NCBI中Blast序列比对小总结

NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性Blast导航主页面主体包括

三部分BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍Specialized BLAST是一些特殊目的的Blast，女口Primer-BLAST、IgBLAST根据需要做出选择本学期学习了最基本的核苷酸序列的比对点击Basic BLAST部分的nucleotide链接到

一个新的页面，打开后的页面特征：大体上包括三个部分Enter Query Sequenee

部分可以让我们输入序列，其中的Job Title部分可以为本次工作命一个名字Choose Search Set部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。其中的Entrez Query可以对比对结果进行适当的限制。Program Selection部分可以选择

本次对比的精确度，种内种间等等。其次Blast按钮下面有一个“Algorithm parameters算法参数，可设置参数。点击Blast后，出现的页面大体上包括四个部

分一•所询问和比对序列的简单信息 1 •询问序列的简单信息——名称、描述、分

子类型、序列长度2 .所比对数据库的名称、描述和所用程序二.Graphic Summary blast 结果图形显示相似度颜色图（黑、蓝、绿、粉红、红，相似度由

低到高）三.Descriptions -------- blast结果描述区1.到其他数据库的链接2.描述以

表格的形式呈现（以匹配分值从大到小排序）（l）Accession下程序比对的序列名称，点击相应的可以进入更为详细的map viewer （2）Descriptions下是对所比对序列的

简单描述接下来是5个结果数值：（3）Max score匹配分值，点击可进入第四部分相应序列的blast的详细比对结果（4）Total score总体分值（5）Query coverage 覆盖率

⑹E value ――E （Expect ）值，表示随机匹配的可能性。E值越大，随机匹配的可

能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。（7）Max ident ――匹

配一致性，即匹配上的碱基数占总序列长的百分数。（8）Links ――到其他数据库的

链接。四.各序列blast的详细比对结果数据库中不同序列比对的详细结果，每一个结果大体上包括3部分1.所比对序列的名称、简单描述、长度。到其他数据库的链接。2•比对结果的5个数值：（1）score打分矩阵计算出来的值，由搜索算法决定的，值越大说明询问序列跟目标序列匹配程度越大⑵Expect是输入序列被随机搜

索出来的概率，该值越小越好。（3）ldentities是相似程度，即输入序列和搜索到序

列的匹配率（4）Gaps就是空白，即比对序列只有一条链上有碱基

（5）stra nd二plus/mi nus 即询问序列和数据库里面序列的互补链匹配3.输入序列和

库中对比到的序列每个碱基的详细对比NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验

引物特异性

Blast导航主页面主体包括三部分

BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍

Specialized BLAST 是一些特殊目的的Blast，女口Primer-BLAST、IgBLAST 根据需要做出选择

本学期学习了最基本的核苷酸序列的比对点击Basic BLAST部分的nucleotide链接到一个新的页面，打开后的页面特征：大体上包括三个部分

Enter Query Sequenee部分可以让我们输入序列，其中的Job Title部分可以为本次工作命一个名字

Choose Search Set部分可以选择要与目的序列比对的物种或序列种类。其中的Entrez

Query可以对比对结果进行适当的限制。

Program Selection部分可以选择本次对比的精确度，种内种间等等。

其次Blast按钮下面有一个“Algorithm parameters算法参数，可设置参数。

点击Blast后，出现的页面大体上包括四个部分

一•所询问和比对序列的简单信息

1 •询问序列的简单信息——名称、描述、分子类型、序列长度

2 •所比对数据库的名称、描述和所用程序

二.Graphic Summary ------ blast 结果图形显示

相似度颜色图(黑、蓝、绿、粉红、红，相似度由低到高)

三.Descriptions ------ blast 结果描述区

1 .到其他数据库的链接

2 .描述以表格的形式呈现(以匹配分值从大到小排序)

(1) Accession下程序比对的序列名称，点击相应的可以进入更为详细的map viewer

(2) Descriptions下是对所比对序列的简单描述

接下来是5个结果数值：

(3) Max score匹配分值，点击可进入第四部分相应序列的blast的详细比对结果

(4) Total score 总体分值

(5) Query coverage 覆盖率

(6) E value——E (Expect)值，表示随机匹配的可能性。

E值越大，随机匹配的可能性也越大。

E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。

(7) Max ide nt ---- 匹配一致性，即匹配上的碱基数占总序列长的百分数。

(8) Links ――到其他数据库的链接。

四.各序列blast的详细比对结果

数据库中不同序列比对的详细结果，每一个结果大体上包括3部分

1.所比对序列的名称、简单描述、长度。到其他数据库的链接。

2•比对结果的5个数值：

(1) score打分矩阵计算出来的值，由搜索算法决定的，值越大说明询问序列跟目标序列匹配程度越大

(2) Expect是输入序列被随机搜索出来的概率，该值越小越好。

⑶Identities是相似程度，即输入序列和搜索到序列的匹配率

(4) Gaps就是空白，即比对序列只有一条链上有碱基

(5) stra nd二plus/mi nus 即询问序列和数据库里面序列的互补链匹配

3 .输入序列和库中对比到的序列每个碱基的详细对比

NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性

Blast导航主页面主体包括三部分

BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面Basic BLAST包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍

Specialized BLAST 是一些特殊目的的Blast，女口Primer-BLAST、IgBLAST 根据需要做出选择本人本学期学习了最基本的核苷酸序列的比对

点击Basic BLAST部分的nucleotide链接到一个新的页面，打开后的页面特征：大体上包括三个部分

Enter Query Sequenee部分可以让我们输入序列，其中的Job Title部分可以为本次工作命一个名字