转录因子DNA结合位点预测分析

亲和层析可用于纯化生物大分子、稀释液的浓缩、不稳定蛋白质的贮藏、从纯化的
分子中出去残余的污染物、用免疫吸附剂吸附纯化对此尚无互补配体的生物大分子， 分离核酸是亲和层析应用的重要方面。
亲和层析纯化过程简单、迅速，且分离效率高。对分离含量极少又不稳定的活性物
质尤为有效。缺点是针对某一分离对象，制备专一的配基和寻求层析的稳定条件限 制了其使用。
的浓度之比是个常数，称为分配系数(Kd)。分配系数是层析中分离纯化物质的主要依据
Kd=Cs/Cm 其中Cs: 固定相中的浓度，Cm: 流动相中的浓度 分配系数小的溶质在流动相中分配的数量多，移动快；分配系数大的溶质在固定相中 分配的数量多，移动慢。因此可彼此分开。 分配系数主要与下列因素有关：
本实验中，聚酰胺上的氨基与氨基酸（AA）的羰基形成氢键，酰胺基团上羰基与AA中 羟基或酚基形成氢键。由于有些AA结构相似，如只采用一种溶剂系统进行单向层析，难 达到完全分离的目的。因此可选择另一溶剂系统进行第二向层析。这种层析方法称为双 向层析。 第一向：苯－冰醋酸溶剂 第二向：甲酸－水 显色：二甲氨基萘磺酰氯（DNS-Cl）可与氨基酸的游离氨基结合成DNS-氨基酸。形成的 DNS-氨基酸在紫外光下呈黄色荧光。
分配层析技术 （液-液层析法）
原理：利用混合物在两种不相混溶的液相（固定相和流动相）之间的分配系数的 不同而达到分离各组分的目的。纸层析是最广泛的一种分配层析。 特点：液-液层析法适合于分离同系物或同分异构体
分配层析技术
相关的概念（一）： 分配系数：当一种溶质分布在两个互不相溶的溶剂中时，它在固定相和流动相两相内
层析法分类
按层析过程的机理分类：
分配层析: 根据不同组分在不同溶剂中分配系数不同而使物质分离的方法称为分配 层析。 吸附层析:吸附是两相成一界面，溶质在表面密集的现象。以吸附剂为固定相，根 据待分离物与吸附剂之间吸附力不同而达到分离目的的一种层析技术称为吸附层析。 常用吸附剂：活性碳、硅。 离子交换层析: 是以离子交换剂为固定相，根据物质酸碱度、极性和分子大小差异 而将物质予以分离的一种方法。 凝胶层析（分子筛）利用凝胶颗粒形成具有三维空间多孔性网络结构的物质，不带 电荷，可起滤过或“筛”的作用。 亲和层析是利用生物分子间所具有的专一性亲和力的层析技术。
气-固层析
层析法分类
按操作形式不同分类： 名称 操作形式 适用范围 柱层析是常用的层析形式，适用于大量样 品分析、分离。生物化学中常用的凝胶层 析、离子交换层析、亲和层析、高效液相 色谱等都通常采用柱层析形式。 薄层层析主要适用于小分子物质的快速检 测分析和少量分离制备，通常为一次性使 用。
柱层析
DNS-Cl + AA
DNS-AA + HCl
实验操作
1. DNS-氨基酸的制备（已完成） 2. 混合DNS－氨基酸的双向层析 点样：在薄膜右下角距两边各0.6cm，直径控制在2～3mm之间，点在无光泽面， 可重复点样2-3次； 苯－冰醋酸层析：将点好样品的薄膜用回形针固定放入展层剂中，展层剂前缘在
颜色不同可直接观察到血红蛋白洗脱较快，鱼精蛋白洗脱较ຫໍສະໝຸດ Baidu。
G类葡聚糖凝胶（Sephadex-G）的最基本骨架是葡聚糖，它是一种以右旋葡萄 糖为残基的多糖，分子间主要是α-1,6-糖苷键（约占95%），分枝为l,3-糖苷键 （约占5%），以1-氯-2,3-环氧丙烷为交联剂将链状结构连接为三维空间的网状 结构的高分子化合物。
葡聚糖凝胶网孔大小可通过调节交联剂和葡聚糖的配比及反应条件来控制。交联度越 大，网孔越小，吸水膨胀就越小。交联度越小，网孔越大，吸水膨胀就越大。
程较长移动速度较慢，最后被洗脱出来。
凝胶层析的原理 1. 分子大小不同混合物上柱； 2. 洗脱开始，小分子扩散进人凝胶颗粒内，大分子被排阻于颗粒之外； 3. 大小分子分开： 4. 大分子行程较短，已洗脱出层析柱，小分子尚在进行中。
凝胶颗粒是一类具有三维空间多孔性网络结构的物质， 不带电荷，可起滤过或“筛”的作用。
当0 < Kd <1时， Ve = Vo + Kd*Vi即表明分子受到部分排阻(B)。
DNS-氨基酸的双向聚酰胺薄膜层析
原理
聚酰胺薄膜层析是一类特殊的分配层析。混合物随流动相通过聚酰胺薄膜时，由 于被分离物质与薄膜形成氢键，而各物质形成氢键的能力不同，决定吸附力的差 异，吸附力强,展层速度慢，吸附力弱，展层速度快。 展层溶剂与被分离物质在聚酰胺离子表面竞争形成氢键，选择适当的展层溶剂， 使被分离物质在溶剂与聚酰胺薄膜表面之间的分配系数有最大差异。易溶于展层 剂的所受的动力作用大，展层速度快，反之，速度慢。
凝胶层析的基本概念
外水体积是指凝胶柱中凝胶颗粒周围空间的体积，也就是凝胶颗粒间液体流动相的体
积。 内水体积是指凝胶颗粒中孔穴的体积，凝胶层析中固定相体积就是指内水体积。
基质体积是指凝胶颗粒实际骨架体积。
柱床体积就是指凝胶柱所能容纳的总体积。 洗脱体积是指将样品中某一组分洗脱下来所需洗脱液的体积。我们设柱床体积为 Vt，
第二部分， DNS-氨基酸的双向聚酰胺薄膜层析
凝胶层析分离血红蛋白与鱼精蛋白
背 景
层析法也称色谱法，是1906年俄国植物学家Michael Tswett发现并命名的。他将植物 叶子的色素通过装填有吸附剂的柱子，各种色素以不同的速率流动后形成不同的色带 而被分开，由此得名为“色谱法”（Chromatography) 。 后来无色物质也可利用吸附柱层析分离。 英国生物学家Martin和Synge。他们首先提出了色谱塔板理论。 1944年出现纸层析以后，层析法不断发展，相继出现薄层层析、亲和层析、凝胶层析、 气相层析、高压液相层析等。
概念：凝胶层析又称分子筛层析、排阻层析，当生物大分子随流动相通过装有作 为固定相的凝胶颗粒的层析柱时，根据它们分子大小不同而进行分离的技术。 原理：凝胶颗粒内部具有多孔性网状结构，被分离的混合物流过层析柱时，比凝 胶孔径大的分子不能进入凝胶孔内，在凝胶颗粒之间的空隙向下移动，并最先被 洗脱出来；比网孔小的分子能不同程度的自由出入凝胶孔内外，在柱内经过的路
或超临界体等，都称为流动相。在柱层析中一般称为洗脱剂，薄层层析时称为展层剂。
层析法是利用混合物中各组分物理化学性质的差异（如吸附力、分子形状及大小、分 子亲和力、分配系数等），使各组分在两相（一相为固定的，称为固定相；另一相流 过固定相，称为流动相）中的分布程度不同，即各组分所受的固定相的阻力和流动相 的推力影响不同，从而使各组分以不同的速度移动而达到分离的目的。
亲和层析法
亲和层析（Affinity Chromatography）是利用生物分子间专一性亲和力而进行分离
的一种层析技术。 如我们熟悉的：抗原和抗体；酶和底物或辅酶或抑制剂；激素和受体； RNA和其互
补的DNA等。亲和层析的分离原理简单的说就是通过将具有亲和力的两个分子中一
个固定在不溶性基质上，利用分子间亲和力的特异性和可逆性，对另一个分子进行 分离纯化。
综合性设计性实验-7
转录因子DNA结合位点预测分析 DNS-氨基酸的双向聚酰胺薄膜层析 凝胶层析分离血红蛋白与鱼精蛋白 DNA亲和层析分离目标转录因子蛋白
此实验共包括如下三个部分
1. 第一部分，转录因子DNA结合位点预测分析
2.
第二部分， DNS-氨基酸的双向聚酰胺薄膜层析、
凝胶层析分离血红蛋白与鱼精蛋白
层析法分类
按两相所处的状态分类： 流动相有两种状态：液体作为流动相 气体作为流动相 固定相也有两种状态：固体吸附剂作为固定相 以吸附在固体上的液体作为固定 相 按两相所处的状态分为：
液相层析和气相层析
流动相
固定相 液
固
液体 （液相层析)
气体 （固相层析）
体
体
液-液层析
液-固层析
气-液层析
展层后必须经电吹风将膜吹干。
紫外光对眼睛有害不要把头伸到灯下观察。
DNS-氨基酸的双向层析预期实验结果
Ⅱ 丝
天 谷
甘
丙
脯 苯 亮 颉
赖
Ⅰ
凝胶层析分离血红蛋白与鱼精蛋白
实验原理
由于Hb（红色，分子量64500）与二硝苯-鱼精蛋白（黄色，分子量2000-12000）的
分子量不同，通过交联葡聚糖凝胶G-50（sephadex）层析柱用蒸馏水洗脱分离。从
3.
第三部分，DNA亲和层析分离目标转录因子蛋白
第一部分，转录因子DNA结合位点预测分析
基因表达的调控关键在于转录起始水平的调控。 转录因子结合位点的预测是研究基因转录调控的重要环节。 准确的预测将有助于人们认识和研究不同转录因子对目标基 因的转录调控的时空性。
http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html
外水体积为Vo，内水体积为Vi，基质体积为Vg，则有：
Vt＝Vo＋Vi＋Vg 由于Vg相对很小，可以忽略不计，则有：
Vt＝Vo＋Vi
外水体积（V0）
内水体积（Vi）
基质体积（Vg）
基质体积（Vt）
凝胶层析柱各种体积示意图（阴影部分）
样 品 的 量
洗脱体积
当分子的Kd＝0时，Ve＝Vo即该分子被完全排阻于凝胶颗粒之外，全部分布于流动 相里，固定相里分布为零（A)； 当分子的Kd＝1时，Ve＝Vo+Vi即该分子完全不被排阻，均匀的分布在流动相和固 定相里，两相比值为1(C)；
叶绿素通过碳酸钙管柱所形成的色谱图
层析的两种相
固定相：固定相是层析的一个基质。它可以是固体物质（如吸附剂，凝胶，离子交换 剂等），也可以是液体物质（如固定在硅胶或纤维素上的溶液），这些基质能与待分 离的化合物进行可逆的吸附，溶解，交换等作用。 流动相：在层析过程中，推动固定相上待分离的物质朝着一个方向移动的液体、气体
子聚合物共价结合，形成一个带电的可进行离子交换的基团。平衡离子是结合于电荷基团
上的相反离子，它能与溶液中其它的离子基团发生可逆的交换反应。平衡离子带正电的离 子交换剂能与带正电的离子基团发生交换作用，称为阳离子交换剂；平衡离子带负电的离 子交换剂与带负电的离子基团发生交换作用，称为阴离子交换剂。
凝胶层析技术
距薄膜顶端2mm处即可停止,冷风吹干，紫外灯下观察；
甲酸－水层析：调转90度与第一相垂直，放入展层剂中，热风吹干，紫外灯下观 察，用铅笔轻轻标记（以免损坏薄膜表面）； 分析实验结果； 将层析后标记好的薄膜以点样点为左下角贴于实验报告中。
3、操作注意事项：
严格控制点样位置以及点样直径。 展层时勿将点样点浸入展层剂中。
① 被分离物质本身的性质；
② 固定相和流动相的性质； ③ 层析柱的温度。
分配层析技术
相关的概念（二）： 迁移率：在一定条件下，在相同的时间内某一组分在固定相移动的距离与流动相
本身移动的距离之比值。常用Rf来表示。
物质在一定溶剂中的分配系数是一定的， Rf值也是恒定的，因此可以根据Rf值来 鉴定被分离的物质。 色斑中心至原点中心的距离 Rf = 溶剂前缘至原点中心的距离
将固定相装于柱内，使 样品沿一个方向移动而 达到分离的目的。
将适当粘度的固定相均 匀涂铺在薄板上，点样 后用流动相展开，使各 组份分离
薄层层析
吸附层析
原理：任何两个相都可以形成表面，其中一个相的物质或溶解在其中的溶质在
此表面密集现象称为吸附，利用吸附剂对不同物质具有不同吸附力使混合物得 到分的现象就叫吸附层析。 凡能将其他物质聚集到自己表面的物质称吸附剂，包括硅皮、氧化铝、活性炭、 淀粉、纤维素及陶土，而聚集于聚集于吸附剂表面的物质称被吸附剂。 吸附剂与被吸附剂之间的作用除了物理作用外，还有化学作用，如 DNS-氨基酸 双向聚酰胺薄膜层析时中被分离的物质之所以能吸附在聚酰胺薄膜上就是由于 二者之间形成氢键。
亲和层析示意图
离子交换层析
离子交换层析是依据各种离子或离子化合物与离子交换剂的结合力不同而进行分离纯化。 离子交换层析的固定相是离子交换剂，它是由一类不溶于水的惰性高分子聚合物基质通过 一定的化学反应共价结合上某种电荷基团形成的。 离子交换剂包括交换树脂和交换纤维素两种。 离子交换剂可以分为三部分：高分子聚合物基质、电荷基团和平衡离子。电荷基团与高分