从患者开始谈基因检测的整个流程

从患者开始谈基因检测的整个流程

题记：几颗玉米放进爆米花机器，出来便是爆米花；一个智力一般的高中生放到人大附中，三年后出来就是国际一流大学新生；二两五花肉和几个青椒交给一名厨师，出来的便是香喷喷的回锅肉。可是这中间都发生了啥是什么重要步骤将初始原料打磨成了成品10ml 的血液或者一块肿瘤组织，最终变成了一份20 页的检测报告这是怎么实现的中间都发生了什么本文旨在回答这个问题。基因检测的整个流程可分为哪几个大的步骤概况性地了解一个事务的框架是很有必要的，因为这样我们心里会有“底”。不管别人怎么分，我简单粗暴地把它分为四个程序：1，检测前咨询部分；2，实验室部分；3，信息分析部分；4，临床解读部分。五脏俱全的基因检测公司应该包含以上所有的四个程序，除非存在部分业务外包的情况，例如有的公司只做临床解读部分。1）检测前咨询部分：不是所有的癌症患者都应该检测，都值得检测，检测目的是为了明确是否可以使用靶向药物，还是仅仅为了玩，选择哪种产品更加适合，这些都是需要在这部分搞清楚。2）实验部分：应该取多少组织样本，测序过程中有哪些细节步骤，这可是个核心环节。3）信息分析：实验部分做完以后所得到的是一大堆序列，不分析就是一堆垃圾，信息部要做的就是从这些垃圾中挑选黄金。4）临床解读：黄金挑选出来不拿去换成大米然后进肚，那也没什么用，基因检测的结果有什么意义，对临床实践又何指导，全在这

里了。四个程序，每个程序又包含哪些小工序呢通过上面的介绍，我们可以大体了解基因检测分为四个程序，也明白四个程序主要做什么。可是，每一个程序又具体涉及哪些小程序呢剖析程序的过程，就是知识差异化的过程。1，检测前咨询：患者预期、产品选择；2，实验部分：样本获取与运输、DNA 制备与文库构建、

质控与上机测序；3，信息分析部分：数据分析、报告初稿；4，临床解读部分：检测报告、临床实践、报告解读/人文关怀。总而言之，简单来说，从明确患者的检测目的开始（用药指导，耐药后寻找新的方案，仅检测一个基因或多个基因突变状态等），到选择合适的产品，然后获取规范的样本（血液，组织，唾液等），然后合适的运输方式到达实验室，然后一些列的规范实验室操作及数据分析，最后到科学的检测报告与咨询服务。这就是四个程序所包含的内容。每一个程序分为许多小工序，每一个小工序又有许多学问与讲究。下面将会详细介绍每一个小工序。程序一：检测前咨询部分：患者预期。销售经理、产品经理、主治医生与患者需要充分沟通，明确该基因检测的目的，知道检测技术的局限性，做好患者的预期控制。：产品选择。对于基因检测产品来说，产品选择几乎等同于检测基因的选择。哪些基因需要强行检测、哪些基因推荐检测、哪些基因有一定的检测价值，这些需要阐述清楚。最后，根据患者的经济情况与病情，综合选择（这是理想状况）。实际操作过程中，销售经理往往会以经济利益为导向。：临床信息。患者的临床信息对于基因检测报告者有重要意义，信息掌握越

全面报告越个性化，咨询解读也更有针对性。因此，完整详实的临床申请单需要提供。程序二：实验部分：样本类型。需要明确一点，能够运用无创的尽量用无创（唾液与血液），因为没有一个患者希望无缘无故的在自己身上打洞。固体：手术样本，穿刺样本，石蜡包埋组织，石蜡切片组织；液体：全血，血清血细胞，胸水，腹水，唾液。1）手术样本：（肿瘤组织》50mg,癌旁正常组织》25mg,收到组织后立即用至少 5 倍体积的10%中性福尔马林固定液固定），切片25张以上，厚度5卩m，肿瘤细胞占比》50%, 坏死组织区域2）穿刺样本：穿刺一针以上，肿瘤细胞占

比 > 50%，坏死组织区域3）石蜡包埋组织：常温保存运输即可，最好是1 年以内。4）石蜡切片组织：常温保存运输即可，最好是6 周以内。5）全血：6ml-10ml for NGS （Streck 管，含有保存液，负压真空抽满），轻轻垂直平面90°旋转10 次，6-25 C （常温）运输，3 （7）日内送达，可用干冰/制热剂制造维持环境温度。6）血浆血细胞（普通试管）：抽血后2h 内将全血4C 1600g离心10min，分别收集上清和沉淀至离心管中；上清再4°C 16000g 离心10min ，收集上清血浆转移至15mL 离心管中。血浆血细胞样品，均封口膜封口，干冰运输。7）胸水：8）腹水：这两个情况比较少，至少我们公司很少遇到这样的样本。：质控。血液样本是否合格，是否可以进行测序上机，样本质量怎么样安捷伦2100 生物分析仪或者4200 TapeStation 核酸分析仪，通过DNA 完整值（DIN ）来数字化基因组DNA 的完整

性。如果不用这些仪器，可以通过跑胶来实现这一步。质控不合格，只有重新采样。

标准流程只需要卩g DNA , DNA的0D 260/280在之间，RNA 的RIN值》。实验中发现，只要RIN值大于7,就可以获得比较满意的结果。（RIN ：RNA 完整值）。总的来说，质控两个指标：1）足够的DNA 量；2）完整的DNA 基因组。这个步骤在构建文库后上机测序前完成。：文库构建。简而言之，获取足够量的/目的的/前期适合上机测序而标准处理的DNA 。其程序主要有：片段化，连接，扩增。1）片段化：

我们总不能直接将那么长的DNA 去测序吧，测序仪就只能一次测几百bp 的DNA ，超声波片段化等方法，获得DNA 片段为正态分布200-500bp ，通过一定方法（切割琼脂糖凝胶电泳条带）选择所需长度的DNA片段（150-200bp），其它的片段就扔了（不影响覆盖范围）。2）末端修补：上面的方法（物理方法）片段化的DNA ，一般来说两端都被破坏了，不再是平平整整的了，而后续步骤需要在两端加测序接头，所以我们得先把这个破坏的两端修补好。修补所需三种酶：

5‘端延伸的酶，5'端连接的酶，3‘端延伸的酶。3）3' 端加

A ：片段化且两端修补好的DNA ，3‘端加上一个碱基A，而下一步骤的连接接头3'端有一个碱基T,这样就实现了碱基互补而连接起来了。这样做还有以下几个原因：提供连接效率；防止接头与DNA 片段多种方向连接；减少接头之间的连接。值得一提的是1）