子步的迭代次数不足,可能会导致计算不收敛。
通常可以从60次开始进行尝试,如果计算结果不收敛,可以增加NELM的值。
4.设置计算精度(PREC):PREC参数是控制计算精度的参数。
该参数取值从粗到细分别为Low,Medium,High和Accuracy。
选择适当的计算精度可以在减少计算时间和提高计算结果准确性之间取得平衡。
一般情况下,可以从Medium开始尝试。
5.设置自洽迭代的收敛判据(EDIFF):EDIFF是控制自洽迭代收敛性的参数。
当自洽迭代前后两次总能量的变化低于EDIFF时,认为自洽迭代收敛。
合理设置EDIFF可以保证计算结果的准确性。
VASP使用总结

VASP计算的理论及实践总结一、赝势的选取二、收敛测试1、VASP测试截断能和K 点2、MS测试三、结构弛豫四、VASP的使用流程(计算性质)1、VASP的四个输入文件的设置2、输出文件的查看及指令3、计算单电能(1) 测试截断能(2) 测试K点4、进行结构优化5、计算弹性常数6、一些常用指令一、赝势的选取VASP赝势库中分为:PP和PAW两种势,PP又分为SP(标准)和USPP(超软)。
交换关联函数分为:LDA(局域密度近似)和GGA(广义梯度近似)。
GGA 又分为PW91和PBE。
在VASP中,其中pot ,pot-gga是属于超软势(使用较少)。
Paw, paw-pbe ,和paw-gga是属于PAW。
采用较多的是PAW-pbe 和PAW-gga。
此外vasp 中的赝势分为几种,包扩标准赝势(没有下标的)、还有硬(harder)赝势(_h)、软(softer)赝势(_s), 所谓的硬(难以赝化),就是指该元素原子的截断动能比较大,假想的势能与实际比较接近,计算得到的结果准确,但比较耗时,难以收敛。
软(容易赝化),表示该元素原子的截断动能比较小,赝势模型比较粗糙,但相对简单,可以使计算很快收敛(比如VASP开发的超软赝势)。
即硬的赝势精度高,但计算耗时。
软的精度低,容易收敛,但节省计算时间。
另一种情况:如Gd_3,这是把f电子放入核内处理,对于Gd来说,f电子恰好半满。
所以把f电子作为价电子处理的赝势还是蛮好的(类似还有Lu,全满)。
(相对其他的4f元素来说,至于把f电子作为芯内处理,是以前对4f元素的通用做法。
计算结果挺好)常用的做法是:用两种赝势测试一下对自己所关心的问题的影响情况。
在影响不大的情况下,选用不含4f电子的赝势(即后缀是3),一来减少计算量,二来避免DFT对4f电子的处理。
【1.赝势的选择:vasp的赝势文件放在目录~/vasp/potentials 下,可以看到该目录又包含五个子目录pot pot_GGA potpaw potpaw_GGA potpaw_PBE ,其中每一个子目录对应一种赝势形式。
vasp 态密度计算流程

vasp 态密度计算流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成,希望大家下载以后,能够帮助大家解决实际的问题。
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POTCAR:赝势文件。
VASP使用总结

VASP使用总结VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一款基于密度泛函理论(DFT)的第一性原理计算软件,主要用于材料科学和凝聚态物理领域的计算。
它提供了丰富的功能和工具,可以用于模拟和研究各种材料的物理和化学性质。
以下是对VASP使用的总结:1.输入文件的准备在进行VASP计算之前,首先需要准备好输入文件。
VASP使用的输入文件包括POSCAR、INCAR、POTCAR等。
POSCAR文件用于定义晶体结构和原子坐标,INCAR文件用于定义计算参数和设置计算方法,POTCAR文件用于定义原子的赝势。
2.材料结构的优化VASP可以通过结构优化计算来确定材料的最稳定结构。
结构优化计算通过改变原子位置和晶胞大小,寻找最低能量的结构。
可以使用ISIF 参数来设置优化类型,如禁止移动原子、禁止改变晶胞大小等。
3.能带结构的计算VASP可以计算材料的能带结构,从而提供关于能带轨道和能带间隙的信息。
能带结构计算需要先进行结构优化计算,然后再进行自洽计算和能带计算。
可以通过设置KPOINTS和NBANDS参数来控制计算的精度和效率。
4.密度状态的计算VASP可以计算材料的密度状态,包括电荷密度、电荷分布和电子态密度等。
通过密度状态计算,可以了解材料的电子结构和性质。
可以通过设置LSORBIT、IALGO和NPAR等参数来控制计算的模式和效率。
5.势能面的计算VASP可以计算材料的势能面,并通过构建势能面图像来显示材料的稳定性和反应性。
势能面计算需要进行结构优化计算,然后通过改变原子位置和晶胞大小来势能面上的最低能量和结构。
6.热力学性质的计算VASP可以通过计算自由能、热容和热膨胀系数等热力学性质来了解材料的热稳定性和热响应。
热力学性质的计算需要进行结构优化计算和自洽计算,然后使用VASP提供的工具和脚本进行热力学性质的分析和计算。
7.计算结果的解析和可视化VASP提供了丰富的工具和脚本,可以用于解析和可视化计算结果。
vaspkit 光学计算教程

Vaspkit 计算光学性质具体步骤:1.准备优化好的POSCAR 如:cat ./OPTIC/POSCAR (注:设当前计算目录为OPTIC)system SiC4.350.5 0.5 0.00.0 0.5 0.50.5 0.0 0.5Si C1 1cart0.00 0.00 0.000.25 0.25 0.252 在OPTIC 目录运行:vaspkit -task 101 -inp ST 获取静态计算的INCAR在OPTIC 目录运行:vaspkit -task 102 -kpr 0.04 -kps G 获取静态计算KPOINTS 和POTCARls 如下:3 输入vasp 运行命令,如:mpirun -np 20 vasp_std.base (我的运行命令,你可能不同)4 运行完成后,继续输入:vaspkit -task 101 -inp OP 或取光学计算INCAR ,包含两个:1)INCAR ,2) INCAR.step2.lefINCAR: INCAR.step2.lef注:默认INCAR 基于独立粒子近似计算INCAR.step2.lef 考虑局域场效应(ALGO = CHI),其中LRPA= TRUE (默认)计算的是RPA 层级的局域场,只限于Hartree 贡献,如果想计算DFT 交换关联的贡献,请设置LRPA =.FALSE.(去掉感叹号!)5 输入grep NBANDS OUTCAR 获取静态计算的默认NBANDS 数量(e.g.NBANDS= 20)6 输入sed -i "3c NBANDS = 60" INCAR (自动替换INCAR 第二行NBANDS 数量为60,取足够多空带)sed "s/NBANDS = / NBANDS = 60/g" INCAR.step2.lef7 输入vasp 运行命令,如:mpirun -np 20 vasp_std.base (我的运行命令,你可能不同)8 运行optic.sh 脚本(在vaspkit examples/optic/optic.sh),建议在/home 目录新建一个bin 目录,并把bin目录加入环境变量,然后把常用的小脚本放在/home/bin 下,比如我把optic.sh 放在/home/bin/ 下,执行chomd +x optic.sh 赋予执行全,并在~/.bashrc 文件中添加一行:PATH=/home/bin/:$PATH ,然后保存退出后输入:source ~/.bashrc 后,进入当前计算目录(xx/OPTIC/)直接输入optic.sh ,此时会产生IMAG.in(虚部)和REAL.in(实部)两个文件供vaspkit 后续使用。
VASP参数设置详解

VASP参数设置详解VASP(Vienna Ab initio Simulation Package)是一种用于计算材料的密度泛净近似(DFT)的第一性原理计算软件包。
它通过解Schrödinger方程来模拟材料的电子结构和相关性质。
在使用VASP进行计算时,合理地设置一些参数对于获得准确和可靠的计算结果至关重要。
下面是一些VASP参数的详细解释和设置建议。
1.ENCUT:电子截断能电子截断能决定了在计算中使用的总能量截断。
它代表了在周期性晶体中采样自由电子波函数所需的最高能量。
对于不同的系统,需要选择一个适当的ENCUT值来平衡计算精度和计算成本。
一般来说,较大的ENCUT可以提供更准确的结果,但也会增加计算的时间和计算资源的需求。
2.KPOINTS:k空间采样KPOINTS参数决定了在倒空间中如何采样能带结构或密度(扩展计算)等。
k点的选择通常取决于晶体结构的对称性和计算的目标。
大多数情况下,使用自动设置的KPOINTS能够提供合理的结果,但对于具有特殊性质(如表面性质或嵌入物性质)的系统,可能需要进行手动调整以获得更准确的结果。
3.ISMEAR:布洛赫函数展宽类型ISMEAR参数定义了用于计算导体体系的占有数矩阵的布洛赫函数的展宽类型。
对于绝缘体,可以使用较小的展宽(如ISMEAR=0),对于导体,使用较大的展宽(如ISMEAR=-5)以便准确地描述费米面附近的行为。
4. SIGMA:Methfessel-Paxton方法的展宽参数SIGMA参数是Methfessel-Paxton方法用来对扩展波函数(导体体系)进行展宽的参数。
较小的SIGMA可以提供更准确的结果,但可能会使计算更加耗时。
合理的SIGMA选择应遵循VASP文档中的建议范围。
5.EDIFF:能量差(收敛标准)EDIFF参数定义了能量收敛的标准。
计算迭代过程中,当两个连续的迭代之间的能量差小于EDIFF时,认为计算已经收敛。
vasp攻略

打包压缩命令:tar zcvf 文件名.tar.gz 源文件名采用link方式避免重复的文件浪费内存:ln –s 源文件命名Eg:ln –s ../optic/MME ./EuO.mme交互式绘图工具gnuplot: 命令行打:gnuplot进入格式:plot “文件名”退出:quit求磁矩:getmag如果由于节点掉线在提交任务后秒退,不输出outcar可以指定节点提交任务LJRS -l nodes=c0104:ppn=4chmod +x 名称——使脚本可以执行构造potcar,以A和B元素为例:如果是以Z为拓展名的文件:zcat A/POTCAR.Z B/POTCAR.Z > POTCAR如果是解压后的potcar文件:cat A/POTCAR B/POTCAR > POTCARINCAR中的RWIGS通过POTCAR文件获得单位晶胞体积:grep “vol”OUTCAR自动计算加应力情况下的最优化情况:C/a :vaspcaopt softmode-e -=*(画曲线)如果要看某种材料是FM还是AFM,需要以相同结构计算一次,看能量哪个低。
将POSCAR/CONTCAR/CHGCAR装换成xcrysden(进入xcrysden文件执行./xcrysden)可读取的形式Eg:(BFO)v2xsf CHGCAR -1 83 -2 26 -3 8 -dv2xsf POSCAR -1 83 -2 26 -3 8 -dv2xsf CONTCAR -1 83 -2 26 -3 8 -d晶胞放大时,k点需要等比例的缩小画出曲线图:ISMEAR如果是半导体/绝缘体取-5,如果是金属取1,SIGMA=0.2(一般不改变)如果求DOS,则ISMEAR=-5.如果求band,则ISMEAR=1.1、Relax ISTART=0,ICHARG=2, ISIF=3,NSW=200,EDIFFG=-1*10-3,IBRION=22、Scf NSW=0(关闭结构优化) 用Relax后的CONTCAR替换POSCAR3、DOS 添加scf后的CHGCAR,ISTART=1,ICHARG=11,k放大一倍DOSCAR 第六行:Emax Emin Emin与Emax之间点的数目Ef第七行:能量总的态密度(spin up)总的态密度(spin down)态密度积分(up)态密度积分(down)后面按原子分:能量s轨道态密度(spin up)s轨道态密度(spin down)p轨道态密度(spin up)p轨道态密度(spin down)d轨道态密度(spin up)d轨道态密度(spindown)f轨道态密度(spin up)f轨道态密度(spin down)Split_dos 对dos按原子区分4、band 与DOS所需文件一致,KPOINTS需要使用line模式手动输入。
vasp常用命令

文件和目录cd /home 进入'/ home' 目录'cd .. 返回上一级目录cd ../.. 返回上两级目录cd 进入个人的主目录cd ~user1 进入个人的主目录cd - 返回上次所在的目录pwd 显示工作路径ls 查看目录中的文件ls -F 查看目录中的文件ls -l 显示文件和目录的详细资料ls -a 显示隐藏文件ls *[0-9]* 显示包含数字的文件名和目录名tree 显示文件和目录由根目录开始的树形结构(1)lstree 显示文件和目录由根目录开始的树形结构(2)mkdir dir1 创建一个叫做'dir1' 的目录'mkdir dir1 dir2 同时创建两个目录mkdir -p /tmp/dir1/dir2 创建一个目录树rm -f file1 删除一个叫做'file1' 的文件'rmdir dir1 删除一个叫做'dir1' 的目录'rm -rf dir1 删除一个叫做'dir1' 的目录并同时删除其内容rm -rf dir1 dir2 同时删除两个目录及它们的内容mv dir1 new_dir 重命名/移动一个目录cp file1 file2 复制一个文件cp dir/* . 复制一个目录下的所有文件到当前工作目录cp -a /tmp/dir1 . 复制一个目录到当前工作目录cp -a dir1 dir2 复制一个目录ln -s file1 lnk1 创建一个指向文件或目录的软链接ln file1 lnk1 创建一个指向文件或目录的物理链接touch -t 0712250000 file1 修改一个文件或目录的时间戳- (YYMMDDhhmm)file file1 outputs the mime type of the file as texticonv -l 列出已知的编码iconv -f fromEncoding -t toEncoding inputFile > outputFile creates a new from the given input file by assuming it is encoded in fromEncoding and converting it to toEncoding.find . -maxdepth 1 -name *.jpg -print -exec convert "{}" -resize 80x60 "thumbs/{}" \; batch resize files in the current directory and send them to a thumbnails directory (requires convert from Imagemagick)find / -name file1 从'/' 开始进入根文件系统搜索文件和目录find / -user user1 搜索属于用户'user1' 的文件和目录find /home/user1 -name \*.bin 在目录'/ home/user1' 中搜索带有'.bin' 结尾的文件find /usr/bin -type f -atime +100 搜索在过去100天内未被使用过的执行文件find /usr/bin -type f -mtime -10 搜索在10天内被创建或者修改过的文件find / -name \*.rpm -exec chmod 755 '{}' \; 搜索以'.rpm' 结尾的文件并定义其权限find / -xdev -name \*.rpm 搜索以'.rpm' 结尾的文件,忽略光驱、捷盘等可移动设备locate \*.ps 寻找以'.ps' 结尾的文件- 先运行'updatedb' 命令whereis halt 显示一个二进制文件、源码或man的位置which halt 显示一个二进制文件或可执行文件的完整路径打包和压缩文件bunzip2 file1.bz2 解压一个叫做'file1.bz2'的文件bzip2 file1 压缩一个叫做'file1' 的文件gunzip file1.gz 解压一个叫做'file1.gz'的文件gzip file1 压缩一个叫做'file1'的文件gzip -9 file1 最大程度压缩rar a file1.rar test_file 创建一个叫做'file1.rar' 的包rar a file1.rar file1 file2 dir1 同时压缩'file1', 'file2' 以及目录'dir1'rar x file1.rar 解压rar包unrar x file1.rar 解压rar包tar -cvf archive.tar file1 创建一个非压缩的tarballtar -cvf archive.tar file1 file2 dir1 创建一个包含了'file1', 'file2' 以及'dir1'的档案文件tar -tf archive.tar 显示一个包中的内容tar -xvf archive.tar 释放一个包tar -xvf archive.tar -C /tmp 将压缩包释放到/tmp目录下tar -cvfj archive.tar.bz2 dir1 创建一个bzip2格式的压缩包tar -xvfj archive.tar.bz2 解压一个bzip2格式的压缩包tar -cvfz archive.tar.gz dir1 创建一个gzip格式的压缩包tar -xvfz archive.tar.gz 解压一个gzip格式的压缩包zip file1.zip file1 创建一个zip格式的压缩包zip -r file1.zip file1 file2 dir1 将几个文件和目录同时压缩成一个zip格式的压缩包unzip file1.zip 解压一个zip格式压缩包查看文件内容cat file1 从第一个字节开始正向查看文件的内容tac file1 从最后一行开始反向查看一个文件的内容VESTA我学会用了,先将CONTCAR保存为COMTCAR.vasp,在VESTA中打开,再Expose data,保存成CONTCAR.cif,就可以在MS中打开了。
VASP经典学习教程-有用

VASP 学习教程理工大学量子化学课题组2012/5/25目录第一章 Linux命令 (1)1.1 常用命令 (1)1.1.1 浏览目录 (1)1.1.2 浏览文件 (1)1.1.3 目录操作 (1)1.1.4 文件操作 (1)1.1.5 系统信息 (1)第二章 SSH软件使用 (2)2.1 软件界面 (2)2.2 SSH transfer的应用 (3)2.2.1 文件传输 (3)2.2.2 简单应用 (3)第三章 VASP的四个输入文件 (3)3.1 INCAR (3)3.2 KPOINTS (4)3.3 POSCAR (4)3.4 POTCAR (5)第四章实例 (5)4.1 模型的构建 (5)4.2 VASP计算 (8)4.2.1 参数测试 (8)4.2.2 晶胞优化(Cu) (13)4.2.3 Cu(100)表面的能量 (14)4.2.4 吸附分子CO、H、CHO的结构优化 (15)4.2.5 CO吸附于Cu100表面H位 (17)4.2.6 H吸附于Cu100表面H位 (18)4.2.7 CHO吸附于Cu100表面B位 (19)4.2.8 CO和H共吸附于Cu100表面 (20)4.2.9 过渡态计算 (21)第一章 Linux命令1.1 常用命令1.1.1 浏览目录cd: 进入某个目录。
如:cd /home/songluzhi/vasp/CH4cd .. 上一层目录;cd / 根目录;ls: 显示目录下的文件。
注:输入目录名时,可只输入前3个字母,按Tab键补全。
1.1.2 浏览文件cat:显示文件容。
如:cat INCAR如果文件较大,可用:cat INCAR | more (可以按上下键查看) 合并文件:cat A B > C (A和B的容合并,A在前,B在后)1.1.3 目录操作mkdir:建立目录;rmdir:删除目录。
如:mkdir T-CH3-Rh1111.1.4 文件操作rm:删除文件;vi:编辑文件;cp:拷贝文件mv:移动文件;pwd:显示当前路径。
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1.在集群上查看所有的任务qstat
2.在集群上查看所有的任务,并察看接点的编号,以及所用核数qstat -n
根据以上找到自己的任务信息
可以看到任务编号11635.node1 用户pengqiong 任务名称films-relax 核数32个,node14/0,代表14号节点上,0号核,一直到31号核,说明总共32个核在计算。
3.接下来可以继续查看想要查看的节点详情,比如14号节点,用命令:ssh node21
输入密码,然后top
可以看到,CPU利用率99%。
以上一系列任务便于随时查看任务的计算情况,及时了解任务是否算完,CPU利用率是否合理。
查看静态和能带计算的带隙,band+tab键,出现命令bandgap.pl,按回车键,即可显示:Scf
bands
比如以上发现,静态和能带得到的带隙不一样,说明计算有问题,便于及时发现问题。