chemdraw教程 (29)

第二章Chemdraw的使用及技巧第一节绪论1.1安装ChemDraw基本操作步骤同其它软件类似，但是由于ChemDraw是一款商务软件，且价格在上千美元，大多数使用者往往是使用下载的版本而不是购买正版的商务套装。

双击ChemDraw 后，会弹出一个对话框，要求输入其注册用户名和密码进行软件的激活。

可以通过两种方法进行处理。

示，最好把line width放宽一点（画分子的时候也许Tolerances也要大点，并且所有的键、原子都可以选成不同的颜色，这样贴到powerpoint里面比较pp一些。

图2-3 Preference对话框Color Palette（调色板）可以添加，移动或变化默认的前景或背景的颜色。

1.5 ChemDraw文件操作ChemDraw文件本身的格式是*.cdx。

在File /Apply Document Settings from…中集成了国际很多通用的格式，经常用的会是ACM格式。

下面是ACS（美国化学会）所有杂志包括JACS对ChemDraw画分子结构的要求：1) As drawing settings select:chain angle 120°bond spacing 18% of widthfixed length 14.4pt(0.508cm,0.2in.)bold width 2.0pt(0.071,0.0278in.)line width 0.6pt(0.021cm,0.0084in.)margin width 1.6pt(0.056cm,0.0222in.)hash spacing 2.5pt(0.088cm,0.0347in.)2) As text sttings select:Font HelveticaSize 10pt3) Under the preferences choose:Units PointsTolerances 3Pixels4) Set the page setup to 100%5) Label the drawings:"Reduce to 75% of current size for publication."每次打开一个文件就会出现一个新的文件窗口，如果打开多个文件，文件窗口只显示最后打开的文件，通过Ctrl+Tab可以进行窗口的变换。

第二节化学结构的绘制2.1键工具1.固定键的长度，角度软件对键的长度有一定的限制，在Object下拉菜单中，点击Fixed lengths，则画出的键长度固定。

同样的方法Fixed angles用于固定键的角度，默认值15度为一个单位。

如果需要临时改变键的长度或者角度，按下Alt键，同时按动键到所需长度和角度即可。

2.楔键工具点击楔键工具，从楔键窄面点按动到宽面另一点。

绘制完成后，将鼠标放在键上，单击即可改变键的方向。

3.多重键的绘制在Chemoffice2002以后的版本中直接包含了绘制各种多重键的工具，直接点击即可。

也可以用比较原始的方法。

列在下面，尽管原始，但又是比较省事，免去切换功能键1)双键选择实键工具，点击绘制单键，在单键基础上再按动一次即可得到双键。

通过在双键中间（出现光标块）的点击可以改变双键的位置，在上，在下或中间。

2)双抉择键在双键基础上，选择波浪键，在双键上点击即可。

3)叁键双键基础上，再次按动。

叁键再次点击后即成单键。

注意，以上按动和点击的区别，按动是按住鼠标，拉出一根键后松开，点击是单击的意思。

两者并不同。

4.碳氢长链的绘制使用无环链工具，选择后单击，在弹出的对话框中输入键的个数即可。

按住鼠标，上下移动可以改变长链的方向。

2.2环工具环己烷凳环可以用两个方位进行绘制，选择工具，点击即可得到水平方向环，按住shift点击则得到水平方向环。

除了环己烷凳环外，其他环工具在按住Ctrl键时点击均会得到不定域共轭结构，如图2-4。

图2-4组合键对环工具的影响对于苯环，双键可以绘制成任意两个方向之一，可以通过按下shift键同时单击进行切换。

如图2-5。

图2-5 shift键对于苯环方向的影响2.3移动原子将光标指向化学物结构式的任意原子，出现光标块，按下shift键和鼠标左键即可移走目标原字。

此功能在将6元环变为5元环时很方便。

2.4键的前后交叉把一个被交叉在前面的建议到后面的办法。

选择任何键工具，用鼠标这项操作键的选择块，双击后即可变到后面。

也可以使用object菜单中的bring to front和send to back实现。

第三节文本说明和文字标记4.1文本建立文本的方法：利用文本工具，在所希望出单击即可。

需要重新编辑的话，在原文本处单击。

在工具栏Text下拉菜单中，可以改变字体，字形，以及字号。

在字形子菜单中包括三种常见字的操作：Superscript、Subscript、Formula，Superscript 是上标，Subscript是下标，Formula字形，数字自动缩小，比如输入C6H6时，自动形成C6H6。

文本文件默认的是左对齐，在Text下拉菜单中有Flush Left（左对齐）, Centered（中间对齐）, Flush Right, Justified（两端对齐）Stacked Above（上标记调整）。

如图2-6。

●Flush Left，第一行首字母与键相连。

全部左对齐●Centered，中间字母与键相连。

●Flush Right，第一行首字母与键相连。

全部右对齐。

●Stacked Above，最后一行最左面的字母与键相连。

以上各点需注意，根据所标记原子的位置来选择正确的操作。

否则会出现原子与结构的重叠等错误。

图2-6Examples of the atom label justifications输入希腊字母和一些化学符号时，有两种方法：1)通过模板中的special character中的字符进行输入。

这种操作优点是方便快捷，缺点在于对字号无法改变，放置位置不好掌握。

2)在Text菜单中的Font子菜单选择Symbol，字母与希腊字母对应关系α-a,β-b,π-p,ω-w等等，基本根据形声进行对应。

8.0以上版本中，在view菜单中，选择Show Character Map Window即可看到对应。

如图2-74.2原子符号的标记选择文本工具，在一个原子上定位，单击即可输入。

实键工具双击进入标记。

图2-7Character Map Window在标记原子是可以采用快捷键，具体见后面第8节技巧的使用。

有一个方法可以重复标记相同的原子，选择文本，标记一个原子，在其他位置，双击既可重复。

而选择实键工具等时，双击标记原子，三击重复标记。

在File/Preference对话框中，有两个选项，Require ALT+ENTER to Create a New Line in Atom Labels，Require ALT+ENTER to Create a New Line in Captions，分别表示在原子标记和说明文本中对换行的控制，选中，则代表需要用ALT+ENTER进行换行，直接回车则退出。

第四节绘制轨道和符号4.1轨道工具点击会出现一系列子目录，使用方便，可以绘制各种轨道，没有过多要说的。

4.2化学符号即可进入，分别就一些并不常用的符号工具举例进行演示。

1)和分别表示沿Z轴向平面外伸和进入的H原子。

如图2-8图2-8 H点H划的应用2)和阳离子阴离子符号，在对应原子附近定位，当出现反色的小方块时，点击即可，符号会自动集成到原字上。

表示带电的基团。

其他的仅举一例，如图2-9。

图2-9正电荷符号的应用另外，所有化学符号，按住shift键同时拖动鼠标可以进行旋转。

第五节化学查询工具query tools，化学查询工具，用于绘制化学查询结构，已用于在数据库中的查询。

1)，可以用来编辑可替代基团的索引，例子如图2-102-10Alternative groups2)，在任意原子处点击，出现*，表示查询时*处原子上的取代基可以为任意结构。

3)，可以标记化学反应中原子位置的变化，以原子序数说明。

如图2-11。

图2-11 Atom to Atom Tool4)连接点工具，用于连接点的编号，这些编号表示子结构和母结构的对应。

5)立体化学标旗，用于给结构分配一个特殊的符号来确定一种解释，如图2-12图2-12外消旋，绝对和相对符号∙Racemic-A racemic mixture.∙Absolute-A pure enantiomer of known configuration.∙Relative-A pure enantiomer of unknown configuration.6)元素列标记和非列标记查询结构为指定元素之一或者除去所有指定元素，格式如下结构绘制完成后，保存为F1查询文件，可以在数据库及chemfinder中进行调用。

查询原子和键的属性还可以在Structure/Atom Properties和Structure/Bond Properties中进行设置。

因为使用较少，不在这里赘述，如果需要可以在帮助菜单中查寻。

另外帮助菜单中还有各个属性与不同数据库的匹配，均可进行参考。

第六节绘制箭头，弧及其他图形6.1箭头工具所有箭头工具如图2-13，根据需要选择，按中shift并用鼠标指向箭头头部，按住鼠标左键可进行箭头的拉伸，缩短和转向。

选中箭头，可以进行整体的旋转，具体方法见选中工具。

图2-13箭头工具6.2基元工具内含一些球形工具，用于绘制3D分子结构，线工具，用于绘制直线虚线等，可以画立体图形，如正八面体等。

还有一些方框工具，可以把所绘结构放到方框中，更为正规。

6.3括号工具内含大小中括号和两个短键工具，。

特别用于绘制有配位结构的化学方程式。

6.4弧形工具可以绘制固定角度的弧，同样用shift可以进行旋转和大小的调整。

6.5笔工具就个人使用而言，笔工具是非常有用的工具也是最难掌握的工具，图2-14是一些用笔工具绘制的图形。

图2-14笔工具的使用范例1.单击绘制在曲线开始处单击，移动光标，再次单击得到第二个点，两点以直线相连，依次类推，图2-15为用单击操作绘制的图形。

图2-15笔工具单击操作绘制的图形2.按动绘制曲线在曲线开始处单击，移动光标，再次单击得到第二个点并且按动，通过控制柄的移动，得到不同弧度的曲线，继续单击并按动，得到下一段曲线，依此类推。

按ESC键或选择另一个工具退出编辑。

此功能主要用于绘制化学反应机理等。

如图2-16。

需要说明的是，曲线弧度的控制难以用语言说明，需要进行大量的实践来掌握，基本的原则是曲线与控制柄相切。

图2-16反复单击和按动建立曲线3.编辑曲线选择笔工具，将光标移到曲线位置，当光标仍然是指针而不是十字时点击即可进入编辑状态。